凝胶电泳及染色注意事项
琼脂糖凝胶电泳注意事项
2.5 DNA样品的纯度和状态
2.6 DNA的上样
2.7 Marker的选择
2.8 凝胶的染色和观察
3 琼脂糖中回收DNA琼脂糖凝胶电泳 - 原理
琼脂糖凝胶电泳是用琼脂或琼脂糖作支持介质的一种电泳方法。对于分子量较大的样品，如大分子核酸、病毒等，一般可采用孔径较大的琼脂糖凝胶进行电泳分离。其分析原理与其他支持物电泳的最主要区别是：它兼有“分子筛”和“电泳”的双重作用。 琼脂糖凝胶具有网络结构，物质分子通过时会受到阻力，大分子物质在涌动时受到的阻力大，因此在凝胶电泳中，带电颗粒的分离不仅取决于净电荷的性质和数量，而且还取决于分子大小，这就大大提高了分辨能力。但由于其孔径相当大，对大多数蛋白质来说其分子筛效应微不足道，现广泛应用于核酸的研究中。
凝胶的染色和观察
实验室常用的核酸染色剂是溴化乙啶（EB），染色效果好，操作方便，但是稳定性差，具有毒性。而其他系列例如SYBR Green，gelred，虽然毒性小，但价格昂贵。TIANGEN公司的GeneGreen相比则是性价比高的低毒替代染料，其灵敏度比传统EB染料高10倍以上。注意观察凝胶时应根据染料不同使用合适的光源和激发波长，如果激发波长不对，条带则不易观察，出现条带模糊的现象。
要尽量减少DNA在紫外下的照射时间以减少对DNA的损伤；
熔胶要完全。[2]
蛋白质和核酸会根据pH不同带有不同电荷，在电场中受力大小不同，因此跑的速度不同，根据这个原理可将其分开。电泳缓冲液的pH在6~9之间，离子强度0.02~0.05为最适。常用1%的琼脂糖作为电泳支持物。琼脂糖凝胶约可区分相差100bp的DNA片段，其分辨率虽比聚丙烯酰胺凝胶低，但它制备容易，分离范围广。普通琼脂糖凝胶分离DNA的范围为0.2-20kb，利用脉冲电泳，可分离高达10^7bp的DNA片段。
琼脂糖凝胶电泳常见问题分析
文档来源为:从网络收集整理.word 版本可编辑.欢迎下载支持.1文档来源为:从网络收集整理.word 版本可编辑.欢迎下载支持.琼脂糖凝胶电泳常见问题分析问题可能原因解决方法DNA Marker 降解 核酸酶污染每次吸取时更换灭菌枪头，勿将电泳缓冲液带入管中；用后密闭4°C 保存保存不当4°C 或-20°C 保存，避免多次反复冻融；不可加热DNA Marker 无法正确分离 琼脂糖质量差使用质量可靠的琼脂糖制胶 电泳缓冲液多次使用后失效 更换缓冲液 条带黯淡核酸浓度过低 增加上样量核酸降解使用不含核酸酶的试剂和耗材制备样品 DNA 条带被示踪染料掩盖提高上样量；避免使用与目的片段迁移率相同的示踪染料条带模糊或弥散电泳缓冲液多次使用后失效 更换缓冲液核酸部分降解使用不含核酸酶的试剂和耗材制备样品 核酸样品纯度差，含有DNA 结合蛋白或高浓度的盐份 酚/仿抽提或乙醇沉淀去除蛋白、盐份等杂质电压过低，电泳时间过长根据凝胶大小和电泳缓冲液类型，使用适当的电压进行电泳染色时间过长或拍照前放置过久，DNA 条带弥散电泳结束后及时观察、拍照 条带缺失DNA 条带分子量过大使用脉冲凝胶电泳分子量接近的DNA 条带没有分开 选择适当的凝胶浓度进行电泳电泳缓冲液使用不当SD 和TBE 缓冲液适于分析较小分子量的DNA 片段，大片段分子不能完全分离；TAE 缓冲液不适于分离很小的DNA 片段电泳时间过长或电压过高，DNA 走出凝胶缩短电泳时间，调整电压电极插反，DNA 走出凝胶正确连接电极方向 条带大小不正确核酸降解或形成聚合物加热处理或重新制备样品λ DNA 酶切Marker 的cos 位点复性 电泳前65°C 加热5分钟，冰上冷却5分钟以后再上样相同分子量的DNA 片段由于结构或判断DNA 分子是否有特殊结构，分子是否有特殊结构，如缺口、超如缺口、超序列的差异而有不同的迁移率 螺旋、二聚体等；富含AT碱基的DNA迁移率比同分子量富含GC碱基的DNA片段慢 梳子变形，点样孔不在同一水平线上 使用完好的梳子制胶带型异常 不同样本的上样条件不同 选用相同的上样缓冲液，上样量尽可能接近上样量过大或过小 选择合适大小的上样孔，样品应完全覆盖点样孔底部核酸样品纯度差，含有DNA结合蛋白或高浓度的盐份酚/仿抽提或乙醇沉淀去除蛋白、盐份等杂质电泳缓冲液未完全浸没凝胶 上样和电泳时，确保缓冲液始终能完全覆盖凝胶电压过高或电泳时间过长致使凝胶过热和DNA变性 根据凝胶大小和电泳缓冲液类型，使用适当的电压进行电泳凝胶中加入EB造成染色不均 加入EB时充分混匀或电泳结束后再染色凝胶中有气泡或污染物 使用纯水和洁净容器制胶；缓慢灌胶，并赶除气泡点样孔质量差 待凝胶完全凝聚后再取出梳子小片段扩散,条带模糊,粗 错误选择了低浓度凝胶错误选择了低浓度凝胶,,观察大片段用低浓度凝胶用低浓度凝胶,,观察小片段要用高浓度比如观察100bp的小片段用2%2%凝胶跑电泳凝胶跑电泳 琼脂糖质量不好琼脂糖质量不好,,质量不好的琼脂糖分离小片段容易扩散分离小片段容易扩散,,即使是使用高浓度凝胶换用质量好的琼脂糖选择了不合适的电泳缓冲液 SD和TBE缓冲液适于分析较小分子量的DNA片段，大片段分子不能完全分离；TAE缓冲液不适于分离很小的DNA片段DNA凝胶电泳简介一、实验原理DNA电泳是基因工程中最基本的技术，DNA制备及浓度测定、目的DNA片段的分离，重组子的酶切鉴定等均需要电泳完成。
琼脂糖凝胶电泳技术
电泳检测技术是指利用带电颗粒在电场中能向异性电极泳动这一现象来分离、纯化或分析检测供试品的一种生物化学技术。
原理：许多生物分子都带有电荷，在电场作用下可发生移动，由于混合物中各组分所带电荷性质、数量以及相对分子质量各不相同，使在同一电场作用下，各组分的泳动方向和速率也各有差异，所以在一定时间内，它们移动距离不同，从而可达到分离鉴定的目的。
DNA分子在琼脂糖凝胶中泳动时，包括电荷效应和分子筛效应。
琼脂糖是由天然的琼脂加工制得，是一种直链杂聚多糖，溶于热水，形成溶胶，冷却后成为孔径范围从50nm到大于200nm的大网孔径凝胶。
由于孔径较大，对一般蛋白质不起分子筛作用，该电泳技术是目前分离、分析DNA片段的标准方法。
DNA琼脂糖凝胶电泳的原理DNA 分子是两性电解质，在高于其等电点的溶液（pH8.0~pH8.3 DNA分子本身的大小和构型、凝胶浓度决定了DNA分子的迁移速度。
）中，碱基几乎不解离，磷酸基团全部解离，DNA 分子带负电荷，在电场中向正极移动。
DNA分子大小对迁移速率的影响：相对分子质量大，迁移慢；相对分子质量小，迁移快。
DNA分子构型对迁移速率的影响：迁移速度：闭环﹥直链DNA﹥开环DNA。
琼脂糖凝胶浓度的影响：同样大小的线性DNA片段，在不同浓度的琼脂糖凝胶中的迁移速度不同，浓度越大，迁移的越慢常用的电泳上样缓冲液含溴酚蓝，有的还含有二甲苯青，这些指示剂可以指示电泳的速度。
溴化乙淀（EB）是核酸的染色剂，能插入DNA分子中形成荧光结合物，EB在紫外线照射下的发射荧光。
荧光的强度与DNA的含量成正比，从而可以确定DNA片段在凝胶中的位置及估计出待测样品的浓度。
EB是强致癌剂。
电泳操作步骤(整个过程要求带一次性手套1、胶槽准备①将凝胶托盘放入制胶盒中;②将加样梳垂直插入到制胶盒的小凹槽内，梳齿底端和凝胶托盘有1mm的间隙;③将制胶盒放在调整好的水平台上。
2、凝胶准备用1×TAE配制1％琼脂糖凝胶。
琼脂糖凝胶电泳
琼脂糖凝胶浓度与DNA分子的有效分离范围
胶浓度（％） 0.3 0.6 0.7 0.9 1.2 1.5 2.0 线性DNA分子大小（kb） 5～60 1～20 0.8～10 0.5～7 0.4～6 0.2～4 0.1～3
二、仪器设备及材料
1、电泳装置：包括电泳槽（多采用水平方式）、 胶床和梳子三部分组成。 2、稳压电泳仪：电压可变范围0～300～600V， 电流可变范围0～250～500mA。 3、紫外线检测仪：可产生254、302、366nm 3个 波段紫外线，并配备防护眼镜和5mm厚的黑色 有机玻璃防护板。 4、照相机： 5、微波炉： 6、其它：三角烧瓶、量筒、胶带纸、一次性手套等。
3、铺胶：将冷却致60℃的凝胶倒入准备好的胶
床内，凝胶厚度3～5mm。 4、室温下静置1小时左右，凝胶固化。撕去胶床 两端的胶带纸，将带凝胶的胶床置于电泳槽中， 并使样品孔位于电场负极。 5、向电泳槽中加入0.5×TBE电泳缓冲液，以越 过凝胶表面1～2mm为宜。 6、轻轻拔出固定在凝胶中的梳子。 原梳齿处 (样品孔) 即被缓冲液充满，如发现 有气泡，应设法去除。 7、样品准备：向核酸样品中加入约为样品体积 1/6的上样缓冲液，用加样器轻轻混匀。
8、上样：用加样器吸取样品，轻轻的加入到凝 胶的样品孔中。加样量一般10～30μl。
9、盖上电泳槽，接通电源，开始电泳。 开始电泳前，再次确认凝胶样品孔处于电场的负极。 电泳条件：电压1～5v/cm；时间1小时左右。 10、电泳结束后，切断电源，取出凝胶。
11、电泳结果分析： ①紫外检测仪直接观察电源条带； ②摄影记录； ③凝胶成像分析系统处理。
溴化乙锭缺点：
EB是一种强诱变剂，并有中度毒性。 注意：①操作中务必带上防护用手套。 ②如不慎皮肤与溶液接触，应立即用清水彻底冲洗。 ③含溴化乙锭的溶液使用后应进行净化处理，使其 致诱变活性下降为原来的1/200左右，方可丢弃。
电泳注意要点
凝胶电泳分离DNA的要点：首先根据待分离DNA的特点选择凝胶电泳的类型，目前电泳的方法已十分成熟，类型也十分多，各有各的优缺点，实际使用中因根据实验的需求选择电泳类型，实验室比较常用的有平板琼脂糖凝胶电泳和垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳。
一般的核酸检测只需要琼脂糖凝胶电泳就可以；如果需要分辨率高的电泳，特别是只有几个bp的差别应该选择聚丙烯酰胺凝胶电泳。
总体的原则是正确使用及操作电泳装置仪器的前提下，注意以下细节：①.根据待分离DNA片断的大小及其差异选择适宜浓度的凝胶，对于琼脂糖凝胶电泳，浓度通常在0.5～2％之间，低浓度的用来进行大片段核酸的电泳，高浓度的用来进行小片段分析；聚丙烯酰胺凝胶也有针对分离片断的大小有不同的胶浓度配比。
②.不管是在琼脂糖凝胶还是聚丙烯酰胺凝胶的制备过程中都要严格杜绝气泡的产生，否则会严重影响电泳结果，导致结果的不可靠性。
凝胶需充分凝固但不宜放置时间过长，可根据实验环境适当调节以确保电泳效果；特别在制备聚丙烯酰胺凝胶中，往往要根据气温适当得改变所加的凝胶催化剂的含量，温度越高凝胶速度越快，如果凝胶过快会导致胶硬而脆，对后期的染色带来不便。
③.电泳样品上样量：各样品的上样量应基本一致，上样量过多可能导致上样孔超载，出现条带拖尾，上样量太少不足以铺满孔底会导致条带亮度不均匀。
在琼脂糖凝胶电泳中的上样量一般是25~ 50μL,而在聚丙烯酰胺凝胶电泳中一般为10 μL，当然依不同电泳槽上样量可能会不一样。
④.电泳样品：PCR样品最好在24h内进行电泳，回收样品应尽量缩短在紫外光下的照射时间，提取的DNA样品在电泳前须去除蛋白和多余的盐分。
⑤.电泳缓冲液：电泳缓冲液应经常更换，确保电泳环境清洁和保持电泳所需的离子强度和pH值。
⑥.电泳时的电压：电泳时应根据电泳槽、凝胶浓度和所分离样品的片段大小选择合适的电压，最大电压不宜超过20V/cm，温度<30℃，大分子量DNA电泳，温度<15℃。
RNA凝胶电泳步骤及注意事项
R N A凝胶电泳步骤及注意事项内部编号：（YUUT-TBBY-MMUT-URRUY-UOOY-DBUYI-0128）R N A凝胶电泳步骤及注意事项1%的RNA琼脂糖凝胶电泳可以用来检测RNA的完整性，本实验的主要目的是熟悉植物总RNA非变性胶电泳操作原理和操作方法与步骤。
一、实验目的掌握植物总RNA非变性胶电泳的原理和方法。
二、实验原理RNA电泳可以在变性及非变性两种条件下进行。
非变性电泳使用%%的凝胶，不同的RNA条带也能分开，但无法判断其分子量。
只有在完全变性的条件下，RNA的泳动率才与分子量的对数呈线性关系。
因此要测定RNA分子量时，一定要用变性凝胶。
在需快速检测所提总RNA样品完整性时，配制普通的1%琼脂糖凝胶即可。
三、实验材料、器具及药品蘑菇的总RNA溶液。
电泳仪，电泳槽，电子天平，移液器，枪头，微波炉，紫外透射检测仪等。
琼脂糖，1XTAE电泳缓冲液，μg/ml溴化乙锭(EB)10X载样缓冲液。
四、实验步骤(1)用1×TAE电泳缓冲液制作琼脂糖凝胶，加1×TAE电泳缓冲液至液面覆盖凝胶。
(2)在超净工作台上，用移液器吸取总RNA样品4μl于封口膜上。
在实验台上再加入5μl 1×TAE电泳缓冲液及1μl 的10X载样缓冲液，混匀后，小心加入点样孔。
(3)打开电源开关，调节电压至100V，使RNA由负极向正极电泳，约30min后将凝胶放入EB染液中染色5min,用清水稍微漂洗。
在紫外透射检测仪上观察RNA电泳结果。
试剂：(1)MOPS缓冲液(10*):L 吗啉代丙烷磺酸(MOPS) ，L NaAc, 10mol/L EDTA。
(2)上样染料：50%甘油，1mmol/L EDTA ,%溴酚蓝，%二甲苯蓝。
(3)甲醛。
(4)去离子甲酰胺。
v电泳槽清洗：去污剂洗干净(一般浸泡过夜)——水冲洗——乙醇干燥——3%H2O2灌满——室温放置10分钟——%DEPC水冲洗。
RNA凝胶电泳步骤及注意事项
RNA凝胶电泳步骤及注意事项RNA 凝胶电泳是分子生物学中常用的实验技术之一，用于分离和分析 RNA 分子的大小和完整性。
下面将详细介绍 RNA 凝胶电泳的步骤及需要注意的事项。
一、实验准备1、试剂和材料琼脂糖：用于制备凝胶。
电泳缓冲液：常用的有 MOPS（3-（N吗啉基）丙磺酸）缓冲液或TAE（Tris乙酸EDTA）缓冲液。
RNA 上样缓冲液：包含染料如溴酚蓝等，用于指示电泳进程。
RNA 分子量标准：用于估计 RNA 片段的大小。
核酸染料：如溴化乙锭（EB）或更安全的替代染料。
2、仪器设备电泳槽：确保电泳槽清洁，无杂质和污染。
电源：提供稳定的电压和电流。
凝胶成像系统：用于观察和记录电泳结果。
二、RNA 样品制备1、 RNA 提取使用合适的方法从细胞或组织中提取 RNA，确保 RNA 的质量和完整性。
提取过程中要注意避免 RNA 酶的污染。
2、 RNA 定量使用分光光度计或荧光定量仪对提取的 RNA 进行定量，确定 RNA的浓度。
3、 RNA 变性将 RNA 样品在适当的条件下（如加热或加入变性剂）进行变性处理，使其由二级结构变为线性单链，以保证在电泳中能够按照分子量大小进行分离。
三、凝胶制备1、选择合适的琼脂糖浓度根据要分离的 RNA 片段大小选择琼脂糖的浓度。
一般来说，分离较大的 RNA 片段（＞2000 nt）使用低浓度琼脂糖（如 05% 1%），分离较小的 RNA 片段（＜2000 nt）使用较高浓度琼脂糖（如 12% 2%）。
2、融化琼脂糖在微波炉中或电炉上加热融化琼脂糖，期间要小心搅拌，避免溶液溢出。
3、加入电泳缓冲液待琼脂糖溶液冷却至 50 60°C 时，加入适量的电泳缓冲液，充分混匀。
4、灌胶将琼脂糖溶液倒入制胶模具中，插入梳子，避免产生气泡。
等待凝胶完全凝固（约 30 60 分钟）。
四、电泳1、取出梳子凝胶凝固后，小心拔出梳子，避免损坏凝胶孔。
2、加入电泳缓冲液在电泳槽中加入适量的电泳缓冲液，没过凝胶表面 1 2 mm。
dna凝胶电泳注意事项
dna凝胶电泳注意事项
1.安全操作：DNA凝胶电泳涉及使用电流和化学药物，必须
遵循实验室安全规定并佩戴个人防护装备，如实验手套和安全眼镜。
2.远离火源：电泳室中的电源和电缆应远离水和易燃物，以防
止火灾和电击事故的发生。
3.正确连接设备：确保正确连接电泳槽、电源和电极，以免使
电泳结果受到干扰或损坏电气设备。
4.正确选择电解质缓冲液：根据所需分辨率、DNA大小和电
极材料选择正确的电解质缓冲液，以确保最佳的分离效果。
5.准备样本：将DNA样本热变性，然后快速冷却，以防止DNA在电泳过程中重新结对。
添加适当的载体染料，以便观
察和测量DNA带的迁移距离。
6.正确加载样品：用微量移液器或吸管将样品加入到凝胶孔中，然后轻轻敲击孔板以使样品沉入凝胶，避免空隙的出现。
7.恒定电压/电流：根据实验需要设置适当的电流或电压，保
持恒定，并确保电泳时间适当，以免样品移出凝胶。
8.正确运行电泳：启动电泳，并确保电泳槽中有足够的电解质
缓冲液覆盖凝胶，以保持恒定的离子浓度和温度。
9.记录结果：在电泳结束后，用电泳染色剂染色或用紫外线照
射直接观察凝胶板上的带状DNA区域，并记录结果或拍照保存。
10.安全处理凝胶和化学品：正确处置使用过的凝胶和化学品，遵循实验室废物处理程序，以保护环境和他人的安全。
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GoldView
GoldView(GV)是一种可代替溴化乙锭（EB）的新型核酸染料，其灵敏度与EB相当，使用方法与之完全相同，在100ml琼脂糖胶溶液中加入5µl GoldView™即可。
在紫外透射光下双链DNA呈现绿色荧光，也可用于染RNA。
由于未发现GoldView™有致癌作用，且灵敏度与EB相当，将有可能逐渐取代EB而得以广泛应用。
概述
GoldView™是一种可代替溴化乙锭（EB）的新型核酸染料，采用琼脂糖电泳检测DNA 时，GoldView™与核酸结合后能产生很强的荧光信号，其灵敏度与EB相当，使用方法与之完全相同。
在紫外透射光下双链DNA呈现绿色荧光，而且也可用于染RNA。
使用方法
1. 将100ml琼脂糖凝胶溶液（浓度一般为0.8%~2%）在微波炉中融化。
2. 加入5ul GoldView，轻轻摇匀，避免产生气泡。
3. 冷却至不烫手时倒胶，待琼脂糖凝胶完全凝固后上样电泳。
4. 电泳完毕在紫外灯下观察。
若使用数码相机照相记录，则关闭相机的闪光灯，放在自动档即可；若使用凝胶成像系统照相，通过调节光圈、曝光时间，选择合适的滤光片，可得到成像清晰、背景较低的照片。
注意事项
1. 胶厚度不宜超过0.5cm，胶太厚会影响检测的灵敏度。
2. 加入GoldView的琼脂糖凝胶反复融化可能会对核酸检测的灵敏度产生一定影响，但不明显。
3. 通过凝胶电泳回收DNA片段时，建议使用GoldView染色，在自然光下切割DNA条带，避免紫外线与EB对目的DNA产生的损伤，可明显提高克隆、转化、转录等分子生物学下游操作的效率。
4. 虽然未发现GoldView有致癌作用，但对皮肤、眼睛会有一定的刺激，操作时应戴上手套。
琼脂糖凝胶浓度与线性DNA分离范围参数
Ag/Bml *100% =C%。