imageJ中文开发教程
Image j 基本操作
Image j 基本操作imagej菜单栏列出了ImageJ的所有命令，它包含八个菜单：File：基本的文件操作，包括打开、保存、创建新图片，大多数命令看名字就知道什么意思Edit：编辑和绘制操作，以及全局设定Image：图像显示，包括图像格式的转化、怎样显示等Process：图像处理，包括点操作、过滤器和算术运算Analyze：图像分析，统计测量、直方图绘制和其他与图像分析有关的操作Plugins：创建、编辑和管理插件，列出了用户安装的所有宏、脚本和插件。
Window：已打开的窗口的选择和管理Help：升级，文档资源和版本信息File菜单New新建可以新建的东西有很多：Image：可以指定图片的标题、类型、尺寸、初始填充。
且如果Slices大于1，则创建了一个stackHyperstack：与Image-Hyperstacks-New Hyperstack相同Text Window：创建一个编写宏的文本窗口Internal Clipboard：打开ImageJ内部剪贴板中的内容System Clipboard：打开系统剪贴板中的内容TrakEM2：Fiji中还加入了编写TrakEM2程序Script：Fiji中还加入了新建脚本。
Open打开可以打开的东西也有很多：常见图片，后缀有TIFF、GIF、JPEG、DICOM、BMP、PGM和FITS格式。
也可以通过插件打开额外的后缀的图片ImageJ和NIH的图片查询表，后缀是.lut以制表符分割的表格，后缀是.xls和.csv选区，后缀是.roi和.zip文本文件，后缀是.txt、.ijm、.js和.java其他Open Next打开下一个关闭当前图片，打开目录中的下一个图片（如果有的话）。
按住Alt打开目录中的前一个图片（如果有的话）。
Open Samples打开样例打开ImageJ服务器上的样例图片，可以用来测试宏、脚本、插件等。
Open Recent打开最近文件子菜单会显示最近15个打开的文件，可以选择其中一个。
imagej的使用方法
imagej的使用方法
ImageJ是一款功能强大的图像处理软件，可以帮助用户轻松地进行图像的测量、分析、编辑等操作。
本文将指导用户如何使用ImageJ来处理图像。
首先，用户需要下载ImageJ软件，然后将图像导入ImageJ中。
用户可以选择从本地文件夹中导入图像，也可以从网络中导入图像，比如URL、FTP等。
接下来，用户可以通过ImageJ的图像处理功能对图像进行处理。
用户可以根据自己的需要调整图像的亮度、对比度、饱和度等参数。
此外，ImageJ还支持用户对图像进行滤镜处理、裁剪、旋转和缩放等操作。
同时，ImageJ还支持用户对图像进行测量和分析。
用户可以通过ImageJ的测量工具来测量图像中的面积、长度和角度等信息。
此外，ImageJ还拥有强大的图像分析功能，可以帮助用户分析图像中的细节信息，提取出图像中的特征和目标。
最后，用户可以通过ImageJ对图像进行编辑。
ImageJ提供了大量的编辑工具，可以帮助用户轻松添加文字、图标、标签等内容，以增加图像的可读性。
总之，ImageJ是一款强大的图像处理软件，可以帮助用户轻松地
进行图像的测量、分析、编辑等操作。
通过本文的指导，用户可以轻松地使用ImageJ来处理图像。
ImageJ官方简体中文快速入门指南
ImageJ官方简体中文快速入门指南ImageJ 入门by tree_cmu 2011-10-201 Image J 是什么？ImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件，它是由National Institutes of Health开发的。
可运行于Microsoft Windows，Mac OS，Mac OS X，Linux，和Sharp Zaurus PDA等多种平台。
其基于java的特点，使得它编写的程序能以applet等方式分发。
ImageJ能够显示，编辑，分析，处理，保存，打印8位，16位，32位的图片，支持TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多种格式。
ImageJ支持图像栈（stack）功能，即在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像，并行处理。
只要内存允许，ImageJ能打开任意多的图像进行处理。
除了基本的图像操作，比如缩放，旋转，扭曲，平滑处理外，ImageJ还能进行图片的区域和像素统计，间距，角度计算，能创建柱状图和剖面图，进行傅里叶变换。
[1]2 ImageJ可以做什么？概括一下，主要分为以下几个方面：A)图像的区域和像素统计（大小）。
长度，角度。
阳性点密度和数量B)光密度或辉度，并制备密度直方图和线性图。
C)两种蛋白共定位的程度（丁香园有篇专门介绍帖子/bbs/thread/18145886?keywords=imag e%20J#18145886）D)卷积，Sholl分析，傅里叶分析（这些还不会使用）E)更多功能3 Image 界面[2]界面分为：菜单栏，工具栏和状态栏。
菜单栏菜单栏从左至右分别是：文件，编辑，图形，处理，分析，插件，窗口，帮助。
文件和office word 等软件类似，主要有文件打开，关闭，保存等功能，比较特殊的一个功能是恢复功能（revert），可以直接回到上次保存过的状态。
由于编辑菜单里的取消功能（undo）只能回退一步，所以revert有时会很有帮助。
ImageJ基础操作：给图片添加文字和标注
ImageJ基础操作：给图片添加文字和标注对图片添加标注和文字是科研图片处理中一个非常基础的操作，Image J也可以进行这方面的处理。
01利用描边和填充添加在绘制好选区（几乎只会用到箭头工具）之后选择：Edit-Draw （描边，快捷键Ctrl+D），使用事先设定好的颜色和粗细进行绘制；也可以填充设定好的颜色Edit-Fill（填充，快捷键Ctrl+F）。
文字工具也是如此，在输入文字之后，选择Edit-Draw，可以盖印到原来图片上。
如果要修改颜色、字体、粗细等绘图属性，可以选择Edit-Option-Colors/Fonts/Line Width…进行修改。
当然，其中一些选区工具如Arrow T ools（箭头工具）可以直接双击该工具修改其绘图属性。
颜色的修改还可以双击工具栏中的Color Picker（拾色器）来修改：当然，Fiji也提供简单的绘图工具，包括Pencil Tool（铅笔工具）、Paintbrush T ool（画笔工具）、Flood Fill Tool（填充工具）和Overlay Brush T ool（浮层画笔工具），可以直接或者以Overlay的形式在图片上面进行涂鸦，但是科研图片处理中基本用不到。
每个工具都可以双击进行属性修改。
02 利用ROI Manager添加也可以将标注（文字和箭头等）以选区的形式保存到选区管理器（ROI Manager）里面，勾选Show All，然后利用拼合图层（Flatten）来盖印生成新的图片。
注意：会新生成一个添加了标注的图片。
03 利用Overlay图层添加在利用选区工具和文字工具做好标注之后，还可以使用Image-Overlay-Add Selection（快捷键是Ctrl+B），来建立Overlay图层，最后直接导出成非tif格式图片，获得标注后的图片。
或者建立Overlay图层之后，利用ROI Manager的拼合图层（Flatten）在本图层盖印，再导出成各种位图格式。
粒径统计之从电镜图到数据图——简单而实用的小软件ImageJ（一）
粒径统计之从电镜图到数据图——简单而实用的小软件ImageJ（一）前言：友情提示：大家直接在百度中搜索ImageJ就可以找到这块软件，软件本身也不大，下起来很方便，祝大家使用愉快！ImageJ的功能很多（这是为什么我们选取ImageJ来分享的一个原因），统计粒径的方式也有多种，今天跟大家分享一种最常规的方式——手动统计粒径。
后续我们会对其他的方式也进行一些基本的介绍，敬请期待。
第一步：利用ImageJ打开图片文件。
ImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件，它能够处理TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多种格式的图片（只要将SEM，TEM图片变成这些格式就可以用ImageJ进行处理了）。
操作：点击ImageJ菜单栏中File--Open,找到想要打开的TIF或者JPG文件，将其打开，得到下图右所示界面。
备注：TEM图片有的时候是DM3的格式，需要先通过Gatan DigitalMicrograph（有机会后面也会跟大家进行分享）将其转变为TIF或者JPG格式。
第二步：设置标尺。
标尺对于一个图片的重要性用不着我废话，这里，我只讲操作。
a. 在工具栏中找到画线工具，然后采用它画一条直线，与标尺长度重合；（备注：如果标尺太小，可以通过缩放工具将图片放大之后，再用画线工具画直线）b. 在ImageJ的菜单栏中找到Analyze-->Set scale,在弹出来的窗口中，Known Distance一栏中填入标尺的已知长度，Unit of Length 中更改标尺的单位。
然后，点击OK完成标尺的设置。
设置标尺实际上就是要得到像素长度和已知标尺长度的比例尺，这样画一条线就可以通过这个比例直接得到这条线的真实长度。
第三步：量取粒径。
设置好标尺以后，就可以通过划线来方便地量取纳米颗粒的粒径尺寸了。
a. 采用画线工具，划出某一颗粒的直径（如果颗粒太小，可以采用缩放工具进行缩放），然后点击菜单中Analyze-->measure,在弹出的result窗口中，length即为测得的纳米颗粒粒径数据。
imagej软件使用教程合辑
imagej软件使用教程合辑强大的自动阈值选择插件Robust Automatic Threshold Selection (RATS) computes a threshold map for a 2d image based upon the value of pixels and their gradients. The algorithm is applied across regions of the image making it suitable for thresholding noisy images with variable background.Load an single channel image (8-bit, 16-bit or 32-bit). Note that the plugin expects bright objects on dark background, so you might want to callEdit ? Invert if your input image has dark objects. Select the RATS plugin from the Plugins menu. The following dialog will appear:1. NOISE THRESHOLD: An estimate of the noise. Estimate the noise by selecting a "background" portion of the image and using ImageJ to determine the standard deviation of gray values. Oddly, lower values yield smaller particles in general. (see reference, defaults to 25).2. LAMBDA FACTOR: A scaling factor. Higher values yield larger particles. (see reference, defaults to 3)3. MIN LEAF SIZE (pixels): The smallest allowed leaflet (defaults to attempts to create up to 5 levels of quadtrees that fit in the input image dimensions)4. VERBOSE If set then output informational messages in the log window (default is false).That's it! A bilevel image is produced with the name "-mask" appended to the original image name.。
生物图片数据处理教程1——ImageJ
Digital Image Processing is a textbook covering many aspects of digital image
processing, with code examples built with ImageJ.
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Why ImageJ?
Brightness/Contrast /Color
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1. Contrast adjustment
Questions: Do the pixel values change after brightness/contrast adjustment? How to compare the signal intensity of different images?
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Filtering
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Sharpening
A sharpening filter can be broken down into two steps: It takes a smoothed image, subtracts it from the original image to obtain the "details" of the image, and adds the "details" to the original image. Step 1: Original - Smoothed = "Details"
power” of the gamma value
and then scaled to 8-bits or the min
and max of 16-bit images
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1. Contrast adjustment (MATLAB)
image j中文使用方法
ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数，也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。
step 1.首先打开软件后，开启图档ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数，也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。
step 1.首先打开软件后，开启图档step 2.请先做校正，选择Analyze底下的Calibrate选项，再选择校正的模式，使用Uncalibrate OD，再按ok按下ok之后会出现校正的图形Step 3.在要分析的第一条(first lane)加上一个长型框(工具列第一个选项)，再按下Analyze/Gels/select first Lane快速键(Ctr+1)，此时框架中会出现一个号码1，之后可以移动框架到第二个lane再选择Analyze/Gels/select second Lane快速键(Ctr+2)，当然可以一直加下去，最后按Analyze/Gels/plot Lanes快速键(Ctr +3)。
Step 4.分析以后会出现图型表示你刚选择的框内的影像强度，此时可以看到有几个比较高的区段，就是我们想定量的band，使用直线工具(工具列第五个选项)先将图形中高点为有band的区域和没有band的区域分开再，使用魔术棒工具(工具列第八个选项)点选要分析的区域。
Step 5.当我们点选分析时，在result的对话视窗会出现分析的数据，依序点选就会出现每个band的值。
注：当我们选择分析的条带也可以是横向选取，就可以只比较相同大小的DNA 的含量，同样也可以应用在western blot或其它类似实验条带的分析上。
使用ImageJ 分析图像中的颗粒数[] 原创教程，转载请保留此行1，到本站资料下载-实用小工具栏目下载 ImageJ 并安装。
2，打开ImageJ并打开要分析的图片。
请看演示图片。
3，把图像二值话或者设定阈值。
选择Image - Adjust - Threshold...根据提示设定你需要的阈值。