Illumina_、454_、ABI_测序仪比较
Illumina 、454 、ABI 测序仪比较Illumina 测序仪Illumina公司的新一代测序仪Genome Analyzer最早由Solexa公司研发，利用其专利核心技术“DNA簇”和“可逆性末端终结（reversible terminator）”，实现自动化样本制备及基因组数百万个碱基大规模平行测序。
Illumina公司于2007年花费6亿美金的巨资收购了Solexa，就是为了促成Genome Analyzer的商品化。
Genome Analyzer作为新一代测序技术平台，具有高准确性，高通量，高灵敏度，和低运行成本等突出优势，可以同时完成传统基因组学研究（测序和注释）以及功能基因组学（基因表达及调控，基因功能，蛋白/核酸相互作用）研究。
Genome Analyzer自上市以来，已经为千人基因组计划立下了赫赫战功。
今年早期，荷兰科学家利用它首次绘出女性的基因组图谱。
而就在前两周，《Nature》杂志上一连出现三个人类基因组图谱：炎黄一号-第一个亚洲人图谱；第一个癌症病人图谱；第一个非洲人图谱。
它们全是依赖Genome Analyzer完成的。
哗，一下就来仨！这和第一个人类基因组图谱的13年形成了多么鲜明的对照。
根据去年底的数据，Genome Analyzer已售出约200台，估计是市场占有率最广的。
前不久，华大基因再添置了12台，准备放在香港和深圳的实验室，至此华大基因已经有29台Genome Analyzer。
而著名的麻省理工学院和哈佛大学Broad研究院拥有47台Illumina测序仪。
众多实验室之所以选择Illumina，看中的无疑是Genome Analyzer的高性价比。
上个月，Illumina将Genome Analyzer II升级到Genome Analyzer IIx，距年底实现单次运行获得95 GB数据的宏伟目标又近了一步。
Genome Analyzer IIx有两个核心特征：其一是更大的试剂冷却器，支持超过100个测序循环，进一步提升了系统的易用性和自动化；其二是全新的流动池支架，让每轮运行所得的高质量数据增加20%。
依靠系统软件和试剂的改进，Genome Analyzer IIx现在能够支持100 bp以上的配对末端读长，并在每次运行中产生超过20 GB的高质量数据。
Genome Analyzer技术的基本原理：1. 文库制备将基因组DNA打成几百个碱基（或更短）的小片段，在片段的两个末端加上接头(adapter)。
2. 产生DNA簇利用专利的芯片，其表面连接有一层单链引物，DNA片段变成单链后通过与芯片表面的引物碱基互补被一端“固定”在芯片上。
另外一端（5’或3’）随机和附近的另外一个引物互补，也被“固定”住，形成“桥(bridge) “。
反复30轮扩增，每个单分子得到了1000倍扩增，成为单克隆DNA簇。
DNA簇产生之后，扩增子被线性化，测序引物随后杂交在目标区域一侧的通用序列上。
3. 测序Genome Analyzer系统应用了边合成边测序（Sequencing By Synthesis）的原理。
加入改造过的DNA聚合酶和带有4种荧光标记的dNTP。
这些核苷酸是“可逆终止子”，因为3’羟基末端带有可化学切割的部分，它只容许每个循环掺入单个碱基。
此时，用激光扫描反应板表面，读取每条模板序列第一轮反应所聚合上去的核苷酸种类。
之后，将这些基团化学切割，恢复3'端粘性，继续聚合第二个核苷酸。
如此继续下去，直到每条模板序列都完全被聚合为双链。
这样，统计每轮收集到的荧光信号结果，就可以得知每个模板DNA片段的序列。
目前的配对末端读长可达到2×50 bp，更长的读长也能实现，但错误率会增高。
读长会受到多个引起信号衰减的因素所影响，如荧光标记的不完全切割。
4. 数据分析自动读取碱基，数据被转移到自动分析通道进行二次分析。
Genome Analyzer系统之所以如此畅销，关键在于其技术上的优势。
1. 可扩展的超高通量Genome Analyzer系统目前每次运行后可获得超过20 GB的高品质过滤数据。
这个技术的可扩展性保证了更高的数据密度和输出，能用更少的经费完成更复杂的项目。
到今年底，通量还有望上升到95 GB，相当于人类基因组的30倍覆盖度。
2. 需要样品量少Genome Analyzer系统需要的样品量低至100ng，能应用在很多样品有限的实验（比如免疫沉淀、显微切割等）中。
这也是很多研究人员所考虑的因素。
3. 简单、快速、自动化Genome Analyzer系统提供了最简单和简洁的工作流程。
即使是最小的实验室也能像大型基因组中心一样进行大规模的实验。
制备样品文库可以在几小时内完成，一个星期内就能得到高精确度的数据。
Cluster Station可以说是Genome Analyzer的核心。
由独立软件控制的自动生成DNA 簇的过程可以在5小时之内（30分钟手工操作）完成。
这个自动化的流程不需要进行Emulsion PCR，减少了手工操作误差和污染可能性，也不需要机器人操作或洁净室。
快速的实验流程使Genome Analyzer的能力增至最大，而自动化步移降低了项目的时间和费用。
4. 新颖的测序化学技术Genome Analyzer通过合成测序来支持大规模并行测序。
利用新颖的可逆荧光标记终止子，可以在DNA链延伸的过程中检测单个碱基掺入。
由于四个可逆终止子dNTP在每个测序循环都存在，自然的竞争减少了掺入的误差。
5. 单个或配对末端支持Genome Analyzer系统支持单个片段或配对末端文库。
文库构建过程简单，减少了样品分离和制备的时间。
制备基因组DNA的单个片段或配对末端文库需要6个小时，只有3个小时需要手工操作。
2×50个碱基或更长的读长增加了比对基因组的能力，并拓展了在其他方面的应用。
然而，精明的用户更看重的是性价比，这也是他们选择Illumina的重要原因。
Illumina的售价约为45万美元，低于454 GS FLX的50万和SOLiD系统的59万（以上皆为美国的售价）。
此外，运行成本也是一个关键因素。
美国凤凰城翻译基因组学研究院（TGen）的主管David Duggan 曾表示，当年购买新一代测序仪时，每次运行的费用就成为他下决定的主要因素。
他最终选择了Illumina Genome Analyzer，因为每轮的运行费用为3000-4000美元（2007年的数据），较为合理，而其他测序仪可能更高。
当然，他也综合考虑了通量、运行时间和样品量。
弗吉尼亚联邦大学的高原（音译）博士认为：“Genome Analyzer的操作费用、易用性和可扩展性让我实现了大规模基因组实验。
现在，我的小型实验室正在进行过去只能在大型基因组中心才能完成的实验。
低样品需求、简单的流程、高质量的数据以及应用灵活性让Illumina Genome Analyzer从其他高通量测序技术中脱颖而出。
”ROCH-454 测序仪454公司可谓新一代测序技术的奠基人。
2005年底，454公司推出了革命性的基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统——Genome Sequencer 20 System，被《Nature》杂志以里程碑事件报道，开创了边合成边测序（sequencing-by-synthesis）的先河。
之后，454公司被罗氏诊断公司以1.55亿美元收购。
一年后，他们又推出了性能更优的第二代基因组测序系统——Genome Sequencer FLX System (GS FLX)。
去年10月，全新的GS FLX Titanium系列试剂和软件的补充，让GS FLX的通量一下子提高了5倍，准确性、读长也进一步提升。
想当年，GS 20的出现，揭开了测序历史上崭新的一页。
Jonathan Rothberg博士就是大规模并行测序的发明者，同时也是454的创始人。
上世纪90年代，很多学者也都想到了大规模并行测序，他们试图将Sanger测序移到芯片上，但都以失败告终，因为这项技术没有可扩展性。
1999年，Rothberg的儿子出世，他放了两个星期的陪产假。
小家伙出生后被送入婴儿特护病房，Rothberg非常担心，甚至想获取儿子的基因组信息。
这段担惊受怕的经历给了他灵感，他突然意识到焦磷酸测序（pyrosequencing）不仅简单，而且具有可扩展性。
两个星期之后，Rothberg 就开始设计芯片和流动室，让测序在更小的反应室中进行，并同时进行几百万个反应。
硬件的设计和制造也只是成功的一半，在样品制备上还有同样漫长的路要走。
Rothberg摒弃了传统的细菌克隆与挑选，将DNA打断成随机片段，并寻找一种方法来克隆每个片段。
受到其他学者乳液实验的启发，他也想将DNA放入油包水的乳液中，这样就省去了反应管。
一个好汉三个帮。
在Joel Bader等人的帮助下，Rothberg验证了这些想法的可行性，并利用了炸药中的表面活性剂来维持乳液的热稳定性。
就这样，乳液PCR终于诞生了。
之后，454生命科学公司用新一代测序仪对DNA双螺旋结构的发明者James Watson进行了基因组测序。
第一份个人基因组图谱的绘制只用了两年时间，花费不到100万美元。
虽然现在看来这并不算什么，但就当时而言，它相对于人类基因组计划已是质的飞跃。
GS FLX系统的工作流程GS FLX系统的流程概括起来，就是“一个片段= 一个磁珠= 一条读长（One fragment = One bead = One read）”。
1）样品输入并片段化：GS FLX系统支持各种不同来源的样品，包括基因组DNA、PCR产物、BAC、cDNA、小分子RNA等等。
大的样品例如基因组DNA或者BAC等被打断成300－800 bp 的片段；对于小分子的非编码RNA或者PCR扩增产物，这一步则不需要。
短的PCR产物则可以直接跳到步骤3)。
2）文库制备：借助一系列标准的分子生物学技术，将A和B接头（3’和5’端具有特异性）连接到DNA片段上。
接头也将用于后续的纯化，扩增和测序步骤。
具有A、B接头的单链DNA片段组成了样品文库。
3）一个DNA片段＝一个磁珠：单链DNA文库被固定在特别设计的DNA捕获磁珠上。
每一个磁珠携带了一个独特的单链DNA片段。
磁珠结合的文库被扩增试剂乳化，形成油包水的混合物，这样就形成了只包含一个磁珠和一个独特片段的微反应器。
4）乳液PCR扩增：每个独特的片段在自己的微反应器里进行独立的扩增，而没有其他的竞争性或者污染性序列的影响。
整个片段文库的扩增平行进行。
对于每一个片段而言，扩增后产生了几百万个相同的拷贝。
随后，乳液混合物被打破，扩增的片段仍然结合在磁珠上。
二代测序4个平台比较illumina
Illumina MiSeq
Roche 454 Junior
通量
最高通量的个人化测序仪，自动完成 0.035G 数据量
从簇生成到 测序到 数据一级 分析和
二级分析
每此运行可产出 300M-15 Gb
软件支持 发表文献
原厂软件可完成碱基识别， 序 列拼 装 ， 基 因 变异 和 缺失 分析，reads counting 和小基 因组 De Novo 拼装
作为市场占有率超过 2／3 的 二 代测 序 ， 有 着 最广 泛 的第 三方软件 支持 > 2500 篇文章在各个领域的
原厂软件可快速完成小基因 组的拼接
Roche GS FLX 个领域的 应用
Illumina MiSeq
Roche 454 Junior
应用
应用
Q20 表示单条序列里对应碱基的准确性为 99%，Q 值越高，数据质量约好。
* (publicized accuracies) - Loman et al. Na ture Biotechnology, April 2012
Illumina HiSeq1000 应用
2 X 150 bp 运行约需 24 小时 2 x 250 bp 运行约需 35 小时 中小基因 组的研 究： 扩增子测序 靶向重测序 Clone Checking 小基因组测序（de nove/重测
序，<20Mb ） ChIP-Seq 小 RNA 测序 宏基因组（16S） 以及更多应用……
发表文章数量均远超过竞争
homopolymer 无法正确读取
对手）
Illumina、454、ABI测序仪比较
Illumina 、454 、ABI 测序仪比较Illumina 测序仪Illumina 公司的新一代测序仪Genome Analyzer 最早由Solexa 公司研发，利用其专利核心技术“DNA 簇”和“可逆性末端终结（reversible terminator ）”，实现自动化样本制备及基因组数百万个碱基大规模平行测序。
Illumina 公司于2007年花费6亿美金的巨资收购了Solexa ，就是为了促成Genome Analyzer 的商品化。
Genome Analyzer 作为新一代测序技术平台，具有高准确性，高通量，高灵敏度，和低运行成本等突出优势，可以同时完成传统基因组学研究（测序和注释）以及功能基因组学以及功能基因组学 （基因表达及调控，基因功能，蛋白/核酸相互作用）研究。
Genome Analyzer 自上市以来，已经为千人基因组计划立下了赫赫战功。
今年早期，荷兰科学家利用它首次绘出女性的基因组图谱。
而就在前两周，家利用它首次绘出女性的基因组图谱。
而就在前两周，《《Nature 》杂志上一连出现三个人类基因组图谱：炎黄一号-第一个亚洲人图谱；第一个癌症病人图谱；第一个非洲人图谱。
它们全是依赖Genome Analyzer 完成的。
哗，一下就来仨！这和第一个人类基因组图谱的13年形成了多么鲜明的对照。
根据去年底的数据，Genome Analyzer 已售出约200台，估计是市场占有率最广的。
前不久，华大基因再添置了12台，准备放在香港和深圳的实验室，至此华大基因已经有29台Genome Analyzer 。
而著名的麻省理工学院和哈佛大学Broad 研究院拥有47台Illumina 测序仪。
众多实验室之所以选择Illumina ，看中的无疑是Genome Analyzer 的高性价比。
上个月，Illumina 将Genome Analyzer II 升级到Genome Analyzer IIx ，距年底实现单次运行获得95 GB 数据的宏伟目标又近了一步。
分析下一代DNA测序技术的优缺点并比较
分析下一代DNA测序技术的优缺点并比较近年来，基因测序技术取得了快速发展，其发展速度远高于摩尔定律规律。
第一代测序技术“链终止法”虽然技术成熟，但其高成本和低效率限制了其广泛应用。
随着第二代测序技术的出现，基因测序不断向着高通量、高准确度和低成本的方向发展。
本文将分析下一代DNA测序技术的优缺点并比较，希望为读者提供更多的技术资讯和了解。
一、下一代DNA测序技术的优点1. 高通量：下一代DNA测序技术具有高通量的特点，可同时对一个物种或个体的全基因组进行快速测序，达到高通量基因组测序的目标。
这种高通量使得科学家可以在较短时间内提取大量基因信息。
2. 快速速度：下一代DNA测序技术具有极高的速度，一晚上可以测序数千万条序列，并在几个小时内将结果生成和分析。
这种快速速度使得科学家可以在更短的时间里完成大量的测序工作，为基因组研究提供了更强大的工具。
3. 高准确度：下一代DNA测序技术具有很高的准确度，一般达到99.9%或更高。
这种高准确度使检测结果更加准确，从而更好地发现细微的变化或突变。
4. 低成本：下一代DNA测序技术的成本相对较低，能够快速进行测序并且价格低廉，使得大规模的测序在实践中得到了广泛的应用。
二、下一代DNA测序技术的缺点1. 数据分析困难：下一代DNA测序技术获得的数据量大，处理数据的复杂性也增加。
因此需要使用计算机等自动化工具进行数据分析，但是这些应用需要更高的计算能力和存储容量，而且也需要高水平的数据分析人员。
2. 测序误差率高：虽然下一代DNA测序技术具有很高的准确性，但由于基因数据量惊人，在处理过程中仍存在一定误差。
虽然这些误差比较小，但是在分析工作中仍然可能影响结果。
因此需要运用质量控制等手段来保持数据的准确性和可靠性。
3. 长序列难以获得：虽然下一代DNA测序技术能够产生大量序列，但其获得的序列长度均较短，通常只有较短的几百个碱基。
由于每个基因组都包含大量的重复序列和复杂序列，这些情况可能导致测序效率低，难以覆盖全部基因组情况。
DNA测序技术发展史一代二代三代测序技术简要原理及比较
DNA测序技术发展史一代二代三代测序技术简要原理及比较一、一代测序技术一代测序技术最早出现于1977年，由Sanger和Gilbert等人开发。
其原理基于DNA链延伸，即通过将DNA链合成过程中加入少量的dideoxy核苷酸（ddNTP），使得DNA链延伸在一些特定位置停止，并通过凝胶电泳分析停止位置来确定每个核苷酸的顺序。
一代测序技术的特点是：1.准确性较高，可以达到99.99%的准确率。
2.读长较短，一般为500至1000个碱基。
3.测序过程复杂，需要进行多次扩增和凝胶电泳分析，耗时较长。
二、二代测序技术二代测序技术的发展始于2005年，它采用大规模并行的方式进行测序，实现了高通量测序。
主要的二代测序技术包括454测序、illumina测序和Ion Torrent测序。
454测序技术采用循环化学法，通过将DNA片段固定在微小的载体上，然后进行多次扩增和测序，最后通过压缩气体冲击来释放碱基，从而实现测序。
illumina测序技术采用桥式扩增法，通过将DNA固定在玻璃芯片上的小孔中，并用荧光标记核苷酸进行扩增和测序，最后通过激光扫描来检测荧光信号。
Ion Torrent测序技术是一种基于半导体芯片原理的测序技术，通过检测氢离子的释放来确定DNA序列。
二代测序技术的特点是：1.高通量：可以同时测序数百万甚至数十亿个片段。
2.快速：通常只需几个小时到几天的时间完成测序。
3.读长较短：大部分二代测序技术的读长在100至1000个碱基之间。
4.相对较低的测序准确率：一般在99%左右。
三、三代测序技术三代测序技术是指第三代测序技术，它的发展始于2024年。
三代测序技术主要包括单分子测序和纳米孔测序。
单分子测序技术（如PacBio和Nanopore）通过将DNA片段转化为单分子，然后通过观察单分子的扩增和测序来获得DNA序列。
纳米孔测序技术则是将DNA分子引入纳米孔中，通过纳米孔内的电信号变化来确定碱基对的序列。
基因检测技术比较
TaqMan 技术 Specific Target Amplification (if necessary)
Fwd
Y
Rev
Allele-Specific Genotyping Reaction
Fwd
Y
Rev
TaqMan
T
Probes
C
TaqMan 技术 1. Probe hybridization
3. Probe displacement & cleavage
T
T
Y
Y
T Y
2. Target amplification
4. PCR & cleavage products
MGB技术
原理：针对Taqman探针荧光淬灭不彻底的问题，3'端采用了非荧光性 的淬灭基因，大大降低了本底信号的干扰。此外，MGB探针的3'端还连 接了一个二氢环化吲哚卟啉-三肽，可以大大稳定探针与模板的杂交, 而 短探针的荧光报告基团和淬灭基团的距离更近, 淬灭效果更好，荧光背 景更低，使得信噪比更高：一个15bp的MGB 探针的信噪比大于6,优于 理想状态下的25bp的普通Taqman探针（信噪比约为1.5）。允许采用 更短的探针也简化了探针的设计和成本。
二 基因芯片技术
基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组 已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一 块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中 带有荧光标记的核酸序列，与基因芯片上对应位置的核酸 探针产生互补匹配时，通过确定荧光强度最强的探针位置， 获得一组序列完全互补的探针序列。据此可重组出靶核酸 的序列。
九、基因芯片检测原理及简要过程
T7 promoter
三分钟了解4代基因测序技术
三分钟了解4代基因测序技术基因检测技术是近年来伴随“精准医疗”概念的提出而迅速发展起来的一门科学技术，它可以从基因组机制上阐释遗传学、发育生物学、进化生物学等学科的经典概念，在全基因组水平延伸了染色体高级构象、细胞异质性、功能模块等新概念，为精准医学开辟了应用性新领域。
近年来，随着分子水平的基因检测技术平台不断发展和完善，基因检测成为临床诊断和研究的热点。
基因检测技术应用于遗传病诊断、罕见病、产前筛查、临床个体用药以及肿瘤监诊断疗等领城的科研成果也层出不穷。
目前，应用较广的基因检测技术大致分三类：基因测序、以核酸扩增为基础的PCR技术，以荧光杂交检测为基础的FISH技术。
这三类技术沟通构成了基因检测基础，大部分基因检测项目都有赖于这三项基础技术开展。
与PCR和FISH技术相比，基因测序技术可直接读取DNA分子的30亿个碱基序列，具有高通量、数据量大的特点。
此外，基因芯片技术应用范围也较广。
基因检测技术对比 在本文中，小编汇总了4代基因测序技术并比较其优缺点，以期帮助正在从事基因检测工作或行业的您，了解这项技术的发展历程。
基因组学与基因检测技术的概述 基因组学是伴随“人类基因组计划”发展起来的一门新兴学科，是新世纪科学的莫基学科，已成为生命科学发展的基础性和引领性学科。
20世纪50年代， Watson和 Crick提出DNA双螺旋结构后，人们对基因的遺传学功能逐渐有所认识，并开始致力于DNA序列检测的探索。
1975年Sanger等发明了第一代测序技术并在1980年完成了人类历史上第一个基因组序列¬——噬菌体X174的测序，它标志着人类正是进入基因组学时代。
从1985年人类基因组计划提出，到2001年人类基因组草图完成，基因组学的研究也从以全基因组测序转向以基因功能鉴定为日标的后基因组时代。
基因检测技术经过近70年的发，从第一代的双脱氧链测序技术已经发展到第四代固态纳米测序技术。
测序技术的发展使人们能够方便准确地获取大量的基因组信息，并将其应用于疾病的研究，借此人们遜渐认识到基因变异与疾病发生发晨的关系。
【原创】三种NGS技术的科普介绍illumina、roche、ABI
【原创】三种NGS技术的科普介绍illumina、roche、ABI转载于丁香园（苏格兰战士）【illumina & solexa公司】高通量测序原理并行合成测序技术Sequencing-By-Synthesis(SBS)可逆末端终结技术 Reversible Terminator Chemistry新技术：Two-Channel SBS技术原理：样品准备：将待测DNA(基因组DNA or 许多条DNA)用雾化或超声波随机切断成许多DNA短片段文库制备(mate-pair lib,MP)：用聚合酶和外切酶把DNA片段切成平末端，磷酸化并增加一个核苷酸黏性末端。
在片段DNA两端连上接头(ligation)，制成DNA文库(mate-pair libraries)PCR扩增：(芯片有8个纵向泳道(lane)的硅基片。
每个泳道内芯片表面有无数的被固定的单链接头。
)带接头的DNA片段变性成单链后与含有接头(单链引物)的芯片(flow cell)杂交，DNA两端接头互补匹配到芯片上的接头，形成"桥"。
进行30轮桥式扩增，形成单克隆DNA簇(cluster generation)，是为了保证信号强度。
簇形成后，使模板"桥"线性化(切断一个接头与芯片的连接)，并用ddNTP阻断模板测序/图像采集：加入4种有阻滞基团和不同荧光标记的dNTP。
这些dNTP是"可逆终止子"，3'羟基带有可化学切割的阻滞基团，使每个循环只能掺入单个碱基。
清除未反应的dNTP和试剂，此时用激光扫描芯片，读取每条模板第一轮聚合上去的核苷酸种类(拍摄4幅颜色的图像，新技术Two-Channel只需拍摄2幅图像)。
接着将这些阻滞基团和荧光基团切割，恢复3'端粘性，继续聚合第二个核苷酸。
如此循环，记录每个循环的荧光信息，最后得到序列信息（怎么切？什么试剂？）数据分析：将各DNA片段的序列拼接起来，组成完整DNA的序列测序仪：GA, MiSeq, NextSeq, HiSeq指标：output: 1Gb～1Tb (output = reads * read length)run time: 5h～5dreads/flow cell: 25*10e6～2*10e9read length:2*150～2*300bp(双末端测序，两端测序长度相同) flow cell: 1 or 2barcode: 24seq depth: 30X(10 human genomes)产品越先进 reads越多 output越多 read length越短早期产品通量低时间短 -- 目标基因小基因组测序后期产品通量高时间长 -- 全基因组人群规模测序【Roche & 454公司】一个片段(fragment) = 一个磁珠(bead) = 一条读长(read)焦磷酸测序 Pyrosequencing技术原理：1.样品输入并片段化：大的样品如基因组DNA或BAC等利用超声或氮气雾化打断，然后采用琼脂糖凝胶电泳回收或磁珠纯化，选择300-800bp的DNA片段；对于小分子的非编码RNA或者PCR产物，这一步则不需要。
3大二代测序平台的优缺点
一、ABI的solid liiumina的SOLEX 和ROCHE/454的GX FLX，三种平台在技术特点上有什么异同？面对三种平台，该如何选择呢？简而言之：Roche 454是焦磷酸测序；Illunima Solexa是合成法测序；ABI SOLiD是连接法测序。
就读长来看：Roche 454 > Illunima Solexa > ABI SOLiD。
就Reads数来看：ABI SOLiD > Illunima Solexa > Roche 454。
就应用来看：Roche 454读长最长，便于拼接，因此在de novo测序方面有很大优势；ABI SOLiD虽然读长很短，但是Reads数最多，而且ABI独有的双色球编码技术，使得每个碱基都会被读取两遍，准确率很高，因此ABI SOLiD在检测SNP、转录组测序、ChIP-Seq等方面很有优势；Illunima Solexa的读长和Reads数均位于中间，比较适合于基因组重测序。
而在实际应用中，由于Roche 454成本太高，因此Illunima Solexa 也被较多的应用于de novo测序。
二、关于生物芯片和二代测序1：现在二代测序很火，有一种取代芯片的趋势，我想知道，生物芯片和二代测序各自的优缺点？2：什么样的研究，使用芯片更好?什么样的测序更好？3：关于不同的测序平台，测的长度不同，有什么样区别？4：什么是数字表达谱？microarray和NGS都是高通量的基因组学研究手段，两者还是有较显著的差异。
首先，根本机制不同，Microarray本质上是核酸杂交；NGS本质上是PCR。
其次，microarray是一个封闭的系统，不可能检测到探针没有覆盖到的那部分信息；而NGS是一个开放的系统，来什么，测什么。
（1）microarray不能发现新序列，而NGS可以发现一些以前没有检测到的基因。
（2）由于NGS本质上还是PCR，在建库的过程中样本被扩增上千倍，因此样本中基因的量的线性关系会有所偏差。
二代测序4个平台比较illumina Roche
二代测序4个平台比较illumina Roche illumina MiSeq&HiSeq1000和Roche454 Junior&FLX 性能比较表Illumina MiSeq Roche 454 Junior Illumina HiSeq1000 Roche GS FLX 通量最高通量的个人化测序仪，自动完成0.035G 数据量全球最高通量的二代测序: 0.45G碱基数据量;从簇生成到测序到数据一级分析和300G的数据量;二级分析, 每此运行可产出300M-15 Gb数据读长 2x300bp 400 bp 2x100bp 450bp运行费用 300-1000美元/G的数据量 70,000美元,G的数据量 60美元/G的数据量 20,000 美元/G的数据量数据准确, Illumina SBS 测序化学原理, Q20数据质量(如果无重复序, Illumina SBS 测序化学原理, Q20数据质量(如果性是二代测序技术中最被广泛列) 是二代测序技术中最被广泛无重复序列) 证明和认同的(市场份额和证明和认同的(市场份额和发表文章数量均远超过竞争, 焦磷酸测序存在发表文章数量均远超过竞争, 焦磷酸测序存在对手) homopolymer无法正确读取对手) homopolymer无法, 数据质量不受, 数据质量不受正确读取Homopolymeric regions 影响 Homopolymeric regions 影响, >Q20 数据质量( >80%数据, >Q20 数据质量 (>80%数据为为Q30) Q30)实验周期整个实验流程需要数天时间，包括: 文库制备:1.5小时Netera快速方法整个实验流程需要数天时提供最快的二代测序的实验流程，最, 文库制备:1天，且需要大量和1天的TruSeq标准方法。
间，包括:的手工操作 , 文库制备:1天，且快可在8小时内完成从DNA样本建库, ePCR+ Enrichment: 在主机外8.5天产生300G数据。
常用的五种基因测序仪器的比较
四、测序仪之——ROCH-454
SOLID的双碱基编码矩阵
两个碱基共同决定一 个颜色，可以极大的 提高测序的准确率
五轮测序反应反应后，按照第0、1位，第1、2 位... …的顺序把对应于模板序列的颜色信息连起来， 就得到由“0，1，2，3…”组成的SOLiD原始颜色序 列。
2. ABI SOLID的特性
• 无以伦比的通量 目前SOLiD 3系统单次运行能产生50 GB的人基因 组序列数据，相当于基因组的17倍覆盖度，这显 然是其他任一台新一代测序系统都无法达到的
测序仪器 3730XL
所采用测序技术
鸟枪Sanger测 序法 毛细管 电泳技术
校错方法
高通量
主要用于KB～MB 级别的测序
ABI SOLiD 微乳液PCR扩增 双碱基编码
连接酶法测序
技术
最高可达180 GB
优势方面
常规测序， 高准确度
第二代测 序仪中准 确度最高
Solexa GA
桥式PCR技术 合成测序法
加入DNA聚合酶和带有4种荧光标记的dNTP。 每个循环掺入单个碱基。用激光扫描反应板表 面，读取所聚合上去的核苷酸种类。之后，将 这些基团化学切割，恢复3′端粘性，继续聚合第 二个核苷酸。如此继续下去，直到每条模板序 列都完全被聚合为双链。这样，就可以得知每 个模板DNA片段的序列。
桥式PCR
2. Illumina GA的特性
上市时间
2002年 2007年 1月
2007年
2005年 2008年
2月