定量蛋白组分析
tmt定量蛋白质组学的操作流程
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串联质谱标签定量蛋白质组学
串联质谱标签定量蛋白质组学质谱标签定量蛋白质组学是一种重要的蛋白质分析方法，可以用于研究蛋白质的表达和翻译调控等生物学过程。
它通过在蛋白质样品中引入标记物，以及质谱技术的高灵敏度和高分辨率，能够实现对大规模蛋白质的准确定量和鉴定，为生物学研究提供了重要的工具和方法。
质谱标签定量蛋白质组学的基本原理是在蛋白质样品中引入化学标记物，将不同样品的蛋白质标记成不同的同位素形式，然后通过质谱仪进行分析和定量。
常用的标记物包括稳定同位素、发光标记物和捕获反应标记物等。
其中，最常用的是稳定同位素标记法，它通过将样品中的天然同位素替换为稳定同位素，如使用氘代水、15N氨基酸或13C葡萄糖来标记蛋白质样品。
质谱标签定量蛋白质组学的分析流程包括样品制备、质谱分析和数据分析。
样品制备是整个分析过程中的关键环节，包括蛋白质提取、消化、标记和纯化等步骤。
在实验设计中，不同样品通常采用不同的标记物，以便在质谱中区分和定量。
质谱分析主要涉及质谱仪的操作和参数设置，根据实验的需要选择合适的质谱仪和模式，如液相色谱-质谱联用(LC-MS)、筛选质谱(MS)和串联质谱(MS/MS)等。
数据分析是整个实验的最后一步，通过质谱数据的比较和计算，可以获得不同样品之间蛋白质表达水平的定量结果。
质谱标签定量蛋白质组学在生物学研究中有广泛的应用。
首先，它可以用于发现和鉴定不同生理状态下的蛋白质差异表达，如疾病诊断和治疗的候选蛋白质标记物。
通过对正常和病态样品进行比较分析，可以发现潜在的病理生理过程中的关键蛋白质变化，为疾病的早期诊断和治疗提供参考。
其次，质谱标签定量蛋白质组学可以用于研究蛋白质的翻译调控机制和信号转导网络。
通过对不同发育阶段或刺激条件下的蛋白质组进行定量分析，可以识别出调控蛋白质的变化趋势和关键信号通路，有助于揭示蛋白质功能和调控的分子机制。
再次，质谱标签定量蛋白质组学还可以用于研究蛋白质相互作用和代谢途径的调控。
通过标记蛋白质及其调控因子或互作蛋白质，可以跟踪它们在代谢途径中的变化，识别出关键调控节点，为生物学途径的研究和物质转运等提供了新的方法。
4D定量蛋白质组
百泰派克生物科技
4D定量蛋白质组
定量蛋白质组学就是对系统中的不同蛋白质进行含量的精确鉴定，目前主要是根据基于质谱的技术对蛋白质进行含量鉴定。
常用的蛋白质定量技术如非标记定量策略（Label Free）和标记定量策略（iTRAQ、TMT、SILAC等），其基本原理都是将带标记的或未标记的蛋白质酶切消化成小分子肽段，再对小分子肽段进行HPLC-
MS/MS分析，通过对质谱数据进行生物信息学分析从而实现蛋白质的定量鉴定。
由此可见，基于质谱的蛋白质定量分析主要是基于质谱图所反映的肽段离子的理化性质来实现的。
4D定量蛋白质组学技术即利用4D质谱分析技术对蛋白进行定量分析，相比传统的3D定量蛋白质技术，4D质谱分析方法通过新增的离子淌度（mobility）这一维度可根据肽段离子的形状和碰撞面积（CCS）对其进行分析，能够检测质荷比（m/z）差值非常接近的肽段，对低丰度的肽段离子也能发挥很好的检测作用，在检测灵敏度以及准确度方面都有很大的提升。
百泰派克生物科技采用tims TOF Pro质谱平台结合nanoLC-MS/MS纳升色谱，提供高效灵敏的4D定量蛋白质组分析一站式服务技术包裹，您只需要将您的实验目的告诉我们并将您的细胞寄给我们，我们会负责项目后续所有事宜，包括细胞培养、细胞标记、蛋白提取、蛋白酶切、肽段分离、质谱分析、质谱原始数据分析、生物信息学分析，欢迎免费咨询。
TMT蛋白组学
TMT蛋白组学
TMT是一种化学标记技术，主要结合质谱应用于定量蛋白质组学的研究。
百泰派克生物科技提供基于质谱的TMT定量蛋白组学分析服务。
TMT蛋白组学
TMT蛋白组学，主要是指利用TMT技术对蛋白质组进行定量分析。
TMT(Tandem Mass Tags)技术是美国Thermo Fisher公司研发的一种化学标记技术，用于基于质谱（MS）的生物大分子（例如蛋白质、多肽和核酸）的定量和鉴定。
TMT属于被称为等压质量标签的试剂家族，它们提供了基于凝胶或抗体的定量方法的替代方法。
除了有助于蛋白质组定量分析外，TMT标签还可在RPLC-MS分析中提高某些高亲水性分析物（如磷酸肽）的检测灵敏度。
TMT蛋白组定量分析原理
TMT采用多个稳定同位素标签，特异性标记多肽的氨基基团后进行串联质谱分析，能够同时比较多达10种不同样本中蛋白质的相对含量。
TMT所有标签的化学结构均相同，由报告基团、平衡基团以及肽反应基团组成，但每个标签都包含在不同位置取代的同位素，因此报告基团和平衡集团在每个标签中具有不同的分子质量。
基团合并则具有相同的总分子量和结构，因此在色谱或电泳分离过程中，以及在单一MS模式下，用不同标签标记的分子是无法区分的。
在MS / MS模式下对标记分子进行片段化后，可从片段化离子获得序列信息，同时从标签的片段化可获取定量数据，从而实现蛋白组定量分析。
TMT蛋白组学。
磷酸化定量蛋白质组学
百泰派克生物科技
磷酸化定量蛋白质组学
质谱可以用于磷酸化蛋白质组的定性，也可以用于磷酸化蛋白质组的定量研究。
百泰派克生物科技提供基于质谱的磷酸化定量蛋白组学研究服务。
磷酸化定量蛋白质组学
磷酸化定量蛋白质组学指在组学水平上对磷酸化蛋白质进行定量分析。
磷酸化蛋白质是由蛋白激酶将ATP或GTP分子上的磷酸基团转移到底物蛋白特定的氨基酸侧链上形成的。
蛋白质磷酸化是一种可逆的蛋白质翻译后修饰。
在哺乳动物的细胞生命周期中，至少有三分之一的蛋白质发生磷酸化修饰。
磷酸化修饰参与许多信号转导途径和细胞代谢过程，且许多已知的疾病也与蛋白质的异常磷酸化有关。
因此，对磷酸化蛋白质组进行定量研究，寻找差异表达的磷酸化蛋白质，有助于发现疾病的生物标志物和寻找新的具有治疗潜力的药物靶标。
磷酸化定量蛋白质组学。
蛋白质组磷酸化定量分析方法
由于磷酸化蛋白质在生物样本中含量低、动态范围广，利用定量蛋白组学分析手段对磷酸化蛋白质样品进行定量分析前，需要先对磷酸化蛋白质进行富集从而提高其丰度。
常用的磷酸化蛋白质/肽段的富集方法包括免疫亲和色谱、金属亲和色谱（IMAC）以及TiO2色谱。
在质谱定量磷酸蛋白组学分析中，除了多一步富集步骤之外，其他步骤与一般定量蛋白质组学的步骤类似。
FFPE定量蛋白质组学
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FFPE定量蛋白质组学
FFPE（formalin fixation and paraffin embedding）即福尔马林固定的石蜡包埋样本，能在室温下最大限度的封存某一状态下的样本，广泛应用于组织学和形态学结构的保存。
一些临床上的石蜡包埋样本对疾病组织病理学诊断具有极高应用价值，是研究癌症等重大疾病的宝贵资源。
FFPE定量蛋白质组学通过质谱技术对FFPE 组织蛋白提取液中的蛋白组分进行精确定量分析，对比正常与病理状态下蛋白质的表达情况，发现不同组织学类型之间差异表达的蛋白质，对揭示疾病的病理机制、发现生物标志物具有十分重要的意义，也为疾病的诊断、预后以及治疗检测提供了帮助。
FFPE作为新鲜/冷冻组织的替代
品在发现生物标志物的研究中正受到研究者的高度关注。
百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合nanoLC-MS/MS纳升色谱，提供石蜡包埋样品定量蛋白质组学分析服务技术包裹，
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蛋白质组学定量研究常见方法-PPT课件
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1：双向电泳
基于2D-PAGE 的经典定量分 析方法。 1、样品准备 和定量：抽提 对照组和各种 不同实验组的 蛋白质。 2、蛋白质分 离：蛋白质经 过2D-PAGE分离 后染色（银染、 考染等）。 3、蛋白质的 定性与定量分 析：通过与对 照组相Image Master 7.0分 析出实验组中 差异点，质谱 鉴定差异点蛋 白质,同时应用 软件分析出其 表达量的变化。
4：化学标记法—ICAT
ICAT法的缺点： （1）它不能用于标记不含半胱氨酸或半胱氨酸含量低的蛋白质。 （2）ICAT分子量相对较大（约500Da），与蛋白质连接后可能会造成分子 的空间位阻 （3）ICAT分子量相对较大（约500Da），由于在MS分析中标签仍保留在每 个肽上，使得在碰撞诱导解吸（CID)条件下，很容易被片段化，那么标签特 异化的片段离子就会使串联质谱分析标记肽段的过程复杂化， （4） ICAT分子量相对较大（约500Da），这对小肽而言是一个较大的修饰 物，会增加数据库搜索的复杂性 （5）标记时通常需要延长时间来保证ICAT与蛋白质充分结合，这可能会造 成赖氨酸、组氨酸、色氨酸、酪氨酸发生氨基酸局部衍化。 （6）与原子结合的硫醚键化学稳定性较低，可能会自发发生β -消除反应 使部分标签断裂。
蛋白质组学定量研究常见方法
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蛋白质组学定量研究常见方法
1：常规双向电泳 2：DIGE 3：15N等同位素标记 4：ICAT 5：iTRAQ 6：SILAC
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iTRAQ蛋白组学
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iTRAQ蛋白组学
iTRAQ蛋白组学定义
iTRAQ是一种基于标签的蛋白质定量技术，中文名称为同位素标记相对和绝对定量。
iTRAQ蛋白组学通过iTRAQ技术对蛋白组进行鉴定和定量研究。
iTRAQ蛋白组学研究方法
iTRAQ技术通过同位素标记来实现蛋白质定量研究，经水解的蛋白质其多肽N末端
或赖氨酸侧链基团可以被同位素标记，通过高精度质谱仪串联分析，可同时对最多
8个样品进行鉴别和定量。
利用iTRAQ技术研究蛋白组学具有如下优势：一次实验
可实现多达8个样品蛋白质的高通量鉴定和定量；该技术是在肽段水平上进行的体外标记，没有物种特异性限制，理论上可用于所有物种的蛋白质定量研究。
百泰派克生物科技使用Thermo公司最新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪结合Nano-LC，提供iTRAQ定量蛋白组分析一站式服务。
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PRM蛋白组学
百泰派克生物科技
PRM蛋白组学
PRM蛋白组学是指利用PRM进行蛋白质组学分析，可以对目标蛋白组进行靶向定量，包括绝对定量和相对定量。
百泰派克生物科技提供PRM定量蛋白组学分析服务。
PRM简介
PRM（parallel reaction monitoring）是一种基于高分辨率和高精度质谱的离子
监测技术，可用于研究目标蛋白分子的靶向定量蛋白组学研究方法。
PRM是目前靶
向蛋白质组学数据采集的主流方法，通过对特异性肽段或目标肽段（如发生翻译后修饰的肽段）进行选择性检测，从而实现对目标蛋白质/修饰肽段的靶向相对或绝
对定量。
PRM蛋白组学原理
PRM是基于以Q-Orbitrap为代表的四极高分辨率质谱平台。
当样品在离子化源中
被电离后，PRM首先使用四极杆Q1选择性的检测目标肽段的前体母离子，然后母
离子在碰撞池中破碎（Q2）。
最后，Orbitrap或TOF质量分析器高分辨率和高精度
扫描所有产物离子。
不仅具有针对目标蛋白的定量分析能力，而且具有定性能力。
PRM质量精度达到ppm级，更好地消除了背景干扰和假阳性现象，有效提高了复杂
背景下的检测限和灵敏度，且对产物离子进行全扫描，无需选择离子对和优化碎裂能量，更易于建立测定方法。
PRM蛋白组学。
蛋白质定量分析方法
蛋白质定量分析方法蛋白质定量是生物学和生物化学实验中常用的一项分析方法，用于测量样品中的蛋白质浓度。
正确的蛋白质定量对于实验结果的准确性和可重复性至关重要。
以下将介绍几种常用的蛋白质定量方法。
1. 布拉德福法：布拉德福法是一种经典的蛋白质定量方法。
它基于蛋白质与染料结合产生颜色变化的原理。
该方法使用的布拉德福染料与蛋白质中的酪氨酸和苯丙氨酸反应，生成一个特定的吸收波长下的蓝色色素。
通过比较标准曲线上已知浓度的蛋白质溶液和待测样品的吸光度，可以推算出待测样品的蛋白质浓度。
2. 低里德伯法：低里德伯法是一种基于腐蚀性或氧化性试剂使蛋白质产生特殊反应而定量的方法。
其中最常用的是使用硫酸硫酸氨基酸反应，将蛋白质转化为酸解蛋白质，然后测定在特定条件下副产物的吸收光度。
通过比较标准曲线上已知浓度的蛋白质标准品和待测样品的吸光度，可以计算出待测样品中蛋白质的浓度。
3. BCA法：BCA法是一种受欢迎的蛋白质定量方法，也是一种基于蛋白质染料结合并产生颜色变化的原理。
BCA（Bicinchoninic Acid）试剂与蛋白质中的蛋白质肽键和酪氨酸、苯丙氨酸等残基反应生成紫色络合物。
通过比较标准曲线上已知浓度的蛋白质溶液和待测样品的吸光度，可以计算出待测样品中蛋白质的浓度。
4. 比色法：比色法是一种使用标准蛋白质溶液与待测样品比较颜色的方法。
其中最常用的是使用深蓝色染料康氏试剂。
标准蛋白质溶液与康氏试剂反应生成一个蓝色络合物，该络合物的吸光度与蛋白质的浓度成正比。
通过比较标准曲线上已知浓度的蛋白质溶液和待测样品的吸光度，可以计算出待测样品中蛋白质的浓度。
除了以上几种常用的蛋白质定量方法之外，还有其他一些描述复杂的方法，如ELISA、酶联免疫吸附试验等。
这些方法在定量蛋白质方面有其独特的优势和适用范围。
总结起来，蛋白质定量是实验室中广泛应用的一种分析方法。
根据不同的研究目的和实验条件，可以选择适用的方法来准确测量样品中蛋白质的浓度。
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定量蛋白组分析
细胞内蛋白质组丰度的动态变化对各种生命过程有重要影响。
例如在许多疾病的发生和发展进程中，常常伴随着某些蛋白质的表达异常。
定量蛋白质组学就是把一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂的混合体系中所有的蛋白质进行精确的定量和鉴定。
目前定量蛋白质组学技术主要分为标记（Label）和非标记的（Label Free）定量策略，其中标记策略又分为体内标记（如 SILAC、15^N 标记），以及体外标记（如 iTRAQ、TMT 标记）。
定量蛋白组分析。
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供以下检测服务：
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基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SILAC。
DIA定量蛋白质组学。
半定量蛋白质组学分析。
2D-DIGE定量蛋白质组学。
SWATH定量蛋白组学服务。
蛋白相对定量。