构建表达载体的实验流程及其注意事项201412

Sma I CCCGGG GGGCCC
注意： 1、不同公司的酶，其缓冲液有时是不同的； 2、同一公司的酶，使用相同的缓冲液或不同的缓冲液而 不显著影响酶活性时，可同时做双酶切。 3、一种酶可能有几种缓冲液。
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怎样使用公司目录
酶的质量标准
不同酶的反应缓冲液及活性 双酶切 酶切后具有共同的粘性末端
酶活单位：酶量，时间
把目的基因置于以适当的载体，转化细菌后，筛选所需 的细菌克隆。摇菌后可得到大量含目的基因的表达载体 注意事项：
-- 选择合适的载体 -- 载体具有适合的酶切点 -- 适合地连接反应 -- 选择适合扩增质粒的菌株 -- 筛选、验证目的克隆 -- 转化对照
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分子克隆实验若纸上谈兵，似乎轻而易举；但要付诸实践， 却又举步维艰，谈何容易。大多数实验都是步骤繁多，若 一着不慎，即会陷入困境。
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内切酶buffer
盐离子 低--中--高 通用
promega TaKaRa
NEB
A—B—C—D L—M—H
1—2—3—4
…… K
……
1、双酶切时注意buffer的选择； 2、酶在非最优buffer中的活性会降低，应调整酶量和反应时间。
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一）酶切不开或酶切不完全 ？？
1、质粒不纯：
杂蛋白（A260/A280＜1.8 ）；抑制剂（酚、盐、乙醇 ）
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核酸酶操作注意事项
通常，不同公司出产的内切酶，它的菌株来源、制备工艺、纯 度及活力、酶切活性的优化等都可能存在不同，试剂公司会对自 己的内切酶进行比较全面的分析。因此，说明书及目录中的技术 资料是最具有针对性的资料。 注意事项： a. 内切酶如无特殊要求，应该保存在-20~-30度。 温度过低：酶会冻结，反复冻融，降低酶活 温度过高： b. 酶在使用时应置于冰盒中取酶。 不可用手捏管底部 移液器吸取时，酶管不可离开冰面。 c. 酶使用完后应尽快旋紧盖子。 d. 吸取酶时的tips，最好是长些。
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一、克隆位点的选择
1、首先要对目标基因进行酶切位点扫描分析，列出其所含酶切位点清单。 2、然后对照质粒多克隆位点，所选择的克隆位点必须是目标基因所不含的 酶切位点。
二、保护碱基数（直接酶切PCR产物）
1、在设计PCR引物时，引入酶切位点后，常常要加入保护碱基。
2、 一般情况下，普通的内切酶只加入两个保护碱基，其内切反应就可以正 常进行；
验证每步产物，设置对照以检查每一反 应的效率，都是可取的良策。而要对上述问题应对自 如，又必须透彻理解每一步实验流程所涉 及的实验原理。
——第一版前言（p11） 《分子克隆实验指南》 第二版 ，1996，科学出版社
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汇报内容
1 2 3 4 5 6 表达载体的分类 目的基因的获得 酶切 片段回收 连接 质粒的检测
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如何阅读质粒图谱
1、质粒类型和大小（真核/原核/穿梭质粒） 2、复制起点（ori）
3、筛选标记（抗生素标记）
4、多克隆位点（MCS）
5、外源DNA片段的插入（位置、大小、酶切位点）
6、表达系统元件
（启动子—核糖体结合位点/内含子—克隆位点—转录终止信号）
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常用抗生素抗性基因
1、杀菌机理： 四环素（tet): 四环素与核糖体30S亚基结合，抑制核糖体的转位。
二、农杆菌转化
1、农杆菌载体，含有左右边界； 2、 可以转化大的目的基因。
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候选基因功能分析
一、超表达载体
1、CaMV 35S启动子；
2、玉米Ubi启动子； 3、其它。
二、RNAi载体
1、含有intron，转录后形成发卡，沉默效率高； 2、 多用其本身启动子。
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汇报内容
1 2 3 4 5 6 载体的分类 目的基因的获得 酶切 片段回收 连接 质粒的检测
三、人工化学合成
最后的选择。公司会将合成片段连入克隆载体。需测序验证。
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汇报内容
1 2 3 4 5 6 表达载体的分类 目的基因的获得 酶切 片段回收 连接 质粒的检测
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基因工程所用的酶
限制性内切酶 从商品目录上得到有关信息 EcoR I Pst I GAATTC CTGCAG CTTAAG GACGTC 5’p G 3’OH 5’p CTGCA 3’OH 3’OH CTTAA 5’p 3’OH G 5’p
2、酶失活：
有过期时间（能有效酶切，双酶切
4、保护碱基：
5、甲基化：
甲基化缺陷的菌株
卡那霉素（kan)：可与核糖体结合，抑制蛋白的合成。
卡那霉素可被氨基糖苷磷酸转移酶(APH-II)灭活。
2、溶液配制：
一般配成50或100mg/mL，抽滤，-20℃保存备用。
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遗传转化所用载体（1）
一、基因枪转化
1、对载体类型无选择；
2、载体不宜过大，目的基因不宜过大。 3、可以转化 “启动子-目的基因-终止子” 片段。
酶的浓度：10 units/uL; 20 uints/uL等 保存条件: -20～-30 ℃
切割位点：有无其他活性 酶切体系: buffer及与其它酶双切的buffer等 所用底物： DNA量，切后再连接的程度 反应温度：一般为37℃,但许多酶对温度有特殊要求 甲 基 化： 星 活 性: 所加酶量过多 保护碱基:
Tet 抗性基因编码一个399的膜结合蛋白，可阻止四环素进入细胞。
氨苄青霉素（amp)：氨苄青霉素可与细菌膜上一些与细胞壁合成有关的酶结合
并抑制其活性。Amp基因可降解氨苄青霉素。
氯霉素（Cm或cat)：氯霉素与核糖体50S亚基结合并抑制蛋白质的合成。
Cat 基因编码一个四聚体细胞蛋白，催化氯霉素羟乙酰氧衍生物的形成。
有些则加3个以上，NdeI就属这类，需加入至少6个保护碱基，常用的 HindIII也要三个。
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目的基因获得
一、从已有载体上截取
所选择的克隆位点必须是目标基因所不含的酶切位点
二、PCR法
1、 无内含子，可用基因组DNA为模板，有内含子则用cDNA。 2、若PCR难度很大，宜将PCR产物连到克隆载体上，测序后，再酶切 连接到表达载体上。不推荐直接酶切PCR产物。 3、在加loading buffer前，可取出几微升，作为二扩模板。 4、设退火温度梯度，多做几管。回收时损失大半。 5、尽管PCR产物只有一条特异带，电泳挖取目标带也是必要的。