计算化学在生物大分子研究中的应用
理论计算化学的方向和应用研究
理论计算化学的方向和应用研究引言理论计算化学是一门基础研究领域，使用物理、化学和数学等学科的理论和计算方法，研究分子的结构与性质、反应机理、能量表面、电荷密度、溶解度等问题，广泛应用于化学、生物、医学等领域。
理论计算化学不仅是解释实验现象的重要工具，也是实验科学发展过程中提出新假说和新观念的源泉。
本文将简要介绍理论计算化学的研究方向和应用领域。
一、量子化学量子化学是理论计算化学的重要分支，主要研究原子与分子的量子力学问题。
量子化学可用于分子能量计算、反应机理研究、化学动力学仿真、分子催化探索等领域。
其中，计算分子光谱是其中最重要的应用之一。
量子化学的成功应用主要归功于高水平计算方法的发展，例如基组方法、密度泛函理论和适用于非绝热过程的方法等。
二、分子模拟分子模拟是应用计算机计算得出分子性质的系统科学，可以研究大分子的结构、动力学和热力学性质，对于生物、材料、能源等领域的应用极为广泛。
其中，分子动力学模拟是近年来研究重点之一。
分子动力学是一种通过模拟分子在系统中随时间变化的过程，研究分子的探究。
利用分子动力学模拟，可以预测分子的构象、结构和动力学性质，从而为实验提供指导。
三、化学信息学化学信息学是一门通过计算机处理大量化学数据，探索物质和化学现象的领域。
它涉及到机器学习、化学计量学、数据库和化学信息检索等方面。
化学信息学主要运用于化合物的数据管理和预测、健康食品配方设计和生物医学研究等领域。
化学信息学中的分子描述符可以通过数学方法将化合物转化为数字序列，用于分类、模式识别、化学计量等应用。
四、化学计算机辅助设计化学计算机辅助设计是指借助计算机辅助设计模拟、优化和预测分子结构和性质，实现分子的合成、设计和功能研究的过程。
利用计算机辅助设计，可以快速预测大量新化合物的结构和性质，帮助化学家理解和控制物质的性质和行为。
同时，计算机辅助设计还可用于预测通量、毒性、有活性化合物库的筛选等。
五、材料计算化学材料计算化学是将理论计算化学的方法应用于材料领域，从原子尺度预测物质的性质和材料的结构。
分子对接及MD模拟在生物药物研发中的应用
分子对接及MD模拟在生物药物研发中的应用生物药物是治疗各种疾病的重要药物之一。
为了开发更有效、更安全的生物药物，需要深入研究其分子结构和生物学特性，并预测药物分子与生物大分子的互作模式。
分子对接和分子动力学模拟是两种常用的计算化学方法，可以帮助科学家预测分子的运动轨迹、结构和互作模式，从而指导药物研发。
一、分子对接在生物药物研发中的应用分子对接是指通过计算机模拟分析两个分子之间的作用力和结合机制，预测分子与分子之间的互作模式。
在生物药物研发中，分子对接被广泛用于研究药物分子与生物大分子（如蛋白质）的结合模式，预测药物的亲和力和特异性。
以抗癌药物为例，分子对接可用于预测药物分子与靶蛋白的结合模式，找到最佳作用位点和最适合的药物分子结构。
这一信息可以指导药物的设计和合成，提高药物的疗效和安全性。
此外，分子对接还可用于筛选新药物的候选化合物，缩短药物研发周期，节省研发成本。
二、分子动力学模拟在生物药物研发中的应用分子动力学模拟是指通过计算机模拟分析分子在一定温度下的轨迹和力学性质，预测分子结构和互作模式的动态变化。
在生物药物研发中，分子动力学模拟可以用于研究药物分子在生物系统中的行为和代谢途径。
例如，分子动力学模拟可以用于研究生物大分子与药物分子的结合和解离过程，预测药物分子在体内的代谢途径和药效持续时间。
此外，分子动力学模拟还可用于研究药物分子与生物膜的互作，预测药物分子在细胞内的运动轨迹和作用方式。
三、分子对接和分子动力学模拟的结合应用分子对接和分子动力学模拟结合应用可以更全面地预测生物药物的结构和互作模式。
在分子对接的基础上，分子动力学模拟可以模拟药物分子在环境和体内温度下的动态变化，重现生物大分子与药物分子的互作过程。
这一方法可用于用于药物分子的合理设计、优化和筛选。
例如，利用分子对接和分子动力学模拟，可以研究药物分子在抑制靶蛋白的过程中的具体排布方式、作用力度和作用时间。
这种方法可以为研究人员提供更精确、可靠的药物设计指导，提高药物疗效和安全性。
物理化学在生物医学领域的应用
物理化学在生物医学领域的应用生物医学是现今医学领域中重要的一部分，它的目标是通过研究生命过程来开发新的治疗方法和药物。
在这种努力中，物理化学是一个极其重要的领域，由于它为生物系统中的重要过程提供了深入的理解，并且可以应用于设计新的治疗方法和药物。
以下将介绍物理化学在生物医学领域中的应用。
一、计算生物学计算生物学是一种将物理化学中的数学工具应用到生物学中的学科，包括生物大分子的模拟和预测。
由于生物大分子的规模和结构复杂，使得通过实验研究它们的过程非常耗时且困难。
因此，物理化学家可以利用计算机软件和算法来预测这些生物大分子的结构和性质，并得出真实实验结果的解释。
这项工作对生物医学的意义是非常重要的，因为它可以帮助科学家们轻易地研究生物大分子，加速药物研发的过程。
二、MRI扫描磁共振成像（MRI）技术是一种利用物理化学原理的医疗成像技术，它是诊断医学中的一种非侵入性手段。
这项技术使用强磁场和无线电波来生成人体组织的三维图像。
MRI技术在医疗和临床领域中被广泛应用，常见的应用包括：人体各个器官的结构和异常的检测、神经科学研究、和心血管疾病的诊断。
三、药物追踪药物追踪是一种通过监测药物分布和代谢来研究生物学过程的技术。
因此，生物药物的追踪和分析对于药物研究非常重要。
物理化学家可以利用荧光分子和同位素标记等技术来标记药物，从而使得药物的吸收、分布和代谢可以被追踪。
这项工作对于生物医学研究的意义在于，使科学家们能够更好地了解药物的有效性，剂量的设定，以及不良反应的产生机制。
四、药物递送系统药物递送系统是一种利用物理化学原理设计的药物控释系统，可以帮助药物在体内的释放更为准确和有效，从而提高药物的生物利用度和缓解药物的不良反应。
物理化学家们通过利用胶束、包膜和脂质体等技术来设计出不同的药物递送系统。
这项工作对于生物医学研究的意义在于帮助研究者探索药物递送技术的应用前景，从而从根本上提高药物疗效和安全性。
总结物理化学已经成为生物医学领域的核心部分，很多重要的研究和实践都得益于物理化学的理论和技术。
分子对接 大分子处理
分子对接大分子处理分子对接是一种计算化学方法，用于研究分子之间的相互作用。
它可以帮助科学家理解药物如何与靶标蛋白结合，从而设计出更有效的药物。
在分子对接过程中，通常会使用计算机模拟药物分子与靶标蛋白分子之间的结合方式，以便预测它们之间的相互作用。
这有助于科学家预测候选药物分子与靶标蛋白的结合能力，从而筛选出具有潜在药用价值的化合物。
分子对接的过程通常包括几个步骤。
首先，需要准备好靶标蛋白的结构信息，通常是通过X射线晶体学或核磁共振等实验手段得到的。
其次，需要准备候选药物分子的结构信息。
然后，通过计算机模拟的方法，将候选药物分子与靶标蛋白进行对接，以预测它们之间的结合方式和结合能力。
最后，根据对接结果，科学家可以评估候选药物分子的结合亲和力，并进行进一步的实验验证。
在大分子处理方面，通常涉及到处理具有较大分子量的化合物或生物大分子，如蛋白质、多肽等。
大分子处理可能涉及到结构预测、构象搜索、动力学模拟等多个方面。
在结构预测方面，科学家可以利用生物信息学工具对大分子的结构进行预测，以便进一步的研究和设计。
在构象搜索方面，科学家可能会使用分子动力学模拟等方法，研究大分子的构象空间和构象变化规律。
在动力学模拟方面，科学家可以利用分子动力学模拟等方法，研究大分子在不同条件下的动力学行为，以便理解其功能和性质。
总的来说，分子对接和大分子处理都是计算化学和计算生物学领域中重要的研究方法，它们可以帮助科学家理解分子之间的相互作用、预测化合物的活性和性质，为药物设计和生物大分子研究提供重要的理论支持。
生物大分子的计算机模拟及其应用研究
生物大分子的计算机模拟及其应用研究生物大分子是生命体系中最基本的构成单位。
其中蛋白质和核酸是生命体系中至关重要的分子，是细胞中最活跃的分子，其形态和功能对生命体系具有极其重要的影响。
对于人类来说，与蛋白质和核酸有关的疾病，如癌症和神经系统疾病等，是当前世界面临的重大挑战。
因此，对蛋白质和核酸的计算机模拟研究已经成为当前生物学和药理学领域的热点之一。
一、生物大分子计算机模拟的基本原理生物大分子是在特定条件下稳定存在的空间结构，其结构决定了分子的性质及其功能。
计算机模拟技术是一种通过计算机模拟生物大分子自组装过程，得到分子结构和性质的方法。
通俗地说，就是通过计算机程序模拟大分子的物理化学过程，从而预测大分子的三维结构、稳定性、动力学性质和功能等。
而蛋白质分子的计算机模拟研究主要包括两部分：第一是模拟蛋白质的折叠和构象变化；第二是模拟蛋白质与其他分子相互作用的动力学过程。
通过计算机模拟的方法，可以得到大分子的三维结构，从而对大分子的物理化学性质进行预测。
比如，可以通过计算得到某种蛋白质质量、熔点等性质；通过计算模拟获得其动力学性质，如分子在不同温度下的构象变化、在溶液中的不同自由能状态等；并可以计算分子在与其他分子相互作用时的亲和力、识别速度等动力学参数。
计算机模拟技术已经成为分子生物学、药理学和材料科学等领域研究的必要工具之一。
二、目前的生物大分子计算机模拟技术在多年的研究中，系统地探索和发展了一系列的计算机模拟技术，并不断提高模拟效率和准确性。
这些技术包括分子动力学模拟、蒙特卡罗模拟、能量最小化、分子对接、辅助设计和模拟等。
其中，分子动力学模拟是目前应用最广泛的方法之一。
它是通过求解牛顿运动方程，考虑大分子的集体运动和内在振动，模拟大分子的数百万甚至数千万的原子的动力学行为。
这种方法的优点在于可以较好地模拟蛋白质分子的折叠和构象变化，并可以探究分子的多种动力学过程。
但是，计算时间较长，数据量大。
三、生物大分子计算机模拟技术的应用生物大分子计算机模拟技术已经在分子科学、药理学、材料科学、环境科学等领域中得到广泛应用。
化学知识在医学和药物研究中的应用
化学知识在医学和药物研究中的应用化学知识在医学和药物研究中的应用广泛而深入，以下是相关知识点的详细介绍：1.化学与生物大分子：化学在医学研究中起着重要作用，特别是对生物大分子的研究。
化学家通过研究蛋白质、核酸、多糖等生物大分子的结构和功能，深入了解生命现象的本质。
2.药物设计与合成：化学知识在药物设计与合成中起到关键作用。
化学家通过研究药物分子的结构和活性，设计出新的药物分子，并通过化学合成方法将其制备出来。
3.药物分析与质量控制：化学知识在药物分析与质量控制中起到重要作用。
化学家通过使用各种化学分析方法，如光谱分析、色谱分析等，对药物的成分和质量进行检测和控制，确保药物的疗效和安全性。
4.药物代谢与毒理学：化学知识在药物代谢与毒理学研究中起到重要作用。
化学家通过研究药物在体内的代谢过程和毒性机制，为药物的安全使用提供科学依据。
5.生物化学与分子生物学：化学知识在生物化学与分子生物学研究中起到重要作用。
化学家通过研究生物体内的化学反应和分子机制，深入了解生物体的功能和疾病的发生机制。
6.医学成像与诊断：化学知识在医学成像与诊断中起到重要作用。
化学家通过研究医学成像技术，如X射线、CT、MRI等，以及生物标志物的检测方法，为疾病的诊断和治疗提供科学依据。
7.生物材料与组织工程：化学知识在生物材料与组织工程中起到重要作用。
化学家通过研究生物材料的性质和制备方法，开发出适用于医学应用的新型生物材料，如人工器官、支架等。
8.纳米技术与药物输送：化学知识在纳米技术与药物输送中起到重要作用。
化学家通过研究纳米材料和药物输送系统，开发出高效、安全的药物输送方法，提高药物的疗效和降低副作用。
以上是化学知识在医学和药物研究中的应用的详细介绍，这些知识点对于中学生来说可能较为复杂，但在学习过程中可以逐渐理解和掌握。
习题及方法：1.习题：蛋白质的结构对其功能有何影响？解题方法：回顾蛋白质的结构，包括一级结构、二级结构、三级结构和四级结构。
量子化学理论和计算及其在生物学中的应用
量子化学理论和计算及其在生物学中的应用量子化学理论是一种计算化学的方法，它将量子力学的原理应用于分子和化学反应的研究。
量子化学的应用不仅包括理论的发展，还包括实际的计算工具的开发和使用。
随着计算机技术的不断发展，量子化学的计算方法和研究领域也不断扩展。
在生物学研究中，量子化学方法可以用于探究生物大分子的结构与功能，帮助科学家更好地理解生命的基本原理。
一、量子化学理论的基础1.1 量子力学和分子结构量子力学和分子结构是量子化学理论的基础。
当我们了解分子的物理性质和化学性质时，我们需要对其分子结构有一定的了解。
例如在药物开发中，科学家需要了解分子之间的相互作用，以便设计更好的药物分子。
在量子力学中，电子、质子和中子等都被认为是微观粒子，其行为受到波动性和粒子性的影响，这就是所谓的波粒二象性。
这些微观粒子之间会相互作用，形成波函数，波函数可以用Schrodinger方程式描述。
Schrodinger方程式是量子力学的基础方程，它描述了粒子的波函数和粒子间的相互作用。
1.2 分子轨道理论分子轨道理论是量子化学中的重要概念之一，它用于描述分子中电子的行为和相互作用。
在分子轨道理论中，电子被认为是在分子中自由运动的粒子，与各种核和其他电子相互作用。
通过计算这些电子运动的波函数，可以预测分子的各种性质。
分子轨道理论的核心是它认为不同的电子轨道可以组合成不同的分子轨道。
这些分子轨道具有不同的能量和性质，它们可以用于描述分子各种性质，如分子结构、光谱、化学反应等。
二、量子化学计算方法2.1 基于密度泛函理论的计算方法基于密度泛函理论的计算方法是一种广泛使用的量子化学计算方法。
该方法将粒子的波函数转换为电荷密度函数，通过计算电荷密度函数来描述分子的性质。
基于密度泛函理论的计算具有高效和可扩展性的优点，已经成为化学计算中的标准方法。
2.2 精确解和近似解在量子化学计算方法中，可以使用精确解或近似解。
精确解可以通过数值计算来求得，但是这种方法计算量太大，只能用于小分子的计算，而近似解则是在计算中使用一些化学假设和简化来求得。
化学研究的新进展与应用
化学研究的新进展与应用化学作为一门自然科学，在人类社会的发展过程中起到了重要的作用。
许多行业，如医药、能源等都与化学紧密相关。
今天，我们来了解一下化学研究的新进展与应用。
一、纳米化学纳米化学是一种研究纳米尺度下的物质结构、性能和应用的技术。
纳米级材料具有纳米级特征和纳米级结构，因而具有许多优异的性能，如高比表面积和高光学响应等。
纳米化学广泛应用于生物医药、环境治理、化学催化、高效能源等领域。
例如，纳米级金属颗粒可以作为低成本和高效率的催化剂，可替代贵金属。
此外，纳米化学还为石油行业提供了新思路，可将高分子物质转化为低分子物质，提高石油资源的利用率。
二、生物化学研究生物化学研究广泛应用于生物医药和农业领域。
生物化学研究关注生物分子如蛋白质、核酸的结构和功能，包括如何制备生物分子、如何研究生物分子的交互作用、如何改变生物分子的功能等。
生物化学研究还涉及到分子遗传学、基因组学、蛋白质组学、代谢组学等领域。
在医学领域，生物化学研究为药物研发提供了可靠的依据。
例如，生物大分子可以作为药物靶点，开发可靶向某些疾病的药物。
此外，生物化学研究还可以帮助人类了解疾病诊断、治疗和预防的机制。
比如，通过研究病原体所靶向的人类蛋白或细胞处理挖掘靶点，针对性开发抗菌药物和疫苗。
三、计算化学计算化学是应用计算机科学方法和技术研究化学问题的一种新领域。
计算化学可以辅助实验化学研究，包括研究化学反应机理、分析反应中的反应物和产物之间的关系等。
计算化学还可以帮助设计新型材料和药物分子，预测化学反应的解离能、活化能、速率常数和反应中间体的特性等。
计算化学研究还可以模拟生物大分子的结构和功能，从而辅助生物化学的研究。
例如，在药物研发过程中，可以利用计算机辅助设计和评估计算药物能否与靶分子发生作用，从而达到预期的治疗效果。
四、绿色化学绿色化学是环保和可持续化的化学技术。
绿色化学的着眼点在于降低或消除化学品加工过程中对环境的污染和对人体健康的影响。
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计算化学及其在生物大分子研究中的应用摘要：生物分子动态模拟技术是运用计算机对生物大分子的结构、功能、质子运动轨迹以及生物分子间的相互作用进行预测,是研究生物分子结构和功能的重要手段。
本文综述了近年来报道的研究生物大分子体系的量子化学计算方法(HF、MP、DFT等),简单介绍分子动态模拟技术在生物大分子研究中的应用和研究进展,分析了目前存在的问题,并展望了该领域的研究前景。
关键词：生物大分子；计算化学；分子动态模拟引言理论与计算化学是一门应用量子力学和统计力学研究化学问题的化学分支学科。
以1998年沃尔特·库恩(Walter Kohn)和约翰·波普尔(John Pople)获得诺贝尔化学奖为标志,化学这一传统实验科学进一步走向严密科学的趋势越加明朗。
理论与计算化学在其中的重要作用,也愈加为人们所重视。
作为一门独立的学科，它和物理化学、化学物理、分子物理、生物物理、计算科学等相关学科有很强的交叉和渗透。
理论化学的重要性在于，它研究的是化学学科最核心和普遍的规律。
大分子体系的理论计算一直是具有挑战性的研究领域,尤其是生物大分子体系的理论研究具有重要意义。
由于量子化学可以在分子、电子水平上对体系进行精细的理论研究,是其它理论研究方法所难以替代的。
因此要深入理解有关酶的催化作用、基因的复制与突变、药物与受体之间的识别与结合过程及作用方式等,都很有必要运用量子化学的方法对这些生物大分子体系进行研究。
毫无疑问,这种研究可以帮助人们有目的地调控酶的催化作用,甚至可以有目的地修饰酶的结构、设计并合成人工酶；可以揭示遗传与变异的奥秘,进而调控基因的复制与突变,使之造福于人类；可以根据药物与受体的结合过程和作用特点设计高效低毒的新药,等等。
可见运用量子化学的手段来研究生命现象是十分有意义的。
随着理论的发展与计算机技术的提高,目前量子化学计算方法和计算程序已能对由几个甚至几十个原子组成的中小分子的性质进行十分精确的理论研究。
特别是分子的总能量,许多计算方法(如MP、DFT、QCISD等方法)的计算结果都能与精确实验结果很好地吻合。
J.A.Pople小组创建的Gaussian-1(G1)、Gaussian-2(G2)、G2(MP2)和G2(MP3)理论,其能量方面的计算值与精确实验结果的差异在2kcal/mol范围以内,而所需的计算机资源相对较小,计算结果甚至可以用来评判有关实验测定结果的可靠性。
然而,到目前为止,还没有一种成熟的理论和普遍可接受的计算程序用于对由数以千计乃至数以万计个原子组成的大分子体系(如核酸、蛋白质和固体材料等)进行量子化学计算研究。
这主要是由于计算量与分子大小呈指数(电子数的3次方或更高)关系。
因此,大分子体系的量子化学计算方法的研究便成为当今计算化学领域中极具挑战性的研究热点之一。
1.计算化学方法与应用1.1 Abinitio Hartree-Fock (HF) SCF方法从头算法在上个世纪70年代被逐渐开展,是求解多电子体系问题的量子理论全电子计算方法。
在Born Oppenheimer 近似、Hartree(独立电子)近似和非相对论近似基础上,不借助任何经验参数,通过求解HF方程,进而得到各类体系的微观信息。
可以说,在理论和方法上它都是比较严格的。
迄今,从小分子体系到大分子体系,从静态性质到动态性质,从分子内相互作用到分子间相互作用,各方面都有从头算法的应用。
在染料的分子设计中,采用此计算方法对合成的染料分子进行了模拟计算研究,建立了染料分子的微观结构与染色性能之间的定量关系,得到了与实验相吻合的结果。
蒋南等利用HF与B3LYP相结合的方法研究了胺类分子在锂离子交换的丝光沸石(LiMOR)中的吸附行为,为分子筛结构和催化性能等方面的实验结果提供了有益的补充。
从头算方法中较原始的HF方法计算速度较快，但精度较低；CCSD（T）、MP4等方法在大幅度提高计算精度的同时，也占用更多的计算资源。
因此，从头算方法可以应用在从小体系到大体系，从静态系统到动态系统，从分子内相互作用到分子间相互作用等各个方面，但由于其计算精度和计算速度的矛盾，从头算方法通常更适合于中小体系的定量计算[1]。
1.2 密度泛函理论(DFT)方法DFT方法是近年来比较流行的一种处理相互作用多粒子体系的量子化学近似计算方法。
通过对电子动能和势能的平均化处理,借助变分法或数值方法,可以得到Schrdinger方程的近似解,大大简化了电子结构的计算,且不受自旋污染的影响,在经过对密度泛函理论的各种修正和扩充后,可以得到相当准确的体系各种性质。
1975 年Srebrenik 和Bader 证明三维分子空间可分解成量子次空间（quantum subspaces），其边界可由单质点密度性质来规定[2]。
新型密度泛函的研究目前通用的B3LYP方法存在着一些严重的缺陷．如：计算误差随体系的增大而增长，这制约了DFT在较大体系中的应用；不能准确地计算反应能垒，这制约了DFT在化学反应动力学中的应用，也使得反应机理的阐明，可能出现严重偏差；不能准确地计算非键作用，这制约了DFT在生物体系中的运用，等等。
近年来在催化化学和生物化学等研究领域,DFT方法得到了广泛的应用。
Zhang等利用密度泛函理论计算研究了CO在PtCu上的氧化,发现CO在PtCu表面上氧化的反应活化能处于纯Pt和纯Cu上CO氧化的活化能之间,可见,Cu的加入可以促进CO在Pt上的氧化。
徐艺军、陈文凯等对NO在缺陷MgO(001)表面上的吸附研究发现,NO在具有镁缺陷和氧缺陷结构的MgO(001)表面上发生吸附时,均具有较大的吸附能,并且有氧缺陷结构的表面对NO的解离具有很好的催化作用,而镁缺陷则没有。
1.3 Mller Plesset(MP)方法Mller Plesset(MP)是一种以Hartree-Fock波函数为微扰波函数的处理原子和分子体系的微扰理论方法,亦称对称性匹配的微扰方法。
所谓对称性匹配是指在微扰展开中要考虑波函数的反对称化,也就是考虑了Pauli原理(或者说包含交换能)。
由于考虑了电子相关作用,可以准确地计算分子聚集体中的弱相互作用能,因此,MP方法常被用于研究含氢键的复合体系和稀有气体元素小分子复合体系。
对于一些生物分子复合物现在也已能够得到比较精确的稳定化能,尤其是一些小的超分子体系,计算结果已可以和实验相媲美。
张士国、杨频就用MP2方法对胞嘧啶BH3复合物进行计算预测,得到了该复合物的构型、稳定化能及频率分析。
总的说来,MP方法可以成功应用于较多的体系而不会有太多的限制,在计算准确度方面是优于HF计算方法的,如果结合大基组,可以获得与实验结果吻合得很好的计算值。
但是,与普通的HF方法相比,MP方法在计算时需要大量的空间和时间,因此在用MP方法计算时要兼顾时间与效率。
1.4半经验方法科学家们发现对酶、蛋白质、聚合物等大分子体系进行计算的时候，使用从头算法和密度泛函理论等有严格理论基础的方法，虽然能获得较为精确的结果，但需要占用大量的计算资源，存在计算时间长等缺点。
为了在计算时间和计算精度上寻找一个平衡点，人们有意识地忽略了一些计算极其复杂但对结果影响却很小的积分，并引用一些实验数据来近似地求解薛定谔方程，从而提出了半经验的量子化学计算方法。
半经验的量子化学计算方法是对严格计算方法的一种补充，可以进行定性或半定量的计算，与严格的计算方法组合使用，可以大量节省计算的时间，并且对精度的影响较小[3]。
2. 分子动态模拟在生物分子模拟中的应用分子动态模拟的原理是将连续介质看成由N个原子或分子组成的粒子系统,通过量子力学势能函数求导得出各粒子间的作用力。
然后忽略量子效应,运用经典牛顿力学建立系统粒子运动数学模型,进行数值求解,这是一个不断迭代的过程,步长约l fs 。
足够次数的循环迭代完成体系运动方程的积分过程,从而得到粒子在相空间的运动轨迹,然后由统计物理学原理得出系统相应的宏观动态静态特性,从而达到对分子体系中每个原子行为描述的目的。
分子动态模拟技术广泛应用于从蛋白质序列预测蛋白质三维结构及动力学特征、研究生物大分子结构与功能的关系、生物大分子间的相互作用及生物大分子和配体间的相互作用,极大地促进了蛋白质工程、蛋白质设计和计算机辅助药物设计的发展。
近年来生物分子的动态模拟的热点主要集中在以下几个方面: 2.1 在生物分子结构和功能研究上的应用自分子动态模拟技术诞生以来,生物分子结构和功能一直是其研究的热点。
Lindorff-Larsen等,将核磁共振(NMR)光谱方法和分子动态模拟结合起来,应用于泛素(ubiqultin)的研究,发现传统的结构确定方法严重低估了其原始状态的可变性,尤其是该蛋白质的侧链。
Kuwata等用电子显微观察、光谱分析、NMR和分子动态模拟相结合的方法明确了疯牛病病原体-变异阮病毒蛋白(Prion protein)中有毒部分的结构。
确定变异阮病毒有毒部分的具体结构以后,就可以着手寻找和设计抑制其毒性的物质,为开发相应的治疗药物奠定基础。
王鹏[4]等以分子光谱—紫外-可见吸收光谱、荧光光谱及共振光散射光谱，并结合分子模拟进行了如下研究：简述了研究药物小分子和生物大分子相互作用的重要意义，并概述了用于研究相互作用的一些常用的分析方法及其优缺点。
由分子模拟得出烯效唑分子位于人血清白蛋白的疏水腔ⅢA处。
2.2 在脂肪酶性质及催化机理中的应用脂肪酶是一种重要的生物催化剂，其来源广泛，可在水相甚至非水介质中催化多种反应，并表现出很高的立体选择性和催化活性。
有关脂肪酶的应用和基础研究备受重视，特别是脂肪酶催化机理和结构功能关系成为近年来研究热点，基于现代计算机技术的分子模拟计算在相关研究中扮演着越来越重要的角色。
计算机辅助分子模拟技术应用于脂肪酶性质及催化机理研究领域的3个发展阶段：早期的分子动力学模拟主要用于脂肪酶构象变化的研究；随后出现的柔性分子对接技术则可研究和预测脂肪酶的对映体选择性及简单的催化机理；近年来发展的运算时间更长的分子动力学和量子力学／分子力学(QM／MM)方法则可全面研究脂肪酶的酶学性质及催化机理。
分子模拟手段将在酶的性质及酶催化机理研究领域发挥更为重要的作用，并且多种模拟技术的综合应用和从头计算分子模拟技术的日益成熟，将为人们更加深入地认识蛋白质构效关系发挥不可替代的作用[5]。
2.3 在核酸模拟上的应用分子动态模拟主要用于核酸与分子微环境,如结合的水、离子、药物分子、蛋白质,对核酸结构及其动态性质影响的模拟。
Song等应用分子动态模拟技术研究了DNA缓冲液盐浓度对DNA构象转化的影响,发现高盐浓度能延迟A→B构象的转化,而对B→A构象转化无影响。
2.4 在蛋白质折叠上的应用蛋白质的折叠(folding)与解折叠(unfolding)往往需要ns-ms的时间量级,这是目前分子模拟时间尺度的极限。