蛋白质结构预测和序列分析软件
蛋白质二级结构预测软件
通过EMAIL进行序列检索 当网络不是很畅通时或并不急于得到较多数量的蛋白质序列时， 可采用EMAIL方式进行序列检索。 蛋白质基本性质分析 蛋白质序列的基本性质分析是蛋白质序列分析的基本方面，一 般包括蛋白质的氨基酸组成，分子质量，等电点，亲水性，和 疏水性、信号肽，跨膜区及结构功能域的分析等到。蛋白质的 很多功能特征可直接由分析其序列而获得。例如，疏水性图谱 可通知来预测跨膜螺旋。同时，也有很多短片段被细胞用来将 目的蛋白质向特定细胞器进行转移的靶标（其中最典型的例子 是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白质将被引向内质网。 WEB中有很多此类资源用于帮助预测蛋白质的功能。
特殊结构或结构预测 COILS http://ulrec3.unil.ch/software/COILS_ form.html MacStripe /matsudaira/m acstripe.html
与核酸序列一样，蛋白质序列的检索往往是进行相 关分析的第一步，由于数据库和网络技校术的发展， 蛋白序列的检索是十分方便，将蛋白质序列数据库 下载到本地检索和通过国际互联网进行检索均是可 行的。 由NCBI检索蛋白质序列 可联网到： “:80/entrz/qu ery.fcgi?db=protein”进行检索。 利用SRS系统从EMBL检索蛋白质序列 联网到：/”，可利用EMBL 的SRS系统进行蛋白质序列的检索。
跨膜区域 TMpred： /software/TMPRED_form.ht ml 预测蛋白质的跨膜区段和在膜上的取向，它根据来自SWISSPROT的跨膜蛋白数据库Tmbase，利用跨膜结构区段的数量、 位置以及侧翼信息，通过加权打分进行预测。Tmpred的Web 界面十分简明。用户将单字符序列输入查询序列文本框，并可 以指定预测时采用的跨膜螺旋疏水区的最小长度和最大长度。 输出结果包含四个部分：可能的跨膜螺旋区、相关性列表、建 议的跨膜拓扑模型以及代表相同结果的图。
生物学软件_大全(二)
引言概述：生物学软件在现代科学研究中扮演着重要的角色，它们为生物学家们提供了数据分析、模拟实验等功能，帮助他们更好地理解生命的复杂性。
本文将为大家介绍一系列生物学软件，帮助生物学家们在研究中更高效地工作。
正文内容：1.生物信息学软件1.1基本基因序列分析软件1.1.1BLAST：用于序列比对和相似性搜索，帮助确定生物序列的功能和结构。
1.1.2ClustalOmega：用于多序列比对的工具，帮助研究人员查找序列间的共同特征。
1.1.3EMBOSS：一套开源的生物信息学软件，包含各种工具用于序列分析、蛋白质结构分析等。
1.2基因组数据分析软件1.2.1GATK：广泛用于基因组重测序数据的分析和变异检测。
1.2.2BEDTools：用于处理基因组坐标的工具，帮助研究人员在基因组中定位感兴趣的特定区域。
1.2.3HMMER：用于比对蛋白质序列和荧光探针序列的隐马尔可夫模型工具。
2.结构生物学软件2.1Rosetta：一套用于结构预测和蛋白质构象优化的软件，帮助研究人员研究蛋白质的结构和功能。
2.2PyMOL：一种用于可视化分子结构的工具，它可以高质量的分子图像，并为研究人员提供结构分析的功能。
2.3Coot：用于蛋白质结构分析和模型建立的软件，可帮助研究人员在解析蛋白质结构时进行手动操作和调整。
2.4CCP4：一个用于蛋白质晶体学的软件套件，用于解析晶体结构和进行结构决策。
2.5SwissPdbViewer：一种用于蛋白质结构可视化和分析的软件，具有多种功能和工具。
3.蛋白质互作软件3.1STRING：综合性的蛋白质互作数据库和分析工具，帮助研究人员理解蛋白质之间的相互作用关系。
3.2Cytoscape：一个用于细胞网络分析和可视化的软件，可用于研究蛋白质之间的相互作用网络。
3.3ClusPro：一种用于蛋白质蛋白质和蛋白质配体互作的软件，可用于预测互作模型和分析互作强度。
3.4InterProSurf：一种用于预测和分析蛋白质间相互作用界面的工具，可以帮助研究人员理解蛋白质互作的机制。
DNAstar的介绍及使用
DNAstar软件组成 DNAstar软件组成
1. EditSeq ：用来将DNA或蛋白质序列的数据输入计算机的 ：用来将DNA或蛋白质序列的数据输入计算机的 工具，同时还具有编辑已有序列的功能。 2. MapDraw：酶切图谱分析，克隆实验设计，分析及处理 MapDraw：酶切图谱分析，克隆实验设计，分析及处理 实验结果等。同时还具有绘制质粒图谱的功能。 3. GeneQuest：帮助查找和注释DNA序列中的基因和其他特 GeneQuest：帮助查找和注释DNA序列中的基因和其他特 征序列，包括ORFs，剪接位点，转录因子结合位点，重复序 征序列，包括ORFs，剪接位点，转录因子结合位点，重复序 列和酶切位点等。 4. MegAlign：对DNA或蛋白质序列进行同源比较，有六种 MegAlign：对DNA或蛋白质序列进行同源比较，有六种 不同的对准算法供用户选择。在同源比较的同时，能很快输 出进化树和进化距离等数据。 5. Protean：分析和预测蛋白质结构，提供各种分析方法并以 Protean：分析和预测蛋白质结构，提供各种分析方法并以 图形的格式输出结果，显示蛋白质分子的各种理化特性以及 例如抗原决定族等功能区的预测功能。 6. PrimerSelect：设计PCR引物、测序引物和探针。 PrimerSelect：设计PCR引物、测序引物和探针。 7. SeqMan II ：多序列拼接。最多支持64000条序列的同时拼 ：多序列拼接。最多支持64000条序列的同时拼 接。在拼接前可以对序列进行修正，对自动测序的序列结果 可除去污染序列或载体序列。整个拼装过程即时显示，并提 示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。
分析和预测蛋白质结构提供各种分析方法并以图形的格式输出结果显示蛋白质分子的各种理化特性以及图形的格式输出结果显示蛋白质分子的各种理化特性以及例如抗原决定族等功能区的预测功能
分子生物学实验中的分析软件使用方法介绍
分子生物学实验中的分析软件使用方法介绍随着科技的发展和进步，分子生物学实验的数据量不断增加，对于这些大量的数据进行分析成为了科研工作者不可或缺的一部分。
为了更好地处理和解读这些数据，科研人员们使用各种分析软件来辅助他们的研究工作。
本文将介绍一些常用的分析软件及其使用方法。
一、基因序列分析软件基因序列分析软件是分子生物学实验中最常用的软件之一，它们用于分析DNA或RNA序列以及蛋白质序列。
其中，NCBI Blast是一种非常常用的基因序列比对软件，它可以通过将待比对的序列与已知的序列数据库进行比对，从而确定序列的相关性和相似性。
使用NCBI Blast，我们可以快速找到与我们研究对象相关的序列信息。
二、基因表达分析软件基因表达分析软件用于分析基因在不同组织或条件下的表达水平，以及基因调控网络等。
在这方面，R语言是一种非常强大的工具。
通过使用R语言中的各种包和函数，我们可以对基因表达数据进行聚类分析、差异表达分析、通路富集分析等。
同时，R语言还提供了丰富的数据可视化功能，可以帮助我们更好地展示和解读实验结果。
三、蛋白质结构分析软件蛋白质结构分析软件主要用于预测蛋白质的三维结构以及模拟蛋白质的动力学行为。
其中，Swiss-PdbViewer是一种常用的蛋白质结构可视化软件，它可以帮助我们观察和分析蛋白质的结构特征。
而GROMACS则是一种常用的分子动力学模拟软件，它可以模拟蛋白质在不同环境下的运动轨迹，帮助我们理解蛋白质的功能和机制。
四、基因组学分析软件基因组学分析软件主要用于处理和分析整个基因组的数据，包括基因组序列、基因组注释以及基因组变异等。
在这方面，Ensembl是一种非常常用的基因组分析软件。
它提供了大量的基因组数据和工具，可以帮助我们进行基因组注释、基因组比对以及基因组变异的分析。
五、细胞图像分析软件细胞图像分析软件用于分析和处理细胞图像数据，帮助我们了解细胞的形态和功能。
其中，ImageJ是一种非常流行的细胞图像分析软件，它提供了丰富的图像处理和分析工具，可以帮助我们进行细胞计数、细胞形态分析以及细胞追踪等。
生命科学中常用的软件及其应用
生命科学中常用的软件及其应用生命科学是一个涉及多个学科交叉的领域，其中运用到的软件非常丰富。
这些软件可以帮助生命科学研究人员完成从基因组测序到蛋白质结构分析的各种复杂任务。
在这篇文章中，我们将介绍一些生命科学中常用的软件及其应用，帮助读者更好地了解这个领域。
1. BLASTBLAST（基本局部序列比对工具）是基因组测序领域中最常用的软件之一。
它可以在数据库中进行序列比对，并根据相似性评分进行排序和过滤。
BLAST的应用非常广泛，包括在基因组测序和蛋白质结构分析中用于序列比对，DNA和蛋白质序列注释，以及进化分析等。
2. CLC Genomics WorkbenchCLC Genomics Workbench是一个功能强大的基因组分析软件，可以用于基因组测序和生物信息学分析。
它可以处理各种不同类型的数据，包括RNA测序数据、DNA测序数据和蛋白质序列数据。
使用该软件，科学家可以进行基因组组装、基因表达分析、SNP检测、CNV分析等多种复杂的分析任务。
3. PyMOLPyMOL是一个用于分子可视化和分析的软件。
它可以用于可视化蛋白质、DNA和RNA结构，以及与其他分子的相互作用。
在生物学研究中，PyMOL被广泛用于研究蛋白质结构和功能。
化学公式、分子等多种形式，都能够被轻松制作出来。
4. RR是一个免费的数据分析软件，主要用于统计分析、数据可视化和预测模型的建立。
在生命科学中，R被广泛用于基因表达分析、蛋白质结构预测、生存分析等多个领域。
它是生命科学研究者进行大规模数据分析的首选工具之一。
5. CytoscapeCytoscape是一款网络分析软件，用于研究生物分子间的相互作用，例如蛋白质-蛋白质相互作用，基因调控网络等。
Cytoscape具有丰富的图形界面，可以使用各种插件来进行网络建模、可视化和分析。
6. HMMERHMMER是用于进行隐马尔可夫模型（HMM）建模和分析的工具软件。
在生命科学领域，HMMER被用于进行蛋白质序列比对和蛋白质家族分类。
蛋白三维结构观察软件swisspdbviewer
蛋白三维结构观察软件Swiss PDB Viewerp Swiss PDB Viewer软件简介p示例蛋白介绍p蛋白结构分析l Swiss PDB Viewer即Spdbv，界面简明易用，可同时分析多个蛋白PDB文件。
l分析多个蛋白结构相似性，比较活性位点或其它有关位点。
l通过菜单操作，直观图形展示，可获得氢键、角度、原子距离、氨基酸突变等原始数据。
l与Swiss-Model服务器紧密关联，可直接预测蛋白三维结构。
菜单栏绘图区菜单栏File/open PDB file：打开一个PDB格式文件；File/save/save selected residues：文件保存在指定的文件夹；File/save/image：文件保存成图片；Select/group kind：寻找特定的氨基酸并在控制面板进行标识；Fit/magic fit：两个蛋白三维结构进行重叠；Color/by chain：不同二级结构用不同的颜色标注；Wind/alignment：进行序列比对。
工具栏图形在窗口中最适展示图形自由移动图形自由扩大或者缩小图形旋转测量两个原子间距测量三个原子间夹角度数测量二面角显示某位点氨基酸名称距离中心原子几埃之内其它残基或原子所选原子置于窗口中心将一个分子叠加至另一分子突变工具，可将该位点氨基酸突变为其他 氨基酸扭转工具，可以通过左右点击和移动鼠标旋转侧链原子控制面板A链二级结构氨基酸名称和位置侧链标注电子云带状展示颜色是否可移动是否可视示例蛋白介绍l乳酸脱氢酶（嗜热脂肪土芽孢杆菌）WP_033016716.1l乳酸脱氢酶：乳酸脱氢酶是一种糖酵解酶。
乳酸脱氢酶存在于机体所有组织细胞的胞质内，其中以肾脏含量较高。
乳酸脱氢酶是能催化丙酮酸生成乳酸的酶，几乎存在于所有组织中。
[1]l嗜热脂肪土芽孢杆菌：嗜热脂肪芽孢杆菌（Bacillus stearothermophilus）属嗜热性需氧芽孢杆菌，但兼有厌氧的特性，细菌繁殖体G兰氏染色阳性呈紫色，细菌芽胞孔雀绿着色。
常用生物数据分析软件
常用生物数据分析软件在生物科学领域中，数据分析是一项重要的任务。
随着技术的进步，生物学研究的数据规模不断扩大，例如基因组测序数据、蛋白质互作数据、表达谱数据等。
为了处理和分析这些大规模的生物学数据，许多生物数据分析软件被开发出来。
本文将介绍一些常用的生物数据分析软件。
1.R：R是一个流行的统计分析和图形化软件，也是生物学家常用的数据分析工具之一、R具有强大的数据分析功能和广泛的统计工具包，适用于各种生物学数据分析任务，例如基因表达分析、蛋白质结构预测、基因组测序等。
2. Python：Python是一种通用的编程语言，也被广泛用于生物数据分析。
Python拥有丰富的生物信息学工具包，例如Biopython，可用于处理和分析蛋白质序列和结构、基因组测序数据等。
Python还具有强大的数据处理和可视化能力，适用于各种生物学数据分析任务。
3. NCBI工具：NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供一系列在线工具用于生物数据分析。
NCBI提供的工具包括BLAST用于序列比对、Entrez用于文献检索、GenBank用于基因组测序数据等。
这些工具对于进行一些常见的生物数据分析任务非常有用。
4. Bioconductor：Bioconductor是一个用于生物数据分析的开源软件包集合。
Bioconductor提供了许多R语言工具包，包括用于基因表达分析、蛋白质互作网络分析等。
这些工具包提供了丰富的生物学统计学和机器学习算法，可以帮助研究人员进行高质量的生物数据分析。
5. Cytoscape：Cytoscape是一个用于生物网络分析和可视化的软件。
它可以用来分析和可视化蛋白质互作网络、基因调控网络等。
Cytoscape提供了许多插件和工具，使得生物网络分析更加方便和高效。
6. Galaxy：Galaxy是一个用于生物数据分析的在线平台。
它提供了许多常用的生物数据分析工具，并提供了一个用户友好的界面，使得生物学家可以无需编程就能进行复杂的生物数据分析任务。
蛋白质结构预测在线软件
蛋白质结构预测在线软件随着计算机技术的发展，越来越多的蛋白质结构预测在线软件被开发出来，并且被广泛应用于生物学研究。
本文将介绍几个常用的蛋白质结构预测在线软件，并对它们的原理和优缺点进行分析。
首先，我要介绍的是PHYRE2、PHYRE2是一款基于比较模型的蛋白质结构预测软件，它通过将待预测的蛋白质序列与已知结构库中的蛋白质序列进行比对，从而预测目标蛋白质的结构。
PHYRE2具有高度自动化的特点，可以在较短的时间内进行大量的结构预测。
但是，PHYRE2的准确性和可靠性相对较低，因为它只依赖于已知结构的信息。
其次，我要介绍的是I-TASSER。
I-TASSER是一种基于碎片装配的蛋白质结构预测软件，它通过将目标蛋白质的序列分解为小的片段，然后通过模板和螺旋转角预测来重新组装这些片段，从而得到目标蛋白质的结构。
I-TASSER具有较高的准确性和可靠性，并且在多个蛋白质结构预测比赛中表现出色。
然而，I-TASSER的计算速度较慢，需要较长的时间来进行结构预测。
另外，我要介绍的是Rosetta。
Rosetta是一种基于物理学的蛋白质结构预测软件，它通过对蛋白质的能量进行优化来确定最稳定的结构。
Rosetta具有较高的准确性和可靠性，并且可以进行全原子级别的结构预测。
然而，由于Rosetta的计算复杂性较高，需要大量的计算资源来进行结构预测。
除了以上介绍的几种蛋白质结构预测在线软件，还有许多其他的软件可供选择，如PSIPRED、HHPred等。
这些软件在原理和性能上有所差异，但都能够对蛋白质的结构进行预测，并为生物学研究提供重要的参考信息。
总结起来，蛋白质结构预测是生物信息学领域的重要课题，需要借助计算机算法来进行预测。
目前有许多蛋白质结构预测在线软件可供选择，它们在原理、准确性、可靠性和计算速度等方面有所差异。
选择合适的软件进行蛋白质结构预测，将对生物学研究产生重要的影响。
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蛋白质结构预测和序列分析软件2010-05-08 20:40
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最终编辑布丁布果
4月18日
蛋白质数据库及蛋白质序列分析第一节、蛋白质数据库介绍一、蛋白质一级数据库
主要蛋白质序列数据库的网址SWISS-PROT
或
ml
TrEMBL
PIR
ww
MIPS
Protein Sequences
JIPID
Protein Sequence Database 已经和
ExPASy
三、蛋白质二级结构预测网站
（数据库）
4
始建于
SIB
基于对蛋白质家族中同源序列多重序列比对得
到的保守区域，这些区域通常与生物学功能相
关。
数据库包括两个数据库文件：数据文件
Prosite
Prosite
/prosite
5
of Proteins)
蛋白质二级结构构象参数数据库
DSSP
http://www.cmbi.kun.nl/gv/dssp
6
Proteins)
蛋白质家族数据库
FSSP
/dall/fssp
7
Structure of Proteins)
同源蛋白质数据库
HSSP
http://www.cmbi.kun.nl/gv/hssp
在前面已经述说过了。
第二节、蛋白质序列分析方法
一、多序列比对
双序列比对是序列分析的基础。
基因家族的成组的序列来说，
列之间的关系，
征。
学模式方面起着相当重要的作用。
多序列比对有时用来区分一组序列之间的差异，但其主要用于描述一组序列之间的相似性关系，以便对一个基因家族的特征有一个简明扼要的了解。
立在某个数学或生物学模型之上。
因此，正如我们不能对双序列比对的结果得出“正确或错误”的简单结论一样，
结果也没有绝对正确和绝对错误之分，
为所使用的模型在多大程度上反映了序列之间的相似性关系以及它们的生物学特征。
我们称比对前序列中残基的位置为绝对位置。
序列Ⅰ的第
Ⅰ3
相应地，
位置。
而每个残基的绝对位置不同，
的序列。
绝对位置是序列本身固有的属性，
前的位置，而相对位置则是经过比对后的位置，也就比对过程赋予它的属性。
算法复杂性
多序列比对的计算量相当可观，
以下技术的复杂性。
间和内存空间与这两个序列的长度有关，
正比于这两个序列长度的乘积，用
示。
其中
比对则可以理解为将双序列比对的两维空间扩展到三维，即在原有二维平面上增加一条坐标轴。
这样算法复杂性就变成了
中
这类方法中最常用的就是和Doolittle 多维的动态规划矩阵来进行序列的比对不太现
实，式算法，以降低运算复杂度。
Clustal 化相关性这一假设。
列进行两两比对并计算它们的相似性分数值，后根据相似性分数值将它们分成若干组，组之间进行比对，性分数值继续分组比对，直到得到最终比对结
果。
比对，的一部分，数据。
），、
可以看看PRINTS 数据库关于TRANSFERRIN 的比对信息， PRINTS 数据库在自动比对的基础上进行了手工编辑，查寻PRINTS 数据库中关于
TRANSFERRIN 这一类的比对信息，结果可以用模体（motif ）形式显示也可以用点击链接调用JAVA APPLET 进行图形显示，下图是关于TRANSFERRIN 序列比对的局部图形，可见PRINTS 数据库中TRANSFERRIN 一类由更多的序列比对形成。
据库也可以试试，如可用
质序列库
(/bsm/dbbrowser/OWL/ owl_blast.html)。