最新13第十章微生物分类鉴定-生工汇总
微生物分类和鉴定课件PPT
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（二）生理生化特征
与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关 酶及蛋白质都是基因产物 对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组 的间接比较
测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多
营养类型、酶、代谢产物等；
生长温度、与氧、pH、渗透压的关系；
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ16
2）GC%测定主要用于对表型特征难区分的细菌 作出鉴定，并可检验表型特征分类的合理性， 从分子水平上判断物种的亲缘关系。
3）使用原则：
G+C含量的比较主要用于分类鉴定中的否定
每一种生物都有一定的碱基组成，亲缘关系近的生物， 它们应该具有相似的G+C含量，若不同生物之间G+C含 量差别大表明它们关系远。
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3．电子杂交
随着微生物基因信息，特别是全基因组完全测序的 不断增加，我们可以通过各种计算机软件对不同物种 的遗传信息进行直接比较，从而分析不同微生物间的 亲缘关系。
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四、 伯杰氏手册
《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
但具有相似G+C含量的生物并不一定表明它们 之间具有近的亲缘关系。
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同一个种内的不同菌株G+C含量差别应在4～5%以下； 同属不同种的差别应低于10～15%；
G+C含量已经作为建立新的微生物分类单元的一项基本特征，
它对于种、属甚至科的分类鉴定有重要意义。
若二个在形态及生理生化特性方面及其相似的 菌株，如果其G+C含量的差别大于5%，则肯定
最新10微生物的分类鉴定及命名汇总
Eubacteria （真细菌界）
Archaebacteria （古细菌界）
Eukarya （真核生物界）
Carl Woese利用16SrRNA建立分子进化树
微生物
非细胞型 （病毒）
细胞型
原核微生物
细菌（Bacteria） 古生菌（Archaea）
真核微生物（Eukarya）
种（species）：是一个基本分类单位；是一大群表型特征高度 相似、亲缘关系极其接近，与同属内其他种有明显差别的一大 群菌株的总称。
菌株（strain）: 表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的 纯种群体及其一切后代（起源于共同祖先并保持祖先特性的一组 纯种后代群）。因此，一种微生物的每一不同来源的纯培养物均 可称为该菌种的一个菌株。菌株强调的是遗传型纯的谱系.
☆命名是根据国际命名法规给每一微生物类群及种类以科学的名称。
3、微生物的分类单元和分类学名词
界、门、纲、目、科、属、种——七级单元
种是最基本的分类单元
每一分类单元后可有若干辅助单元，如亚门、亚纲、亚目、亚科等 以啤酒酵Байду номын сангаас为例，它在分类学上的地位是： 界(Kindom)：真菌界 门(Phyllum)：真菌门 纲(Class)：子囊菌纲 目(Order)：内孢霉目 科(Family)：内孢霉科 属(Genus)：酵母属 种(Species)：啤酒酵母
1、生物界的分类
地球上的物种估计大约有200万种，其中微生物超过 10万种，而且其数目还在不断增加。（因已知微生物 仅10%，已开发利用的是已知的1%。）
在生物进化历史过程中演化形成生 物种类和种群的多样性。
生物分类就是通过研究生物的系统发育及其进化历史，揭 示各类生物的多样性及其系统发生关系，编制分类系统， 还原生物的自然历史位置。
第十章 微生物的分类和鉴定
第十章微生物的分类和鉴定种：一个基本分类单位，是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有着明显差异的菌株的总称。
学名学名：一个菌种的科学名称，是按照《国际细菌命名法则》命名的，国际学术界公认并通用的正式名字。
前后有两个或数个学名排在一起时，在属名相同的情况下，后一学名中的属名可缩写成一个大写字母加一句号的形式。
例1：Bacillus（芽孢杆菌属）可缩写成B.例2：若可能产生混淆，也可写成二至三个字母，如：Bac.属名：表示微生物的主要形态特征、生理特征或以研究者的人名表示。
单数，字首大写。
例1 ：根霉属、毛霉属——形态特征例2 ：丙酸杆菌属、乳酸杆菌属——生理特征+ 形态特征例3 ：沙门氏杆菌属——研究者的人名 + 形态特征种名：说明微生物的颜色、形状、用途，有时用人名、地名、微生物寄生的宿主名称和致病的性质来表示。
字母小写。
例1 ：黑曲霉——颜色例2 ：巴斯德酵母——人名例3 ：北京棒杆菌——地名例4 ：猪霍乱沙门氏菌——寄生的宿主名称和致病性质例5 ：种名未确定：属名加 sp. （单数）或 spp. （复数）表示。
如：Bacillus sp. 表示一种芽孢杆菌；Bacillus spp.表示若干芽孢杆菌亚种、变种的命名：亚种：subspecies，简称“subsp.”变种：variety，简称“var.”命名：三名法属名 + 种名 + （subsp.或var.）+亚种（或变种）可省略例1：Saccharomyces cerevisiae var. ellipsoideus 酿酒酵母椭圆变种例2：Bacteroides fragilis subsp. Ovatus 脆弱拟杆菌卵形亚种新种的命名：新种：属名 + 种名 + sp.nov.例：Corymebacterium pekinense sp. Nov. AS 1.229北京棒杆菌AS1.229 新种菌株菌株（在病毒中称毒株）：表示任何由一个独立分离的单细胞（或单个病毒粒子）繁殖而成的纯种群体及其一切后代。
微生物的分类和鉴定
微生物的分类和鉴定第十章微生物的分类和鉴定一、名词解释：01.系统学（systematics）：是研究生物多样性及其分类和演化关系的科学。
分子系统学是检测、描述并揭示生物在分子水平上的多样性及其演化规律的科学。
研究内容包括了群体遗传结构、分类学、系统发育和分子进化等领域。
02.系统树：在研究生物进化和系统分类中，常用一种树状分支的图型来概括各种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分支的图型也称为发育树（phylogenetic tree）。
03.分子系统树：通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树。
04.微生物分类学（microbial taxonomy）：是一门按微生物的亲缘关系把它们安排成条例清楚的各种分类单元或分类群的科学，其具体任务有三，即分类、鉴定和命名。
05.分类（classification）：根据文献资料，经过科学的归纳和理性的思考，整理成一个科学的分类系统。
即解决从个别到一般或从具体到抽象的问题。
06.鉴定（identification）：通过详细观察和描述一个未知名称纯种微生物的各种性状特征，然后查找现成的分类系统，以达到对其知类、辨名的目的。
即解决从一般到特殊或从抽象到具体的问题07.命名（nomenclature）：为一个新发现的微生物确定一个新学名的过程。
08.培养物（culture）：是指一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。
如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。
如果某一培养物是由单一微生物细胞繁殖产生的，就称之为该微生物的纯培养物（pure culture)。
09.菌株（strain）：从自然界分离得到的任何一种微生物的纯培养物，都可以称为微生物的一个菌株；用实验方法（如通过诱变）所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。
菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体。
10.标准菌株：指能代表这个种的各典型性状的一个被指定的菌株。
微生物的分类和鉴定
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三原界系统示意图
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第三节 各大类微生物分类系统纲要
➢ 原核生物分类系统纲要——伯杰氏系统细菌学手册 ➢ 真菌界分类系统很多，各国采取不一样系统，比较混
乱。近年来为较多人接收是Ainsworth纲要。
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第四节 微生物判定
➢ 主要步骤：纯化、测定一系列必要指标、查找权威性 判定手册
➢ 新种： sp.nov.或nov. sp.，新被判定种发表时应在其学 名后标上sp.nov.符号，新种发表前应将其模式菌株培 养物存放在一个永久性保藏机构，并应允许人们从中 取得。
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微生物学名
➢ 命名：菌种科学名称。菌种学名是按照《国际细菌命 名法规》命名国际学术界公认，并通用名称。
➢ 判定技术不一样水平：
➢ 细胞形态和习性：形态特征、运动、酶反应、营养 要求及生长条件等
➢ 细胞组分水平：细胞壁成份、氨基酸库、脂类、醌 类、光合色素等分析
➢ 蛋白质水平：氨基酸序列分析、凝胶电泳和血清学 反应等
➢ 基因或DNA水平：核酸分子杂交、（G+C）mol%、 转化和转导、16SrRNA寡核苷酸族分分析、DNA或 RNA核苷酸序列分析等
第一节 通用分类单元
➢ 种以上系统分类单元 界 Kingdom 门 Phylum（或Division）——亚门 纲 Class ——亚纲 ——超目 目 Order ——亚目 科 Family ——亚科 ——族 ——亚族 属 Genus 种 Species
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种概念
➢ 定义：种是一个基本分类单位，是一大群表型特征高 度相同、亲缘关系极其靠近、与同属内其它种有显著 差异菌株总称。在微生物中，一个种只能用该种内一 个经典菌株作为详细标本，它就是该种模式种。
10章 微生物的分类鉴定
RNA-RNA
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一般认为，DNA-DNA杂交同源性超过60
％的菌株可以是同种，同源性超过70％者是同
一亚种，而同源性在20％～60％范围内时，则 属于同一个属。
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4、rRNA的寡核苷酸编目分析
通过分析原核细胞或真核细胞中最稳 定的rRNA寡核苷酸序列同源性程度，以
确定不同生物间的亲缘关系和进化谱系的
种名加词
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学名
铜绿假单胞菌 Pseudomonas aeruginosa 结核分枝杆菌 Mycobacterium tuberculosis
属名
假单胞菌属（阴性） Pseudomonas 分枝杆菌属（中性） Mycobacterium
种名加词
铜绿色（阴性） aeruginosa 结核病的 tuberculosis
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二、种及种以下的分类单元
种 是一个基本分类单元，它是一大群表型 特征高度相似、亲缘关系极其接近、与 同属内的其它物种有着明显差异的一大 群菌株的总称。
在微生物中，一个种只能用该种内的一个典 菌株又称品系（在非细胞型的病毒中则称为毒株或 型菌株当作它的具体代表，这个典型菌株即 株），它表示任何由一个独立分离的单细胞（或单 个病毒）繁殖而成的纯遗传型群体及其一切后代。 为该种的模式种。
四界系统 五界系统
六界系统
三总界五界系统
三域系统
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两界系统
1753年，瑞典博物学家林奈提出了两
界系统：动物界和植物界。
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三界系统
原生生物界
生物 动物界
植物界
1866年，德国动物学家E.H.Haeckel提出。
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四界系统
植物界 生物
动物界（除原生动物）
10 微生物的分类鉴定
2.1 微生物分类鉴定中的经典方法
2.1.1 经典鉴定指标：
• 形态学特征
• 生理学特征
• 生态学特征
• 生活史，有性生殖情况
• 血清学反应
• 对噬菌体的敏感性
• 其他
2.1.2 微生物的微型、简便、快速或自动化鉴定技术
API细菌数值鉴定系统（API系统） “Enterotube”系统
“Biolog”全自动和手动细菌鉴定系统
种名加词：种名词首小写，表次种的次要特征；使用时写 例 1：苏云金芽孢杆菌
出属名及种名未定时用 sp . （一种）或 spp . （几种）代替。 B. thuringiensis 例1：苏云金芽孢杆菌 学名的发音：按规定应按拉丁发音规则，实际以英文发音 例2：酿酒酵母 Bacillus sp. “一种芽孢杆菌” 居多。 S. cerevisiae 或 Sac. cerevisiae Bacillus spp. “若干种芽孢杆菌”或“一批芽孢杆菌”
例2：酿酒酵母椭圆变种（椭圆酿酒酵母） Bacillus subtilis （Ehrenberg） Cohn 1872 Saccharomyces cerevisiae （var）ellipsoideus
1.2.3 有关学名的其他知识
属名：属名词词首大写，表示种的主要特征；文中首次使 用属名时不能缩写，重复出现的可用词首大写的一或几字 母加点表示，如Bacillus可缩写为B. 或Bac.
的方法。
Ⅳ.
微生物全基因组序列的测定
第一个古菌：詹氏甲烷杆菌
第一个细菌：流感嗜血杆菌 第一个真菌：酿酒酵母
2.2.2 细胞化学成分用作鉴定指标 Ⅰ. 细胞壁的化学成分 原核生物细胞壁成分的分析。 Ⅱ. 全细胞水解液的糖型 放线菌全细胞水解液糖型的分析。
第十章微生物的分类与鉴定共39页文档
§.1 通用分类单元 §.2 微生物在生物界的地位 §.3 各大类微生物的分类系统纲要
§.4 微生物的鉴定
Chap.11 微生物的分类和鉴定
●微生物分类学（microbial taxonomy）
●分类:在研究微生物相似性的基础上，把每一微生物编 排在一定的分类单元中，制定出检索表。
Bacteriods & Fusobacteria ( 2019)
3.真菌（Fungi）的分类系统
●Ainsworth系统
《 The fungi 》,
Ainsworth, 1973
《 Ainsworth and Bisby’s Dictionary of the Fungi》 ----7版，1983年，Hawksworth ----8版，2019年， Hawksworth
书355
一、经典分类鉴定方法（生理生化为主，形态为辅）
●通常指长期以来，在常规鉴定中普遍采用的（形态、 生理、生化、生态、生活史、血清学反应等指标）
◆传统分类的细菌鉴定程序
●细菌自动鉴定系统
API数值鉴定系统 BBL鉴定系统 Biolog鉴定系统
程序： 1、辅助特征 2、培养菌悬液加入生化反应板培养自动扫描
DNA-DNA杂交（固相杂交法）
单链DNA（待测菌株） ↓
转硝酸纤维素膜 ↓
加入放射性标志参照菌DNA（单链） ↓
洗去未杂交DNA ↓
闪烁计数器计数测定放射强度
结论： 1. DNA同源性≥ 60% （同种） 2. DNA同源性≥ 70% （同亚种） 3. DNA同源性60~ 70% （不同亚种） 4. DNA同源性20~ 60% （同属）
16s rRNA作为细菌进化的 计时器
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一、分类单元
界、门、纲、目、科、属、种
种：就是一群表型特征高度相似、亲缘关系极 其接近、与同属内其他种有明显差异的一大 群菌株的总称。
新种：是指权威性的分类、鉴定手册中从未记 载过的一种新分离并鉴定过的微生物。
二、微生物命名规则 1、双名法
Bacillus subtilis(Ehrenberg)Cohn 1872
2、分类鉴定的步骤
（1）获得该微生物的纯种培养物（pure culture)； （2） 测定一系列必要的鉴定指标； （3） 查找权威性鉴定手册。
河南省博物院
河南省安阳市内黄县三杨庄汉代农耕村落遗址
河南省安阳市内黄县三杨庄汉代农耕村落遗址
河南省安阳市内黄县三杨庄汉代农耕村落遗址
河南省安阳市内黄县三杨庄汉代农耕村落遗址
1、分类鉴定的据
（1）细胞的形态和习性水平
如观察微生物的形态特征、运动性、酶反应、营养要求、生 长条件、代谢特征、致病性、抗原性和生态学特性等。
（2）细胞组分水平
包括细胞壁、脂类、醌类和光合色素等成分的分析。
（3）蛋白质水平 包括氨基酸序列分析、凝胶电泳和各种免疫
标记技术等
（4）核酸水平 包括G+C mol%值的测定、核酸分子杂交， 16S或18S rRNA寡核苷酸序列分析，重要 基因序列分析和全基因测序。
四、问答题 什么叫基因工程？基因工程包括哪些步骤？（10分）
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细胞（或单个病毒粒）繁殖而成的纯遗传 型群体及其一切后代。 3、变种 和型
第二节
微生物在生物界的地位
六界系统 三域学说：
细菌域、古生菌域、真核生物域
第三节
各大类微生物的分类系统纲要
一、Bergey氏原核生物分类系统纲要 1923 《伯杰氏鉴定细菌学手册》第一版
（Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
至1994年出版第九版
1980年 书名改为《伯杰氏系统细菌学手册》
（Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)简 称系统手册
2000年《系统手册》第二版分5卷发行
二、Ainsworth等人的菌物分类系统纲要
1983年第七版
1995年第八版
第四节
微生物分类鉴定的方法
河南省安阳市内黄县三杨庄汉代农耕村落遗址
The end
您在这里并不要学习平庸，
而是学习如何卓越！！
Are you smart? Everyone is smart in a different way!
题型：
一、 名词解释 1. 质粒 2. 假根 二、填空题 1.在微生物菌体形态观察中，需要进行制片后才能在显微镜下观 察，观察放线菌时采取的制片方法是___________; 2. 氧气对厌氧微生物有毒害的原因是___________。 三、选择题 1． 全球关注的“疯牛病”是下列( )引起的。 A.细菌 B. 病毒 C.真菌 D. 放线菌 2．（ ）的作用结果是A种群增加，B种群减少。 A.捕食关系 B.中性关系 C.协同作用 D.寄生关系
2、三名法
苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种
Bacillus thuringiensis (subsp) galleria
Bacillus sp.
Bacillus spp.
三、种以下的几个分类名词
1、亚种 一般是指某一明显而稳定的特征外，其余鉴
定特征都与模式种相同的种。 2、菌株 又称品系，它表示任何由一个独立分离的单