马流感病毒在亚洲的进化动态和分子特征的最新研究进展
两株B型流感病毒的基因组序列分析
两株B型流感病毒的基因组序列分析岳秀芳;武艳丽;王铁成;杨松涛;黄耕;高玉伟;胡桂学;夏咸柱;于志君;朱晓文;刘红;李硕;范宝静;王世申;吴静【摘要】目的了解两株B型流感病毒的基因组序列特征.方法对两株B型流感病毒进行全基因组序列测定和基因进化特性的分析.结果成功扩增出两株B型流感病毒的全基因组序列,并且两毒株的基因组均属于Yamagata系类似株Ⅱ系.两株病毒的基因组序列与疫苗株B/Florida/4/2006(Yamagata系)以及Victoria系代表株B/Brisbane/60/2008、B/Malaysia/2506/2004相比,HA基因同源性为89.7%～97.3%,NB基因同源性则为95.4%～98.4%.两株病毒的HA蛋白与WHO推荐的疫苗株B/Florida/4/2006(Yamagata系)相比,存在11处氨基酸突变,其中HA的N131K氨基酸位点突变,可能对抗原性产生影响.NB的S198N氨基酸位点突变可能影响神经氨酸酶抑制剂的灵敏度.结论两株B型流感病毒的遗传进化状态稳定,但是与同分支中的毒株基因序列部分位点存在差异.%To investigate genetic characterization of two influenza B virus strains , the complete genomes were sequenced and analyzed . Phylogenetic analysis of the whole genomes revealed that two strains were classified into the Yamagata-like clade. Comparison of genome sequences of strain CXI, CX2 and other vaccines (B/Florida/4/2006 , B/Brisbane/60/2008 , andB/Malaysia/2506/2004) showed that these influenza B viruses shared higher homology . The HA gene was 89 .7% to 97 .3% in homology , and NB gene was 95 .4% to 98 .4% in homology . However , phylogenetic analysis of these two strains with a WHO recommended vaccine strain (B/Florida/4/2006) showed that 11 variations in amino acid occurred on itsHA protein . Meanwhile , the N131K mutation in HA may impact its antigenicity , and the S198N mutation in NB may affect the sensitivity of NA inhibitor . These data indicated a close evolutionary relationship between these two influenza B virus strains despite minor varia -tions on certain genes of strains in the same clade .【期刊名称】《中国人兽共患病学报》【年(卷),期】2013(029)003【总页数】7页(P267-273)【关键词】B型流感病毒;基因序列;进化树【作者】岳秀芳;武艳丽;王铁成;杨松涛;黄耕;高玉伟;胡桂学;夏咸柱;于志君;朱晓文;刘红;李硕;范宝静;王世申;吴静【作者单位】吉林农业大学动物科学技术学院,长春,130118;中国人民解放军军事医学科学院军事兽医研究所,吉林省人畜共患病预防与控制重点实验室,长春,130062;长春市疾病预防控制中心,长春,130033;中国人民解放军军事医学科学院军事兽医研究所,吉林省人畜共患病预防与控制重点实验室,长春,130062;中国人民解放军军事医学科学院军事兽医研究所,吉林省人畜共患病预防与控制重点实验室,长春,130062;中国人民解放军军事医学科学院军事兽医研究所,吉林省人畜共患病预防与控制重点实验室,长春,130062;中国人民解放军军事医学科学院军事兽医研究所,吉林省人畜共患病预防与控制重点实验室,长春,130062;吉林农业大学动物科学技术学院,长春,130118;中国人民解放军军事医学科学院军事兽医研究所,吉林省人畜共患病预防与控制重点实验室,长春,130062;中国人民解放军军事医学科学院军事兽医研究所,吉林省人畜共患病预防与控制重点实验室,长春,130062;中国人民解放军军事医学科学院军事兽医研究所,吉林省人畜共患病预防与控制重点实验室,长春,130062;长春市疾病预防控制中心,长春,130033;长春市疾病预防控制中心,长春,130033;长春市疾病预防控制中心,长春,130033;长春市疾病预防控制中心,长春,130033;长春市疾病预防控制中心,长春,130033【正文语种】中文【中图分类】R371.1流行性感冒简称流感，根据内部蛋白之间的抗原交叉反应的不同，病毒核蛋白（NP）和膜蛋白（MP）抗原特性及其基因特性，可分为3种类型：流感病毒A 型、B型和C型［1］。
甲乙流感病毒实验室风险评估
甲型/乙型流感病毒实验室活动风险评估报告一、生物学特征（一）种类和分型流行性感冒病毒（influenza virus），是正粘病毒科（Orthomyxoviridae）的代表种，简称流感病毒，包括人流感病毒和动物流感病毒，人流感病毒分为甲（A）、乙（B）、丙（C）三型，是流行性感冒（流感）的病原体。
其中甲型流感病毒抗原性易发生变异，多次引起世界性大流行。
例如1918～1919年的大流行中，全世界至少有2000万～4000万人死于流感；乙型流感病毒对人类致病性也比较强，但是人们还没有发现乙型流感病毒引起过世界性大流行；丙型流感病毒只引起人类不明显的或轻微的上呼吸道感染，很少造成流行。
甲型流感病毒于1933年分离成功，乙型流感病毒于1940年获得，丙型流感病毒直到1949年才成功分离。
流感分类根据流感病毒感染的对象，可以将病毒分为人类流感病毒、猪流感病毒、马流感病毒以及禽流感病毒等类群，其中人类流感病毒根据其核蛋白的抗原性可以分为三类:甲型流感病毒（Influenza A virus），又称A型流感病毒乙型流感病毒（Influenza B virus），又称B型流感病毒丙型流感病毒（Influenza C virus），又称C型流感病毒感染鸟类、猪等其他动物的流感病毒，其核蛋白的抗原性与人甲型流感病毒相同，但是由于甲型、乙型和丙型流感病毒的分类只是针对人流感病毒的，因此通常不将禽流感病毒等非人类宿主的流感病毒称作甲型流感病毒。
在核蛋白抗原性的基础上，流感病毒还根据血凝素HA和神经氨酸酶NA的抗原性分为不同的亚型。
（二）形态结构流感病毒呈球形，新分离的毒株则多呈丝状，其直径在80至120纳米之间，丝状流感病毒的长度可达4000纳米。
流感病毒结构自外而内可分为包膜、基质蛋白以及核心三部分。
病毒的核心包含了存贮病毒信息的遗传物质以及复制这些信息必须的酶。
流感病毒的遗传物质是单股负链RNA，简写为ss-RNA，ss-RNA与核蛋白 (NP)相结合，缠绕成核糖核蛋白体 (RNP)，以密度极高的形式存在。
2019年南宁市季节性甲型H3N2流感病毒流行情况及HA和NA遗传特性分析
中国病原生物学杂志2021年2月第16卷第2期Journal o f Pathogen Biology Feb. 2021，Vol. 16，No. 2• 193 •DOI：10. 13350/j. cjpb. 210213 •调查研究. 2019年南宁市季节性甲型H3N2流感病毒流行情况及H A和N A遗传特性分析*范云燕，覃健敏…，欧嵩风，汤洪洋，石健(南宁市疾病预防控制中心.广西南宁530023)【摘要】目的分析南宁市2019年H3N2流感病#流行情况及血凝素（H A)基因和神经氨酸酶基W(N A)分子特征，及时掌握本地流感病毒流行动态和进化方向，为流感治疗及疫苗株的筛选提供科学依据。
方法从全球共享禽流感数据倡议组织（G IS A ID)数据库获得2019年南宁市H3N2 H A和N A全长核苷酸序列。
用MEGA V7. 0和Interactive Tree of Life V5 (iT O L V5)软件构建系统发育树.利用NetN G lycl. 0软件预测H A、N A基因搪基化位点，用DNAstar V8. 1. 3软件对流感病毒的H A和N A同源性、氨基酸变异情况进行分析。
结果14株流感病毒的H A和N A基因在系统发育树上均聚成4个类群.进化分类基本一致。
本地毒株H A、N A基因与2019 — 2020年疫苗毒株A/K a n s a s/14/ 2017同源性较低。
与A/K ansas/14/2017相比.14个毒株H A基因449位点发生突变，导致糖基化位点的减少，1个毒株在142位点增加一个糖基化位点,>N A基因无搪基化位点的变化。
相对于A/K a n s a s/14/2017,南宁毒株H A1区蛋白分子上有6(135、137、144、159、160和190)个的氨基酸发生了替换，且涉及到2〜3个抗原决定簇位点；受体结合位点突变主要集中在2个位点；N A基因有1个抗原位点整体发生突变，耐药位点非常保守。
一株类禽型H1N1猪流感病毒的进化分析与分子特征
一株类禽型H1N1猪流感病毒的进化分析与分子特征李鑫;葛菲菲;刘健;李壮壮;吴杰;杨德全;鞠厚斌;周锦萍【摘要】2017年12月,上海市一养殖场饲养的猪出现咳嗽、呼吸困难、发热及迅速转归等病症.将猪鼻拭子接种鸡胚进行病毒分离,对血凝试验阳性样品在SPF鸡胚上进一步纯化、增殖,分离到1株猪流感病毒(A/swine/Shanghai/1205/2017).采用RT-PCR对分离毒株进行全基因组扩增测序,利用DNAstar软件,对测序基因片段进行整个阅读框的核苷酸序列同源性比对分析,并用MEGA 6绘制遗传进化树并分析氨基酸位点.结果显示:分离毒株为H1N1亚型,其8个基因片段均属于类禽型H1N1进化分支,没有出现不同基因型流感病毒片段之间的重组;分离株HA蛋白的裂解位点序列为PSIQSR↓G,具有典型低致病性流感病毒的分子特征.本毒株的分离鉴定为分析我国大陆地区的猪流感流行状况和分子特征提供了参考.【期刊名称】《中国动物检疫》【年(卷),期】2019(036)006【总页数】8页(P80-87)【关键词】猪流感病毒;H1N1;类禽型;遗传进化树;分子特征【作者】李鑫;葛菲菲;刘健;李壮壮;吴杰;杨德全;鞠厚斌;周锦萍【作者单位】上海市动物疫病预防控制中心,上海 201103;上海市动物疫病预防控制中心,上海 201103;上海市动物疫病预防控制中心,上海 201103;扬州大学生物科学与技术学院,江苏扬州 225009;扬州大学生物科学与技术学院,江苏扬州 225009;上海市动物疫病预防控制中心,上海 201103;上海市动物疫病预防控制中心,上海201103;上海市动物疫病预防控制中心,上海 201103【正文语种】中文【中图分类】S852.65A型流感病毒是一种重要的人兽共患病病原，是引发人类呼吸道疾病的主要病原之一。
历史上的流感大流行共发生了4次，每次都造成数十万人死亡。
一些禽流感病毒，特别是H5N1和H9N2以及近年来流行的一些H6和H7 等亚型，不仅对人类健康具有严重威胁，同时还给养禽业带来巨大经济损失。
进化生物之马的进化
马的起源与进化摘要：马是对人类历史影响最大的家畜之一。
马属动物丰富的化石材料，使其成为进化生物学的教研材料。
马的进化分为五个主要阶段，分别是始祖马、渐新马、上新马、真马。
马进化典型特征有体型变大，硬蹄的演化。
在马的进化的很多阶段是辐射分化出一些种类，除了现代马这一个分支演化至今，其他分支都在自然选择下灭绝了。
关键词：体型,趾,牙在动物分类学上，马（Equus Caballus）属于脊椎动物亚门（Vertebrata），哺乳纲（Mammalia），奇蹄目（Perissodactyla），马科（Equidae），马属（Equus）动物。
丰富的化石资料记录了马属动物5500万年演化中的出现、兴衰、灭绝和迁徙[1]。
马属动物起源于距今7500万年以前第二纪（中生代）的爬行动物，原始祖先为6000万年以前的第三纪（新生代）时期的踝节目动物，原蹄兽为其直接古老祖先[2]。
马属动物从森林动物进化为草原动物的6000万年中，曾产生过18个属。
它有着不同的进化路线，其中以始马、中马、原马、上新马、真马为进化主干[3]。
现代马、斑马、驴都是由真马演化而来的。
现代马的祖先可以追溯到5500万年第三纪的始新世时期，马属动物共同的祖先出现在北美，被称为始祖马（Hyracotherium）[4]。
始祖马外形似啮齿动物, 脊背弯曲, 大小如狐, 前足4趾, 后足3趾。
身体主要靠足部的肉垫支撑, 四肢能很好适应于炎热的北美洲松软土地上运动;结构轻巧, 四肢适于奔跑;齿冠低, 齿根长, 适宜吃灌木的嫩枝叶［5］。
通过牙齿可以推断，始祖马是典型的杂食性哺乳动物。
始祖马在始新世广泛地分布于欧洲和北美, 可能也存在于亚洲。
随始新世结束, 始祖马在欧亚大陆灭绝了, 而存在于北美洲的始祖马继续演化。
从始祖马开始，马类动物的总体进化方向是：(1)体型增大,腿和脚伸长；(2)侧趾退化，中趾加强；(3)背部伸直和变硬；(4) 门齿变宽，齿冠增高；(5) 脑增大且复杂化。
蒙古马马鼻狂蝇三龄幼虫的形态学和分子生物学研究
蒙古马马鼻狂蝇三龄幼虫的形态学和分子生物学研究BAO Haiqan;DONG Junbin【摘要】为了研究蒙古马鼻狂蝇三龄幼虫的形态学和分子生物学特性,利用扫描电镜对马鼻狂蝇三龄幼虫的头部、尾部和第三体节棘刺进行形态观察;并选取蒙古马鼻狂蝇三龄幼虫,提取其线粒体CoxI基因和16 S rRNA基因,进行碱基组成分析和系统发育树构建.结果发现:(1)马鼻狂蝇气门板上的结构不同于其它狂蝇,其气门板上由硬化的骨质形成期的孔缘围绕,气门肌肉使得气门板上的开口呈垂直形态,在后气门板上有几排小刺;头部有1对乳突状感受器,其上分布着1对疣状乳突;(2)蒙古马鼻狂蝇三龄幼虫的CoxI、16 S rRNA基因均与GenBank数据库中提交的马胃蝇、纹皮蝇、鹿狂蝇、羊狂蝇等在系统发育树中分开.虽然蒙古马鼻狂蝇三龄幼虫形态上跟紫鼻狂蝇很像,但是其分子生物学特点说明它可能是一个新变种.【期刊名称】《家畜生态学报》【年(卷),期】2019(040)006【总页数】6页(P66-71)【关键词】鼻狂蝇;形态学;线粒体基因CoxI;16SrRNA;系统发育树【作者】BAO Haiqan;DONG Junbin【作者单位】;【正文语种】中文【中图分类】S811.5据联合国粮农组织FOA最新统计，全球马匹6.495×107，中国马匹总数占全球总数的10.99%。
目前，内蒙古地区分布着120多万匹蒙古马[1]。
马鼻狂蝇(Rhinoestrus sp.)在分类学上属于双翅目(Diptera)、狂蝇科(Oestridae)、狂蝇属(Oestrus)，其各期幼虫主要以马属动物为宿主，有时甚至可以攻击人类，1965年就有紫鼻狂蝇(Rhinoestrus.purureus)侵袭人类的报道[2]。
马鼻狂蝇幼虫寄生在马属动物的鼻腔、鼻窦、咽部粘膜及附近腔窦中，引起马属动物呼吸困难、贫血等临床症状，是马属动物的一种严重的寄生虫病，通常在亚洲和非洲流行，但是近年来在意大利也有报道[3]。
2009年流感病毒的基因特征及突变趋势分析
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３ｌ Ｐ ｂｉＨ ａ ｈａ ｄＣｉｉ ｌ ｄｃ ｅＶ ｌｍｅ６ Ｎ ｍｂ ｒ ， ｕ ０ ０ ＝ ｕ ｌ ｅ ｌ ｎ ｌ ｃ ｉｎ ｏｕ ， ｕ ｅ Ａ ｇ２ １ ｛ ｆ 】 ｃ ｔ ｎ ａ Ｍｅ ｉ ３
２ ５‘ ２
基 因来源 于欧 亚混合 猪 的流感 ；聚 合酶 基 因的节 段 （ Ａ Ｂ ，Ｐ ２ Ｐ ，Ｐ １ Ｂ ）来源 于北 美三 杂 交猪 。 由于 目前担心 病毒 会进 一步突 变成 更危 险 的毒株 ， 监测 ２ Ｏ Ｈ Ｎ ｐ ｍ 的进 化趋 势变 得尤 为 关键 。 Ｏ ９ Ｉ ｌｄ 在本 研 究 中， 把从 ２ ０ ０９ 年 ４月 １目到 １ ２月 ３－ ３日收集 的 Ｈ Ｎ １ １病 毒株 的蛋 白与 以往 引起 流感 大流 行 的毒株 的 蛋 白作 了比较 。 赋 予 ２ ０ Ｈ Ｎ ｐ ｍ 能在人 与人之 间传 播 的分 子特 征还 不 明 了。在 此 ，将 ２ ０ Ｈ Ｎ ｐ ｍ 毒株 的蛋 白质 ０９ Ｉ ｌｄ ０９ １ ｌｄ 序列 与引起 其它 流感 大流 行 的毒株 序列 进行 比较 ，确 定 ２ ０ Ｈ Ｎ ｐ ｍ 在特 征 和非特 征 位点 的突 变 。同时 ０９ ｉ ｌｄ 确定 了 ２ ０ Ｈ Ｎ ｐ ｍ 基 因组特 征 与 １ １ ０ ９ ｉ ｌｄ ９ ８年 Ｈ Ｎ ｐ ｍ 呈 高度相似 。在流 感预 警等 级 从 ４级升 至 ６级 的很 ｉ ｌｄ 短 的时 间内 ，２ ０ Ｈ Ｎ ｐ ｍ 在特 征部 位 Ｎ ．０ ０９ Ｉ ｌｄ Ｐ１ ０的缬氨 酸突 变 为异亮 氨酸 ；在 非特 征 部位共 有 ４个位 点突
变 ，Ｎ 一１ Ａ２ ３ Ａ２ ６ Ｓ —２ 。 Ａ９ ，Ｎ ．３ ，Ｈ 一０ ，Ｎ １１ ３
第十六章分子流行病学
蛋白类
蛋白质结构、表达量及功能活性
疾病诊断及分布，疾病易感性、环境危险因素研究，健康状态评价等
酶类
酶的结构、表达量及功能活性
同上
抗原抗体类
疾病特异抗原、抗体
疾病诊断及分布，疾病易感性，环境危险因素研究等
其他类
糖类、脂类、激素类、多胺类、细胞因子类等
三、效应测量
传染病 慢性非传染病 健康状态
免疫效应 病理性效应
基因表达和代谢异常 基因突变或染色体畸变
四、易感性测量
遗传性疾病 Huntington病应用分子流行病学方法很快确定了HD基因紧密连锁遗传位点D4S10及其DNA标志 慢性非传染病 载脂蛋白E(apoE)不同基因型在动脉粥样硬化和冠心病发病中易感性不同 传染病 不同基因特征的人群对HIV的易感性差异很大
Molecular epidemiology is a branch of epidemiology that combines theories and methods in both epidemiology and molecular biology. What defines molecular epidemiology, as opposed to conventional epidemiology, is its use of biological and in particular genetic markers as a measure of the propensity of developing a disease or as an indicator of a disease or an exposure in the study of the distribution and cause of disease.
非洲马瘟流行病学特征及疫病防控
非洲马瘟流行病学特征及疫病防控非洲马瘟是一种病毒引起的传染病，主要影响马科动物，如马、驴和斑马。
该病传播迅速，病死率高，给畜牧业造成了严重损失。
下面将从流行病学特征及疫病防控两个方面介绍非洲马瘟。
非洲马瘟的流行病学特征主要包括感染源、传播方式和疫情特点。
非洲马瘟的感染源主要是病毒携带者，包括患病马和潜在的携带者。
在患病马中，有的会表现出明显的临床症状，如发热、呼吸急促、咳嗽、鼻脓出血等；而有的则可能没有症状或只表现为轻微症状。
所以，病毒携带者在没有临床症状的情况下也能传播病毒，增加了防控工作的难度。
非洲马瘟的传播方式主要有直接接触传播和间接传播两种。
直接接触传播是指患病马直接接触健康马，通过粘膜、皮肤伤口的接触传播病毒。
而间接传播则是指患病马排泄物或分泌物中的病毒通过蚊虫等媒介传播给健康马。
非洲马瘟还可能通过污染的器械、饲料、车辆等间接传播给健康马。
所以，在疫情控制中，除了注意直接接触传播，还要加强对间接传播途径的防控。
非洲马瘟的疫情特点在于其高度致死性和迅速扩散的特点。
非洲马瘟病毒对马科动物具有高度致死性，患病马往往在数小时或数天内死亡。
病死率高，使得非洲马瘟对畜牧业的威胁非常严重。
非洲马瘟的传播速度非常快，只需要几个小时或几天就可以迅速传播到附近的马场或农场中，且不同地区之间也可以通过运输等途径迅速传播。
在疫情发生后，采取迅速有效的防控措施非常重要。
针对非洲马瘟的防控工作主要包括加强疫情监测、加强生物安全措施和开展疫苗接种。
加强疫情监测对及时发现和报告非洲马瘟疫情具有重要意义。
畜牧部门可以加强与兽医机构的合作，建立和完善疫情监测网络，加强对马科动物的监测和检测工作，及时发现疫情。
也要加强对兽医工作者的培训，提高诊断和报告的能力。
加强生物安全措施能够减少非洲马瘟的传播风险。
通过加强对马场和农场的管理，建立严格的进出场管控制度，减少和阻断病毒传播的途径。
对可能存在病毒污染的物品进行处理和清洁，有效地减少病毒传播风险。
一株野鸟源H16N3亚型禽流感病毒的遗传进化分析与感染能力评估
中国病原生物学杂志2020年12月第15卷第12期•1370•Journal of Pathogen Biology Dec.2020,Vol.15.No.121）01:10.13350/j.cjpb.201202•论著•一株野鸟源H16N3亚型禽流感病毒的遗传进化分析与感染能力评估*孙雷云李元果张醒海….赵梦琳；.胡鑫宇；.王铁成‘，孙伟洋'，冯娜:赵永坤杨松涛夏成柱「，孟德荣‘.高玉伟心…（1•占林农业大学动物科学技术学院，吉林长春130118；2.军事医学研究院军事兽医研究所；3.吉林大学；4.沧州师范学院〉目的了解H16N3亚型禽流感病毒的遗传进化特征及其化物学特性，为野鸟源禽流感病毒预警提供科学依据。
方法采集途径我国中东部地区重要候鸟栖息地的野鸟粪便样品.经处理后接种SPF鸡胚.获得具有血液凝集特性病原体.经全底因测序确定病毒亚型。
选取H16亚型流感病毒构建系统发育树并进行分子特性分析。
检测病毒受体结合特性.并进行小鼠和家禽感染试验.评价该病毒对哺乳动物和家禽的致病性。
结果分离到1株病原体（CZ-638）,经全基因组测疗;及电镜观察.确定为H16N3W：型禽流感病毒。
在系统发育树种，该带株位于欧亚谱系分支。
氨基酸位点分析显示.HA蛋白裂解位点为INERl GI.F.符合低致病性禽流感病毒分子特征.受体结合域的228位点由G （It氨酸）突变为S"纟訊酸）。
该病毒株能够凝集绵羊红细胞、正常鸡红细胞及仅有SA«2,6受体的鸡红细胞.表明该毒株具有双受体结合能力。
动物感染试验显示.该毒株对小鼠、1周龄雏鸡、亚成体家鸭均不具有感染力。
结论分离的H16N3毒株为欧亚谱系.对小鼠和家禽无致病性。
该毒株存在结合人1:呼吸道流感病毒受体的能力.但尚未获得感染家禽和哺乳动物的能力•应持续监测.追踪病毒进化待征°关键词】禽流感病馭H16N3；遗传进化；致病性；受体结合待性；感染能力中图分类号】S852.65【文献标识码】【文章编号】1673-5234(2020)12-1370-07[Journal of Pathogen Biology.2020Dec；15(12):1370—1376.]A genetic evolutionary analysis and an evaluation of the infectivity of avian influenza H16N3isolated fromwild birds in ChinaSUN Lei-yun1'・LI Yuan-guo,ZHANG Xing-hai2',ZHAO Meng-lin・HU Xin—yu,WANG Tie-cheng J,SUN Wei-yang・FENG Na2・ZHAO Yong-kun~・YANG Song-tao2•XIA Xian-zhu2,MENG De~R o n g1,GAO Y u-wei~(1.College of Alli mal Science and Technology・Jilin Agricultural University»Changchun9China130118； 2.Institute of Military Veterinary Medicine.Academy of Military Medical Science； 3.J ilin University; 4.Can^zhou Normal University)Objectives To ascertain the genetic evolutionary characteristics and biological characteristics of the H16N3 subtype of the avian influenza virus in order to provide a scientific basis for early warning of avian influenza virus from wild birds.Methods Fecal samples from wild birds in major migratory bird habitats in central and eastern China were collected and inoculated into SPF chicken embryos after treatment to obtain pathogens with blood agglutination characteristics.and the virus subtypes were determined using whole gene sequencing.A phylogenetic tree was constructed for the H16subtype of the influenza virus.and the subtypes were characterized molecularly.The receptor binding characteristics of the virus were determined and infection tests were conducted in mice and poultry to evaluate the pathogenicity of the virus to mammals and poultry.Results One strain of pathogen(CZ-638)was isolated and identified as avian influenza virus subtype H16N3according to whole genome sequencing and electron microscopy.In the phylogenetic tree・the strain was located in the Eurasian lineage branch.An analysis of amino acid sites indicated that an HA protein cleavage site was INER J GLF.which was in line with the molecular characteristics of the low pathogenic avian influenza virus.Amino acid 228of the receptor binding domain mutated from G(glycine)to S(serine).This strain agglutinated sheep red blood cells・normal chicken red blood cells,and chicken red blood cells with the SAa2,6receptor alone・indicating that this vi-【基金项目】【通讯作者】【作者简介】国家科技重大专项（No.2O2OZX1OOO1-O16-OO3）；国家自然科学基金项目（No.31970502）。
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马流感病毒在亚洲的进化动态和分子特征的最新研究进展
佚名
【期刊名称】《中国预防兽医学报》
【年(卷),期】2019(041)006
【总页数】1页(P封3)
【正文语种】中文
【中图分类】S852.6
马流感病毒(EIV)感染引起马属动物的严重急性呼吸道疾病，由于其高度传染性和
在易感宿主中快速传播的性质，使得马流感(EI)成为世界上大部分地区马最重要的
呼吸道疾病之一。
全世界每年均有EI暴发的报道，EIV的复杂性和抗原持续进化
仍然是开发疫苗和设计有效免疫程序的主要障碍，了解EIV在亚洲的演变对于选
择EI疫苗株和降低EI暴发的风险至关重要。
EIV的流行株为H3N8亚型，目前，流行的H3N8亚型EIV病毒株分为Florida 1分支(Florida clade 1，FC1)和Florida 2分支(Florida clade 2，FC2)，这两个分支均出现于2002年。
在过去的10年中，FC1和FC2病毒均在亚洲多国报道过，其中，FC1病毒主要在日本、韩国、迪拜和马来西亚发现；而FC2病毒主要在中国、印度、蒙古和哈萨克斯坦这
些地理位置临近的国家发现。
近期发表于《Journal of Virology》的一项研究通过病毒分离和生物信息学分析，揭示了近10年期间亚洲大陆EIV的进化动态及其与全球EIV种群的关系，此外，对EIV在亚洲国家的传播和循环，包括对其分子进化和抗原性的影响提供了更好
的认知。
该研究团队整合不同的分析数据集，采用RAxML进行最大似然系统发育分析，然后选择形成单系分支的序列，根据贝叶斯信息准则(BIC)统计量推断出分
子进化模型。
系统发育网络和PHI检验表明，亚洲流行株未发生亚型内重组事件。
因此，在2002年FC1病毒出现后的进化过程中，病毒重组并未发挥重要作用。
该研究团队通过对H3N8 EIV基因组片段的单独分析，显示除了MP基因外，所
有个体基因树的拓扑结构均是相似的。
2007年～2017年亚洲的病毒株在FC1和FC2均有分布，并呈现出一定的地理结构特点。
所有来自日本、韩国、马来西亚
和阿拉伯的病毒株均属于FC1病毒，而来自大陆国家(中国、印度、哈萨克斯坦和蒙古)的病毒株则属于FC2病毒。
此外，所有亚洲FC2病毒均为单系。
EIV最近的发展史显示，从2005年～2008年，病毒多样性呈指数级增长。
这种高度多样性
在接下来的5年里略有下降。
2015年前后，病毒多样性显著下降，此后一直保持在较低水平。
为了阐明FC1和FC2的全球系统动力学，该研究团队分析了一个包含更多信息的HA1基因数据集(DS2)，其中包括从更多国家分离的EIV基因序列。
祖先位置重建表明，该两支病毒的共同祖先和基础谱系均在北美，具有较高的后验概率。
在它们分化之后，FC1病毒主要在北美进化，而FC2病毒于2002年在欧洲出现。
在亚洲，FC1病毒以独立分支的方式演化，并且其在亚洲地区的流行与国际赛马的转
运有关；而亚洲内陆的FC2病毒在2004年左右发展为两个独立的进化分支，这
与亚洲内陆没有国际性赛事而仅有区域性赛事有关。
通过试验分析发现，病毒呈现出从西向东方向的迁移流。
为了分析HA1的结构，该研究团队选取了亚洲FC1和FC2的代表性病毒株，并
绘制其特征变化图谱。
结果显示，在亚洲FC2中，所有观察到的碱基置换突变均
在三聚体的表面；而在欧洲FC2中，特征性的碱基置换突变则发生在三聚体内。
此外，还探究了这些碱基置换突变在模型结构的整体疏水性和静电势中的作用。
HA1的静电势在三聚体顶部差异较大，其中，FC1病毒株表现为非极性表面，而亚洲FC2病毒株则表现为极性表面。
该研究成果描述了EIV谱系的进化、流行病学和分子特征，系统分析了EIV的遗传演化，揭示了EIV两个流行分支FC1和FC2在亚洲的演化规律和传播方式各不相同。
该结果不但丰富了EIV遗传变异规律，而且为亚洲EI疫苗株的选择提供了参考。