玉米SSR引物合成
DB11_T507-2007玉米品种纯度及真实性SSR分子检测方法
ICS 65.020.20B 21备案号：21532-2007 DB Array北京市质量技术监督局发布前 言本标准的附录A为规范性附录，附录B为资料性附录。
本标准由北京市农业局提出。
本标准由北京市农业标准化技术委员会种植业分会归口。
本标准起草单位：北京市种子管理站、北京市农林科学院玉米研究中心、全国农业技术推广服务中心。
本标准主要起草人：贾希海、郭景伦、辛景树、律宝春、田雷、吴明生、赵久然、王凤格、云晓敏、郭慧杰。
I玉米品种纯度及真实性SSR分子检测方法1 范围本标准依据SSR分子标记原理，规定了进行玉米单交种和亲本自交系的品种纯度及真实性检测方法的仪器设备及试剂、引物筛选、试验步骤、纯度检测和真实性鉴定。
本标准适用于玉米单交种及亲本自交系的纯度及真实性检测。
2 术语和定义下列术语和定义适用于本标准。
2.1品种纯度 varietal p u rity品种在DNA分子标记带型方面典型一致的程度，用供检样品中本品种的种子数占样品种子总数的百分率表示。
2.2品种真实性 varietal genuineness供检品种与标准品种的符合程度。
2.3SSR分子标记 simple sequence repeat marker由寡核苷酸为单位的简单串联重复序列。
2.4引物 primer结合在模板DNA上的互补短链，提供3＇-OH末端作为DNA合成的起点，延伸合成模板DNA的互补链。
3 原理在玉米基因组中普遍存在着由寡核苷酸为基本单位的简单串联重复序列，品种间因其重复次数不同而存在多态性，据此可以利用适宜引物进行PCR扩增，从而检测出特定SSR位点的多态性，以鉴别品种的纯度及真实性。
4 仪器设备及试剂4.1 仪器设备PCR扩增仪；DNA序列分析电泳槽；高压电泳仪（3000V, 400mA, 400W）；电子天平（感量0.01g, 0.001g）；冰箱；微量加样器（0.5µL～10µL, 20µL～200µL, 100µL～1000µL）；磁力搅拌器；胶片观察灯；水平摇床；高压灭菌锅；酸度计等。
中国玉米新品种DNA指纹库建立系列研究Ⅲ.多重PCR技术在玉米SSR引物扩增中的应用
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增 ! 每组 - X A 对 ..# 引物 ! -D $Y 反应液中包括 #
构建玉米新品种新科19指纹图谱的SSR引物筛选
构建玉米新品种新科19指纹图谱的SSR引物筛选作者：王文洁,周联东,郭玉霞,刘经纬,刘喜存来源：《湖北农业科学》2011年第17期摘要：以玉米新品种新科１９及其亲本为材料，从５０对玉米ＳＳＲ引物中筛选出在新科１９双亲之间多态性明显、重复性较好的５对引物ｂｍｃ１７９２、ｂｎｌｇ１４９６、ｕｍｃ２１０５、ｂｎｌｇ２２９１和ｐｈｉ０６５，可用于鉴定新科１９的真实性，同时为鉴定该种子的纯度提供参考。
该方法具有准确可靠、实用性强等优点，可为生产上杂交种新科１９真实性的快捷有效鉴定提供科学依据。
关键词：玉米；杂交种；ＳＳＲ标记；真实性鉴定中图分类号：Ｓ５１３文献标识码：Ａ文章编号：0439－８114（２０11）17－3635-02ＳｃｒｅｅｎｉｎｇＳＳＲＰｒｉｍｅｒｓｆｏｒＦｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔＥｓｔａｂｌｉｓｈｍｅｎｔｏｆＭａｉｚｅＨｙｂｒｉｄＸｉｎｋｅ１９ＷＡＮＧＷｅｎ－ｊｉｅ，ＺＨＯＵＬｉａｎ－ｄｏｎｇ，ＧＵＯＹｕ－ｘｉａ，ＬＩＵＪｉｎｇ－ｗｅｉ，ＬＩＵＸｉ－ｃｕｎ（ＸｉｎｘｉａｎｇＡｃａｄｅｍｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓｏｆＨｅｎａｎ，Ｘｉｎｘｉａｎｇ４５３０００，Ｈｅｎａｎ，Ｃｈｉｎａ）Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＧｅｎｏｍｉｃＤＮＡｏｆＸｉｎｋｅ１９ａｎｄｉｔｓｐａｒｅｎｔｓｗａｓｅｘｔｒaｃｔｅｄｆｏｒｓｃｒｅｅｎｉｎｇＳＳＲｍａｒｋｅｒｓｔｈａｔｃｏｕｌd ｂｅａｐｐｌｉｅｄｉｎｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｅｓｔａｂｌｉｓｈｍｅｎｔｆｒｏｍ５０ｐａｉｒｓｏｆＳＳＲｐｒｉｍｅｒｓ．Ａｓａｒｅｓｕｌｔ，ｆｉｖｅｐａｉｒｓｏｆｐｒｉｍｅｒｓ，ｂｍｃ１７９２，ｂｎｌｇ１４９６，ｕｍｃ２１０５，ｂｎｌｇ２２９１ａｎｄｐｈｉ０６５，ｗｈｉｃｈｐｒｅｓｅｎｔｅｄ apparent ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｂｅｔｗｅｅｎｔｈｅｐａｒｅｎｔｓ，ｗｅｒｅｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄａｓｃａｎｄｉｄａｔｅｓｆｏｒ authenticity identification ｏｆＸｉｎｋｅ１９．Ｔｈｉｓｐｒｏｃｅｄｕｒｅｗｉｔｈｈｉｇｈａｃｃｕｒａｃｙａｎｄｓｔｒｏｎｇｐｒａｃｔｉｃａｌｉｔｙｗａｓａｐｐｌｉｃａｂｌｅｆｏｒｔｅｓｔｉｎｇｓｅｅｄ authenticity ｏｆＸｉｎｋｅ１９ｒａｐｉｄｌｙａｎｄｅｆｆｉｃｉｅｎｔｌｙ．Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｍａｉｚｅ（ＺｅａｍａｙＬ．）；ｈｙｂｒｉｄ；ＳＳＲｍａｒｋｅｒ； authenticity identification随着品种数量的增多以及少数骨干亲本的集中应用，玉米品种间的遗传差异越来越小，同工酶和蛋白质电泳技术已经不能有效鉴定种子的纯度和真实性。
SSR反应体系的构建及其在玉米重离子辐照育种中的应用研究
SSR反应体系的构建及其在玉米重离子辐照育种中的应用研究SSR反应体系的构建及其在玉米重离子辐照育种中的应用研究引言：玉米是我国最重要的粮食作物之一，也是全球重要的经济作物之一。
然而，玉米生长过程中常受到环境因素的影响，包括致病菌的侵袭以及自然辐射引起的基因突变。
重离子辐照育种是通过利用重离子辐射诱发植物基因突变，从而创造新的优良品种。
SSR（Simple Sequence Repeat）是一种高度多态性的DNA微卫星标记方法，广泛应用于植物遗传研究和育种工作中。
本文旨在探讨SSR反应体系的构建方法及其在玉米重离子辐照育种中的应用研究。
一、SSR反应体系的构建1. DNA提取：DNA提取是SSR分析的第一步。
一般采用传统的CTAB法或商用DNA提取试剂盒进行DNA提取，目的是获取高质量的DNA模板。
2. 引物设计：根据玉米基因组序列，设计适合玉米的SSR引物。
引物的选择应考虑多态性、位点稳定性、扩增特异性等因素。
3. PCR反应：根据引物的选择，设置合适的PCR反应体系。
常用的PCR反应缓冲液包括Taq缓冲液、MgCl2、dNTPs等，扩增温度一般为94℃预变性，然后是30-35个周期的变性（94℃）、退火（50-65℃）、扩增（72℃）。
4. 电泳分析：将PCR产物进行电泳分析，一般使用水平电泳或垂直电泳，以便观察样品中SSR位点的多态性。
二、SSR在玉米重离子辐照育种中的应用研究1. 玉米重离子辐照育种的优势：重离子辐照具有高能量、高密度的特点，可以更好地诱发基因突变，提高变异效应。
相比传统的X射线辐射育种，重离子辐照育种技术更具潜力。
2. SSR在玉米重离子辐照育种中的应用研究：SSR分析是评估辐射诱变后玉米基因组稳定性和多样性的关键工具。
利用SSR分析，可以检测重离子辐射诱变后玉米的遗传多样性，从而选择出具有优良性状的突变体。
3. 以SSR为基础的定向选育：通过SSR分析得到的突变体，可以根据其基因组特征和稳定性，进行定向选育。
SSR标记技术在玉米杂交种种子纯度测定中的应用X
序号 Code
13
材料 M aterial 丹 340 D an340
序号 Code
25
14
掖单 13 Yedan13
26
(丹 340×掖 478) (D an340×Ye478)
15
掖 478 Ye478
27
16
西玉 3 号 X iyu3
28
(掖 478×502) (Ye478×502)
17
502
关键词 玉米; SSR 标记; 杂交种纯度鉴定 中图分类号: S513 文献标识码: A
Appl ica tion of SSR M arkers in Hybr id Seed Pur ity Test of M a ize
L I X iao 2H u i2 L I X in2H a i1 L I W en2H ua2 W AN G Zhen2H ua2 M A Feng2M ing2 YU AN L i2X ing1 ZHAN G Sh i2H uang1
1. 4 数据统计 标记 SSR 扩增片段大小, 以 0、1、9 建立数据
库。在相同迁移率位置上, 有带记为 1, 无带记为 0, 缺失数据记为 9。
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板靶位点结合 2 m in, 72℃引物沿模板延伸 2 m in, ΛL。在 70W 功率下, 电泳大约 1h。然后凝胶依次
共 35 个 循 环; 最 后 在 72℃延 伸 5 m in。 4℃保 在 10% 冰乙酸中浸泡 30 m in, 水洗 2 次 (每次 3
存。 1. 3 聚丙烯酰胺凝胶 (4. 5% ) 电泳检测
玉米品种鉴定技术规程 ssr标记法
玉米品种鉴定技术规程 ssr标记法SSR（Simple Sequence Repeat）标记法是一种用于玉米品种鉴定的技术规程。
以下是关于玉米品种鉴定技术规程 SSR 标记法的一些基本信息：1. SSR 标记的原理：SSR 标记是基于短小简单重复序列的分子标记技术。
这些重复序列在基因组中广泛存在且具有高度多态性。
通过设计特定的引物，可以扩增并检测这些 SSR 标记，从而识别不同品种之间的差异。
2. DNA 提取：从待鉴定的玉米样本中提取高质量的 DNA 是进行 SSR 分析的重要步骤。
通常使用适当的 DNA 提取方法，如 CTAB 法或商业试剂盒。
3. SSR 引物设计：针对玉米基因组中的 SSR 位点，设计特异性的引物对。
这些引物可以根据已发表的玉米 SSR 数据库或通过自行开发来获得。
4. PCR 扩增：使用设计的 SSR 引物对，对提取的 DNA 进行 PCR 扩增。
PCR 反应条件可以根据引物的特性和设备要求进行优化。
5. 电泳和凝胶分析：扩增产物通过电泳在琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶上进行分离。
根据 SSR 标记的大小差异，可以观察到不同的电泳条带。
6. 数据分析：对电泳结果进行分析，记录每个品种的 SSR 标记图谱。
通过比较不同品种之间的图谱差异，可以鉴定出品种的独特特征。
7. 品种鉴定：根据 SSR 标记的多态性和品种特有的图谱模式，可以对玉米品种进行准确的鉴定和区分。
需要注意的是，SSR 标记法需要专业的实验室设备和技术操作，同时也需要对玉米基因组和 SSR 标记的相关知识有一定的了解。
在进行品种鉴定时，建议遵循相关的标准操作程序和实验室安全规范。
SSR 分子标记技术在玉米育种中的应用
SSR分子标记技术在玉米育种中的应用王勇,张元昶,方忠(广西大学农学院,广西南宁530005)摘要介绍了S SR分子标记技术的原理、特点、类型及其在玉米遗传图谱的构建、品种纯度鉴定和玉米遗传多样性等育种中的应用。
关键词玉米;S SR;遗传育种中图分类号S513.032文献标识码 A 文章编号0517-6611(2007)01-00052-03U t iliza t ion o f SSR M a rk e rs in M a iz e G e n e tic B re e d in gW ANG Yo n g e t a l(A g r icu ltu ra l C o lle ge,G u an gx i U n ive rsity,N ann in g,G u an gx i530005)A b s tra c t T h e pr in cip le,ch a racte r is tics an d types o f S SR m a rk e rs w e re in trodu ced.In add ition,its app lica tion w a s m a in ly rev iew ed inth re e a spects in-clud in g th e con stru ction o f th e gen e tic lin k age m ap,th e de te ction o f th e pu r ity o f va rie ty and th e stu dy o f th e m a ize gen e tic d ive rs ity.K e y w o rd s M a ize;S SR;G en e tic breed in g玉米是重要的粮食与饲料作物,是世界三大作物之一。
但是由于对玉米中许多性状的遗传机制缺乏了解,从而限制了玉米产量的提高与品质的改善,阻碍了玉米育种工作的进程。
玉米ssr
利用SSR技术进行玉米杂交种的鉴定
一、实验目的与原理
• 玉米是我国的主要农业作物，利用SSR技 术进行玉米种子纯度鉴定，已经筛选出 多对可利用的引物，综合运用SSR核心引 物和DNA指纹图谱，可以准确地鉴定父 本、母本、混杂品种及真实杂交种
2.原理
又叫微卫星DNA标记，它是指基因组中存在 的由2-5个核苷酸为重复单位组成的长达几十
• 4. SSR引物（10对）,Taq DNA聚合酶（3U/μl),
三、实验内容与操作
• 1.材料准备： 在温室种植10种不同来源的玉米杂交 种，剪取其三叶期左右嫩叶以备DNA提 取之用。
2.DNA提取
• 在1.5ml离心管中加入0.5ml提取缓冲液，60℃水浴预热。 • 取玉米幼叶0.1g，在研钵中加液氮磨成粉状后立即倒入预热的离 心管中，摇动混匀， • 60℃水浴保温30~60min（时间长，DNA产量高），不时摇动。 • 加入0.5ml氯仿：异戊醇：乙醇（80：4：16）溶液，颠倒混匀 （需带手套，防止损伤皮肤），室温下静置5~10 min，使水相和 有机相分层。 • 室温下12000rpm离心5 min。 • 小心移取上清液至另一1.5ml离心管，加入等体积异丙醇，混匀， 室温下放置片刻即出现絮状DNA沉淀。 • 室温下12000rpm离心5 min，去除上清液，再加入100μl TE溶解沉 淀。 • 加入1/10体积（约10μl）的3mol/L NaAc及二倍体积（约300μl）预 冷的无水乙醇，混匀，-20℃放置20 min左右。 • 室温下12000rpm离心5 min。 • 去上清，用1ml 70%乙醇漂洗沉淀二次，待沉淀干燥后，重新加 入100μl TE溶解，-20℃贮存,备用。
个核苷酸的串联重复序列，广泛分布于真核生