1.1液体活检与组织活检常识
液体活检专家共识课件
液体活检具有非侵入性、实时、动态监测等优点，可用于癌症等疾病的早期筛 查、诊断、疗效评估和预后判断，以及个性化医疗和精准医学的实施。
液体活检发展历程
01
02
03
初始阶段
液体活检最初是基于蛋白 质组学、基因组学等技术 发展起来的。
技术进步
随着高通量测序、质谱等 技术的发展，液体活检的 灵敏度和特异性得到了大 幅提升。
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液体活检专家共识课件
CONTENTS 目录
• 液体活检概述 • 液体活检技术原理及流程 • 液体活检在肿瘤诊断与治疗中的应用 • 液体活检专家共识及未来展望
CHAPTER 01
液体活检概述
液体活检的定义和意义
定义
液体活检是一种通过非侵入性方式获取生物体液（如血液、尿液、唾液等）， 检测其中携带的生物标志物，以评估机体生理状态或疾病状态的方法。
液体活检可应用于癌症、神经系统疾病、免疫系统疾病等多个 领域的诊断和治疗监测。
液体活检的样本类型包括血液、尿液、脑脊液、唾液等。
液体活检的技术方法包括PCR、二代测序、蛋白质组学、代谢 组学等。
液体活检技术存在的的收集、运输、保存和处理等过程可能 会影响生物标志物的含量和活性，从而影响液体 活检的结果。
CHAPTER 03
液体活检在肿瘤诊断与治疗中的应 用
液体活检在肿瘤诊断中的应用
早期筛查
液体活检可以通过检测血液中的 肿瘤标志物、循环肿瘤细胞等， 实现肿瘤的早期筛查，提高肿瘤
的检出率。
肿瘤分型
液体活检可以分析肿瘤细胞的基因 变异、表达谱等特征，帮助确定肿 瘤的类型和亚型，为个性化治疗方 案提供依据。
临床转化
液体活检简介演示
液体活检可以分析多种生物体液，包 括血液、尿液、唾液、脑脊液等，以 获取关于疾病的信息。
液体活检发展历程
01
初始阶段
早期的液体活检主要基于传统的生物化学分析方法，如血液生化检测，
用于评估患者的代谢和生理功能。
02 03
技术进步
随着基因组学、蛋白质组学和代谢组学等技术的发展，液体活检逐渐演 变为更复杂、更精确的分析方法，能够检测生物体液中的核酸、蛋白质 和代谢物。
体活检技术的发展趋势
个性化医疗
随着精准医疗的发展，液体活检技术将成为实现个性化医疗的关 键工具，为每位患者提供定制化的治疗方案。
多组学整合
液体活检技术将逐渐整合基因组学、蛋白质组学、代谢组学等多组 学信息，更全面地揭示疾病的发生发展机制。
早期诊断与预后评估
液体活检技术在肿瘤等疾病的早期诊断、疗效监测和预后评估方面 的应用将进一步加强。
者权益和数据安全。
液体活检技术的未来展望
创新技术不断涌现
随着科学技术的进步，未 来将有更多创新技术应用 于液体活检领域，提高检 测精度和效率。
临床应用拓展
液体活检技术将在更多疾 病领域得到应用，为临床 诊断和治疗提供更有力的 支持。
全球合作与共享
国际间的合作与资源共享 将推动液体活检技术的快 速发展，造福全球患者。
02
液体活检技术原理
液体活检技术基础
01
02
03
定义
液体活检是一种通过分析 生物体液中的生物标志物 来检测、诊断和监测疾病 的技术。
应用范围
液体活检可用于多种疾病 ，包括癌症、心血管疾病 、神经系统疾病等。
生物体液类型
常用的生物体液包括血液 、尿液、唾液、组织液等 。
液体活检技术的临床应用包括
液体活检技术的临床应用包括液体活检技术的临床应用包括：
液体活检技术，作为一种非侵入性的诊断手段，近年来在临床实践中得到了广泛应用。
它通过检测体液中的微粒子、细胞或分子，为疾病的诊断、监测和预后提供了重要依据。
液体活检技术的临床应用主要包括以下几个方面：
1. 癌症筛查和诊断
液体活检技术可以通过检测血液、尿液或其他体液中的循环肿瘤标志物、细胞或核酸片段，帮助医生进行早期癌症的筛查和诊断。
这种非侵入性的方法相比传统的组织活检，具有更高的安全性和舒适度，对于一些难以取得组织标本的部位如肺部、深部器官等更为适用。
2. 癌症治疗监测
在癌症患者接受治疗过程中，液体活检技术可以监测治疗效果、评估疾病进展。
通过检测循环肿瘤细胞数量的变化、基因突变情况等，可以及时调整治疗方案，提高治疗效果。
3. 产前筛查
液体活检技术在孕妇产前筛查中也起到了重要作用。
通过检测孕妇血液中的DNA片段，可以对染色体异常、遗传疾病等进行筛查，为孕妇产前健康管理提供依据。
4. 器官移植监测
对于接受器官移植的患者，液体活检技术可以监测器官的状况，及时发现排斥反应或并发症，保障移植器官的功能。
5. 传染病诊断
液体活检技术在传染病的诊断中也发挥了作用，如病毒、细菌等的核酸检测、抗体检测等。
通过分析体液中的病原体标志物，可以帮助医生明确病原体种类，指导治疗。
总的来说，液体活检技术在临床上的应用领域日益扩大，为诊断治疗提供了更为便捷、准确的方法。
随着技术的不断进步和完善，相信液体活检技术将在未来发挥更加重要的作用，为疾病的早期筛查、个体化治疗等方面带来更多机遇和挑战。
药物基因组学,液体活检-概述说明以及解释
药物基因组学,液体活检-概述说明以及解释1.引言1.1 概述药物基因组学和液体活检是近年来备受关注的领域，它们的结合为疾病的诊断和治疗带来了新的思路和工具。
药物基因组学是研究个体基因对药物代谢、疗效和毒副作用的影响的学科，通过分析个体的基因信息，可以个性化地选择药物和调节药物剂量，从而提高治疗效果并降低不良反应的风险。
液体活检则是一种非侵入性的检测方法，通过分析体液中的DNA、RNA、细胞碎片等生物标志物，可以实现早期诊断、疾病监测和疗效评估，为个体化医疗提供了重要的辅助手段。
药物基因组学与液体活检的结合，可以更全面地了解个体的疾病特点和治疗反应，为精准医疗的实现提供了新的可能性。
在这篇文章中，我们将探讨药物基因组学和液体活检在医学领域的应用现状和未来发展趋势。
1.2 文章结构文章结构部分主要包括以下几个方面：1. 引言部分：介绍文章的主题，即药物基因组学和液体活检，说明其重要性和研究意义。
2. 正文部分：分为药物基因组学、液体活检和两者结合的部分，详细介绍各自的概念、原理、应用以及最新研究进展。
3. 结论部分：对药物基因组学和液体活检在医学领域的应用前景进行展望，总结两者结合的优势和意义，以及对未来的发展趋势做出预测。
整个文章结构清晰，逻辑性强，希望能够通过对药物基因组学和液体活检的综合分析，为读者提供全面的认识和理解。
1.3 目的本文旨在探讨药物基因组学和液体活检两个新兴领域的相关性和结合对医学领域的影响。
通过深入分析药物基因组学在个体化药物治疗中的作用和液体活检在癌症筛查、病情监测等方面的应用，旨在探讨两者在疾病预防、治疗和监测过程中的潜在价值和意义。
希望通过本文的研究和讨论，为医学领域的进步和个体化治疗的实践提供一定的启示和指导。
同时也为未来在药物治疗和液体活检领域的研究方向和发展趋势提供一定的参考和借鉴。
2.正文2.1 药物基因组学:药物基因组学是通过研究个体基因型对药物反应的影响，以实现个性化用药的学科领域。
液体活检定义-理解液体检测的含义
液体活检定义-理解液体检测的含义液体活检是一种诊断技术，通过分析体内液体样本来检测和识别疾病的存在和发展。
它在很大程度上改变了传统活检的方式，不再需要采集组织样本，而是通过采集血液、尿液、唾液、脑脊液等体液来获取疾病相关的分子标志物。
液体活检具有许多优势，如非侵入性、无痛苦、易于采样和监测等，极大地方便了病人和医生。
1. 液体活检的原理液体活检的原理是基于人体内液体中包含了与疾病相关的分子标志物的假设。
当身体发生疾病时，病理过程会导致细胞或组织释放出特定的DNA片段、RNA、蛋白质等生物标志物，这些标志物可以通过血液、尿液等体液传输到全身，从而被液体活检技术检测到。
通过对这些标志物的定量分析和特定变化的观察，可以诊断出潜在的疾病。
2. 液体活检的应用领域液体活检技术在许多临床领域都有着广泛的应用。
在肿瘤学领域，液体活检已成为一种常用的辅助诊断方法，可以通过血液或尿液检测肿瘤相关的标志物，帮助医生评估肿瘤的类型、分期和预后。
在感染性疾病的诊断中，液体活检可以检测病原体的DNA或RNA，快速确定感染的类型和病原体的耐药性。
液体活检还可以用于监测器官移植的排斥反应、分析胎儿遗传异常以及评估神经系统疾病等。
3. 液体活检的优势和局限性液体活检相比传统活检方法具有许多明显的优势。
液体活检不需要手术或创伤性采样过程，避免了组织活检的痛苦和并发症风险。
液体活检具有较高的灵敏度和特异性，能够在早期发现疾病，并且可以通过监测疾病相关标志物的变化来评估治疗效果。
液体活检还能够提供动态的疾病信息，因为它可以在疾病发展过程中进行多次采样和检测。
然而，液体活检也存在一些局限性。
由于活检样品是体液，其中的标志物含量相对较低，需要特殊的分析方法和仪器来进行检测。
液体活检技术的标准化和临床验证仍然面临挑战，需要更多的研究和实践来证明其在不同疾病中的准确性和可靠性。
液体活检对操作人员的技术要求较高，需要具备良好的实验技能和解读能力。
液体活检-肿瘤防治利器
➢ 特别是对于年迈体弱的病人，或所取组织在关键器官或部位附近，风险就更高， 比如在活 检过程中可能误伤器官或大血管。
活检需要重复做吗？--在癌症的治疗过程中，很多情况需要重复活检。
➢ 癌症对某种药物产生了耐药性，这时需要重复活检来看一下是否有新的靶点可以针对治疗。 ➢ 癌症几年后产生了复发，也需要重复活检来确认是同一种癌症还是另外一个类型（这在乳腺
内容页
液体活检，分子医学的入口 —— “三驾马车”：CTC、ctDNA 和外泌体
超用复 早药发 预指监 警导控
CTC、ctDNA 和外泌体的差异
• ctDNA • 死细胞释放，杀伤性治疗
效果的实时监控指标 • ctDNA是一组Panel，癌变
标志物，没有组织特异性 和无癌症分期的区分 • 不稳定，含量较低，受干 扰因素多
者无法取样或取样不足。 治疗/复发转移监测： • 影像学：结果普遍存在滞后性。 • 血清标志物：较灵敏，但是特异性不足；有些类型癌症没有合适的血清标志物。
传统的肿瘤诊断存在的问题
组织活检存在问题：
➢ 活检指的是通过介入或手术的手段，取一小块人体组织，目的是对此进行病理的分析。 ➢ 没有一个实体癌症是可以不通过活检确诊的。
• 含量少且变化大 cfDNA中多数野生背景，不同ctDNA片段的含量从0.01%到10%；
• 超早期、高肿瘤特异性，但缺少组织和器官特异性
CTC v.s. ctDNA —互相排斥还是互为补充？
CTCs
ctDNA
1. 细胞形态结合分子标记，特异性高；
1.可能来源于非肿瘤组织，特异性低；
2. 血液中数量稀少，检测难度大；
超声波检测（B超） X射线断层扫描术（XRAY, CT） 核磁共振成像（MRI） 正电子成像术（PET-CT） 内窥镜（Endoscope）
液体活检知多少
液体活检知多少2015年，液体活检被《麻省理工大学科技评论》评选为年度十大突破技术，据Piper Jaffray预测，2026年广义液体活检全球市场总容量约326亿美元，包括癌症领域286亿美元、无创产前诊断（NIPT）20亿美元、器官移植20亿美元。
在众多应用场景中，液体活检在癌症领域的应用占据超过85%的市场份额，大约为150亿美元。
作为体外诊断的一个分支，液体活检一般是指通过检测血液中的CTC(循环肿瘤细胞，Circulating Tumor Cell)和ctDNA(循环肿瘤DNA，Circulating Tumor DNA)获取患者肿瘤病变信息，用以帮助诊断和治疗。
与传统的组织活检相比其优势在于能通过非侵入性取样降低活检的危害，而且有效延长患者生存期。
目前液体活检的主要检测物包括检测血液中游离的循环肿瘤细胞（CTCs），循环肿瘤DNA（ctDNA）碎片，循环RNA （Circulating RNA）和外泌体（携带有细胞来源相关的多种蛋白质，脂类，DNA，RNA等）。
循环肿瘤细胞（Circulating Tumor Cell，CTC）来源于原发肿瘤或转移肿瘤，获得脱离基底膜的能力并通过组织基质进入血管的肿瘤细胞。
目前，CTCs是指存在于外周血中的各种肿瘤细胞的统称。
循环游离DNA(Cell-free DNA，cfDNA)，或者叫血浆游离DNA，是血浆中游离存在的DNA，有的来自于正常细胞，有的来自于异常细胞（如肿瘤细胞）还有部分来自于外部（如病毒DNA）。
循环肿瘤DNA(Cell-free Circulating Tumor，ctDNA)，是指人体血液循环系统中不断流动的携带一定特征（包括突变、缺失、插入、重排、拷贝数变异、甲基化等）来自肿瘤基因的DNA片段。
被认为是极具临床应用前景的肿瘤标记物。
CtDNA的主要来源包括：1.来自坏死的肿瘤细胞2.来自凋亡的肿瘤细胞3.循环肿瘤细胞4.来自肿瘤细胞分泌的外泌体。
活检及组织病理学检查
活检及组织病理学检查活检及组织病理学检查是一种常见的医学检查方法，用于诊断疾病和评估病情的严重程度。
本文将从活检的定义、方法、意义以及组织病理学检查的过程和应用等方面进行阐述，旨在帮助读者更好地理解和应用这一检查技术。
活检是指通过取出人体组织或细胞样本，进行显微镜下的观察和病理学分析，以确定疾病的性质和发展程度的一种检查方法。
活检可以分为穿刺活检和切除活检两种形式。
穿刺活检是通过针头或导管等工具将组织或细胞样本抽取出来进行检查，常见的包括穿刺活检、胸腔积液穿刺活检、腹腔穿刺活检等。
切除活检是通过手术将疑似病变组织完全切除，常见的有手术活检、肠镜活检、宫颈活检等。
活检的意义在于通过病理学分析来明确病变的性质和程度，从而制定合理的治疗方案。
通过活检，医生可以确定疾病的类型，判断病变是否恶性，评估病变的分级和分期，以及指导后续的治疗方案。
活检还可以评估治疗效果和预测预后，对于疑难病例的诊断和鉴别诊断也具有重要意义。
组织病理学检查是对活检样本进行显微镜下的观察和病理学分析，以确定病变的性质和程度。
组织病理学检查通常包括组织标本的固定、切片、染色、观察和病理诊断等步骤。
固定是将活检标本用适当的液体（如福尔马林）进行处理，以保持组织的形态和结构。
切片是将固定后的组织标本切成薄片，常用的方法有冰冻切片和石蜡包埋切片。
染色是将切片进行染色处理，以增强组织的对比度和可视化程度，常用的染色方法有血液学染色、免疫组织化学染色、原位杂交染色等。
观察是在显微镜下对染色后的切片进行观察和分析，通过观察细胞形态、组织结构和病变特征来确定病变的性质和程度。
病理诊断是根据观察结果和临床资料进行综合判断，给出病理学诊断报告。
组织病理学检查在临床诊断中具有重要的应用价值。
通过组织病理学检查，可以确定疾病的类型，如癌症、炎症、肿瘤等，为临床医生提供依据。
同时，组织病理学检查还可以评估病变的分级和分期，指导治疗方案的制定和调整。
对于肿瘤患者来说，组织病理学检查可以评估肿瘤的侵袭性和转移倾向，对于预测预后和制定个体化治疗方案具有重要意义。
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什么是液体活检？液体活检是与传统的组织活检相对应的概念，是以血液等非固态生物组织为标本进行取样和分析的体外诊断技术。
液体活检中的“液体”以血液为主，也包括粪便、尿液、唾液以及其他体液样品。
液体活检最主要的应用场景是肿瘤的早期筛查、诊断、用药指导、监测、预后管理，以及无创产前检测，除此之外还包括肌肉骨骼系统和结缔组织疾病、传染病和寄生虫病等其他疾病。
与传统的组织活检相比，液体活检的优势之一在于能够反映病灶的综合信息，精准治疗的前提是对肿瘤等病灶组织取样进行基因分析，传统方法为手术活检和穿刺活检，由于肿瘤细胞存在很强的异质性，传统方法只能获得取样位置的基因信息，不能反映肿瘤整体上的综合信息。
优势之二在于可以进行高频率监测，肿瘤细胞的基因变化可能导致抗药性等情况，必须高频监测才能做到准确用药，液体活检通过简单的静脉抽血即可实现，可以满足高频监测的需求。
优势之三在于可以显著降低成本、降低患者风险，肺穿刺活检的成本数倍于液体活检，且有更大几率导致并发症。
三、液体活检的发展情况如何？根据检测物的不同，液体活检技术已发展出以下分支：（1）CTC技术：循环肿瘤细胞（Circulating Tumor Cell，CTC）是游离于血液循环系统中的肿瘤细胞，来源于原发肿瘤组织，是肿瘤细胞转移的重要方式，是复发和激发癌症致死机制的重要因素。
CTC作为肿瘤细胞，不仅包含肿瘤的DNA信息，同时还包含基因组、蛋白质组等信息，是研究肿瘤组织信息的丰富来源。
（2）cfDNA/ctDNA技术：游离DNA（Cell-free DNA，cfDNA）是游离于血液循环系统中的来自细胞的DNA片段，主要来自于细胞凋亡进程中片段化的DNA、坏死细胞的DNA碎片、细胞分泌的外泌体。
cfDNA中最重要的一类是循环肿瘤DNA（Circulating Tumor DNA，ctDNA），ctDNA是进入血液循环系统中的来自肿瘤基因组的DNA片段，携带了突变、插入、缺失、重排、拷贝数异常和/或甲基化等基因信息。
（3）外泌体技术：外泌体（Exosome）是细胞分泌出的小泡，小泡中包含蛋白质、DNA、信使RNA以及一些非编码RNA，是细胞之间沟通的载体，与肿瘤的发生、发展、转移以及抗药性存在相关性。
肿瘤细胞以这些小泡为载体帮助其逃过免疫系统的监视，这些小泡为肿瘤细胞的转移指引方向，同时也创造适合肿瘤生长的微环境。
（4）循环RNA技术：循环RNA（Circulating RNA）是存在于血液或其他体液中的胞外RNA，主要有mRNA、miRNA以及其他类型的RNA，与生理和病理状态下的细胞代谢密切相关。
临床研究主要集中在产前诊断和肿瘤早期诊断。
组织活检-FFPE福尔马林的固定容易使组织中的核酸发生不同程度的降解和分子间的交联，石蜡的高温渗入过程进一步加速核酸的降解，保存的时间及环境对样品中的核酸也有巨大的影响，从石蜡切片中提取出高质量基因组，并构建出信息完整、无偏好、可用于后续各类组学研究的文库，则是“大大”的难题。
一. 样本制备1.样本采集每种组织都有其特定的生理功能，并就其结构和组成细胞而言是独特的。
取决于组织类型，收获后生物分子降解、诱导或修饰的速度可能各异。
从病人身上获得组织标本的手术涉及麻醉、血管结扎、组织的切除以及固定。
从病人麻醉到组织固定这段时间内，组织中的基因表达可能发生变化，且可能发生组织自溶。
因此，组织固定前的操作时间应当越短越好，以避免RNA转录本和蛋白表达谱发生明显改变。
在处理肿瘤组织时，应当注意健康和恶性细胞并不是均匀分布的。
因此，同一个组织样品中一块切片的分析结果可能与另一块切片不同。
2.福尔马林固定组织的固定是将标本放在福尔马林溶液中，此溶液的组分可能有所差异（典型的10%福尔马林溶液可能含有3.7% 甲醛以及1-1.5% 甲醇）。
产生的化学反应导致生物分子之间的交联，包括核酸之间、蛋白之间，以及核酸和蛋白之间的交联。
为了获得最佳的结果，应当使用中性的福尔马林缓冲溶液，以取代无缓冲或酸性的溶液。
中性缓冲液减缓福尔马林的降解，而通常认为其降解产物会损害核酸的质量(图1)。
图1. 福尔马林固定对DNA、RNA和蛋白的影响。
福尔马林固定导致核酸之间、蛋白之间以及核酸和蛋白之间的交联。
固定时间越长，交联程度越大。
福尔马林大约以1 mm/小时的速率渗透组织。
此外，福尔马林的渗透速率随组织厚度的增加而降低。
因此，在固定一个组织标本时，它应当足够薄，以避免周边的过度固定和中间的固定不足。
固定不足（underfixation）可导致组织标本中福尔马林未渗入的较深区域的核酸和蛋白降解，或基因表达发生改变。
过度固定（overfixation）则导致更密集的交联，让有用核酸和蛋白的提取变得更加困难。
在固定整个组织（厚度大约1 cm），而不是组织切片（厚度约4 mm或以下）时，RNA显著降解（图2）。
为了获得最佳的结果，通常建议固定最多5 mm厚的组织标本。
图2. 样品厚度对RNA完整性的影响大鼠组织以整个器官或≤4 mm的切片进行福尔马林固定和石蜡包埋。
A 包埋后3天利用RNeasy® FFPE Kit 纯化RNA，并利用Agilent® 2100 Bioanalyzer分析。
在整个大脑的电泳峰图中，双箭头指出了18S rRNA和28S rRNA的峰减少，表明RNA片段化的增加。
B 纯化的RNA被用于一步法RT-PCR中，利用大鼠Rpl4基因特异的不同引物对和QIAGEN OneStep RT-PCR Kit。
从左到右，扩增子大小分别为96、206、400、613和785个核苷酸。
整个器官的分析中较大扩增子的缺失表明较大的RNA存在降解。
（von Ahlfen et al. [2007] Determinants of RNA quality from FFPE samples. PloS ONE 12, e1261.）福尔马林与组织的比例至少应为10:1，以确保最佳的固定。
在处理小的组织标本，如穿刺活检时，这很容易实现。
然而，在处理大的组织样品时，固定所用的福尔马林可能不足。
在这种情况下，组织切片应当切割后再进行福尔马林固定。
组织的固定不应超过24小时，以避免过度固定。
在一个比较过夜固定和72小时固定的实验中，72小时固定对纯化后RNA在一步法RT-PCR中的表现有不利影响：较大的扩增子无法成功扩增，这极有可能是因为RNA分子的过度交联和较高比例的不可逆交联（图3）。
图3. 固定时间对RNA完整性和一步法RT-PCR的影响各种大鼠组织经过福尔马林固定（过夜或3天）和石蜡包埋。
大鼠组织以RNAlater® RNA Stabilization Reagent稳定。
包埋后3天利用RNeasy® FFPE Kit纯化RNA，并利用Agilent® 2100 Bioanalyzer分析。
此外，利用QIAGEN OneStep RT-PCR Kit和大鼠Rpl4基因特异的引物对开展一步法RT-PCR。
扩增子大小如图所示，RT-PCR的结果以颜色显示：红色表示无扩增；黄色表示弱的扩增；绿色表示成功的扩增。
尽管较长时间的固定对RNA片段化和核糖体条带影响甚微，但较长扩增子的扩增效率差。
（von Ahlfen et al. [2007] Determinants of RNA quality from FFPE samples. PloS ONE 12, e1261.）3.石蜡包埋在福尔马林固定之后，组织标本包埋在石蜡中，此过程包含几步。
第一步是脱水，其中水被替换成醇类，通常为乙醇。
接着是透明，其中醇类被替换成二甲苯或二甲苯替代物，之后是浸蜡，其中二甲苯被置换成石蜡。
最后一步是包埋，整个标本被石蜡包围。
在浸蜡之前，组织标本必须完全脱水，因为残留的水分可能导致样品降解。
石蜡包埋是维持蛋白完整性的关键一步，因为残留的水分可能导致蛋白水解。
因此，应当使用未经水稀释的高质量试剂，且整个包埋过程的持续时间和温度应当优化，以实现彻底的脱水。
建议使用新鲜的醇类和二甲苯，以避免过去使用时水分残留的可能。
浸蜡和包埋福尔马林固定组织中使用的石蜡的熔解温度和组分可能各异。
在使用熔解温度高的石蜡时，包埋过程需要较高的温度，这可能导致样品降解增加。
为了确保从FFPE样品中可用核酸和蛋白的理想回收，应当使用熔解温度低的石蜡。
此外，应当避免包含添加剂如蜂蜡的石蜡，因为它们可能干扰生物分子的回收。
在固定和包埋之后，FFPE样品最好应在最佳温度下保存，这样可减缓核酸和蛋白的降解。
在一个比较不同保存温度的实验中，QIAGEN的科学家发现，如果FFPE样品保存在4°C，而不是室温或更高，则RNA在1年后仍基本完整（图4）。
图4. 保存温度对RNA完整性的影响各种大鼠组织经福尔马林固定和石蜡包埋。
在包埋后3天（T0）或在4°C、20-25°C或37°C 保存一年后利用RNeasy FFPE Kit纯化RNA。
在Agilent 2100 Bioanalyzer上分析RNA完整性。
对于保存在4°C的样品，18S rRNA和28S rRNA对应的峰清晰可见，表明存在完整RNA，而保存在较高温度下的样品却并非如此。
（von Ahlfen et al. [2007] Determinants of RNA quality from FFPE samples. PloS ONE 12, e1261.）由于FFPE样品中的RNA常常严重片段化，所以对小分子RNA如microRNA（miRNA）而言，回收基本完整RNA的机会高于较长的RNA如mRNA。
这意味着检测短扩增片段的分析（如特定miRNA的分析）受福尔马林固定的影响比检测长扩增子的分析（如特定mRNA转录本的分析）要小（图4）。