功能基因组研究PPT课件

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功能基因组学课件

功能基因组学课件
《功能基因组学》PPT课件
SAGE 步骤
1. 将5μg含有oligo dT(引物)的磁珠与 RNA混合。
2. 合成双链cDNA。
3. 用NlaⅢ酶消化形成一条链末端有标签 的产物。
4. 将样品分成两份,连接成含有识别序 列的产物,以备用BsmF1消化。
5. 用Mme I切割每一个样品形成约60bp 的标签。
➢ 科学研究已开始进入“后基因组时代”。主要是开展 功能基因组学和蛋白质组学的研究。
➢ 有科学家形象地说道:即使基因测序全部完成,也只 好像是一本没有姓名,只有号码的电话簿。“后基因 组时代”的最终目标,是要把深奥的DNA语言变成一 本大基因百科全书。
《功能基因组学》PPT课件
功能基因组学
功能基因组学,后基因组学(Post genomics): 利用结构基因组学提供的信息和产物 通过在基因组或系统水平上全面分析基因的 功能 生物学研究从对单一基因或蛋白质的研究转 向对多个基因或蛋白质同时进行系统的研究。
特定基因检测 突变检测 多态性分析 基因表达谱
• 生物信息学的工具 • 基因相关性研究 • 基因功能 • 药物设计和开发 • 潜在反义试剂开发 • 个体化医疗 • 身份识别 • 基因诊断 • 其他与生物有关的领域
《功能基因组学》PPT课件
例:肿瘤诊断
国外有一临床病人表现出典型的白血病症状,但形态 学检测不典型,根据相关检查,诊断为AML(acute myeloid leukaemia, 急性骨髓白血病),治疗几个月后未见 好转。后来用DNA芯片与病人骨髓的mRNA杂交,结果显示 AML和ALL(acute lymphoblastic leukaemia 急性成淋巴细胞白 血病)基因都表达较低,而在数据分析中发现,编码原肌球 蛋白的基因表达极高,从而确诊为肺泡弹状肌肉瘤,改变 治疗方案,病情出现缓解。

8-1.功能基因组学

8-1.功能基因组学

估计基因的功能 ----以小麦基因组为例
确定基因的功能毫无疑问仍然是小 麦基因组学最大的挑战 ,许多假设的方 法正在被用来推测基因功能。
估计基因的功能(以小麦基因组为例)
第一步,确立小麦EST 或基因组克隆与其它植 物假定的定向进化同源基因的同源性。如果在其它 植物中一个基因的功能已知,那就表示小麦EST 具 有相似的功能。 第二步,在作图群体中EST 与相关表型的连锁, 高密度图谱可以用来提高连锁假设的力度,然而小 麦基因组中重组频率高的区域和重组频率低的区域 呈非随机分布,且小麦单一位点上存在多基因家族, 限制了通过连锁进行候选基因的分析。
基因产物———蛋白质功能的研究
• 蛋白质组学(proteomics) 在后基因组时代研究重心将从揭示生命的所有遗 传信息转移到整体水平上对功能的研究。 核心内容: 1. 蛋白质组研究体系的建立、完善 蛋白质组技术体系和蛋白质组信息学技术体 系包括:蛋白质样品制备、鉴定蛋白质相互作用 网络 2. 与重要的生物学问题有关的功能蛋白质组研究
SAGE特点:
• 进行转录物组研究,即转录水平的研究;
• 通过快速和详细分析大量EST,寻找出表达丰度不同的 SAGE标签序列,近乎完整地获得基因组的表达信息; • SAGE区别于差异显示、消减杂交等其它技术的主要特点 是可用于寻找那些较低丰度的转录物,最大限度地收集基 因组的基因表达信息,成为从总体上全面研究基因表达、 构建基因表达图谱的首选策略;
EST应用
• 主要用于寻找新基因和了解基因的表达概进行自动测序,

– – –
将所得的EST数据与dbEST等数据库的数据比较, 分辨已知基因和未知基因 进一步分析全部EST以获得生物或组织的基因表 达概况,并深入研究未知基因 用EST和cDNA序列与己知的DNA序列进行序列 相似性比较,确定基因的内含子位置 用以确定编码区边界,分析基因组的转录图谱 结合酵母双杂交系统,进行蛋白质互作研究

基因功能研究技术之基因敲除及基因编辑技术ppt课件

基因功能研究技术之基因敲除及基因编辑技术ppt课件
Donor plasmid
点突变 Left arm Right arm
Donor plasmid
同源重组发生率升高几个数量级
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TALEN的最前沿
2011年8月, Nature Biotechnology 上同时发表了用TALEN 技术 进行基因敲除的4篇研究文章,另加一篇综述。
• 一篇人类干细胞 《Genetic engineering of human pluripotent cells using TALE nucleases》
• 但是,该技术制备复杂,成本昂贵,而且其技术 专利被少数几家商业公司控制。
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(二)
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崭新的技术解决经典的挑战
崭新的技术 - TALEN 经典的挑战 – 染色体DNA序列的人工编辑修改
• (点)突变:Silent;Missense; Nonsense;Frame shift (基因敲除, Knockout) • 片段删除 • 片段插入 目的与用途:生物模型;表达工具;基因治疗
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条件型基因打靶的优势: 1. 克服了重要基因被敲除所导致的早期致死 2. 并能客观、系统地研究基因在组织器官发生、发育以及
疾病发生、治疗过程中的作用和机制
这一技术亦存在一些缺点: 1. 费用太高 2. 周期较长 3. 许多基因在剔除后并未产生明显的表型改变,可能是这
些基因的功能为其他基因代偿所致
• 5' - ATAACTTCGTATA - ATGTATGC - TATACGAAGTTAT - 3' • 3' - TATTGAAGCATAT - TACATACG - ATATGCTTCAATA - 5'
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• Cre-LoxP系统的特性

基因功能分析的基本策略课件(共 71张PPT)

基因功能分析的基本策略课件(共 71张PPT)

RNAi 是真核生物中广泛存在的现象
植物:干扰因素自叶脉向外扩散,绿色荧光蛋白 线虫:左侧为 转基因线虫;右侧线虫则经 (GFP) GFP dsRNA 基因 Hela 细胞:经GFP ORC6 siRNA 作用后,细胞出现多核现象。 果蝇:右侧果蝇为野生型,左侧为 shRNA 造成的色素缺乏的 被抑制,显露出红色。 处理。部分细胞 RNAi 相关蛋白表达较低,仍有绿色荧光。 绿色为 tubulin, 缺陷型。 红色为 DNA。ORC6 细胞分裂调控蛋白。
检测的提示重组体存在的基因。GFP、 LacZ、AP、 LUC。
融合基因 (fusion gene): 将特定的目的基因与报告
基因拼接成融合基因,并与顺式作用元件拼接成完 整的转录单位。
动物转基因常用的载体
腺病毒载体 逆转录病毒载体 非病毒类载体:如质粒等。
2. 中游—基因转移、胚胎移植与建系
基本原理
转基因动物
基本过程
上游—基因改造和载体构建
中游—基因转移、胚胎移植与建系 下游—基因整合、表达的检测与细胞筛选
1. 上游—基因改造和载体构建
外源基因: 完整的转录单位, 由顺式作用元件、结构
基因和转录终止信号组成。
报告基因 (reporter gene) : 在表达载体中引入易于
第十二章
基因功能分析的基本策略
转基因模型是研究基因功能的主要手段
转基因生物: 外源基因导入生物体表达。 基因打靶: 外源基因替换内源基因。 基因敲除。 基因敲入。 基因沉默: 导入特定基因,抑制内源性基因表达。
第一节 转基因技术
转基因技术(transgenic technology):将外源 基因导入细胞,随机整合到受体基因组内, 并随细胞分裂而遗传给后代。 细胞模型。 转基因动物。 转基因植物。

基因组的结构和功能ppt课件

基因组的结构和功能ppt课件
基因组(genome)是指生物体中一套完整的 遗传物质的总和。 基因组的结构是指具有一定生物学功能的片段 在核酸分子上的分布与排列情况。 基因组的功能是贮存和表达遗传信息。
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第一节 真核生物基因组的 结构与功能
Section 1 Structure and Function of Eukaryotic Genome
度重复序列和单拷贝序列三大类。
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(一)高度重复序列:
Ø 高度重复序列在基因组中重复频率高,可 达106次,因此复性速度很快。高度重复序 列在基因组中所占比例随种属而异,一般 在10~60%范围内。
Ø 人的高度重复序列约占整个基因组的20% 左右。
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Ø高度重复序列按其结构特点可分为三种: 1. 反向重复序列(inverted repeats):
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真核生物基因组中的重复序列
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二、多基因家族与假基因
多基因家族(multigene family)——指DNA 序列具有较高的同源性(通常大于50%),并 且其编码产物具有相同或相似生理功能的一组 结构基因。
多基因家族中的基因通常是由同一祖先基因经
进化或变异而来。
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Ø 是由两个相同顺序的互补拷贝在同一DNA 双链上反向排列而成。
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反向重复序列的两种形式
发卡结构
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回文结构
画上荷花和尚画 书临汉字翰林书
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2. 卫星DNA(satellite DNA) : Ø 卫星DNA的重复单位一般由2~70 bp组成, 成串排列。 Ø 卫星DNA占基因组的比例随种属而异,在 0.5~31% 范围内。

《基因功能分析》课件

《基因功能分析》课件
通过荧光染料或探针标记的特异引 物,对特定基因进行实时荧光检测 ,实现对基因表达的定量分析。
蛋白质组学分析
利用质谱等技术对蛋白质进行鉴定 和定量分析,了解蛋白质的表达情 况和功能。
基因突变分析
Sanger测序
通过对目标基因进行双脱氧终止法测序,检测基 因突变位点和类型。
高通量测序
对全基因组或目标区域进行深度测序,发现基因 突变和结构变异。
随着基因技术的进步,相关的伦理和法规 也将不断完善,以保障技术的安全和合理 应用。
THANKS
[ 感是生物多样性的基础。不同物种或同一物种不同种群间的基因变异导致了生物多 样性的产生和发展。了解基因变异对生物多样性的影响有助于保护和利用生物资源。
CHAPTER 04
基因功能研究的应用
医学诊断与治疗
基因诊断
利用基因检测技术,对遗传性疾病进行早期诊断,有助于制定个性 化的治疗方案。
基因与药物反应个体差异
不同个体对同一种药物的反应可能存在差异,这种差异部 分由基因变异引起。了解个体基因变异情况有助于预测患 者对特定药物的反应。
基因与进化
基因变异与物种形成
基因变异是生物进化的驱动力之一。通过自然选择和遗传漂变,基因变异在种群中积累并 最终导致新物种的形成。
基因与适应性进化
生物在适应环境过程中,某些基因变异有助于提高生存和繁殖能力,从而在自然选择作用 下得到保留和传播。这些变异可以影响生物的生理机能、行为和形态等方面。
03
基因与个性化医疗
了解基因变异对疾病的影响有助于实现个性化医疗,为患者提供更精准
的诊断和治疗方案。
基因与药物反应
基因与药物代谢
药物代谢酶的基因变异可以影响药物的代谢速率和效果。 有些变异可能导致药物代谢过快或过慢,从而影响治疗效 果。

研究生基因组学PPT课件

研究生基因组学PPT课件
研究生基因组学PPT课件
目 录
• 基因组学概述 • 基因组学基础知识 • 基因组学研究方法 • 基因组学在医学中的应用 • 基因组学在农业中的应用 • 基因组学的伦理、法律与社会问题
01
基因组学概述
基因组学的定义与特点
总结词
基因组学的定义、特点与研究对象
详细描述
基因组学是一门研究生物体基因组的学科,其研究对象包括基因组的组成、结构、功能和演化等方面的内容。基 因组学具有系统性、整体性和复杂性等特点,其研究范围涵盖了基因组的结构、功能、进化以及基因组与环境之 间的相互作用等多个方面。
研究作物耐盐碱的基因基础,有助于 培育出能在盐碱地生长的作物品种, 扩大可耕地面积,提高农业生产效益。
抗病性基因
发掘和利用作物的抗病性基因资源, 可以培育出抗病性更强的品种,减少 农药使用,降低生产成本,同时保障 食品安全。
转基因技术与作物改良
转基因技术原理
转基因技术是一种将外源基因导入到生物体基因组中的技术,通 过该技术可以改良作物的性状和产量。
息被滥用或泄露。
基因歧视与公平性问题
基因歧视的问题
基因检测可以揭示个体的遗传疾病风险,这可能会引发 就业、保险等方面的歧视问题。政府应该制定相关法律 和政策,禁止基于基因信息的歧视行为。
公平获取基因技术的机会
虽然基因技术可以带来巨大的益处,但并不是每个人都 能公平地获得这些技术。政府和社会应该采取措施,确 保所有人都能公平地获得基因检测和治疗的机会。
基因表达与调控
基因表达
是指基因经过转录和翻译,将遗传信息转化为蛋白质或RNA分子的过程。
基因调控
是指对基因表达的调节和控制,以确保生物体在生长发育和应对环境变化时能够做Байду номын сангаас适当的反应。

功能基因组学及其研究方法ppt课件

功能基因组学及其研究方法ppt课件

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基因组学包括2-3个亚领域
亚领域
内容
结构基因组学 整个基因组的遗传制图、物理 制图、DNA测序;
功能基因组学 认识、分析整个基因组所包含 的基因、非基因序列及其功能;
蛋白质组学 研究细胞内蛋白质的组成及其活 动规律。
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结构基因组学
结构基因组学
结构基因组学,顾名思义,就是研究生物基因组 结构的科学。它是基因组研究的第一阶段的工作, 建立功能基因组学的基础。其主要目标是绘制生 物的遗传图(genetic map)、物理图(physical map)、转录图(transcript map)和序列图 (sequence map)。
专用技术: 1,SAGE分析 2,生物芯片技术(基因芯片,细胞芯片,组织
芯片) 3,其它
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Serial Analysis of Gene Expression (SAGE)
Serial Analysis of Gene Expression (SAGE) 用于定量地、平行地分析大量的转录本。若要知道一
☺同源分析和检索,包括DNA数据库、 EST数据库、STS数据库、Unigene数 据库、Swissprot数据库等。
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蛋白质的数据分析 蛋白质一级结构分析:
结构特点分析,包括等电点、信号肽、穿膜 区、DNA结合序列等同源分析和检索,包括Nr数 据库、Swissprot 数据库等功能区分析,包括 Prosite、Emotif、Identify分析等。
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根据序列分析搜寻基因
☺ 查找开放阅读框(open reading frame, ORF) ☺ 开放阅读框都有一个起始密码子,ATG,还要有
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病毒既不属原核生物,也不是真核生物, 它们是一种超分子的亚细胞生命形式,仅由 核酸(DNA或RNA)和蛋白质外壳组成,其 繁殖要在寄生细胞内进行,其遗传机制与寄 主密切相关。
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基因根据其产物分为三类
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3
1941年,Beade和Tatum用X射线照射链孢 霉菌使其产生不同的突变株,他们发现突变可 致催化代谢的酶发生变化,因而提出了“一个 基因一个酶”的假说。基因中的突变可导致它 所负责的酶活性的改变。

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直到1957年,科学家找到了证明该假说 的证据。Ingram 通过实验证明,镰状细胞 贫血(sickle cell anemia)的病因是编码血 红蛋白的基因发生了突变,从而改变了血红 蛋白的氨基酸组成。
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8
遗传密码是以三个核苷酸为一组翻译的,
每个三核苷酸叫做一个密码子(codon),
编码一个氨基酸。一个基因包括一系列从
固定的起始位点读起并在固定的位点终止
的密码子。通常按5’→3’方向书写,对应其
蛋白质产物的N末端到C末端。在任何确定
的区域,DNA只有其中的一条链编码蛋白
质。
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9
随着分子生物学研究的进展,基因不是用一段 DNA就可以概括的。
在原核生物中,常见几个结构基因组成一个操
纵子,发生在结构基因区域的突变可把它们区别
开来。但当突变发生在操纵子的启动子区域或调
控区,则操纵子所控制的所有结构基因都会受到
影响。
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在真核细胞中,首先转录出的核不均一RNA (heterogeneous nuclear RNA, hnRNA)有不同 的内含子剪接位点,可通过不同的剪接修饰,产 生两种以上的不同的mRNA,进而编码不同的蛋 白质。由于分子生物学技术的发展,如DNA分子 克隆、核苷酸序列测定、核酸分子杂交等实验手
基 因 克隆
(GENE CLONING)
ZHANG ZHAO-SONG (张兆松) Department of Pathogenic Biology
Nanjing Medical University Tel: 025-86862774, 86862909 E-mail: mipa@
得多。其基本特点如下:基因组中有大量低度、中
度、高度重复序列;基因大多数是不连续的,由编
码的外显子与不编码的内含子镶嵌排列而成,非编
码区多于编码区,约占90%以上的DNA序列;基因
不存在操纵子结构,功能相关的基因也大多分散在
不同的染色体上,即使空间位置相近,也分别转录。
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真核生物基因组DNA大多与蛋白质结 合形成染色质,染色质的基本结构单 位 为 核 小 体 , 其 中 DNA 约 占 35% , RNA约占5%,其余约60%为组蛋白和 非组蛋白。
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(1)原核生物 : 一般只有一个染色体,即 核酸分子,大多数为双螺旋结构,少数以单链 形式存在。原核生物基因组较小,如大肠杆菌 为4.2×106 bp,。因细菌生长迅速,生长条件 易被人为控制,取材方便,故原核生物是从分 子水平研究生物的遗传特性及信息传递的好素 材。
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(2)真核生物 真核生物基因组比原核生物要复杂
来实现的,而DNA的核苷酸序列能决定组成它所对 应蛋白质的氨基酸序列。这种关系叫做遗传密码。
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基因突变 基因通常是一个稳定的遗传单位,
但它也可能发生可遗传的变异,这种变异叫基因突
变(mutation)。突变以后的基因以新的形式稳定
遗传。携带突变基因的生物体叫突变体(mutant),
携带正常基因的生物体叫野生型(wild type)。
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从分子水平来说,基因有 三个基本特性。
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基因可自体复制 1953年Watson-Crick
提出了DNA双螺旋结构模型。说明了半 保留复制机制,两股DNA彼此分开,以 每一股为模板,按碱基配对的规则,各自 配上一股新的DNA,复制便告完成。
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基因决定性状 生物体的表(现)型
(phenotype)是指有机体可见的或可计算的外在性 质,而基因型(genotype)是指控制这些表型的遗传 因子。生物体的表型是通过产生许多特殊的蛋白质
DNA是遗传的物质基础,基因位于染色体上, 实际上是位于
染色体的DNA上。基因是DNA大分子的一个个片段,有复
制、转录等主要的生物学功能,是生物遗传繁殖的物质基
础。
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生物体的表型是通过产生许多特殊的蛋 白质来实现的,而蛋白质由一系列的氨基酸 组成,蛋白质的结构和活性由其氨基酸的排 列顺序来决定。而DNA的核苷酸序列能决定 组成它所对应蛋白质的氨基酸序列。这种关 系叫做遗传密码。
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基因
基因,在希腊语中是“给予生命”之意,1909年,
丹麦生物学家 W.” 这个术语。随着遗传学、分子
生物学、生物化学领域的发展,人们对基因本性的
认识逐渐深入,基因的概念和涵义也不断地发展和
丰富。
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1926年,Morgan发表了“基因论”,指出基因 是在特定的染色体上,而且是呈直线排列在染色体 上的遗传颗粒,位于同源染色体的同一位置上的相 对基因叫做等位基因。基因是世代相传的,基因决 定遗传性状的表达。
段的不断出现,可从分子水平上研究基因的结构 和功能,丰富并深化了对基因本质的认识。
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还有一大类RNA基因,如rRNA、tRNA、 snRNA ( small nuclear RNA )基因等,它们 只转录生成RNA,并不翻译蛋白质,就无
法从遗传性状来分析它们了。因此,现代
分子生物学的基因概念应该是:合成有功 能的蛋白质或RNA所必需的全部DNA序列 (除部分病毒RNA),即一个基因不仅包 括编码蛋白质或RNA的核苷酸序列,还包 括为保证转录所必需的调控序列。
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基因的生物学概念阐述了基因的功能,如 基因是可遗传的、基因型决定表型、基因呈直 线排列在染色体上、基因在世代相传的行为和 功能表达上具有相对的独立性等,但尚未阐明 基因究竟是什么?它的物质基础是什么?
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随着科学的进步,今天已清楚地知道,基因(gene)是 DNA分子中含有特定遗传信息的一段核苷酸序列,是遗传 物质的基本单位。
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