NCBI站点的一般介绍及其它资源库的介绍.pptx
NCBI [恢复]
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完成情况
2.前身是NIH所属的一个研究所的计算生 物学研究室,1988年独立为NCBI,形式上 属于国家医学图书馆(National Library of Medicine/NLM)
LOGO
2017/4/3
基本研究：
使命： 1.建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学 知识的存储和分析的自动系统 。 2.实行关于用于分析生物学重要分子和复合物 的结构和功能的基于计算机的信息处理的 ，先进方法的研究 。 3.加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据 库和软件的使用。 4.全世界范围内的生物技术信息收集的合作努 力。
2017/4/3
P 脯 (proline) 谷氨酰胺(glutamine) Q R 精 (arginine) S 丝 (serine) T 苏 (threonine) U 硒代半胱(selenocysteine) V 缬(valine) W 色 (tryptophan) Y 酪 (tyrosine) Z E或Q X 任何氨基 (any) * 翻译终止(translation stop) – 不确定长度间隔
2017/4/3 文本
依据Ph1染色体和bcr/abl融合基因，可将 CML分为3类 第1类为Ph1阳性和bcr/abl阳性，其临床 表现为外周血象白细胞升高，以骨髓粒细胞 极度增生为主 第2类为Ph1阴性而bcr/abl阳性，这是一 组异质性疾病，实际上属于Ph1阳性的CML 范畴 第3类为Ph1和bcr/abl均阴性。前两者具 有相同的临床表现和血液学特征，为典型的 CML，后者为非典型CML。正确区分对临 床治疗判定有一定的指导作用。
NCBI使用教程PPT
如：输入stem[ti] AND neuroscience Details显示：
(stem[ti] AND ("neurosciences"[MeSH Terms] OR neuroscience[Text Word]))
截词检索：treat* 强迫短语检索：“brca 1”（不再 自动转换匹配和扩展检索）
数据收录
MEDLINE 4300余种生物医学期刊，内容涉及医学、 护理、牙科、兽医、健康保健系统、前 临床医学等学科。这些期刊来源于美国 和世界上70多个国家和地区。 文献量达1千1百万条记录，并回溯到 1966年。 [indexed for MEDLIEN]
In process citation 提供MEDLINE尚未经规范处理的数 据。 获MeSH词后，再加入MEDLINE。 记录中[in process]的标记。
自动扩展检索 系统自动对主题词、副主题词进行 扩展检索，如： 输入“hypertension therapy,系统自 动将高血压的药物治疗、饮食疗 法，
三.PubMed的辅助检索功能
Limits（检索限制选择） 字段限制：著者、刊名、篇名、滤过（filter原 文收藏处）等 数据输入时间：默认检索可回溯到1966年， 限制选择30天-10年 7种文献类型限制： 7种语种： 12种子文档：(01年新增2种Space Life Sciences and Bioethics ）
期刊数据库 （Journal database）:
通过输入刊名、缩写名、等浏览期刊文 献。 提供电子原文的超链键。
临床问题 （Clinical Queri献，主要涉及治疗、诊断、病因、和 预后四个分类，并提供强调选择，即敏 感度（强调查全）或专指度（强调查 准）。
NCBI各数据库简介
NCBI各数据库简介本篇文献转自以下网址：/experiment/fenzi/237847.html随着ncbi数据库各种资源的涌现，NCBI已经成为科研工作者必不可少的工具了。
那么各位小伙伴们，你能说出NCBI有多少数据库吗？有哪些实用的工具吗？不知道的就进来看看吧！美国国立生物技术信息中心(National Center for BiotechnologyInformation)，即我们所熟知的NCBI是由美国国立卫生研究院(NIH)于1988年创办。
创办NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。
除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库，其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之外，NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。
目前，NCBI提供的资源有Entrez、Entrez Programming Utilities、MyNCBI、PubMed、PubMed Central、EntrezGene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、ElectronicPCR等共计36种功能。
而且都可以在NCBI的主页上找到相应链接，其中多半是由BLAST功能发展而来的。
1NCBI数据库更新进展1.1 PubMed搜索功能的增强NCBI对PubMed进行了几项改进工作，改动最大的是搜索界面和摘要浏览界面。
其中，搜索界面中新增了“Advanced Search”选项(这实际上是对以往“Limits”和“Preview/Index”功能的整合)，并且增加了一个新的窗口，用户可以在此窗口下通过“论文作者名”、“论文所属杂志名称”、“论文出版日期”等限定条件进行搜索。
而且，“论文作者名”和“论文所属杂志名称”还设有文本框自动填充功能。
NCBI资源介绍及使用手册
NCBI资源介绍及使用手册NCBI 资源介绍本文目录：NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介NCBI 站点地图NCBI癌症基因组研究NCBI－Coffee BreakNCBI－基因和疾病NCBI－UniGeneCluster of Orthologous Groups of proteins（COG）介绍Gene Expression Omnibus （GEO）介绍LocusLink介绍关于RefSeq：NCBI参考序列NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介介绍理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。
通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。
阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。
数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。
挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。
国立中心的建立后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立法。
NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。
NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。
NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。
它的使命包括四项任务：建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。
全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。
NCBI功能详介
NCBI功能详介NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是全球最大的生物信息学数据库之一，也是生物医学研究领域最重要的资源之一、NCBI提供了广泛的生物学和医学数据库和工具，以帮助科学家们进行基因组学、蛋白质学、遗传学、药物研发等方面的研究。
NCBI的主要功能包括：1. PubMed：NCBI的PubMed是最大的生物医学文献数据库。
它收录了全球范围内的生物医学文献，并提供了非常强大的功能，以帮助科学家们找到自己感兴趣的论文。
3. BLAST：BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是NCBI 提供的一种重要的生物信息学工具。
它可以用来比对生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列），以找到相似的序列或已知的序列。
BLAST对生物学研究非常重要，可以用于序列比对、功能注释、物种分类等各种应用。
4. Entrez数据库：Entrez是NCBI提供的一种综合性数据库工具，可以用来访问和多个数据库，如PubMed、GenBank、Protein、Nucleotide等。
用户可以使用Entrez来查找和获取各种类型的生物学数据，如文献、序列、蛋白质结构等。
5. PubChem：PubChem是一个提供生物化学信息的数据库，包含大量的有关化合物的实验数据、化学结构、药物作用等信息。
它可以帮助研究人员进行药物发现、化合物筛选和毒性评估等方面的研究。
6. dbSNP：DBSNP（Single Nucleotide Polymorphism Database）是一个用于存储和查询单核苷酸多态性数据的数据库。
它收集了全球范围内各种不同物种的单核苷酸变异信息，包括单核苷酸变异的位点、变异类型、频率等。
7. GEO：GEO（Gene Expression Omnibus）是一个用于存储和共享基因表达数据的数据库。
NCBI站点的一般介绍及其它资源库的介绍共46页PPT
15、机会是不守纪律的。——雨果
46、我们若已接受最坏的，就再没有什么损失。——卡耐基 47、书到用时方恨少、事非经过不知难。——陆游 48、书籍把我们引入最美好的社会，使我们认识各个时代的伟大智者。——史美尔斯 49、熟读唐诗三百首，不会作诗也会吟。——孙洙 50、谁和我一样用功，谁就会和我一样成功。——莫扎特
NCBI站点的一般介绍及其它 资源库的介绍
11、战争满足了，或曾经满足过人的 好斗的 本能， 但它同 时还满 足了人 对掠夺 ，破坏 以及残 酷的纪 律和专 制力的 欲望。 ——查·埃利奥 特 12、不应把纪律仅仅看成教育的手段 。纪律 是教育 过程的 结果， 首先是 学生集 体表现 在一切 生活领 域—— 生产、 日常生 活、学 校、文 化等领 域中努 力的结 果。— —马卡 连柯(名 言网)
NCBI序列数据库概述
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RefSeq (reference sequence)：GenBank中的数据是由用户提交数据构成，具有较高的冗余度和差错率， 为更好的实现特征序列的查询，NCBI在GenBank数据基础上针对每个基因不同的数据类型提取一个 可靠地注释条目作为参考条目，组成RefSeq。
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3.Genome • NCBI收录了超过1000种已经完成测序的生物体全部基因组序列和定位数据，及正在进行测序的物种
阶段性发布的基因组信息。 • Genome涉及的物种涉及所有的生物领域：细菌、古细菌、真核生物，以及许多病毒、噬菌体、类
病毒、质粒和含遗传物质的细胞器。
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4.蛋白质数据库 • NCBI Protein数据库收录来源于GenPept、RefSeq、Swiss-Prot、PIR、PRF及PDB等蛋白质数据资源的蛋
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二、NCBI中的重要子库
NCBI收录的生物数据依据不同的类别、层次、存储质量和应用特征等划分为众多相对独立，而又交叉 引用的子库
• 1.GenBank与RefSeq • 2.Gene • 3.Genome • 4.蛋白质数据库 • 5.遗传多态数据库 • 6.BioProject • 7.其他
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7.其他
• GEO（Gene Expression Omnibus）接受和管理各研究机构提交的基因芯片或测序技获得的不同生 理、病理状态个体或细胞系基因（包括非编码基因）表达数据。
• Epigenomics：是一个表观基因组数据查询和浏览相结合的数据库。提供DNA甲基化、组蛋白修饰等 表观遗传学数据集下载、基因序列、表观遗传状态的定位比较和可视化等。
NCBI数据库及其应用精品PPT课件
NCBI数据库检索
1. ENTREZ高级检索系统：
在检索框中输入检索词，检索词间默认 逻辑关系为AND
还可用来检索核酸与蛋白质序列、 MEDLINE相关文献或专利（PubMed）、 基 因组及MMDB分子结构模型库信息。
• 显示格式 ：
Summary Report格式 GenBank Report格式 FASTA Report格式
★2210130101------刘思远 ★2210130102------肖泽友 ★2210130103------江宜铮
NCBI分子生物学数据库 http://
美国国立医学图书馆（NLM）于1988 年11月4日建立国家生物技术信息中心 （National Center of Biotechnology Information,简称NCBI）。
Sequin:
可供MAC、PC\Windows、UNIX 用户使用的递交软件，可输入有关 数据的详细资料。
三、检索途径与方法
• 基本检索 - Basic Search
• 高级检索 - Advanced Search
•
(preview/index)
• 限定检索 - Limits Search
• 期刊检索 – Journal Databases
• 显示格式选择 Display旁的下拉菜单，选择记录格式： summary默认、brief、Abstract、Citation、 ASN.1、MEDLINE、XML等格式 • 纯文本格式 Sent to-Text
2、排序
无序（Sort） 著者（Author） 刊名（Journal） 出版日期（Pub Date）
• 主题词检索 - MeSH Databases
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STS列， 用于产生作图位点。
注：SNPs - 人类的和其他物种的遗传变 异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷 酸多态性库中（dbSNP）。
国际核苷酸序列数据库合作组
织
GenBank，DDBJ，EMBL - 合作计划的概述， 并链接到相应的主页。
纪录样本
关于GenBank的各个字段的详细描述， 以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
访问GenBank
通过Entrez Nucleotides来查询。 用accession number，作者姓名，物种，基因/
蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。 关于Entrez更多的信息请看下文。 用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序
Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。
dbEST — 表达序列标签数据库，短的、单次 （测序）阅读的cDNA序列。也包括来自于差 异显示和RACE实验的cDNA序列。
dbGSS —基因组调查序列的数据库，短的、单 次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的 序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和 软件比如Entrez和PowerBLAST。（请在提交前 用VecScreen去除载体）
ESTs - 表达序列标签，短的、单次（测序）阅 读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和 RACE实验的cDNA序列。
包括nt.Z（每天更新的非冗余BLAST核酸 数据库，
包括GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列， 不包括EST, STS, GSS, or HTGS序列），
nr.Z（每日更新的非冗余蛋白质），est.Z, gss.Z, htg.Z, sts.Z,和其它文件。
分子数据库概览
核酸序列 Entrez核酸 — 用accession number,作者姓
列相似搜索。 用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query
和BLAST服务器。另外一种选择是可以用FTP 下载整个的GenBank和更新数据。
增长统计
参见公布通知的2.2.6（每个分类的统 计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8 （GenBank增长）小节。
公布通知
GenBank，DDBJ（DNA Data Bank of Japan）， and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）数据库共享的数据是每天都交换 的，因此他们是相等的。
数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样，但 是accession number，序列数据和注解都是一模 一样的。即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相应 纪录，得到的结果是完全一样的序列数据，参 考内容等等。
最新 - 最近和即将有的变化，GenBank的 分类，数据增长统计，GenBank的引用。
旧 - 同上相同，是过去公布的统计。 遗传密码 - 15个遗传密码的概要。用来
确保GenBank中纪录的编码序列被正确的 翻译。
向GenBank提交数据
Sequin
提交软件程序，用于一条或者很多条的提交， 长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/ 突变研究的提交。
DDBJ/EMBJ/GenBank特性表 （见讲义）
特性表格式和标准被合作数据库用在序 列记录的注释上，使得数据共享成为可 能，包括详细的描述生物特性和特性限 定语的附录，以及IUPAC规定的核苷酸 和氨基酸的代号。
FTP GenBank and Daily Updates
GenBank普通文件格式
dbSTS
序列标签位点的数据库，短的在基因组 上可以被唯一操作的序列，用于产生作 图位点。
dbSNP — 单核苷酸多态性数据库，包括 SNPs，小范围的插入/缺失，多态重复单 元，和微卫星变异。
完整的基因组
参见下面Genome和Maps部分，包括各 种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母， 线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质 粒。
NCBI站点的一般介绍及其它资 源库的介绍
GenBank Overview 生物信息学站点地图
其它资源库的介绍
什么是GenBank？
GenBank是一个有13亿碱基，来自于 100,000多种生物的核苷酸序列的数据库。 每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释， 还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个 序列数据库的国际合作组织，包括EMBL 和DDBJ。
名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其 它的文本术语来搜索核酸序列记录（在 GenBank + PDB中）。更多的关于Entrez 的信息见下。如果要检索大量数据，也 可使用Batch Entrez（批量Entrez）。
RefSeq
NCBI数据库的参考序列。校正的，非冗余集 合，包括基因组DNA contigs，已知基因的 mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。
GSSs
基因组调查序列，短的、单次（测序） 阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列， cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量 基因组序列，未完成的（阶段0，1，2） 和完成的（阶段3）序列。
注意：完成的人类的HTG序列可以同时 在GenBank和Human Genome Sequencing 页面上访问。
参见GenBank记录样本和在GenBank公布 通知中的详细描述，下载大多数最近的 完全公告和日常积累或非积累更新数据。
ASN.1格式 — 摘要句法记号1，国际标 准组织（ISO）数据表示格式，下载大多 数最近的完全公告和日常积累或非积累 更新数据。
FASTA格式
定义行号后只跟随序列数据（示例）， 参见描述数据库的readme文件，