质谱在蛋白质分析中的应用22
质谱在蛋白质中的应用
蛋白质组学研究中个典型研究流程
蛋白质研究中个典型研究流程
现代质谱简介
质谱分析蛋白优点： 1. 可用于分析大分子。 2.可用于分析不纯化合物。因为生物体系相对较复杂，物 质提纯不易，因此新型质谱的出现使一些研究成为可能。 3.样品消耗量很低。 4.仪器操作简便，检测速度快，适用于大批量的样品研究 。
质谱质谱中氨基酸残基的元素组成和精确质量数中常 见氨基酸残基的元素组成和质量数
质谱在蛋白质研究中的其他应用
除了前面介绍的肽与蛋白质序列测定以外 ，还包括质谱与其他分离手段连接（如与毛细 管电泳、HPLC相连等）以加快测样速、度，提 高质谱检测精度（如使用傅立叶回旋分析器与 ESI和MALDI相连等。 其中有一项工作是非常重要的，即蛋白质 的定量
差一个氨基酸残基的系列肽，名为梯状测序（Ladding sequencing)，经质谱检测，由相邻峰的质量差知道相应氨基酸 残基。
质谱中常见氨基酸残基的元素组成和质量数
待测离子经活化后具有较高的能量，诱发碎裂 ，产生多组不同类型的碎片峰。所以首先需要区分 出各组峰的类型归属，才能通过比较相邻的同种离 子的质量差，判断相应的氨基酸残基.质谱中常见 氨基酸残基的元素组成和质量数见下表。
质谱在小肽与蛋白质序列测定中的应用
质谱在蛋白质研究中的主要作用在于检测确定相应蛋白质 的归属，其中测定小肽及蛋白质序列是确定蛋白质的根本。 质谱用于肽和蛋白质的序列测定方法有3种。主要如下：
质谱用于肽和蛋白质的序列测定方法
第一种方法叫蛋白图谱（protein mapping),用特异性的酶解 或化学水解的方法将蛋白切成小的片段，然后用质谱检测各产 物肽分子质量，将所得到的肽谱数据输入数据库，搜索与之相 对应的已知蛋白，从而获取待测蛋白序列. 第二种方法是利用待测分子在电离及飞行过程中产生的亚 稳离子，通过分析相邻同种类型峰的质量差，识别相应的氨基 酸残基. 第三种方法与Edman法有相似之处，即用化学探针或酶解 使蛋白质或肽从N端或C端逐一降解下氨基酸残基，形成相互间
质谱在蛋白质分析中的应用
质谱在蛋白质分析中的应用蛋白质是构成生命体的基本分子之一，承担着许多生物学过程的关键作用。
因此，研究蛋白质结构和功能对于理解生命体的本质、解决疾病治疗问题都有着非常重要的意义。
而质谱技术作为一种高精度、高灵敏度的分析手段，在蛋白质研究领域中有着广泛的应用。
质谱技术是利用质荷比或质量分布的差异来分离和测定化合物的一种分析方法。
蛋白质的分子量一般在几千到几百万之间，结构也非常复杂，因此需要先进行分离和纯化，然后用质谱技术进行进一步的分析和鉴定。
质谱在蛋白质分析中最常用的方法是质谱仪联用色谱技术（MS/MS）。
这种方法通过对蛋白质进行酶解得到多肽，再通过液相色谱分离得到单一的多肽物质，最后用质谱仪进行较为准确地分析。
质谱仪可以将多肽分子转化为气态离子，然后根据它们的质量-电荷比进行分离和检测。
质谱仪联用色谱技术可以用于鉴定蛋白质序列、确定多肽修饰、鉴定蛋白质相互作用等。
除了质谱仪联用色谱技术外，还有几种其他的质谱技术常用于蛋白质分析。
例如：飞行时间质谱（TOF-MS）可以用来测定多肽的分子量，以及定量分析，它的主要优点是灵敏度高，精度好；惊奇电场离子陷阱质谱（Q-TOF MS）可以用于高通量酶解和多肽鉴定，它对蛋白质结构和修饰也有较好的解析力；离子流动管质谱（IM-MS）可以用于气态蛋白质的分析，特别是对于具有高度异构体的蛋白质有很大的优势。
总的来说，质谱技术在蛋白质分析方面有着重要的应用，可以用于蛋白质质量的鉴定、氨基酸序列的鉴定、翻译后修饰的鉴定、蛋白质拓扑结构的鉴定、蛋白质互作的鉴定以及定量分析等。
但是质谱技术也有其局限性，例如对于大型蛋白质的分析、对于蛋白质结构的鉴定有一定的困难等，因此需要采用多种技术手段相结合的方法来进行分析。
随着质谱技术的发展和应用不断拓展，蛋白质研究的深度和广度也在不断提高。
质谱技术在蛋白质研究中的应用，对于人类生命健康和疾病治疗等方面都有着重要的意义。
成像质谱技术在蛋白质鉴定中的应用
成像质谱技术在蛋白质鉴定中的应用随着生物技术的不断发展，蛋白质研究逐渐成为前沿的研究领域。
在蛋白质的鉴定、定位和分析中，成像质谱技术逐渐受到研究者的关注和青睐。
这种技术结合了质谱和成像技术，可以实现对生物样本进行高分辨率、高灵敏度的分析，有着广泛的应用前景。
本文将重点探讨成像质谱技术在蛋白质鉴定中的应用。
一、成像质谱技术的原理成像质谱技术是利用离子源将分子离子化，形成离子云，再将离子云引入质谱仪获取分子的质量信息，同时利用离子成像技术实现分子的空间分布图像。
该技术核心是质谱成像，即在同一时间内获取样品分子的质量信息和分布信息。
成像质谱技术主要由以下几个步骤组成：样品制备、质谱成像、数据处理和分析。
在样品制备阶段，需要将样品进行分离、脱附或分解，使得样品中的分子离子化。
在质谱成像阶段，通过离子源、飞行时间质谱仪等设备将离子云进行荧光成像。
在数据处理和分析阶段，可以对荧光成像数据进行处理、拟合和定量分析。
成像质谱技术的优势在于可以同时获取样品的质量信息、分子类型、空间分布等多方面的信息，对蛋白质鉴定、细胞分布、组织分析等方面有广泛应用。
二、蛋白质是生物体中重要的分子，不仅具有结构支撑、运输传递等生理功能，还参与调节基因表达、信号传递等生物过程。
因此，开发快速、准确的蛋白质鉴定技术具有重要的意义。
传统的蛋白质鉴定技术，如蛋白质电泳、Western blotting等虽然已经很成熟，但仍然存在很大的局限性。
针对这些问题，成像质谱技术因其高灵敏度、高分辨率的特点，成为了一种新的鉴定技术，并在蛋白质鉴定中展现出其独特的优势。
在成像质谱技术中，可以利用MALDI-TOF-MS法和二次离子源法进行蛋白质鉴定。
其基本原理是首先采用MALDI二次离子源技术将蛋白质物质解离成单独氨基酸残基分子离子；然后将分散的离子逐一形成，将它们送入飞行时间质谱仪中，测量质谱质量；最后可通过图像处理系统，成像整个样品分布，得到不同分子的质谱和空间分布信息。
生物质谱技术在蛋白质组学中的应用
生物质谱技术在蛋白质组学中的应用随着科技的不断发展，蛋白质组学领域的研究也在不断深入。
而生物质谱技术作为蛋白质组学研究的关键技术之一，对于研究蛋白质的结构、功能和变化等方面提供了重要的帮助。
下面将从生物质谱技术在蛋白质的定量分析、结构鉴定和功能研究等方面的应用，探讨它在蛋白质组学中的重要作用。
一、生物质谱技术在蛋白质的定量分析中的应用对于大量、复杂的蛋白质样品，生物质谱技术可以利用质谱图谱进行高通量的鉴定和定量分析。
其中，质谱定量分析技术主要包括同位素标记定量和区域积分定量。
同位素标记定量技术需要在不同状态下使用化学标签，例如ICAT（同位素标记反向标记试剂）、TMT（同位素标记标记试剂）等。
这些标记试剂可以标记样品中的不同组分，在质谱图上进行定量。
然而，这些标记试剂的数量有限，导致质谱定量的覆盖率不高。
此外，同位素标记定量技术在鉴定样品中未知蛋白质时性能较差。
相反，区域积分定量技术通过测量样品中蛋白质荷质比峰面积来进行直接定量，而不需要额外的标记试剂。
这种技术可用于定量低丰度蛋白质和鉴定未知的蛋白质，获得的定量结果更加准确和高覆盖率。
二、生物质谱技术在蛋白质的结构鉴定中的应用对于未知蛋白质样品，为了进行结构鉴定和功能研究，需要了解其氨基酸序列、翻译后修饰以及三级结构等信息。
生物质谱技术在这方面也提供了强大的支持。
质谱技术在测量样本时将重要的信息转换为荷质比，然后可以根据这些数据计算出蛋白质质量和序列中每个氨基酸的质量。
其中，两种主要的质谱技术是Q-TOF和LC-MS/MS。
Q-TOF是液体色谱-四极杆飞行时间质谱的缩写，是一种高分辨率、精确质量测量的质谱技术。
LC-MS/MS作为一种高通量技术，可以对复杂的样品进行快速、准确的鉴定和结构分析。
三、生物质谱技术在蛋白质的功能研究中的应用生物质谱技术可以用来很好地理解蛋白质分子的表面性质和与其他分子的相互作用。
例如，蛋白质的亲和性可通过质谱扫描技术进行测量。
质谱仪在生物医学研究领域中的应用
质谱仪在生物医学研究领域中的应用引言：质谱仪作为一种高效、精确的分析仪器，在生物医学研究领域中扮演着重要的角色。
它能够对生物样品中的分子进行精确的检测和鉴定，为科学家们提供了宝贵的数据和信息。
本文将详细介绍质谱仪在生物医学研究中的应用，并探讨其在蛋白质组学、代谢组学和药物研发等方面的重要作用。
一、质谱仪在蛋白质组学研究中的应用1. 蛋白质鉴定和定量蛋白质是生物体内重要的功能分子，研究蛋白质的鉴定和定量对于理解生物体的功能和疾病机制至关重要。
质谱仪通过质量分析技术，可以快速且准确地鉴定样品中的蛋白质，并实现对其定量。
从而帮助科学家们在疾病相关蛋白的筛选和生物标志物的发现方面取得突破性进展。
2. 磷酸化和糖基化蛋白质的分析磷酸化和糖基化等修饰在蛋白质功能调控中起着至关重要的作用。
质谱仪可以通过磷酸化和糖基化特异性的质量分析技术，对蛋白质样品中的修饰位点进行鉴定，以揭示其功能和调控机制。
这为疾病的筛选和治疗提供了重要的线索。
二、质谱仪在代谢组学研究中的应用1. 代谢物的鉴定和定量代谢物是生物体内代谢过程的产物，对代谢物的鉴定和定量能够帮助科学家们深入了解代谢通路和生物体的生理状态。
质谱仪通过对代谢物进行质量分析，可以快速、高效地鉴定和定量代谢物，为代谢通路的研究和生物医学研究提供重要的信息。
2. 叶酸代谢的研究叶酸代谢在细胞分裂、DNA合成和蛋白质合成等生理过程中起着重要的作用。
质谱仪可以通过分析代谢物样品中的叶酸代谢产物，揭示叶酸代谢通路的变化，从而帮助科学家们了解叶酸代谢与疾病的关系，并为相关疾病的诊断和治疗提供重要依据。
三、质谱仪在药物研发中的应用1. 药物代谢动力学研究药物代谢动力学研究是药物研发过程中十分重要的环节之一。
质谱仪可以通过对生物体内药物及其代谢产物的质量分析，帮助科学家们了解药物在体内的代谢速率、代谢位点和代谢产物等信息，为药物的剂型设计和给药方案提供指导。
2. 药物残留的检测药物残留的检测对于确保食品和饮用水的安全至关重要。
质谱分析在蛋白质组研究中的应用
质谱分析在蛋白质组研究中的应用蛋白质组学是以高通量技术为基础的研究生物体内所有蛋白质的种类、结构、功能和相互作用等方面的学科。
其中蛋白质组的定量分析是其中的重要研究方向之一。
质谱技术的发展和应用，使得蛋白质组学研究对蛋白质及其组分的定性、定量及质量雷达分析能力有了很大突破。
本文将对质谱分析在蛋白质组研究中的应用进行整理和介绍。
定性分析质谱分析可通过分析蛋白质化学成分、氨基酸序列以及蛋白质的结构信息等方面，实现蛋白质的定性分析。
其中，质谱分析在分析蛋白质翻译后修饰以及亚位点分析等方面表现出突出的优势。
例如，蛋白翻译后修饰是人们对蛋白质的一个重要关注点。
基于质谱分析的修饰特异性及位置信息定量可以对蛋白质进行有效的鉴定和分析。
这可以通过分析某些修饰化学反应后，所产生的质谱图来确定修饰类型和位置信息。
此外，质谱分析还可以实现蛋白质亚位点的分析，通过对蛋白质内部不同区域的工作作用分析，为分子生物学提供更精确的分子表达方式。
定量分析质谱分析可以测量样品中蛋白质的绝对或相对量，从而实现蛋白质的定量。
相对定量和绝对定量是质谱定量的两种主流方法。
在相对定量中，通过仪器检测并比较一组样品中蛋白质组分的丰度，可以得到相对的表达水平。
常用的LC-MS / MS和二维凝胶电泳联用方法，通过质谱技术分别测量样品中蛋白质含量并将数据进行比较，这种方法分辨率很高，对于样品数量较多、大量比较的高通量筛选非常有效。
在绝对定量方面，常用技术为同位素标记技术。
同位素标记化学乘法和四色标记化学乘法用于仪器检测样品中不同蛋白质的相对量。
质谱放射免疫分析法可以通过直接检测同位素标记化学成分来计算蛋白质的相对数量，因此它也是一种常用的同位素标记技术。
质量谱高分辨质谱是质谱分析的一种重要手段。
利用质谱仪与分离技术相结合，可以检测简单受体，多肽，大蛋白质和在细胞或体内的蛋白质组分。
现在的高分辨质谱仪通常具有高的质量分辨率、灵敏度和准确度，可以检测蛋白质的几乎所有特征。
质谱分析技术在蛋白纯化中的应用
质谱分析技术在蛋白纯化中的应用蛋白质是生物体中广泛存在的一类分子，其结构和功能对维持细胞的正常运作起着至关重要的作用。
在研究和应用领域，对蛋白质的纯化和定性分析成为了必不可少的工作。
质谱分析技术作为一种高效、准确的蛋白质分析手段，在蛋白纯化中发挥着重要的作用。
本文将简要介绍质谱分析技术在蛋白纯化中的应用。
一、质谱分析技术简介质谱分析技术是一种通过对样品中离子的质量和相对丰度进行测量和分析来研究样品成分和结构的方法。
它基于样品中化合物的离子化和离子分离的原理，通过对生成的离子进行质谱仪检测，获得样品化合物的质谱图谱。
质谱分析技术具有高灵敏度、高分辨率、高特异性和广泛的分析范围等特点，被广泛应用于生物医药、环境监测、食品安全等领域。
二、质谱分析技术在蛋白质纯化中的应用1. 质谱分析技术在蛋白质质量分析中的应用在蛋白质纯化过程中，通过质谱分析技术可以准确测定目标蛋白的相对分子质量。
通过使用质谱仪对蛋白质样品进行离子化，利用离子的质荷比对蛋白质进行精确质量测定。
这种方法可以用来判断蛋白纯化过程中是否出现了杂质，同时也可以帮助确定纯化后的目标蛋白是否符合预期。
2. 质谱分析技术在蛋白质结构研究中的应用质谱分析技术在蛋白质结构研究中发挥着重要的作用。
通过质谱分析技术，可以对蛋白质的肽段序列和肽段修饰进行分析和研究。
例如，通过质谱分析技术可以确定蛋白质中的氨基酸序列、糖基化修饰和磷酸化修饰等。
这些信息对于理解蛋白质的结构和功能具有重要意义。
3. 质谱分析技术在蛋白质相互作用研究中的应用蛋白质相互作用是细胞中重要的调控过程，也是许多疾病发生发展的关键环节。
通过质谱分析技术，可以研究蛋白质之间的相互作用关系。
例如，可以利用质谱分析技术鉴定和确定蛋白质相互作用所形成的复合物，并研究其结构和功能。
4. 质谱分析技术在蛋白质定量分析中的应用质谱分析技术具有高灵敏度和高特异性的特点，可以准确测定目标蛋白的含量。
在蛋白质纯化过程中，通过质谱分析技术可以定量目标蛋白质的浓度，评估纯化效果和纯度。
色谱质谱技术在蛋白质组学中的应用
色谱质谱技术在蛋白质组学中的应用随着人类基因组计划的完成，人们对于生命体内各种蛋白的结构、功能及意义日益明确，尤其是蛋白质组学领域。
蛋白质组学是通过对生物体中所有蛋白质的组成、结构、功能、调控及互作关系进行系统的研究，最终确定生物体的蛋白质组成和表达情况的学科。
在研究中，色谱质谱技术成为了蛋白质组学领域中不可缺少的一部分。
一、蛋白质的提取和纯化在进行蛋白质组学实验前，需要对所研究的生物体或组织进行蛋白质的提取和纯化。
在这个过程中，色谱技术发挥了重要的作用。
比如，使用离子交换层析色谱技术，可以将带电荷的蛋白质从其他分子中分离出来。
二、质谱技术的应用1. 质谱技术可以定量分析蛋白质的表达量质谱技术可以通过测量蛋白质的质量和数量，来分析蛋白质的表达量。
通过将样品制备成肽段，然后在质谱仪中对其进行测量，可以得到该肽段的质量和强度，从而推断出蛋白质的表达量。
这种方法比传统的蛋白质识别方法更加准确和快速。
2. 质谱技术可以确定蛋白质的结构和序列蛋白质的结构和序列是蛋白质在生理功能上起作用的基础，因此，通过质谱技术对蛋白质的结构和序列进行分析，可以更好地理解蛋白质的生理机制。
质谱技术可以通过比对蛋白质数据库中的序列，来确定蛋白质的序列，从而更好地了解它的结构和功能。
3. 质谱技术可以分析蛋白质之间的相互作用蛋白质之间的相互作用对于生物体内各种生理过程具有重要的作用。
通过质谱技术可以分析蛋白质之间的相互作用，如蛋白质-蛋白质相互作用或蛋白质-小分子相互作用，从而了解它们在生理机制中的作用。
三、结论总之，色谱质谱技术在蛋白质组学中的应用十分广泛，可以帮助研究人员更加深入地了解蛋白质的结构和功能，并且有助于研究人员更好地理解生理过程与疾病的发生机制，为研究新药物和治疗疾病提供有力的理论和实验支持。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
蛋白质是生物体中含量最高，功能最重要的生物大分子,存在于所有生物细胞,约占细胞干重质量的50%以上。
随着生命科学及生物技术的迅速发展，生物质谱目前已成为有机质谱中最活跃，最富生命力的前沿研究领域之一。
1 质谱分析的特点与方法
1.1 质谱分析具有很高的灵敏度，能为亚微克级试样提供信息，能最有效地与色谱联用，适用于复杂体系中痕量物质的鉴定或结构测定，同时具有准确性、易操作性、快速性及很好的普适性。
1.2 质谱分析的方法质谱分析的软电离技术主要有下列几种：（1）电喷雾电离质谱；（2）基质辅助激光解吸电离质谱；（3）快原子轰击质谱；（4）离子喷雾电离质谱；（5）大气压电离质谱。
以前三种近年来研究最多，应用也最广泛。
2 蛋白质的质谱分析
2.1 蛋白质的质谱分析原理原理是通过电离源将蛋白质分子转化为气相离子，然后利用质谱分析仪的电场、磁场将具有特定质量与电荷比值（M/Z值）的蛋白质离子分开来，经过离子检测器收集分离的离子，确定离子的M/Z值，分析鉴定未知蛋白质。
2.2 蛋白质和肽的序列分析现有的肽和蛋白质测序方法包括N末端序列测定的化学方法Edman法、C末端酶解方法、C末端化学降解法等，这些方法都存在一些缺陷。
在这种背景下，质谱由于很高的灵敏度、准确性、易操作性、快速性及很好的普适性而倍受科学家的广泛注意。
在质谱测序中，灵敏度及准确性随分子量增大有明显降低，所以肽的序列分析比蛋白质容易很多。
近年来随着电喷雾电离质谱（ESI）及基质辅助激光解吸质谱（MALDI）等质谱软电离技术的发展与完善，极性肽分子的分析成为可能，检测限下降到fmol级别，可测定分子量范围则高达100000Da,目前基质辅助的激光解吸电离飞行时间质谱法（MALDI TOP MS）已成为测定生物大分子尤其是蛋白质．多肽分子量和一级结构的有效工具，也是当今生命科学领域中重大课题——蛋白质研究所必不可缺的关键技术之一，目前在欧洲分子生物实验室（EMBL）及美国、瑞士等国的一些高校已建立了MALDI TOP MS蛋白质一级结构（序列）谱库，能为解析FAST谱图提供极大的帮助，并为确证分析结果提供可靠的依据。
2.3 蛋白质谱分析方式 a.蛋白图谱，即用特异性的酶解或化学水解的方法将蛋白切成小的片段，然后用质谱检测各产物肽分子量，将所得到的肽谱数据输入数据库，搜索与之相对应的已知蛋白，从而获得待测蛋白序列。
将蛋白质绘制“肽图”是一重要测列方法。
b.利用待测分于在电离及飞行过程中产生的亚稳离子，通过分析相邻同组类型峰的质量差，识别相序的氨基酸残基，其中亚稳离子碎裂包括“自身”碎裂及外界作用诱导碎裂。
C.与Edman法有相似之处，即用化学探针或酶解使蛋白或肽从N端或C端逐一解下氨基酸残基，形成相互间差一个氨基酸残基的系列肽，名为梯状测序，经质谱检测，由相邻峰的质量差知道相应氨基酸。
（1）蛋白消化：蛋白的基因越大，质谱检测的准确率越低。
因此。
在质谱检测之前，须将蛋白消化成小分子的多肽，以提高质谱检测的准确率。
一般而言，6-20个氨基酸的多肽最适合质谱仪的检测。
现今最常用的酶为胰蛋白酶，它于蛋白的赖氨酸和精氨酸处将其切断。
因此，同一蛋白经胰蛋白酶消化后，会产生相同的多肽。
（2）基质辅助激光解吸电离/飞行时间质谱测量法（MALDI TOP MS）：简而言之，基质辅助激光解吸电离/飞行时间质谱测量仪是将多肽成分转换成离子信号，并依据质量/电荷之比来对该多肽进行分析，以判断该多肽源自哪一个蛋白。
待检样品与含有在特定波长下吸光的发光团的化学基质混合，此样品混合物随即滴于一平板或载玻片上进行发挥，样品然后置
于激光离子发生器。
激光作用于样品混合物，使化学基质洗手光子而被激活。
此激活产生的能量作用于多肽，使之由固态样品混合物变成气态。
由于多肽分子倾向于吸收单一光子，故多肽离子带单一电荷。
这些形成的多肽离子直接进入飞行时间质谱分析仪。
最后，由电脑软件将探测器录得的多肽质量/电荷比值数据库中不同蛋白经蛋白酶消化后所形成的特定多肽质量/电荷比值进行比较，以鉴定该多肽源自何种蛋白，此法成为多肽质量指纹分析。
基质辅助激光解吸电离/飞行时间质谱测量法操作简便，敏感度高，同时许多蛋白分离方法相匹配，而且，现有数据库中，有充足的关于多肽/电荷比值的数据，因此成为许多实验室的首选蛋白质谱鉴定方法。
（3）电子喷雾电离质谱测量法：电子喷雾电离质谱测量法是在液态下完成，而且多肽离子带有多个电荷，由高效液相层析等方法分离的液体多肽混合物，在高压下经过一细针孔。
当样本由针孔射出时。
喷射成雾状的细小液滴，这些细小液滴包含多肽离子及水份等其他杂质。
去除这些杂质成分后，多肽离子进入连续质量分析仪，连续质量分析仪选取某一特定质量/电荷比值的多肽离子，并以碰撞解离的方式将多肽离子碎裂成不同电离或非电离片段。
随后，依质量/电荷比值对电离片段进行分析并汇集成离子谱，通过数据库检索，由这些离子谱得到该多肽的氨基酸序列，依据氨基酸序列进行的蛋白鉴定较依据多肽质量指纹进行的蛋白鉴定更准确可靠。
而且，氨基酸序列信息即可通过蛋白氨基序列数据可检索，也可通过核糖核酸数据库检索来进行蛋白鉴定。
3 蛋白质质谱分析的应用
1981年首先采用FAB双聚焦质谱测定肽分子量，分析十一肽（Mr=1318），质谱中出现准分子离子[M+1]+=1319强峰。
分子量小于6kDa肽或小蛋白质和使用FAB质谱分析，更大分子量的多肽和蛋白质可用MALDI质谱或ESI质谱分析。
用MALDI-TOF质谱分析蛋白质最早一列是Hillen Kramp等于1988年提出用紫红激光以烟酸为基质在TOF谱仪上测出质量数高达60Kda蛋白质，精确度开始只有0.5%，后改进到0.1-0.2%。
质谱技术主要用于检测双向凝胶电泳或“双向”高效柱层析分离所得的蛋白质及酶解所得的多肽的质量，也可用于蛋白质高级结构及蛋白质间相互作用等方面的研究3条肽段的精确质量数便可鉴定蛋白质。
近年来，串联质谱分析仪发展迅猛，其数据采集方面的自动化程度、检测的敏感性及效率都大大提高，大规模数据库和一些分析软件的应用使得串联质谱分析仪可以进行更大规模的测序工作。
目前，利用2D电泳及MS技术对整个酵母细胞裂解产物进行分析，已经鉴定出1484种蛋白质，包括完整的膜蛋白和低丰度的蛋白质；分析肝细胞癌患者血清蛋白质组成分，并利用质谱进行鉴定磷酸化蛋白研究工作及采用质朴技术研究细胞源神经营养蛋白的分子结构等。
肽和蛋白的质谱序列测定方法具有快速、用量少、易操作等优点，随着各种衍生化方法和酶解方法的改进，蛋白双向电泳的应用以及质谱技术的不断完善，质谱将会成为多肽和蛋白质分析最有威力的工具之一。