ClustalX 软件使用简易教程
clustalx的应用讲解
可以选择输出任意几条序列的比对打分 并保存。文件形式如左图所示，默认保 存在clustal所在文件夹下。
打开此文件后选择写字板显示如 左图。其中五条序列相应位置上 残基的比对得分在右侧显示，当 五个残基完全一致时，分值为 100分；当有不同残基时，根据 选择的矩阵打分方式，不同的残 基种类和不同的个数，其得分也 不尽相同。
➢Step4-treeview制作进化树
Dnd文件载入方式
dnd文件用treeview打开。
Treeview软件可以将多序列 比对结果以进化树的形式展 示，其默认前提是所有蛋白 源自同一祖先。枝的长度代 表进化距离。在其中两种树 状图的左下角有标尺，可根 据它来计算进化距离。
自动列出所有的dnd 文件，选中目标文件 直接可以载入
Clustalx的工作原理
Clustalx输入多个序列 快速的序列两两比对，计算序列 间的距离，获得一个距离矩阵。
邻接法(NJ)构建一个树（引导树）
根据引导树，渐进比对多个序列。
多序列比对的意义
➢ 用于描述一组序列之间的相似性关系，以便了 解一个分子家族的基本特征，寻找motif，保 守区域等。
采取open的方式载入dnd文件： 浏览dnd文件存放位置并打开
根据进化树可以分析 其进化关系和进化距 离。
实例操作：
Step1 clustalx的下载 Step2 执行完全序列比对 Step3 输出aln和dnd文件 Step4 treeview软件制作进化 树
➢Step1 clustalx的下 载
➢Step2-执行序列比 对
实行序列比对操作
执行序列比对命令后的界面
EMBL-EBI < Help < Tools < Clustal Omega FAQ
Clustalx的中文使用说明书
Clustalx的中文使用说明书
生物
用ClustalX做多序列比对分析图示
1、打开程序如下图所示：
2、Load Sequnce, 载入序列如下图所示：
3、选择序列文件,FASTA格式的如下图所示：
4、用文本编辑器察看FASTA序列文件内容,这里用的是记事本,推荐用EditPlus或者Ultraedit 如下图所示：
5、序列Load进去之后如下图所示：
6、Do Complete Alignment, 通常情况下直接选这个即可,无须修改比对参数如下图所示：
7、点Do Complete Alignment之后弹出的文件对话框,.dnd的是输出的指导树文件,.aln 的是序列比对结果,它们都是纯文本文件如下图所示：
点“ALIGN”之后开始等待,如果序列不多,很快就可以算完,如果数据很多,可能要等一段时间,这时候可以用眼睛盯着ClustalX的状态栏,那里会有程序运行状态和现在正在比对那两条序列的提示信息,看看可以消磨时间。
8、比对结束之后,我们可以看到这个结果如下图所示：
9、这时候我们可以发现ClustalX已经生成了.dnd和.aln两个文件,仍然用文本编辑器打开来看,这时.aln文件,这个文件可以用Mega2做进一步的bootstrap进化树分析如下图所示：
10、这是.dnd文件(指导树) 如下图所示：
11、可以用Treeview打开dnd文件,看上去就像这样子如下图所示
图3-15 ClustalX所识别的文件输入格式。
ClustalX使用方法解读
第一步：输入序列文件。
第二步：设定比对的一些参数。
参数设定窗口。
第三步：开始序列比对。
第四步：比对完成，选择保存结果文件的格式
在线的clustalw分析
1.EBI提供的在线clustalw服务
/clustalw/
2.我们构建的在线clustalw服务
• 使用clustalx程序，对给定的多序列， 选择合适的参数，进行多序列比对，输 出结果文件维phylip格式。 • 相同的文件，使用ebi和我们提供的在线 服务，进行多序列比对。
• 对上述计算机程序比对的结果进行手工 改动（bioedit，seaview），使得多序 列比对结果跟符合要求。
1.同步法 将序列两两比对时的二维动态规划矩 阵扩展到三维矩阵。即用矩阵的维数来 反映比对的序列数目。这种方法的计算 量很大，对于计算机系统的资源要求比 较高，一般只有在进行少数的较短的序 列的比对的时候才会用到这个方法。
自动多序列比对的算法
2.其基本思想就是基于相似序列通常具 有进化相关性的这一假设。
Clustalx的工作界面 （多序列比对模式）
Clustalx的工作界面 （剖面(profile)比对模式）
Clustal的工作原理
Clustal输入多个序列 快速的序列两两比对，计算序列间的 距离，获得一个距离矩阵。 邻接法(NJ)构建一个树（引导树） 根据引导树，渐进比对多个序列。
Clustal的应用
/biopro/clustalw.html
EBI提供
的在线
Clustalw
服务
更为详细的教程
可以在这里得到更多关于clustal的帮助：
trasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html
【软件使用】clustalX2使用以及相关的问题
【软件使⽤】clustalX2使⽤以及相关的问题Clustalx的操作第⼀步：输⼊序列⽂件。
第⼆步：设定⽐对的⼀些参数。
参数设定窗⼝。
第三步：开始序列⽐对。
第四步：⽐对完成，选择保存结果⽂件的格式相关问题CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列⽐对程序的Windows版本。
Clustal X为进⾏多重序列和轮廓⽐对和分析结果提供⼀个整体的环境。
这⾥总结⼀下在使⽤做序列⽐对过程中⼀些常见的问题~1，从⽹上看来说CLUSTALX软件使⽤的时候，开始要输⼊FASTA格式准备的DNA序列test.seq⽂件。
请问这种⽂件怎么⽣成啊?记事本?其实没有规定的⽂件名，不⼀定是叫test.seq，任何你想要的都可以，除了中⽂名（下⾯会说明）。
主要⾥⾯的内容是正确的格式就⾏了~。
Clustal⽀持的格式有多种，如NBRF/PIR, EMBL/SWISSPROT, Pearson (Fasta), Clustal (*.aln), GCG/MSF (Pileup), GCG9/RSF and GDE 等2，什么使⽤时，总是导⼊不了序列，出现 ERROR:Can not open output file??这个问题挺多⼈碰到过的~这是因为你导⼊的⽂件的路径包含有中⽂名。
把⽂件放在其它地⽅看看。
最好路径也不要有空格了。
当然前提是你的格式要正确了。
这个问题同样适⽤于ClustalW或其它dos类的软件3，ClustalX⽐对后的结果中.aln⽂件是什么？这个是序列⽐对结果的⽂件。
关于这部分，你可以看4，ClustalX⽐对后的结果中.dnd⽂件是什么？。
BioEdit和Clustalx进行序列比对步骤
1、将要进行序列比对的信息保存为.txt文本文档类型（如11.txt和21.txt）
2、打开BioEdit，选择“New Alignment”图1，在file下拉菜单中选择”import”→“sequence
alignment file”图2选择刚才新建的两个或多个文本，点击保存，保存类型为“Fasta”
生成文件名为.fas。
图1
图2
3、打开Clustalx软件，选择“文件”→“载入序列”，打开刚才保存的文件（注意，该文
件应该与ClustalX在同一文件夹中），选择“序列比对”→“完全序列比对”，这时会生成两个文件，.aln和.dnd文件，其中.aln为序列比对文件，而.dnd为树文件。
打开BioEdit软件，选择选择“New Alignment”，在file下拉菜单中选择”import”→“sequence alignment file”找到刚才生成的.aln文件打。
如何用MEGA5.0和Clustalx1.83构建进化树
如何用MEGA5.0和Clustalx1.83构建进化树MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的工具包，从3.1版本到后来的4.0版本一直都广为大家熟悉，现在推出了Mega5.0版本。
功能比以前多有改进。
现主要介绍使用Mega 5.0构建系统进化树的方法。
供大家参考。
用MEGA构建进化树有以下步骤：1、测序：将克隆扩增测序得到的16S rDNA序列进行测序。
2、NCBI上做Blast/blast/Blast.cgi找到相似度最高的几个序列，确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个，然后寻找相似性最高的细菌，通常把该属的序列（Fasta格式文件）下载下来，或点击GenBank登录号，复制FSA TA 格式，整合在一个*.txt文档中（单独建立一个文件夹存放，后面的很多文件会自动装入该文件夹），如>XXXXAGGCTTAACACA TGCAAGTCGAGCGGAGCGAGGGTGCTTGCACCTTAGCTTAGCGGCG GACGGGTGAGTAA TGCTTAGGAA TCTGCCTA TTAGTGGGGGACAACA TTCCGAAAGGA A TGCTAA TACCGCA TACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGA TCTTCGGACCTTGCGCTAA TAGA TGAGCCTAAGTCGGA TTAGCTAGTTGGTGGG>gi|289469964|gb|GU388381.1| Acinetobacter tandoii strain DSM 14970 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAA TGCTTAGGAA TCTGCCTA TTAGTGGGGGACAACA TTCCGAAAGGGA TGCTAA TACCGCA TACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGA TCTTCGG ACCTTGCGCTAA TAGA TGAGCCTAAGTCGGA TTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTAC CAAGGCGACGA TCTGTAGCGGGTCTGAGAGGA TGA………………………….参考序列选择注意事项：1、不选非培养(unclutured)微生物为参比；2、不选未定分类地位的微生物，最相近的仅作参考；c，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。
Clustal多重序列比对图解教程图解使用
C l u s t a l x多重序列比对图解教程(B y R a i n d y) 本帖首发于Raindy'blog软件简介:CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。
ClustalX为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。
序列将显示屏幕的窗口中。
采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。
窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。
主要功能：你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；你可以选择序列子集进行比对；你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。
当前版本:1.83PS:如果你是新手或喜欢中文界面,推荐使用本人汉化的Clustalx1.81版链接地址:ist&ID=7435(请完整复制)应用:Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提实例：植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白P8(AA序列)为例流程：载入序列―>编辑序列―>设置参数―>完全比对―>比对结果1.载入序列：运行ClustalX，主界面窗口如下所图（图1），依次在程序上方的菜单栏选择“File”－“LoadSequence”载入待比对的序列，如图2所示，如果当前已载入序列，此时会提示是否替换现有序列(Replaceexistingsequences)，根据具体情形选择操作。
图1图22.编辑序列：对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有Cutsequences(剪切序列)、Pastesequences(粘贴)、SelectAllsequences(选定所有序列)，ClearsequenceSelection(清除序列选定)、Searchforstring(搜索字串)、RemoveAllgaps(移除序列空位)、RemoveGap-OnlyColumns(仅移除选定序列的空位)图33.参数设置：可以根据分析要求设置相对的比对参数。
Clustalx 的实例操作1(1)
距离依靠法是指迚化树的拓扑形状由两两序列的迚化距离决定的。迚 化树枝条的长度代表着迚化距离。独立元素法包括最大简约性法 （Maximum Parsimony methods）和最大可能性法（Maximum Likelihood methods）；距离依靠法包括除权配对法（UPGMAM） 和邻位相连法（Neighbor-joining）。
将clustal比 对结果.ALN 文件转换
将比对好的ALN文件转换成meg格式
转换好的meg格式，会弹出提示信息，点击ok
保存前无效字 符要删除
点存盘保存meg文件，meg文件会和aln文件保存在同一个目录。
关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的 “Click me to activate a data file”
Clustalx 的实例操作
蛋白质序列分析二班 陈雯 2010602128
Why to use it ？
在寻找基因和致力于収现新蛋白的努力中，人们习惯于把新的 序列同已知功能的蛋白序列作比对。由于这些比对通常都希望能够 推测新蛋白的功能，丌管它们是双重比对还是多序列比对，都可以 回答大量的其它的生物学问题。 丼例来说，面对一堆搜集的比对序列，人们会研究隐含于蛋白 之中的系统収生的关系，以便于更好地理解蛋白的迚化。人们并丌 只是着眼于某一个蛋白，而是研究一个家族中的相关蛋白，看看迚 化压力和生物秩序如何结合起来创造出新的具有虽然丌同但是功能 相关的蛋白。研究完多序列比对中的高度保守区域，我们可以对蛋 白质的整个结构迚行预测，并且猜测这些保守区域对于维持三维结 构的重要性。
原始树
数字表示该树 枝可信度的百 分比
迚化树的优化：
得到丌 同树形
对迚化树迚行优化
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
本帖首发于Raindy'blog，
软件简介:
CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。
Clustal X为进行供一个整体的环境。
序列将显示屏幕的窗口中。
采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。
主要功能：
你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；
你可以选择序列子集进行比对；
你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；
可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。
当前版本:1.83
PS:如果你是新手或喜欢中文界面,推荐使用本人汉化的Clustalx 1.81版链接地址:/index.php?Go=Show::List&ID=7435(请
应用:Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提
实例：植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白P8(AA序列)为例
流程：载入序列―>编辑序列―>设置参数―>完全比对―>比对结果
1.载入序列：运行ClustalX，主界面窗口如下所图（图1），依次在程序上方Sequence”载入待比对的序列，如图2所示，如果当前已载入序列，此时会提示是sequences)，根据具体情形选择操作。