如何找基因全序
如何查找基因的序列(全)
如何查找基因序列？（转载）(2010-08-01 11:47:41)如何查找基因序列？——在Genbank中寻找目的基因的实例——献给受类似问题困扰的广大酷友，以及给我动力和信心发表原创帖的基因酷的朋友们。
酷友感言：网络的世界很精彩，网络的查询很无奈。
为了我们的科学研究事业，为了我们能够顺利毕业，我们的广大酷友们在网络的海洋里遨游…遨游…咋就找不到彼岸呢？今天要设计这个基因的PCR引物，明天又要查那个基因的信息，那么大一张网，唉想起来就郁闷……鉴此，我们推出了利用Genbank查找基因序列的帖子，希望对大家有所帮助，并请大家多多指教！当然，如果您已经是此中高手，那就权当我是班门弄斧了，呵呵。
1. 根据文献搞reasearch肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，那就好办了，直接打开，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到他了。
举例说明，例如：在2003年JBC的文章（Conditional Knock-out ofIntegrin-linked Kinase Demonstrates an Essential Role in Protein Kinase B/Akt Activation）中出现了“calreticulin (GenBank accession number gi 16151096)”，那么把“16151096”输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到该基因了（当然包括基因序列等相关信息）。
在出现了检索结果界面（下图）后，直接点击红箭头所指的 AY047586就可以看到基因的相关信息了...（呵呵，是不是有点太......easy 了）这里需要指出一下，在显示基因的页面右侧有一个Link，点击后出现一个小菜单，里面是与该基因相关的链接，很有用的，值得一个一个地去看看，这里我就不多说了。
一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感，各位战友！请大家对以下我发表的容提出自己的意见。
关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
设计引物原则以及如何查找基因序列
引物设计原则：1.找出这种细胞物种的PTN全长核苷酸序列2.采用primer premier 5.0软件设计引物设计应注意如下要点：● 1. 引物的长度一般为15-30 bp，常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应[2]。
● 2. 引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错配。
引物3’端出现3个以上的连续碱基，如GGG或CCC，也会使错误引发机率增加[2]。
● 3. 引物3’端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。
不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率，末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基，因此应当避免在引物的3’端使用碱基A[3][4]。
另外，引物二聚体或发夹结构也可能导致PCR 反应失败。
5’端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物[2]。
● 4. 引物序列的GC含量一般为40-60%，过高或过低都不利于引发反应。
上下游引物的GC含量不能相差太大[2][5]。
● 5. 引物所对应模板位置序列的Tm值在72℃左右可使复性条件最佳。
Tm值的计算有多种方法，如按公式Tm＝4(G+C)＋2(A+T)，在Oligo软件中使用的是最邻近法(the nearest neighbor method) [6][7]。
● 6. ΔG值是指DNA双链形成所需的自由能，该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性。
应当选用3’端ΔG值较低（绝对值不超过9），而5’端和中间ΔG值相对较高的引物。
引物的3’端的ΔG值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应[6]。
●7. 引物二聚体及发夹结构的能值过高（超过4.5kcal/mol）易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR反应不能正常进行[8]。
●8. 对引物的修饰一般是在5’端增加酶切位点，应根据下一步实验中要插入PCR产物的载体的相应序列而确定。
查找细胞系中基因序列的方法
查找细胞系中基因序列的方法文章标题：探索细胞系中基因序列的方法与挑战在当今科技发展迅猛的时代，生物学领域的研究也日新月异。
细胞系中基因序列的研究，对于理解生物学、疾病机制以及药物研发都具有重要意义。
然而，要想深入了解细胞系中基因序列，需要探索多种方法和技术，并面对众多挑战。
为了更好地了解细胞系中基因序列的方法和挑战，我们首先需要明确细胞系的概念。
细胞系是指源自同一个母细胞的一系列细胞，它们可以长时间稳定地传代培养，具有相似的形态、遗传特性和生物学行为。
在细胞系的研究中，寻找并验证基因序列是至关重要的一环。
一、细胞系中基因序列的方法1.1 PCR技术PCR(聚合酶链式反应)技术是目前应用最为广泛的一种方法，通过PCR 技术可以扩增和纯化细胞系中单个基因的DNA序列，为后续研究提供了重要的物质基础。
1.2 基因组测序技术随着高通量测序技术的发展，基因组测序技术也逐渐成熟。
研究者可以利用基因组测序技术，对整个细胞系的基因序列进行全面的测序和分析，从而获得更多的信息。
1.3 分子克隆技术分子克隆技术是一种常用的方法，可以将感兴趣的基因序列从细胞系中克隆出来，用于进一步的功能研究和表达。
以上这些方法，都可以帮助研究者在细胞系中寻找和验证基因序列，提供了丰富的实验手段。
二、细胞系中基因序列研究的挑战2.1 样本来源的复杂性细胞系来源的多样性和复杂性，是研究的首要挑战。
不同类型的细胞系可能存在着巨大的遗传变异，这需要研究者在样本来源的选择上格外谨慎。
2.2 基因重组的干扰在细胞系中进行基因序列研究时，可能会遇到基因重组等干扰因素，这些干扰会影响研究结果的准确性。
2.3 数据分析的复杂性对于大规模的基因组测序数据，数据分析将面临复杂多变的挑战。
研究者需要具备深厚的数据处理和分析能力，才能从海量数据中提取有效信息。
三、结语在细胞系中寻找和验证基因序列，需要综合运用多种方法和技术，并面对众多挑战。
对于研究者来说，需要不断更新知识、拓展视野，以更好地应对细胞系基因序列研究中的各种挑战。
一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、...最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。
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关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
应用NCBI的Map viewer查找基因序列
应用NCBI的Map viewer查找基因序列、mRNA序列、启动时间:2011-06-08 22:23来源:生物吧作者:刘浩点击: 796 次一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA 、cDNA、Protein、引物设计、BLAST 序列比对等(作者：urbest) 关键词: NCBI 使用方法引物设计序列比对总共分为四个部分介绍一下NCBI的使用：Part one一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、引物设计、BLAST序列比对等(作者：urbest)关键词: NCBI 使用方法引物设计序列比对总共分为四个部分介绍一下NCBI的使用：Part one 如何查找基因序列/mRNA/PromoterPart two 如何查找连续mRNA/cDNA/蛋白序列Part three 运用STS查找已经公布的引物序列Part four 如何运用BLAST进行序列比对、检验引物特异性Part one: 利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、启动子（Promoter）[同一个页面即可显示基因序列和启动子]下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤一、打开Map viewer页面，网址为：/mapview/index.html在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：二、点击“GO”出现如下页面：三、在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter，下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter，出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。
如何查找基因的序列(带图表)
e-133
gi|728993|sp|P40293|C79A_BOVIN B-cell antigen receptor comp...
312
3e-85
gi|126779|sp|P11911|C79A_MOUSE B-cell antigen receptor comp... 278
5e-75
gi|728994|sp|P40259|C79B_HUMAN B-cell antigen receptor comp... 55
1
2 3
比对结果会在10秒左右后出现， 注意结果很多，一直下拉右侧工具条，会看到很多不同意义的比对结果。
• Search BLAST (/BLAST/) for P11912
Database: All non-redundant（非冗余） sequences 6,507,231 sequences; 2，219，987，828 total letters
如果想找的基因是第一个序列即isoform a, 就可以点击NM_001025366.1， 得到如下界面：
If the gene sequence is known, and you want to find the corresponding GenBank ID, use /BLAST/ Click on the type of nucleotide search you want and enter the sequence. Results will be displayed with the GenBank ID included. To view information about a gene sequence with a given GenBank ID, go to /entrez/query.fcgi? db=Nucleotide
利用Pubmed Map viewer查找基因序列
利用Pubmed Map viewer查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）来源：dxy/lovelifeangel 发布时间：2009-09-22 查看次数：2234下面以大鼠（rattus norvegicus）的结缔组织生长因子（C T G F）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer页面，网址/mapview/index.html在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽管你分别点击后，序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。
我也推荐大家使用这个序列。
4．点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，页面下方为：5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示：先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA 格式，还有一个是GenBank 格式。
我推荐大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA 格式只有基因序列。
6．在Sequence Format 后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。
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如何找基因全序
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利用Pubmed Map viewer查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）
遗传分子统计2010-03-24 16:11:24 阅读759 评论0字号：大中小
下面以大鼠（rattus norvegicus）的结缔组织生长因子（C T G F）为例讲述一下具体的操作步骤
1．打开Map viewer 页面，网址/mapview/index.html在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：
2．点击“GO”出现如下页面：
3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：
说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽
管你分别点击后，序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。
我也推荐大家使用这个序列。
4．点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，页面下方为：
5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示：
先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA 格式，还有一个是GenBank 格式。
我推荐大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA 格式只有基因序列。
6．在Sequence Format 后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。
点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：
在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。
你会看到: mRNA complement(join(2338..3702, 4082..4293, 4424..4675, 4861..5083, 5171..5454))这代表了从基因的2338 位开始就是转录区了，即我们常说的mRNA 片断，由于内含子的存在，所以mRNA 在DNA 序列上分成了几段。
CDS complement (join(3406..3702,4082..4293,4424..4675,4861..5083,5171.. 5230)) CDS 代表编码序列，即蛋白编码区是从3406开始的（ATG），由于剪接作用所以CDS 区也是不连续的。
说到这里，可能很多朋友都已经明白了promoter 即启动子区域在哪里了。
但我还是再唠叨几句：转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是猜测它的大体位置，如果你要研究promoter 区的话，建议你选择转录起始位点前的2000个碱基进行研究，一般默认的是这样。
当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研究-1000 到0 这一千个碱基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。
这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了，这种方法可能使用的人不是很多，但我个人比较喜欢，因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。