借助基因组数据研究真菌的基础生物学问题
真菌生物技术的研究与应用
真菌生物技术的研究与应用真菌是一类特殊的生物，其具有丰富的生物多样性并拥有着广泛的生态角色。
在自然界中，真菌可以分解有机物质、进攻其他生物、促进植物生长等等。
此外，真菌还可以合成各种有用的化合物，如药物、原料、香料等等。
因此研究真菌生物技术及其应用可谓是意义重大。
1. 真菌生物技术的研究a. 研究真菌代谢途径真菌可以利用多种代谢途径合成出各种有用的化合物。
因此，研究真菌的代谢途径是认识和利用真菌的基础。
在研究真菌代谢途径时，可以通过基因组学、转录组学和蛋白质组学等手段来揭示真菌的代谢途径和代谢产物，进而有效地利用真菌产生所需的物质。
b. 研究真菌基因组真菌基因组的解析，可以更好地了解真菌的遗传机制，并发现出真菌丰富多样的基因组数据。
例如，在腐朽的树木或变质的食物中发现的真菌，其基因组的研究和解析，可以帮助我们了解这些真菌中存在的有多少抗生素、药物或其他有用的化合物。
另一方面，真菌细胞壁的生物合成是一种重要的代谢途径，其作用显著，能够帮助我们更好地了解真菌的生长与发展。
c. 研究真菌生理特性真菌生理学的研究可以帮助我们更好了解真菌的生理特性。
例如，真菌能否耐受环境污染或者在极端环境下发育繁殖，这些都需要进一步的研究和领悟。
2. 真菌生物技术的应用a. 真菌制药真菌可以产生丰富多样、副作用较小的化合物，这些化合物可以制成各种药物配方。
目前，多种真菌制备的药物已经在市场上得到了广泛的应用和推广。
有名的真菌制剂包括青霉素、红霉素等。
当然，在制造真菌药物的过程中，还需要注意发掘和研制出更多新的真菌种类，同时研制出新的药物产物。
b. 真菌产业探究真菌产业的开发，已经获取了政府和市场的广泛认可。
近年来，由于真菌含有丰富的营养物质，但是采购成本极高，导致市场上价格昂贵。
因此，探究真菌产业的潜力，发现更多的真菌资源，提高真菌生产和管理效率，将是未来真菌产业开发的重要方向。
c. 真菌的生物清洁技术真菌可以在自然环境中净化空气和土地，因为真菌会利用化合物进行有机物物质的净化释放，帮助环境得到净化和卫生。
微生物基因组学技术在病原微生物研究中的应用
微生物基因组学技术在病原微生物研究中的应用微生物基因组学技术是指应用现代分子生物学、生物信息学等技术研究微生物（例如细菌、病毒、真菌等）的基因组结构、基因表达、代谢途径、进化、毒力机制等方面的问题。
病原微生物是指能够引起人类疾病的微生物，包括细菌、病毒、真菌、寄生虫等。
微生物基因组学技术在病原微生物研究中的应用，为预防、诊断和治疗感染性疾病提供了新方法和新思路。
1. 病原微生物基因组学的研究进展病原微生物基因组学的研究始于上世纪90年代，至今已经取得了重大进展。
其中，细菌是最常见的病原微生物，也是病原微生物基因组学研究的重点对象。
早期的细菌基因组序列研究主要依靠手工实验技术，效率低下且易出错。
进入21世纪后，随着高通量测序技术的不断发展，基因组测序成为病原微生物基因组学研究的主要手段之一。
现在，大部分病原微生物的基因组序列已经被解析出来，这对于进一步揭示病原微生物的致病机制、筛选药物靶点、开发疫苗等具有重要意义。
2. 微生物基因组学技术在病原微生物诊断中的应用微生物基因组学技术在病原微生物诊断中的应用主要包括两个方面：一是基因检测，即通过检测病原微生物的基因组DNA来快速、准确地诊断感染性疾病；二是基因测序，即对病原微生物的基因组进行测序，进一步确认病原微生物的种类和分子特征。
基因检测可以快速地鉴定致病微生物，不需要繁琐的培养过程。
例如，采用PCR技术检测病毒的基因组DNA可以在几小时内获得检测结果。
同样，采用PCR 技术检测细菌的毒力基因可以帮助鉴定是否存在毒力菌株，指导治疗方案的制定。
目前，商用的基因检测试剂盒已经广泛应用于临床检测中。
基因测序是一项高通量的技术，可以用来全面了解病原微生物的基因组结构、基因表达、代谢途径、进化等基本信息。
对于分子流行病学研究来说，基因测序可以帮助快速鉴定病原微生物的种类、亚型和分布情况。
在疫情爆发时，对病原微生物进行基因测序可以更加准确地了解病毒演化过程，为快速应对疫情提供科学依据。
真菌多样性与组成的分析方法研究
真菌多样性与组成的分析方法研究随着人们对于微生物的认识逐渐深入，真菌作为一种重要的微生物，在生态系统中的地位也越来越重要。
真菌是一类可以在各种生境中生长繁殖的生物，它们可以以植物、动物、泥土、水体等为生存的依托，扮演着重要的角色。
在自然界中，真菌对于生态系统的维持和稳定性发挥着不可替代的作用。
同时，真菌的多样性也是人类认识和探究自然界的珍贵资源。
因此，对于真菌多样性与组成的研究事关人类未来的可持续发展。
一、真菌多样性的意义真菌是一类进化历史悠久、数目庞大、种类繁多的微生物，它们在生态系统中扮演着重要的角色。
首先，真菌是生物圈中最早形成的微生物之一，可以将死亡的有机物质分解，将碳、氮、磷等元素重新释放到生态系统中，维持着生态系统的稳定性。
其次，真菌还可以与植物形成共生，促进植物生长发育，扩大了植物的分布范围。
再次，真菌也能够直接或间接地为人类提供食物、药物等资源。
比如，人类的面包、啤酒、奶酪等都是由酵母等真菌发酵制成的。
此外，真菌还是许多药物的来源之一，比如青霉素等抗生素就是由红曲霉等真菌分泌而成。
由此可见，真菌多样性的研究是十分必要的。
二、真菌分析方法的种类及原理1. 基于形态的分析基于形态的分析是指通过观察真菌的形态、色泽、大小、结构等特征来进行的真菌分类研究方法。
这种方法适用于分离出的真菌数量较少且具有明显的形态特征的情况。
不过，这种方法的局限性在于可能会出现形态相似的不同种真菌的情况，从而误导分析结果。
2. 基于分子生物学的分析基于分子生物学的分析是通过真菌的基因序列信息来进行分类研究的方法。
这种方法可以通过分离真菌的DNA或RNA并进行测序，从而获得真菌的基因组信息。
基于这种方法，研究人员可以准确地分辨出不同物种之间的区别，还可以探究真菌的进化历程和群体遗传学等方面的问题。
这种方法优点是高效、准确、可重复性强。
3. 基于生态位的分析基于生态位的分析是通过对真菌所处生态位的描述、分析和比较来进行分类研究的方法。
真菌基因组学的研究
真菌基因组学的研究真菌基因组学是研究真菌基因组的学科，它在近年来得到了越来越多的关注。
真菌在生态系统中扮演着重要角色，具有重要的经济和生物医学价值。
随着技术的不断发展，真菌基因组学的研究进入了一个新的时代，为我们更好地认识真菌的生物学、生态学和进化学打开了新的大门。
一、真菌基因组的结构和功能真菌是一类异养生物，它们以有机物为营养来源，广泛分布于自然界中的各种环境中。
不同的真菌具有不同的基因组大小和复杂度，有些基因组相对简单，而有些基因组则非常复杂。
真菌基因组由单一的线性或环状染色体组成，其中包含了数千个基因。
这些基因包括了所有的蛋白质编码基因，以及许多非编码RNA、转座子等。
真菌基因组还包括了许多非编码序列，这些序列对于调节基因表达等方面也很重要。
真菌基因组还具有许多特殊功能。
例如，它们具有高度的基因密度，和相对较小的基因内和基因间距离。
这意味着真菌具有高度的基因紧密排列和大量的共同转录单元。
此外，真菌基因组还具有高度的基因灵活性，可以通过基因重组等方式产生大量的变异，提高其适应环境的能力。
二、真菌基因组学的研究方法真菌基因组学研究的方法逐步从单个物种的全基因组测序向多个物种的比较基因组学研究转变。
多个物种比较的策略可以帮助我们深入了解真菌生物学的多个方面，比如线粒体和叶绿体基因组、真菌早期演化趋势、基因家族复制和与不同物种的冗余功能等。
真菌基因组学的研究方法包括基因组测序、拼接和注释、基因组组装、基因预测和注释。
其中，基因预测和注释是真菌基因组学的关键步骤，也是最具挑战性的步骤。
在这个过程中，需要将大量的基因序列与不同物种的生物结构、基因功能和进化过程之间进行比较，以评估其相似性和差异性。
除了这些传统的方法之外，一些新的技术也被应用于真菌基因组学的研究中。
例如，单细胞测序、新一代测序技术和重复组分测序技术等。
这些新技术的应用对真菌基因组学的研究具有重要意义，可提高真菌基因组的质量和精密度。
三、真菌基因组学的应用前景真菌基因组学的研究具有广泛的应用前景，涵盖了许多不同的领域。
医学真菌基因组学研究进展(上)
“ 基 因组 学 ” 概念 ， 紧接着的 “ 人 类 基 因组 计 划 ” 带 动 了模 式 生 物 和 其 他 重 要 生 物 体 基 因组 学 的研 究 ｊ 。阐明各 种生 物基 因组 Ｄ Ｎ Ａ中碱基 对 的序列
全基 因组 测序 ， 不 仅是 酵母 菌 的一 个 革命 性 的里 程 碑， 也激起 了真核 生物基 因功能 和表 达 的全球 性 研
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【 Ａｂ ｓ ｔ ｒ ａ ｃ ｔ 】 Ａ ｓ ｅ ｒ ｉ ａ ｌ ｏ ｆ ｍｅ ｄ ｉ ｃ ｌ ａ ｆ ｕ ｎ ｇ ｕ ｓ ｇ ｅ ｎ ｏ ｍｅ ｄ ａ ｔ ａ ｈ ａ ｖ ｅ ｂ ｅ ｅ ｎ ｐ ｕ ｂ ｌ ｉ ｓ ｈ ｅ ｄ ｉ ｎ ｒ ｅ ｃ ｅ ｎ ｔ ｙ ｅ ａ ｒ ｓ ， ｂ ｙ ｗ ｈ ｉ ｃ ｈ ｈ ｕ ｍａ ｎ ｃ ａ ｎ ｍ ａ ｋ ｅ ａ ｂ ｅ ｔ ｔ ｅ ｒ ｕ ｎ —
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《四株共生真菌次生代谢产物及其生物活性的研究》
《四株共生真菌次生代谢产物及其生物活性的研究》一、引言在微生物生态系统中，共生真菌扮演着重要的角色，它们与植物和其他生物之间形成复杂的共生关系。
这些共生真菌通过次生代谢产物的产生和分泌，对生态环境产生重要影响。
近年来，关于共生真菌次生代谢产物的研究逐渐成为生物学和医学领域的研究热点。
本文将重点研究四株共生真菌的次生代谢产物及其生物活性，以期为相关领域的研究提供理论依据和实验数据。
二、材料与方法2.1 实验材料本研究选取了四株共生真菌作为研究对象，分别为A菌株、B菌株、C菌株和D菌株。
这些菌株均来自不同的生态环境，具有较高的研究价值。
2.2 实验方法（1）菌种培养：将四株共生真菌分别在适宜的培养基上进行培养，观察其生长情况。
（2）次生代谢产物的提取：采用不同的提取方法，如溶剂提取法、超声波辅助提取法等，从四株共生真菌中提取次生代谢产物。
（3）生物活性检测：通过细胞毒性试验、抗肿瘤试验、抗氧化试验等方法，检测四株共生真菌次生代谢产物的生物活性。
三、实验结果3.1 菌种培养结果经过适宜条件下的培养，四株共生真菌均生长良好，且形态特征明显。
3.2 次生代谢产物的提取结果采用不同的提取方法，成功从四株共生真菌中提取出次生代谢产物。
通过质谱、核磁共振等手段，鉴定了产物的化学结构。
3.3 生物活性检测结果（1）细胞毒性试验：经过细胞毒性试验，发现四株共生真菌的次生代谢产物对多种肿瘤细胞系具有显著的抑制作用，且具有一定的选择性。
（2）抗肿瘤试验：通过体内抗肿瘤试验，证实了四株共生真菌的次生代谢产物在动物模型中具有明显的抗肿瘤作用。
其中，D菌株的次生代谢产物表现最为突出。
（3）抗氧化试验：经过抗氧化试验，发现四株共生真菌的次生代谢产物均具有一定的抗氧化能力，其中C菌株的次生代谢产物抗氧化能力较强。
四、讨论根据实验结果，我们可以得出以下结论：四株共生真菌均具有产生次生代谢产物的能力，且这些产物具有显著的生物活性。
在抗肿瘤方面，D菌株的次生代谢产物表现最为突出；在抗氧化方面，C菌株的次生代谢产物表现较好。
建立基因组数据库及其在生物学研究中的应用
建立基因组数据库及其在生物学研究中的应用近年来，随着高通量测序技术的迅速发展和应用，对于生物数据的需求也越来越大。
在这样的背景下，基因组数据库应运而生，并成为生物学研究的重要基础。
本文将探讨如何建立一个完善的基因组数据库和其在生物学研究中的应用。
一、建立基因组数据库的流程建立一个基因组数据库需要遵循一定的流程。
首先，需要进行基因组测序和处理。
基因组测序可以使用多种高通量测序技术，包括Illumina、PacBio等，并且还可结合不同的文库构建方法，如mate-pair read library、long-read library等，以提高测序准确率和数据质量。
其次，进行基因组注释。
基因组注释是一个非常重要的步骤，可以为后续的基因功能分析和基因组进化研究提供细胞器基因、mRNA注释、蛋白质编码序列预测等丰富的数据信息。
最后，将基因组数据存储于数据库中。
数据库的构建需要综合考虑多种因素，如数据存储、访问速度、数据安全等方面，以确保数据库的稳定性和可靠性。
二、基因组数据库在生物学研究中的应用基因组数据库已经成为了生物学研究的标配，其应用涉及到生物进化、诊断治疗、农业等多个领域。
以下将结合具体的生物研究案例，探讨基因组数据库在生物学研究中的应用。
1、基因功能注释基因的功能注释是一个重要的研究领域。
目前，基因组数据库提供了大量的基因组注释数据，可以辅助研究人员进行细胞器基因定位、基因正则化、启动子调控区等重要基因组信息的分析。
例如，PANTHER数据库为人、鼠和果蝇等多种生物提供了基因功能分类和注释信息。
2、基因组进化研究基因组进化研究是一个重要的生物学研究领域。
基因组数据库为研究人员提供了大量的数据资源，支持比较基因组学研究，如PhyloDB数据库为研究人员提供了植物和真菌等多种生物的进化关系信息。
3、病原体快速检测和诊断基因组数据库可以支持病原体的快速检测和诊断。
一些已建立的细菌、病毒等生物学基因组数据库可以方便信息检索，如NCBI的GenBank和ENA，这些数据库为病原体PCR检测和疾病预防控制等工作提供了重要支持。
酵母菌基因组学研究
酵母菌基因组学研究酵母菌是一种单细胞真菌，自古以来就被广泛应用于人类生产与生活中。
随着分子生物学和基因组学等技术的发展，研究酵母菌基因组可以深入探究酵母菌的遗传学与生理学特性，为实现酵母菌在生产中的应用和开发新型抗生素等方面提供基础研究支持。
本文将介绍酵母菌基因组学的相关内容。
一、酵母菌的基因组酵母菌的基因组上共包含了约6000个基因，其染色体数量随着不同物种而异。
例如，热带酵母(Blastobotrys adeninivorans)拥有8条染色体，而香蕉酵母(Saccharomyces cerevisiae)仅拥有16条染色体。
此外，酵母菌的基因组大小也存在差异，其基因组大小范围通常为10-20Mb，其中大部分为非编码序列。
酵母菌基因组中还存在有一些特殊的序列，如rDNA、tRNA和转座子等。
二、酵母菌的转录组学研究酵母菌基因组的一大内容是研究其表达谱，也就是研究酵母菌的转录组学。
转录组学研究成果表明，酵母菌基因表达受时间、环境、营养等多种因素的控制。
研究结果表明，虽然酵母菌基因组简单，但是其调控过程却十分复杂，其中存在许多独特的调节机制。
其中，丝氨酸/苏氨酸激酶(MAPK)通路是酵母菌调节基因表达的重要途径，并经常参与对酵母菌生长和发育的调节。
三、酵母菌的转录因子酵母菌的转录因子指的是在转录过程中参与DNA结构变化和RNA聚合反应的蛋白质。
不同类型的转录因子分别与某些特定的序列作用，并在某些条件下进行加强或减弱，从而影响基因表达。
酵母菌中有数百种转录因子，在其功能调节方面已经得到较为深入的研究。
例如，Msn2和Msn4是酵母菌体内两个与细胞应激反应相关的转录因子，它们的核转运受到MAPK通路的调控并参与细胞内的反应去。
四、酵母菌的蛋白体组学蛋白体组学指的是研究生物蛋白质组成和分子结构的学科。
酵母菌蛋白体组学研究依赖于质谱技术、正向遗传学和后向遗传学等多种手段，这些工具为研究蛋白质互作、蛋白质与DNA的结合以及蛋白质修饰等过程提供了重要的支持。
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壶菌门：九个目
接合菌门：5个亚门，10个目
• 接合真菌代表了大多的陆生真菌门，主要特征是从有鞭毛孢子 到无鞭毛孢子的形成，孢囊孢子和接合孢子。 • 游动孢子的壶菌门的主要特征是具有鞭毛的游动孢子，可以在
水生环境中生存.
• 两个门的真菌有可以以活体寄生或内生丛植菌根营养方式。 • 这是真菌具有生境和营养类型的适应性变化特点，在与植物、 动物、真菌和人类的关系表现出不同的形态特点。
• 2010年，在上海举办的“2009中国真菌基因组研讨会”上起草了中国
真菌基因组计划白皮书，旨在关注中国真菌基因组研究的深度、范围 和质量。
• 2011年，美国能源部启动了“千种真菌基因组计划” Fungal Genomics
Program (FGP)。该计划的主旨是关注真菌与植物/原料、健康、生物质 降解和可再生资源等领域。
• Rhizopus oryzae 基因组深度分析发现，在进化早期发生了全基因加倍 事件whole-genome duplication (WGD)。 • WGS导致与电子呼吸传递链、H+-ATP酶、泛素化蛋白酶体系统的几乎
所有的蛋白复合体亚单位加倍。
• 也导致与细胞生长、细胞壁合成酶、信号传导、分泌性天冬氨酸蛋白 酶和枯草杆菌蛋白酶家族的基因发生明显的扩张。
Chytridiomycota壶菌门
Spizellomycetales小壶菌目 • 该目的成员主要营腐生或寄
生，主要在土壤、落叶堆积
物、角质等。 • Spizellomyces punctatus 毛虫 小壶菌 • 基因组大小24.131Mb，8804
个预测蛋白，8779个OFR。
Neocallimastigomycota新丽鞭毛菌门
及其他有机残渣中，也包括一些植物、蘑菇的致病菌。
• 食品工业方面，某些毛霉可以用于制作柠檬酸、琥珀酸、酒精 和草酸等。
Mucoromycota 毛霉亚门
• 接合菌门中的28个基因组计划，其中21个在毛霉亚门下面。目前完成 的有4个。
卷枝毛霉菌
Mucoromycota 毛霉亚门
• • • Mucor circinelloides卷枝毛霉菌 在一定程度上具有明显的向光性。 卷枝毛霉在氧气充足的条件下以菌丝态生长， 在厌氧或高二氧化碳浓度下以酵母态生长。 • 菌丝-酵母态及孢子的大小的改变主要依赖于 钙调磷酸酶通路，在这些不同状态下，该菌 的毒力大小不同。 • 基因组大小36.55Mb，12410个基因，GC 39.5%。
• 麦角甾醇的生物合成途径也发生加倍。
Mucoromycota 毛霉亚门
• Lichtheimia spp. 横梗霉属 • 分布广泛，土壤和腐烂的有机物，也是一个非常重要的人和动物的深 层次组织感性致病菌。特别是第二第三世界国家，发病率较高。
• 耐热性真菌，最高可耐受55度高温。
• 基因组测序工作开展在不同致病力上的一些菌株，结果表明感染人体 的致病力高的菌株（L. corymbifera）发生了独立的进化使其获得了特
殊的致病机制。
Mucoromycota 毛霉亚门
• Phycomyces blakesleeanus 胡须霉 • 特点就是气生菌丝粗壮有力，接合孢子囊外围有明显的支链附属物， 较易辨别。
• 腐生与土壤或食草动物粪便，世界性分布，以温带气候分布最广。
• 胡须霉对光敏感，曾被直接用于向光性研究。 • 胡须霉基因组53.9Mb，16532个基因。
陆生、无鞭真菌——接合菌类真菌
• 孢囊孢子是其无性繁殖的主要方式，此外还可以产生厚垣孢子、 粉孢子、节孢子。 • 在一定条件下也是人的致病菌，威胁到人类健康，如毛霉病菌，
在一些免疫功能低下的病人如糖尿病、癌症或AIDS患者身上的
死亡率达50%以上。 • 该门的不少真菌在食品工业方面也有很好的应用。
• 因千种基因组计划的待选样品在科的级别，因此同时衍生出了真菌生
命进化树计划Assembling the Fungal Tree of Life (AFTOL)。
从基因组角度系统的理解真菌的基础进化谱系
水生、游动孢子真菌（Zoosporic）
• 具鞭毛的游动孢子
– Blastocladiomycota 芽枝霉菌门（1/2） – Chytridiomycota 壶菌门（3/11） – Neocallimastigomycota 新丽鞭毛菌门（0/9）
Chytridiomycota壶菌门
• 壶菌门的大多数为寄生真菌：藻类、植物和动物。 • Batrachochytridium dendrobatidis（Bd）
• 很多两栖类动物的病原菌（青蛙、蝾螈等350种两栖类动物，除南极外
各大洲广泛分布）。
Chytridiomycota壶菌门
• Bd ：23.722Mb，8818假定基因，8806ORF
现基因组时代：我们获得了什么？
• 新旧前年交接之际，2002年，在麻省理工学院布罗德学院和哈佛大学 共同发起了“真菌基因组计划” Fungal Genome Initiative (FGI)，优先 考虑一些重要真菌的基因组测序工作。 • 2007年，布罗德学院在2007年，作为发起单位，发起了“多细胞生物 起源”计划Origins of Multicellularity Project。
Mortierellomycotina被孢霉亚门
• 该亚门的典型特征是蛛网状、分支状的纤细菌丝结构，最初多核，形 成白色或近白色的经常带有环形的菌落。 • 腐生，常可从土壤、粪便、叶片、木头、菌物或其他有机物中分离得
到，被认为在温带森林土壤的生态中扮演着重要的角色，也有少量的
内生/外生菌根真菌。 • 喜冷，分离时要用低温分离培养。
Cryptomycota隐真菌门
• 隐真菌门Cryptomycota 暗指 “隐藏的真菌”（ hidden fungi ），异养， 后鞭毛生物，与广义上真菌的不同在于营养体阶段缺乏几丁质细胞壁 结构。 • 真菌和原生生物的主要区别是，真菌在其生活史的主要阶段有几丁质 为主要成分的完整的细胞壁结构，而原生生物缺乏细胞壁（仅在特殊 的阶段有细胞壁结构）。 • 目前该门的分类地位仍有争论。 • 该门目前有三个在测基因组项目。
总
结
• 早期的真菌分类主要基于：化石标本、生理生化标记、细胞壁、同工 酶、色素、次级代谢产物、超微结构。 • 随后，自生物技术的发展，逐渐借助于分子手段进行分类：从环境样 品的片段测序，到多基因系统发育，一直到如今的全基因组范围内的 系统发育树的构建。 • 为我们理解真菌的进化提供了新的视角。
Mortierellomycotina被孢霉亚门
• Mortierella alpina 高山被孢霉 • 产油真菌，菌体含油量可达干菌体重量的50%。 • 高山被孢霉在商业上被用作生产花生四烯酸，作为膳食脂肪。
• 基因组38.38Mb，基因组高度重复，12796个基因中50%的基因以及脂
肪酸合成途径中的60%属于多基因家族。 • 涉及脂肪代谢基因的系统发育分表明产油真菌在和子囊菌、担子菌、
• 真菌界中的特有厌氧菌类群，主要生 活在食草动物肠道内，具有复杂的酶 系，可以木聚糖、纤维素、淀粉和糖 原作为碳源。 • 菌丝体为单细胞，具有假根或假根状 菌丝体。
• 该门是单目、单科、6属，缺乏线粒体，
但具有氢化酶体，在厌氧条件下将六 碳糖分解成乙酸和甲酸。
Neocallimastigomycota新丽鞭毛菌门
应用真菌学研究进展课程
刘伟
20171028
前基因组时代：我们所知道的真菌的数量
• 目前被描述的真菌数量72000-120000（Hawksworth and Rossman 1997; Hawksworth 2001）。 • 截止2013年9月16日，315796个真菌被详细的命名和记录。
• 在一些子囊菌中有很多种因为不同的寄主、有性型、无性型问
题被描述为多个名字。 • 在真菌的基础分支中，壶菌门和接合菌门中，只有5129（1.6%） 个种被命名。
• 在真菌的基础分支中：壶菌门、球囊菌门和接合菌门下分别有 1804，449，2876个种被描述记录。 • 微孢子虫是一种专性寄生性生物，是古类群物种，在分类地位 上和真菌为姊妹群。目前有561个种被命名记录。
壶菌和毛霉进化分离后获得了特殊的产油机制。
Entomophthoromycota虫囊霉门
• 单目，Entomophthorales。 • 六科 • 最主要的是Basidiobolaceae 蛙粪霉科（两栖和爬行动物的致病性）。
• 而Entomophthoraceae虫囊霉科在作为生物防治昆虫方面具有重要的
Mucoromycota 毛霉亚门
• Rhizopus oryzae 米根霉 • 基因组测序菌株是一个分离自毛霉病死亡病例的闹脓肿（糖尿病患者 后期发展成致命的鼻脑毛霉菌病）。
• 基因组高度重复：45.3Mb，包含大量的转座元件（占基因组的20%），
17457个基因。
Mucoromycota 毛霉Байду номын сангаас门
• 繁殖方式既可以通过有丝分裂形成的多细胞孢子囊形成的游动孢子也 可以通过双倍体菌丝形成的受精卵萌发形成的配子囊，配子囊内形成
Blastocladiomycota 芽枝霉菌门
• 2006年， Timothy Y. James，rDNA系统发育分 析和超微结构确定的新 门。 • Allomyces macrogynus 大 雌异水霉 • 大雌异水霉基因组在 2010年完成，17500个假 定蛋白。
作用。 • 有5个在进行中的基因组项目。
Glomeromycota球囊菌门
• 球囊菌门的成员与大多数农业上重要的被子植物、部分裸子植物、以 及一定的苔癣植物和蕨类植物，甚至是少数的藻类形成菌根关系。泡 囊-丛植菌根真菌。 • 该门也是最古老的菌根真菌支系。 • 有一个在测基因组项目正在执行中。