癌基因组突变与拷贝数分析
整合基因的拷贝数
整合基因的拷贝数基因的拷贝数是指某个基因在基因组中的重复次数。
基因拷贝数的变化在生物进化和疾病发生中起到重要的作用。
本文将从基因拷贝数的形成机制、在进化和疾病中的作用以及相关研究方法等方面进行探讨。
一、基因拷贝数的形成机制基因拷贝数的形成主要有三种机制：复制错误、基因重组和逆转录。
1. 复制错误：DNA复制过程中的错误会导致某个基因的拷贝数增加。
例如，DNA聚合酶在复制过程中可能会跳过某个区域或多次复制某个区域，从而导致该基因的拷贝数发生变化。
2. 基因重组：基因重组是指两个相似基因之间的DNA片段互换。
当两个相似基因在染色体上相遇时，它们之间的DNA片段可能会发生互换，从而导致基因拷贝数的变化。
3. 逆转录：逆转录是指RNA的逆向转录，产生一个与原基因相同的DNA拷贝。
逆转录过程中，逆转录酶会将RNA转录成DNA，形成一个新的基因拷贝。
二、基因拷贝数的进化作用基因拷贝数的变化在生物进化中起到了重要的作用。
通过增加基因的拷贝数，生物可以增加基因产物的表达量，进而改变其性状和适应环境。
例如，在人类进化过程中，基因拷贝数的变化在人脑发育和智力发展中起到了重要的作用。
基因拷贝数的变化还可能导致新基因的产生。
当一个基因发生拷贝数增加后，其中一个拷贝可能会发生功能改变，产生一个新的基因。
这些新基因可能具有新的功能，进一步推动生物的进化。
三、基因拷贝数在疾病中的作用基因拷贝数的变化与多种疾病的发生和进展密切相关。
一方面，基因拷贝数的增加或减少可能导致基因产物的过量或缺失，进而引发疾病。
例如，某些癌症与肿瘤抑制基因的拷贝数减少有关，导致肿瘤抑制基因功能的丧失。
另一方面，基因拷贝数的变化还可能改变基因的调控模式。
基因的拷贝数增加可能导致基因产物的表达增加，从而影响细胞的正常功能。
例如，某些精神疾病与基因拷贝数增加有关，导致相关基因的过度表达，进而影响神经递质的平衡和神经信号的传导。
四、基因拷贝数的研究方法研究基因拷贝数的变化是基因组学研究的重要内容之一。
NGS在肺癌中的应用与报告解读
NGS
一代测序 FISH ARMS
RTPCR
IHC
代谢产物
肺癌中越来越多的变异被定义为actionable靶点
应用一：多基因平行检测能够增加患者接受靶向治疗的机会
平行检测NCCN指南推荐8基因
检测基因型
EGFR突变 ALK重排/融合
HER2突变 BRAF V600E突变 MET扩增/14外显子跳读
E6:A20
E20:A20
Differential Crizotinib Response Duration Among ALK Fusion Variants in ALKPositive Non–Small-Cell Lung Cancer
Yoshida T, et al. Journal of Clinical Oncology. 2016. June 27 on line
病例三：EGFR TKI治疗后继发多重耐药机制
突变的临床解读
✓ 临床意义
✓ 对应靶向药物
✓ 敏感性、耐药性？
Relationship level
Implication1
Implication2
Implication3 Implication4 Implication5
敏感
可能敏感
FDA/NCCN 1A FDA/NCCN 1B
EGFR突变 ALK重排/融合
HER2突变 BRAF V600E突变 MET扩增/14外显子跳读 ROS1重排/融合
RET重排/融合 KRAS突变 TOTAL
可根据临床需求和患者经济承受能力选择不同大小的panel
问题2：应该检测多少位点？全外显子？
基因！=位点 基因包含成千上万个位点
点突变&插入缺失
生命科学中的基因拷贝数变异研究
生命科学中的基因拷贝数变异研究基因是构成生命体的一项重要组成成分，它决定了一个生命体的特征、功能乃至其行为。
基因拷贝数变异是基因组结构变异中的一个重要类型，它影响基因表达、功能及与疾病相关的遗传变异和个体健康等。
因此，在生命科学研究中，基因拷贝数变异的研究十分重要。
基因拷贝数变异是指某些基因因复制过程中，发生了拷贝数的增加或减少。
这种变异形式广泛存在于不同种群的人类和动植物中，具有较高的遗传变异率和丰富的遗传多样性。
基因拷贝数变异引起的遗传多样性能量大、效应普遍，涉及生命科学的多个领域，包括细胞、分子生物学、生态学、进化等。
它们在分子分析技术的发展中也扮演了重要角色。
基因拷贝数变异是发现最早、也是研究最广泛和最容易被检测的基因组结构变异类型之一。
其中，重复数多态性（Copy Number Variation，CNV）是向来备受关注的一种，因为它的频率高、普遍性强并且对个体的表现产生深刻的影响。
CNV可以导致一个基因家族中某些成员基因数量的改变，这种变化会对人体生理学、代谢、免疫系统、身体壮年和行为产生多种复杂的影响。
基于复制数不同，CNV可以分为CNV gain（拷贝数增多型）和CNV loss（拷贝数减少型）。
增多型CNV在人群中的频率较高，是由于基因串联或基因簇在复制过程中发生多次复制导致的。
与之相反，减少型CNV则是由于基因串联或基因簇在复制过程中，减少了拷贝数，并且在人群中较为罕见。
CNV可以显性遗传和隐性遗传，隐性遗传的CNV具有一定的复杂性。
从遗传学角度讲，基因拷贝数变异对基因表达量和功能的调节能力十分重要，因为拷贝数增加或减少可能对基因的转录、表达和调控产生深刻影响。
同时，这种变异也受到环境因素、年龄、种族和性别等因素的调节。
CNV可以分为重复内部CNV和重复终止CNV。
重复内部CNV指由两个相同类型的基因的反向定向、反向复制构成，这会导致两个基因在某些人中存在多份拷贝。
重复终止CNV指基因的相同部分在定向和复制时存在问题，在某些人中不复制或少复制，导致其基因数量减少。
结直肠癌组织高频突变基因与临床病理特征及MMR基因突变的相关性分析
cosal adenocarcinoma of the esophagus[J].Gastroenterology,2014,146:652-660.el.[7]MOSS A,BOURKE M J,HOURTGANL F,et al.Endoscopic resection for Barrett's high-grade dysplasia and early esophageal adenocarcinoma:an essential stagingprocedure with long-term therapeuticbenefit[J].Am J Gastroenterol,2010,105:1276-1283.[8]GOENSE L,MEZ1AN1J,RUURDA J P,et al.Impact of postoperative complications on outcomes after oesophagectomyfor cancer[J].Br J Surg,2019,106:111-119.[9]NAVEED M,KUBILIUM N.Endoscopictreatment of early-stage esophageal cancer[J].Curr Oncol Rep,2018,20:71.[10]陈茹，郑荣寿,张思维，等.2015年中国食管癌发病和死亡情况分析[J]•中华预防医学杂志,2019,53(11):1094-1097.[11]BARBETTA A,S1HAG S,NOBEL T,et al.Patterns and risk of recurrence in patientswith esophageal cancer with a pathologiccomplete response after chemoradiotherapyfollowed by surgery[J]」Thorac Card i o v aseSurg,2019;157:1249-1259.e5.[12]CUELLAR S,CARTER B W,MACAPINLAC H A,et al.Clinical staging of patients with early esophageal adenocarcinoma:does FDG-PET/CT have a role[J].Journal of Thoracic Oncology,2014,9(8):1202-1206.收稿日期=2021-07-10(本文编辑:吴迪汉)结直肠癌组织高频突变基因与临床病理特征及MMR基因突变的相关性分析曹跃鹏，刘东方，陶勇，武鸿彪，吴爱华【摘要】目的利用高通量测序平台分析结直肠癌(CRC)热点基因及新发基因突变状况，探讨突变基因与临床病理特征之间的关系。
乳腺不同级别导管癌和不典型增生病变基因组DNA拷贝数变化及其意义初探
乳腺不同级别导管癌和不典型增生病变基因组DNA拷贝数变化及其意义初探牛昀;高玉霞;王晓维;王淑玲;吕淑华;韦丽;蒋伶活【期刊名称】《中国肿瘤临床》【年(卷),期】2012(29)22【摘要】目的:研究乳腺不同级别导管内癌、浸润性导管癌和不典型增生病变基因组DNA拷贝数的变化,探索从分子遗传学角度解释乳腺癌的发生发展机制.方法:采用比较基因组杂交技术检测导管上皮不典型增生、高低级别导管内癌和浸润性导管癌45例,以分析其遗传物质的增益和缺失情况,并分析比较共同的染色体异常区段.结果:低级别癌的染色体平均增益数、缺失数及总的变化数均明显低于高级别癌,但是与浸润性癌之间无显著性差异.不典型增生样本中染色体异常水平明显高于癌组织样本,与低级别癌样本有共同的变化位点.高级别原位癌和浸润性癌具有相同的染色体及其位点的遗传学异常,有多个共同的缺失位点.结论:不典型增生的细胞遗传学变化先于形态学上的改变,可能与低级别癌发生存在密切的遗传学联系；同级别导管内癌和浸润性导管癌可能有共同的遗传学变化和演变途径.%Objective: This study was designed to analyze the change in copy number in the DNA sequence in breast atypical ductal hyperplasia (ADH) of the breast, low- and high-grade ductal carcinoma in situ (LG-DCIS, HG-DCIS), as well as low- and high-grade invasive ductal carcinoma (LG-IDC, HG-IDC). This study was also designed to investigate the pathogenesis involved and provide a molecular cytogenetic mechanism. Methods: Comparative genomic hybridization (CGH) was used to detect the changes in thechromosomal copy number in 45 cases of ADH, LG-DCIS, HG-DCIS, LG-IDC, and HG-IDC. Results: The average gain and loss of the chromosome numbers were significantly lower in the low-grade cancer than in the high-grade cancer. However, there were no significant differences between carcinoma in situ and low-grade invasive carcinoma. The chromosomal abnormality in atypical hyperplasia was significantly higher than that in the cancerous tissue. The high-grade carcinoma in situ and the invasive cancer have the same chromosomal and locus cytogenetic abnormalities as those in many common deletions. Conclusion: Cytogenetic changes occur prior to the morphological changes in atypical hyperplasia, which may have close genetic ties with low-grade cancer and may be potential cancer precursor lesions. The identical grade cancers have collective molecular genetic alterations and corn-path to progress.【总页数】5页(P1805-1809)【作者】牛昀;高玉霞;王晓维;王淑玲;吕淑华;韦丽;蒋伶活【作者单位】天津大学天津市300072;天津医科大学附属肿瘤医院;天津医科大学附属肿瘤医院;廊坊市人民医院;人类基因组北方中心;天津医科大学附属肿瘤医院;天津医科大学附属肿瘤医院;天津医科大学附属肿瘤医院;天津大学天津市300072【正文语种】中文【相关文献】1.乳腺导管不典型增生及早期乳腺导管癌的超声与病理研究 [J], 贺文;罗慧;陈玉芳;田平;佘志红;卢红2.应用组织芯片技术检测核仁组成区相关蛋白对乳腺导管不典型增生和导管原位癌的诊断意义 [J], 刘晖;张长淮3.高频彩色多普勒超声对乳腺导管不典型增生及早期乳腺导管癌的诊断价值 [J], 黄沿4.CD44+/CD24-和CK5/6在乳腺浸润性导管癌、乳腺普通型导管增生和低级别导管原位癌中的表达 [J], 王星星;胡勇;夏国栋;李梦君5.乳腺上皮不典型增生时DNA含量、超微结构及肿瘤相关抗原变化的意义 [J], 姜军;詹新恩;陈意生;柳凤轩;马宏敏因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
乳腺癌基因检测的意义与应用
乳腺癌基因检测的意义与应用引言：乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤之一，但也有男性患者。
早期发现和治疗乳腺癌至关重要，而基因检测成为了一个新兴的诊断手段。
本文将探讨乳腺癌基因检测的意义以及其在临床中的应用。
一、基因检测的定义与原理1. 基因检测的定义：基因检测通过分析个体DNA序列或表达水平，来评估个体患某种遗传性疾病或可能会发生的疾病风险。
2. 基因检测的原理：基因检测主要采用PCR、DNA芯片和高通量测序等技术，通过检查特定的基因突变、拷贝数变异和抗体水平等指标，来推断是否存在相关风险。
二、乳腺癌基因检测涉及的重要基因1. BRCA1和BRCA2基因：这两个基因是乳腺癌中最重要的高风险突变基因。
人们携带这些突变时，罹患乳腺癌的风险显著增加。
2. PALB2基因：PALB2基因突变也与乳腺癌有很强相关性。
三、乳腺癌基因检测的意义1. 早期筛查和预防：通过乳腺癌基因检测，可以早期发现患者是否携带高风险基因突变，并采取相应防范措施。
比如，切除受影响组织、定期进行乳腺核磁共振检查等。
2. 患者管理和治疗：通过乳腺癌基因检测，可以预测患者对特定治疗方法的疗效及其副作用。
根据结果，医生可以制定个性化的治疗方案，提高治愈率并减少不必要的副作用。
3. 家族遗传咨询：对于家庭中已发生过患者的家庭成员来说，通过乳腺癌基因检测可以更好地评估个人罹患该病的风险，为他们提供改善生活方式、早期监测甚至手术预防等建议。
四、乳腺癌基因检测的应用1. 高风险人群筛查：对于具有家族乳腺癌史或者其他相关因素的人群，建议进行基因检测，以便早期发现高风险患者。
2. 诊断与预后：在已确诊患者中，通过基因检测可以进一步确定治疗方案，并判断预后情况。
例如，基因检测结果可以帮助决定是否需要行化疗等措施。
3. 新药开发和临床试验：基于个体基因信息，乳腺癌的治疗正在朝着个体化方向不断发展。
个体化治疗不仅提高了患者的生存率，还为乳腺癌新药的开发提供了重要依据。
基因拷贝数变异与人类疾病的关联性研究
基因拷贝数变异与人类疾病的关联性研究人类基因组中基因的数量是固定的，但是每个基因的拷贝数却可以出现变异，这种变异被称为基因拷贝数变异(CNVs)。
近年来，研究人员发现基因拷贝数变异与人类疾病之间存在着密切的关联性。
本文将探讨基因拷贝数变异的概念、检测技术、与人类疾病的关系以及未来研究的展望。
一、基因拷贝数变异的概念基因拷贝数变异，顾名思义就是在人类基因组中某个基因的拷贝数发生变异。
基因拷贝数变异是指染色体内某段基因序列的拷贝数发生变化，常常表现为增加或减少某个拷贝，或者完全缺失某个拷贝。
大多数人类基因组中有数万个基因，而每个基因通常只出现在基因组中一次。
但是，一些基因由于某种原因，例如基因兼并、基因重复等等，会出现多个拷贝，因此可能发生拷贝数变异。
二、基因拷贝数变异的检测技术基因拷贝数变异的检测技术通常分为两类：微阵列和下一代测序。
微阵列是一种高通量的分子生物学技术，可以同时检测数千种基因的拷贝数变异。
下一代测序是一种先进的测序技术，可以对整个基因组进行检测。
两种技术都可以用来检测基因拷贝数变异，但是它们各有优缺点。
微阵列检测技术成本低、速度快、数据量较小，但是它只能检测已知的基因，无法检测新的基因。
下一代测序技术成本较高、速度较慢、数据量巨大，但是它能够检测所有基因，包括新基因。
三、基因拷贝数变异与人类疾病基因拷贝数变异研究目前已经涉及到多种疾病，尤其是肿瘤和神经系统疾病。
下面我们将各种疾病进行分类讨论。
1. 肿瘤基因拷贝数变异在肿瘤研究中被广泛应用。
肿瘤细胞的基因拷贝数变异与它们的来源、发展和治疗反应密切相关。
例如，HER2基因的拷贝数变异是一种常见的变异类型，特别是在乳腺癌中。
HER2基因在正常情况下只出现一次，但在某些乳腺癌细胞中却出现多次。
这种拷贝数变异显示出乳腺癌细胞的易感性、预后或治疗的反应性。
2. 神经系统疾病基因拷贝数变异在神经系统疾病研究中也被广泛应用。
许多神经系统疾病都与基因拷贝数变异相关，例如智力障碍、强迫症、自闭症和抽动症。
如何解读一份基因检测报告
体细胞变异在不同癌种中对应的药物敏感性证据分为四个等级：A 级，美国食品药品监督管理局（Food and Drug Administration，FDA）批准或专业临床指南推荐；业届指南中定义的特定肿瘤的诊断/预后因子；B 级，经具有足够统计学效能的临床研究证实、获得该领域专家共识；经具有足够统计学效能的临床研究证实其诊断/预后价值；C 级，其他癌种中的A 级证据（跨适应证用药，即其他癌种用药）、或已作为临床试验的入组标准；多项小型研究支持其诊断/预后价值；5、肿瘤负荷突变肿瘤突变负荷 （tumor mutation burden，TMB）即肿瘤基因组编码区包含的非同义突变的数量或密度（突变数/Mb），是肿瘤新抗原负荷的替代指标，简单理解为 患者肿瘤组织中具有多少个基因变异，突变的基因越多，越有可能产生更多异常的蛋白，越有可能被免疫系统识破。
目前基于 NGS 大panel检测的TMB 已可达到与WES （全外显子组测序）的高度相关并在大量免疫治疗临床研究中证实其对疗效的预测价值。
目前，对组织 TMB检测有几点共识：①编码区覆盖大于 1 Mb（大概相当于 300 个以上基因的全外显子区域）；②基于经过验证的可靠生物信息分析算法。
对 TMB的准确评估（无论基于组织或血浆cfDNA样本）建立在样本满足一定肿瘤占比的基础上，肿瘤占比过低将导致 TMB的严重低估。
当我们看到 TMB 数值时，如果所选择的 panel太小，是无法准确测算TMB的，除此之外还需要通过TMB绝对值以及该数值在已检测的肿瘤样本中的相对排序等，综合评估 TMB水平及其可信度。
理论上TMB水平低，可能预示靶向效果相对较好，TMB水平高，可能预示免疫治疗获03案例分析案例一男性，肺腺癌，EGFR 21 L858R,一线凯美纳半年，肺部病灶稳定，少量胸水，cea从20涨到30，基于担心耐药，做了血液单一t790m的基因检测，为t790m阳性，是否需要立即更换三代EGFR靶向药物呢？分析：有理由直接更换，但基于主病灶稳定、少量胸水可控的情况下，众所周知治疗根据基因检测提示，EGFR t790m消失，EGFR 19DEL还在，MET扩增消失，提示克唑替尼/卡马替尼（inc280）等一型MET抑制剂已经耐药，需要更换二型MET抑制剂如卡博替尼/梅沙替尼。
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体细胞突变数据库
/genetics/CGP/cosmic/
COSMIC is designed to store and display somatic mutation information and related details and contains information relating to human cancers from published scientific literatures.
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TCGA功能
科技发展 数据管理，生物信息学和计算分析(GDAC)
整合分析数据
改善技术和分析工具
基因组测序中心
肿瘤基因组鉴定中心
鉴定相关癌基因
确定与肿瘤有关的基因
人类肿瘤样品库
样品集中、编辑及分发到各个研 究部门 32
数据类型
DNA RNA
CGH
拷贝数 • 染色体畸变 • 基因拷贝数
CH3
甲基化
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癌基因
原癌基因proto-oncogene：调控细胞生长和增殖的 正常细胞基因。突变后转化成为致癌的癌基因。 （accelerator in an automobile） 抑癌基因tumor suppressor gens: 调控细胞生长抑 制肿瘤表型表达的基因。可通过纯合缺失或失活而 引起细胞恶性转化。 （ brake in an automobile） 稳定性基因stability genes：DNA修复基因 （mechanics for an automobile ）
2013, Science)
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基因组异常改变类型
突变 mutation 拷贝数改变 copy number alteration
11
突变 mutation
基因突变是指基因在结构上发生碱基对组 成或排列顺序的改变。 体细胞突变（somatic mutation） 发生在正常机体细胞中的突变 生殖细胞突变（germline mutation） 发生在将成为配子（精子和卵子） 的细胞中
14
15
基因拷贝数变异 Copy number variation (CNV)
16
缺失 deletion
扩增amplification
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全基因组规模的CNV分析平台
aCGH (array comparative genomic hybridization) SNP array Next generation sequencing
18
识别CNV方法
GISTIC （Genomic Identification of Significant Targets in Cancer） Reference：Rameen Beroukhima et al., Assessing the significance of chromosomal aberrations in cancer: Methodology and application to glioma. PNAS, 2007 Software Download: /cgibin/cancer/publications/pub_paper.cgi?mode= view&paper_id=216&p=t
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癌基因数据库 cancer genes
/genetics/CGP/Census/ The cancer Gene Census is an ongoing effort to catalogue those genes for which mutations have been causally implicated in cancer 目前收录507个癌基因 （cancer_gene_census.xls）
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人类基因组计划 （human genome project） －解开DNA的密码
4种不同的碱基，它们是腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（T）、胞 嘧啶（C）和胸腺嘧啶（G） 确定DNA双股链上每个独立结构单元或碱基的确切顺序
基因组（Genome）
是生物体内遗传信息的集合，是某个特定物种细胞内全部 DNA分子的总和。
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拷贝数
甲基化
mRNA 表达
肿瘤亚型
• 不同剂量药物敏感的表 达模式
•
系统网络
拷贝数改变的共显示
生物标记
• • 基因芯片预测分析 高评分成对算法
•
贝叶斯网络
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可 获 得 数 据 的 癌 型
e
/abouttcga/policies/publicationguidelines 35
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发现第一个原癌 基因h-ras
Census 291 癌基因
首次克隆出抑癌基因RB1
TCGA成立 首次获得癌基因组
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The Cancer Genome Atlas （TCGA）
/
29
关于TCGA
肿瘤基因组图谱 (TCGA)计划. 第一阶段为期三年, 由美 国国家癌症和肿瘤研究所（NCI）和国家人类基因组研究 所（NHGRI）联合进行，预计耗资1亿美元，已经确定将 先研究胶质母细胞瘤和卵巢癌的基因组图谱。 第二阶段 将包括另外25种人类好发的癌症类型 TCGA 使命:提高人们对癌症发病分子基础的科学认识及 提高我们诊断、治疗和预防癌症的能力 TCGA 目标:完成一套完整的与所有癌症基因组改变相关 的“图谱”
8
结肠癌发生的分子事件
9
关于癌症发生的分子学说有基因突变、染 色体易位、干细胞起源。其中基因点突变、 缺失、扩增的变化已得到比较多的实验证 据 All cancers arise as a result of somatically acquired changes in the DNA of cancer cells. (Bert Vogelstein et al., Cancer Genome Landscapes,
主要内容
第一部分：癌基因组概论 第二部分：癌基因组数据来源 第三部分：分析癌基因组数据 第四部分：案例分析并上机实习
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突变分类
司机突变
A driver mutation is causally implicated in oncogenesis. It has conferred growth advantage on the cancer cell and has been positively selected in the microenvironment of the tissue in which the cancer arises.
7
癌症的复杂性
癌发生涉及多个基因的变化。 基因水平——癌是多基因病 癌的发生与常见的复杂性疾病一样，也是由遗传 因素（基因变化）和环境相互作用的结果 —— 癌是多因素病 癌的遗传事件不是单一而是多途径 —— 癌是多途径机制 癌的发生经历基因多次突变的累积，其发展是一 个多阶段的过程。 —— 癌是多阶段
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Glioblastoma 数据统计
https:///tcga/tcgaCancerDetails.jsp?diseaseType=GBM&dise aseName=Glioblastoma multiforme
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胶质母细胞瘤基因组图谱
38
The Cancer Genome Atlas Research Network, Nature, 2008
5
什么是癌症 What is cancer ？
亦称恶性肿瘤（malignant tumor） 癌症（cancer）：因控制细胞生长增 殖机制失常而引起的疾病。癌细胞除 了生长失控外，还会局部侵入周遭正 常组织甚至经由体内循环系统或淋巴 系统转移到身体其他部分。
6
致癌因素
物理因素: Uv, 电离辐射(白血病，皮肤癌等) 化学因素：多环芳烃化合物（如 3，4苯并 芘） （肺癌）；黄曲霉素（肝癌）；亚硝 胺 （消化道癌）； 生物因素：病毒，细菌等（鼻咽癌、宫颈癌） 遗传因素：生殖细胞携带突变基因 （Rb突 变基因，视网膜母细胞瘤）
ChIP
转录因子
GX
mRNA
Splice Variants
mRNA 亚型
miRNA
RNA 干扰 • microRNAs的 显示 • 敲除分析 • 与转录数据分 析结果的相关 性
• 甲基化模式 • 蛋白/DNA 相 互作用 • 下游转录的 影响 • 转录 • DNA 复制 • DNA 修复
• 转录的高灵 • 特定基因的 敏度测量 剪接形式 • 与基因组相 关数据分析 • 对下游翻译 结果的相关 的影响 性
/abouttcga/overview
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TCGA实施分段示意图
1 2 3 4 5
样本收集
标准规范
集中管理
有效使用
确定每个患 者肿瘤相关 基因的改变
临床诊断、 治疗和预防 的转换研究
信息挖掘整理 并指导临床应 用
Graphics credit: The Washington Post, December 14, 2005
12
突变类型
非同义突变（Non- synonymous mutation ）：错义 突变、无义突变 同义突变（synonymous mutation）:沉默突变
Indels
Deletions
Single-base Substitutions
13
Total alterations affecting protein-coding genes in selected cancers