实验一_常用生物信息学数据库的_[1]...
生物信息学数据库和核酸序列的检索实验心得
生物信息学数据库和核酸序列的检索实验心得生物信息学数据库和核酸序列的检索实验心得一、引言生物信息学是一门综合学科，它将计算机科学与生物学相结合，通过开发和应用计算机算法与技术来处理生物学数据并进行相关的研究。
数据库是生物信息学研究中不可或缺的工具之一，而核酸序列的检索是生物信息学研究中的基础工作之一。
本文将对生物信息学数据库和核酸序列的检索进行实验，并总结心得体会。
二、生物信息学数据库的选择在进行核酸序列的检索前，首先需要选择合适的生物信息学数据库。
常用的生物信息学数据库有GenBank、EMBL、DDBJ等。
在实验中，我选择了GenBank数据库进行核酸序列的检索。
三、核酸序列的检索方法1. 关键词检索关键词检索是最常用的核酸序列检索方法之一。
通过输入与所需核酸序列相关的关键词，系统会根据关键词在数据库中进行搜索，并返回相关的核酸序列结果。
在实验中，我以“人类乳腺癌”为关键词进行检索，得到了与人类乳腺癌相关的核酸序列信息。
2. 序列相似性比对序列相似性比对是另一种常用的核酸序列检索方法。
通过输入一个已知的核酸序列，系统会在数据库中寻找与之相似的序列，并返回相似序列的信息。
在实验中，我选择了一段已知的人类乳腺癌相关的核酸序列进行比对，得到了与之相似的核酸序列信息。
四、实验心得在进行生物信息学数据库和核酸序列的检索实验过程中，我深刻体会到了生物信息学的重要性和实用性。
通过生物信息学数据库，我们可以方便地获取到大量的生物学数据，为生物学研究和应用提供了重要的支持。
在实验中，我发现关键词检索是一种简单有效的核酸序列检索方法。
通过合理选择关键词，我们可以快速地获得与所需核酸序列相关的信息。
同时，关键词检索还可以帮助我们从大量的核酸序列中筛选出与特定研究对象相关的序列，提高研究的效率。
序列相似性比对也是一种非常重要的核酸序列检索方法。
通过比对已知的核酸序列，我们可以找到与之相似的序列，从而获得更多相关的信息。
实验一__生物信息学数据库浏览与数据库检索(1)
实验一生物信息学数据库浏览与数据库检索实验原理：生物信息学数据库是一切生物信息分析的基础，目前，国际上已经形成了数以百计的生物信息数据库，在各种生物信息学数据库中，最为重要的还是收集DNA序列的核酸序列数据库：EMBL数据库()，GenBank数据库（）和DDBJ (DNA Data Bank of Japan)数据库(http://www.ddbj.nig.ac.jp)。
数据库分为一级数据库和二级数据库。
数据库检索系统中较为著名的也是常用的是NCBI开发的Entrez系统。
实验目的与要求：通过浏览和检索常用的核酸基本数据库，熟悉三大著名的核酸公共数据库及数据库格式，了解其包含的具体内容,并能够在不同数据格式之间进行熟练转换；熟练掌握数据库检索的各种方法。
（1）要求学生通过浏览生物信息学重要的数据库，了解数据库的格式及数据格式（2）通过检索掌握数据库检索工具的使用、方法及技巧（3）掌握数据库资源的检索方法实验材料：（1）实验基因SOD 基因Glycoside Hydrolase基因（2）数据库GenBank ()EMBL ()Cazy()NAR(/)工具软件：Entrez （）实验内容：一、利用数据库检索的工具Entrez在初级数据库GENBANK或EMBL检索有关SOD（superoxide dismutase）基因的核酸与蛋白质序列信息（1）进入NCBI主页（）（2）进入Entrez主页（3）输入自己确定的关键词，检索SOD（superoxide dismutase）基因（4）在核酸和蛋白质数据库中分别浏览检索到的结果，任选一个物种(真核生物)查看SOD 基因的核酸和蛋白质序列（5）依次学习各条目的具体内容，并浏览该数据库条目中的每个超连接（6）使用related information功能查看map viewer，了解SOD的染色体分布情况等情况（7）在核酸数据库中，通过display view将蛋白质序列转换为FASTA格式，将记录的FASTA 说明部分和第一行序列(8)在蛋白质数据库，点击advanced超链接，学习使用其检索每一特定物种的SOD蛋白回答以下问题：检索关键词是什么？KEYWORDS RefSeq.SOD 核酸的FASTA说明部分和第一行序列>gi|998745920|ref|NC_029304.1| Cnaphalocrocismedinalisgranulovirus strain Enping, complete genome ATGGGCTACTATTCTAAATCACTACGTCACAGCCGCCACAACGGCACCACTTGTGTAATCGACAACCAC A该数据库记录的物种来源是什么？SOURCE Cnaphalocrocismedinalisgranulovirus该数据库记录是何时提交到数据库的？22-FEB-2016其分子类型、序列长度分别是？111246 bp DNA请列举两篇有关SOD的文献。
常用的生物数据库(一)
常用的生物数据库（一）引言概述：本文将介绍一些常用的生物数据库，这些数据库在生命科学研究中起到了重要的作用。
生物数据库是存储和管理生物学数据的平台，为科学家们提供了丰富的数据资源，便于他们进行进一步的研究和分析。
在本文中，我们将介绍五个常用的生物数据库，分别是A数据库、B数据库、C数据库、D数据库和E数据库。
正文：一、A数据库1. A数据库是一个广泛应用于基因组学研究的生物数据库。
2. A数据库提供了大量的基因序列和蛋白质序列，以及与这些序列相关的注释信息。
3. A数据库还提供了丰富的基因组数据和表达数据，可以帮助研究人员了解基因的功能和调控机制。
4. A数据库还提供了工具和资源，用于基因组比较和功能注释分析。
5. A数据库不仅仅适用于基础研究，也为生物技术和药物开发提供了重要的数据支持。
二、B数据库1. B数据库是一个专门用于蛋白质相关研究的生物数据库。
2. B数据库提供了大量的蛋白质序列和结构信息，以及与这些蛋白质相关的功能和互作信息。
3. B数据库还提供了工具和资源，用于预测蛋白质结构和功能，并对蛋白质相互作用网络进行分析。
4. B数据库不仅仅适用于基础研究，也为药物设计和生物工程提供了重要的数据支持。
5. B数据库的数据来源于多个实验室的研究成果，经过严格的质量控制和标准化处理。
三、C数据库1. C数据库是一个应用于植物研究的生物数据库。
2. C数据库提供了大量的植物基因组数据和表达数据，以及与这些数据相关的注释信息和功能注释分析结果。
3. C数据库还提供了工具和资源，用于植物基因功能分析和代谢途径研究。
4. C数据库不仅仅适用于基础研究，还为农业和生物能源领域的研究提供了重要的数据支持。
5. C数据库的数据来源于多个研究机构和实验室的合作项目，经过严格的数据收集和整理。
四、D数据库1. D数据库是一个广泛应用于微生物研究的生物数据库。
2. D数据库提供了大量的微生物基因组数据和表达数据，以及与这些数据相关的功能注释信息和分类信息。
生物信息学,实验一
实验一文献检索和浏览各大生物分子数据库一、实验目的1、学习文献检索方法2、了解生物信息学常用数据库的结构二、实验内容本实验通过登陆GenBank、EMBL、DDBJ三个国际上权威的核酸序列数据库、GDB基因组数据库、人类基因组数据库Ensembl、表达序列标记数据库dbEST、序列标记位点数据库dbSTS，以及PIR、SWISS-PROT、TrEMBL蛋白质序列数据库、蛋白质数据仓库UniProt、生物大分子数据库 PDB等，了解各数据库的结构，。
三、实验仪器、设备及材料计算机（联网）四、实验原理建立生物分子数据库的动因是由于生物分子数据的高速增长，而另一方面也是为了满足分子生物学及相关领域研究人员迅速获得最新实验数据的要求。
生物分子信息分析已经成为分子生物学研究必备的一种方法。
数据库及其相关的分析软件是生物信息学研究和应用的重要基础，也是分子生物学研究必备的工具。
国际上权威的核酸序列数据库有三个，分别是美国生物技术信息中心（NCBI）的GenBank （/web/Genbank/index/html）、欧洲分子生物学实验室的EMBL-Bank（简称EMBL，/embl/index/html）及日本遗传研究所的DDBJ （http://www.ddbj.nig.ac.jp/）。
三个数据库中的数据基本一致，仅在数据格式上有所差别，对于特定的查询，三个数据库的响应结果一样GDB（/）是一个出现较早的基因组数据库。
目前GDB包含对下述三种对象的描述：（1）人类基因组区域，包括基因、克隆、PCR标记物、断点、细胞遗传学标记、易碎位点、 EST、综合区域、contigs、重复等；（2）人类基因组图谱，包含细胞遗传学图谱、连接图谱、辐射混合图谱、contig 图谱、集成图谱，所有这些图谱都可以被直观地显示出来；（3）人类基因组中的变化，包括基因突变和基因多态性，加上等位基因频率数据。
Ensembl (/）是一个综合性基因组数据库，Ensembl包括所有公开的人类基因组DNA序列，通过注释形成的关于序列的特征。
生物信息数据
实验一；生物信息学数据库和软件的搜索专业：学号：30 姓名：宸一：搜索生物信息学数据库或软件（1）1：NCBI 美国国家生物技术信息中心网址：/2：NCBI 美国国家生物技术信息中心，National Center for Biotechnology InformationNCBI管理着GenBank、UniGene、dbSNP等数据库，提供Entrez、BLAST等数据库检索工具。
所有的这些数据库都可以通过Entrez搜索引擎在线访问.3：（2）1：欧洲生物信息学研究所网址：/2：EBI，欧洲生物信息学研究所，European Bioinformatics Institute1994年成立于英国剑桥，其前身为位于德国海德堡的欧洲分子生物学实验室的信息部门。
EBI 接受了原来EMBL数据库的管理和维护，并且是欧洲分子生物学网（EMBnet）的一个特别节点。
3：（3）1：欧洲分子生物学信息网网址：/2：EMBnet, 欧洲分子生物学信息网建立于1988年，在荷兰注册。
中国在1996年加入其成员国，EMBnet的中国节点设在北京大学生物信息中心PKUCBI3：（4）1：日本国立遗传学研究所网址：http://www.ddbj.nig.ac.jp2：NIG 日本国立遗传学研究所，National Institute of Genetics维护和管理日本DNA数据库DDBJ。
该数据库首先反映日本产生的数据，同EMBL、GenBank有合作关系3：（5）1：中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心的网站网址：2：BioSino 中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心的网站它的主要任务是维护我国的核酸序列公共数据库，提供包括各种链接的生物学导航信息，含中英文本。
3：（6）1：北京大学生物信息中心网址：2：CBI 或PKUCBI，北京大学生物信息中心CBI成立于1997年3月，它是EMBnet的中国节点，也是亚太生物信息网APBionet的中国节点。
生物信息学实验报告1(一)生物信息学数据库
（一）生物信息学数据库实验目的：了解生物信息学的各大门户网站,了解数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。
1、分别读取人CDK4的核酸序列及蛋白质序列，保存FASTA格式序列，熟悉数据库记录的flatfile格式，看懂其中的注释。
在NCBI数据库中读取人CDK4的核酸序列，步骤入下：（1）选择核酸(Nucleotide）将CDK4输入搜索栏中，点击Search。
（2）在Top Organisms中选择人（Homo sapients）(3)在数据库出现的数据中选择合适的核酸序列，选择FASTA可以使序列以FASTA 的格式显示出来。
GenBank形式则显示该序列的详细信息。
（4）保存的FASTA格式序列如下>gi|345525417|ref|NM_000075.3| Homo sapiens cyclin-dependent kinase 4 (CDK4), mRNACACCTCCTGTCCGCCCCTCAGCGCATGGGTGGCGGTCACGTGCCCAGAACGTCCGGCGTTCGCCCCG CCCTCCCAGTTTCCGCGCGCCTCTTTGGCAGCTGGTCACATGGTGAGGGTGGGGGTGAGGGGGCCTCTCTAG CTTGCGGCCTGTGTCTATGGTCGGGCCCTCTGCGTCCAGCTGCTCCGGACCGAGCTCGGGTGTATGGG(5) 在NCBI数据库中读取人CDK4的蛋白质序列，步骤入下：选择蛋白质(Protein）将CDK4输入搜索栏中，点击Search。
选择CDK4[Homo sapiens]的FASTA格式2、2BXI练习使用Jmol浏览蛋白质的三维结构。
()先进入PDB，再查看。
无法访问此网站3、练习使用Pubmed文献数据库（1）Pubmed检索运算符逻辑与：AND；逻辑或：OR；逻辑非：NOT。
注：当当一个检索表达式中同时含有三个运算符时，运算顺序从左至右，括号可以改变运算顺序。
生物信息学实验报告
生物信息学实验报告班级：：学号：日期：实验一核酸和蛋白质序列数据的使用实验目的了解常用的序列数据库，掌握基本的序列数据信息的查询方法。
教学基本要求了解和熟悉NCBI 核酸和蛋白质序列数据库，可以使用BLAST进行序列搜索，解读BLAST 搜索结果，可以利用PHI-BLAST 等工具进行蛋白质序列的结构域搜索，解读蛋白质序列信息，可以在蛋白质三维数据库中查询相关结构信息并进行显示。
实验容提要在序列数据库中查找某条基因序列（BRCA1），通过相关一系列数据库的搜索、比对与结果解释，回答以下问题：1. 该基因的基本功能？2. 编码的蛋白质序列是怎样的？3. 该蛋白质有没有保守的功能结构域 (NCBI CD-search)？4. 该蛋白质的功能是怎样的？5. 该蛋白质的三级结构是什么？如果没有的话，和它最相似的同源物的结构是什么样子的？给出示意图。
实验结果及结论1. 该基因的基本功能？This gene encodes a nuclear phosphoprotein that plays a role in maintaining genomic stability, and it also acts as a tumor suppressor. The encoded protein combines with other tumor suppressors, DNA damagesensors, and signal transducers to form a large multi-subunit protein complex known as the BRCA1-associated genome surveillance complex (BASC). This gene product associates with RNA polymerase II, and through the C-terminal domain, also interacts with histone deacetylase complexes. This protein thus plays a role in transcription, DNA repair of double-stranded breaks, and recombination. Mutations in this gene are responsible for approximately 40% of inherited breast cancers and more than 80% of inherited breast and ovarian cancers. Alternative splicing plays a role in modulating the subcellular localization and physiological function of this gene. Many alternatively spliced transcript variants, some of which are disease-associated mutations, have been described for this gene, but the full-length natures of only some of these variants has been described. A related pseudogene, which is also located on chromosome 17, has been identified. [provided by RefSeq, May 2009]2. 编码的蛋白质序列是怎样的？[Homo sapiens]1 mdlsalrvee vqnvinamqk ilecpiclel ikepvstkcd hifckfcmlk llnqkkgpsq61 cplcknditk rslqestrfs qlveellkii cafqldtgle yansynfakk ennspehlkd121 evsiiqsmgy rnrakrllqs epenpslqet slsvqlsnlg tvrtlrtkqr iqpqktsvyi181 elgsdssedt vnkatycsvg dqellqitpq gtrdeislds akkaacefse tdvtntehhq241 psnndlntte kraaerhpek yqgssvsnlh vepcgtntha sslqhenssl lltkdrmnve301 kaefcnkskq pglarsqhnr wagsketcnd rrtpstekkv dlnadplcer kewnkqklpc361 senprdtedv pwitlnssiq kvnewfsrsd ellgsddshd gesesnakva dvldvlnevd421 eysgssekid llasdpheal ickservhsk svesniedki fgktyrkkas lpnlshvten481 liigafvtep qiiqerpltn klkrkrrpts glhpedfikk adlavqktpe minqgtnqte541 qngqvmnitn sghenktkgd siqneknpnp ieslekesaf ktkaepisss isnmelelni601 hnskapkknr lrrksstrhi halelvvsrn lsppnctelq idscssseei kkkkynqmpv661 rhsrnlqlme gkepatgakk snkpneqtsk rhdsdtfpel kltnapgsft kcsntselke721 fvnpslpree keekletvkv snnaedpkdl mlsgervlqt ersvesssis lvpgtdygtq781 esisllevst lgkaktepnk cvsqcaafen pkglihgcsk dnrndtegfk yplghevnhs 841 retsiemees eldaqylqnt fkvskrqsfa pfsnpgnaee ecatfsahsg slkkqspkvt 901 feceqkeenq gknesnikpv qtvnitagfp vvgqkdkpvd nakcsikggs rfclssqfrg 961 netglitpnk hgllqnpyri pplfpiksfv ktkckknlle enfeehsmsp eremgnenip 1021 stvstisrnn irenvfkeas ssninevgss tnevgssine igssdeniqa elgrnrgpkl 1081 namlrlgvlq pevykqslpg snckhpeikk qeyeevvqtv ntdfspylis dnleqpmgss 1141 hasqvcsetp ddllddgeik edtsfaendi kessavfsks vqkgelsrsp spfththlaq 1201 gyrrgakkle sseenlssed eelpcfqhll fgkvnnipsq strhstvate clsknteenl 1261 lslknslndc snqvilakas qehhlseetk csaslfssqc seledltant ntqdpfligs 1321 skqmrhqses qgvglsdkel vsddeergtg leennqeeqs mdsnlgeaas gcesetsvse 1381 dcsglssqsd ilttqqrdtm qhnliklqqe maeleavleq hgsqpsnsyp siisdssale 1441 dlrnpeqsts ekavltsqks seypisqnpe glsadkfevs adsstsknke pgversspsk 1501 cpslddrwym hscsgslqnr nypsqeelik vvdveeqqle esgphdltet sylprqdleg 1561 tpylesgisl fsddpesdps edrapesarv gnipsstsal kvpqlkvaes aqspaaahtt 1621 dtagynamee svsrekpelt astervnkrm smvvsgltpe efmlvykfar khhitltnli 1681 teetthvvmk tdaefvcert lkyflgiagg kwvvsyfwvt qsikerkmln ehdfevrgdv 1741 vngrnhqgpk raresqdrki frgleiccyg pftnmptdql ewmvqlcgas vvkelssftl 1801 gtgvhpivvv qpdawtedng fhaigqmcea pvvtrewvld svalyqcqel dtylipqiph 1861 shy3. 该蛋白质有没有保守的功能结构域 (NCBI CD-search)？有保守的供能结构域。
实验一 常用生物数据库及数据库的查询与搜索
学院：______ 班级:_______ 学号:_________ 姓名:__________ 成绩：______ 实验一常用生物数据库及数据库的查询与搜索目的：1、了解常用生物数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。
2、掌握 NCBI Entrez系统的使用，根据需要在 NCBI 的各类数据库中搜寻信息。
二、核酸序列信息查询1、登录NCBI网站主页（/），点击页面上部的链接（about the NCBI），了解NCBI网站的相关介绍；继续点击链接（databases and tools）了解NCBI网站的数据库相关信息。
回答以下问题：（1）NCBI GenBank数据库中近两年的数据量分别是多少？最近一次的数据统计截止到什么时间？（2）NCBI Entrez系统是否包括EST（Expressed Sequence Tags）数据库？EST 数据库中收集什么数据？7）这条序列编码的蛋白质在数据库中的序列名称是什么？（8）该记录的FASTA格式文件第一行内容为：三、蛋白质序列数据库查询登录NCBI网站主页（/）。
参照第四章生物信息数据库的基本应用课件，选择protein数据库，以ABR19831为检索词，查询数据库，分别以GBFF格式、FASTA格式打开该记录，查看相关信息，回答下列问题：（1）这条序列包括多少氨基酸残基？（2）这条序列的最新更新日期是什么时间？（3）这条蛋白质序列的名称是什么？（4）这条序列来源于什么物种？（5）这条序列是由哪里的研究者提交的？（6）编码这条序列的基因是什么基因？（7）该记录的FASTA格式文件第一行内容为：四、NCBI数据库搜索利用NCBI网站的BLAST软件包（/BLAST/2、登录NCBI网站主页（/），熟悉网页上的查询栏。
参照第四章生物信息数据库的基本应用课件，选择nucleotide数据库，以BT073138为检索词，查询数据库，分别以GBFF格式、FASTA格式打开该记录，查看相关信息，回答下列问题：（1）这条序列的分子类型是什么？1、通过阅读学术期刊Nucleic Acid Research了解目前生物信息数据库的数量及分类。
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实验一常用生物信息学数据库的使用
一、实验目的：
1、掌握核酸序列检索的操作方法；
2、熟悉GenBank数据库序列格式及其主要字段的含义；
3、了解EMBL数据库序列格式及其主要字段的含义；
4、熟悉GenBank数据库序列格式的FASTA序列格式显示与保存；
二、实验器材：计算机，NCBI等生物信息学网络资源。
三、实验原理：建立生物分子数据库的动因是由于生物分子数据的高速增长，而另一方面也是为了满足分子生物学及相关领域研究人员迅速获得最新实验数据的要求。
生物分子信息分析已经成为分子生物学研究必备的一种方法。
数据库及其相关的分析软件是生物信息学研究和应用的重要基础，也是分子生物学研究必备的工具。
根据Genebank 提供的数据资源，应用分类学方法进行核苷酸序列的查找。
四、实验内容：查找下列不同物种的不同基因组的核苷酸序列。
表1：不同物种的不同基因组的核苷酸序列表
五、实验步骤：
1、打开NCBI网站的主页，然后点击Genebank，进入到Genebank 的界面，然后点击网页
上端Search后面的基本检索输入框选择所要查询的数据库，然后在后面一个方框中输入所查询的核苷酸序列的相关的关键词，点击检索按钮。
2、进入对应的核苷酸序列子库界面，点击目标核苷酸序列子库。
3、根据子库中提供的各条序列的注释及各自的GenBank收录号，寻找自己查找的目标序列，
点击目标序列的GenBank收录号，进入目标核苷酸序列界面。
4、点击所需要的目标核苷酸序列的GenBank收录号就可以得到我们想要的核苷酸序列，然
后将它们拷贝下来。
六、实验要求：每个人必须至少查找3个种，5条核苷酸序列。
必须写明查找到的核苷酸序列以及各条核苷酸序列的GenBank收录号-LOCUS，基因注释-DEFINITION，文章的作者AUTHORS，文章题目-TITLE，文章所发表的期刊-JOURNAL。
七、实验结果：
查找的核苷酸序列基本情况表。