3、微生物分类与命名
微生物命名规则
引言概述：微生物是指在显微镜下可见但肉眼无法观察到的微小生物。
由于微生物的种类繁多，为了对其进行分类和命名，国际微生物学会推出了一套严格的命名规则，即国际微生物命名法规。
本文将详细介绍微生物命名规则，并对其重要性及应用进行分析。
正文内容：1.有机体命名的基本原则：1.1.一名一物：每个已知的微生物应有一个唯一的学名，用以准确标识该微生物。
1.2.优先性：优先默认使用最早描述命名的学名。
若有新的描述被证明与旧描述不同，则新描述的学名将取代旧描述的学名。
1.3.通用名称：学名应尽量避免使用通用名称，以免造成混淆和不确定性。
2.微生物分类级别：2.1.域：根据细胞生物化学和基因组特征将微生物划分为细菌域、古菌域和真核域。
2.2.界：将微生物根据生物形态和生态位特征进一步分成多个界，如细菌界、病毒界等。
2.3.门：介于界和纲之间，将具有相似特征的微生物分为不同门。
2.4.纲：按照细胞形态、代谢类型等特征，将微生物分为不同的纲。
2.5.目：根据细胞及生活方式特征，将微生物分为目。
2.6.科：将具有相似特征的微生物分为科。
2.7.属：相对较小的分类单元，将具有相似性状和遗传特征的微生物分为属。
2.8.种：最小的分类单位，根据生物学特征将微生物分为不同种。
3.个体级别的命名规则：3.1.属名和种加词：微生物的学名由属名和种加词组成，属名首字母大写，种加词全小写，斜体。
3.2.拉丁文命名：微生物的学名一般采用拉丁文进行命名，以确保全球科学界在交流时具有统一的语言和命名规范。
3.3.学名缩写：微生物的学名可以进行缩写，以方便学术交流和出版物的撰写。
缩写应符合国际微生物命名法规。
4.命名的方法和来源：4.1.形态学命名法：根据微生物的形态特征进行命名，如球菌、棒状菌等。
4.2.gen.nov.种：当新株微生物的基因组特征与已知属的微生物有所不同，但又达不到新属的标准时，可以使用gen.nov.种进行命名。
4.3.命名纪念：根据命名者的名字或相关事物进行命名，以表达对先驱科学家或研究领域的尊重和纪念。
微生物的定义和分类
微生物是一类形态微小、结构简单、肉眼看不见的微小生物，包括细菌、病毒、真菌和微藻等。
它们在自然界中广泛存在，是生物界中最重要的生物群体之一，在生态系统中扮演着重要角色。
微生物的分类可以从以下几个方面进行：
1. 细胞结构：微生物可以分为原核细胞型微生物和真核细胞型微生物。
原核细胞型微生物主要包括细菌、支原体、衣原体、立克次氏体、螺旋体和放线菌；真核细胞型微生物主要包括真菌和微藻。
2. 遗传特征：微生物可以分为需氧微生物和厌氧微生物，还可以根据代谢产物类型、酶系统等遗传特征进行分类。
3. 生理特点：微生物的生理特点包括生长速度、营养需求、抵抗力等。
根据这些特点，可以将微生物分为不同种属的细菌、放线菌、真菌等。
4. 生物分类：微生物在生物分类中属于原生生物门、真菌界、细菌界等。
微生物在自然界中分布广泛，具有重要的作用：
1. 微生物是生态系统中重要的分解者，在物质循环中扮演重要角色。
它们通过分解有机物，将有机物转化为无机物，参与生态系统中的物质循环。
2. 微生物也是生态系统中的生产者，一些自养型微生物可以通过化学合成有机物，是生态系统中的重要生产者。
3. 微生物在工农业生产中也有重要的作用，例如作为发酵剂和食品添加剂等。
4. 微生物在医疗保健领域也具有广泛的应用，例如抗生素的制造和应用等。
总之，微生物是一类重要的生物群体，具有广泛的应用价值。
随着科学技术的不断发展，人们对微生物的认识也越来越深入，对微生物的应用也更加广泛。
微生物的分类单元和命名
一、填空题
1.种以上的系统分类单元自上而下可依次分成7级：_____，______，______，_______，________，___________，_____________。
答案：界，门，纲，目，科，属，种
3.
一、简答
1.微生物分类学担负着那三项具体任务？
4.
5.
课程讲义资源（Word文档）、教学课件资源（PPT）、视频录像资源（视频录像）。
4.闵航（2005）：微生物学.浙江大学出版社
参考期刊：
微生物学报中国科学院微生物研究所；中国微生物学会主办
微生物学通报中国微生物学会；中国科学院微生物研究所主办
参考网址：
中国微生物信息网络hppt://159.226.80.1/chinese.html
中国微生物资源信息共享/sdinfo
中国微生物信息网络/
6
使用教材：
微生物学教程第3版周德庆主编高等教育出版社2011
参考书目：
1.沈萍主编，《微生物学》，高等教育出版社，2000；
2.沈萍、范秀容、李广武编，《微生物学实验》第3版，高等教育出版社，1999；
3.PrescottLM, Harley JP, and Klein DA. Microbiology (5th ed.), Higher education press and McGraw-Hill Companies, 2002.
微生物的分类单元和命名
1.
1.分类单位：界、门、纲、目、科、属、种。其中种是最基本的分类单位。亚种以下的分类名词有变种、型、菌株
2.命名：每一种微生物的学名都依属与种而命名，由两个拉丁字或希腊字或拉丁化的其他文字物的构造、形状、或由著名的科学家名字而来，用以描述微生物的主要特征。种名在后，用拉丁形容词表示，词首字母小写，为微生物的色素、形状、来源、病名或著名的科学家姓名等，用以描述微生物的次要特征。
微生物的分类与命名
微生物的分类与命名微生物是指以肉眼不可见的微小形态存在的生物体，包括细菌、真菌、病毒等多种类型。
对微生物进行分类与命名是为了方便对其进行研究和了解其特性。
本文将介绍微生物的分类与命名，包括细菌、真菌和病毒的分类方法及相应的命名规范。
一、细菌的分类与命名细菌是最常见的一类微生物，广泛存在于自然环境中。
细菌的分类主要基于形态、生理特性、生长条件、代谢方式等多个方面。
1. 形态分类根据细菌的形态特征，可以将其分为球菌（cocci）、杆菌（bacilli）、弧菌（vibrios）、螺旋菌（spirilla）等类型。
其中，球菌为球状或椭圆状，杆菌为长形或短杆状，弧菌为弧形，螺旋菌为螺旋形。
2. 生理特性分类细菌的生理特性也是分类的重要指标之一。
比如，光合细菌（photosynthetic bacteria）能利用光合作用合成有机物质，厌氧细菌（anaerobic bacteria）能在缺氧条件下生存和繁殖。
3. 生长条件分类根据细菌的生长条件不同，可以将其分为嗜热菌（thermophile）、嗜酸菌（acidophile）、嗜盐菌（halophile）等类型。
嗜热菌适应高温环境，嗜酸菌适应酸性环境，嗜盐菌适应高盐浓度环境。
细菌的命名通常遵循国际细菌命名法规定的规范。
该规范要求使用拉丁文或拉丁化的词根作为细菌的属名（genus），并加上表征特定种类的表名（specific epithet）。
例如，大肠杆菌（Escherichia coli）中，“Escherichia”为属名，“coli”为表名。
二、真菌的分类与命名真菌是一类具有真核细胞结构的微生物，包括酵母菌和霉菌等。
真菌根据其生活方式、营养特性和菌丝形态等进行分类。
1. 营养分类真菌的营养方式主要分为 saprophytes（腐生菌）和 parasites（寄生菌）。
腐生菌通过分解死物质为自己提供营养，寄生菌则寄生于其他寄主生物体上。
2. 菌丝形态分类真菌的菌丝形态也是分类的依据之一。
细菌的分类与命名-微生物命名规则
细菌的分类与命名-微生物命名规则细菌的分类与命名细菌分类学细菌分类学 (taxonomy)就是指对细菌进行分类、命名与判定的一门学科。
它的任务就是在全面认识细菌的生物学特色的基础上,研究它们的种类 ,探究其发源、演化以及与其她类群之间的亲缘关系,从而提出能反应自然发展的分类系统,并将细菌加以分门别类。
它包含三个方面:分类 (classification)、命名 (nomenclature)与鉴定 (identification) 。
一、基本观点1、细菌分类就是依据每种细菌各自的特色,并依照它们的亲缘关系分门别类 ,以不一样样级编排成系统。
分类有两种 :①以细菌的形态与生理生化特征为依照的表型特色分类法 ,包含有传统分类法 (classical classification)与数值分类法(numerical classification);②用化学剖析与核酸剖析,以细菌大分子物质 (核酸、蛋白质 )构造的同源程度进行分类称种系分类 (phylogenetic classification)或自然分类(natural classfication)。
2、细菌命名在分类基础上 ,赐予每种细菌一个科学名称,使之在生产实践、临床实践与科学研究工作中互相沟通成为可能。
依照细菌命名的法例,能保证全部的科研工作者以相同方式赐予细菌命名。
3、细菌判定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适合地点与已知细菌比较其相像性 ,用对照剖析方法确立细菌的分类地位。
若与已知细菌相同即采纳已知菌的名称 ,不一样者则按命名原则确立一个新名称。
二、分类等级细菌的分类等级与其她生物相同,挨次为界 (kingdom)、门(division) 、纲 (class)、目(order)、科 (family) 、属 (genus)、种 (species)。
细菌属于原核生物界 (procaryotae),包含有细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体与螺旋体。
微生物的分类和命名
因为同一菌种的不同菌株在产酶上种类或代谢物产量上会有很大的不同和 差别！
② 亚种(subspecies）或变种(variety)：
公同的祖先
（1）古细菌原界（Archaebacteria) ，包括产甲烷细菌、极 端嗜盐菌和嗜热嗜酸菌； （2）真细菌原界（Eubacteria) ，包括蓝细菌和各种除古 细菌以外的其它原核生物； （3）真核生物原界（Eucaryotes），包括原生生物、真菌、 动物和植物。
古细菌、真细菌和真核生物的比较
1.2 微生物的命名
微生物的名字有俗名和学名两种。如：
红色面包霉———粗糙脉孢霉 绿脓杆菌———铜绿假单胞菌
学名—是微生物的科学名称，它是按照有关微生物分类国际委员 会拟定的法则命名的。学名由拉丁词、或拉丁化的外来词组成。 学名的命名有双名法和三名法两种。
①双名法：由二个拉丁字或希腊字或拉丁化了的其它文字组成， 一般用斜体表示
如：Escherichia coli 可缩写成 E.coli Staphylococcus aureus可缩写成 S. aureus
②三名法 用于对亚种的命名，这时在属和种名后加写一个subsp.， 然后再附上亚种名称（斜排体）。 如：
Bacillus thuringiensis subsp. galleria
科(Family)：内孢霉科
属(Genus)：酵母属 种(Species)：啤酒酵母
• 种（species）：是一个基本分类单位；是一大群表型特
征高度相似、亲缘关系极其接近，与同属内其他种有明显差别 的菌株的总称。
微生物的分类与命名
微生物的分类与命名以啤酒酵母为例，它在分类学上的地位是：界(Kindom)：真菌界门(Phyllum)：真菌门纲(Class)：子囊菌纲目(Order)：内孢霉目科(Family)：内孢霉科属(Genus)：酵母属种(Species)：啤酒酵母（一）、微生物的分类单位界、门、纲、目、科、属、种种是最基本的分类单位每一分类单位之后可有亚门、亚纲、亚目、亚科...种的概念定义：种是一个基本分类单位，是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有明显差异的菌株的总称。
在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型菌株作为具体标本，它就是该种的模式种。
新种：sp.nov.或nov. sp.，新被鉴定的种发表时应在其学名后标上sp.nov.的符号，新种发表前应将其模式菌株的培养物存放在一个永久性的保藏机构，并应允许人们从中取得。
1. 种（species）：是一个基本分类单位；是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近，与同属内其他种有明显差别的菌株的总称。
①菌株（strain）: 表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体及其一切后代（起源于共同祖先并保持祖先特性的一组纯种后代菌群）。
因此，一种微生物的不同来源的纯培养物均可称为该菌种的一个菌株。
菌株强调的是遗传型纯的谱系。
例如：大肠埃希氏杆菌的两个菌株：Escherichia coli B 和Escherichia coli K12★菌株的表示法：★如果说种是分类学上的基本单位，那末菌株实际上是应用的基本单位，因为同一菌种的不同菌株在产酶上种类或代谢物产量上会有很大的不同和差别！微生物的分类单位-2②亚种(subspecies）或变种(variety)：为种内的再分类。
当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传形状，而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元——亚种。
变种是亚种的同义词，因“变种”一词易引起词义上的混淆，从1976年后，不在使用变种一词。
微生物分类与命名
是包膜 (envelope)外有棒状子粒 ,状如王冠
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常用的细菌分类术语
培养物（culture),是指一定时间一定空 间内微生物的细胞群或生长物。
菌株（strain)，从自然界分离得到的任 何一种微生物的纯培养物都可以称为微 生物的一个菌株；用实验方法（如通过 诱变）所获得的某一菌株的变异型，也 可以称为一个新的菌株，以便与原来的 菌株相区别。
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型（form或type),常指亚种以下的细分， 当同种或同亚种不同菌株之间的性状差 异，不足以分为心的亚种时，可以细分 为不同的型。
种（species),是生物分类中基本的分类 单元和分类等级。
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二. 微生物的命名
1.分类单元的命名 ⑴ 属名 属名用一个单数主格名词或当作名词用
2005年出版的《病毒分类：国际病毒分类委员会第八次 报告》，超过5450株病毒可以归类到3个病毒目、或73 个病毒科或73个病毒科、9个病毒亚科、287个病毒属、 1938个病毒种
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二、病毒的分类系统 1995年，由Murphy等整理发表了第六次病毒学分
类报告，将动物病毒分为三大类；第一类是DNA 病毒；第二类为DNA和RNA反录病毒；第三类是 RNA病毒。经过以后的几次修改和补充，2000年 出版了第7次分类报告，在部分科之上建立了3个 目，其中一个尾病毒目（Nidovirales），涉及噬菌 体，另2个目涉及动物病毒，分别是单负股病毒目 （Mononegavirales）和套式病毒目（Nidovirales）。 另外将卫星病毒、类病毒和朊病毒归在亚病毒类。 其中类病毒科的词尾为“viroidae”、属名词尾是 “viroid”。有关病毒分类与命名的现状详见表3-1。
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第三章微生物的分类(1.0～1.5学时)[内容提要]细菌的分类以种为基本单位，它的命名遵循“双名法“，用拉丁文。
什么是细菌的分类鉴定参照的标准，长期以来主要是根据其表型，目前则多考虑其种系发生关系，从基因水平进行分类，主要采取测定DNA碱基（G+C）mol%值、核酸分子杂交及16S rRNA 寡核苷酸编目等方法，尤其以后者最为常用。
分类的方法除用传统的双歧检索条目法外，目前普遍采用数值分类方法。
《伯吉氏系统细菌学手册》及《伯吉氏细菌鉴定手册》建立了细菌分类的公认体系。
“国际系统细菌学杂志”反映分类的最新研究成果。
根据表型特征建立了一套动物致病菌检测程序，商品化的快速鉴定系统已应用于常规细菌学鉴定。
细菌作为自然界中的生物广泛存在，而且不断进化和发展，种类繁多，性质各异。
人类出于认识自然的需要，对包括细菌在内的各种生物进行了分类和命名，并已形成了既定的体系和公认的准则。
将所有生物按其亲缘关系的亲疏和性状的相似程度，逐级归并划分为各种等阶的类群，建立起界(Kingdom)、门(Phylum)、纲(Class)、目(Order)、科(Family)、属(Genus)、种(Species)，以及有时在种下再分型(Type)的分类等阶。
在中间型过多而上述等阶不够用时，可曾设各级亚类，如亚门、亚纲、亚目、亚科、亚属、亚种和亚型等。
对整个生物的划分，有五界和六界划分两种观点，前者是将整个生物划分成动物界、植物界、真菌界、原核生物界和病毒界，而后者是将动物界中的原生动物另立一界，即原生生物界。
第一节细菌的分类地位细菌归属原核生物（Procaryote）界。
在原核生物中，细菌（Bacteria，又称真细菌Eubacteria）和古细菌（Archaea）是性质有别的两大类。
古细菌是一个独特的系统进化类别，其成员产甲烷、极端耐盐、高度嗜热，细胞壁组成与细菌不同。
这些极端微生物被认为是生物进化过程中的早期产物，因此称之为古细菌。
细菌作为另一个系统进化类别的原核生物，它包括对动物和人具有致病作用的衣原体、立克次体、霉形体、螺旋体、放线菌等，此外还涉及蓝细菌、紫色光合细菌等（图7-1）。
细菌的分类单元有纲、目、科、属、种，但是最重要、最基本的单元是种，其次是属。
科及其以上的划分在细菌学不太完善，而且随着研究的深入，科、属的划分会有变动。
1. 属（genera ，单数genus ）：是具有共同性状的若干种的组合，应与其它属有明显的差异。
不同属之间的16S rRNA 序列有较大的差异，但尚未提出差异的量化标准。
2. 种（species ）：是细菌学分类的最基本单元，种可认为是一群性质相似的菌株，它与其它菌株群体有明显差异。
种的概念比较抽象，根据表型特征，并不容易界定。
专家建议，根据16S 核糖体RNA 序列的异同，可作为定种的依据。
凡是16S rRNA 序列同源性大于97%的两株细菌，即可确定为同一种。
3. 菌株（strain ）：是不同来源的某一种细菌的纯培养物。
同一种细菌可有许多菌株，其主要性状应完全相同，其次要性状可稍有差异。
菌株的名称没有一定的规定，通常用地名或动物名的缩写加编号作菌株名。
第二节 细菌的命名细菌的命名依据“国际细菌命名法规”（The International Code of Nomenclature of Bacteria ）的规定，学名用拉丁文，遵循“双名法”。
所谓“双名法”就是每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分构成，属名第一个字母必须大写，其余均应小字，即使种名是以人名或地名命名的，种名头一个字母也用小写。
整个属名及种名在出版物中应排成斜体。
细菌的中文译名与拉丁名正好相反，将种名在前，属名在后。
常见细菌命名中一些规则和应注意的事项如下：1. 出现在分类学文献中的细菌拉丁文学名，在属名和种名之后，往往还要加上首次定名人（加括号）、现名定名人和现名定名年份，这些均用正体排字。
但在一般兽医学及医学微生图7-1 细菌的系统进化树（据Madigan ）（根据16S rRNA 寡核苷酸编目绘制）蓝细菌（C yanobacteria ）革兰氏阳性细菌（Gram-positive bacteria ）衣原体 （Chlamydiae ） 浮霉状菌及相关细菌 （Planctomyces and relatives ） 拟杆菌（Bacteroides ）黄杆菌（Flavobacteria ）螺旋体（Spirochetes ）异常球菌及相关细菌（Deinococci and relatives ） 绿非硫细菌（Green nonsulfur bacteria ）栖热袍菌（Thermotoga ） 产液菌/氢杆菌（Aquifex/Hydrogenobacter ）紫色光合细菌（Purple bacteria ） 绿硫细菌 （Green sulfur bacteria ）物学文献中，属名和种名之后的部分均予省略。
例如大肠埃希菌的学名全名是：Escherichia coli （Migula）Castellani et Chalmers 1919，指的是Migula于1895年命名此菌为Bacillus coli，Castellani及Chalmers于1919年改为现名的。
2. 拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规则读念，但由于受英语的影响，不少人是按英语的读法来读细菌拉丁文名，在国际学术交流中常常遭遇。
3. 只确定属名、未确定种名的某一株细菌，其拉丁文学名可在属名之后加sp.（正体字）；如果同属未定种名的若干菌株，则用spp.取代sp.，spp.为species复数的简写。
4. 如果是新种，在新种的拉丁文学名之后还要加上“sp. nov.”，nov是novel的缩写。
5. 亚种用subsp.（正体字）表示，这是subspecies的缩写，例如Pasteurella multocida subsp. septica，中译名为多杀性巴氏杆菌败血亚种。
过去还用var.（variety）表示变种，现已废止，用亚种取代。
6. 少数拉丁文学名会因研究的进展等原因而改变，比如Clostridium welchii（魏氏梭菌）、Aeromonas punctata（斑点气单胞菌）等是曾用名，现今的国外文献已不再沿用，分别改为Clostridium perfringens（产气荚膜梭菌）和Aeromonas caviae（豚鼠气单胞菌）。
7. 细菌的拉丁文学名在翻译为中文时，由于译者不同，往往同物异名，造成不必要的混乱。
为此应尽可能采用公认的译名，一般教科书的名称均比较规范，此外可查阅《细菌名称》第二版（蔡妙英等编，科学出版社，1998）。
8. 译名应尽可能准确，例如Edwardsiella tarda，应译为迟缓爱德华菌，trarda有迟缓或迟钝之意，该菌有运动力，并不迟钝，但生长缓慢。
9. 按照国家出版局的规定，细菌名称中涉及外国人名译为汉语时，除极少数特别著名、沿用已久者外，均省略“氏”字，除非取词头字母发音。
例如Brucella译为布氏杆菌属，Yersinia 译为耶尔森菌属；Pasteurella译为巴氏杆菌属，Listeria译为李氏杆菌属。
10. 按照国际细菌命名法规，属以下（包括属）无统一语尾，属以上有，例如目的语尾是-ales，螺旋体目是Spirochaetales；科的尾是-aceae，肠杆菌科是Enterobacteriaceae，假单胞菌科是Pseudomonadaceae。
第三节细菌分类鉴定的标准一、细菌的表型特征分类鉴定长期以来，细菌分类鉴定的主要依据是其表型（phenotype）特征，即形态、染色、培养、细胞壁结构、生理生化、抗原性以及对噬菌体的敏感性等特征。
这些表型特征对细菌的鉴定和分类具有很重要的作用，尤其是在临床微生物学的实践中，至今仍有应用价值。
例如沙门氏菌（Salmonella spp.）与大肠杆菌（E. coli ）按表型特征分为两个属，二者的16S rRNA 序列同源性约90%，按照目前的考虑，它们应归于同一个属，但是二者表型的区别对临床诊断十分重要，已被微生物学家所熟悉，因此几乎没有人赞同改变它们按表型确定的分类地位。
依据细菌的形态、培养特性可将细菌划分到科、属，再依据生理生化特性可将细菌划分到种。
另外，依据细菌的抗原性和噬菌体的敏感性进一步将细菌划分到型。
二、细菌的种系发生关系分类目前微生物学界普遍考虑的分类依据是细菌的种系发生关系（phylogenetic relationship ），即分析其基因特性，从而确定分类地位。
研究细菌的种系发生关系主要采用三种方法：测定DNA 碱基（G+C ）mol%、核酸分子杂交以及16S rRNA 寡核苷酸编目。
（一）DNA （G+C ）mol%值除RNA 病毒以外，各种生物都具有遗传物质DNA ，其DNA 的鸟嘌呤（G ）和胞嘧啶（C ）的摩尔百分数是恒定的（图7-2）。
微生物也一样，亲缘关系密切、表型高度相似的微生物往往有相似的（G+C ）mol%。
但是（G+C ）mol%只反映DNA 中碱基所占的百分数，并不表明序列，因此不同种的细菌，也可能有相近的（G+C ）mol%。
但是，可以肯定的是，（G+C ）mol%不同的细菌决不会属于同一种。
一般认为，此项差异超过5%时，就不可能属于同一种；相差超过10%时，则可为不同的属。
DNA 中（G+C ）mol%的测定可用化学或物理方法，不同方法所得结果可有差异。
目前多用物理方法解链（T m ）法。
解链（melting temperature, T m ）法 又译作熔解温度法，是将DNA 样本缓缓加热，随着碱基对间的氢键的断裂，DNA 在260 nm 处的吸收逐渐增加，出现约30%的增色效应。
出现增色效应一半时的温度，被称为T m 。
T m 与DNA （G+C ）mol%成线性相关，T m 值愈高，DNA （G+C ）mol%值也愈高。
测得DNA 的T m 值后，可按Marmur 等提出的公式计算DNA （G+C ）mol%。
该公式为：T m=69.3+0.41（G+C ）0102030405060708090100图7-2 各种生物的DNA （G+C ）mol%示意图（二）核酸分子杂交（DNA-DNA hybridization）其原理是将待检菌的DNA变性，其双链解为单链，而后与标记的参考菌株的单链DNA 或rRNA杂交，形成杂交DNA-DNA或DNA-rRNA。
两种细菌DNA中共同的核苷酸序列愈多，杂交的互补区愈多，二者的同源性就愈高，亲缘关系就愈近。
DNA-DNA的同源性通常以%表示，它是通过DNA-DNA杂交测得整修基因组中DNA碱基序列相似性的平均值。