分子标记在番茄抗性育种研究进展
番茄主要病害抗病基因分子标记的研究进展
的应用 ，可以大大提高选择的准确性和效率 ， 缩短 育种年限，加快育种进程。
收稿 日期 ：２ １ － ４ ２ ０ １０— ５
基金项 目：河北省科 技支撑计划项 目（ １ ２ １ ２ 一 ） １ ２０ ０ Ｄ ３ ；河北省 自然科学基金项 目（ ２ １０ ０ ６ ） Ｃ ０ ０ ０ ８ ０ 作者简介 ：宋建军（ ９３ ） １６ － ，男 ，教授 ，硕士生导师 ，研究方 向为番茄抗病育种 。Ｅ ｍａｌｓｎｊ ３ ａ ｏ．ｏ ｃ － ｉ ｏ ｇ ６ ＠ｙｈｏ ｃｎ．ｎ ： ｊ
１１ 番 茄黄化 曲叶病毒 病 ．． ２
病 初期 下部 叶 片变黄 ，后 期萎 蔫枯 死 。有 时仅 出现 植 株 的一边 萎 蔫 ，而另一 边仍 正 常生长 。病 情 由下 向上 发 展 ，后 期 除顶 端 一 些 叶 片外 ，整 株 叶 片 枯
死 。剖开病茎 ，维管束变褐色 。病菌在土壤 中越 冬 ，笠 年 随雨 水 、灌 溉 水 及 土 壤 传 播 。 土温 ２ ８ｃ ｃ
ｄｉｅ ｓ ｅ ｉｔｎ ｅ ｉ ｅ ｏ ｈ ｏ ｔｉ ｐ ａｎ ｎ ｆ ｃｉｅ ｗａ ｓ ｔ ｏ ｔｏ ｓ ａ ｅ ．Ｍｏｌｃ ｌｒｍ ａｋ ｓ ａ ｅ ｒ ｓｓａ ｃ ｓ ｏｎ ｆｔ ｅ ｍ ｓ ｍ ｏ￣ ｔａ ｄ ｅ ｅ ｔ ｙ ｏ ｃ ｎ ｒ ｌ ｅ ｓ ｓ ｖ ｄｉ ｅ ｕａ ｒｅｒ ｔ ｃ ｎｑ ｅ ｐ ｏ ｉｅ ｅ ｅ ｃａｌ ｕ ｐｌ ｅ ｈ ｉｕ ｒ ｖｄ ｓ ａ ｂ ｎ ｆ ｉ ｐ ｅｍｅｎａ ｙｔ ｏｌ ｒｔ ｍ ａｏ ｄｓ ａ ｅ ｒｓｓａ ｃ ｗｈｃ ａｎ ｒ ｉｅ ｂ ｅ ｄｎ ｉ ｓ ｔ ｒ ｏ ｏ ｏ ｆ ｔ ｉｅ ｓ ｅ ｉｔ ｎ ｅ， ｉｈ ｃ ａｓ ｒ ｅ ｉｇ ｅ ｃｅ ｃ ｉ ｉｃ ｎ ｌ ｙ ｉｅｎｉ ｉｇ ｄｓ ｓ ｅ ｉｔ ｎ ｏ ｕ ｎ ＤＮＡ ｅ ｅ ｅ ｉｅｌ ｎ ａｐｄｙ Ｔｈ ａ ｅｒ ｉ ｆ ｉｎ ｙ ｓｇｎｆ ａ ｔ ｂ ｉ ｙ ｄ ｔｙｎ ｉｅａ ｅ ｒ ｓｓ ａ ｔｌｃ ｓ ｏ ｆ ｌｖ ｌ ｐｒｃｓ ｙ ａ ｄ ｒ ｉｌ． ｅ ｐ ｐ ｒｖｅ ｄ ｈ ｓａｕ ｆ ｉ ｏ￣ ｎ ｏ ａｏ ｄｉｅ ｓ ｓ ｎ ｔ ｅ ｅ ｅ ｃ ｏ ｅ ｓ ｎ ｅ ｉｗｅ ｔｅ ｔ ｔｓ ｏ ｍｐ ａ ｔｔ ｍ ｔ ｓ ａ ｅ ａ ｄ ｈ ｒ ｓ ａｒｈ ｐｒｇｒ ｓ ｏ ｍ ｏｅ ｕａｒ ｌｃ ｌ ｍａ ｅ ｒ ｋ ｒ ｒｆ ｏ ｄｉｅ ｓ ｓｓ ａ ｃ ｅ ｅ ｎ ｔ ｍａｔ Ｔｈ ｔｉａ ｉ ｆ ｈ ｓ ｏｅ ｕａ ａ ｅｒ ｒ ｅ － ｓ ｉｔｄ ｓ ｌｃｉ ｓ ａ ｅ ｒ ｉｔ ｎ ｇ ｎ ｓ ｉ ｏ ｅ ｅ ｏ． ｅ ｕ ｉ ｔ ｌ ｏｎ ｏ ｅ ｅ ｍ ｌｃ ｌｒｍ ｒ ｓ ｉ ｍａ ｋ ｒａ ｓｓｅ ｅｅ ｏｎ ｚ ｔ ｋ ｎ ｔ ｗａ ｓ ｕ ｆ ｒ ｒ ． ｓａｌｏｐ ｔ ｏ ｗａ ｄ
番茄分子抗病育种研究进展
识不尽相同 ， 大致有 以下观 点 ： 番茄抗 青枯 病抗性 遗传 受核基因控制 ， 细胞 质基 因对其影 响不 大； 番茄对 青枯
病 的抗 性 由多个 基 因 控 制 ， 病 对 感 病 为 不完 全 显 抗
性 ［ 。Ｔ ｏ ｕｔ ｌ利 用 Ｈａ ｉ ９６ Ｗ、 ７０ ２ ３ ］ ｈｑｅ等＿ ４ ｗａ７９ 和 ｉ ０ 这 个
锁 的特异条带 ＡＡ ／ Ａ 并测量 出二者之 间的遗传 距 Ｇ Ｃ Ｔ，
离为 ６７ｃ ． Ｍ。新抗性 位点 的发 现对番茄青 枯病育种 和 抗病基因的最 后克 隆具有重 要 意义。美 国最 早育成 抗 青枯病的品种是“ 金星” Ｖ ｎ ｓ和“ （ ｅ ｕ） 土星 ”并在 １９ ， ９ ６中
抗病和感病基因池进行分析 ， 发现 了与抗 病基 因紧密连
１ 番茄 分子抗 病育种 进展
１１ 抗青枯病研究进展 ．
番茄青枯 病（ ａｓ ｎａ ｏａａｅｒｎ７Ｖ ｃｍｂ是在 Ｒ ｌ ｏｉ ｓｌｎｃａｕ Ｏ ．ｏ ） ｔ ｌ 热带 、 亚热带 、 温带地 区广泛 发生 的一 种 细菌性 土传病 害‘ ， ２ 番茄发病时 ， ］ 尚无有效 的药物进行 防治 ， 能够造成 大 面积减产甚 至绝 收。由于番茄 对青 枯病 的抗 性遗传 机制 比较复杂 ， 目前人们对青枯病 的抗性 遗传机理 的认
选育 出耐热 、 耐青 枯病 的 有 限生 长型 的鲜 食 番茄 品种 “ ｅｔｎ”海王 星） Ｎ ｐｕ ｅ（ 。但 由于人 们对于抗青 枯病 的遗 传
作 者简 介 ： 朱明 涛（９３） 男， 士 ， 教 ， 究 方 向为 园艺植 物遗 １８一 ， 硕 助 研
传育 种 。Ｅ ｍａｌｚｕ ｎ ｔｏ ８ ＠ １３ ｃ ｍ。 － ｉ ｈ ｍｉｇａ ８ ８ ６ ． ｏ ：
番茄育种现状及发展趋势研究
河南农业2023年第22期
茄抗病性。
3. 抗除草剂。
实践表明，番茄转基因法、杂交法和诱变育种等方法都能够培育出对除草剂具有良好抗性的品种。
4. 抗青枯病。
早在20世纪中旬，我国就已经开始着手培育对青枯病具有良好抗性的番茄，经过数十年的发展，现已成功培育出包括抗青1号和丰顺在内的多种番茄。
5. 抗TYLCVD。
TYLCVD 具有波及范围广、传播速度快等特点，科研人员利用传统育种、分子标记等方法，对可抵抗该病的品种进行培育。
在已培育出的品种中，最具代表性的是西大樱粉1号，研究人员以抗病樱桃番茄作父本、具有良好口感及形状的番茄作母本，成功培育出了兼具良好口感及抗病性的新品种。
育鲜食及加工品种进行选择，充分利用我国在育种方面所具有的优势，对拥有良好性状的番茄进行培育，增强番茄所具有的竞争力。
在此过程中，应当注意以下几点：一是单一抗性所能发挥的作用十分有限，应重点培育拥有复合抗性的番茄，其中，种植在保护地的番茄，应拥有3~4种抗性；露地种植的番茄，则应拥有2~3种抗性。
二是做到因地制宜，优先培育耐热及耐低温的品种。
（四）创新育种方法
种子作为农业生产不可或缺的材料，种子质量决定了农作物生长的质量及产量。
要以番茄的特点为依据，将生物技术与常规技术充分结合。
在保证育种质量的前提下，精简育种步骤，加快育种速度，实现稳产、高产，为番茄行业稳定、持续发展奠定良好基础。
（责任编辑 程丽红）
LIANGZHONG LIANGFA
良种良法
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番茄黄化曲叶病抗病基因及其分子标记研究进展
办法 就 是 选 育 抗 病 品 种 。传 统 品 种 中 不 含 有
ＴＹＬ Ｖ 的抗 病基 因 ， 在 多 种野 生 的番 茄 中 发 Ｃ 而 现 了抗 病基 因 ， 醋栗 番茄 、 鲁番茄 、 如 秘 多毛番茄 、 智 利 番茄 以及契 斯曼尼 番茄都 含有抗病 基 因。 目 前 国外 研究 人员 已经对 多个抗 性育种 系 中的几 个 主要抗 病基 因 Ｔｙ１ Ｔｙ２ Ｔｙ３等 进行 了基 因定 －、 一、 一 位 并开 发 了相关 的分 子标 记 ， 者将 着 重 围绕 这 笔
材 料 ， 能在抗 性材 料 中区分 纯 和 抗病 材 料 和 杂 又 合 抗病材 料 。在 育 种 实 践 中 ， 以在苗 期 对 材 料 可 进 行筛选 ， 选取 纯和抗 病材料 ， 而极大 的减少 田 从 间筛选鉴 定 的工 作 ， 省育 种 时 间 。国 内 已经 有 节 学者将共 显性 的 Ｃ Ｓ标 记 Ｔ ７ 于实 践Ｌ ＡＰ Ｇ９ 用 １ 引。
・ ５ ・ １ ８
陕
西
农
业
科
学
２１（） Ｏ １３
番 茄 黄 化 曲叶病 抗病 基 因及其 分 子标 记研 究 进 展
王 建军 ， 军均 ， 邓 高 敏
（ 安 市 农 业 技 术 推 广 中心 ， 西 西 安 ７ ０ ６ ） 西 陕 １０ １
摘 要 ： 茄 黄化 曲 叶病 近 年 在 世 界 各地 及 我 国 多个 省份 快 速 蔓 延 ， 番 茄 生 产 造 成 了极 大损 失 。控 制 该 病 番 给
记 Ｐ— ６６是共显 性 标记 。由 于在 不 同基 因 型材 料
江苏 、 东 、 建 、 北 、 广 福 河 海南 和 台湾等地 的番茄生
产 已经造 成严 重损 失［ 。２ １ ５ ］ ０ ０年人 秋 ， 陕西 省西
番茄抗黄化曲叶病研究进展
番茄黄化曲叶病（Tomato yellow leaf curl virus disease ，TYLCVD ）的发生给全球番茄生产造成了巨大的经济损失[1]。
2011年番茄黄化曲叶病毒（Tomato yellow leaf curl virus ，TYLCV ）被列入十大重要植物病毒之一[2]。
1939-1940年，番茄黄化曲叶病在以色列被首次发现[3]，1995年该病传入我国[4]，近年来在我国多个番茄主产区大范围发生，2011年该病在我国新疆喀什地区番茄主产区大面积爆发，发病率最高达100%[5]。
2014年有报道称该病在我国的年发生面积超过20万亩，年经济损失超过十亿元[6]。
近几年该病害的发生具有爆发突然、发病迅猛、扩散迅速、危害严重、治疗困难、损失巨大等特点[7]，因此，番茄黄化曲叶病的综合防控研究已经刻不容缓。
目前针对该病的防治，可通过化学防治、生物防治和物理防治的方法在一定程度上减轻该病的危害，但都存在防治不彻底、易复发等问题，无法从根本上解决这一问题，而选育番茄抗黄化曲叶病品种是较为经济、有效、绿色、持久的防治方法[2，8]。
1番茄黄化曲叶病毒（TYLCV ）1.1.TYLCV 基因组组成及结构番茄黄化曲叶病毒（TYLCV ）属于双生病毒科（）菜豆金色花叶病毒属（），双生病毒是一类具有孪生颗粒形态的单链环状DNA （Singlestranded DNA ，ssDNA ）。
与其它大多数菜豆金色花叶病毒不同，TYLCV 是植物病毒中唯一一类具有孪生颗粒形态的单链环状DNA 病毒[9，10]。
TYLCV 的寄主非常广泛，包括茄科、葫芦科、豆科、菊科、十字花科、白花菜科等12个科，主要侵染茄科。
2009年，Michael 等研究表明，很多野草也是TYLCV 的寄主，但一般情况下是无症状感病。
TYLCV 的DNA-A 编码6个开放性阅读框（Opening readingframes ，ORFs)，这些ORF 被大约200bp 的基因间隔区（Intergenic region ，IR ）分为病毒链和互补链，病毒链编码V1和V2，互补链编码C1，C2，C3和C4。
番茄抗病基因分子标记研究进展
番茄抗病基因分子标记研究进展吴媛媛;李海涛;张子君;邹庆道【摘要】番茄抗病育种是番茄病害防治及提高产量的最直接有效的途径,现代分子标记技术的迅速发展为番茄抗病育种工作者提供了有利的辅助工具,它可以从DNA 水平上鉴定抗病位点,准确、快速,显著提高育种效率.为了对番茄抗病育种提供参考,对分子标记技术在番茄质量抗病性状的基因定位(主要包括番茄叶霉病、番茄根结线虫病、番茄烟草花叶病毒病、番茄枯萎病)和数量抗病性状的基因定位(主要包括番茄灰霉病.番茄晚疫病和番茄青枯病)的研究进展进行了综述.【期刊名称】《贵州农业科学》【年(卷),期】2010(038)002【总页数】5页(P27-31)【关键词】番茄;抗病基因;分子标记【作者】吴媛媛;李海涛;张子君;邹庆道【作者单位】沈阳农业大学,园艺学院,辽宁,沈阳,110161;辽宁省农业科学院,蔬菜研究所,辽宁,沈阳,110161;辽宁省农业科学院,经济作物研究所,辽宁,辽阳,111000;辽宁省农业科学院,蔬菜研究所,辽宁,沈阳,110161;辽宁省农业科学院,蔬菜研究所,辽宁,沈阳,110161;辽宁省农业科学院,蔬菜研究所,辽宁,沈阳,110161【正文语种】中文【中图分类】S436.412.1+9番茄(Solanum lycopersium.)广泛栽培于世界各地，但随着番茄保护地连续种植，轮作困难，各种病害也随之蔓延，周年频发。
目前已发现的番茄主要病害包括ToMV、TSWV、根结线虫病、白粉病、细菌性斑点病、斑萎病、叶霉病、青枯病、晚疫病等10余种。
每年因各种病害造成的减产给番茄的生产和市场供应都带来严重的影响。
选用番茄抗病品种省钱省力，是解决减产的最直接有效的途径，因此番茄抗病研究在番茄育种中变得越来越重要。
现代分子标记技术的迅速发展为番茄抗病育种工作者提供了有利的辅助工具，它可以从DNA水平上鉴定抗病位点，准确、快速，显著提高育种效率。
作者综述了分子标记技术在番茄抗病基因定位研究中的研究进展，以期为番茄的抗病育种提供参考。
与番茄抗叶霉病基因Cf—16连锁的分子标记筛选及种质资源鉴定
与番茄抗叶霉病基因Cf—16连锁的分子标记筛选及种质资源鉴定摘要：以携带抗叶霉病基因Cf-16的番茄（Lycopersicon esculentum）材料Ontario 7816为母本，感病材料07880为父本配置杂交，以亲本及其F2代分离群体为研究材料，采用SSR和AFLP技术筛选与抗叶霉病基因Cf-16连锁的分子标记。
结果表明，鉴定到与Cf-16基因连锁的SSR标记1个、AFLP标记5个，并将AFLP 标记E-ACA/M-TCG219转化为AFLP-SCAR标记并应用于种质资源筛选，筛选出3份携带Cf-16基因的番茄材料，为抗叶霉病育种提供了基础。
关键词：番茄（Lycopersicon esculentum）；叶霉病；Cf-16基因；SSR标记；AFLP-SCAR标记叶霉病是由褐孢霉属（Fulvia）褐孢霉[Fulvia fulva （Cooke）Cif.]引起的番茄（Lycopersicon esculentum）主要病害之一，既影响番茄产量又影响果实品质，从而造成经济损失[1]。
选育和推广抗病品种是解决番茄叶霉病最为经济、有效和环保的途径之一。
但是防治番茄叶霉病是十分困难的，主要是由于番茄叶霉病病原菌的生理小种分化十分迅速，育成含有新的Cf抗病基因的栽培品种不久后，就会分化出侵染该基因的新致病生理小种。
目前，国内番茄抗叶霉病育种中普遍应用的Cf-4抗病基因已被侵染，侵染Cf-9抗病基因的生理小种在华北地区也被检测出来[2]。
已报道至少有24个抗叶霉病基因被发现，它们能够克服不同的叶霉病生理小种[3]，因而利用新的、具有较高抗性的Cf抗病基因将是我国叶霉病抗病育种的重要目标之一。
番茄与叶霉病病原菌的互作遵循“gene-for-gene”学说[4]，开展番茄抗叶霉病育种工作要根据当地叶霉病病原菌生理小种的分化情况，利用抗病基因对不同生理小种的抗病性进行鉴定。
传统的人工接种抗病性鉴定不仅需要较长的时间和花费较多的人力物力，直接影响多抗性新材料及新品种的选育进程，而且还易受环境条件、接种技术等影响，从而导致鉴定结果不稳定。
分子标记在番茄抗性育种研究进展
分子标记在番茄抗性育种中研究进展摘要：本文综述了近年来RFLP RAPD SSA AFLP CAPS和SNP分子标记技术在番茄抗性育种上的应用，分析了目前的研究进展，对今后研究的重点进行了讨论。
关键词：分子标记；番茄；抗性；进展。
Molecular marker in tomato resistance breeding research progress inAbstract: This paper reviewed recent RFLP RAPD SSA AFLP CAPS and SNP in the application of tomato resistance breeding, analysis of the current research progress, the focus of the future research are discussed.Key words: Molecular markers; tomato; resistance; progress.番茄既是蔬菜也是水果, 其中含有丰富的维生素C对心血管有良好的保护作用；番茄红素具有良好的抗氧化作用,能清除体内废物,增加免疫力。
它也是营养师大力提倡的减肥食品。
它早已成为人们日常生活中的不可缺少的食物。
随着遗传学的发展,遗传标记的种类和数量也在不断增加。
形态标记、细胞学标记、生化标记都是以基因表达的结果(表现型)为基础,是对基因的间接反映;而DNA分子标记则是DNA水平遗传变异的直接反映。
与表型标记相比,DNA分子标记具有能对各发育时期的个体、组织、器官甚至细胞作检测,既不受环境的影响,也不受基因表达与否的限制;数量丰富;遗传稳定;对生物体的影响表现“中性”以及操作简便等特点。
分子标记的所有这些特性,奠定了它具有广泛应用性的基础。
本文在介绍一些常用的DNA分子标记技术基础上,综述分子标记应用于番茄遗传育种研究的新进展,并就我国今后番茄分子育种主要研究方向进行讨论。
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分子标记在番茄抗性育种中研究进展摘要：本文综述了近年来RFLP RAPD SSA AFLP CAPS和SNP分子标记技术在番茄抗性育种上的应用，分析了目前的研究进展，对今后研究的重点进行了讨论。
关键词：分子标记；番茄；抗性；进展。
Molecular marker in tomato resistance breeding research progress inAbstract: This paper reviewed recent RFLP RAPD SSA AFLP CAPS and SNP in the application of tomato resistance breeding, analysis of the current research progress, the focus of the future research are discussed.Key words: Molecular markers; tomato; resistance; progress.番茄既是蔬菜也是水果, 其中含有丰富的维生素C对心血管有良好的保护作用；番茄红素具有良好的抗氧化作用,能清除体内废物,增加免疫力。
它也是营养师大力提倡的减肥食品。
它早已成为人们日常生活中的不可缺少的食物。
随着遗传学的发展,遗传标记的种类和数量也在不断增加。
形态标记、细胞学标记、生化标记都是以基因表达的结果(表现型)为基础,是对基因的间接反映;而DNA分子标记则是DNA水平遗传变异的直接反映。
与表型标记相比,DNA分子标记具有能对各发育时期的个体、组织、器官甚至细胞作检测,既不受环境的影响,也不受基因表达与否的限制;数量丰富;遗传稳定;对生物体的影响表现“中性”以及操作简便等特点。
分子标记的所有这些特性,奠定了它具有广泛应用性的基础。
本文在介绍一些常用的DNA分子标记技术基础上,综述分子标记应用于番茄遗传育种研究的新进展,并就我国今后番茄分子育种主要研究方向进行讨论。
分子标记的介绍分子标记的概念:广义的分子标记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质。
狭义分子标记是指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异的特异性DNA片段。
在番茄遗传育种研究工作中使用的DNA分子标记主要涉及基于Southern杂交的限制性片段长度多态性标记( RFLP)、基于PCR技术的DNA扩增方法的随机扩增多态性DNA标记( RAPD),简单重复序列标记(SSR)、以及基于PCR与酶切相结合的扩增片段长度多态性标记(AFLP)、切割扩增的多态性序列标记(CAPS)和单核苷酸多态性(SNP) 等。
2.分子标记基本原理RFLP(限制性片段长度多态性, restriction fragment length polymorphism,简称RFLP)基本原理是:植物基因组DNA经限制性内切酶酶切后,通过电泳将大小不同的酶切片段按照各自的长度分离,通过Southern吸印与标记的探针杂交,放射自显影检测酶切片段的多态性,此方法稳定可靠。
RAPD(随机扩增的DNA多态性，random amplified polymorphic DNA,简称RAPD)是以基因组总DNA为模板,利用随机引物对模板进行PCR扩增得到多态性DNA片段,然后通过电泳检测片段的多态性,以此来诊断生物体内在基因排布与外在性状表现规律的技术。
它基于PCR,无需预先知道DNA序列信息。
简单重复序列(simple sequence repeats,简称SSR)又叫微卫DNA( microsatellite DNA)。
所谓微卫星是由2~ 6bp的重复单位串联而成,一个微卫星长度一般小于100bp,不同品种或个体核心序列的重复次数不同,但重复序列两端序列多是保守的单拷贝序列,通过PCR扩增其间的核心微卫星DNA序列,利用电泳分析不同基因型个体在每个SSR位点上的多态性。
AFLP (扩增片段长度多态性，amplified fragments length polymorphism,简称AFLP)原理是把限制性酶切片段通过PCR反应进行扩增,再把扩增好的酶切片段通过聚丙烯酰胺凝胶等高分辨率的分析胶电泳,最后检出片段的多态性。
切割扩增的多态性序列标记(cleaved amplified polymorphic sequence,简称CAPS)技术利用PCR 对RFLP标记进行了转化, CAPS技术与AFLP技术相反,它是在先获得某个位点特异扩增产物的基础上,再将该扩增产物进行酶切,电泳检测酶切片段的多态性。
单核苷酸多态性(SNP)技术检测的是单核苷酸的差异。
主要是指由基因组核苷酸水平上的变异引起的DNA序列多态性,包括单碱基的转换、颠倒、插入和缺失等。
SNP在基因组内可以人为地划分为2种形式:基因编码区的功能性突变,主要分布于基因编码区(coding region) ,故又称为CSNP；遍布于基因组的大量单碱基变异。
与以前的一些遗传学标记相比较,SNP具有位点丰富、检验成本低、检出率高等优点。
同一位点的不同等位基因之间常常只有一个或几个核苷酸的差异，因此在分子水平上对单个核苷酸的差异进行检测是很有意义的。
3.番茄分子标记在抗性育种中研究进展番茄分子标记在番茄抗性育种，耐冷性育种，耐盐性育种，抗病虫害育种，抗病性育种(主要包括晚疫病，烟草花叶病毒，青枯病，斑萎病)等方面的应用十分广泛，研究也日趋深入。
3.1在番茄耐冷性育种中的研究番茄是喜温植物，温度低于10℃时生长发育就受到阻碍，8℃时生长量增加迟缓，5℃时生长完全停止，有些品种还会表现出明显的冷害症状。
黄锡志等人利用RFLP分子标记构建了番茄的基因连锁图，把2个抗冷性基因和3个番茄种子发芽期抗冷性相关的基因在基因连锁图上进行了明确的定位[1]。
赵福宽等人以番茄耐冷性基因系为试材，从耐冷及冷敏感植株中提取DNA构建耐冷DNA池及冷敏感DNA池，采用RAPD分子标记技术，从280 个随机引物中筛选出一个在两池间具有多态性的引物OPF14，用轮回亲本及回交后代的单株DNA进行验证，证明了该引物扩增出的特异性片段是一个与番茄耐冷性相连锁的RAPD标记。
从琼脂糖凝胶回收OPF14扩增出的多态性条带与载体pGEMR_T_Eas 连接，并转入大肠杆菌DH5_α，对克隆片段测序表明实际大小为792bp，这为转化成稳定的SCAR标记奠定了基础。
研究从DNA分子水平上了解耐冷性状的差异，筛选与番茄耐冷性相关的RAPD分子标记，为番茄耐冷育种提高选择效率奠定基础[2]。
3.2在番茄耐盐性育种中的研究中国的北方地区土壤都是盐碱地，对番茄的生长和产量有着很大程度的影响，研究人员对番茄进行耐盐性试验，以期加速作物耐盐育种进程，提高番茄的产量。
Saranga等人通过分子标记方法得出来自耐盐的L.pennellii LA716 F2群体的总产量和总干物质含量在盐胁迫下的遗传力为0.3~0.4，试验结果表明可以通过后代选择获得耐盐新材料。
大大的提高了选出耐盐品种的育种速度[3]。
Monforte等人通过分子标记技术在L.esculentum E9和L.cheesmanii L2的F2群体中鉴定出了一个数量性状位点，这个数量性状位点在盐的胁迫下能够对番茄的早熟性起主要影响作用，解释表型变异的35.6%，这个数量性状位点在非胁迫下的效应明显减小，说明该数量性状位点在盐胁迫下控制早熟性，也发现其它微效数量性状位点和上位互作效应存在[4]。
3．3在番茄抗病性育种中的研究3.3.1. 抗白粉病育种中的研究Huang等人将易感品种Mongker 和抗病品种L.hirsutum G1.1560 杂交后的得到的F代、F3代材料进行PAPD分析，把Ol-1基因定位在RFLP标记TG153和TG164之间。
试验还找到了与抗番茄白粉病基因紧密连锁的5个均为共显性RAPD标记，并转化为SCAR01、SCAR10、SCAE16、SCAR11和SCAR16的SCAR标记，这有利于该基因的克隆以及番茄抗白粉病分子标记辅助选择系统的建立，这个结果使得需要5至9次回交的传统育种方式完成的工作，只需2~3次即可完成，大大缩短了育种时间[5]。
卫丽等人对由显性核基因(RL-4)控制的番茄野生种L.peruvianum 抗白粉病抗性进行了分子标记研究。
通过采用F2代群分法，在F2代抗、感池间随机筛选了256对引物，找到了与番茄抗白粉病基因RL-4连锁的6个AFLP标记, 遗传距离分别为4.3，5.5，5.5，5.6，6.6 和11.9cM[6]。
3.3.2.抗叶霉病育种中的研究Thomas等利用AFLP技术在L.esculentum(Cf-9)和L.pennellii 的F2世代中筛选出了近42 000个AFLP座位，试验获得了3个与Cf-9共分离的AFLP标记(M1、M2、M3)，集中于Cf-9 基因两侧。
对含有Cf-9基因克隆的质粒再用AFLP标记进行分析，得知M1和M2分别位于Cf-9基因的两侧，相距间隔为15.5cM。
Jones等人通过这3个标记为起点，通过转座子示踪子技术将Cf-9基因克隆[7]。
于拴仓等人以9个含不同叶霉病抗病基因的番茄品种为试材，通过接种鉴定表明，Cf-5、Cf-9、Cf-11和Cf-19基因对中国目前的2个叶霉菌优势生理小种均具有较强的抗性。
根据Cf-9基因设计引物，扩增Cf-9基因的片段，含Cf-9、Cf-11和Cf-19基因的3种番茄均获得了2.7kb 的扩增片段。
但用限制性内切酶TaqⅠ对PCR产物酶切可以将3 种材料明显区分开来，Cf-9 的2个差异酶切片段为1170和460bp；Cf-11的2个差异酶切片段为1100和410bp；Cf-19的2个差异酶切片段为1210和300bp，从而建立了3个基因的分子标记。
在F2分离群体中验证表明，3个基因的分子标记鉴定结果与抗性接种鉴定结果是一致的，用这些标记可以进行分子标记辅助选择[8]。
3.3.3.抗晚疫病育种中的研究番茄的抗晚疫病是番茄生长过程中容易感染的一种病，由两类不同的基因控制：一种受单显性Ph因控制；另受多基因控制，与多种因素有关，属数量性状。
已在野生番茄中发现2个Ph基因(Ph1和Ph2)。
Chunwongse等人利用感病品种CLN657(susceptible)和抗病品种L3708(resistant)杂交的F2群体对基因Ph-3进行标记，找到1个RFLP标记TG591(LOD=18.41)和2个AFLP，该基因与Ph 和Ph-2为非等位基因[9]。
Moreau等人利用Hawaii7996和WVa700杂交的F2代群体，把基因定位在标记CP105和TG233的8.4cM的范围内(第10条染色体的长臂上)，并利用BSA群体找到了与Ph-2连锁的AFLP 标记。