在EditPlus中配置Perl编译环境
基因家族生信分析
基因家族生信分析一、什么是基因家族概念：是来源于同一个祖先，有一个基因通过基因重复而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因，他们在结构和功能上具有明显的相似性，编码相似的蛋白质产物。
划分：按功能划分：把一些功能类似的基因聚类，形成一个家族。
按照序列相似程度划分:一般将同源的基因放在一起认为是一个家族。
1.常见基因家族：WRKY基因家族：是植物前十大蛋白质基因家族之一，大量研究表明，WRKY 基因家族的许多成员参与调控植物的生长发育，形态建成与抗病虫。
NBS-LRR抗病基因家族：是植物中最大类抗病基因家族之一。
MADS-BOX基因家族：是植物体内的重要转录因子，它们广泛地调控着植物的生长、发育和生殖等过程。
在植物中参与花器官的发育，开花时间的调节，在果实，根，茎，叶的发育中都起着重要的作用。
热激蛋白70家族（HSP70）是一类在植物中高度保守的分子伴侣蛋白，在细胞中协助蛋白质正确折叠。
二、基因家族分析流程：●利用蛋白保守域结构提取号在Pfam数据库提取其隐马尔科夫模型矩阵文件（*.hmm）●在数据库（Ensemble 、JGI、NVBI）下载你所需要的物种的基因组数据（*.fa,*.gff）●在虚拟机中Bio-Linux中的hummsearch程序，用隐马尔科夫模型矩阵文件在蛋白序列文件中搜索含有该保守结构域的蛋白●将蛋白序列导入MEGA软件构建进化树（可以阐明成员之间系统进化关系，从进化关系上揭示其多样性）●利用MEME搜索蛋白质的保守结构域利用MEME搜索基因家族成员的motif可以揭示基因家族在物种内的多样化及其功能，如果他们都含有相同的motif表明其功能具有相似性，如果部分家族成员含有其他不同的motif,很可能这些成员有其他特异功能，或者可以归分为一个亚族●绘制基因染色体位置图从*.gff文件中抽取我们搜索到的基因位置信息，_v2.0/在线绘制基因染色体位置图通过染色体位置分布，可以了解基因主要分布字哪条染色体上，及是否能形成基因簇（被认为是通过重组与错配促进基因交流）●基因结构分析从gff文件中抽取基因的结构信息，绘制转录本结构图。
ASP.NET开发中经常用到10款工具软件介绍
开发中经常⽤到10款⼯具软件介绍所谓⼯欲善其事，必先利其器，⽼祖宗留下来的话，还是很有道理滴，⼀款好的⼯具，可以帮我们提⾼⼯作效率，让我们快速完成开发任务。
下⾯让我⼀⼀介绍，如下的⼗款⼯具：1. EditPlus：⽂字处理软件EditPlus⾃然不必所说，想必⼤家都有了解，它是⼀款功能强⼤的⽂字处理软件。
它可以充分的替换记事本，它也提供⽹页作家及程序设计师许多强悍的功能。
⽀持 HTML、CSS、PHP、ASP、Perl、C/C++、Java、JavaScript、VBScript 等多种语法的着⾊显⽰。
程序内嵌⽹页浏览器，其它功能还包含 FTP 功能、HTML 编辑、URL 突显、⾃动完成、剪贴⽂本、⾏列选择、强⼤的搜索与替换、多重撤销/重做、拼写检查、⾃定义快捷键。
2. NotePad2：⽂字处理软件⾃定义语法⾼亮，⽀持HTML, XML, CSS, JavaScript, VBScript, ASP,PHP, CSS, Perl/CGI,C/C++, C#, Java, VB, Pascal, 汇编, SQL, Python, NSIS,INI, REG, INF, BAT,DIFF等众多脚本⽂件。
⽀持ANSI，Unicode，UTF-8等编码互换。
可以设置⽆限个书签（9种图标可换）轻松定位。
空格，制表符彩⾊显⽰，并可互相转换。
可以对任意的⽂本块进⾏操作，ALT键＋⿏标。
对括号｛｝〔〕（）可以⾼亮配对显⽰，⽅便查看(仅对英⽂符号有效)。
可以⾃定义代码页和字符集，对中⽂⽀持良好。
使⽤标准的正则表达式搜索和替换。
可以使⽤半透明模式，cool。
快速放⼤、缩⼩页⾯，不⽤再设定字体⼤⼩。
可以指定ESC键最⼩化Notepad2到系统托盘或者关闭Notepad23. FastStone Screen Capture：截图软件FastStone Screen Capture (FSCapture) 是⼀款免费的图像浏览、编辑和抓屏⼯具，⽀持包括BMP, JPEG, JPEG 2000, GIF, PNG, PCX, TIFF, WMF, ICO 和TGA在内的所有主流图⽚格式，其独有的光滑和⽑刺处理技术让图⽚更加清晰，提供缩放、旋转、减切、颜⾊调整功能。
十大免费软件替换盗版软件
十大免费软件替换盗版软件中国一直有着很高的软件盗版率阻碍着正版的发展，软件盗版在中国已经逐渐形成了一条产业链，并影响着软件业和游戏业的发展，其实，盗版软件并非大家的最好选择，免费软件发展到现在，已经完全可以完成大多数正版软件能够完成的功能，今天，我就为大家推荐一些优秀的免费软件，帮助大家打造一个没有破解和盗版的软件世界。
1、压缩工具：7-ZIP替换目标：WinRAR7-Zip是一款GNU/LPGL协议下分发的完全免费的压缩工具，可以打开包括RAR/ZIP/GZIP在内的常见压缩格式，是一个替代WINRAR的不错选择。
2、文档工具：Open Office替换目标：Microsoft OfficeOpenOffice是一个免费的、开源的办公软件套件，包括文字处理、电子数据表格、演示文稿、矢量绘图和数据库等几个部分，能在Windows、Linux、MacOS、和Solaris 等操作系统上执行。
它与Microsoft Office软件套件兼容。
我个人使用过程中，感觉其在Windows下还不是特别稳定，经常无缘无故的中断退出。
3、图像处理：GIMP替换目标：Adode PhotoshopGIMP是和Photoshop类似的免费图像处理软件，其风格、面板、图层、滤镜等等都和Photoshop非常相似，习惯Photoshop的用户可以很快入手。
4、图片浏览：Picasa替换目标：ACDSeePicasa原为独立收费的软件，功能非常强大，被Google收购后已经变成免费软件，浏览图片速度非常快，并具有一定的图片编辑修改功能，是管理图片、数码照片的推荐工具。
5、杀毒软件：Avira替换目标：Symantec AntiVirusAvira AntiVir Personal Edition Classic是一款德国的免费杀毒软件，小巧但杀毒能力强大，免费版本的功能就比较全面了，可以应付大部分用户的防木马病毒的需求。
UltraEdit配置
设置Java编译命令：
• 方法与步骤： – 在弹出的配置对话框中的命令TAB中点击“插入”按钮 – 在“命令行”中填上 javac %n%e – 在“工作目录”中填上 %p – 在“菜单名称”中填上 你想要显示的菜单项文字（如: java编译） – 选上选项TAB中的“保存活动文件”选项及输出TAB中 的“输出到列表窗口”和”捕捉输出” 这几个选项 – 点击“确认”按钮 • 说明：%n %e %p 分别是UltraEdit内置的变量，分别代表 – %n：file name – %e：extension – %p：path
测试设定： 点击【文件】->【另存为….】， 看到保存文件名称和类型成为设定的格式。
编辑器设置：设置制表符宽度
• 点击【高级】-〉【配置】代开配置窗口，在导航列表框 中点击【编辑器】-〉【自动换行/制表符设置】项。
• 在右侧的设置属性中将“制表站值”和“缩进空格”如改 期望值，如4。
设置默认工作目录：点击【高级】-〉【配置】打开配置窗口，在导航列表框 中点击【目录】列表项，通过直接输入或点击【浏览】按钮选择输入默认保 存目录及默认打开目录。然后点击【确定】按钮确认。
测试默认工作目录设置：点击【文件】-〉【打开】，可以看到 当前目录为已设定的目录。
• 事实上，UltraEdit还允许定制菜单和弹出式菜单。 （自己做）
限定文件类型：点击【高级】->【配置】->【文件类型】打开文 件类型配置窗口。 输入文件名和文件描述， 格式见提示说明。 此处分别为：*.java 和 Java源文件。然后点击【插入】按钮， 结果如下：
PUB文本编辑器
什么是文本呢？那么什么是文本编辑器呢？常见的有哪些呢？他们对学习技术有什么重要用途呢？本文将带领大家一起去了解这方面的知识。
通过阅读本文，你将领略文本编辑器对学习技术，学习编程以及黑客技术的重要性！以下按次序解决上述四个问题。
一，文本是计算机表示文字信息的一种媒体。
文本是一个字符流,它由一连串的字符组成。
文本处理过程:文本展现(阅读器)---文本处理(文本处理软件)-----文本生成其他媒体-------电子文本文本编辑(编辑器)----格式化的电子文本。
电子(数字)文本的2种形式：1，扫描文本-是纸介质文本经过扫描输入后得到的,实质上是一种特殊的位图图像(bitmap).2，合成文本-也称为编码文本,它是基于特定字符集的,具有上下文相关性的一个字符流,每个字符均使用编码表示.这是计算机中常用的文本形式文本的类型：按是否格式化分:-简单文本(plain text) / 丰富格式文本(rich text)按结构分:-线性文本/ 超文本(hypertext)按是否可执行来分:-静态文本/ 动态文本文本文件的表示：简单文本(纯文本)(.txt)：一连串的字符构成,可显示/打印字符(编码依赖支撑系统),简单的格式控制字符,通用,文件体积小,阅读不受限制.，不能揑入图表,图片等.编辑工具:Notepad,Vi等超文本(.HTML)：传统文本是线性(顺序)组织的.；阅读是按照固定的顺序；超文本采用网状结构组织信息.；非线性阅读方式.；-基本组成元素:节点，链。
常用的超文本格式:-Windows 中的帮助文件(HLP)-WWW上的HTML文件-其他:doc, ppt, pdf等。
超文本的编辑工具：-HTML编辑工具:Frontpage,dreamweave等-专用工具:Authorware等丰富格式文本(.RTF)：许多情况下必须在纯文本的基础上揑入必要的图,表,数学公式,甚至声音和视频图象.为了使文本能以整齐,醒目,美观,大方的形式展现给用户阅读,人们还需要对纯文本迚行必要的加工,例如确定图表的位置,对字体,字号,文字走向,色彩等迚行标注,这个过程称为文本的格式化,或者称为排版.经过上述处理后的文本一般称为"丰富格式文本"(rich text format).专有格式文本(.DOC, .PDF等)：美国Adobe公司开収的PDF(Portable Document Format,可移植文档格式)它是丰富格式文本的一种事实上的标准,已经被许多文本处理和电子出版软件所采用.专有格式文本PDF可以将文字,字型,格式,颜色,图形图像,超文本链接,声音和动态图像等信息封装在一个文件中.具有交互功能(如超链接和交互表单等),页面随机存取及字体仿真描述等特性.PDF不仅适合印刷出版,也适合网络电子出版。
TinyOS操作系统开发技术及实践(西电版)第1章 TinyOS概述_OK
2021/6/30
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第1章 TinyOS概述
版本 0.4.3 0.6.x 1.0 1.1.x
2.0 Beta
2.0.1 2.0.2 2.1.0 2.1.1 2.1.2 2021/6/30
时间 2000 年
2001 2002 年 9 月 2003 年 8 月
2006 年 2 月
2007 年 4 月 2007 年 7 月 2008 年 8 月 2010 年 4 月 2012 年 8 月
表 1-2 TinyOS 的版本变化
说明 通过 向公众开放 支持 mica 平台，期间 UBC 发布了支持 1000mica 平台的 TinyOS 项目， 2002 年 4 月 UCB 与 Intel 研究进行 nesC 语言开发合作 使用 nesC 语言重新编写并改进了 TinyOS nesC 增加部分新功能(如支持并发模型)；TinyOS 增加新的 UART 通 信协议等 2.0 Beta1 发布，2.0 与 1.x 不再兼容，后者编写的代码将无法在 2.0 上编译通过；2.0 硬件抽象遵循 3 级结构；改进了任务调度策略；2.0 提 供了比 1.x 更丰富的定时器接口 增加 CC2420 低功耗协议栈；改进组件和接口的资源管理；增加 lib/printf 库；增加 lib/net/lqi 库；修复部分 BUG 重新实现了 CC2420 低功耗协议栈；修复部分 BUG 增加对 IRIS 和 shimmer 平台的支持；增加对 802.15.4 T-Frames 帧的 支持；增加低功耗应用开发指导 增加对 shimmer2、mulle、epic 平台的支持；增加 6LoWPAN/IP 协议 栈；改进 python SDK 增加 RPL 协议栈；增加对 ucmini、ATMega128RFA1、Zolertia Z1 平 台的支持；增加 CoAP 协议栈
1.Web基础
本堂课要点
掌握开发Web程序应该必备的基础知识，包括 Web的基本概念和工作原理、Internet网络协议、 IP地址、域名和统一资源定位器URL。 几个问题：
1. 万维网和因特网之间的关系 2. 网址中的www是什么 3. URL中包括哪些内容 4. 常见的Internet网络协议有哪些 5. 网页扩展名.html，.htm和.php在被访问时有什么不同
返 回
（3）如果URL指向的是普通的HTML（Hypertext Markup Language，超文本标记语言）文档，Web服务器将直接把 它传送给浏览器。HTML文档中可能包含用Java， JavaScript，ActiveX，VBScript等编写的小应用程序 （applet），服务器也将它们随HTML文档一道传送到浏览 器，在浏览器所在的机器上执行。
6.4 运行第一个PHP网页
启动Apache服务器
打开浏览器，输入地址：
http://IP地址/first.php
小结
Web是一种基于浏览器 服务器、采用 是一种基于浏览器/服务器 采用Internet网络协议 是一种基于浏览器 服务器、 网络协议 的体系结构，是一种基于Internet的超文本信息系统 的体系结构，是一种基于 的超文本信息系统 Internet是由各种不同类型、不同规模、独立管理和运行 是由各种不同类型、 是由各种不同类型 不同规模、 的主机或计算机网络组成的一个全球性特大网络 IP地址是识别 IP地址是识别Internet中主机及网络设备的惟一标识 地址是识别Internet中主机及网络设备的惟一标识 网页是用HTML或动态网页编程语言编制的文档文件，由 或动态网页编程语言编制的文档文件， 网页是用 或动态网页编程语言编制的文档文件 浏览器解释并显示在用户浏览器的窗口中 。
perltk教程
水木社区(展开完整界面) → Perl的世界→ 精华区文章阅读Perl 版 (精华区)发信人: sisoe (游刃), 信区: Perl标题: perl/tk教程发信站: BBS 水木清华站 (Tue Aug 29 12:23:44 2000)perl/tk 教程浦绍忠前言perl/tk 在图形界面、表框设计、菜单设计等方面功能强大，对字体、颜色和绑定使用灵活，容易上手。
本教程写作原则：简洁明了地介绍 perl/tk 的功能及其使用，对功能的使用一般只介绍一种方法，其余方法由读者自己实践。
对于perl/tk的常用功能及其使用给以相应的例子，为突出选项的作用，在例子中有时不是遵循美学原则，得到漂亮的界面，而是使用一些夸张的选项值。
教程的介绍对象是 perl/tk 402.002 版本，使用Windows 序列操作系统，本教程中全部例子都在 Windows95，Windows98 下试验通过。
讲解 perl/tk 基本组件，基本使用方法，对 perl/tk 的扩展模块不作说明，由读者自己去学习掌握。
假定读者已掌握 perl 基础知识，对例子中用到的perl基础知识不作讲解。
第一章 perl/tk 概要说明一。
perl/Tk的取得从多个网站上可以取得perl/Tk， perl/Tk的安装需要C++的编译器。
Gurusamy Sarathy 已经为使用 Intel 芯片的机器在 NT 上安装了最常用模块的tar 文件，压缩文件大约有6M，安装后大约有24M，安装后就可以在 Windows 系列系统下使用 Perl/Tk。
为便于下载,你可以从国内网站"http://ftp.freesoft./pub/languages/perl/CPAN/modules/by-authors/id/GSAR/"取得Gurusamy Sarathy 安装好的 perl5.00402-bindist04-bc.zip文件。
perl tk
● –height => amount 设定标签的高度，设定的值应该是屏幕有效范围
● –highlightbackground => color 当标签不是键盘输入焦点时，设定其颜色
● –highlightcolor => color 当标签成为键盘输入焦点时，设定其颜色
● –highlightthickness => amount 设定焦点的宽度
● –image=>imgptr 指定以image取代文字的显示
● justify => ‘left’|’right’|’center’ 让多行文字向那个方向对齐
● –padx => amount 在label框线内的左右两边增加额外的空间
我们先看一个 hello word 的程序,看看我们 Perl/tk 写出来的界面是什么样子的:程序内容如下: 1)#!/usr/bin/perl 2)use Tk; 3)$mw->Label(-text=>"hello word",)->pack; 4)MainLoop; 这个程序会出现什么样的界面呢?界面图形如图16-1:
● text => text 设定显示的文字内容
● textvariable 设定变动文字的内容
● underline => n
作者：刘才林
第 3 页共 38 页
完成于 2008/3 月
深圳ＰＣＢ培训网 ＧＥＮＥＳＩＳ２０００脚本培训课程 作者：刘才林 网站：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｐｃｂｐｘ．ｃｏｍ
数字签名人 刘才林 DN：cn=刘才林，c=CN-中国，o=上海
安装和配置Mantis
说明：黑色加粗部分为配置文档修改或添加的内容，例如index.cgi意思为修改或添加index.cgi 红色加粗部分为操作控制而非直接输入，例如空格意思为此处需要按下空格键一、介绍✧Apache：Apache HTTP Server（简称Apache）是Apache软件基金会的一个开放源码的网页服务器，可以在大多数计算机操作系统中运行，由于其多平台和安全性被广泛使用，是最流行的Web服务器端软件之一。
它快速、可靠并且可通过简单的API扩展，将Perl/Python等解释器编译到服务器中。
✧MySQLMySQL（通常被读作My-SEQuel）是一个开放源码的关联式数据库管理系统。
原开发者为瑞典的MySQL AB公司，该公司在2008年被升阳微系统（Sun Microsystems）收购。
甲骨文公司（Oracle）2009年收购升阳微系统公司，MySQL成为Oracle旗下产品。
MySQL被广泛地应用在Internet上的中小型网站中。
由于其体积小、速度快、总体拥有成本低，尤其是开放源码这一特点，许多中小型网站为了降低网站总体拥有成本而选择了MySQL作为网站数据库。
MySQL所使用的SQL语言是用于访问数据库的最常用标准化语言✧PHPPHP，是英文超文本预处理语言Hypertext Preprocessor的缩写。
PHP 是一种HTML 内嵌式的语言，是一种在服务器端执行的嵌入HTML文档的脚本语言，语言的风格有类似于C语言，被广泛地运用。
✧MantisMantis是一个基于PHP技术的轻量级的开源缺陷跟踪系统，其功能与JIRA系统类似，都是以Web操作的形式提供项目管理及缺陷跟踪服务。
在功能上可能没有JIRA那么专业，界面也没有JIRA漂亮，但在实用性上足以满足中小型项目的管理及跟踪。
Apache+Mysql+PHP+Mantis一、基本设置：1）虚拟机操作系统类型及硬件配置，网卡设置为NA T类型，网段处于192.168.172.02）进入虚拟机，配置固定IP地址二、安装补丁程序及第三方软件1）安装补丁程序2008-vcredist_x86.exe2）安装补丁程序2010-vcredist_x86.exe3）安装notepad++ / editplus编辑软件，使用默认设置，方便修改后续软件参数4）安装WinRAR解压缩软件，安装使用默认配置三、安装和配置Apache1）将Apache2.4复制到C盘根目录2）进入C:\Apache24\conf\目录，修改httpd.conf文件，（鼠标右键单击文件，选择用notepad++）3）找到214行，添加如下内容ServerName空格本机IP地址:80本案例为ServerName空格192.168.172.100:804）修改完毕后保存退出，验证Apache配置的正确性。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
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在EditPlus中配置Perl编译环境
1. 要使Editplus能够运行perl程序，首先打开tools->Preferences对话框，在User tools里新
建一个group，名字叫perl，在perl group里新建一个工具也起名为perl，分别在Menu text：
填入perl，在Command：填入perl的安装路径，Argument：填入$(FileName)，Initial Directory：
填入$(FileDir)。完成这一步的结果如下图（1）：
2. 这样在Editplus里打开一个perl文件，在tools菜单下就会有一个perl选项，直接单击就
可以运行perl程序了，也可以利用快捷键（Ctrl＋1），根据设置用户工具的个数，这个快捷
键可能有所不同。如下图（2）：
2
3. 在此处实现下面的一个功能：就是当程序出错的时候，perl解释器会给出提示信息。此
时，可以根据提示的行号到文本中去找错误的地方，而不能够象其他的编译器一样直接双击
错误的提示，将光标直接移动到错误行。此时如果直接双击某行，则会出现找不到某文件的
错误。此处，可以利用Editplus的Output Pattern的实现这个功能。具体做法如下，在图（1）
中的Capture Output选项前的复选框要选上，然后打开Output Pattern按钮，在Output Pattern
对话框中，首先取消Use default output pattern选项前的复选框，在Regular expression栏里
填入正则表达式如下：
File "(.+)", line ([0-9]+)
File Name栏里选择Tagged expression 1，
Line栏里选择Tagged expression 2，
Column栏里为None。