细菌的分类和鉴定
细菌分类学
弧菌属。
1838年，德国生物学家Eheneberg对微生物分类做 了修改，把细菌列为纤毛虫纲，分为2科。
1857年，德国植物学家Nagali在《植物学杂志》上发表
文章指出，这些微生物具有细胞壁，应归属于植物界，
并独立设一纲，取名裂殖菌纲。
1872年，德国植物学家Cohn发表新的细菌分类系统， 吧细菌分为4个族，每个族由一个或几个属组成。 1909年，Jensen发表了一种新的分类法，该方法在采用
第一章
微生物分类学
——细菌分类学
第一节 细菌分类学概述
一、细菌分类鉴定的意义
细菌分类学的任务是在全面了解细菌的
生物学特征的基础上，研究他们的种类，
探索其起源、演化以及与其他类群之间的
亲缘关系，进而提出能反映自然发展的分
类系统，并将微生物加以分门别类。
二、细菌分类学研究简史
1675年，荷兰人用自制显微镜观察到“微小动物” 第一个尝试生物分类的科学家—林奈 丹麦动物学家Muller提出新的分类系统，其中包括 动物、藻类、细菌。并建议将细菌分为单胞菌属和
常用的细菌分类学术语：
（1）种（species）物种，生物分类中基本的分类单元 高等生物中，“生殖隔离”被看作是区分物种的标准 微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群 与其他类群的菌株有很明显的区别。 (2). 亚种(subspecies): 是正式分类单元中地位最低的 分类等级。
当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性
1 （6）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生
物的细胞群或生长物。如微生物的斜面培养物、 摇瓶培养物等。
细菌分类鉴定规程
细菌分类鉴定规程细菌分类鉴定规程杜艳、余翔、罗国升新菌鉴定主要流程：1、潜在新菌的确定拿到拼接好的16Sr RNA gene序列后，进入NCBI blastN ()或EzTaxon server 2.1() 进行比较，同源性低于98%的序列(同源性处于98-97%之间的序列最好少于3株)，可初步判断存在新菌的可能。
2、选择标准菌株构建进化树选择参考菌株构建三种进化树(NJ、MP和ML)，构建进化树是需要注意以下几点：1）所选择的序列必须都是在IJSEM上正式发表的序列，2）所选择的参考菌株必须包含新菌所在属的所有标准菌株，3）需要选择新菌所在科的一些与新种所在属相近的属的type species作为参考菌株，4）需要选择一个远源的菌株作为参考菌株，如：E. coli。
3、购买标准菌株根据进化树位置和同源性高低选择标准菌株作为参考菌株，联系相关保藏机构购买标准菌株。
具体信息可以在上查找。
标准菌株的选择需遵循以下几点：1) 如果要用到不同的属但不是用这些属的所有的种，则要选择这些属的模式种，并且要选择模式种的模式菌株。
2) 一个属的模式种是最重要的参照微生物，如果一个新种被认为属于这个属，就一定要与该属的模式种进行比较，而其他的种可能分类时出现错误，可能将来会被重新分类。
总之，进行种、属、甚至是科的比较研究时，都要用模式微生物，这就涉及到模式属的模式种，模式种的模式菌。
4、表型特征实验培养特征：菌落特征(如菌落的形状、大小、颜色、隆起、表面状况、质地、光泽、水溶性色素等)。
细胞形态：形态(球形、杆状、弧形、螺旋形、丝状、分枝及特殊形状)，大小，排列(单个、成对、成链或其他特殊排列方式)。
特殊的细胞结构：鞭毛(着生位置、数量)，芽胞(形状、着生位置、是否膨大)，孢子(孢子形状、着生位置、数量、排列)，其它 (荚膜、细胞附属物为柄、丝状物、鞘、蓝细菌的异形胞、静止细胞和连鞘体等)。
超微结构：细胞壁、细胞内膜系统、放线菌抱子表面特征等。
各类细菌的分类鉴定
④V~W变异：失去全部Vi抗原的变异。
变形 杆菌 属
G-b
有周身鞭 毛（摩根 菌属的部 分菌株在 30℃以上 不形成鞭 毛） 无芽孢 无荚膜
营养琼脂和血琼脂平板：迁徙扩散生 长（普通变形和奇异变形），可被0.1% 苯酚、4%硼酸、5%~6%琼脂及同型血清 或胆盐所抑制。普罗威登斯菌和摩根 菌属无迁徙生长现象。
H2O2（+）；多数致病性葡萄球菌能分 解甘露醇产酸、液化明胶和产生血浆 凝固酶。
①蛋白抗原：SPA蛋白 （存在于葡萄球菌表 面，结合在细胞壁的黏 肽部分，具有抗吞噬作 用），有种属特异性。
②多糖抗原：有型特异 性。
1.侵袭性疾病：①皮肤及软组织感 染（毛囊炎、疖、痈）；②全身性 感染（败血症、心内膜炎）；③呼 吸道感染；④医院内感染
伯菌
属
G-b
无鞭毛 无芽孢 有荚膜
血平板：圆形，凸起，灰白色，不溶血的菌 落。有时菌落呈黏液性，用接种环挑取时呈 长丝状。
肠道选择培养基：乳糖产酸菌落。
液体培养基：浑浊生长，可形成菌膜与黏性 沉淀物。
糖类发酵：发酵乳糖；h2o2（+）；脲酶（+）；OX（-）；鸟氨酸（-）；动力（-）。
本菌对氨苄西林天然耐药。 对产ESBLs菌株的治疗可用 碳青酶烯类、B-内酰胺类抗 生素/酶抑制剂或头孢菌素 类进行治疗。
糖类发酵：发酵乳糖；
OX（-）；DNA酶（-）；
^夫
尼亚
菌属
G-b
无荚膜 无芽孢 有周鞭毛
糖类发酵：发酵葡萄糖产酸产气； 可利用枸橼酸盐、乙酸盐和丙二酸 盐作为唯一碳源；
H2S（-）；山梨醇（-）；DNA酶（-）；赖氨酸（ +）；
2第二章 原核生物
如果泛指某一属的微生物，或某菌种，知 其属但种名未定，可用“sp” “spp”作加词 如 Bacillus sp：一个尚未定名的芽胞杆菌 Bacillus spp：泛指芽胞杆菌属的菌种
同一菌种在一篇文章中首次出现时写全称， 第二次出现时，属名可缩写： Escherichia coli 缩写为E. coli
一、生物的系统发育与进化计时 形态学特征分类存在的问题： 1、微生物可利用的形态特征少，很难将所 有生物放在同一水平上比较。 2、形态特征在不同类群中进化速度差异很 大。
生物进化计时器：蛋白质、DNA、RNA 选择合适分子标尺： 1、普遍存在与各个生物类群中。 2、各个生物中功能同源的大分子。 3、既有保守序列又有可变序列。 4、序列变化缓慢，变化进程应覆盖整个进化 历史。 5、大小适中。
（三）分子分类法
G+C百分比测定 核酸杂交：DNA与DNA杂交 16SrRNA碱基测序 RAPD （随机扩增多态性DNA） 遗传重组：接合、转化等重组方式只 发生在同源的染色体之间，如：转化 通常只在同属内的不同种之间发生， 很少在属间出现
数据库和计算机程序的应用 数据库： NCBI GenBank EMBL 分析软件： Vector NTI ; Winplas ; ClustalX; 生物软件网 Emboss
（二）三名法
学名=属名+种加词+符号subsp.或var.+亚种或变种加词
斜体字
正体字（一般省略）
斜体字
例1.苏云金芽孢杆菌腊螟亚种
Bacillus thuringiensis subsp. galleria
例2. 丁香假单胞烟草致病变种 Pseudomonas syringae pv. tabaci
细菌的分类及命名
细菌分类学包括分类，命名和鉴定
一．细菌分类：根据细菌各自的特征，并按照亲缘关系分类，以 不同等级编排系统。分类有两种：
1. 细菌的生理生化分类法，包括有传统分类法和数值分类法。 细菌核酸、蛋白质结构的同源程度进行分类法，称种系分类或自然分类。
细菌命名：在分类基础上，给每种细菌一个科学名
01
称，便于交流并保证所有的科研工作者给予同样名
○ 学名用拉丁文，遵循“双名法”。 ○ 每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分组成如：产气荚膜梭菌
（Clostridium perfringens） ○ 属名在前，字首字母要大写，其余小写 ○ 整个属名及种名在出版物中应排成斜体 ○ 中文译名，种名在前，属名在后
二．分类学文献中的细菌拉丁文学名， 属名和种名之后，往往还要加上首次 定名人（加括号）、现名定名人和现 名定名年份，这些均用正体排字。
○ 如 Micrococcus sp.表示微球菌属的一个种， ○ Micrococcus spp. 表示微球菌属的一些种。
如果是新种，在新种的 拉丁文学名之后还要加 上“sp.nov。”，nov 是novel的缩写。
例如Lawsonia intracellularis gen．Nov. sp . Nov.， 译为：胞内劳森菌，新 属新种。
○ 一般兽医学及医学微生物学文献中，属名和 种名之后的部分均予省略。
○ 如：Escherichia coli
例如
大肠埃希菌的学名全名是：Escherichia coli(Migula) Castellani et Chalmers l919 指的是Migula于1895年命名此菌为Bacillu coli， Castellani及Chalmers于1919年改为现名。
医学细菌名称及分类鉴定
医学细菌名称及分类鉴定
哇塞！一听到“医学细菌名称及分类鉴定”，是不是感觉有点头大？哈哈，我一开始也是这么觉得的，不过后来发现还挺有趣的呢！
你知道吗？细菌就像一群小小的调皮鬼，到处乱窜。
比如说金黄色葡萄球菌，这家伙可坏啦！它就像一个捣乱的小霸王，要是跑到我们身体里，能引起好多毛病，像化脓感染啥的。
再说说大肠杆菌，它有时候是“好人”，有时候又变成“坏蛋”。
正常在我们肠道里待着的时候，还能帮忙消化呢，可要是一不小心跑错了地方，那就糟糕啦！这像不像一个在班上有时候表现好，有时候又调皮捣蛋的同学？
还有链球菌，它就像一支纪律不太好的队伍，到处惹是生非。
能导致猩红热、风湿热这些让人头疼的病。
那怎么给这些细菌分类鉴定呢？这就像是给一群调皮的孩子分班级一样。
要看看它们长得啥样，是圆圆的还是长长的？是单个自己玩还是一群抱在一起？还要看看它们喜欢吃啥，对什么环境喜欢或者讨厌。
比如说，有些细菌喜欢在有氧的环境里蹦跶，这就是好氧菌；有些讨厌氧气，那就是厌氧菌。
这是不是就像有些小朋友喜欢在操场上疯跑，有些就喜欢在教室里安静看书？
医生和科学家们可厉害啦！他们拿着显微镜，就像拿着超级放大镜一样，仔细地观察这些细菌。
然后做各种实验，来确定它们到底是哪一类。
哎呀！想想这些细菌，虽然小小的，但是威力可不小。
我们可得好好注意卫生，别让它们有机会跑到我们身体里捣乱呀！
我觉得呀，了解医学细菌的名称及分类鉴定真的太重要啦！只有这样，我们才能更好地预防疾病，保护自己的身体，让自己健健康康的！。
食品细菌的分类和鉴定
食品细菌的分类和鉴定一、细菌的分类细菌是一类微生物，广泛存在于自然界中的各个环境中，包括土壤、水体、空气以及人类和动物的体内。
根据细菌的形态、生理特征和遗传特征，可以将细菌分为不同的分类群。
目前，细菌的分类主要基于其形态特征、代谢方式和基因组序列等方面。
1. 形态分类根据细菌的形态特征，细菌可以分为球菌（如链球菌、葡萄球菌）、杆菌（如大肠杆菌、结核杆菌）、弯曲菌（如弯曲菌属）和螺旋菌（如梅毒螺旋菌）等。
形态分类是最早也是最常见的细菌分类方法之一。
2. 代谢分类根据细菌的代谢方式，细菌可以分为厌氧菌和好氧菌。
厌氧菌是指只能在无氧条件下生长和繁殖的细菌，而好氧菌则是指只能在有氧条件下生长和繁殖的细菌。
此外，还有一类兼性厌氧菌，即可以在有氧或无氧条件下生长的细菌。
3. 基因组分类近年来，随着基因测序技术的发展，基因组序列成为细菌分类的重要依据之一。
通过比较不同细菌的基因组序列，可以确定它们之间的亲缘关系，进而将它们分为不同的分类群。
这种基于基因组序列的分类方法被称为系统发育分类。
二、细菌的鉴定细菌的鉴定是指通过对细菌进行一系列的实验和观察，以确定其属于哪个分类群的过程。
细菌的鉴定对于食品安全和疾病防控具有重要意义。
1. 形态鉴定形态鉴定是最直观、最常用的细菌鉴定方法之一。
通过观察细菌的形态特征，如大小、形状、颜色等，可以初步确定细菌的分类群。
例如，链球菌是一种球形细菌，呈成串状排列；大肠杆菌是一种杆状细菌，呈短杆状。
2. 生理鉴定生理鉴定是通过观察细菌的生理特征，如代谢产物、酶活性等，来判断其分类群的方法。
例如，大肠杆菌可以产生酸和气体，而结核杆菌则不能。
这种方法需要在实验室中进行一系列的生理实验，需要一定的实验技巧和经验。
3. 分子鉴定随着分子生物学技术的进步，分子鉴定成为了细菌鉴定的重要手段之一。
通过提取细菌的基因组DNA，并使用特定的引物扩增目标基因，然后通过测序和比对，可以确定细菌的分类群。
常用的分子鉴定方法包括PCR、16S rRNA测序等。
奴卡菌的培养和鉴定
1
一、分类与命名
分类：
细菌域-放线菌纲-放线菌亚纲-放线菌目-棒杆菌亚目-诺卡菌科-诺卡菌属
与医学有关旳菌种：
脓肿诺卡菌
非洲诺卡菌
星形诺卡菌
巴西诺卡菌
短链诺卡菌
肉色诺卡菌
皮疽诺卡菌
新星诺卡菌
豚鼠耳炎诺卡菌 假巴西诺卡菌
二、生物学特征
（一）形态与染色
1、革兰氏染色： 革兰氏阳性或不定，无芽孢和鞭毛。菌体呈多向旳分枝丝状，直径 μm。 培养早期可见丰富旳菌丝体，常有次级分枝。 培养后期菌体裂解为球形或杆状卡星 红霉素
RSSR.
RRSR
SSSR
RRRR
短链诺卡菌
皮疽诺卡菌 星形诺卡菌Ⅳ
+ Cit -
星形诺卡菌Ⅳ 皮疽诺卡菌 +
巴西诺卡菌 假巴西诺卡菌 星形诺卡菌Ⅰ /Ⅵ 豚鼠耳炎诺卡菌
MH明显黄色菌落
星形诺卡菌 -
巴西诺卡菌 假巴西诺卡菌
星形诺卡菌Ⅰ /Ⅵ 豚鼠耳炎诺卡菌
马红球菌 SBA 粗糙型
属间鉴定
马红球菌 24h 弱抗酸
马红球菌 5d 革兰氏染色
4.与棒状杆菌旳鉴别 棒状杆菌不形成菌丝，菌体呈栅栏状排列。
属间鉴定
三、鉴定与鉴别
（二）属内鉴定
乙酰胺水解、抗生素敏感试验、芳香基硫酸酯酶、利用糖产酸、利用碳水化合物、七叶苷 水解、明胶液化、硝酸盐还原、温度耐受、脲酶试验等。
星形奴卡菌
巴西奴卡菌
星形奴卡菌
形态染色
星形奴卡菌 24 h
星形奴卡菌 72 h
形态染色
2、改良抗酸染色为弱阳性（1%硫酸水溶液），呈不均匀性，易被脱色呈 阴性。
星形奴卡菌
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（一）生理学与生化学分类法
主要以细菌的形态、染色以及细菌的特 殊结条件等等。 主要有两种方法 1、传统分类法
2、数值分类法
1、传统分类法
主要以细菌的形态、生理特征为分类基 础，选择一些较稳定的生物学性状如细菌的 形态结构、染色性、培养特性、生化反应、 抗原性等作为依据，然后按主次顺序逐级区 分。
（二）生理生化特征
包括营养类型、与氧的关系、对温度的适应 性、碳水化合物的代谢试验、蛋白质和氨基酸的 代谢试验及的碳源和氮源利用试验、各种酶类试 验、抑菌试验等等。 生理生化特征特点： 对微生物生理生化特征的比较也是对微生物 基因组的间接比较； 测定生理生化特征比直接分析基因组要容易；
六、微生物分类鉴定的依据
根据微生物分类学中使用的技术和方法，可 把它们分成四个不同的水平：
①细胞形态和行为水平； ②细胞组分水平； ③蛋白质水平； ④基因组水平。
在微生物分类学发展的早期，主要的分类鉴 定指标是以在细胞形态和习性为主，可称为经典 的分类鉴定法
七、细菌的分类方法
生物分类的传统指标
1、DNA G+C mol%测定
DNA分子两条链上4种碱基的总分子量 为100，测定其中G+C或A+T摩尔百分比， 能反应出细菌间DNA分子的同源程度，习惯 上以G+C 作为细菌的分类标记。 不同菌属间的G+C mol%范围很大，在 25%~75%之间，但同一种细菌G+C mol% 相当稳定，不受菌龄、培养条件和其它外界 因素影响，亲缘关系越近的细菌，它们G+C mol%越接近（但并非G+C mol%越接近， 亲缘关系就越近？？？）。
细菌的命名依据“国际细菌命名法规” 的规 定，学名用拉丁文，遵循“双名法”。即每一种 细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分构成，属
名第一个字母必须大写，其余均应小写（即使种
名以人名或地名命名）。整个属名及种名在出版 物中应排成斜体。 如：Escherichia coli 属名+种名
五、细菌的命名（二）
2、数值分类法
对细菌各种生物学性状按“等重要原则” 进行分类，选用多项生理、生化指标逐一进 行比较，通过查表或计算机分析各菌间相似 度，完成细菌分类。
（二）遗传学分类法
以细菌的核酸、蛋白质等在组成的同源 性程度分类。 主要有三种方法 1、DNA G+C mol%测定 2、核酸同源值测定 3、核蛋白体RNA碱基序列测定
（三）两类分类法的优点和意义
方 法 优 点 意 义
生理学与生化学 方便、简单、廉 主要用于鉴定 分类法 价 准确、可靠； 遗传学分类法 有利于了解细菌 主要用于分类 的进化和原始亲 缘关系
三、原核微生物（广义细菌）分类系统
《伯杰鉴定细菌手册》
(Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
伯杰氏手册:是目前进行细菌分类、鉴定的 最重要参考书，其特点是描述非常详细，包括 对细菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实 验的具体方法。
四、细菌的分类等级
界 （Kingdom）
门 （Phylum）
纲（Class）
目（Order） 科（Family） 属（Genus） 种（Species）
五、细菌的命名（一）
形态学特征指标特点：
易于观察和比较，尤其是真核微生物和具有特
殊形态结构的细菌；
许多形态学特征依赖于多基因的表达，具有相
对的稳定性；
（二）生理生化特征
包括营养类型、与氧的关系、对温度的适应 性、碳水化合物的代谢试验、蛋白质和氨基酸的 代谢试验及的碳源和氮源利用试验、各种酶类试 验、抑菌试验等等。 生理生化特征特点： 对微生物生理生化特征的比较也是对微生物 基因组的间接比较； 测定生理生化特征比直接分析基因组要容易；
几种不同的书写情况
属名重复出现，可缩写
如：E.coli （大肠杆菌）； 只确定属名，未确定种名的某一株细菌 Salmonella sp. （沙门菌属）； 只确定属名，未确定种名的若干菌 Salmonella spp. 亚种用subsp.（正体）表示 Pasteurella multocida subsp. septica
一、微生物的分类
根据微生物的大小、结构、组成等分三类
原核细胞 如：细菌、放线菌、螺旋体、支原体、 型 衣原体、立克次体。（也称广义的细菌）
真核细胞 如：真菌、原虫 型 非细胞型 如：病毒、亚病毒、朊粒
二、细菌的分类方法
根据每种细菌各自特征，并按照它们的 亲缘关系分类，分类方法有两类 1.生理学与生化学分类法（传统方法） 2.遗传学分类法
2、核酸同源值测定
为什么不能说G+C mol%越接近，亲缘 关系就越近？ 因为G+C mol%只能反映细菌的碱基总 数而不能反映碱基序列！！！ 而利用DNA分子杂交的技术就可以精确 测定DNA分子的碱基序列。这就是核酸同源 值测定。
3、核蛋白体RNA碱基序列测定
核蛋白体RNA碱基序列测定属于核酸范 畴。 由于核蛋白体RNA（rRNA）序列比较保 守，其变化十分缓慢。其中，16s rRNA具 有高度的保守性和特异性以及该基因序列足 够长，因此，被作为细菌鉴定的快速、准确 方法，素有“细菌化石之称”。
分子生物学指标
微型、简便、快速或自动化鉴定技术
细菌的数值分类
八、生物分类的传统指标
形态学特征 生理、生化学特征
从不同层次，用不同学科的技术方法来研究和比较 不同微生物的细胞、细胞组分或代谢产物，从中发现反 映微生物类群特征的资料。
（一）形态学特征
包括培养特征、细胞形态及其染色特性、 特殊的细胞结构、运动性等等。