生命科学信息资源的查找和利用
生命科学中的大数据应用
生命科学中的大数据应用随着人类科技的不断进步，数据已经成为了一种非常重要的资源。
特别是在生命科学领域，生物数据的规模不断增长，而大数据技术的应用与发展也成为了目前生命科学领域的重要趋势。
生命科学中的大数据应用以其独特的优势，在医学、生物基因、农业生产等领域中发挥着越来越重要的作用。
一、什么是生命科学中的大数据应用生命科学中的大数据应用是指通过采集、存储、处理和分析大量生物信息数据，从而推动解析生物学基础、预测可能的生物技术发展趋势、预防和治疗疾病等生命科学发展方向的一种技术手段。
这种应用一般是基于计算机技术和生命科学知识相结合的。
二、生命科学中的大数据应用的意义1、新药研发——大数据技术可以利用很多关于基因组和药理学方面的数据，寻找到新的疾病诊断手段、治疗和预防疾病的新方法，加速新药研发和临床应用。
2、精准医疗——大数据技术可以根据患者的基因信息、生化标志物、疾病数据等，鉴定和诊断出患者患病的可能性、病因，甚至可以对患者进行个体化的治疗方案和预防。
3、农业生产——大数据技术可以在动植物基因组学数据、气候数据、土壤含量数据中获取关键的资源信息，探索植物的耐盐、耐旱、耐寒性，推动育种领域的发展。
三、生命科学中的大数据技术1、高通量生物技术——测序、蛋白质质谱、微流控技术等技术的不断革新，使得数据量不断增加，数据质量得到了很大提升，生命科学中数据分析和运用的技术也不断创新。
例如，随着广泛而普遍的全基因组测序加速了各种生物以及人类群体的生物数据的快速暴增。
另外，深度学习技术、机器学习技术等数据处理技术也不断更新和提升，不断地推进着生命科学的发展。
2、数据共享和标准化——数据共享和标准化对于生命科学中的大数据应用非常重要。
数据共享可以加快科技的发展，贡献自己的数据同时也能够获得其他人的数据，更好地加强科学思考和应用。
因此，越来越多的数据共享平台逐渐应运而生。
标准化则是将数据的语言、格式、代码进行统一规范，能够加快数据的收集和分析速度，减少数据共享时语言和格式的不同所带来的沟通难度。
第二章-网络信息资源的检索与利用 第二,三节
A.互联网上的国内期刊信息
• 查找国内期刊，可以从以下站点入手： • 一、中国期刊网： • 二、维普科技期刊网： 或 / • 三、万方数据资源系统的数字化期刊： /qikan/ind ex.jsp • 四、学科导航信息
●
图片搜索
二.常用网络信息资源的检索
• • • • • • • 1. 网络检索--- 图书 2. 网络检索----期刊 3. 网络检索----报纸 4. 网络检索----人物，机构 等信息 5. 网络检索----专利， 标准， 科技报告， 统计数据等信息
怎样查找互联网上的图书信息？
网络信息资源 检索﹠利 用
• 网络信息资源与常用中英文搜索引擎
• 常用网络信息资源的检索利用（学术） • 网络信息资源的检索策略与技巧
第二节
• 常用网络信息资源的检索利用（学术）
一.重要的学术搜索简介
二.常用网络信息资源的检索利用
一.重要的学术搜索简介
• 1. Google scholar（Google学术搜索 ） • 2. Scirus（科学搜索）是目前网上最全面、 综合性最强的科技文献搜索引擎之一 • 3.一些专业专题搜索引擎。
•
Directory of Open Access Journals
• DOAJ（ Directory of Open Access Journals）由 由Lund University建立，它提供有质量控制的可 免费获取的网上电子期刊资源，它的目标是建成一 个无学科、无语言限制的综合性的科学期刊系统， 方便科研人员使用，并可提升期刊的显示度。 • 目前该网站已收集了482种期刊，并把这些期刊分 成了15个大类，53个小类，其中包括农业、生命科 学、化学、数学、物理、天文学、工程技术、环境 科学DOAJ（ Directory of Open Access Journals 、社会科学等。
信息检索与利用复习资料(整理2016.1)
信息检索与利用复习资料（一）、名词解释1、INTERNET（因特网）：Internet：因特网。
泛指由多个计算机网络相互连接而成的一个网络，它是在功能和逻辑上组成的一个大型网络。
采用TCP/IP协议。
2、SCI： SCI是科学引文索引的英文缩写首字母。
SCI是一个引文数据库，收录全世界出版的数、理、化、农、林、医、生命科学、天文、地理、环境、材料、工程技术等自然科学各学科的核心期刊。
3、报刊：报刊是指报纸和期刊的总称，是属于连续出版物，它具有统一的题名，定期或不定期以连续分册形式出版，有卷期或年月标识，并且计划无限期连续出版。
报纸以刊载新闻和评论为主，期则围绕某一学科和某些学科或某一研究对象，由多篇文献资料编辑而成。
4、标准文献。
广义的标准文献包括标准的原始文件及检索工具书等。
狭义的标准文献仅指带有标准号的标准、规范、规程等技术标准。
5、超文本：超文本是在普通文本的基础上增加了链接功能的一种文本。
用户只要用鼠标点击页面上有特殊颜色或有下划线的文字时，就会出现新的解释或访问更多的信息。
6、分类途径：是指按文献内容的学科分类体系查找文献信息的途径。
一般说来，一种检索工具的编制都须按学科建立自己的分类体系，其收录的文献按分类目录中的排序进行编排，这样的编排的结果可将同一学科的文献集中，便于按学科查找文献。
7、技术档案：指生产、设计、建设、科研等专业部门，在科技活动中形成的文件、图书、照片、数据等原始记录文献，包括项目规划、设计、实施方案、任务说明书、协议书、技术指标、实验计划等，具有保密性和内部使用的特点。
8、检索语言：又称为情报语言、情报存储和检索语言、信息组织语言等。
它是根据检索的需要而创作的人工语言，把信息的存储和检索联系起来，把标引人员与检索人员联系起来，以便取得共同理解、实现交流的语言。
9、竞争情报：竞争情报是20世纪80年代在国际上迅速发展起来的一种信息业务，是关于竞争环境、竞争对手和竞争策略的情报研究。
信息检索与利用 简答题
1．简述文献检索的原理。
包括信息的存储和检索两个方面。
从信息的存储、组织来说，提取文献的特征进行标引和组织；从信息的检索来说，根据用户的信息需求快速找到相关的文献。
2．简述学位论文的概念和分类，国内和国外学位论文的检索系统有哪些？参见文献类型－学位论文的介绍，国内的检索系统有三个国外的检索系统比较多，最全面的是PQDD。
1．写出整个检索过程的六个步骤？答： (1) 分析研究课题 (2) 制定检索策略 (3) 选择检索工具 (4) 确定检索途径 (5) 调整检索策略（6）索取原文2．写出五种文献检索常用的途径（检索入口）答：a.题名：注意题名关键词的排序特征b.作者：通常按姓在前名在后方式检索c.分类：我国高校与公共图书馆的文献资料，一般采用《中国图书馆图书分类法》（简称《中图法》）进行分类。
d.主题词：主题是指表征文献内容特征、经过规范化的名词术语。
检索者通过检索这些规范的词语来找到所要的文献和情报。
《现代汉语主题词表》e.关键词：直接从文献的篇名或文摘或全文中抽取出来的非规范化检索词。
f.顺序号检索：专利号，标准号，研究报告号。
g.全文检索：h.引文检索：利用被引文献来查找原文献的检索方法。
如：CNKI中国期刊网被引用字段，维普中文期刊数据库引文检索途径。
i.其它：超文本检索，基于概念的自然语言检索，图象等。
3．列出至少五种获取全文或原文的方法？获取原文的方法有：a. 选择全文数据库进行查询b. 含有全文的电子期刊网c. 图书馆互借、复印d. 学位论文档案馆e. 电子邮件向作者或索引编制单位f. 各种课程或研讨会的资源网页g. 付费的文献数据库四大权威检索数据库是哪些，并作简要介绍？答：四大权威检索数据库是指科学引文索引SCI、社会科学引文索引（SSCI）、工程索引EI和科学技术会议录索引（ISTP）。
科学引文索引SCI：是美国科学情报研究所出版的一部世界著名的期刊文献检索工具。
SCI收录全世界出版的数、理、化、农、林、医、生命科学、天文、地理、环境、材料、工程技术等自然科学各学科的核心期刊约3500种；扩展版收录期刊5800余种。
生物信息数据库及生物信息分析软件应用
可以选择几款主流的生物信 息分析软件进行试用和比较， 了解其功能、性能和易用性 等方面的差异。
在使用软件之前，建议参加 相关的培训和学习课程，了 解软件的基本操作和分析流 程。
社区支持
大多数生物信息分析软件都 有活跃的社区和论坛，可以 在其中寻求帮助和交流经验。
软件的应用和发展趋势
广泛应用
生物信息分析软件在生命科学领域得 到了广泛应用，支持多种类型的生物 信息分析。
生物信息数据涉及个人隐私， 如何在分析利用数据的同时保 障安全和隐私是一大挑战。
许多生物信息分析软件操作复 杂，非专业用户难以掌握；同 时，随着新技术、新方法的出 现，软件需要不断更新和升级 以适应需求。
生物信息学领域发展迅速，新 的分析方法和技术不断涌现， 对硬件设备的要求也越来越高 ，如何平衡计算性能与成本是 一大挑战。
软件提供了多种数据分析工具，如差异表达分析、基因注释、 通路分析等。
软件可以将数据分析结果以图形、图表等形式直观地展示出来 ，方便用户理解和分析。
软件支持与其他生物信息软件的集成，同时也提供了开放的API 接口，方便用户进行二次开发和功能拓展。
软件的选择和使用
需求分析
试用与比较
培训与学习
在选择软件时，需要根据具 体需求进行分析，如数据规 模、分析目标、计算资源等。
生物信息数据库和软件可以帮助医生快速查找和比对疾病相关的文献、研究成果和临床数据，为疾病的 诊断和治疗提供参考。
在个性化治疗中的应用
01
个体化用药
02
细胞治疗
通过生物信息数据库和软件，医生可 以根据患者的基因型、表型等信息， 制定个体化的药物治疗方案，提高治 疗效果并减少副作用。
利用生物信息分析软件，对患者的细 胞进行基因编辑和改造，实现个体化 的细胞治疗，为癌症、遗传性疾病等 疾病的治疗提供新的途径。
生物信息学中的数据库资源及其应用
生物信息学中的数据库资源及其应用摘要：伴随着生物信息学的发展，生物信息数据库日趋完善。
现对生物信息学、数据库的建设及其应用情况进行了综述，并展望生物信息学的发展前景。
关键词：生物信息学；数据库的建设及其应用生物信息学(Bioinformatics)是80年代末随着人类基因组计划的启动而兴起的一门新的交叉学科，最初常被称为基因组信息学。
广义地说，生物信息学是一门采用计算机技术和信息论方法对蛋白质及其核酸序列等多种生物信息采集、加工、储存、传递、检索、分析和解读的科学，是现代生命科学与信息科学、计算机科学、数学、统计学、物理学和化学等学科相互渗透而形成的交叉学科。
美国人类基因组计划中[1]，对基因组信息学有这样的定义：它是一个学科领域，包含着基因组信息的获取、处理、存储、分配、分析和解释的所有方面。
这一定义包含着两方面的内容，一方面是发展有效的信息分析工具，构建适合于基因组研究的数据库，用于搜集，管理，使用人类基因组和模式生物基因组的巨量信息。
另一方面是配合实验研究，确定约30亿个碱基对的人类基因组完整核苷酸顺序，找出全部约10万个人类基因在染色体上的位置以及包括基因在内的各种DNA片段的功能，也就是“读懂”人类基因组[2]。
正如基因组信息学的定义所确定的，它的研究内容主要包含两个部分，一是基因组相关数据的收集与管理，另一个是基因组数据内涵的分析与解释，也就是遗传密码的破译。
生物信息学自产生以来大致经历了前基因组时代、基因组时代和后基因组时代三个发展阶段。
前基因组时代的标志性工作包括生物数据库的建立、检索工具的开发以及DNA和蛋白质序列分析等；基因组时代的标志性工作包括基因识别与发现、网络数据库系统的建立和交互界面工具的开发等；后基因组时代的标志则是大规模基因组分析、蛋白质组分析以及各种数据的比较与整合。
三个阶段虽无明显的界限，却真实地反映了整个研究重心的转移变化历程[3]。
1 生物信息学数据库简介近年来随着大量生物学实验数据的积累，众多的生物学数据库也相继出现，它们各自按照一定的标准收集和处理生物学实验数据，并提供相关的数据查询、处理等服务。
《文献信息检索与利用》考试试题答案
考试说明：①综合成绩总分100分，分为平时成绩（占综合成绩的40%）和期末考试试卷成绩（占综合成绩的60%）。
②要求认真审题，独立完成，试卷及作业雷同者、抄袭者和被抄袭者均不得分!!!③要求交打印稿和电子稿。
可先在电脑上做好后再打印出来，注意排版整洁清晰，字体五号字，页边距可设为2×2×2×2。
④考卷WORD文档名称和发送EMAIL标题名一律为“学号+姓名+系部”，如：200942058丁月_计算机科学系。
发送至huadanduoji@.⑤考试时间为9月5日—8日，8日16:30前将考试卷交任课教师处。
一、检索题（80分）。
（以下题如果文字不足以说明，可以采用截图表示。
）1、搜索引擎题。
（20分）（1）在中国教育网站内搜索有关“信息检索”方面的doc\pdf\ppt格式的文献，给出检索式。
（5分）答：信息检索filetype:doc信息检索filetype:ppt信息检索filetype:pdf（2）对本专业的“门户网站”进行搜集，列出你认为最有价值的2个门户网站的名称及网址，并说明选择它的理由。
（5分）答：1）有机化学网：/理由：有机化学网是国内最大的化学网站，内有最丰富的化学技术文章、资料、信息、资讯，最全面的有机化合物库，最权威的化学品供求平台2）化学学科网：/理由：化学学科网作为国内最大的教育门户网站，拥有权威、丰富、及时的独家教育资源。
当前注册会员400多万人,并参与资料上传,同时有千余名一线教师共同审核维护。
每日更新资料数2000多套，非常活跃。
（3）请搜索“中国商标网”网站并用该网站检索绍兴咸亨酒店食品有限公司的商标图案和专用权期限；（5分）答：绍兴咸亨酒店食品有限公司商标如右图：专用期限权：2004 年9 月28 日至2014 年9 月27 日（4）请运用GOOGLE学术搜索，检索近3年内标题内含有“物联网”和“移动通信”方面的学术论文，请打开其中一篇论文全文，把其题名、作者、单位、中英文关键词和摘要、分类号及其一级标题复制粘贴如下。
医学信息检索与利用医学信息检索特色和专业数据库
医学信息检索与利用医学信息检索特色和专业数据库医学信息检索与利用是指根据医学领域的需求，通过采集、整理、存储和检索各种医学信息数据，为医学工作者提供全面、准确和及时的医学信息服务。
医学信息检索的主要任务是通过各种检索手段和工具，帮助医学工作者找到所需的医学信息，以便于他们在临床实践、病例分析和医学研究中进行科学决策和有效实施。
医学信息检索有着自己的特色和特点，主要表现在以下几个方面：1. 多源性：医学信息来源广泛，包括医学期刊、医学图书、医学会议、医学数据库等。
在医学信息检索中，需要同时涵盖这些不同来源的信息，以保证信息的全面性和权威性。
2. 高度专业化：医学是一门高度专业化的学科，医学信息检索需要掌握医学领域的基础知识和专业术语，以便于准确理解医学文献和信息资源，并能够为医学工作者提供有针对性的信息检索服务。
3. 高效性：医学工作者在日常工作中，需要迅速获取大量的医学信息，因此医学信息检索需要具备高效性，即能够迅速找到目标信息，并提供实用的检索结果。
4. 临时性和更新性：医学领域的知识在不断更新和演进，因此医学信息检索也需要具备一定的临时性和更新性，及时获取最新的医学信息，为医学工作者提供最有价值的信息资源。
为了满足医学工作者对医学信息的需求，发展了许多专业数据库。
以下是一些常见的医学专业数据库：1. PubMed：由美国国立卫生研究院（NIH）的国家医学图书馆（NLM）开发和维护的免费数据库，收录了来自全球医学期刊的抄录文摘和全文，涵盖了医学、生物医学和相关领域的众多学科。
2. Embase：由赛诺菲公司开发的药学和相关学科数据库，收录了包括期刊文章、会议论文、报告、专利等在内的各种文献类型，涵盖了药理学、药物学、临床医学等多个领域。
3. Medline：由美国国家医学图书馆（NLM）开发和维护的数据库，是PubMed的核心数据源之一，收录了来自生命科学、医学和相关领域的期刊文章。
4. Web of Science：由汤森路透公司（Thomson Reuters）开发和维护的学术文献检索工具，涵盖了包括医学在内的多个学科领域，具有较高的权威性和综合性。
生物信息数据库的查询和搜索
2.根据数据的获得方式又可以分为一级库 和二级库。一级数据库的数据都直接来源 于实验获得的原始数据，只经过简单的归 类整理和注释；二级数据库是在一级数据 库、实验数据和理论分析的基础上针对特 定目标衍生而来，是对生物学知识和信息 的进一步整理。
国际上著名的一级核酸数据库有Genbank 数据库、EMBL核酸库和DDBJ库等；蛋白 质序列数据库有SWISS-PROT、PIR等； 蛋白质结构库有PDB等。 国际上二级生物学数据库非常多，它们因 针对不同的研究内容和需要而各具特色， 如人类基因组图谱库GDB、转录因子和结 合位点库TRANSFAC、蛋白质结构家族分 类库SCOP等等。
5.1.7疾病数据库 疾病数据库主要收集与疾病相关的生物大分子的 信息，尤其是基因方面的情况。OMIM数据库是 一个收集人类基因与基因组中不正常现象的数据 库。SNP Consortium datahase是收集单核苷 酸多态性的数据库，根据这些数据可以与临床化 验检测结果相对应，从而找出致病基因。 OncoDB是收集用生物芯片研究癌症与基因表达 的数据库，其中有许多的资料中仍未确定癌症— 基因的对应关系。这类数据库是基础医学研究的 宝贵资源。
5.1.9分析与记录方式数据库 分析与记录方式数据库是指收集文献、图片、数 学分析方法、命名规则的数据库。PubMed数据 库是收录生物医学文献的摘要及引文的数据库， 在生物学与医学研究中有广泛的应用，在美国 NCBI网站可对PubMed数据库进行查询。 Bioimage数据库是收集生物学研究的专业图片的 数据库，由欧盟委员会资助建成，由牛津大学动 物系管理。BioModels数据库收录了已发表的用 于研究生物学与医学的数学模型。Genew数据库 专门收集人类基因的命名规则。
互联网垂直搜索服务在生命科学领域中的应用案例分享
互联网垂直搜索服务在生命科学领域中的应用案例分享互联网垂直搜索服务是一种针对特定行业或领域的搜索引擎，它能够提供更加精准和专业的搜索结果。
在生命科学领域中，互联网垂直搜索服务发挥着重要的作用，帮助研究人员、医生和生物工程师等专业人士获取所需的信息。
以下是几个在生命科学领域中应用互联网垂直搜索服务的案例。
1. 生物医药研究在生物医药研究领域，科研人员需要大量的文献资料、研究成果和临床实验数据来支持他们的工作。
互联网垂直搜索服务通过整合各类生物医药领域的数据库和文献，为科研人员提供了高质量的搜索结果。
研究人员可以通过这些搜索服务快速地找到与自己研究课题相关的文献和研究成果，节省了大量的时间和人力资源。
2. 疾病诊断与治疗互联网垂直搜索服务在疾病诊断与治疗方面也有着广泛的应用。
健康咨询网站、医学数据库和临床指南等资源都能够通过互联网垂直搜索服务整合在一起，为医生和患者提供准确的医疗信息。
医生可以通过搜索服务快速地查找某种疾病的病情特征、诊断方法和治疗方案，从而提高诊疗效果。
患者可以利用搜索服务获取相关的健康咨询和自我管理的知识，提高自己的健康素养。
3. 生物工程与基因组学研究生物工程和基因组学是生命科学领域中的重要方向，也是互联网垂直搜索服务得以应用的方向之一。
研究人员可以通过搜索服务查找与特定基因、蛋白质或细胞等相关的信息，从而了解其功能、作用机制和具体研究方法。
此外，互联网垂直搜索服务还能够为生物工程师提供相关的实验数据、软件工具和研究交流平台，促进研究人员之间的合作和交流。
4. 药物研发与临床试验药物的研发和临床试验是生命科学领域中的重要环节，也是一个资料需求量大、信息复杂度高的工作。
通过互联网垂直搜索服务，研究人员可以查找到与特定药物或治疗方法相关的文献资料、证据和临床试验数据。
这些数据和资料可以帮助研究人员了解药物的疗效和安全性，指导临床试验的设计和实施，并为药物审批提供科学依据。
总之，互联网垂直搜索服务在生命科学领域中的应用案例丰富多样，涵盖了生物医药研究、疾病诊断与治疗、生物工程与基因组学研究以及药物研发与临床试验等多个领域。
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