结核分枝杆菌rpoB基因突变检测

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耐药结核分枝杆菌耐药相关基因rpoB和katG突变分析研究的开题报告

耐药结核分枝杆菌耐药相关基因rpoB和katG突变
分析研究的开题报告
题目：耐药结核分枝杆菌耐药相关基因rpoB和katG突变分析研究
背景：
结核病是一种由结核分枝杆菌引起的慢性传染病，全球每年约有
100多万人死于结核病。

耐药结核分枝杆菌是指对治疗结核病常用的药物耐药的分枝杆菌。

目前，耐药结核病已经成为全球公共卫生的重要问题，使得结核病的治疗变得更加困难。

研究目的：
本研究旨在分析耐药结核分枝杆菌中耐药相关基因rpoB和katG的
突变情况，为结核病的诊断和治疗提供理论依据。

研究方法：
采集来自结核病患者的耐药结核分枝杆菌感染样本，通过PCR扩增rpoB和katG基因，并测序分析其序列差异，识别突变位点。

利用统计学方法分析突变位点和耐药性之间的关系。

预期结果：
本研究将分析耐药结核分枝杆菌中rpoB和katG基因的突变情况，
并探讨突变与耐药性之间的关系。

预计可以为结核病的诊断和治疗提供
新的理论依据，有助于制定更有效的治疗方案。

研究意义：
本研究的结果有助于提高对耐药结核分枝杆菌的认识，有利于指导
结核病的早期诊断和有效治疗，对防治结核病具有重要的理论和实践意义。

广东地区临床分离结核分枝杆菌KatG、rpoB、rpsL耐药基因变异研究

１６ＤＮ．Ａ序列测定与分析
ＰＲ物交由上海生工生物工程技术服务有限公司进行测序。Ｃ产２结果２１从５０广州市胸科医院疑似肺结核病患者的痰液中分离得到６例结核分枝杆菌。在本研究结．０例２果中，４药的总体耐药情况：ＩＨ药率为５．％（５６）、ＲＰ药率为４．（７６）、Ｓ耐种Ｎ耐６５３／２Ｆ耐３５２／２Ｍ
在５位点突变１株（．％）；ＣＣｃｌ３５５６５Ａ — ｃＴ（ｉ — Ｌｕ）在５位点突变６ＨＳｅ２６株（．％）；２２２
Ｃ — Ｃ（ｕＰ在５位点突变１ＧＴＧＬ — ｏ）Ｃｅｒ３３株（．％。见表３３７）。
１３引物设计．引物序列见表１。
表１引物序列
１４结核分枝杆菌ＤＮ．Ａ的制备
用接种环从ＬＪ养基斜面上刮取结核分枝杆菌菌落，加入到３０儿ＤＡ解液中，５ ℃ 水浴３ｈ —培０Ｎ裂５，
２２Ｋｔ．ａＧ基因与ＭＴＢ烟肼耐药异
频率最高，且以高度耐药为主。２株发生氨２
３株ＩＨ药株中，低度耐药率为８．％５耐Ｎ８１（／）和高度耐药率为７１（．％），１２８２／５８３３（一２９，得Ｐ＞００．５．，２之间差异无５）组统计学意义。在３株ＩＨ药株中，有２株发５Ｎ耐５生ｋｔ基因突变，ｋｔａＧａ基因突变率为８．％１０。ＡｃＡＣ（ｒＹｒ）在３位点突变２株Ｇ — ＣＳ — ｈｅ５１０

TaqManMGB双探针实时PCR快速检测_省略_核分枝杆菌rpoB基因多位点突

・论　著・TaqMan M G B双探针实时PCR快速检测结核分枝杆菌rpoB基因多位点突变方法的建立王伟华,刘　伟(聊城市人民医院中心实验室,山东聊城252000)摘要:目的　建立快速、灵敏的检测结核分枝杆菌rpoB基因常见突变位点的新方法。

方法　采用TaqMan小沟结合物(M G B)探针技术,检测146例活动性肺结核患者和35例非结核性肺部疾病患者痰标本中结核分枝杆菌rpoB基因突变情况,测序方法为参考方法。

结果　146例活动性肺结核患者痰标本中,双探针方法检出阳性118例,其中rpoB基因突变56例,与测序方法比较符合率100.0%;35例非结核性肺部疾病患者痰标本双探针方法检测均为阴性,特异性100.0%;该方法最低检出下限为1×103拷贝/ml。

结论　TaqMan M G B双探针方法能快速、准确地检测结核分枝杆菌rpoB基因位点突变情况,适用于临床对耐药结核分枝杆菌的快速诊断。

关键词:结核分枝杆菌;利福平;rpoB基因;突变中图分类号:R378.91+1 文献标识码:A 文章编号:100524529(2010)0320324203R apid Detection of Rifampin Drug2resistant G ene Mutation of Mycobacterium t uberculosis by T aqMan MGB Dual2probe R eal2time PCRWAN G Wei2hua,L IU Wei(L i aocheng People′s Hos pit al,L i aocheng,S handong252000,Chi na) Abstract:OB JECTIVE To establish a new methed rapid,and sensitive detection of M ycobacteri um tuberculosis rpoB gene mutation.METH ODS M.tuberculosis rpoB gene mutation was detected by TaqMan minor groove binder (M G B)dual2probe real2time PCR with sputum of146active pulmonary tuberculosis patients and35non2 tuberculous pulmonary patients.Sequence analysis was regarded as a reference method.RESU LTS Totally146 sputum samples f rom active pulmonary tuberculosis patients were detected by TaqMan M G B dual probe method from them118were positive,of which rpoB gene mutation were found in56samples.It was competely accordant with the results by sequence analysis.The sensitivity of TaqMan M G B dual2probe was1×103copies/ml.CONC L USIONS The method could detec the mutations of rpoB gene rapidly and accurately and could be used in diagnosis of rifampin drug2resistance in clinic.K ey w ords:M ycobacteri um tuberculosis;Rifampin;rpoB G ene;Mutation 多药耐药结核病(MDR2TB)被W HO认定为全球结核病疫情回升的主要原因之一。

西安市耐利福平结核分枝杆菌rpoB基因的突变型分析

西安市耐利福平结核分枝杆菌rpoB基因的突变型分析杜蓬;李峰;董兆麟;陈超【摘要】目的西安市结核分枝杆菌临床分离株rpoB基因RRDR的基因型分析.方法采用PCR-单链构象多态性(PCR-SSCP)分析32株结核分枝杆菌耐RFP株和10株RFP敏感株的rpoB基因PCR产物,并对8株具有代表性的菌株rpoB基因片段通过DNA测序进行验证.结果rpoB基因PCR-SSCP分析灵敏度为56.3％(18/32),特异性为80％(8/10).8株结核分枝杆菌rpoB基因经测序,6株耐RFP菌株中有5株的rpoB基因突变均发生在531或526密码子上.其中有两株在526密码子均发生了双碱基突变；1株PCR-SSCP呈现阴性的耐RFP结核分枝杆菌存在513密码子突变；两株RFP敏感株出现PCR-SSCP假阳性,其rpoB基因均涉及2～3个密码子的突变,其中518密码子突变型AAC→GAC为首次报道.结论 531和526密码子除了单点突变之外,亦出现同密码子双碱基突变型；RFP敏感株多密码子突变型值得关注.%Objective To genotype the rifampin (RFP)-resistance-determining region (RRDR) of rpoB gene of clinical Mycobacterium tuberculosis isolates in Xi'an by PCR single-strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) combined with DNA sequencing. Methods The rpoB gene of 32 RFP-resistant and 10 RFP-susceptible Mycobacterium tuberculosis strains was analyzed by PCR-SSCP within the 157 bp (Ala5oo to Val550) region covers RRDR, and the PCR products of rpoB gene of 8 strains, which have representative patterns of PCR-SSCP combined with drug sensitive testing, were sequenced subsequently. Results The sensitivity and specificity of PCR-SSCP in detected rpoB gene were 56. 3% (18/32) and 80% (8/10), respectively. Mutations in codon 531 or 526 wereobserved in 5 of 6 RFP-resistant isolates by DNA sequencing, and double-base mutations in codon 526 were found in 2 of 6 RFP-resistant isolates. One mutation in codon 513 with false-negative PCR-SSCP result was also unfolded. Two false-positive PCR-SSCP results were revealed among the RFP-susceptible strains with mutations covered Leu511 , Asp5i6 andAsn5i8, in which new asparagine 518 mutation type was identified. Conclusion The mutations in codon 531 and codon 526 of rpoB gene are still the "hot spots". Both point mutant and double mutants in one codon were discovered. Moreover, multiple mutations in codons of RFP-susceptible isolates deserve concern.【期刊名称】《西安交通大学学报（医学版）》【年(卷),期】2012(033)001【总页数】5页(P19-23)【关键词】结核分枝杆菌;耐利福平;rpoB基因;突变【作者】杜蓬;李峰;董兆麟;陈超【作者单位】国家微检测系统工程技术研究中心,陕西西安710069;浙江医学高等专科学校基础医学部,浙江杭州310053;西安市结核病医院检验科,陕西西安710061;国家微检测系统工程技术研究中心,陕西西安710069;西北大学生命科学学院,陕西西安 710069;国家微检测系统工程技术研究中心,陕西西安710069;西北大学生命科学学院,陕西西安 710069【正文语种】中文【中图分类】R446.5结核病（tuberculosis，TB）主要是由结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis）引起的一种严重危害人类健康的传染性疾病。

结核分枝杆菌耐利福平株rpoB基因突变的研究

结核分枝杆菌耐利福平株rpoB基因突变的研究发表时间：2013-05-13T09:00:00.797Z 来源：《中外健康文摘》2013年第9期供稿作者：廖小琴刘梅王建华张泓陈玲[导读] 近年来，由于耐药结核病的广泛流行等原因，结核病呈现死灰复燃趋势。

廖小琴刘梅（通讯作者）王建华张泓陈玲（通讯作者）（遵义医学院附属医院呼吸二科呼吸医学研究室贵州遵义 563003）【摘要】目的了解遵义地区结核分枝杆菌耐利福平临床分离株rpoB基因突变特点。

方法采用比例法对肺结核患者痰标本分离的127株结核分枝杆菌进行药物敏感性试验，并对结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因包括耐药决定区81个碱基在内的412bp片段进行PCR扩增及序列测定。

结果 127株结核分枝杆菌临床分离株中49株对利福平耐药，78株对利福平敏感。

49株耐利福平临床分离株中，31株rpoB基因存在突变（63.3%），突变位点为531、526和516等；511位点CTG→CAG（Leu→Pro）为新的突变位点；4株双位点联合突变，其中2例为新的联合突变：GAC516GGC，ATC572CTC和CTG511CAG，CAC526AAC。

结论结核分枝杆菌耐利福平与rpoB基因突变相关，且存在地区差异。

【关键词】结核分枝杆菌 rpoB 利福平耐药突变近年来，由于耐药结核病的广泛流行等原因，结核病呈现死灰复燃趋势。

利福平(rifampin，RFP)是目前抗结核一线药物中主要药物。

RFP与结核分枝杆菌(mycobacterium tuberculosis，MTB)RNA聚合酶β亚基结合,抑制转录而发挥杀菌作用。

RNA聚合酶β亚基由rpoB基因编码。

MTB对RFP耐药主要与rpoB基因的突变有关。

目前已发现的耐RFP临床分离株中rpoB基因突变位点超过70个，约96%的RFP突变分布在rpoB基因的利福平耐药决定区(rifampin resistance determing region，RRDR)的81个碱基内，以531、526及516位点突变最常见[1]。

210株结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB突变特征研究

ｉｎ２１０ｃｌｉｎｉｃａｌｉｓｏｌａｔｅｓＯｆＭ．ｆＰ，．ｃＺｏｆ
ＨＵＡＮＧＺｈｅｎ－ｙｕ，ＦＡＮＸｕｅ－ｇｏｎｇ
（ＸｉａｎｇｙａＨｏｓｐｉｔａｌ・ＣｅｎｔｒａｌＳｏｕｔｈＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｃｈａｎｇｓｈａ４１０００８，Ｃｈｉｎａ）
ｌｏｓｉｓ．２８６ｂｐＤＮＡｆｒａｇｍｅｎｔｏｆｒｐｏＢｇｅｎｅｉｎｃｌｕｄｉｎｇ８１ｂｐｃｏｄｅｒｅｇｉｏｎ（ｒｉｆａｍｐｉｃｉｎｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｄｅｔｅｒｅｍｉｎａｔｉｏｎｒｅｇｉｏｎ，ＲＲＤＲ）ｗａｓａｎａｌｙｚｅｄｗｉｔｈＰＣＲ－ＳＳＣＰ．Ｔｈｅｎｔｈｅ２８６ｂｐＤＮＡｆｒａｇｍｅｎｔｏｆｅａｃｈｓｔｒａｉｎｗｈｉｃｈｈａｄｂｅｅｎｐｒｏｖｅｄｔＯｈａｖｅｍｕｔａｔｉｏｎｂｙＰＣＲ— ＳＳＣＰｗａｓｓｅｑｕｅｎｃｅｄ．２１０ｓｔｒａｉｎｓｏｆＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ，ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ１１０ｒｉｆａｍｐｉｃｉｎ－ｒｅｓｉｓｔａｎｔｓｔｒａｉｎｓ，４０ｒｉｆａｒｍｐｉｃｉｎ－ＳＵＳＣｅｐｔｉｂｌｅｄｒｕｇ－ｒｅｓｉｓｔａｎｔｓｔｒａｉｎｓａｎｄ６０ｄｒｕｇ－ｓｕｓｃｅｐｔｉｂｌｅｓｔｒａｉｎｓｗｅｒｅｓｔｕｄｉｅｄ．７５ｒｉｆａｍｐｉｃｉｎ－ｒｅｓｉｓｔａｎｔｓｔｒａｉｎｓｗｅｒｅｄｅｔｅｃｔｅｄｔＯｈａｖｅｍｕｔａ — ｔｉｏｎｓｂｙＰＣＲ－ＳＳＣＰ．Ｂｙｍｅａｌｉｓｏｆｄｉｒｅｃｔｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇａｎａｌｙｓｉｓ，ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔ７７３

rpoB基因不同突变位点结核分枝杆菌利福平体外最小抑菌浓度的变化

rpoB基因不同突变位点结核分枝杆菌利福平体外最小抑菌浓度的变化万智敏;向延根;马小华;石国民;范任华;彭雪峰【摘要】目的探讨rpoB基因不同突变位点结核分枝杆菌利福平体外最小抑菌浓度(MIC)的变化.方法收集人型的结核分枝杆菌菌株103株,利用基因芯片法筛选rpoB耐药突变基因菌株.采用绝对浓度法对所有菌株进行不同浓度的利福平药敏试验,观察不同菌株对利福平的MIC.结果基因芯片共分离出55株rpoB突变株,48株非突变株.突变株MIC值为(459.6±205.8)μg/ml,高于非突变株的(5.0±4.5)μg/ml(P ＜0.05).55株rpoB突变株中突变位点分别为531(C→T)、526(C→G/T)和516(A→G/T),531(C→T)位点突变株的MIC值为(576.0±29.3)μg/ml,均高于516(A→G/T)的(432.9±38.2) μg/ml和526(C→G/T)的(355.5±59.5) μg/ml(P＜0.05),但526(C→G/T)、516(A→G/T)位点突变株的MIC比较,差异无统计学意义(P＞0.05).结论基因芯片检测结核分枝杆菌rpoB基因突变株与其耐药表型相关性较高.不同突变位点的结核杆分枝菌菌株对利福平的耐药程度有差异,可为临床合理用药提供参考.【期刊名称】《广西医学》【年(卷),期】2016(038)006【总页数】4页(P773-775,780)【关键词】结核分枝杆菌;rpoB基因;芯片基因;利福平;最小抑菌浓度【作者】万智敏;向延根;马小华;石国民;范任华;彭雪峰【作者单位】南华大学临床医学院,衡阳市421001;长沙市中心医院检验科,长沙市410004;长沙市中心医院检验科,长沙市410004;长沙市中心医院检验科,长沙市410004;长沙市中心医院检验科,长沙市410004;长沙市中心医院检验科,长沙市410004;长沙市中心医院检验科,长沙市410004【正文语种】中文【中图分类】R378.911我国是结核病高负担国家，也是耐药结核高负担国家[1]。

结核分枝杆菌北京基因型菌株rpoB基因突变特征研究

ＣｌｉｓｌｔｓｏＭｙｃｂｃｅｉｍｕｅｃｌｓｓｗｅｅａａｙｅｙＩ６０ＲＰａｄＳｏｌｏｙｉｇｆｒｇｎｔｐｎ．ｏｅｅｍｕａｉｎｆｉｃｉｏａｅｆｎｏａｔｒｕｔｂｒｕｏｉ＂ｒｎｌｚｄｂＳ１一ＦＬｎｐｉｔｐｎｏｅｏｙｉｇＲｐＢｇｎｔｔｓｏ１ｇｏ
Ｌｉａ，ｕＹｎｇＧｕｏＹａｌｎ，ｉｎｎｉｇＪａｇＧｕａｌ，ｔ１ｎｇｕｅ．ａ
Ｂｉｎｕｅｃｌｓｎｈｒｃｕｒｅｅｒｓｔｔ，ｅｉｇ１１４，ｈｎｅｉｇｂｒｕａｉａｄＴｏａｉＴｍｏｓａｃＩｔｕｅＢｉｎ０９ＣｉａｊＴｓｃＲｈｎｉｊ１
ＡｓｒｃｂｅｔｅＴｎｌｚｈｒｃｅｚｔｎｏｏｔｔｎｉＢｉｎｅｏｙｅｏｃｂｃｒｕｔｂｒｕｏｉｔｏｓｈ０ｂｔａｔｊｅｉｏａａｙｅｃａａｔａｏｆｐＢｍｕａｉｅｉｇｎｔｐｆ０ｖｉｒｉｒｏｎｊｇＭｙｏａｔｉｍｅｃｌｓｓＭｅｈｄｅ１２ｅｕＴ
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结核分枝杆菌rpoB基因突变检测
作者：尹冬梅
来源：《健康必读（上旬刊）》2019年第03期
【摘; 要】目的：通过PCR和测序法检测rpoB基因利福平耐药区域（RRDR）是否存在突变并测定其突变位点。

方法：收集临床分离结核杆菌DNA检测阳性标本，通过PCR技术扩增其rpoB基因，扩增产物测序，并将测序结果提交至NCBI数据库中对比。

结果：30例结核DNA阳性标本中，有25例rpoB 基因PCR 扩增阳性者，有18例测序成功，与PUBMED BLAST中标准菌株rpoB基因对比，存在突变的菌株有10例，没有突变的菌株有8例，突变
率为55.56%，突变核心区域突变率为90.0%。

结论：rpoB 基因PCR 检测在可辅助诊断结核病的同时，对其产物进行测序可直接判别对利福平耐药与否，能给临床提供快速用药指导。

【关键词】结核分枝杆菌;PCR;rpoB基因;利福平耐药
【中图分类号】R454;;;;; 【文献标识码】A;;;;; 【文章编号】1672-3783（2019）03-0047-02。