利用STRING 数据库进行Cytoscape蛋白互作网络绘制步骤详解

利用STRING 数据库进行蛋白互作预测步骤详解一、简介
STRING （Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins ）数据库(/)是一个搜寻已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的系统，这种相互作用既包括蛋白质之间直接的物理的相互作用，也包括蛋白质之间间接功能的相关性。

STRING 数据库除了包含有实验数据、从PubMed 摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外，还有利用生物信息学的方法预测的结果。

所应用的生物信息学的方法有：染色体临近、基因融合、系统进化谱和基于芯片数据的基因共表达。

系统中利用一个打分机制对这些不同方法得来的结果给予一定的权重，最终给出一个综合的得分。

二、使用方法
1. 打开STRING 网站/
图 2.1
2. 支持多种类型文件来搜索，如名称、蛋白序列、多个名称、多条蛋白序列。

这里，我们
以多个猪转录本Ensembl的ID称为例。

图 2.2
3.输入转录本名称，按“GO!”，进入下个界面；
图 2.3
4.点击“GO”之后会出现如下界面：
图 2.4
5.匹配到的蛋白会自动勾选出来，如图显示
图 2.5
6. 按“Continue”，获得蛋白网络图；如图2.6 所示，可以选择不同的表达类型。

图 2.6
7.不同颜色的圆点，代表不同的蛋白；图2.7 所示为蛋白的注释信息。

图 2.7
8.如图2.8 所示，为蛋白互作关联分析结果，线条的粗细表示关联程度的强弱。

图 2.8
9.保存数据分析的结果；
10.利用Cytoscape去画基因蛋白互作关系；
首先我们要确定与基因互作的蛋白节点关系，这个关系可以从之前的结果页面下载，选择Other fomats：
11.点击Other fomats之后会出现一系列的下载选项，选择下载Text Summary：
12.summary结果展示，前两列即为节点文件，导入Cytoscape即可作图：
14.用cytoscape作图操作流程：
首先我们要安装cytoscape，cytoscape程序官方网站：/
点击进去之后用户可以根据自己的实际情况选择不同的版本，安装没有特别需要注意的地方，一直点击NEXT就可以了，这里我们以cytoscape2.8.3版本进行演示。

1）安装好了点击运行，会出现如下界面：
2）点击左上角的File选项中的Import选项，再选择文本格式输入：
3）选择文本格式输入之后，会出现如下界面，点击Select File（s）：
4）选择已经准备好的节点文件，总共两列，每一行代表一种对应关系：
5）选择好文件之后会在界面中展示文件中的内容，如下所示：
6）然后选择互作中的第一列元素，也就是Select Source node column:
7) 再选择第二列元素，也就是Target Interaction的输入数据：
8）其中的Interaction Type选择默认，选择好了之后点击Import：
9）cytoscape会根据我们输入的节点文件自动绘制出互作网络图：
10）根据需要我们可以将网络图认为调整得更加美观（直接点击图中的红色圆圈可以随意拖动），下图为调整后的图形：
11）保存图片：点击File-Export-Current Network View As Graphics（或者直接快捷键：Ctrl+shift+P）
12）选择保存类型，有好多种类型可以自行选择，选择之后点击OK：
13.更多的数据展示，请登录/ 查阅。

三、参考文献
Franceschini et al., STRING v9.1: protein-protein interaction networks, with increased
coverage and integration. Nucleic Acids Res. 2013 Jan。