生物化学第九章
生物化学第九章 蛋白质酶促降解和氨基酸代谢

线粒体 O
2ATP+CO2+NH3+H2O 1 H2N-C- P
氨甲酰磷酸
2ADP+Pi
谷氨酸
-酮戊
谷氨酸 二酸
-酮戊
鸟氨酸
2
二酸
氨基酸
鸟氨酸
O
NH2尿-C素-NH2
尿素循环
5
瓜氨酸 瓜氨酸
3
氨基酸
-酮戊 二酸
氨基化 非必需氨基酸
合成
糖或脂类
生糖氨基酸:脱氨基后的酮酸在特定 条件下通过糖的异生作用转变为糖。
生酮氨基酸:脱氨基后的酮酸经代 谢产生乙酰CoA则不能再异生为糖,
只能转变为酮体或脂肪酸。
氧化
生糖兼生酮氨基酸:脱氨基后的酮 酸既可异生为糖又可以转变为酮体
CO2 + H2O + ATP
20种氨基酸通过各自途径形成α-酮酸,但最后集中 形成5个中间产物(乙酰CoA、α-酮戊二酸、草酰
乙酸、琥珀酰CoA、延胡索酸)进入TCA
(1) α-酮酸再合成氨基酸
α-氨基酸
α-酮戊二酸
转氨酶
NH3+NADH
L-谷氨酸脱氢酶
H20+NAD+
α-酮酸
L-谷氨酸
α-酮戊二酸利用氨生成谷氨酸是α-酮酸合成氨基酸主要途径,谷氨酸的 氨基能转到任何一种α-酮酸上面,从而形成各种氨基酸.
(2)生糖和生酮氨基酸种类
迄今发现的转氨酶都以磷酸吡哆醛(PLP) 为辅基,它与酶蛋白以牢固的共价键形式结 合。
氧化脱氨基作用
定义:-AA在酶的作用下,生成-酮酸 和氨,同时伴有脱氢氧化的过程。
《生物化学》第九章

- 19 -
第二节 糖的分解代谢
三、三羧酸循环
(一)三羧酸循环的化学历程
三羧酸循环的过程包括 8 步反应。丙酮酸氧化 脱羧生成的乙酰 CoA 首先与草酰乙酸缩合成含三 个羧基的柠檬酸,紧接着,柠檬酸在一系列酶的作 用下,经过 4 次脱氢和 2 次脱羧反应,又重新生成 草酰乙酸。
- 20 -
第二节 糖的分解代谢
烯醇式丙酮酸 自发丙酮酸
- 10 -
第二节 糖的分解代谢
一、糖酵解
(二)糖酵解途径的调控点
糖酵解代谢途径中存在三个调控点,即三个 不可逆的单向反应,对应的三个关键酶为己糖激 酶、磷酸果糖激酶和丙酮酸激酶。关键酶的活性 受到代谢物(包括ATP、ADP)和激素(如胰岛 素、胰高血糖素)等的周密调控,对机体代谢的 正常运行有重要作用。
-酮戊二酸+CO
2+NADH+H+
(4)α- 酮戊二酸氧化脱羧 -酮戊二酸+NAD++CoASH -酮戊二酸脱氢酶系琥珀酰CoA+NADH+H++CO2
- 22 -
第二节 糖的分解代谢
三、三羧酸循环
(5)琥珀酰 CoA 生成琥珀酸 琥珀酰CoA+GDP+Pi 琥 珀 酰CoA合成酶琥珀酸+GTP+CoASH
3-磷酸甘油 醛脱氢
1,3-二磷酸甘 油酸生成3磷酸甘油酸
3-磷酸甘油 酸生成2-磷 酸甘油酸
2-磷酸甘油 酸生成烯醇 式丙酮酸
丙酮酸 的生成
磷酸甘油酸变位酶
3-磷酸甘油酸 Mg 2+ 2-磷酸甘油酸
磷酸烯醇式丙酮酸+ADP
丙酮酸激酶 Mg2+或K+
烯醇式丙酮酸+ATP
3-磷酸甘油醛+NAD++Pi 3-磷酸甘油醛脱氢酶1,3-二磷酸甘油酸+NADH+H+
为某些物质的合成提供原料
生物化学第九章-核苷酸代谢

第九章核苷酸代谢一、核苷酸类物质的生理功用:核苷酸类物质在人体内的生理功用主要有:①作为合成核酸的原料:如用ATP,GTP,CTP,UTP合成RNA,用dA TP,dGTP,dCTP,dTTP合成DNA。
②作为能量的贮存和供应形式:除ATP之外,还有GTP,UTP,CTP等。
③参与代谢或生理活动的调节:如环核苷酸cAMP和cGMP作为激素的第二信使。
④参与构成酶的辅酶或辅基:如在NAD+,NADP+,FAD,FMN,CoA中均含有核苷酸的成分。
⑤作为代谢中间物的载体:如用UDP携带糖基,用CDP携带胆碱,胆胺或甘油二酯,用腺苷携带蛋氨酸(SAM)等。
二、嘌呤核苷酸的合成代谢:1.从头合成途径:利用一些简单的前体物,如5-磷酸核糖,氨基酸,一碳单位及CO2等,逐步合成嘌呤核苷酸的过程称为从头合成途径。
这一途径主要见于肝脏,其次为小肠和胸腺。
嘌呤环中各原子分别来自下列前体物质:Asp → N1;N10-CHO FH4 → C2 ;Gln → N3和N9 ;CO2 → C6 ;N5,N10=CH-FH4 → C8 ;Gly → C4 、C5 和N7。
合成过程可分为三个阶段:⑴次黄嘌呤核苷酸的合成:在磷酸核糖焦磷酸合成酶的催化下,消耗ATP,由5'-磷酸核糖合成PRPP(1'-焦磷酸-5'-磷酸核糖)。
然后再经过大约10步反应,合成第一个嘌呤核苷酸——次黄苷酸(IMP)。
⑵腺苷酸及鸟苷酸的合成:IMP在腺苷酸代琥珀酸合成酶的催化下,由天冬氨酸提供氨基合成腺苷酸代琥珀酸(AMP-S),然后裂解产生AMP;IMP也可在IMP脱氢酶的催化下,以NAD+为受氢体,脱氢氧化为黄苷酸(XMP),后者再在鸟苷酸合成酶催化下,由谷氨酰胺提供氨基合成鸟苷酸(GMP)。
⑶三磷酸嘌呤核苷的合成:AMP/GMP被进一步磷酸化,最后生成A TP/GTP,作为合成RNA的原料。
ADP/GDP则可在核糖核苷酸还原酶的催化下,脱氧生成dADP/dGDP,然后再磷酸化为dATP/dGTP,作为合成DNA的原料。
生物化学--第九章 脂类物质的合成与分解

2. 合成原料乙酰CoA的准备 ⑴ 乙酰CoA的来源及转运 乙酰CoA的来源:线粒体内的丙酮酸氧化脱羧、 脂肪酸β氧化、氨基酸氧化。 乙酰CoA的转运:通过“柠檬酸穿梭”从线粒 体转运到胞液。
乙酰CoA的转运:“柠檬酸循环”
每次循环产生1 分子NADPH
⑵ 丙二酸单酰CoA的合成 脂肪酸合成中,除起始一分子乙酰CoA以外,所
β -酮脂酰 ACP合成酶
③缩和反应
β -酮脂酰 ACP还原酶
④还原反应
β -羟脂酰 ACP脱水酶
⑤脱水反应
烯脂酰ACP 还原酶
⑥再次还原
丙二酸单酰CoA
酰基转移
丁酰ACP
缩和反应 再次还原
乙酰乙酰ACP
巴豆酰ACP
首次还原
β-羟丁酰ACP
脱水反应
⑦ 水解或硫解反应
硫酯酶
棕榈酰ACP+H2O
是指脂肪酸的末端甲基(ω端)经氧化转变为 ω羟脂酸,继而再氧化为α,ω-二羧酸的过程。
㈣、不饱和脂肪酸的氧化
羟脂酰CoA 变位酶 烯脂酰CoA 异构酶
软脂酸从头合成与β氧化的区别
从头合成 细胞中部位 酶系 酰基载体 二碳片段 细胞质 6种酶组成的多酶复合体 ACP 丙二酸单酰CoA β氧化 线粒体 4种酶分散存在 CoA 乙酰CoA
硫解酶
棕榈酸+ACP-SH
棕榈酰ACP+HSCoA
棕榈酰CoA+ACP-SH
由于β-酮脂酰ACP合酶只对2C~14C的酯酰具有 催化活性,故从头合成途径只能合成16C及以下的 饱和脂酰ACP。
β -酮脂酰 ACP合成酶
由乙酰CoA从头合成棕榈酸的总反应式为:
8 CH3CO-SCoA + 7 ATP + 14 ( NAPH + H+ ) + H2O CH3(CH2)14COOH + 8 CoA-SH + 7 ADP + 14 NADP+ + 7 Pi
生物化学9第九章 氨基酸代谢

蛋白水解酶作用示意图
氨基肽酶
内肽酶
羧基肽酶
氨基酸 +
二肽酶 氨基酸
⑵小肠黏膜细胞的消化酶水解寡肽为氨基酸 ——在小肠黏膜细胞中进行
主要是寡肽酶(oligopeptidase)的作用, 例如氨基肽酶(aminopeptidase)及二肽 酶(dipeptidase)等, 最终产生氨基酸。
(四)氨基酸的吸收
主要在小肠进行,是一种主动转运过程, 需由特殊载体蛋白携带。
转运氨基酸或小肽进入细胞时,同时转 运入Na+,三者形成三联体。
Na+借Na+泵排出细胞外,消耗ATP。 此吸收过程存在于小肠黏膜细胞,肾小
管细胞和肌细胞等细胞膜上。
七种类型的载体蛋白:
中性氨基酸载体
β
酸性氨基酸载体
碱性氨基酸载体
(五)未被吸收的蛋白质被肠道细菌代谢
蛋白质的腐败作用(putrefaction)
在消化过程中,有一小部分蛋白质未被消化或虽 经消化、但未被吸收,进入肠道。
肠道细菌对这部分蛋白质及其消化产物的代谢叫 蛋白质的腐败作用。
腐败作用的产物大多有害,如胺、氨、苯酚、吲哚等; 也可产生少量的脂肪酸及维生素等可被机体利用的 物质。
H2O
(CH2)2 COOH NAD(P)+ (CH2)2 COOH
L-谷氨酸
O
C COOH + NH3
(CH2)2 COOH
α-酮戊二酸
L-谷氨酸脱氢酶 L-谷氨酸脱氢酶催化L-谷氨酸氧化脱氨基
酶存在于肝、脑、肾中,催化反应可逆。 一般情况下,反应偏向于谷氨酸合成。
(二)丙酮酸和草酰乙酸通过转氨基作用生成 丙氨酸和天冬氨酸
生物化学第九章氨基酸代谢

氨基甲酰磷酸合成酶Ⅰ(CPS-Ⅰ)
+
N-乙酰谷氨酸,Mg2
COOH
CH3C-NH-CH O (CH2)2 COOH
氨基甲酰磷酸
2. 瓜氨酸的合成 (在线粒体中进行)
NH2
NH2 (CH2)3 CH NH2
C
NH2
O
+
C
O
鸟氨酸氨基甲酰转移酶
NH (CH2)3
COOH
O ~PO32-
H3PO4
CH
NH2
二、蛋白质的营养价值和需要量
(一)氮平衡:
指每天N的摄入量和排出量的关系,它能反映体 内蛋白质代谢的概况。
氮平衡有三种情况:
1、氮的总平衡:摄入N量=排出N量,正常成人属此情况
2、氮的正平衡:摄入N量>排出N量,儿童、孕妇、恢复期病人
3、氮的负平衡:摄入N量<排出N量,如饥饿、消耗性疾病患者
(二)生理需要量:
γ-谷氨酰 氨基酸 氨基酸
COOH
γ-谷氨 酸环化 转移酶
COOH NH CH R
H2NCH R
COOH H2NCH R
氨基酸
C O
γ -谷 氨酰 基转 移酶
半胱氨酰甘氨酸 (Cys-Gly)
(关键酶)
谷胱甘肽 GSH
甘氨酸
二肽 5-氧脯氨酸 5-氧脯 酶 氨酸酶 半胱氨酸
ATP ADP+Pi
ADP+Pi ATP
转氨基和嘌呤核苷酸循环偶联
(一)转氨基作用(transamination) 1. 定义
在转氨酶 (transaminase) 的作用下,某一氨 基酸脱去α-氨基生成相应的α-酮酸,而另一种α酮酸得到此氨基生成相应的氨基酸的过程。
专科(生物化学)第9章 核苷酸代谢

酸提供氨基合成腺苷酸代琥珀酸(AMP-S),然后
裂解产生AMP;
• IMP也可在IMP脱氢酶的催化下,以NAD+为受氢体,
脱氢氧化为黄嘌呤核苷酸(XMP),后者再在鸟苷 酸合成酶催化下,由谷氨酰胺提供氨基合成鸟苷酸 (GMP)。
2、AMP和GMP的生成
HOOCCH2CHCOOH
NH2 NH C N C N C 延胡索酸 N HN C CH CH HC C N N HC C 腺苷酸代琥珀 N N R-5'-P
1.嘌呤类似物:
6-巯基嘌呤(6MP)、6-巯基鸟嘌呤、 8-氮杂鸟嘌呤
其中, 6MP临床应用较多.其化学结构与次黄嘌
呤相似,并可在体内转变成6MP核苷酸.因而可抑 制IMP转变为AMP及GMP;可通过竞争性抑制影 响次黄嘌呤-鸟嘌呤磷酸核糖转移酶(HGPRT)而 阻止了补救合成途径;还可反馈抑制PRPP酰基转
MTX
AICAR FAICAR
6MP
IMP
AMP
PPi
A
PRPP
6MP
GMP
PPi
I G
PRPP
氮杂丝氨酸
嘌呤核苷酸抗代谢物的作用
6MP
二、
嘧啶核苷酸的合成
合成途径:
从头合成
补救合成
嘧啶核苷酸的结构
(一)嘧啶核苷酸的从头合成
•定义
嘧啶核苷酸的从头合成是指利用磷
酸核糖、氨基酸、二氧化碳等简单物
2.体内某些组织器官,如脑、骨髓等只能进行补
救合成。
(基因缺陷导致HGPRT完全缺乏的患儿,表现为自
毁容貌征或称: Lesch-Nyhan综合征 )
1、病因:
自毁容貌症(Lesch-Nyhan综合症)
生物化学第九章蛋白质的酶促降解和氨基酸的代谢

1 H N-C- P 2
氨甲酰磷酸
2ADP+Pi
谷氨酸
-酮戊 二酸
谷氨酸
鸟氨酸
2
瓜氨酸 氨基酸
-酮戊 二酸
氨基酸 鸟氨酸 O NH2-C-NH2 尿素
瓜氨酸
谷氨酸 天冬氨酸
5
精氨酸
尿素循环
精氨琥珀酸
3
4
草酰乙酸
延胡索酸
细胞溶液
植物体含有脲酶,尤其是在豆科植物种子中 脲酶活性较大,能专一地催化尿素水解并放出氨, 反应式如下:
2、转氨基作用
R1-CH-COO|
NH+3
α -氨基酸1
R2-C-COO|| O
α-酮酸2
R1-C-COO|| O
α-酮酸1
R2-CH-COO| NH+3
转氨酶
(辅酶:磷酸吡哆醛)
α-氨基酸2
要点:
①反应可逆。
②体内除Lys、Gly、Thr、Pro和羟脯氨 酸外,大多数氨基酸都可进行转氨基作 用。 ③转氨酶均以磷酸吡哆醛为辅酶。磷酸吡 哆醛是VB6的衍生物。反应中起传递氨 基的作用。
活性中心含有 Zn2+ 、 Mg2+等 金属
3、4、2、4
金属蛋白酶类 (metallopritelnase)
枯草杆菌蛋白酶 嗜热菌蛋白酶
3.消化道内几种蛋白酶的专一性
氨肽酶
(Phe.Tyr.Trp) (Arg.Lys)
羧肽酶 羧肽酶
(Phe. Trp)
(脂肪族)
胃蛋白酶
胰凝乳 蛋白酶
弹性蛋白酶
胰蛋白酶
异亮氨酸 甲硫氨酸 缬氨酸
琥珀酰CoA
-酮戊二酸
氨基酸碳骨架进入三羧酸循环的途径
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
随机性切割
特异性切割
24-26bp处
限制性核酸内切酶的命名
限制性核酸内切酶的命名
属名
种名 株名
Haemophilus influenzae d 嗜血流感杆菌d株
H i n d III H i n d III
同一菌株中所含的多个不同的限制性核酸内切酶
限制酶前面要带上R(Restriction), 修饰酶前面要带上M(Modification)。
一、核 酸 酶
1、核酸酶的分类
(1)根据对底物的 专一性分为
核糖核酸酶(RNase) 脱氧核糖核酸酶(DNase)
非特异性核酸酶
核酸内切酶 (2)根据切割位点分为 核酸外切酶
2、核酸酶的作用特点
外切核酸酶对核酸的水解位点
BBBBBBBB
5´ p
p
p
p
p
p
p
p
OH 3´
牛脾磷酸二酯酶
( 5´端外切
第九章 核酸的降解与核苷酸代谢
本章重点与难点 重点:了解核酸的酶促降解及核苷酸合成 与分解途径特点,掌握嘌呤环、嘧啶环的 原子来源;了解核苷酸水解酶类,特别是 限制性内切酶作用的特点。 难点:嘌呤核苷酸与嘧啶核苷酸合成途径 异同点,不同种类的生物分解嘌呤碱的终 产物。
第一节 核酸的酶促降解
食物核蛋白
甲酰THFA
IMP的 生物 合成
甲酰甘氨咪核苷酸
甲酰甘氨酰胺核苷酸
甘氨酰胺核苷酸
5-氨基咪唑核苷酸 5-氨基咪唑-4-羧核苷酸
5-氨基咪唑-4-琥珀 基-甲酰胺核苷酸
次黄嘌呤核苷酸
(IMP)
5-甲酰氨基咪唑4-氨甲酰核苷酸
5-氨基咪唑-4氨甲酰核苷酸
IMP转变为GMP和AMP
嘌呤核苷酸合成补救途径
-3’
3’-
CTTAA G
-5’
② 3’端凸出(如Pst I切点)
5’-
CTGCAG
-3’
3’-
GACGTC
-5’
5’-
CTGCA
G
-3’
3’-
G
ACGTC
-5’
3. III类限制性内切酶
在完全肯定的位点切割DNA,但反应 需要ATP、 Mg2+和SAM(S-腺苷蛋氨 酸)。
EcoP1: AGACC EcoP15: CAGCAG
蛇毒磷酸二酯酶
( 3´端外切
双链核酸外切酶:核酸外切酶 III(ExoIII),特异
性地从3‘ 端外切
双链核酸外切酶:l 核酸外切酶( lExo),特异
性地从5‘ 端外切
单链核酸外切酶:核酸外切酶VII(ExoVII)
Bal31核酸酶单链内切双链外切的核酸酶
二、限制性内切酶
细菌细胞内存在的一类能识别一定特异序 列并水解外源DNA的一类酶称为限制性内切酶 (ristriction endonuclease)。
1970年,Smith和Wilcox从流感嗜血杆菌中分离纯化 了第一个II型限制性核酸内切酶Hind II。
限制性核酸内切酶的类型
1. I型限制性内切酶
首先由M. Meselson和R. Yuan在1968年从 大肠杆菌 B株和 K株分离的。
如 EcoB和 EcoK。 (1)识别位点序列
未甲基化修饰的特异序列。
EcoB: TGA(N)8TGCT EcoK:AAC(N)6GTGC
(2)切割位点
在距离特异性识别位点约1000—1500 bp 处随机切开一条单链。
Recognize site
cut
(3)作用机理
1-1.5kb
需ATP、Mg2+和SAM(S-腺苷蛋氨酸)。
2. II类限制性内切酶 首先由H.O. Smith和K.W. Wilcox在1970 年从流感嗜血菌中分离出来。 分离的第一个酶是Hind Ⅱ
一、核糖核苷酸的生物合成
1、嘌呤核苷酸的生物合成
(1) 从头合成途径 (2) 补救途径
2、嘧啶核苷酸的生物合成
(1) 从头合成途径 (2) 补救合成途径(自学)
1、嘌呤环上各原子的来源
来自CO2
来自天冬氨酸
来自甘氨酸
来自“甲酸盐”
来自“甲酸盐”
来自谷氨酰胺的酰胺氮
5-磷酸核糖焦磷酸
甘氨酸
5-磷酸 核糖胺
蛋白质
核酸(RNA与DNA)
(磷酸二酯酶) 胰核酸酶
单核苷酸
RNA酶 DNA酶
(磷酸单酯酶) 胰、肠核苷酸酶
排出,很 少利用
磷酸
核苷
(水解或磷酸解) 核苷酶
核酸的消化
碱基
戊糖或磷酸戊糖
第一节 核酸的酶促降解
核酸酶
核苷酸酶 核苷磷酸化酶
核酸 核苷酸
核苷
碱基+戊糖-1-P
磷酸
一、核酸酶
二、限制性内切酶
(1)识别位点序列
未甲基化修饰的双链DNA上的特殊靶序 列(多数是回文序列)。 与DNA的来源无关。
(2)切割位点
识别位点处。
切开双链DNA。形成粘性末端(sticky end)或平齐末端(blunt end)。如:
EcoR I 5’-GAATTC-3’ 3’-CTTAAG-5’
Pst I 5’-CTGCAG-3’ 3’-GACGTC-5’
用途不大。
限制性核酸内切酶的类型
主要特性
I型
II 型
III 型
限制修饰 蛋白结构
多功能 异源三聚体
单功能 同源二聚体
双功能 异源二聚体
辅助因子 ATP Mg2+ SAM
Mg2+ ATP Mg2+ SAM
识别序列
TGAN8TGCT AACN6GTGC
旋转对称序列 GAGCC CAGCAG
切割位点 距识别序列1kb处识别序列内或附近 距识别序列下游
第二节 核苷酸的降解
核苷酸酶 核苷磷酸化酶
核苷酸
核苷
碱基+(脱氧)戊糖-1-P
磷酸
一、嘌呤的降解
二、嘧啶的降解
嘌 呤 的 分 解
嘧 啶 的 分 解
第三节 核苷酸的合成代谢
一、核糖核苷酸的生物合成 二、脱氧核糖核苷酸的生物合成
三、单核苷酸转变成核苷二磷酸和核苷 三磷酸(自学)
四、各种核苷酸的相互转变
EcoR V 5’-GATATC-3’ 3’-CTATAG-5’
产生平齐末端
产生粘性末端
(3)粘性末端(sticky ends,cohensive ends) 含有几个核苷酸单链的末端。
分两种类型: ① 5’端凸出(如EcoR I切点)
5’-
GAATTC-Leabharlann ’3’-CTTAAG
-5’
5’-
G AATTC
磷酸核糖转移酶
嘌呤+PRPP
宿主的限制和修饰现象
大肠杆菌B
4×10 — 4
1 1
大肠杆菌K
10 — 4
E.O.P 成斑率 efficiency of plating
50年代初发现了由寄主控制的限制和修饰现象
酶切位点 不被修饰
噬菌体DNA 被切割
酶切位点 被修饰
基因组DNA 不被切割
限制—修饰的酶学假说
1968年,Meselson 和Yuan发现了I型限制性核酸内切 酶;