定量蛋白质组学
蛋白组学方法介绍
细胞破碎方法
2）剧烈裂解方法 (固体组织, 酵母菌)
• • • • •
超声裂解法 (Sonication) 弗氏压碎器（French press pressure cell） 研磨法（Grinding，mortar and pestle) 机械匀浆法（Mechanical homogenization） 玻璃珠匀浆法
基本原则： （1）全息性（keep all of protein information），尽 可能的制备所有蛋白； （2）样品制备的方法还必须与后续的分离或鉴定方法相匹 配，如采用双向电泳，需要谨慎使用SDS抽提蛋白质；如 果用液相色谱分离，不应该用太多的去污剂和两性电解 质(considering following protocols/kits ) ； （3）由于样品来源千差万别，针对不同来源的样品（如细 胞样品、动物组织样品、植物样品、体液等），需要采 取不同的蛋白质抽提方法 (Different samples, different
基于胶染色和基于液相质谱联用 同位素标记和非同位素标记 体内标记和体外标记
二 双向凝胶电泳
双向凝胶电泳的原理 双向凝胶电泳技术操作的基本过程 双向凝胶电泳的优缺点
1 常规双向电泳
• 一、双向电泳概述： 双向电泳(Two-dimensional electrophoresis)的基本原理是利用蛋 白质的等电点（pI)和分子量(Mr)不同而分离蛋白质：第一向电泳——等电聚 焦（Isoelectric Focusing，IEF）根据蛋白质的等电点不同将蛋白质分离， 第二向电泳——十二烷基硫酸钠—聚丙烯酰胺凝胶电泳（Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacrylamide Gel Electrophoresis, SDS—PAGE）利用蛋白质的 分子量大小不同将蛋白质分离。 双向电泳一次可以从细胞、组织或其它生物样本中分离上千种蛋白质， 凝胶上的斑点都对应着样品中的蛋白质，且各种蛋白质的等电点，分子量和 含量的信息都能通过质谱鉴定和软件分析获得。因此其在蛋白质组分析、细 胞差异分析、药物开发、工业菌株生理比较等领域都得到了广泛的应用。 二：双向电泳分离蛋白质混合物具有以下优势： 1、经典方法、应用范围广、适用于各类材料； 2、经济实惠，可大规模多个样本筛选和分析。
定量蛋白质组学LC-MS-MS
百泰派克生物科技
定量蛋白质组学LC-MS-MS
定量蛋白质组学是蛋白质组学的一个重要分支，这个概念的提出使蛋白质组学的研究内容从定性向精确含量鉴定方向进一步发展。
目前，常用的蛋白质组学定量技术是基于质谱的技术，根据其是否使用同位素标记又分为标记策略（Label）和非标
记策略（Label Free），标记策略如TMT、iTRAQ和SILAC等。
LC-MS-MS即液相色
谱-串联质谱技术，是各种蛋白质质谱定量技术中所不可缺少的分析技术，也是实
现蛋白质定量的关键步骤。
其将经过不同标记或处理得到的蛋白肽段利用液相色谱进行分离后再进行多级质谱分析，根据肽段离子的质谱信号如离子峰强度等结合生物信息学分析手段计算各肽段的含量，从而实现整个蛋白质的含量鉴定。
百泰派克生物科技采用Thermo公司最新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪结合Nano-LC纳升色谱技术，提供高效精准的定量蛋白质组学LC-MS-MS服务技术包裹，您只需要将您的实验目的告诉我们并将您的细胞寄给我们，我们会负责项目后续所有事宜，包括细胞培养、细胞标记、蛋白提取、蛋白酶切、肽段分离、质谱分析、质谱原始数据分析、生物信息学分析。
蛋白质组学的研究内容和意义
蛋白质组学（Proteomics）是在整体水平上研究细胞、组织或整个生命体内蛋白质组成及其活动规律的科学。
其研究内容主要包括：鉴定特定细胞、组织或器官的蛋白质种类（蛋白质组全谱鉴定）、特定条件下蛋白质的表达量变化研究（定量蛋白质组学）、明确蛋白质在生命活动中执行的功能（功能蛋白质组学）、揭示蛋白质之间的复杂相互作用机制（相互作用蛋白质组学）、描绘蛋白质的精确二维、三维以致四维结构（结构蛋白质组学）、以及蛋白质翻译后修饰研究（修饰蛋白质组学）。
蛋白质组学的研究具有重大的科学意义和应用价值。
首先，蛋白质是生命活动的直接执行者，对蛋白质的研究有助于深入了解生命现象和疾病发生发展的机制。
其次，蛋白质组学研究可以提供大规模、系统化的蛋白质特性数据，以期望在蛋白质水平上解释控制复杂的生命活动的分子网络。
此外，蛋白质组学的研究对于新药研发、生物医药产业的发展以及重大疾病防诊治能力的提高具有重大的战略意义。
蛋白质组学的研究方法
蛋白质组学的研究方法蛋白质组学是运用先进的分析技术，通过对细胞内的蛋白质分子进行检测、分离、同位素标记与定量等方法，研究不同细胞型、组织型、发育阶段以及病变状态等生物样本中蛋白质组成及其功能性调控的科学。
它是一门综合性学科，既涉及生物化学、蛋白质工程、分子生物学等学科，也涉及信息学及计算机科学等学科，运用了各种生物学技术和数学模型，将复杂的生物体蛋白质组织成一个有机的整体，从而更好地了解蛋白质的结构与功能关系。
蛋白质组学的研究方法主要包括：一、蛋白质分离与鉴定：蛋白质分离是蛋白质组学的基础步骤，其目的是从生物样本中提取蛋白质。
常用的技术包括凝胶电泳、膜分离、微萃取、液相色谱法以及离心分离等。
蛋白质分离之后，还需要进行鉴定，以获得蛋白质的名称及其细胞定位等信息，以便进行后续研究。
常用的方法包括凝集试验、蛋白质印迹、Western blotting、质谱分析以及二级结构分析等。
二、定量蛋白质组学：定量蛋白质组学是指利用有效的检测技术，对生物样本中的蛋白质进行定量分析，以便获得蛋白质组成及其功能性调控情况的精确信息。
定量蛋白质组学技术主要包括酶标记蛋白质定量、质谱定量以及流式细胞蛋白质定量等。
三、蛋白质组学的应用：蛋白质组学的研究结果可以用来研究基因调控、细胞信号转导、疾病机理等方面的问题。
它可以帮助研究人员更好地理解生物的复杂性，并为有效的治疗策略的制定提供重要的参考和指导。
它还可以用于研究新型药物的研究和开发，为疾病的治疗提供新的思路。
蛋白质组学的发展前景广阔，它不仅可以用于解决当前生物学上的实际问题，还可以为未来的研究提供重要的科学研究基础。
随着技术的进步和数据量的增加，蛋白质组学技术将会为生物学研究带来更多的惊喜和发现。
定量蛋白质组学的方法有哪些
定量蛋白质组学的方法有哪些？1 背景和意义从生命活动的直接执行者——蛋白质的角度研究生命现象和规律（特别是疾病防治和病理研究）已成为研究生命科学的主要手段。
而这些研究往往离不开对细胞、组织或器官中含有蛋白质种类和表达量的研究。
对处不同时期、不同条件下蛋白质表达水平变化的研究，识别功能模块和路径，监控疾病的生物标志物，这些研究都需要对蛋白质进行鉴定和定量。
生物质谱技术的出现和不断成熟为蛋白质差异表达分析提供了更可靠、动态范围更广的研究手段。
基于质谱技术，科学家们不断开发出新的定量蛋白质组学方法，来了解细胞、组织或生物体的整体蛋白质动力学。
2 方法学介绍目前较主流的定量蛋白质组学方法有5种，分别是Label-free、iTRAQ、SILAC、MRM(MRM HR)、和SW ATH。
简述如下：2.1 Label-freeLabel-free定量，即非标记的定量蛋白质组学，不需要对比较样本做特定标记处理，只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化，通常用于分析大规模蛋白鉴定和定量时所产生的质谱数据。
Label-free操作简单，可以做任意样本的总蛋白质差异定量，但对实验操作的稳定性、重复性要求较高，准确性也较标记定量差。
因此，Label-free技术适合于大样本量的定量比较，以及对无法用标记定量实现的实验设计。
2.2 iTRAQiTRAQ定量是目前定量蛋白质组学应用很广泛的技术，该技术的核心原理是多肽标记和定量，将多肽的含量转化为114、115、116和117同位素的含量(或113、114、115、116、117、118、119和121的8标记)，从而简化了定量的复杂性，最终通过多肽定量值回归到蛋白的定量值，从而最终测定出不同样本之间蛋白质的差异。
iTRAQ定量不依赖样本，可检测出较低丰度蛋白，胞浆蛋白、膜蛋白、核蛋白、胞外蛋白等，且定量准确，可同时对8个样本进行分析，并可同时得出鉴定和定量的结果，特别适用于采用多种处理方式或来自多个处理时间的样本的差异蛋白分析。
定量蛋白质组学分析方法
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第 ３ １ 卷
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２ 蛋 白质 组非标 记 （ １ ａ ｂ ｅ ｌ ｆ ｒ ｅ ｅ ） 定 量方 法 的研 究
相 对 于传统 的标 记 定 量方 法 ， 非标 记 定 量 方 法
不需要 在样 本分 析前 对蛋 白质／ 多 肽进 行标 记 ， 避免 了样本 标记 处理 环 节 造 成 的可 能 的样 品损 失 ， 在 检 测 肽段 的 数量 、 蛋 白质 的覆 盖 率 和 分 析通 量 方 面 具 有较 大优 势 ， 且 不受 样 品来 源 和数 量 的限制 ， 因而近
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蛋白质组学数据
蛋白质组学数据
蛋白质组学数据是指对组织、细胞或生物体内的蛋白质进行分析和研究所得到的数据。
蛋白质组学技术包括质谱技术、二维凝胶电泳技术、蛋白质微阵列技术等，可以得到蛋白质的序列、结构、定量等信息。
蛋白质组学数据可分为定量数据和定性数据两种。
定量数据包括蛋白质在不同条件下的表达量变化等信息，可以用于寻找蛋白质在不同生理和病理状态下的作用和调控机制。
定性数据包括蛋白质的标识和鉴定，可以用于研究蛋白质相互作用、代谢途径等方面。
目前，蛋白质组学数据在生命科学、界面科学、医学等领域都得到了广泛的应用，可以为疾病的诊断、预防和治疗提供重要的依据。
标记定量蛋白质组学
标记定量蛋白质组学
标记定量蛋白质组学是一种用于分析生物样本中蛋白质表达水平的技术。
它通过使用稳定同位素标记的氨基酸来对蛋白质进行标记，然后利用质谱技术对标记的蛋白质进行定量分析。
标记定量蛋白质组学的基本原理是利用稳定同位素标记的氨基酸（如 13C、15N 等）来替换蛋白质中的某些氨基酸。
这些稳定同位素标记的氨基酸在生物体内代谢过程中不会发生明显的化学变化，因此可以用来追踪和定量蛋白质的表达水平。
在实验过程中，将不同处理条件下的生物样本分别用稳定同位素标记的氨基酸进行培养，使蛋白质中的某些氨基酸被标记。
然后将这些样本混合在一起进行蛋白质提取和质谱分析。
在质谱分析过程中，标记的氨基酸会产生不同的质量数，通过比较不同质量数的蛋白质丰度，可以定量分析不同处理条件下蛋白质的表达水平差异。
标记定量蛋白质组学技术具有高灵敏度、高准确性和高通量等优点，可以同时定量分析大量蛋白质，并且可以检测到低丰度的蛋白质。
它已经被广泛应用于生物医学研究、药物研发、生物技术等领域。
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定量蛋白质组学五种常用蛋白质组学定量分析方法对比。
百泰派克生物科技汇总介绍了五种常见定量蛋白质组学分析方法的优势和特点。
SWATH-MS数据可重复性研究。
SWATH在不同实验室间可重复性的研究。
这个研究统计了全世界11个不同的实验室中使用SWATH鉴定的数据重复度情况。
iTRAQ/TMT标签结构以及相对定量原理详解。
通过标记多组不同样品，iTRAQ和TMT能够同时比对正常组织样品和肿瘤组织样品的蛋白水平差异，以及精准检测肿瘤在发展的不同阶段的蛋白水平变化。
蛋白质定量技术及其在临床研究中的应用。
百泰派克采用高通量质谱平台提供蛋白质定量服务，包括定量蛋白质组学，蛋白质定量技术及其他蛋白质组学相关的服务。
百泰派克生物科技独立仪器分析平台，拥有多年蛋白质定量经验，竭诚为您服务。
蛋白组分析中dda和prm。
DDA和PRM是质谱不同的数据采集模式。
DDA主要用于非靶向蛋白质组学的研究，PRM则用于靶向蛋白质组学的研究。
百泰派克生物科技提供基于质谱的DDA、MRM/PRM和DIA蛋白质组学分析服务。
iTRAQ定量蛋白质组学。
iTRAQ蛋白质组学即iTRAQ定量蛋白质组学，是一种标记定量蛋白质组学，指利用iTRAQ标记技术和质谱技术对蛋白质组进行定量。
百泰派克生物科技提供基于质谱的iTRAQ定量蛋白质组学分析服务。
蛋白互作定量检测。
蛋白互作定量检测指对相互作用的蛋白质进行定量。
百泰派克生物科技提供基于质谱的SILAC与免疫共沉淀质谱联用的蛋白互作定量分析服务，可同时实现互作蛋白质组的定性和定量。
DIA蛋白质组学样品处理步骤。
DIA蛋白质组学指利用DIA技术（如SWATH）对样品中的蛋白质组进行检测分析。
百泰派克生物科技提供基于质谱的DIA蛋白质组学分析服务和蛋白质样品制备服务。
功能蛋白质组学。
功能蛋白质组学是蛋白质组学的一部分，其主要目的是研究蛋白质的功能和生命活动的分子机制。
百泰派克生物科技提供基于质谱的功能蛋白质组学分析服务。
比较蛋白质组学和定向蛋白质组学优势。
比较蛋白质组学和定向蛋白质组学各有优势，选择哪一种进行蛋白质组学研究主要在于研究者的研究目的。
百泰派克生物科技提供基于质谱的比较蛋白质组学和定向蛋白质组学分析服务。
药物蛋白质组学。
药物蛋白质组学指研究药物的蛋白质组学，主要用于发现药物作用靶标、药物靶标确认等。
百泰派克生物科技提供基于质谱的药物蛋白质组学研究服务。
发现蛋白质组学和靶向蛋白质组学的区别。
靶向蛋白质组学通常用于发现蛋白质组学之后，以定量在发现筛选期间发现的特定蛋白质。
百泰派克生物科技提供基于质谱的发现蛋白质组学和靶向蛋白质组学分析服务。
靶向蛋白质组学的应用。
靶向蛋白质组学是一种蛋白质定量技术，具有准确性、灵敏度和重现性好的特点，可用于系统生物学和生物医学等研究中。
百泰派克生物科技提供MRM和PRM靶向蛋白质组学分析服务。
蛋白质组学检测蛋白表达水平。
蛋白质组学检测包括对蛋白表达水平的检测，是在组学的水平上对蛋白质的含量等进行检测，蛋白质谱鉴定，定量蛋白组学等技术可实现蛋白表达水平检测。
百泰派克生物科技提供基于质谱的定量蛋白质组学分析服务。
基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT，SILAC。
百泰派克采用高通量质谱平台提供蛋白质组定量分析服务，包括iTRAQ/TMT定量分析蛋白质，SILAC定量分析蛋白质及其他蛋白质组学服务。
百泰派克生物科技独立质谱分析平台，拥有多年蛋白质组定量分析服务经验，竭诚为您服务。
乳蛋白组学分析。
乳蛋白组学通过对乳蛋白进行定性和定量分析可帮助理解牛乳等的分泌机理，以帮助控制牛乳生产提高其营养价值。
百泰派克生物科技提供基于质谱的乳蛋白组学分析服务。
鸟枪法蛋白组学。
鸟枪法蛋白质组学是基于液相色谱和质谱技术的一种分析蛋白质组的方法，摆脱了传统凝胶分离技术的局限和不足。
百泰派克生物科技提供鸟枪法分析蛋白质组的服务。
膜蛋白质组分析。
膜蛋白质组分析指对一定条件或环境下的细胞中的膜蛋白质进行定性和定量分析。
百泰派克生物科技提供基于质谱的膜蛋白质组分析服务。
宏蛋白质组学分析。
宏蛋白质组学是大规模的定性和定量分析蛋白质以分析环境中的微生物群落的一门学科。
百泰派克生物科技提供基于质谱的宏蛋白质组学分析服务。
蛋白质组学与药物分析。
蛋白组学可用于药物靶点确认、药物作用机制研究等发面，可提高新药发现的效率。
百泰派克生物科技提供蛋白质组学分析服务。
蛋白组与转录组联合分析。
蛋白组学和转录组学都是获得基因表达情况的重要工具，联合分析蛋白组和转录组数据可以更全面的分析基因的表达情况。
百泰派克生物科技提供基于质谱的蛋白质组学研究服务。
蛋白组学和代谢组学。
蛋白组学和代谢组学分别是研究蛋白质组和代谢组的学科。
联合分析蛋白组和代谢组有助于更深入地研究生物体的生命活动等。
百泰派克生物科技提供基于质谱的蛋白组学和代谢组学分析服务。
植物蛋白组学分析。
植物蛋白组学分析主要包括分析植物在不同生长时期、不同环境或不同器官等之间的蛋白质组。
百泰派克生物科技提供基于质谱的植物蛋白组学分析服务。
Multinotch蛋白组学。
Multinotch蛋白组学是结合TMT/iTRAQ的定量蛋白质组学。
百泰派克生物科技提供基于TMT/iTRAQ定量蛋白组学的Multinotch分析服务。
非靶向蛋白质组学。
非靶向蛋白质组学是在不指定特定蛋白质下对整个蛋白质组进行分析研究。
百泰派克生物科技提供基于质谱的非靶向蛋白质组学分析的服务。
标记定量蛋白质组学。
标记定量蛋白质组学指在用同位素对蛋白质组进行标记的情况下对蛋白组进行定量分析。
百泰派克生物科技提供基于质谱的标记定量蛋白质组学分析服务。
蛋白组绝对定量。
蛋白组绝对定量指在组学水平上对不同蛋白质的绝对浓度进行确定。
百泰派克生物科技提供蛋白质组绝对定量的服务。
非标蛋白质组学。
非标蛋白质组学即非标记蛋白质组学，是指在不对蛋白质进行同位素标记的情况下，直接用液质联用技术对蛋白质进行定性、定量。
百泰派克生物科技提供labelfree蛋白组学分析服务。
差异蛋白质组学。
差异蛋白质组学指在组学水平上进行差异蛋白质的研究，差异蛋白质可以指样本间不同种类的蛋白质也可以指样本间含量不同的蛋白质。
百泰派克生物科技提供基于质谱的差异蛋白质组学分析服务。
DIA蛋白组学和iTRAQ蛋白组学。
DIA蛋白组学是利用DIA技术（如SWATH）研究蛋白组，iTRAQ蛋白组学是利用iTRAQ技术研究蛋白组。
百泰派克生物科技提供SWATH蛋白组学和iTRAQ蛋白组学分析服务。
定量蛋白质组学。
定量蛋白质组学是一门研究蛋白质组含量及其变化的学科。
百泰派克生物科技提供基于质谱的定量蛋白组分析服务。
SILAC蛋白组。
SILAC蛋白组或SILAC定量蛋白组学，是指利用SILAC技术对蛋白质组进行定量研究。
百泰派克生物科技提供基于SILAC标记的定量蛋白组分析服务。
DIA蛋白质组学。
DIA蛋白质组学是指用DIA技术进行蛋白质组学的研究，DIA具有可重现性高和定量准确度高等优点，SWATH就是一种DIA技术。
百泰派克生物科技提供SWATH定量蛋白组学服务。
SWATH蛋白组学。
SWATH是一种基于质谱的数据非依赖性的扫描采集模式，主要应用于蛋白质组定量、和宿主蛋白分析等研究中。
百泰派克生物科技提供SWATH定量蛋白组学服务。
TMT蛋白组学。
TMT是一种化学标记技术，主要结合质谱应用于定量蛋白质组学的研究。
百泰派克生物科技提供基于质谱的TMT定量蛋白组学分析服务。
蛋白质组学MRM。
蛋白质组学MRM是指用MRM技术进行蛋白质组学的研究，MRM主要用于目标蛋白的定量研究，可以一次性精准定量复杂样品中的多个目标蛋白。
百泰派克生物科技提供MRM定量蛋白组学分析服务。
PRM蛋白组学。
PRM蛋白组学是指利用PRM研究蛋白质组，可以对目标蛋白组进行靶向定量，包括绝对定量和相对定量。
百泰派克生物科技提供PRM定量蛋白组学分析服务。
蛋白互作组学分析。
蛋白互作组学分析也可以叫相互作用蛋白质组学分析，是指在组学水平上对相互作用的蛋白质进行分析。
百泰派克生物科技提供基于质谱的蛋白质相互作用组学分析服务。
蛋白质谱iTRAQ分析。
蛋白质谱iTRAQ分析指的是同时利用iTRAQ标记技术和质谱技术对蛋白质进行分析的一种技术。
主要用于定量蛋白质组学分析中。
百泰派克生物科技提供基于质谱的蛋白iTRAQ分析服务。
蛋白质组学质谱分析。
蛋白质组学质谱分析就是利用质谱技术分析研究蛋白质组。
质谱分析是蛋白质组学研究的关键技术之一。
百泰派克生物科技提供基于质谱的蛋白质组学分析服务。
定量质谱分析。
定量质谱分析是指用质谱法对样品进行定量分析。
蛋白质组定量质谱分析就是利用质谱技术对蛋白质组进行定量分析。
百泰派克提供基于质谱的定量蛋白质组分析服务。
质谱分析蛋白表达差异。
质谱分析蛋白表达差异是利用质谱技术研究蛋白表达差异。
研究蛋白质表达差异，可以帮助我们认识生命活动的本质。
百泰派克生物科技提供基于质谱的蛋白表达差异分析服务。
寻找疾病生物标志物或药物靶点？蛋白磷酸化分析来帮你！蛋白磷酸化参与许多信号转导途径和细胞代谢过程，且许多已知的疾病也与蛋白质的异常磷酸化有关。