一文参透：lncrna研究思路、模式和数据库应用知识讲解
LncRNA：LncRNA的前世今生以及临床思路分析
LncRNA：LncRNA的前世今生以及临床思路分析前言：近年来，LncRNA相关研究在国内外的热度居高不下，早在1991年，Xist 调控X染色体的失活就登上Nature，但当时认为这只是一种特殊情况。
2007年Howard Chang在Cell上发表题为“Functional demarcation of active and silent chromatin domains in human HOX loci by noncoding RNAs”的论文（图1），正式开启了LncRNA火热的十年。
接下来从以下8个方面来介绍：LncRNA的定义、LncRNA的发现、LncRNA的分类、LncRNA的功能、LncRNA的作用模式、LncRNA的争议、LncRNA的常用数据库以及LncRNA的研究模式。
图1图2-谷歌学术显示该文章引用量高达2854次一、LncRNA的定义LncRNA(Long non-coding RNA)，是长度大于200个核苷酸的非编码RNA，一些LncRNAs，长度超过90kb，也被称为macroRNA，如Airn 和KCNQ1OT1。
标准“非编码”是指在转录本中缺少开放阅读框和/或保守密码子，2011年Cell发表论文表明LncRNA可以被核糖体吸引，其中一些能翻译产生小肽（图3）。
编码肽的能力与转录产物充当功能性RNA的能力并不一定冲突，事实上，越来越多的证据表明双功能转录产物既可以作为蛋白质模板，也可以作为LncRNAs。
图3-Cell论文证实LncRNA能翻译产生小肽二、LncRNA的发现LncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II 转录的副产物，不具有生物学功能。
然而，1991年，Nature等杂志刊文证实Xist参与X染色体失活的调控（图4）。
此后越来越多的研究表明，LncRNA在众多生命活动过程中发挥重要作用，LncRNA开始引起人们广泛的关注。
一文参透：lncrna研究思路、模式和数据库应用知识讲解
一文参透：l n c r n a研究思路、模式和数据库应用一文参透：lncRNA研究思路、模式和数据库应用...作者：解螺旋.老谈导语当很多小伙伴还徘徊在miRNA时，lncRNA已经横空出世，还没得来得及反应过来lncRNA到底是怎么回事时，circRNA又开始崭露头角了。
科研就是这样，你落后一步，便步步落后，跟娶媳妇生孩子是一样一样的。
说回正题，应部分解螺旋粉丝的要求，今天老谈帮大家整体梳理了曾经红极一时、目前热度不减的IncRNA的研究思路和模式以及相关工具，希望能对那些想在IncRNA研究上有所作为的小伙伴能助上一臂之力。
lncRNA研究思路IncRNA参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程。
很多人看到lncRNA的热度还没有过去，经常会问老谈如果没有相关的工作基础，如何开始lncRNA的研究?今天我们就褪去虚伪外衣，研究的大方向是这样子的：1. 寻找到lncRNA分子2. lncRNA分子表型研究3. lncRNA 通过何种机制调节表型？老谈将这些研究方向及实验手段按层次的方式绘成流程图，如下所示：首先，是样本的准备与收集。
高质量的样本是实验结果具有可靠性的前提。
其次，是lncRNA检测。
可以先通过芯片的方式高通量筛选到目的基因，然后通过q-PCR或Northern blot的方法验证所得到的芯片结果。
再次，其研究方向根据研究目的而定。
如果是研究生物标志物，那么可以通过收集更多的临床样本，研究lncRNA对疾病的指示作用。
如果是研究其功能，则是研究其细胞表型、分子表型及机制。
小伙伴们是不是觉得这和miRNA的总体研究思路相似呢？这时可以根据各自的实验平台条件选择相应的研究。
值得注意的是，lncRNA的功能研究并不像miRNA一样通过3’UTR影响翻译套路，总的来说lncRNA机制研究套路还不成熟。
对于很多科研工作者而言，lncRNA分子的获得及其细胞表型的获得并非难事，关键在于如何进行下一步研究，这时候就要涉及到对功能研究的定位。
长链非编码RNALncRNA研究，读这篇文章就足够了！
长链⾮编码RNALncRNA研究，读这篇⽂章就⾜够了！1.认识⼀下长⾮编码RNA定义⾮编码RNA (non-coding RNA，ncRNA)指不翻译成多肽的RNA。
按照长度不同，短于200nt的归为⼩⾮编码RNA (small ncRNAs，sncRNAs)，长于200nt的归为长⾮编码RNA (longncRNAs，lncRNAs)。
分类根据染⾊体上与编码基因的相对位置将lncRNA分为反义型(antisense lncRNAs)、内含⼦型(intronic lncRNAs)、反向型(divergent lncRNAs)、基因间型(intergenic lncRNAs)、启动⼦上游型(promoter upstream lncRNAs)、启动⼦型(promoter-associated lncRNAs)、转录起始位点型(transc ription start site-associated lncRNAs) [1, 2] (图1)。
图1. 根据染⾊体上与编码基因的相对位置对ncRNA进⾏分类。
lncRNAs作⽤范围⼴泛，机制⾮常复杂，这⾥从基因调控的⾓度重点讲⼀讲。
为了⽅便⼤家的理解，咱们来看看lncRNA的特点。
简单讲，lncRNA的本质是RNA，是由核苷酸组成的长链，有以下⼏个优势：(1) 可以轻松的与同源DNA序列(转录lncRNA的基因以及序列相似的基因)结合；(2) 可以轻松的与同源RNA序列结合；(3) 其丝带般的特点可以折叠成复杂的⼆级结构，轻松与多种蛋⽩质结合。
也就是说，lncRNA情商极⾼，与上层领导(DNA)关系暧昧，与同事(RNA)关系很铁，与下属(蛋⽩质)关系紧密。
这样⼋⾯玲珑的lncRNA那肯定是相当吃得开啊。
2.lncRNA参与转录前调控顾名思义，转录前调控就是对转录事件发⽣之前的准备阶段进⾏调控，主要指染⾊质开放或关闭状态的调控——想要使原来不转录的基因开启转录，就需要染⾊质从关闭状态转换为开放状态；想要使原来转录的基因不再转录，就需要染⾊质从开放状态转换为关闭状态。
外泌体lncRNA芯片研究方法及思路
外泌体lncRNA芯片研究方法及思路
一、技术简介
外泌体(Exosome)是由细胞分泌而来的微小囊泡，直径约为30-200 nm，形态也呈现出多样性。
长链非编码RNA（long non-coding RNA）是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白的RNA。
近年来的研究表明lncRNA能在标贯遗传、转录及转录后水平上调控基因表达，参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程，与人类疾病的发生、发展和防治都有着密切联系。
lncRNA芯片对lncRNA进行功能研究也被更多的关注，通过设计不同的lncRNA探针，可以更加快速、高通量地筛选出疾病或特定生物学过程中差异表达的lncRNA和mRNA信息，最终找到lncRNA的靶基因位点深入分析调控机制。
二、测序流程：
1. RNA提取
2. 逆转录合成cDNA1链
3. 合成cDNA2链
4. 体外转录合成cRNA
5. 随机引物合成正义链DNA
6. DNA产物片段化
7. Cy3标记
8. 芯片杂交
9. 数据分析
三、数据分析
1. 芯片数据质控和标准化
2. 主成分分析
3.mRNA表达模式聚类分析
4. GO富集分析
5. KEGG富集分析
6. lncRNA表观模式聚类分析。
lncRNA研究策略与技术
lncRNA研究策略与技术研究背景：长链非编码RNA(long noncoding RNA，lncRNA)是一类不编码蛋白的RNA分子，长度在200 bp 以上，起初被认为是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能；近期的研究说明lncRNA具有保守的二级结构，可以与蛋白、DNA和RNA相互作用，参与多种生物学过程的调控，尤其在肿瘤当中发挥了重要的调控角色，如染色质修饰、转录激活和抑制、转录后调解以及作为miRNA的诱导分子干扰基因的表达等，图1所示。
随着高通量测序技术的发展，越来越多的lncRNA被注释，但是绝大多数的lncRNA的功能仍然不清楚，因此lncRNA的研究是一片非常广阔的未知领域，具有极大的研究价值和意义。
图1. lncRNA参与肿瘤生物学调控，红色线状图表示lncRNA锐博生物提供研究思路：差异lncRNA筛选的研究方法：案例解读：案例(一)RNA seq发现lincRNA1. 2011年，Rinn研究小组对24种组织样本进行RNA测序发现了8000多个人的lincRNAseq预测lincRNAlincRNA的数量及交集及用软件组装的结果2. lincRNA的表达具有组织特异性图3. lincRNA和mRNA在不同组织当中的表达情况案例(二)lncRNA可以成为各种肿瘤的生物标志物2012斯坦福大学医学院研究人员进行首个大型的癌症lncRNA表达谱分析。
对64个肿瘤样品高通量测序，在各种肿瘤类型之间找出差异表达的1065个已知的以及1072新的lncRNA。
lncRNA表达谱分析案例(三)lncRNA表达谱芯片结合lncRNA-mRNA共表达网络筛选关键lncRNA第二军医大学的研究人员利用2/3肝部分切除(PH)小鼠在不同的时间点，针对肝脏再生过程进行了全基因组lncRNA芯片表达谱分析。
通过lncRNA和mRNA共表达网络分析找到了一个非常有意义的长链非编码RNA(lncRNA-LALR1)，并结合体内外实验证实在肝再生过程中lncRNA-LALR1通过激活Wnt/β-Catenin信号加速细胞周期进程，促进了肝细胞增殖。
医学 lncRNA 测序——一站式解读 lncRNA 和 mRNA
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经过5年快速发展，诺禾致源建立了目前国内通量规模最大的基因测序平台和领先的高性能的计算平台，拥有20台 HiSeq X Ten、11台 HiSeq 4000／2500／2000、4台 MiSeq、1台 NextSeq 500 和 5台 Life Ion Proton 等最先进的基因测序仪；高性能计算平台目前物理核数8796个，计算峰值速度 170Tflops，总内存 42TB，总存储 6.2PB；同时，已申请88项软件著作权，41余项发明专利。
公司已完成了近10,000个项目，帮助全球7,000多客户完成了超过140,000个样品的测序工作，成果发表于 Science、Nature 等多个顶级学术期刊上，截止2016年4月共计140余篇，累计影响因子超过800。
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凭借优质的测序服务，通过与世界各地的医疗、教育和研究机构开展合作，诺禾致源取得了飞速发展。
本研究通过 RNA-seq 发现样本之间的 lncRNA 存在表达变异性，而且比具有蛋白编码功能的 mRNA 变异性更大。
鉴定低丰度和高组织特图1 lncRNA 表达变异性高于 mRNA肿瘤发育遗传领域的“暗物质” 一个关乎生老病死的课题。
一文参透：lncrna研究思路、模式和大数据库应用
一文参透：lncRNA研究思路、模式和数据库应用...作者：解螺旋.老谈导语当很多小伙伴还徘徊在miRNA时，lncRNA已经横空出世，还没得来得及反应过来lncRNA到底是怎么回事时，circRNA 又开始崭露头角了。
科研就是这样，你落后一步，便步步落后，跟娶媳妇生孩子是一样一样的。
说回正题，应部分解螺旋粉丝的要求，今天老谈帮大家整体梳理了曾经红极一时、目前热度不减的IncRNA的研究思路和模式以及相关工具，希望能对那些想在IncRNA研究上有所作为的小伙伴能助上一臂之力。
lncRNA研究思路IncRNA参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程。
很多人看到lncRNA的热度还没有过去，经常会问老谈如果没有相关的工作基础，如何开始lncRNA的研究?今天我们就褪去虚伪外衣，研究的大方向是这样子的：1. 寻找到lncRNA分子2. lncRNA分子表型研究3. lncRNA 通过何种机制调节表型？老谈将这些研究方向及实验手段按层次的方式绘成流程图，如下所示：首先，是样本的准备与收集。
高质量的样本是实验结果具有可靠性的前提。
其次，是lncRNA检测。
可以先通过芯片的方式高通量筛选到目的基因，然后通过q-PCR或Northern blot的方法验证所得到的芯片结果。
再次，其研究方向根据研究目的而定。
如果是研究生物标志物，那么可以通过收集更多的临床样本，研究lncRNA对疾病的指示作用。
如果是研究其功能，则是研究其细胞表型、分子表型及机制。
小伙伴们是不是觉得这和miRNA的总体研究思路相似呢？这时可以根据各自的实验平台条件选择相应的研究。
值得注意的是，lncRNA的功能研究并不像miRNA一样通过3’UTR影响翻译套路，总的来说lncRNA机制研究套路还不成熟。
对于很多科研工作者而言，lncRNA分子的获得及其细胞表型的获得并非难事，关键在于如何进行下一步研究，这时候就要涉及到对功能研究的定位。
lncrna研究方法
LncRNA研究方法引言长链非编码RNA（long noncoding RNA，简称lncRNA）是一类长度超过200个核苷酸的RNA分子，不具有翻译成蛋白质的能力。
近年来，越来越多的研究表明，lncRNA在生物学过程中起到重要的调控作用。
因此，研究lncRNA的功能和机制对于深入理解基因表达调控和疾病发生发展具有重要意义。
本文将介绍几种常用的lncRNA研究方法，包括lncRNA鉴定、表达分析和功能研究。
1. lncRNA鉴定方法1.1 基于转录组测序技术的lncRNA鉴定1.1.1 基于RNA-seq的lncRNA鉴定RNA-seq是一种高通量测序技术，可以同时检测转录本的数量和结构。
通过RNA-seq数据分析，可以利用不同lncRNA和mRNA的长度、读取方向、外显子数目和剪接事件等特征来鉴定lncRNA。
1.1.2 基于CAGE技术的lncRNA鉴定CAGE（Cap Analysis of Gene Expression）技术可以用来检测转录起始位点（transcription start site，TSS），从而揭示基因的转录起始区域。
结合CAGE技术和高通量测序，可以鉴定lncRNA的转录起始位点，辅助lncRNA的鉴定和表达分析。
1.2 基于生物信息学方法的lncRNA鉴定1.2.1 基于序列保守性的lncRNA鉴定lncRNA在进化中可能会保留一定程度的序列保守性，即不同物种之间的lncRNA序列相对保守。
利用序列保守性的分析方法，可以鉴定出可能的lncRNA 序列，并进行进一步的实验验证。
1.2.2 基于结构特征的lncRNA鉴定lncRNA的结构特征在一定程度上与其功能相关。
通过比对已知lncRNA的结构特征和未知序列的结构特征，可以进行预测和鉴定。
2. lncRNA表达分析方法2.1 qRT-PCRqRT-PCR（quantitative reverse transcription polymerase chain reaction）是一种可靠的lncRNA表达分析方法。
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科研就是这样，你落后一步，便步步落后，跟娶媳妇生孩子是一样一样的。
说回正题，应部分解螺旋粉丝的要求，今天老谈帮大家整体梳理了曾经红极一时、目前热度不减的IncRNA的研究思路和模式以及相关工具，希望能对那些想在IncRNA研究上有所作为的小伙伴能助上一臂之力。
lncRNA研究思路IncRNA参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程。
很多人看到lncRNA的热度还没有过去，经常会问老谈如果没有相关的工作基础，如何开始lncRNA的研究?今天我们就褪去虚伪外衣，研究的大方向是这样子的：1. 寻找到lncRNA分子2. lncRNA分子表型研究3. lncRNA 通过何种机制调节表型？老谈将这些研究方向及实验手段按层次的方式绘成流程图，如下所示：首先，是样本的准备与收集。
高质量的样本是实验结果具有可靠性的前提。
其次，是lncRNA检测。
可以先通过芯片的方式高通量筛选到目的基因，然后通过q-PCR或Northern blot的方法验证所得到的芯片结果。
再次，其研究方向根据研究目的而定。
如果是研究生物标志物，那么可以通过收集更多的临床样本，研究lncRNA对疾病的指示作用。
如果是研究其功能，则是研究其细胞表型、分子表型及机制。
小伙伴们是不是觉得这和miRNA的总体研究思路相似呢？这时可以根据各自的实验平台条件选择相应的研究。
值得注意的是，lncRNA的功能研究并不像miRNA一样通过3’UTR影响翻译套路，总的来说lncRNA机制研究套路还不成熟。
对于很多科研工作者而言，lncRNA分子的获得及其细胞表型的获得并非难事，关键在于如何进行下一步研究，这时候就要涉及到对功能研究的定位。
归纳如下：lncRNA的功能分为3方面:1. 通过修饰染色体参与表观调节；2. 通过与转录因子的相互作用参与转录调节；3. 通过影响mRNA处理过程参与转录后调节。
在以上3个方向的研究中，其中转录后调节相对简单，大家在选择lncRNA的时候，可以对其序列做一下分析，看看自己研究的lncRNA是作为miRNA的sources还是sinks？另外两方面的调节机制均涉及RNA-蛋白质的相互作用。
在没有目的蛋白的时候，此时不得不使用先进技术，用于检测RNA-蛋白质相互作用的实验手段如下：RNA-蛋白质相互作用的检测手段有nRIP、CLIP；lncRNA由于其长片段核苷酸序列，则碱基之间相互作用，通常具有二级结构，可通过RNase足迹等实验手段进行探讨；在染色体结构修饰作用中，还会涉及RNA-RNA的相互作用，可通过CHIRP等实验手段来研究。
由于上述实验手段比较难得，lncRNA的机制研究相对还是比较困难。
那我们该怎样进行lncRNA研究呢？咱换个思路，不要将lncRNA作为一个调节分子，而是把lncRNA当做和mRNA一样的分子来研究，尽管很少表达蛋白。
在体外，可以通过分子干扰手段，进行分子及表型研究；在体内，也是如此。
两者通过各种组合，那就等着发5分的文章吧。
LncRNA研究模式我们先来谈一谈“老瓶”——基因研究模式。
首先向大家灌输“文章模块化拆解的核心思想”。
打个比喻，不管是亿万富翁还是街头的流浪汉，作为人这个物种，他都有手脚心肝肺等，即使他们的外在地位不一样，但作为物种来讲，他们组成形式都差不多。
基础科研的文章也一样，十篇文章可能有十个分值，但是他们的组成模块其实差不多，都是由“领域”、“分子”、“效应”、“通路”组成（如下图所示），不同的文章就是不通模块的组合。
上面这个研究模式大家是不是很亲切？其实，lncRNA研究也可以装进上面那个老瓶里，只不过把“gene”换成“lncRNA”而已。
下面是一个lncRNA普通模板实例：领域（胆囊癌）、分子（lncRNA）、效应{方法验证（敲减效率）、细胞层次（MTT实验、转移小室、克隆形成实验）和动物层次}。
这篇文章并不涉及机制研究，所以各位小伙伴是不是觉得分外眼熟？除去机制研究，和普通基因的研究模式是不是很接近呢！基本套餐的lncRNA和基因研究不同点在于机制研究，两者的研究手段不一样。
lncRNA机制研究的常用技术为：RACE技术、RNA pulldown技术、RIP（RNA immunoprecipitation）技术。
幸运的是，目前lncRNA不需要做到机制层面也能发表一篇2-3分档次的SCI，有兴趣的小伙伴还不赶紧小试身手！经典的教科书上所记录的中心法则: DNA→RNA→蛋白。
但是随着分子生物学的不断发展，非编码RNA已经越来越显示出重要的功能。
经过将近十年的深入研究，研究者已经发现了多种lncRNA的作用模式。
但是面对纷繁复杂的lncRNA作用模式，小伙伴们是不是感到无从下手？今天老谈就把lncRNA的作用模式总结一下，希望帮助小伙伴们更好地理解。
lncRNA 的作用模式可以分为四大类: signal，decoy，guide，scaffold。
１、signal：lncRNA的第一种作用是调控下游基因转录。
已有研究发现，不同的刺激条件和信号通路下，lncRNA将会被特异性地转录，并作为信号传导分子参与特殊信号通路的传导。
一些lncRNA分子被转录后，拥有调控下游基因转录的作用。
从生物体的角度而言，利用RNA进行转录调控是具有明显优势的，因为利用RNA进行调控，且不涉及蛋白质的翻译，因此具有更好的反应速度，对于机体的某些急性反应可以做出更好更迅速的反应。
2、decoy：lncRNA的第二种作用是分子阻断剂。
这一类lncRNA 被转录后，会直接和蛋白（一般都是转移因子/转录调节子）结合，从而阻断了该分子的作用和信号通路。
由于lncRNA的结合，这类转录因子的功能被阻断，从而调控下游的基因转录。
3、guide：第三种作用模式是lncRNA与蛋白结合（通常是转录因子），然后将蛋白复合物定位到特定的DNA序列上。
研究发现lncRNA介导的这种转录调控作用可以是顺式作用模式，也可以是反式作用机制，因此仅仅从lncRNA的序列上是无法获得信息的。
4、scaffold：lncRNA 还可以起到一个“中心平台”的作用，即多个相关的转录因子都可以结合在这个lncRNA分子上。
在细胞机体中，当多条信号通路同时被激活，这些下游的效应分子可以结合到同一条lncRNA分子上，实现不同信号通路之间的信息交汇和整合，有利于机体/细胞迅速地对外界信号和刺激产生反馈和调节。
需要注意的是，虽然lncRNA的作用模式可以总结为上述四种，但是这四种作用机制和模式是相互关联，而非相互排斥的。
千万不要孤立且割裂地看待lncRNA的作用方式，这样会使视野受限，不利于更好地理解lncRNA的机制。
lncRNA的常用数据库大全有关所有lncRNA全方面的功能研究还需要进一步的探索，少不了需要装配研究的利器，帮助我们在寻求相关lncRNA信息时能够手到擒来，不费吹灰之力！今天老谈就跟大家分享一些研究lncRNA的数据库，帮助大家做好科研准备工作。
1.NONCODE：NONCODE提供对长链非编码RNA的全面注释，包括表达和ncFANs计算机软件预测的lncRNA功能。
这是非编码RNA研究的知名数据库，已经更新到2014年的8月了。
网址：Note：小伙伴们要小心使用时，可能出现的各种状况，因为这个网站对lncRNA的命名方法是他们网站内部命名的系统！！要哭了有没有，根本找不到你要的lncRNA……但有个办法解决，因为他们的网站有Blast系统，你如果有lncRNA序列的话，还是能找到对应的编号的。
对于lncRNA在不同组织中的表达的研究还是挺有用的。
2.lncRNAdb:提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。
这是长链非编码RNA研究领域的大牛Johnmattick实验室构建的网站。
网址：/Note：这个用下来凭良心说还行，输入lncRNA名称之后，会对这个lncRNA的功能及表达进行注释。
这个网站用的是NCBI上Gene的命名法，使用上还是没有障碍的。
3.CHIPbase：提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释，整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。
网址：/chipbase/Note：中大的这个数据库主要是对于一些lncRNA的表达及lncRNA与转录因子之间的关系的一个注释数据库。
主要可以了解与转录因子相关的lncRNA的结合情况。
要调取lncRNA的表达数据，劝你选别的数据库，因为这个网站极其坑爹，只能输入GeneSymbol，并不是基因名，其实是lncRNA的转录名，一般是什么“RP11-XXXX”。
举个例子：lncRNA2-1的基因名其实是“LncRNA2.7”，转录名是“RP11-34P13.8”，这需要注意哦。
4.LncRNome：超过18000转录本目前已作为lncRNA标注，覆盖先前注释非编码转录本，包括大型基因间非编码RNA、反义RNA和加工的假基因。
但在提供稳定的注释，交叉引用和生物相关的信息资源方面有显著的差距。
由印度CSIR基因组和整合生物学研究所的研究人员开发的lncRNome，旨在填补这一空白，他们通过把生物显著性的各种各样的信息注释整合到一个全面的知识库。
网址：http://genome.igib.res.in/lncRNomeNote：三哥三姐确实NB，但记住：查询的话，还是转录名：“RP11-XXXX”那种，也有其他命名法的“HAS-LNCXXXX”这种。
功能上挺强大，有lncRNA的二级结构，lncRNA的蛋白互作功能预测，还有lncRNA的SNP位点。
总的来说还不错，就是搜索起来麻烦点。
5.Starbase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP, PAR-CLIP , iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA 靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA和RNA-protein等的调控关系。
整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。
网址：/Note：中大的良心之作，主要功能就是查询lncRNA与miRNA的互作，蛋白及lncRNA的互作，以及正在火的ceRNA预测。
不过主要功能其实还是在miRNA上。