动物全基因组选择育种技术路线
SNP开发验证的研究方法和技术路线
SNP开发/验证的研究方法和技术路线1分子标记：分子标记，我想这部分是我们分子标记组最核心的任务。
现在，我们没有任何可用的标记检测我们的定位材料。
即使想要验证已经定位的QTLs，我们也需要相对应的区间内的分子标记，尤其是SNP 标记。
1.1 全基因组SNP—Affymetrix芯片：一套完整的全基因组的SNP芯片，相对于Douglas体系，其操作简单，高通量。
可以直接对定位群体进行初定位的扫描或是对育种材料的背景进行分析。
在国家玉米改良中心，有一套3k的Illumina芯片，就是用来对玉米材料进行高通量检测，基因型检测结果通常可以用来QTLs初定位，育种材料的群体划分与纯度鉴定以及低密度的关联分析等。
在此，我建议我们应该开发一套番茄基因型检测的芯片。
目前，只是查找到Illumina芯片有一套全基因SNP信息，包含7,720条探针。
而Affymetrix公司目前并没有相应的产品。
但是通过跟Affymetrix公司了解，可以利用Illumina芯片已有的结果进行开发。
番茄目前测序结果显示其全基因组大小为~760Mb，而玉米为~2,500Mb，但是他们包括的基因数目~30,000个，整体情况相近。
另外，番茄作为自交植物，其LD的衰减值应该更大，有效的历史重组会更少，遗传多样性低。
因此，综合考虑，我建议我们可以开发~3k芯片，应该可以满足大多数研究材料、育种材料的基因型检测需求。
虽然目前下一代测序技术蓬勃发展，但是对于用于基因型检测来讲，其数据分析与成本相对于芯片都要更复杂和更高。
总之，我们番茄处于刚刚发展阶段，我认为就基因型检测方面，芯片有其很高的应用价值。
即使像玉米，这样测序技术发展很多年的材料，芯片技术也在应用。
1.2全基因组SNP—Douglas：当用Affymetrix芯片检测鉴定完番茄基因型并完成基因型分析之后，1）对于优良的QTLs或是基因，页脚内容1我们可以直接选择覆盖整个区间的分子标记运行Douglas系统进行分子标记辅助育种，2）对于需要进一步验证的QTLs，我们也可以利用Douglas系统只检测材料覆盖定位区间的基因型，而不需要再一次利用Affymetrix芯片或是其他方法进行全基因检测（图1.1）。
全国肉牛遗传改良计划(2021—2035年)
全国肉牛遗传改良计划（2021—2035年）肉牛产业是畜牧业的重要组成部分。
良种是肉牛产业健康持续发展的物质基础。
《全国肉牛遗传改良计划（2011—2025年）》实施以来，构建了肉牛遗传改良体系基本框架，肉牛生产性能持续提高。
为全面提高我国肉牛种业创新水平和国际竞争力，支撑和引领肉牛产业高质量发展，在前期肉牛遗传改良工作基础上，制修订本计划。
一、基础与要求（一）发展基础。
2011年以来，全国肉牛遗传改良工作成效显著。
一是良种繁育体系逐步完善。
遴选了国家肉牛核心育种场42家，覆盖肉牛品种26个，组建育种核心群2万余头，36家种公牛站存栏肉用、兼用采精种公牛2200余头，自主培育和供种能力不断提升。
二是基本建立了种牛生产性能测定体系。
制订了《肉牛生产性能测定技术规范》，78个场站累计3.2万余头肉牛参与品种登记和生产性能测定。
2015年启动西门塔尔牛全国联合后裔测定，累计测定种公牛103头。
三是建立了肉牛遗传评估平台。
制定中国肉牛选择指数（CBI）和中国乳肉兼用牛总性能指数（TPI），每年定期发布遗传评估结果，指导肉用种公牛选育，累计完成肉用种公牛遗传评估5914头；研发了具有自主知识产权的肉牛基因组选择技术平台，制定了中国肉牛基因组选择指数（GCBI），组建了规模为2300头的参考群体。
四是联合育种稳步推进。
成立了多种形式的联合育种组织，吸纳全国30多家种公牛站和核心育种场参与，实现资源、技术和育种信息的互通共享。
五是地方遗传资源开发利用逐步开展。
对秦川牛、延边牛、渤海黑牛等地方品种开展持续选育，以地方牛遗传资源为育种素材，培育了蜀宣花牛、云岭牛和阿什旦牦牛并通过国家新品种审定。
（二）发展要求。
国内牛肉消费刚性需求一直呈增长态势，肉牛种业发展潜力巨大。
第一期肉牛遗传改良计划实施时间有限，育种基础工作薄弱，品种登记、生产性能测定总体规模小，育种核心群小，引进品种本土化选育效率不高，联合育种机制不完善，地方品种优良特性挖掘利用不足、选育方向不明确等制约肉牛种业发展的问题还未得到根本解决。
发挥国家级育种场优势 推进奶牛肉牛育种创新
单凭企业自身力量，无法完成技术的前期研发、转化和 展。
技术体系的维持。
六 是 加 强 知 识 产 权 保 护 ，促进育种产业健康发展
三、企业奶肉牛育种计划和需要提供的支持
组织或参加全国奶肉牛大型拍卖和展示会，以质论价，
一是建设国家级种牛繁育基地。计划投资1亿元在 提升我国奶肉牛种牛在市场认知度及影响力。
河 北 省 威 县 和 隆 化 建 设 存 栏 5 0 0 0 头 荷 斯 坦 奶 牛 和 3000 头 西 门 塔 尔 、安 格 斯 、和牛纯繁基地，监测种牛生长发
七是需要国家对奶肉牛育种长期稳定的扶持政策= 公司作为国家级奶肉牛核心育种场，具有丰富的育种实
育 、产奶量、日增重和饲料报酬等各种生产性能，建立 践经验和专业技术队伍，完全能够承担国家交给的奶肉
2 2 冀农融媒体•河北农业
' 现较好的后备公牛和后备母牛，建立后备种牛群，定向 作 ，而且由于育种繁琐、环境差、待遇低、年轻技术人 \
冀 农 融 媒 体 • 河 北 农 业 21
特别策划
员不愿意干，人才流失，存在技术队伍断档的危险，造 级种牛数据处理中心等，力争成为国家级种牛胚胎生物
成研发类项目申报上相较高等院所处于明显劣势:
展方面做出了亮眼成效。
推一体化发
三是在全国25个省、市 、自治区293家牧场开展胚 胎 移 植 技 术 服 务 与 推 广 工 作 ：生 产 优 质 种 牛 3.5万 头 。
在种牛繁育方面，一是坚持开展奶肉牛全基因组检 为全国8 家种牛站培育种公牛1000余头，3 家国家级核
测 ，推行全基因组选择育种。对 1 ~ 7 日龄新产犊牛取样 心育种场培育种母牛3000余 头 ，累计为社会新增产值
一、纯种奶肉牛育繁推一体化情况
全国羊遗传改良计划(2021—2035年)
全国羊遗传改良计划（2021—2035年）我国既是羊产品生产、消费大国，也是羊毛、羊绒制品出口大国，羊存栏量、出栏量、肉产量和绒产量均居世界第一位。
发展羊产业对增加农牧民收入、保障供给、促进乡村振兴具有重要作用。
种业是现代羊产业发展的基石，遗传改良是提高羊产业竞争力的关键。
自《全国肉羊遗传改良计划（2015—2025年）》实施以来，有力地促进了我国肉羊种业的发展。
为加快推进羊种业的高质量发展，在前期肉羊遗传改良工作的基础上，制修订本计划。
一、基础与要求（一）发展基础。
近些年，我国羊遗传改良工作积极推进，开启了羊种业发展的新局面。
一是育成了一批新品种。
目前，列入《国家畜禽遗传资源品种名录》的羊品种共167个，其中绵羊89个、山羊78个。
育成新品种10个，这些育成品种特性明显、生产水平高、适应性强，在提高我国羊生产水平和产品品质上发挥了积极作用。
二是良种繁育体系逐步完善。
与羊产业区域布局相适应，初步建立了以种羊场为核心、以繁育场为基础、以质量监督检验测试中心和性能测定中心为支撑的良种繁育体系。
全国现有绵羊种羊场823家，山羊种羊场449家，遴选国家肉羊核心育种场28家，性能测定中心（站）和绒毛质量监督检验测试中心各3个。
三是生产水平稳步提升。
羊出栏率由1980年的23%提高到2019年的105.4%，胴体重由10.5千克提高到15.4千克。
细毛羊个体产毛量明显提高，羊毛主体细度由20世纪90年代的64支提高到目前的66支以上。
绒山羊产绒量明显提高，羊绒品质保持优良。
2015—2020年，全国奶山羊300天泌乳期平均产奶量从450千克增加到500千克。
（二）发展要求。
当前，我国羊产业正处于关键转型阶段，即由以分散、粗放经营为主向以规模化、标准化为主转变，规模化舍饲比重不断增大。
为适应产业发展新形势，在第一期肉羊遗传改良计划的基础上，发布实施更加全面、系统的羊遗传改良计划，对于解决我国羊种业基础工作薄弱，育种基础设施和装备较差，选育手段落后，性能测定、遗传评估等基础工作不系统，部分地方品种选育目标不明确，企业育种技术力量较弱，联合育种机制不完善，自主创新能力不强等问题具有重要的现实意义。
创新驱动海洋种业的建议及对策
创新驱动海洋种业的建议及对策海洋农业产业科技创新战略研究组良种选育与苗种繁育专题组【期刊名称】《中国农村科技》【年(卷),期】2013(000)011【总页数】4页(P70-73)【作者】海洋农业产业科技创新战略研究组良种选育与苗种繁育专题组【作者单位】海洋农业产业科技创新战略研究组良种选育与苗种繁育专题组【正文语种】中文农以种为先，种业是推动养殖业发展最活跃、最重要的引领性要素，是农业领域科技创新的前沿和主战场，作为大农业中的一环，水产业也是如此。
大力发展种业，开展水产种质创新，对于保障养殖业的健康可持续发展、促进农民渔民增收、培育战略性新兴产业具有重大意义。
20世纪90年代初以来，中央和地方先后投入大量资金实施水产良种工程建设，成立了全国水产原良种审定委员会，启动国家级原良种场建设规划。
到“十一五”末，据统计国家累计投入资金16亿元支持428个水产原良种工程建设。
初步建立起了以遗传育种中心为龙头、国家级及省级原良种场为基础、苗种繁育场为骨干的水产原良种研发和生产体系。
近年来，在国家863计划、973计划、支撑计划等支持下，一批国家重点水产育种项目和产业体系项目实施，水产遗传育种技术水平明显提高，新品种、新技术不断涌现。
这些项目的实施，也培养了一大批水产育种技术人才。
当前，我国水产养殖业正处于“十二五”攻坚的关键时期，也正处于现代水产种业体系逐渐形成的时期。
随着国家原良种体系各项基础设施建设的逐步完成，特别是水产遗传育种中心逐步正常运转，我国现代水产种业的基础条件已初具规模；传统选育技术经过几十年的实践探索日趋完善，以多性状复合育种技术为代表的现代育种技术也逐步推广应用，现代种业发展的技术条件已具备。
《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020）》明确要求发展畜牧水产育种，提高农产品质量。
国家陆续推出的海洋开发战略不仅为我国现代种业的发展指明了前进的方向，也为种业及其相关产业提供了一个新的历史发展机遇期。
全基因组测序的技术路线 -回复
全基因组测序的技术路线-回复全基因组测序是一种通过对一个生物个体的全部基因组进行测序，来获取该个体遗传信息的技术。
全基因组测序技术是近年来发展迅速的一项重要生物技术，其应用领域涉及生物医学研究、药物研发、农业生产、环境保护等多个领域。
本文将以全基因组测序的技术路线为主题，详细介绍这一技术的步骤和相关的方法。
全基因组测序的技术路线主要包括以下几个步骤：1. 样品准备和DNA提取全基因组测序的第一步是样品准备和DNA（脱氧核糖核酸）提取。
样品可以是任何含有DNA的生物样本，如人体组织、血液、菌株、植物等。
在提取DNA之前，需要进行样品处理，如细胞溶解、检测DNA浓度和质量等。
2. 建库和捕获建库是全基因组测序的关键步骤之一，它将样品中的DNA片段进行适当的处理，使其适合测序。
建库的方法有多种选择，包括传统的文库构建和现代的方法，如通过PCR（聚合酶链式反应）扩增并添加特定的DNA序列标签。
建库后，可以使用捕获技术对感兴趣的基因组区域进行选择性富集。
3. 测序在建库和捕获步骤完成后，就可以进行测序了。
当前常用的测序方法主要有两种：Sanger测序和高通量测序（Next Generation Sequencing，简称NGS）。
Sanger测序是一种传统的测序方法，其原理是通过DNA聚合酶合成DNA 链，同时在聚合过程中加入可标记的ddNTP（二脱氧核苷酸三磷酸盐）。
通过不同标记的ddNTP停止DNA合成，即可获得DNA链的碱基序列。
高通量测序则是目前主流的全基因组测序方法。
高通量测序技术有多个平台可供选择，如Illumina HiSeq、Ion Torrent PGM等。
这些平台利用不同的原理和方法进行测序，如光学合成和化学合成。
高通量测序的优势在于其高通量、高效率和低成本，可以同时对多个样品进行测序。
4. 数据分析测序完成后，得到的是海量的原始测序数据。
为了提取有用的信息，需要对原始数据进行分析和处理。
动物育种学-第七章-品种培育
目录 品种培育与杂交改良
品系培育
注：改变教材的顺序，先讲品种、后讲品系
调整内容，“专门化品系培育” “杂交改良”与后面章节合并讲解
家畜育种学的主要任务（绪论）
畜禽品种资源 新品种和品系培育
▬培育新品种和新品系的理论和方法 ▬介绍培育新品种（系）的实践
筛选杂交方案，利用杂种优势 现有优良品种的选育提高
苏太猪
节粮小型褐壳蛋鸡（农大3号）育成
由吴常信教授主持育成
典型的导入杂交的范例
━法国明星肉鸡配套系D系具有矮小基因 ━通过明星D系与蛋鸡杂交，将矮小基因导入 ━使用蛋鸡公鸡对杂交后代进行多世代回交，固定矮小基因，
恢复产蛋性能 ━横交固定 ━选育提高（生产性能、性别鉴别等）
新品种年产蛋量17kg以上，蛋 料比2.1:1，社会效益明显，获 国家科技进步2等奖）
吉尔牛（5/8)荷斯坦牛（3/8) 杂交育种的典范
使用野生品种的杂交育种（1）
美国使用欧洲野牛（Bison）与家牛杂交，培育 出比法罗（Beefalo）肉牛品种
该品种在完全放牧条件下，10月龄达450kg以上 日增重达2000克以上，肉质优良
×
3/8
5/8
使用野生品种的杂交育种（2）
我国在青藏高原采用野生牦牛与家牦牛杂交成功 地培育成“大通牦牛”
级进杂交的要点
明确改良的具体目标 选择适宜的改良品种 选出优秀的改良种畜 组织有效的配种工作
杂交育种方法分类（4）
据育种工作基础分类
在现有杂种群基础上的杂交育种
中国荷斯坦牛 三河牛
有计划从头开始的杂交育种
拉康白猪（加拿大）
杂交育种的步骤
制定育种目标和育种方案
动物全基因组选择育种技术路线
动物全基因组选择育种技术路线以动物全基因组选择育种技术路线为题，本文将介绍动物全基因组选择育种技术的原理、应用和前景。
动物全基因组选择育种技术是指利用高通量测序技术和生物信息学分析方法，对动物全基因组进行全面的测序和分析，从而实现对某种特定性状的选择育种。
需要对待选动物进行全基因组测序。
通过将待选动物的DNA提取并进行高通量测序，可以获得该动物的全基因组序列。
随着高通量测序技术的不断发展，现在已经可以快速、准确地测序动物的全基因组。
接下来，将测序得到的全基因组序列进行生物信息学分析。
通过比对该动物的基因组序列与参考基因组序列的差异，可以识别出与特定性状相关的基因和突变位点。
此外，还可以利用生物信息学方法分析基因的功能、调控网络等信息，进一步了解基因与性状之间的关系。
在分析得到与特定性状相关的基因和突变位点后，可以利用这些信息进行选择育种。
通过选择具有有利基因和突变位点的个体进行配对繁殖，可以逐渐累积有利基因和突变位点，从而达到改良特定性状的目的。
这种选择育种方法相比传统的选择育种方法，可以更加精确地选择和改良特定性状，提高育种效果。
动物全基因组选择育种技术在农业、畜牧业和宠物养殖等领域具有广阔的应用前景。
通过该技术，可以提高农作物和家禽的产量和品质，改良畜牧动物的生长速度和抗病能力，培育出更适合家庭和社会需求的宠物。
同时，动物全基因组选择育种技术也可以用于保护濒危物种和改良野生动物的种质资源，以促进生物多样性的保护和可持续利用。
然而，动物全基因组选择育种技术也面临一些挑战和问题。
首先，全基因组测序和生物信息学分析需要大量的时间、资源和专业知识，因此对于一些资源有限的地区和机构来说，实施该技术可能存在一定的困难。
其次，由于动物性状的复杂性和多基因控制性，往往需要对多个基因进行选择和改良，这就需要更深入的基因功能研究和更精准的选择方法。
动物全基因组选择育种技术是一种强大的工具，可以帮助我们更好地了解动物基因组的结构和功能，实现对特定性状的选择育种。
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动物全基因组选择育种技术路线
随着科学技术的不断进步，动物育种技术也在不断发展。
其中，动物全基因组选择育种技术是一种新兴的育种方法，通过对动物的全基因组进行测序和分析，可以准确地评估动物的遗传背景，进而选择优良的遗传特性进行繁殖，以提高动物的经济和生产性能。
动物全基因组选择育种技术的路线主要包括以下几个步骤：
1. 建立全基因组数据库：首先，需要对目标动物进行全基因组测序，获取动物基因组的全部信息。
然后，将测序得到的序列进行组装和注释，建立全基因组数据库。
这一步骤的目的是为后续的基因分析和选择提供基础数据。
2. 分析基因组信息：在建立全基因组数据库之后，需要对基因组信息进行深入分析。
通过比对不同个体的基因组序列，可以发现不同个体之间的遗传差异，进而找出与优良性状相关的基因。
3. 确定优良性状：在分析基因组信息的基础上，需要确定与优良性状相关的基因。
这可以通过关联分析、群体遗传学等方法来实现。
通过分析大量的样本数据，可以找到与目标性状相关的基因。
4. 选择优良个体：在确定了与优良性状相关的基因之后，需要选择具有这些基因的优良个体进行繁殖。
可以通过基因标记辅助选择、基因组选择等方法，将具有优良基因的个体筛选出来，以提高下一
代动物的遗传质量。
5. 验证和评估：选择优良个体之后，需要对其进行验证和评估。
可以通过人工鉴定、生理指标检测等方法来评估其优良性状的表现。
只有经过验证和评估的个体才能作为种畜使用，以确保育种效果的可靠性和稳定性。
6. 繁殖和推广：经过验证和评估的优良个体可以用于繁殖，并将其后代广泛推广应用。
通过不断地选择和繁殖，可以逐步提高整个种群的遗传质量，进而改善动物的生产性能和经济效益。
动物全基因组选择育种技术的应用前景广阔。
通过该技术，可以更加精确地选择出具有优良性状的个体，并通过繁殖将这些性状逐步固定下来。
这不仅可以提高动物的生产性能，还可以减少繁殖过程中的时间和资源消耗，提高育种效率。
然而，动物全基因组选择育种技术也面临一些挑战和问题。
首先，全基因组测序和分析的成本较高，需要投入大量的资金和人力。
其次，由于动物基因组的复杂性，基因与性状之间的关系并不是一对一的，存在着许多复杂的遗传调控网络。
因此，在进行基因选择时需要考虑多个基因的相互作用和遗传背景。
此外，还需要解决一些伦理和道德问题，如基因编辑和基因改造对动物福利和环境的影响等。
动物全基因组选择育种技术是一种创新的育种方法，可以通过对动
物的全基因组进行测序和分析，选择具有优良性状的个体进行繁殖，以提高动物的经济和生产性能。
然而，该技术仍面临一些挑战和问题，需要进一步的研究和探索。
相信随着科学技术的不断进步，动物全基因组选择育种技术将会发展得更加成熟和完善，为动物育种事业的发展做出更大的贡献。