植物生物技术 植物遗传标记与分子标记图谱构建 2019
分子生物学技术在植物育种中的应用
分子生物学技术在植物育种中的应用植物育种一直以来都是农业生产的重要工作之一。
传统的植物育种方法主要是采用自然杂交和人工杂交的方法，再通过代代筛选和繁殖来获得优秀的基因型。
但是这种方法存在着时间周期长、繁琐、效率低等问题。
随着分子生物学技术的发展，越来越多的植物育种专家开始将分子生物学技术应用于植物育种中，以提高育种的效率和精准度。
一、 DNA标记技术在植物育种中的应用DNA标记技术是基于DNA序列变异的遗传标记技术。
其原理是通过对不同基因型之间的DNA序列进行比较和分析，从而鉴别和识别不同基因型之间的差异性。
DNA标记技术的应用广泛，其在植物育种中的应用主要包括以下几个方面：1. 基因组宽关联分析（GWAS）基因组宽关联分析是利用大量的DNA标记位点与表型数据进行关联分析，从而确定影响表型的关键基因。
这种方法可以用于检测抗病性、适应性和生产性状等方面的基因。
GWAS方法的广泛应用促进了植物育种中的基因功能解析和基因定位。
2. 反向遗传学反向遗传学是通过建立基石DNA（cDNA）文库，筛选其中的DNA序列，从而解析出基因的序列和功能。
这个方法对于那些基因序列未知的物种非常有用，因为如果基因序列和功能都未知，就很难进行有针对性的育种。
反向遗传学技术可以快速鉴别物种中的关键基因，并为植物育种工作提供重要的信息。
3. 基因组选择基因组选择是利用大量的分子标记位点鉴别核苷酸序列间的基因型差异，发现和分离与农林业有关的基因，以实现高效、精准的植物育种。
利用这种方法可进行性状相关的基因组定位、快速筛选和背景选择等。
基因组选择技术的应用可以大幅提高效率，克服传统杂交育种效率低下的问题。
二、基因编辑技术在植物育种中的应用基因编辑技术是近年来最受关注的分子生物学技术之一，在植物育种领域中也有很多应用。
通过基因编辑技术，可以直接修改植物基因组内的核苷酸序列，以实现组织特性调整、产量提高等目标。
基因编辑技术的应用主要包括以下几个方面：1. CRISPR/Cas9技术CRISPR/Cas9技术是目前最常用的基因编辑技术之一。
如何使用分子标记技术进行植物遗传研究和品种鉴定
如何使用分子标记技术进行植物遗传研究和品种鉴定植物遗传研究和品种鉴定一直是农业领域的重要课题。
传统的遗传研究通过观察植物的形态特征和遗传性状，来推断其遗传背景和亲缘关系。
然而，这种方法往往需要长时间的育种选择和繁衍，且容易受到环境因素的干扰。
而分子标记技术的出现，为植物遗传研究提供了新的思路和方法。
分子标记技术是利用植物基因组中特定的DNA序列或蛋白质表达物作为遗传标记，通过检测这些标记的存在与变异来研究植物的遗传多样性和亲缘关系。
这项技术具有高灵敏度、高准确性和高效率的特点，能够在短时间内进行大规模的遗传研究和品种鉴定。
在分子标记技术中，常用的标记类型包括限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP)、随机扩增多态性(Random Amplified Polymorphic DNA, RAPD)、序列相关性分析(Sequenced Tagged Sites, STS)、微卫星标记(Microsatellite)和单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs)等。
每种标记类型具有不同的特点和应用范围，研究者根据具体研究目的和条件选择合适的标记技术。
分子标记技术的应用在植物遗传研究上是多方面的。
首先，利用分子标记技术可以对植物的遗传多样性进行研究。
通过分析不同植物种群中的分子标记差异，可以揭示它们的遗传背景和进化关系。
这对于研究植物种群的遗传流动、分化和适应性具有重要意义。
其次，分子标记技术还可以应用于植物的品种鉴定和纯度检验。
对于杂交品种和复杂杂交种的鉴定来说，传统的形态特征分析往往存在一定的局限性，而分子标记技术可以通过检测特定基因片段或序列的存在与变异来确认品种身份。
这在植物繁殖和商品化上具有重要意义，可以防止农民种植假冒伪劣品种和保护良好的品种资源。
此外，分子标记技术还可以应用于植物的基因图谱构建和分子标记辅助选择(Molecular Marker Assisted Selection, MAS)。
植物分子遗传学研究植物的遗传物质及其遗传信息传递
植物分子遗传学研究植物的遗传物质及其遗传信息传递植物分子遗传学是研究植物遗传物质及其遗传信息传递的一门学科。
通过对植物的遗传物质DNA和RNA的研究，揭示植物遗传信息的传递过程以及遗传变异的机制。
本文将介绍植物分子遗传学的基本概念、研究方法及其在植物遗传育种中的应用。
一、植物分子遗传学的基本概念植物分子遗传学是遗传学的一个分支学科，研究植物的遗传物质以及遗传信息如何在植物个体及其后代中传递和表达。
植物的遗传物质主要是DNA和RNA，DNA包含了植物遗传信息的模板，而RNA则负责将遗传信息转化为蛋白质。
植物的遗传信息传递过程主要包括DNA复制、转录和翻译等步骤。
DNA复制是指DNA分子的复制过程，确保遗传信息准确无误地传递给下一代。
转录是指DNA转化为RNA的过程，通过RNA分子将DNA的遗传信息转运到细胞质中进行翻译。
翻译是指RNA分子通过核糖体将遗传信息转化为蛋白质的过程，蛋白质是植物细胞中构成酶、抗体和结构蛋白等重要物质的基础。
二、植物分子遗传学的研究方法植物分子遗传学的研究方法主要包括DNA测序、PCR、Southern印迹、Northern印迹和基因编辑等技术。
1. DNA测序：DNA测序是植物分子遗传学研究的基础技术，它能够确定DNA序列的顺序，揭示植物基因组的结构和功能。
根据DNA测序结果，可以进一步分析DNA序列中的基因、启动子和调节元件等功能区域。
2. PCR：PCR（聚合酶链式反应）是一种重要的分子生物学技术，它能够在体外扩增DNA片段，为植物基因的研究提供了便利。
通过PCR技术，可以扩增感兴趣的基因片段，进而深入研究植物基因的调控机制和功能。
3. Southern印迹：Southern印迹是一种检测DNA的技术，它可以确定DNA中特定基因的存在与否。
通过将DNA进行限制性酶切、电泳和转移，再用探针杂交的方法，可以检测出特定的DNA序列。
4. Northern印迹：Northern印迹是一种检测RNA的技术，它可以确定RNA中特定基因的表达量和时空分布。
分子标记技术及其在园林植物遗传育种中的应用 精品
分子标记技术及其在植物遗传育种中的应用近年，随着生物技术的快速发展，分子标记技术在诸多领域得到应用，尤以农业、医药业、畜牧业等行业应用得最多。
分子标记是指以生物大分子的多态性为基础的遗传标记。
分子标记的出现，使植物育种的“间接选择”成为可能，大大提高了遗传分析的准确性和选育种的有效性，因而在遗传育种领域愈来愈受到重视。
在遗传学研究中广泛应用的DNA分子标记已经发展了很多种，一般依其所用的分子生物学技术大致分为两大类：一类是以Southern杂交技术为核心的分子标记(如RFLP)，此类被称为第一代分子标记；以PCR技术为核心的分子标记(如STS、RAPD、AFLP、SSR等)称为第二代分子标记，单核苷酸多态性(SNP)标记称为第三代分子标记，这也是以PCR技术为基础的分子标记技术。
现分别介绍其原理及在植物育种上的应用。
1分子标记在植物育种上的特点分子标记育种(molecular mark-assist selection，MAS)是借助分子标记在DNA水平上对遗传资源或育种材料进行选择，对作物产量，品质和抗性等综合性状进行高效改良，并针对目标性状基困连锁进行优良植株筛选，是现代分子生物学与传统遗传育种相结合的新品种选育方法。
与传统育种相比分子标记的优势是：(1)传统育种通过性状间接筛选目的基因，分子标记则通过直接与目的基因连锁进行筛选，因此，后者比前者准确，特别是在一些表现型与基因型之间对应关系较差时的筛选，(2)传统育种需要在成熟期才能筛选，分子标记筛选则可以不受植物生长发育期的限制，在苗期就可以筛选，而且不影响植株生长，(3)传统方法一次只能标记一个基因，分子标记筛选则可以同时筛选多个目的性状基因，(4)分子标记筛选利用了控制单一性状的多个等位基因，避免了传统育种通过表现型而获得不纯植株的缺陷；(5)分子标记筛选样品用量少，可以进行非破坏性筛选，从而加速育种进程，提高育种效率。
2常用分子标记的技术及其在植物育种上的应用2.1限制性内切酶片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism，RFLP，简称限制片段长度多态性)RFLP是以分子杂交技术为基础的标记技术，其原理是碱基的突变、缺失、重排或是一段DNA的重排或插入，导致限制性内切核苷酸酶的酶切位点分布发生改变，得到的切割片段在数量和长度上不同，从而产生多态性。
实验三 分子标记连锁图的构建
遗传标记
有可以识别的标记， 有可以识别的标记，才能确定目标的方位 及彼此之间的相对位置。 及彼此之间的相对位置。 构建遗传图谱就是寻找基因组不同位置上 的特征标记。 的特征标记。 包括： 包括： 形态标记 细胞学标记 生化标记 DNA分子标记 DNA分子标记
多态性（ 多态性（polymophism） ）
所有的标记都必须具有 多态性！ 多态性
花色：白色、 花色：白色、红色 株高：高、矮 株高： 淀粉： 淀粉：糯、非糯
形态标记
形态性状：株高、颜色、 形态性状：株高、颜色、白化症等 又称表型标记 数量少 很多突变是致死的 受环境、 受环境、生育期等因素的影响
最早建立的果蝇连锁图， 最早建立的果蝇连锁图，就是利用控制 果蝇眼睛的形状、颜色，躯体的颜色、 果蝇眼睛的形状、颜色，躯体的颜色、 翅膀的形状等形态性状作为标记， 翅膀的形状等形态性状作为标记，分析 它们连锁关系及遗传距离，绘制而成的。 它们连锁关系及遗传距离，绘制而成的。 控制性状的其实是基因， 控制性状的其实是基因，所以形态标记 实质上就是基因标记。 实质上就是基因标记。
总数
6708
交换值的计算
sh-wx sh-c
+ wx c sh + + + + c
2708 2538 626 601 113 116 4 2 6708
｝亲 型
｝单交换
18.29%
sh wx + sh + c + wx + + + +
｝单交换
3.41%
｝ 双交换
0.09%
0.09%
sh wx c 总数 交换值
18.38%
3.50%
植物生物技术在园艺产业中的应用前景
植物生物技术在园艺产业中的应用前景随着科学技术的不断发展，植物生物技术在园艺产业中的应用前景越来越广阔。
植物生物技术作为一种新兴的技术手段，以其独特的优势，正在逐渐改变传统的园艺产业生产模式，提升园艺作物品质和产量，并实现农业可持续发展。
本文将从遗传改良、疾病防治、种子生产和农药替代四个方面探讨植物生物技术在园艺产业中的应用前景。
一、遗传改良遗传改良是植物生物技术在园艺产业中的重要应用方向之一。
传统的遗传改良方法需要耗费大量的时间和精力，而植物生物技术通过基因工程技术可以实现对植物基因的精确编辑和转移，加快育种过程。
例如，通过转基因技术，可以将抗虫基因、抗病基因等有益基因导入到园艺作物中，提高其抗虫抗病能力，减少农药使用。
此外，基因编辑技术如CRISPR/Cas9的应用，可以实现对特定基因的点突变，进一步提高园艺作物的品质和产量。
二、疾病防治园艺作物往往容易受到各种病虫害的侵袭，给产量和品质带来巨大的损失。
植物生物技术在疾病防治方面发挥着重要作用。
比如，利用基因工程技术，可以将植物抗病基因导入到园艺作物中，提高其抗病能力。
此外，利用分子标记辅助选择和遗传图谱构建技术，可以实现对抗病性强的品种进行筛选和培育，提高园艺作物的抗病能力和耐病性。
三、种子生产种子是园艺作物生产的重要基础，种子的品质直接影响到作物的产量和品质。
植物生物技术在种子生产方面有着广泛的应用前景。
通过基因工程技术，可以实现对种子的改良和优化。
比如，利用转基因技术可以提高种子的萌发能力、抗逆性和耐植残性。
此外，基因编辑技术可以实现对种子中有害基因的精确修复，提高种子的品质和纯度。
四、农药替代传统园艺生产中，农药的使用量往往较大，对环境和人体健康造成潜在的威胁。
植物生物技术的应用可以有效替代部分农药的使用，降低对环境的污染。
例如，通过转基因技术，可以将抗虫基因导入到园艺作物中，提高其自身的抗虫能力，减少对农药的依赖。
此外，利用分子标记辅助选择育种方法，可以筛选和培育出更具抗虫抗病能力的品种，减少对农药的需求。
植物基因定位和基因功能分析的方法研究
植物基因定位和基因功能分析的方法研究随着现代生物学和遗传学的发展，人们对植物基因定位和基因功能分析的方法进行了深入研究，这不仅可以帮助人们更好地理解植物发育和生长的机理，还能为植物育种和生产提供有用的信息和工具。
本文将重点介绍当前主要的植物基因定位和基因功能分析方法。
一、植物基因定位方法1.遗传连锁图谱遗传连锁图谱是一种利用遗传标记来分析不同基因之间遗传联系的方法。
通过对多个遗传标记在植物基因组中的位置进行测定和分析，可以建立起一张遗传图谱，用于揭示不同基因之间的距离和相对位置。
这种方法通常使用分子标记进行，如限制性片段长度多态性（RFLP）、简单重复序列（SSR）、随机扩增多态性（RAPD）等等。
2.基因组关联分析基因组关联分析是一种利用大规模基因组数据来解析复杂性状遗传基础的方法。
这种方法可以在典型生境群体中寻找有影响的变异位点，并确定它们与复杂性状之间的关系。
这种方法使用的主要技术是基因芯片和全基因组二代测序等高通量技术。
3.定位克隆定位克隆是一种在表型、遗传连锁图谱和基因组关联分析的基础上，利用分子遗传学的技术从候选区域中精确定位基因的方法。
这种方法最初是通过描述多态性突变体的表型特征并与别的单基因遗传性神经病的解决方案进行议会比较，通过遗传性状继承模式的推断、基因组DNA库筛选和分子标记标示等技术逐渐细化到定位至遗传连锁图谱中的一个小区域或物理图谱上的一小段碎片。
目前随着技术不断升级，整个过程已经极度自动化，能够对基因进行深准碎片定位和氨基酸序列注释，进一步明确植物基因的功能和作用机制。
二、基因功能分析方法1.反相留出反向遗传（反相留出）是一种采用RNA干扰技术降低或抑制嘌呤和非嘌呤物种基因表达的途径。
这种技术利用RNAi的调控机制，特异性破坏mRNA分子，并通过RNA的剪切或配对等方式，实现对靶基因的抑制。
这种技术能够有效地研究基因在发育、生长、代谢等过程中的功能，并探究不同基因之间的互相作用。
植物遗传学的进展及其在育种中的应用
植物遗传学的进展及其在育种中的应用植物遗传学是研究植物遗传变异及其遗传规律的学科。
随着科学技术的不断进步，植物遗传学在育种中的应用也取得了可观的进展。
本文将探讨植物遗传学的发展以及它在育种中的应用。
一、植物遗传学的发展植物遗传学是对植物基因组、基因传递和基因表达的研究。
随着分子生物学、生物信息学和基因工程等领域的迅速发展，植物遗传学在过去几十年里取得了重大的突破。
1.1 分子标记技术的应用。
分子标记技术是植物遗传学中一项重要的技术手段，主要包括随机扩增多态性DNA (RAPD)、限制性片段长度多态性(RFLP)、序列相关的序列标记(SSR)和单核苷酸多态性(SNP)等。
这些分子标记技术使得科学家能够准确、快速地进行遗传信息的分析和遗传图谱的构建，有助于揭示植物基因的组成和功能。
1.2 基因编辑技术的突破。
CRISPR-Cas9 基因编辑技术的发展为植物遗传学研究带来了革命性的突破。
通过利用 CRISPR-Cas9 系统，研究人员可以精确地修饰植物基因组中的目标基因，实现高效的基因突变和基因功能研究。
这一技术的应用为植物育种提供了新的途径和手段。
1.3 基因组学的发展。
随着基因组测序技术的迅猛发展，植物遗传学研究进入了基因组时代。
很多植物基因组的测序工作已经完成，这为研究植物种质资源、基因家族和基因功能等提供了便利。
同时，全基因组关联分析(GWAS)等方法的应用也加速了植物遗传学的发展。
二、植物遗传学在育种中的应用植物遗传学在育种中的应用已经取得了显著的进展。
通过遗传改良，培育出具有优良经济性状的新品种，提高了农作物的产量和质量，为农业发展做出了巨大贡献。
2.1 高产优质品种的培育。
利用遗传学的手段，通过选择或者育种创新，培育高产、抗病虫害及逆境胁迫的新品种，可以为解决粮食安全和农业可持续发展提供重要支撑。
比如，通过综合利用遗传标记、遗传制图和分子标记辅助选择等技术手段，可以加快选育速度，提高育种效率。
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1
本章要点：
◆ 遗传标记类型 ◆ DNA分子标记技术 ◆ 分子标记图谱构建
2
第一节 遗传标记
3
遗传标记：是指可以稳定遗传的、易于识别的特殊的 遗传多态性形式。
4
1. 形态标记(morphological markers)：
指能够明确观测的一类外部特征性状，如植物的矮秆、 白化、黄化、变态叶、雄性不育等。
以用细胞学方法检测。
11
3. 生化标记(biochemical markers)：
主要包括贮藏蛋白、同工酶等标记，也指以基因表达的蛋 白质产物为主的一类遗传标记系统。可以直接反映基因表达 产物的差异，受环境的影响较小。
不足：标记数量远远不能满足实际的需要（大多数作物不
足30个）；存在组织和器官特异性。
◆ 遍布于整个基因组，数量多； ◆ 无表型效应，不受发育阶段器官特异性限制； ◆ 共显性，可区分纯合子和杂合子； ◆ DNA需要量大，检测中用放射性同位素（32P），易造
成环境污染，检测技术繁杂周期长，难以用于大规 模的育种实践中。
25
2.基于PCR技术的分子标记 PCR技术（略）
26
（1）随机扩增多态性DNA--RAPD
16
分子标记的发展
CAPACITY
RFLPs
Resequencing
DNA array SNPs Multi-SSRs SRAP, TRAP SSRsAFLPs RAPDs
1985
1990
1995
2000
17
18
分子标记的类型和作用原理:
基于分子杂交技术的分子标记（RFLP标
分
记）
子
基于PCR技术的分子标记（RAPD、AFLP、SSR、
Neff等(1998)在此基础上又发展出dCARs技术 (derived CAPs)，这是检测单核苷酸多态性的一种良 好方法。
42
CAPs标记的原理
43
CAPs标记的特点：
◆ 引物与限制性组合非常多，增加了揭示多态性 的机会，而且操作简便，可用琼脂糖电泳分析；
◆ 呈共显性，即可区分纯合基因型和杂合基因型； ◆ 所需DNA量少； ◆ 结果稳定可靠、操作简便、快捷、自动化程度
5
优点：
简单直观、经济方便、容易观察记录。
不足：
数量有限，难以构建饱和的遗传图谱； 人工培育形态标记材料的周期长； 多态性差，易受环境因素的影响； 一些形态标记对植株的表型影响太大，与不良性状连锁。
6
2.细胞学标记(cytological markers)：
指能明确显示遗传多态性的细胞学特征。 染色体结构特征包括染色体核型（染色体数目、大小、 随体有无、着丝粒位置等）和带型（C、N、G带等）分析 来测定基因所在的染色体及相对位置，或通过染色体代换 等遗传操作来进行基因定位。
7
Cytogenetic Mapping（1）
染色体染色的方法区分染色体异染色质和常染色质、染色 体长短、臂比、中心粒位置等进行染色体分型。
8
Cytogenetic Mapping（2） 细胞遗传学基因定位示意 图，从图中可以看出，不 同基因定位于染色体不同 位置上。
9
Cytogenetic Mapping（3）
也就是腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）与鸟嘌呤的（G）排 列方式。
49
50
思考题：如何选择分子标记？
研究对象的相关信息 研究目的 结果的可靠性和可重复性 分子标记的遗传特性 费用 时间
51
第三节 遗传图谱构建
52
DNA分子标记在植物生物技术中的应用
◆ 构建高密度的遗传连锁图 ◆ 基因定位 ◆ 遗传多样性和物种亲缘关系
20
RFLP（限制性片段长度多态性）标记
Restriction Fragment Length Polymorphism
RFLP标记原理
利用限制性内切酶识别并切割不同生物个 体 基 因 组 DNA ， 会 产 生 大 小 不 等 的 DNA片段，或称限制性等位片段；通 过电泳分离检测这些片段，引起酶解 位点变异的突变，如点突变（新产生 和去除酶切位点）和DNA的重织（如 插入和缺失造成酶切位点间的长度变 化）均可导致限制性等位片段的变化， 从而产生RFLP。
46
DNA芯片又叫做基因芯片(gene chip)或基因微阵列(microarray)，
寡核酸芯片，或DNA微阵列。它是通过微阵列技术将高密度DNA片段 阵列以一定的排列方式使其附着在玻璃、尼龙等材料上面，由于常用 计算机硅芯片作为固相支持物，所以称为DNA芯片。
47
48
DNA测序（DNA sequencing）是指分析特定DNA片段的碱基序列，
（DNA测序为核心的高通量分子标记技术 ） 核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP) SNP标记是美国学者Lander E于1996年提出的第3代DNA 遗传标记;
SNP是指同一位点的不同等位基因之间仅有个别核苷酸的差异或只 有小的插入、缺失等；从分子水平上对单个核苷酸的差异进行检测， SNP标记可帮助区分个体遗传物质的差异。
14
显性标记(dominant markers)： 指F1的多态性片段与其亲本之一 完全相同。如RAPD、AFLP等。
共显性标记(co-dominant markers)：指双亲的两个以上分 子量不同的多态性片段均在F1中 表现。如RFLP、SSR等。
F1 P1 P2
F1 P1 P2
15
第二节 分子标记技术
酶切 高
整个 基因组
可靠性 遗传特性
高 共显性
中
显性/共 显性
高 共显性/显性
高 共显性
高
显性/共显 性
高 共显性
DNA质量 要求
实验周期 开发成本
5-30μg
长 高
10-100 ng
短 低
50-100 ng
较长 高
10-100 50-100 ng 10-100 ng ng
短
短
高
高
短 高 45
3. 基于DNA芯片技术的分子标记
引物的3′端含有2～3个选择性碱基，因此在基因组DNA酶 切片段中，只有那些与引物3′端互补的片段才能被扩增， 最后通过聚丙烯酰胺凝胶电泳，多态性即以扩增片段长度 的不同被检测出来。
32
AFLP标记原理
33
AFLP电泳图
123
123
123
123
34
(3) 简单重复序列标记--SSR
SSR(Simple Sequence Repeats)标记是一种以特异引物 PCR为基础的分子标记技术，也称为微卫星DNA (Microsatellite DNA); 是一类由几个核苷酸(一般为1-6个)为重复单位组成的长 达几十个核苷酸的串联重复序列,如(CA) 、(AT)、(GGC) 等重复,每个SSR两侧的序列一般是相对保守的单拷贝序列。
高。
44
几种主要分子标记技术比较
标记类型
RFLPCAPs
主要原理
多态性 水平
检测基因 组区域
限制酶切 Southern杂交
中等
单/低拷贝区
随机PCR 扩增
较高
整个 基因组
限制性酶切结 PCR扩增 合PCR扩增
非常高
高
整个 基因组
重复 序列
特异PCR扩 增
中等
单拷贝区
PCR扩增产 物限制性
RAPD标记的特点：
◆ 不需DNA探针，设计随机引物也无须参考序列信息； ◆ 技术简便，不涉及分子杂交和放射性自显影等技术； ◆ 显性遗传（极少数共显性）不能鉴别杂合子和纯合
子； ◆ DNA样品需要量少，引物价格便宜，成本较低； ◆ 实验重复性较差，结果可靠性较低。
30
（2）扩增片段长度多态性—AFLP (略)
Amplified Fragment Length Polymorphism
1993年由Marc和Pieter发明的一种DNA分子标记。 该技术是对限制性酶切片段的选择性扩增，又称基于
PCR的RFLP。
31
AFLP原理：
基因组DNA经限制性内切酶切割后，酶切片段与特定的人 工接头相连接，作为扩增的模板，接头序列和邻近的限制 性酶切位点序列作为引物结合位点，然后用特定的引物进 行PCR扩增。
Williams等于1990年创立。 其原理与PCR技术基本一 致。
27
RAPD标记原理:
A
B
C
primer
利用随机引物（一般为8-10bp）通过PCR反应非定点扩增DNA片段， 然后用凝胶电泳分析扩增产物DNA片段的多态性。扩增片段多态性便 反映了基因组相应区域的DNA多态性（如右图）。
28
29
片段序列信息），开发成本较高。
39
升级版：EST-SSR标记
Expressed Sequence Tag(表达序列标签)--通过基因 的表达产物mRNA（信使RNA）反转录为cDNA，可以定 位到染色体的特定位置或用这种较稳定的cDNA作为探 针进行分子杂交，鉴别出于转录有关的基因；
随着植物EST计划的实施，公共数据库中的EST序列迅 速增长。
SCAR 、CAPs和STS等 ）
标
记
基于DNA芯片技术的分子标记（DNA测序为核心
的分子标记技术 ）
19
1. 基于分子杂交技术的分子标记
Molecular Hybridization（核酸分子杂交）：不同来源 的单链DNA与单链DNA间，在长于20 bp的同源区域内， 以氢键连接方式互补配对，形成稳定的双链结构的过程。
41
（5）酶切扩增多态性序列--CAPs