数据及数据预处理概述.
生物信息学数据分析的处理流程与方法指南

生物信息学数据分析的处理流程与方法指南概述:生物信息学是一门综合性学科,主要研究生物学信息的获取、存储、处理与分析。
随着高通量测序技术的快速发展,生物信息学数据分析成为了生命科学研究中不可或缺的一个环节。
本文将介绍生物信息学数据分析的处理流程与方法,以帮助研究人员系统地进行生物信息学数据分析。
一、数据预处理生物信息学数据分析的第一步是对原始数据进行预处理。
1. 数据质量控制:对测序数据进行质量控制,去除低质量的碱基和序列,以保证后续分析的准确性。
2. 序列比对:将测序数据与参考基因组或转录组进行比对,确定每个序列的起源以及位置。
二、数据分析数据预处理完成后,可以进行下一步的数据分析,包括以下几个方面:1. 基因表达分析:将转录组数据根据不同条件(如不同时间点、不同处理)进行比较,寻找差异表达的基因。
2. 差异分析:通过比较不同条件下的生物样品,确定差异表达的基因或突变位点。
3. 功能注释:利用公共数据库,对差异表达的基因进行功能注释,寻找其功能以及相关的通路和生物过程。
4. 基因调控网络分析:构建基因调控网络,探究基因之间的关系及其调控网络的重要成员。
5. 蛋白质互作分析:通过蛋白质互作网络,研究蛋白质之间的相互作用,揭示蛋白质的功能及其参与的信号通路。
6. 基因组结构变异分析:研究基因组结构变异,如插入、缺失、倒位等,探究其对个体表型的影响。
7. 代谢组和蛋白组分析:通过代谢组和蛋白组的分析,了解代谢通路和相关蛋白的变化,研究其与生物表型之间的关系。
三、统计分析生物信息学数据分析不可避免地涉及统计分析,帮助我们从数据中找到有意义的关联性或差异。
1. 差异分析的统计学方法:使用适当的统计学方法,如T检验、方差分析等,对差异表达的基因进行统计分析。
2. 多重校正:由于高通量测序数据的量庞大,需要进行多重校正,控制假阳性率。
3. 数据可视化:通过图表或可视化工具,将分析结果直观地呈现,便于研究者理解和解释数据。
大数据预处理技术 第1章 数据预处理概述

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24
噪声处理 噪声是被测量的变量的随机误差或偏差。 孤立点:不符合数据模型的数据。
噪声处理的目的:降低对数据分析和结果的影响
引起噪声数据的原因:
• 数据收集工具的问题 • 数据输入错误 • 数据传输错误 • 技术的限制 • 命名规则不一致
噪声处理的方法: 分箱法 回归 聚类
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13
02
数据预处理目的
--提升数据质量
14
数据预处理的目的
数据 采集
数据 预处理
数据 存储
数据 分析挖掘
数据 可视化
重要性:数据预处理是数据挖掘中必不可少的关键一步, 更是进行数据挖掘前的准备工作。
目的:达到改进数据的质量,提高数据挖掘过程的准确率和效率。 • 保证数据挖掘的正确性和有效性。 • 通过对数据格式和内容的调整,使得数据更符合挖掘的需要。
一致性 记录规范不一致
9
数据质量因素
在数据库中是指在不同地方存储和使用的同一数据应 当是等价的,表示数据有相等的值和相同的含义
一致性 数据冗余时数据内容不一致
学号 95001 95002 95003 95004
姓名 张晓云 刘一天 邓茹 王小刚
表 3-1 学生信息表 性别 女 男 女 男
年龄 18 19 18 20
李木
2
0006
王权
1
收入 8000 12000 11000 20000 NULL 25000
缺失值处理方法:
• 忽略元组 • 人工填写 • 属性的中心度量来填充 • 使用于给定元组同一类的所有样本平均值 • 使用最可能的值
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缺失值处理
客户信息表
客户编号 客户名称 ...... 风险等级
大数据环境下的数据预处理技术研究

大数据环境下的数据预处理技术研究大数据环境下的数据预处理技术研究一、引言如今,数据已经成为了现代社会的重要资源,而大数据技术的快速发展使得人们能够更好地利用这一资源。
然而,大数据的处理过程中离不开数据预处理技术的支持。
数据预处理作为数据挖掘的先导步骤,对于保证数据的质量和可靠性具有重要意义。
因此,本文将探讨在大数据环境下的数据预处理技术的研究,并介绍当前的一些主要技术方法。
二、数据预处理概述数据预处理是指在进行大数据挖掘前对原始数据进行清洗、集成、转换和规范化等处理过程。
其目的是消除数据噪声、解决数据不一致性和缺失值等问题,从而提高数据的质量和可用性。
数据预处理可以分为离线预处理和在线预处理两种方式。
离线预处理是指在数据挖掘之前对原始数据进行一次性的预处理过程,而在线预处理是指在数据挖掘的同时对数据进行实时的处理操作。
三、数据清洗数据清洗是数据预处理过程的关键环节,它主要是针对原始数据中存在的各种异常、错误和噪声进行处理。
数据清洗的方法包括去除重复数据、处理缺失值和异常值等。
重复数据是指在数据集中存在的相同或相似的数据项,通过对数据集进行去重操作可以避免重复计算和分析。
而处理缺失值和异常值是为了提高数据集的完整性和准确性,这些缺失值和异常值会对后续数据挖掘的结果产生较大的干扰。
四、数据集成数据集成是将来自不同源头的数据进行合并,形成一个完整的数据集的过程。
在大数据环境下,数据源的多样性和复杂性给数据集成带来了较大的挑战。
数据集成主要包括数据匹配和冗余数据的消除。
数据匹配是指将不同数据源中的数据项进行关联,从而消除数据的冗余。
冗余数据的存在会占用存储空间,增加数据挖掘的计算复杂性,因此消除冗余数据对于提高数据挖掘的效率和准确性至关重要。
五、数据转换数据转换主要是对原始数据进行格式统一和规范化处理。
在大数据环境下,数据来源的多样性导致了数据格式的异质性,这对数据挖掘的结果产生了较大的影响。
因此,对数据进行转换可以提高数据的一致性和可用性。
预处理

预处理基本流程
数据清洗
去除重复数据、处理缺失值和 异常值等。
数据变换
进行数据规范化、离散化、标 准化等变换操作,以满足后续 分析的需求。
特征选择
从原始特征中选择出对于后续 分析任务最有用的特征子集。
数据降维
通过主成分分析、线性判别分析 等方法降低数据的维度,以便于
后续的可视化和建模等操作。
02
数据清洗
特征编码
将类别型特征转换为数值型特征 ,如独热编码、标签编码等。
特征降维策略
线性降维
通过线性变换将高维特征映射到低维空间,如主成分分析、线性 判别分析等。
非线性降维
通过非线性变换实现特征降维,如流形学习、自编码器等。
特征选择降维
通过选择部分重要特征实现降维,如基于模型的特征选择、基于 统计检验的特征选择等。
通过人工合成新样本的方法来增加 少数类样本的数量,新样本由少数 类样本及其近邻样本随机线性插值 产生。
SMOTE过采样
根据少数类样本的分布情况,自适 应地合成不同数量的新样本,以更 好地平衡不同类别的样本数量。
欠采样技术原理及实现
原理
通过减少多数类样本的数量,使得不同类别的样本数量达到平衡,从 而避免模型在训练过程中对多数类样本产生偏好。
结合业务背景和数据特点,构造具有实际意义的 特征。
多项式特征扩展
通过多项式扩展增加特征的多样性,如多项式回 归中的特征构造。
3
交叉特征构造
将不同特征进行组合,构造交叉特征,以揭示更 多信息。
特征变换技术
标准化与归一化
消除特征量纲和数量级的影响, 使不同特征具有可比性。
离散化
将连续特征转换为离散特征,以 便于某些模型的处理和解释。
大数据中的数据预处理技术分析

大数据中的数据预处理技术分析引言概述:随着大数据时代的到来,数据预处理技术在数据分析和挖掘中扮演着重要的角色。
数据预处理是指在进行数据分析之前,对原始数据进行清洗、转换和集成的过程。
本文将从数据清洗、数据转换、数据集成、数据规约和数据变换五个方面,详细分析大数据中的数据预处理技术。
正文内容:1. 数据清洗1.1 缺失值处理:对于缺失的数据,可以通过删除、插补或使用推理方法进行处理。
删除缺失值可能导致数据量减少,但可以确保数据的准确性。
插补方法包括均值插补、回归插补和多重插补等。
1.2 异常值处理:异常值可能会对数据分析的结果产生不良影响。
常用的异常值处理方法有删除异常值、替换异常值和离群值检测等。
1.3 噪声处理:噪声是指数据中的随机误差,可能会干扰数据分析的结果。
常见的噪声处理方法包括平滑、滤波和降噪等。
2. 数据转换2.1 数据规范化:将不同尺度的数据转换为统一的尺度,常用的方法有最小-最大规范化、Z-Score规范化和小数定标规范化等。
2.2 数据离散化:将连续的数值型数据转换为离散的数据,常用的方法有等宽离散化、等深离散化和基于聚类的离散化等。
2.3 数据编码:将非数值型数据转换为数值型数据,常用的方法有独热编码、二进制编码和标签编码等。
3. 数据集成3.1 实体识别与关联:对于来自不同数据源的数据,需要进行实体识别和关联,以便进行数据集成。
实体识别是指将相同实体的不同表示进行标识,关联是指将不同实体之间的关系进行建立。
3.2 数据冗余处理:在数据集成过程中,可能会出现数据冗余的情况,需要进行处理以减少存储空间和提高数据分析效率。
常用的数据冗余处理方法有删除冗余数据和合并冗余数据等。
4. 数据规约4.1 维度规约:对于高维数据,可以通过主成分分析、因子分析和特征选择等方法进行维度规约,以减少数据的维度和复杂度。
4.2 数值规约:对于数值型数据,可以通过直方图、聚类和抽样等方法进行数值规约,以减少数据的数量和存储空间。
数据预处理方法

数据的预处理方法 1.1数据预处理概述 1.1.1数据预处理的目的由于人的错误、测量设备的限制或数据收集过程的漏洞等都可能导致各种问题,从而导致数据的值乃至整个数据对象都可能会丢失。
因此,为了高质量的数据挖掘结果,必须进行数据预处理。
数据预处理的目的是为信息处理过程提供干净、准确、简洁的数据,从而提高数据质量、信息处理率和准确性,使数据挖掘的过程更加有效,更加容易,同时也提高挖掘结果的质量。
数据预处理的对象主要是清理其中的噪声数据、空缺数据和不一致数据。
常用的数据预处理技术主要包括:数据清洗、相关分析和数据变换等。
1.1.2数据预处理的基本流程从对不同的源数据进行预处理的功能来分,数据预处理主要包括数据清理、数据集成、数据变换、数据归约等4个基本的功能。
在实际的数据预处理过程中,这4中功能不一定都用得到,而且他们的使用也没有先后顺序,某种预处理可能先后要多次进行。
1.2异常值检测及处理 1.2.1基于图形的异常值检测比较常见并且直观表达异常值的图形是箱形图。
箱形图可以用来观察数据整体的分布情况,利用中位数、25/%分位数、75/%分位数、上边界、下边界等统计量来来描述数据的整体分布情况。
通过计算这些统计量,生成一个箱体图,箱体包含了大部分的正常数据,而在箱体上边界和下边界之外的,就是异常值,如下图1。
其中上下边界的计算公式如下:上边界= 上四分位数+(上四分位数-下四分位数)*1.5,下边界=下四分位数-(上四分位数-下四分位数)*1.5图1 箱形图此外,也有有基于分布的方法。
在上、下分位点之外的值认为是异常值(如图2)。
图2 正态分布图 1.2.2基于业务经验的异常值检测除了通过图形采用直观方法检测异常值以外,有时还可以结合相关业务知识判断某个或某些值是否异常。
比如某些污染物检测值已经超过了仪器检测的上限,或者一些指标值已经超出了可能的范围。
对于这些异常情况,并不需要借助大量样本构造图形,而只需要单个的数据本身就可以判断其是否异常。
数据预处理方法研究

决策树方法
使用决策树算法将数据集划分为不同的离散值,例如根据一些特征将客户划分为优质客户和普通客户。
应用场景
独热编码在机器学习和数据挖掘中广泛应用,例如在文本分类、图像识别和自然语言处理等领域中都有应用。
定义
独热编码是一种将分类变量转换为二进制向量的技术,也称为one-hot encoding。
原理
数据预处理方法研究
汇报人:XXX
2023-12-01
目录
数据预处理概述数据清洗数据集成与转换数据归约与压缩数据离散化与独热编码数据预处理实践案例
01
CHAPTER
数据预处理概述
数据预处理是一种数据处理技术,它通过对原始数据进行一系列的操作和处理,如数据清洗、数据转换、数据归一化等,使得数据更加规范、有效和易于分析和利用。
对缺失值进行插值处理,以填补数据中的空缺。常用的插值方法有线性插值、多项式插值、样条插值等。
7. 数据降维
对于高维数据,通过降维技术将其转化为低维数据,以便于分析和建模。常用的降维技术有主成分分析(PCA)、线性判别分析(LDA)等。
02
CHAPTER
数据清洗
删除含有缺失值的记录
这种方法简单但可能导致数据失真,影响数据分析的准确性。
将分散在各个维度的数据进行聚合,便于统一分析和处理。
将原始数据转换为模型可理解的格式,如将用户评论转换为数值向量。
选取与用户行为和电商业务相关的特征,去除无关或冗余的特征。
总结词
医疗疾病预测通过对医疗数据的挖掘和分析,为疾病诊断和治疗提供支持。数据预处理包括以下步骤。
详细描述
医疗疾病预测是医疗领域的一个重要应用之一,通过数据预处理,可以使得预测更加准确和可靠。数据预处理包括以下步骤
《数据预处理》课件

缺失数据处理
删除含有缺失值的记录
这种方法简单直接,但可能导致数据 丢失,影响分析的准确性。
填充缺失值
使用插值算法预测缺失值
如线性插值、多项式插值等,这种方 法更精确,但需要具备一定的数学基 础。
使用固定值、平均值、中位数等填充 缺失值,保持数据的完整性。
异常值处理
统计学方法
基于数据的分布特性,如Z分数、 IQR等。
pandas提供了DataFrame和Series两种数 据结构,可以方便地存储和处理表格型数 据。
数据清洗
数据合并与分组
pandas提供了许多数据清洗功能,如缺失 值处理、重复值处理、数据类型转换等。
pandas提供了merge、concat等函数,可 以实现数据的横向和纵向合并,同时支持 数据的分组聚合操作。
数据预处理的流程
01
02
03
04
数据清洗
去除重复、错误或不完整的数 据,对缺失值进行填充或删除
。
数据转换
将数据转换为适合分析和挖掘 的格式或类型,如将分类数据
转换为数值型数据。
数据整合
将多个数据源进行整合,形成 一个统一、完整的数据集。
数据规约
对数据进行规约和降维处理, 减少数据的维度和计算量。
02 数据清洗
THANKS FOR WATCHING
感谢您的观看
简介
matplotlib是一个Python绘图库 ,可以方便地绘制各种图表,包 括散点图、折线图、条形图等。
数据可视化
在进行数据预处理时,可以通过 matplotlib将数据进行可视化,帮 助我们更好地理解数据的分布和特 征。
数据探索
通过绘制图表,可以发现数据中的 异常值和离群点,有助于进一步的 数据清洗和处理。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
最有可能的值:基于诸如贝叶斯公式或决策树
推理
噪声数据
噪声:一个测量变量中的随机错误或方差 原因 收集工具故障 数据录入问题 数据传输问题 技术限制 命名约定不一致 其他数据问题需要数据清理如 重复记录 数据不完整 不一致的数据
如何处理噪声数据?
回归 数据拟合 聚类 检测和删除离群 结合计算机和人工检查 检测可疑的数据(例如人工处理可能的异常值 )
婚姻状况,职业,身份证号码,邮政编码 二进制
只有2个状态(0和1)的属性 对称二进制两种结果重要
例如,性别
不对称的二进制结果同样重要。
例如,医疗测试(正面与负面)
公约:将1至最重要的成果(例如,HIV阳性) 价值观有一个有意义的顺序(排名),但不知道连续值之间的 大小。 大小={小,中,大},等级,军队排名
数据集成中的冗余信息的处理
整合多个数据库经常发生数据冗余
identification:相同的属性或对象可能 有不同的名字在不同的数据库中 Derivable data:一个属性可能是“派生”的另 一个表中的属性,例如,年收入
Object
通过相关性分析和协方差分析可以检测到 冗余的属性 仔细集成来自多个数据源,可能有助于减 少/避免冗余和不一致的地方,并提高读取 速度和质量
序数词
2.2数据质量
被广泛接受的数据质量测量标准
准确性
完整性
一致性 合时性
可信度
解释性
2.3数据预处理
数据预处理:概述
数据预处理主要任务
数据清洗 数据集成 数据缩减 数据转换和数据离散化 总结
2.3数据预处理主要任务
数据清理 填写缺失值,平滑噪声数据,识别或删除离群,并解 决不一致问题 数据集成 整合多个数据库,多维数据集或文件 数据缩减 降维
视频数据的图像序列
数据对象
数据集由数据对象组成 一个数据对象代表一个实体 例子
销售数据库:客户,商店物品,销售额 医疗数据库:患者,治疗信息 大学数据库:学生,教授,课程信息
称为样品,示例,实例,数据点,对象, 元组(tuple)。 数据对象所描述的属性。
数据库中的行
数据集成
数据集成
将来自多个数据源的数据组合成一个连贯的数据源
整合来自不同来源的元数据
模式集成:例如,A.cust-id B.cust-#
实体识别问题:
识别来自多个数据源的真实世界的实体,例如,Bill Clinton = William Clinton
数据冲突检测和解决
对于同一个真实世界的实体,来自不同源的属性值 可能的原因:不同的表述,不同的尺度,例如,公制 与英制单位
数据清洗
数据的误差检测 使用元数据(例如,领域,范围,依赖,分销) 检查是否溢出 检查唯一性规则,连续统治和空的规则 使用商业工具 数据清理:使用领域知识(例如,邮政编码,拼写检查),检 测错误并改正 数据审计:通过分析数据检测违规者(例如,关联和聚类规则 和关系,寻找离群) 数据迁移和整合 数据迁移工具:允许指定的转换 ETL(提取/转换/加载)工具:通过图形用户界面允许用户指定转 换 两个过程的集成 迭代和交互
- >数据对象;列 - >“属性”。
属性
属性(或尺寸,特征,变量):一个数据 字段,代表一个数据对象的特征或功能。
例如,客户_ID,姓名,地址
类型:
标称
二进制
数字:定量 规模区间
缩放比率
属性类型
标称:类别,状态,或“名字的东西”
Hair_color={黑色,棕色,金色,红色,红褐色,灰色,白色}
Numerosity reduction 数据压缩
数据转换和数据离散化 正常化 生成概念层次结构
数据清洗
在现实世界中的数据是“脏”的:
不完整的:缺少属性值,缺乏某些属性值,或
只包含总数据
例如,职业=“
”(丢失的数据)
含嘈杂的噪音,错误或离群
例如,工资=“-10”(错误)
不一致的代码或不符的名称
年龄=“42”生日=“03/07/1997” 曾经评级“1,2,3”,现在评级“A,B,C” 重复的记录之间的差异
不完整(缺少)数据
数据并不总是可用的
例如,许多元组没有属性,如客户收入、销售
数据的记录值
丢失的数据,可能是由于
设备故障
与其他记录的数据不一致,从而删除
图形和网络
2 1 1
6 0 2
0 0 2
2 3 0
0 0 3
2 0 0
万维网 社会或信息网络 分子结构 有序 时间数据:时间序列 顺序数据:交易序列 基因序列数据 空间,图像和多媒体: 空间数据:地图
TID
Items
1 2 3 4 5
Bread, Coke, Milk Beer, Bread Beer, Coke, Diaper, Milk Beer, Bread, Diaper, Milk Coke, Diaper, Milk
数据挖掘与商务智能
Data Mining & Business Intelligence 第二章 数据及数据预处理
西安电子科技大学 软件学院 主讲人:黄健斌
内容提纲
2.1数据类型 2.2数据质量 2.3数据预处理 2.4数据相似性和相异性度量 2.5数据统计汇总 2.6数据可视化
2.1数据类型
因误会而未读入 在读入的时候,某些数据可能不会被认为是重
要的 不是历史或更改的数据注册
丢失的数据可能需要被推断
如何处理丢失数据?
忽略元组:通常是类标签丢失时(这样做 分类),每个属性的缺失值有很大的差别 手动填写遗漏值 自动填写
全局常量 属性含义 属性意味着所有样本属于同一类
记录数据
关系记录 数据矩阵,例如,数值矩阵,交叉 文档数据:文本文件:词频向量 交易数据
Document 1 Document 2 Document 3
timeout
season
coach
0 7 1
game
score
team
3 0 0
ball
0
wi n