肿瘤的精准医疗概念技术和展望

肿瘤的精准医疗概念技术和展望
肿瘤的精准医疗概念技术和展望

肿瘤的精准医疗:概念、技术和展望

杭渤1,2,束永前3,刘平3,魏光伟4,金健1,郝文山5,王培俊2,李斌1,2,毛建华1

摘要精准医疗是指与患者分子生物病理学特征相匹配的个体化诊断和治疗策略。肿瘤为一复杂和多样性疾病,在分子遗传上具有很大异质性,即使相同病理类型的癌症患者,对抗癌药物反应迥异,因此肿瘤学科成为精准医疗的最重要领域之一。组学大数据时代的来临和生物技术的迅速发展奠定了精准医疗的可行性。本文介绍精准和个体化医疗的概念、基础和意义,简述近年来在此领域的最新进展,以及对实施精准医疗的方法和技术进行分析和归纳,首次将其分为间接方法(生物标志物检测及诊断)和直接方法(病人源性细胞和组织在抗癌药物直接筛选的应用),最后扼要阐述精准医疗的前景和面临的挑战。

关键词:精准医疗个体化医疗分子组学生物标志物检测病人源性细胞和组织

Precision cancer medicine: Concept, technology and perspectives

HANG Bo1,2, SHU Yongqian3, LIU Ping3, WEI Guangwei4, JIN Jian1, HAO Wenshan5, WANG Peijun2, LI Bin1,2, MAO

Jianhua1

Abstract Precision medicine is defined as an approach to personalized diagnosis and treatment, based on the omics information of patients. Human cancer is a complex and intrinsically heterogeneous disease in which patients may exhibit similar symptoms, and appear to have the same pathological disease, for entirely different genetic reasons. Such heterogeneity results in dramatic variations in response to currently available anti- cancer drugs. Therefore, oncology is one of the best fields for the practice of precision medicine. The availability of omics- based big data, along with rapid development of biotechnology, paves a way for precision medicine. This article describes the concept, foundation and significance of precision medicine, and reviews the recent progresses in methodology development and their clinical application. Then, various current available biotechniques in precision medicine are evaluated and classified into indirect (biomarker-based detection and prediction) and direct (patient-derived cells and tissues for direct anti-cancer drug screening) categories. Finally, perspectives of precision medicine as well as its facing challenge are briefly discussed.

Key words: precision medicine personalized medicine omics biomarker detection patient-derived cells and tissue

2011年,美国国家科学院在“迈向精准医疗:构建生物医学研究知识网络和新的疾病分类体系”报告中,对“精准医疗(precision medicine)”的概念和措施做了系统的论述[1]。报告探讨了一种新的疾病命名的可能性和方法,该方法基于导致疾病的潜在的分子诱因和其他因素,而不是依靠传统的病人症状和体征。报告建议通过评估患者标本中的组学(omics)信息,建立新的数据网络,以促进生物医学研究及其与临床研究相整合。美国总统奥巴马在2015年1月20日的国情咨文中正式将“精准医疗计划”作为美国新的国家研究项目发布,致力于治愈癌症和糖尿病等疾病,让每个人获得个性化的信息和医疗,从而“引领一个医学新时代”。此举措很快得到了美国政府研究机构和医学界的热烈响应[2, 3],当然也包括来自医学界和社会的争议。

1 精准医疗与个体化医疗1.1 定义

什么是精准医疗(又称精确医学),其与通常所讲的个体化医疗(personalized medicine)又是什么关系?精准医疗就是与患者分子生物病理学特征,如基因组信息,相匹配的个体化诊断和治疗策略。个体化医疗利用诊断性工具去检测特定的生物标志物,尤其是遗传性标志物,然后结合患者的病史和其他情况,协助决定哪一种预防或治疗干预措施最适用于特定的患者。通俗地讲,个体化医疗就是考虑患者本身的个体差异,药物治疗因人而异,为理想化的治疗。而精准医疗着眼于一组病患或人群(图1),相对于个性化医疗针对个体病患的情况更为宽泛,更可行。两者有共同的内涵。也有医疗和研究机构将这两个概念放在一起,如杜克大学的“精准和个体化医疗中心”。

无论是个体化或精准医疗,都涉及到个性化和标准化两个理念的平衡,这是现代医学发展的必由之路。精准医疗的理念是把个

体化预见性治疗建立在以分子生物学特征或指标为基础的标准化方法上的。虽然目前个性化或精准医疗的实践远落后于理论,但在医

学界已创造了一种文化氛围或理念转变,即一种类型的药物适合于所有的病患(one sizefits all)的时代已经过去,没有什么治疗是常规的(there is nothing routine)。

“精准医疗”这个概念事实上已经存在多年,而且很早就在中国的中医实践中体现。中医对同一个病症可以有多个不同的药方,因为要考虑到每一个病人的不同体质类型、心理特征和环境情况等。另外,中医将人区分为柴胡人、半夏人等,也是基于病人的基本体质。而如何应用现代科学技术来解释中医这些个体化对症治疗的机制和基础,尤其在肿瘤精准医疗中的应用,则是一个非常有意义,也是极具挑战性的现代课题。

1.2 精准医疗的发展

现代个体化医疗的时代始于21世纪初,紧随当时人类基因组计划(human genome project,HGP)的完成以及在Nature和Science 杂志上人类基因组信息的发表[4, 5]。此计划于1990年由美国能源部(DOE)和国家卫生研究院(NIH)启动。本文部分笔者所在的美国劳伦斯伯克利国家实验室(LBNL)是当时能源部进行人类基因组研究的主要基地之一。其中金健博士更是直接参与者,开发了第一代DNA测序技术。英国、日本、法国、德国和中国等相继加入此计划,于2003年成功完成了测定人类23对染色体的遗传图谱、物理图谱和约30亿个碱基对的DNA序列的目标,被称之为生命科学的“登月计划”。当时号召来自各行各业的科学家和科技特长者参与此计划,包括遗传学家和分子生物学家,和来自化学、物理、工程、生物信息和伦理学的科学家通力合作。人类基因组计划无疑是走向精准医疗的关键第一步。而今天的精准医疗的实现,也同样需要各类科学家和临床医生通力合作,应用和开发新的理念方法和技术。

精准医疗适合医学各个学科,但基于种种原因,目前肿瘤学科是实施和加强精准医疗的最佳选择领域之一。本文主要围绕肿瘤的精准医疗,对其概念、技术和未来进行综述。

2 肿瘤精准医疗的分子病理基础

癌症是当今危害人类健康的主要疾病。在中国,癌症发生率正处于快速上升期,癌症已成为第一死因。人类癌症与环境因素息息相关,其通过基因组(genome)的异常改变而发生和演变,使细胞发生病理改变,导致肿瘤的无限生长和转移。

越来越多的证据显示,癌症是一种复杂和多样性疾病,患者可能表现出类似的症状,并具有相同的病理改变,却可能由完全不同的基因变化而造成。正因为这样的异质性(heterogeneity)(图2),病理同类型癌症患者对目前可用药物的反应率差别很大。比如对传统的放疗和化疗,患者可能有数种截然不同的反应(图3)。总而言之,某一特定治疗往往只有一部分肿瘤患者有反应,而问题的关键是我们无法预知哪些患者会受益。因为无法在治疗前判断不同肿瘤个体对药物的敏感性和耐药性,许多患者往往遭受不必要的和(或)损害性大(副作用)的治疗。由此肿瘤精准治疗的概念应运而生。

图 2 乳腺癌的异质性Fig. 2 Heterogeneity of breast cancer 应用PAM50 将258 个乳

腺癌人分为5 个分子类型

图 3 放疗和化疗的多样性反应Fig. 3 Diverse responses to radiotherapyand

chemotherapy 可以说,目前肿瘤精准治疗的主要基础无疑是与肿瘤遗传相关的易感癌基因的发现和在分子水平对这些基因变化的检测,由此提供生物指标和信息,从而达到个体化和预见性的治疗。这些基因包括癌基因(oncogenes )和抑癌基因(tumor suppressor genes ),而癌基因的激活和抑癌基因的失活是肿瘤发生的关键因素。目前发现的癌相关基因已超过400个。毛建华等也发现了数个癌相关基因和其功能,如AURORA-A [6]、FBXW7[7]、HIPK2[8]和PTEN [9]等,其中有的已经被应用于临床实践,如FBXW7。在肿瘤发生和发展的不同阶段,这些癌相关基因的突变(mutation )、扩增(amplification )和过度表达(overexpression )以及抑癌基因的缺失(loss )和低表达(low expression )等形式特征变化与肿瘤的发生、演进和转移密切相关。每个肿瘤都与特定癌基因的突变和相关信号通路的异常相关联(图

4

),而这些信息是用来确定药物治疗靶点和干扰通路的基础,如同时应用IGF-1R 和ALK 抑制剂的联合靶向治疗,有效提高了对含有ALK 融合基因的肺癌治疗效果[10]。近年来靶向治疗(targeted therapy )已经在很多医院开展,多个靶向治疗癌症药物已经在美国和欧洲上市,还有很多正处于临床试验阶段。而很多这种靶向治疗或药物都伴随有相应的分子生物学标志,即伴随生物标志物(companion biomarker ),或相关配套诊断试验,以确定病人对药物反应或发生副作用的可能性[11]。

图 4 EGFR/RAS 通路及其相应的靶向抗癌药物Fig. 4 EGFR/RAS pathway and

corresponding targetedanticancer drugs

目前支持个体化或精准医疗的理论和实践基础就是个体间在分子遗传上的差异,后者被认为是人类疾病易感性和药物反应的决定性因素。早期的例子充分证明了遗传与肿瘤精准医疗的关系:靶向抗癌药物吉非替尼(Iressa )和厄洛替尼(Tarceva )最初上市时,在肺癌患者中应用的药品副作用虽较化疗有很大提高,但药效并不是非常显著,仅仅作为肺癌治疗的二线药物。但其后发现在携带EGFR 特定基因突变的肺癌患者中,吉非替尼和厄洛替尼治疗效果优异,现在已成为临床治疗这类患者的一线标准治疗药物。这证明了肿瘤基因突变与药物和治疗反应的相关性,而根据基因突变的信息和组合来决定患者的靶向治疗方案是精准医疗的大方向。

近年来,毛建华等[7]研究结果也显示了肿瘤基因突变状态以及在靶向治疗上的成功应用。他们首先发现了FBXU7为P53依赖性肿瘤抑制基因,而其功能意义在于与哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin ,mTOR )结合并使之降解。现有研

究表明,mTOR 在细胞的增殖、生长、分化和凋亡过程中起着中心调控点的作用。毛建华等[12]发现FBXW7在多种人类肿瘤中发生突变和/或缺失,并使肿瘤细胞系对雷帕霉素治疗特别敏感。正是利用此特性,匹兹堡大学肿瘤所的医生们应用雷帕霉素成功治疗了一位具FBXW7突变的肺癌患者[13]。此患者为EGFR 和ALK 野生型,应用雷帕霉素前多种特异性疗法均无法阻止其肿瘤的进展。

3 精准医疗相关技术

正如它的名称所示,精准医疗需要精准的诊断工具和相应的标准,例如遗传测试、鉴定与疾病相关的药物靶点(图 4),影像分析和选择合适的患者做临床试验。笔者认为所有能够满足临床上进行个体化治疗且提高疗效,减少副作用的方法和技术都可以划为精准医疗的范畴,因而适用于精准医疗的方法和技术并没有什么限定。从方法学上来讲可分为间接的和直接的两大类(图 5)。间接方法是指由基因(生物标记)检测及诊断并通过统计/数学信息模型选择治疗方案,生物大数据和知识背景是此方法的奠基。目前处于大数据年代,此方法也讨论的最多;直接方法是指将患者肿瘤细胞或组织通过2D 细胞培养或3D 组织或类器官培养(3D organoid culture )或病人源性异种移植(patient- derivedxenograft ,PDX )模型来进行抗癌药物的直接筛选从而选择最佳治疗方案。

图 5 间接的和直接的适用于精准医疗的方法和技术Fig. 5 Direct and indirect

methodologies and technologies for precision medicine 近几年来循环肿瘤细胞(circulating tumor cell ,CTCs )和游移DNA

(cell-free DNA )的发现和应用为肿瘤无创诊断、精准治疗和实时疗效监控等方面提供了更便捷的途迳。目前仍然迫切需要研发可以被用来更好地预测癌症患者对药物反应(敏感性或抗药性)的新方法和新技术。

3.1 生物大数据和信息库

近年来肿瘤分子病理、基因检测等现代分子生物学领域的进展颇丰,临床数据的采集和积累也突飞猛进,但对这些数据的挖掘、评估、整合和应用还亟待加强。可喜的是生物信息技术方面突飞猛进的发展,特别是在各种组学方面,为我们提供了前所未有的机会去进行大数据处理来认识肿瘤的遗传特征和发病分子机理,并对癌症的个体性预防或治疗带来准确且强大的指导。下面介绍两个具有重要意义的癌症基因组研究计划:

1)癌症基因组图谱(the cancer genome atlas ,TCGA )项目。该项目于2006年启动,任务是创制33种不同癌症基因和分子变化的综合全景图,以对癌症生物学、发病分子机理和治疗获得更好地了解。此“10000个癌症基因组计划”已宣告完成。在数据生成方面,该项目已经取得无可争议的成功。

2) 国际癌症基因组联盟(international cancer genomeconsortium ,ICGC )计划。该计划正联合各国科学家对癌症基因组开展研究,绘制较为完整的人类癌症基因图谱,包括50种不同类型的癌症,每种癌症500个标本,总共25000个癌症患者的基因图谱。从基因组学、表观遗传学、转录等方面分析癌症的发生发展,并希望得到所有与癌症相关的基因突变的图谱。在此计划中,中国负责胃癌的基因组测序,而美国负责脑癌、卵巢癌和胰腺癌等。

价值和意义:1)创立一个免费使用的基因组大数据。这将有助于加速癌症研究,比如笔者利用TCGA 数据总结了12个癌基因在中国8大常见肿瘤中的突变率(图 6),可以清楚看出这些基因在不同癌症的突变情况以及不同基因在同一癌症的突变组合图谱。每种癌症都是不同的。就RAS 基因来说,在约30%的非小细胞肺癌、50%的结肠癌、10%的胃癌发现其突变激活;2)用于精准医疗。数据被用来将癌症基因组学和临床更好的整合,直接鉴定基因型—临床表型的相关性,开发更好的计算模型,从而选择最佳治疗方案;

3)基因大数据用来寻找新的基因突变并开发相应的新药,即新的靶向治疗药。比如,治疗慢性髓样白血病的一线药物格列维克(Gleevec )为人类历史上第一个成功研制的小分子靶向药物并首个被批准应用于临床。此病的发生是由于两个不同的染色体断裂且重新配对形成所谓的“ 费城染色体”(Philadelphia chromosome ),其结果是形成了BCR/ABL 融合基因及相应的具有高激酶活性的融合蛋白,构成疾病的重要发生机制。格列维克能够靶向抑制BCR-ABL ,从而有效治疗此型白血病。另1例是几年前发现IDH1和IDH2基因在许多癌症发生突变,生物医药公司(包括诺华Novartis )开发了针对IDH1和IDH2突变的靶向治疗药物,现在已经处于临床试验阶段。

图 6 12 个癌基因在中国8 大常见肿瘤中的突变率Fig. 6 Mutation rates of 12 cancer

genes in 8 common types of cancers in China

3.2 癌症组学类技术

主要包括基因组学(genomics )、蛋白组学(proteinomics )、代谢组学(metabolomics )、转录组学(transcriptomics )、RNA 组学(RNomics )、脂类组学(lipidomics )、免疫组学(immunomics )和糖组学(glycomics )等。

毋庸置疑,基因组学或基因突变及其检测方法研究已成为生物学研究和临床精准医疗的热点和基础。癌相关基因变化的形式主要有点突变、小缺失、插入、染色体易位或逆转、杂合性丧失、扩增、甲基化及染色体非组蛋白改变等。精准医疗并不单纯是DNA 测序,如针对人类表皮生长因子受体2(HER-2)状态的检测方法包括传统免疫组化和荧光原位杂交(FISH )。癌基因和抑癌基因的激活和失活有多种表现形式,其中基因产物过度表达为重要形式之一,可表现为mRNA 和蛋白质量的增加,此外,基因扩增可表现为基因拷贝数的增加,这些基因表达的异常,均可加以检测并作为靶向药物的生物标志物(表 1)。

表 1 常用肿瘤靶向药物和相应的伴随生物标志物Table 1 Common tumor-targeted drugs and

theircorresponding companion biomarkers

1)生物芯片技术(microarray )。把生物信息片段或成分打印在支持介质表面的微阵列杂交技术,可以说是产生大数据的首个高通量生物技术。现有的芯片包括DNA 、RNA 、蛋白质、糖分子、甲基化、细胞和组织等类型。随着第二代测序技术的问世,某些类型芯片如DNA 芯片已逐渐被冷落,但因其技术和分析工具的成熟性,仍有临床精准医疗应用的价值。而且,此技术在生物感测器(biosensor )等方面的开发和应用前途无量。另外改造的液相芯片(见Panomics 和NanoString 技术)为此技术增加了新的活力并可广泛应用于精准医疗。

2)第二代测序技术(next-generation sequencing ,NGS )。一个能生成高达500千兆碱基数据(gigabases )的大规模平行测序技术。该技术是TCGA 和ICGC 绘制完整的人类癌症基因图谱的主要工具,可以检测单核苷酸变异、插入或缺失、拷贝数异常、结构变异、基因融合、甲基化及表达。第二代测序在科学和技术领域迅速获得认可,已成为一个重要研究平台。

图 7显示的是目前市场上的几个主要测序平台或仪器的代表。因为第二代测序的样品制备过程非常复杂并且生成的序列数据难处理,对将其应用于临床基因诊断带来许多障碍。

图 7 市场上主要高通量第二代测序平台或仪器及其生产厂家Fig. 7 Several major

high-throughput nextgenerationsequencing platforms or instruments andtheir

manufacturers currently on the market 3)Panomics 技术。该技术是

Luminex 公司研制出的后基因组时代技术平台,是在流式细胞技术、ELISA 技术和芯片技术基础上开发出的液相芯片技术平台。它运用branchDNA 信号放大技术捕获目标RNA 信号,可进行3~80个基因的同时定量分析的大样本验证检测,效果特异、灵敏,可应用于肿瘤诊断、精准治疗和预后评估,尤其为复杂的多因性疾病诊断、制定个性化治疗方案提供了极大便利。如在乳腺癌个体化治疗靶标检测上的使用,通过检测乳癌组织中14种基因mRNA 表达水平和CYP2D6基因的多态性,筛选最适合的化疗药物,确定适用的靶向药物。

4)NanoString 技术。该技术是继生物芯片和二代测序技术后在基因表达谱分析上展示出强大应用前景的新液相芯片技术[14]。其核心技术是nCounter 分析系统,是直接对基因表达进行多重计数的全新数字式技术,利用分子条形码和单分子成像来检测及统计每一个反应体系中特定转录本的数量,表现出极高的灵敏度、精确度和重复性。该技术无需使用酶,无需反转录,也不需要做PCR 扩增,即可进一步减少误差的产生,因此nCounter 在表达谱定量分析领域具有无可比拟的优势。应用领域包括基因表达谱研究(800个基因分析通量)、小RNA 分析、拷贝数多样性分析和帮助二代测序进行后期验证。

3.3 病人源性直观抗癌药物筛选

随着生物技术的发展和成熟,以及可靠的组学数据和临床数据的大量积累,上述的精准医疗间接方法得以在临床实施。但是由于此方法是基于生物标志物的发现及其在肿瘤发生中的功能及机理的认知,加上大数据基础上的关联模型的建立,因此在可靠性和重复性方面具有很大的挑战性,从而目前应用上有其局限性。鉴于上述原因,笔者提出了利用病人源性细胞和组织来直接筛选抗肿瘤药物的精准医疗方法理念,作为对组学方法的验证和扩展。尤其是通过病人源性3D 组织或类器官培养和异种移植PDX 模型进行抗癌药物的直接筛选已开始受到重视。

1)二维(2D )细胞培养。作为最早的药物筛选模型仍然被广泛使用于医药行业[15]。2D 细胞培养技术可适用于各种类型的细胞,人类肿瘤细胞很适合于在人为控制的实验室条件生长和维护。然而,在含高水平血清的二维培养平皿中即便是原代细胞的培养,代表着一种过度简单化和脱离机体的生物学系统。这些细胞在保存其来源组织的基因型和表型等方面,具有其局限性。

2)体外组织培养(histoculture )。基本原理包括癌组织的活检、将活组织块在特定培养介质中三维生长、抗癌药物的加入和疗效评估[16]。后者可通过不同的肿瘤化疗药敏试验进行,如常见的四甲基偶氮唑盐比色法(MTT 法)。此培养法能够保持肿瘤的组织病理和细胞微环境(microenvironment )等特性,更接近体内的环境生长条件,不失为一种快速、简易筛选抗癌药物的体外方法。

3)病人源性异种移植。它是直接将患者的临床癌症组织转移到裸鼠中建立的动物模型。肿瘤组织能保留患者完全相同的遗传和形态学的特征,为药物筛选和新药开发提供了很具预测力的个性化抗癌药物疗效检测平台。但此法周期长,成本昂贵,缺少关键的免疫因素影响,而且很难高通量[17]。

4)三维类器官培养(3D organoid culture )。肿瘤患者对抗癌疗法,如化疗的临床反应有很大的个体差异,其原因被认为除遗传差异和肿瘤异质性外,机体和肿瘤之间形成的微环境也很关键。越来越多的证据表明,肿瘤的发展和对治疗的反应是由肿瘤微环境进行调控的。在此领域中有不少研究显示细胞外基质(ECM )可作为人类癌症临床结果的预测。三维类器官培养模型近年来得到了生

图 8 小鼠乳腺3D 类器官培养Fig. 8

3D organoid culture of mouse mammary glands

模型为临床提供了一条令人兴奋的新途径来制定精准医疗的方案。4 肿瘤精准医疗的展望

人类基因组图谱,包括癌症基因组图谱,对于癌症的精准医疗具有决定性意义。基因组学作为临床学科的时代已经来临。但也看到,虽然近几年来在肿瘤分子病理、基因检测等现代分子生物学领域的进展颇丰,临床数据的采集和积累也突飞猛进,但是将这些数据和成果以及它们的系统整合应用于医疗实践才刚刚开始,例如肿瘤靶向治疗伴随基因诊断的临床开展在中国还是远远不够的。基于目前的知识和已有的靶向治疗药物,笔者用国内发病率很高的非小细胞肺癌(NSCLC )为例,推荐一种在临床上可行的精准医疗实施方案(图 9)。

图 9 非小细胞肺癌精准医疗的可行性建议方案Fig. 9 A suggested proposal on the

feasibility of precision medicine of non-small cell lung cancer 已上市药物直接列出靶

向药物名;对还没有获得批准的靶向药物,使用基因抑制剂 基因组测序新技术的发展会使测序更快、更高通量、成本更低,如第三代测序技术。另外,新技术的开发和最新进展将影响此领域的研究和应用,例如,基因组编辑工具(如

CRISPR-Cas9

)提供了前所未有的能力,以快速的、可扩展的和更具成本效益的方式,来研究遗传变异,而且有应用于临床治疗的潜能。

精准医疗的组学方法(即间接方法)紧密依赖于临床相关测试的标准化、数据管理和分析、相关模型的建立。因此从标本采集、实验操作程序、分析中质控、分析结果报告规范化,到诊断指标标准化,都需要建立完整的一系列的质量保证,这样才能对肿瘤的诊断和临床治疗方案的选择提供有意义的指导。否则,任何环节的差错都可能影响精准医疗的精确性。最近中国国家卫生和计划生育委员会发布的《肿瘤个体化治疗检测技术指南(试行)》就是为了实现以上所述规范化的目的。在某种程度上,直接方法程序简单直观,可以避免操作上误差,但也需要规范化。

精准医疗应该与精准预防、精准诊断、精准预后,甚至精准毒理等共同实施,因为它们是通过遗传特性有机结合在一起的。另外,肿瘤的治疗涵盖多学科多技术,如肿瘤免疫治疗,包括肿瘤疫苗、抗体导向治疗、CAR-T 细胞疗法、免疫检验点疗法和小分子抑

制剂等近年来备受关注,是继靶向治疗后肿瘤治疗领域的又一革新,对于未来的精准医学一定会有重要影响。由于受篇幅限制,本文不再详述。

在此认为有以下几点在精准和个体化医疗的有效实施中起关键性作用。

1)了解癌症发生的分子机制,决定哪种疗法或综合疗法可以应用,包括药物的联合,如前述的IGF-1R和ALK抑制剂的联合靶向治疗。

2)确定与癌症演变和对药物反应/复发相关的分子改变和相应的生物标志物。

3)寻找与药物安全和耐受相关的生物标志物,以便选择最安全的治疗方法和正确剂量。

4)鉴于癌症的复杂性(遗传突变的多样性和组合的多重性),寻找临床验证的合适人数是关键。药物效能可能仅仅在一类患者亚群中明显,而不是在所有人群中。

5)通过更好地了解有反应和无反应患者的分子生物学特性来拯救“失败”的药物。

6)组学数据的管理、临床资料的精确性以及检测程序的规范化。

随着生物高科技的突飞猛进,从精准医疗的技术层面来看,其在临床上的应用正日趋成熟。无可非议,精准医疗能提高临床治疗质量,降低医疗费用,如美国基因健康公司(Genomic Health Inc)的Oncotype DX多基因检测可确定乳腺癌患者是否需要接受化疗。因该技术能够大大降低医疗费用,而被美国保险公司接受为常规的临床检测。尽管精准医疗旨在为每位患者量身定制治疗方案,从而建立一个健康世界,医学界以及社会上对精准医疗仍存有争议,比如其对伦理,法律,财政以及社会问题的潜在影响。推广精准医疗的最大的挑战可能来自临床和保险业的接受性、个人信息保护和经济层面。美国医院和保险业对OncotypeDX检测的接受就花费了5年左右的时间。而一些低成本,对大众广泛有效的治疗措施仍然会是主要途经。

精准医疗的实施如何与中国的医疗体制改革体系相结合,例如在提升全民医疗福利、疾病早期诊断、合理配置医疗资源、有效控制医保费用等方面依然任重道远。精准医疗的光明前景需要患者、医疗服务人员、保险业者,甚至政府和投资人等利益相关者一起提高认识,共同努力。

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项目名称基于肿瘤精准医疗理念的卵巢癌治疗新策略

项目名称:基于肿瘤精准医疗理念的卵巢癌治疗新策略 完成人:程文俊,姜旖,万一聪,周树林,张林,袁琳,罗成燕,徐祎,马小玲 完成单位:江苏省人民医院 项目简介: 卵巢癌的死亡率居妇科恶性肿瘤的首位,5年生存率约40%左右,严重威胁女性生命及健康。精准医疗衍生自个性化医疗,是指以个人基因组信息为基础,结合蛋白质组学、基因组学等信息,针对患者分子生物病理学特征,来为其制定个体化诊断和治疗策略,进行精准诊断,精准处理,以期大幅提高患者的生存率,降低治疗的副作用。因此,结合目前最新的研究成果,本课题组多年来围绕卵巢癌相关研究热点领域,在基础研究和临床治疗方面提出新的卵巢癌诊治管理的新模式,将能够对肿瘤进行更加科学的系统评估、治疗,降低患者的并发症,提高患者的生存率。 卵巢癌精准治疗关键技术:(1)在规范建立的“卵巢癌生物组织样本资源库”和“随访数据库”的基础上,首先从Gene Expression Omnibus数据库下载肿瘤样品和非肿瘤样品的表达谱,使用R软件筛选差异表达的基因(DEG),并采用cluster Profiler进行功能分析。用Cytoscape 软件,分子复合物检测插件和数据库STRING对DEG进行分析,以构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。然后利用“limma”软件包来筛选EOC和正常卵巢组织样品之间的差异表达基因(DEG),同时使用Cluster profiler进行功能和途径富集分析,利用搜索工具检索相互作用基因数据库来评估蛋白质间相互作用(PPI)信息和插件分子复合物检测,以筛选PPI网络中的核心模块。我们确定相关的DEG,通过强大的数据库分析得到与卵巢癌发生等相关的重要潜在基因和致病途径,有望为卵巢癌临床靶向治疗开辟新的方向。(2)建立CA125、HE4血清学联合筛查,并通过ROMA模型进行风险评估。对存在高度风险患者进行初次影像学评估或腹腔镜手术检查评估(PIV),判断肿瘤的分期。探讨BRCA基因突变状态与卵巢高级别浆液性癌患者的CT影像学指标之间的关系,并找出会影响BRCA突变型患者的肿瘤细胞减灭术的结局和生存率的CT指标,为术前评估手术风险,指导手术范围等提供影像学理论依据,建立基因-影像组学,最终为达到满意的肿瘤细胞减灭术奠定基础。(3)对于无法施行满意的卵巢癌肿瘤细胞减灭术,则需进行腹腔镜直视下组织活检或超声引导下肿瘤组织穿刺

肿瘤精准医疗探索

我国肿瘤精准治疗的现状和思考 精准医疗的概念来源于个体化医疗,Mirnezami等认为,精准医疗是通过基因组学、蛋白质组学等组学技术和医学前沿技术,对疾病进行精细分类及精确诊断,从而对疾病和特定患者进行个性化精准治疗的新型医学概念与医疗模式。 国较早提出如何构建精准医疗体系的夏锋和韦邦福认为,精准医疗模式以患者最大获益和社会医疗投入的高效配置为宗旨,结合现代流行病学、预防医学、临床诊断学、治疗学、分子医学、医学信息学技术、卫生经济学和医学社会学等,使传统的医疗模式走向整合化,为每个人提供量体裁衣般的疾病预防、筛查、诊断、治疗和康复计划,以最小资源投入获取最大健康保障,从而提高整体人群的健康水平。 2015年,国部分专家对精准医疗的定义达成共识:“精准医疗是集合现代科技手段与传统医学方法,科学认知人体机能和疾病本质,以最有效、最安全、最经济的医疗服务获取个体和社会健康效益最大化的新型医学畴[3]”。 综合以上观点我们认为,精准医疗是一种利用基因组学、蛋白组学等组学技术和医学前沿技术,力图从疾病的预防、检测、诊断、治疗及预后转归等层面,对疾病进行精细分类及精确诊断,进而针对患者个体特征制定并实施医疗

决策和处理方法,以期实现个体和社会健康效益最大化的新型医学概念与医疗模式。 我国之所以也要发展精准医疗,从广义上来说,这个政策最终会减少政府的医疗费用支出,使有限的资金发挥更大的作用,使得资金也能够被“精准”使用。而且,精准医疗所涉及的医疗技术均居当前最先进水平,我国应当紧跟世界科学技术的潮流。从狭义上来说,精准医疗从个人层面实现个体化医疗,对提高国民健康水平有重大意义。 一、在肿瘤方面的发展方向 肿瘤是严重威胁人类健康的疾病之一。据最新统计,全球每年肿瘤新发病例1 400万,死亡820万,全球患肿瘤病例超过2 500万[4]。近20年来,我国癌症发病率和死亡率一直呈上升趋势。2011年,我国新发癌症病例约337.2万,因癌症死亡约221.3万。全国每分钟就有6.4人被确诊为癌症,每天有9 216人成为癌症患者,每7~8人中就有1人死于癌症[5]。当前严峻的现状,促使医疗专家尽快突破传统模式,寻找新的肿瘤治疗方式。因此,精准医疗的理念提出后,肿瘤科学就成为精准医疗最重要的研究领域之一,精准肿瘤医疗的概念也应运而生。 在精准肿瘤医疗模式中,对肿瘤的精准诊断是精准治疗的重要保证。与以往通过特殊染色、光学或电子显微镜、免疫组化等方式对肿瘤进行分类、分型和分期不同的是,精准医疗时代下是利用各种基因测序方法对肿瘤进行诊断。在对肿瘤进行精准诊断的基础上,可以通过以下技术对肿瘤患者进行较好的治疗。

肿瘤的精准医疗:概念、技术和展望

肿瘤的精准医疗:概念、技术和展望 杭渤1,2,束永前3,刘平3,魏光伟4,金健1,郝文山5,王培俊2,李斌1,2,毛建华1 摘要精准医疗是指与患者分子生物病理学特征相匹配的个体化诊断和治疗策略。肿瘤为一复杂和多样性疾病,在分子遗传上具有很大异质性,即使相同病理类型的癌症患者,对抗癌药物反应迥异,因此肿瘤学科成为精准医疗的最重要领域之一。组学大数据时代的来临和生物技术的迅速发展奠定了精准医疗的可行性。本文介绍精准和个体化医疗的概念、基础和意义,简述近年来在此领域的最新进展,以及对实施精准医疗的方法和技术进行分析和归纳,首次将其分为间接方法(生物标志物检测及诊断)和直接方法(病人源性细胞和组织在抗癌药物直接筛选的应用),最后扼要阐述精准医疗的前景和面临的挑战。 关键词:精准医疗个体化医疗分子组学生物标志物检测病人源性细胞和组织 Precision cancer medicine: Concept, technology and perspectives HANG Bo1,2, SHU Yongqian3, LIU Ping3, WEI Guangwei4, JIN Jian1, HAO Wenshan5, WANG Peijun2, LI Bin1,2, MAO Jianhua1 Abstract Precision medicine is defined as an approach to personalized diagnosis and treatment, based on the omics information of patients. Human cancer is a complex and intrinsically heterogeneous disease in which patients may exhibit similar symptoms, and appear to have the same pathological disease, for entirely different genetic reasons. Such heterogeneity results in dramatic variations in response to currently available anti- cancer drugs. Therefore, oncology is one of the best fields for the practice of precision medicine. The availability of omics- based big data, along with rapid development of biotechnology, paves a way for precision medicine. This article describes the concept, foundation and significance of precision medicine, and reviews the recent progresses in methodology development and their clinical application. Then, various current available biotechniques in precision medicine are evaluated and classified into indirect (biomarker-based detection and prediction) and direct (patient-derived cells and tissues for direct anti-cancer drug screening) categories. Finally, perspectives of precision medicine as well as its facing challenge are briefly discussed. Key words: precision medicine personalized medicine omics biomarker detection patient-derived cells and tissue 2011年,美国国家科学院在“迈向精准医疗:构建生物医学研究知识网络和新的疾病分类体系”报告中,对“精准医疗(precision medicine)”的概念和措施做了系统的论述[1]。报告探讨了一种新的疾病命名的可能性和方法,该方法基于导致疾病的潜在的分子诱因和其他因素,而不是依靠传统的病人症状和体征。报告建议通过评估患者标本中的组学(omics)信息,建立新的数据网络,以促进生物医学研究及其与临床研究相整合。美国总统奥巴马在2015年1月20日的国情咨文中正式将“精准医疗计划”作为美国新的国家研究项目发布,致力于治愈癌症和糖尿病等疾病,让每个人获得个性化的信息和医疗,从而“引领一个医学新时代”。此举措很快得到了美国政府研究机构和医学界的热烈响应[2, 3],当然也包括来自医学界和社会的争议。 1 精准医疗与个体化医疗1.1 定义 什么是精准医疗(又称精确医学),其与通常所讲的个体化医疗(personalized medicine)又是什么关系?精准医疗就是与患者分子生物病理学特征,如基因组信息,相匹配的个体化诊断和治疗策略。个体化医疗利用诊断性工具去检测特定的生物标志物,尤其是遗传性标志物,然后结合患者的病史和其他情况,协助决定哪一种预防或治疗干预措施最适用于特定的患者。通俗地讲,个体化医疗就是考虑患者本身的个体差异,药物治疗因人而异,为理想化的治疗。而精准医疗着眼于一组病患或人群(图1),相对于个性化医疗针对个体病患的情况更为宽泛,更可行。两者有共同的内涵。也有医疗和研究机构将这两个概念放在一起,如杜克大学的“精准和个体化医疗中心”。 图1精准医疗的核心Fig. 1 Heart of precision medicine

精准医疗给了肿瘤患者一个生命奇迹

精准医疗:从此癌症不再是绝症,还肿瘤患者一个生命奇迹 “一些癌症晚期转移的患者,我没有办法治愈他们,但也许我可以将他们的生存周期从6-9个月延长到2-3年,也许这2-3年里面就有新的药物、新的方法被研发出来,能够拯救他们的生命了呢。” ——Dr. Nader Javadi(内德·贾瓦迪) 为所有肿瘤患者带来生存的希望,这就是“精准癌症医学” 先驱Dr Javadi的Hope Health Center中“希望”的意义。癌症 作为危害人类生命健康的头号杀手,其带来的致命威胁是不容 小觑的!据世界卫生组织(WHO)发表的《全球癌症报告2014》 显示,2012年全世界共新增癌症病例1400万例并有820万人死 亡,其中,中国新增307万癌症患者并造成约220万人死亡。世 界上每年有数百上千万人死于癌症,而当前全球癌症患者和死 亡病例还在令人不安地持续增加,更是使得抗癌之路愈显漫长 而崎岖。 在中国,平均每分钟有6人被确诊为癌症,而其中有6成是完全可以预防和避免的!那么在癌症患者逐年上升的情况下,我们该如何更早的知道自身是否存在患癌风险,如何在癌症早期就发现并将其扼杀在摇篮里?也许,癌症基因检测精准医疗可以帮到我们。 精准医疗:如何逆转生命,创造奇迹? 2015年年初,美国总统奥巴马在国情咨文演讲中正式启动了精准医疗计划,该计划将在基因组层面加快对疾病的认识,并将最新最好的技术、知识和治疗方法提供给临床医生,使医生能够准确了解患者病因。如果说2014年是移动医疗的春天,那2015年便是精准医疗的春天。 虽然精准医疗这个概念早在2011年就已被美国国家研究委员提出过,但今年,在奥巴马的推动下,更是引发全球关注。精准医疗又称为个性化医疗,它是根据个体基因特征、环境以及生活习惯,为病人量身设计出最佳治疗方案,以期达到治疗效果最大化和副作用最小化的一种定制医疗模式。 如今,精准医疗主要着重于癌症的预防与治疗,以及癌症战争新策略的研究和制定上。作为全球医疗技术创新的驱动者,美国早已开始积极推行精准医疗,而且已经成绩斐然!除了为已故苹果公司CEO史蒂芬·乔布斯在胰腺癌确诊后多争取了长达8年的生存时间之外;好莱坞女星安吉丽娜·朱莉也是通过基因测序,在发现罹患乳腺癌风险偏高以后切除乳腺以预防该疾病发生;同时,精准治疗也帮助患有白血

肿瘤精准医疗探索

我国肿瘤精准治疗得现状与思考 精准医疗得概念来源于个体化医疗,Mirnezami等认为,精准医疗就是通过基因组学、蛋白质组学等组学技术与医学前沿技术,对疾病进行精细分类及精确诊断,从而对疾病与特定患者进行个性化精准治疗得新型医学概念与医疗模式。 国内较早提出如何构建精准医疗体系得夏锋与韦邦福认为,精准医疗模式以患者最大获益与社会医疗投入得高效配置为宗旨,结合现代流行病学、预防医学、临床诊断学、治疗学、分子医学、医学信息学技术、卫生经济学与医学社会学等,使传统得医疗模式走向整合化,为每个人提供量体裁衣般得疾病预防、筛查、诊断、治疗与康复计划,以最小资源投入获取最大健康保障,从而提高整体人群得健康水平。 2015年,国内部分专家对精准医疗得定义达成共识:“精准医疗就是集合现代科技手段与传统医学方法,科学认知人体机能与疾病本质,以最有效、最安全、最经济得医疗服务获取个体与社会健康效益最大化得新型医学范畴[3]”。 综合以上观点我们认为,精准医疗就是一种利用基因组学、蛋白组学等组学技术与医学前沿技术,力图从疾病得预防、检测、诊断、治疗及预后转归等层面,对疾病进行精细分类及精确诊断,进而针对患者个体特征制定并实施医疗决策与处理方法,以期实现个体与社会健康效益最大化得新型医学概念与医疗模式。我国之所以也要发展精准医疗,从广义上来说,这个政策最终会减少政府得医疗费用支出,使有限得资金发挥更大得作用,使得资金也能够被“精准”使用。而

且,精准医疗所涉及得医疗技术均居当前最先进水平,我国应当紧跟世界科学技术得潮流。从狭义上来说,精准医疗从个人层面实现个体化医疗,对提高国民健康水平有重大意义。 一、在肿瘤方面得发展方向 肿瘤就是严重威胁人类健康得疾病之一。据最新统计,全球每年肿瘤新发病例1 400万,死亡820万,全球患肿瘤病例超过2 500万[4]。近20年来,我国癌症发病率与死亡率一直呈上升趋势。2011年,我国新发癌症病例约337、2万,因癌症死亡约221、3万。全国每分钟就有6、4人被确诊为癌症,每天有9 216人成为癌症患者,每7~8人中就有1人死于癌症[5]。当前严峻得现状,促使医疗专家尽快突破传统模式,寻找新得肿瘤治疗方式。因此,精准医疗得理念提出后,肿瘤科学就成为精准医疗最重要得研究领域之一,精准肿瘤医疗得概念也应运而生。 在精准肿瘤医疗模式中,对肿瘤得精准诊断就是精准治疗得重要保证。与以往通过特殊染色、光学或电子显微镜、免疫组化等方式对肿瘤进行分类、分型与分期不同得就是,精准医疗时代下就是利用各种基因测序方法对肿瘤进行诊断。在对肿瘤进行精准诊断得基础上,可以通过以下技术对肿瘤患者进行较好得治疗。1.预防性外科治疗方法: 对可导致乳腺癌与卵巢癌得Ⅰ与Ⅱ型乳腺癌易感基因、导致家系结肠腺瘤息肉病得腺瘤性息肉病基因、导致非息肉性结直肠癌(或Lynch综合征)得错配修复基因与导致多发性内分泌腺瘤得RET基因等,均可以基于精准医疗来改善手术

精准医疗时代的肿瘤药理学研究_丁健

Prog Pharm Sci Oct. 2015 V ol. 39 No. 10 2015年10月 第39卷 第10期2721 ???????????e????e E X P E R T F O R U M e??e 精准医疗时代的肿瘤药理学研究 (中国科学院上海药物研究所,上海201203) 丁健 过去20年,生命科学与技术的蓬勃发展推动新药创制理念、技术与研究方法发生革命性变化,也见证了抗肿瘤药物研究史无前例的飞速发展。特别是,对癌基因依赖和肿瘤异质性等肿瘤生物学本质认识的不断深入,推动了分子靶向药物治疗理念和研发格局的变革,肿瘤药物治疗已经进入了“量体裁衣”的精准治疗的新时代。新时期肿瘤药理学研究的核心内涵,是深化肿瘤个性化治疗的理念,以肿瘤分子分型研究为基础,全面诠释分子靶向药物的个性化特征,以支持个性化药物研发的新模式。 本期“肿瘤药理学研究进展”专题,综述了抗肿瘤药物研究在多个领域的最新进展。主要内容包括:当前热点的免疫微环境的重要组成——肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤发生发展中的作用,以及相关的肿瘤治疗策略;传统的细胞周期蛋白激酶(cyclin-dependent kinase ,CDK )抑制剂经过多年探索未见临床突破之后,如何调整策略,聚焦选择性抑制剂,一举推动CDK4/6选择性抑制剂被批准上市;低氧诱导因子(hypoxia inducible factors ,HIFs )HIF-1α如何通过同时影响肿瘤细胞和肿瘤微环境,影响肝癌的发生发展和治疗等。希望各位读者在了解这些领域最新进展的同时,通过本文能够放眼肿瘤药理学 2015,39 39 (10):721-722 P ROGRESS IN P HARMACEUTICAL S CIENCES 研究全局,避免“窥豹一斑”,对肿瘤药理学未来的发展方向有所思考。 1 肿瘤个性化治疗新理念推动药理学研究格局改变 肿瘤在发生发展和演进过程中,由于基因组的不稳定性,导致特定细胞亚群发生基因突变,或特定细胞亚群选择性的克隆形成,造成肿瘤的高度异质性。相同的肿瘤表型往往起源于不同的分子信号异常已经成为共识。肿瘤的高度异质性是肿瘤最重要的本质特征,是肿瘤治疗面临的最大挑战。与此同时,肿瘤癌基因依赖(oncogene addiction )的现象也被逐步证实,即尽管肿瘤中同时存在着多种、不同层面的基因异常,特定的肿瘤亚群往往高度依赖于一个或几个基因维持其生长优势。这一认识则为高度异质性肿瘤的治疗带来希望。 当前,对肿瘤的认识已经突破了以往的组织学、病理学分型,进入了基于基因异常的分子分型新时代。在这一背景下,肿瘤的药物治疗从传统化疗药基于“疾病表型”的治疗模式,逐渐转向以分子靶向药物为主体的、基于“疾病分子分型”的治疗模式,也带来了个性化抗肿瘤药物的可喜进展。2011年上市的针对占恶性黑色素瘤50%~60%的B-RAF V600E 突变分型的激酶抑制剂vemurafenib 的临 [专家介绍] 丁健 :中国工程院院士、肿瘤药理学家、上海药物研究所研究员、博士生导师。现任中国科学院大学药 学院院长,上海药物所学术委员会主任,兼任中国抗癌协会、中国药学会和中国药理学会的常务理事,中国抗癌协会抗癌药物专业委员会、中国药理学会肿瘤药理专业委员会的主任委员。担任Acta Pharmacol Sin 主编和J Biol Chem 、Eur J Pharmacol 、J Ethnopharmacol 和Molecular Pharmacology 等SCI 学术杂志编委。 作为主要发明者之一,领导研发了一批抗肿瘤新药,具有自主知识产权的3个候选新药目前正处于临床研究。其中盐酸希明替康在Ⅰ期临床研究中显示出对当前结肠癌一线治疗耐药的患者有效;Lucitanib 正在欧洲进行Ⅱ期临床试验,对多线治疗失败的乳腺癌患者治疗效果卓著。另外,1个候选新药新近进入临床研究,5个候选药物正在进行系统 临床前研究,其中2个实现成果技术转让。相关成果申请国内外专利160余项,获国内外专利授权42项。 在国际著名杂志J Natl Cancer Inst 、Cancer Res 等发表研究论文240余篇,他引4 000余次。研究成果获国家自然科学奖一等奖(1项)、国家自然科学奖二等奖(2项)、国家科技进步二等奖(1项)、上海市自然科学一等奖(2项)、上海市科技进步一等奖(1项)、何梁何利科技进步奖、吴阶平医学研究奖—保罗·杨森药学研究奖一等奖、上海市十大科技精英等各类重要奖项10余项。

浅述肿瘤精准医疗的研究进展

浅述肿瘤精准医疗的研究进展 摘要精准医疗是肿瘤治疗的发展趋势,是一种对肿瘤患者进行个性化精准治疗的新型医疗模式。肿瘤的精准医疗是通过基因及表观遗传学检测、大数据分析和临床药物应用3个步骤,实现从宏观层面对“病”用药向更微观的对“基因、表观遗传”用药转变,具有高效、低毒的特点。随着组学技术、大数据分析技术的提高和更多靶向药物的研发,必将有越来越多的患者受益。现就肿瘤精准医疗的研究进展进行综述。 关键词精准医疗;肿瘤;研究进展;综述 精准医疗是通过基因组、蛋白质组等组学技术和其他前沿科技,依据患者内在生物学信息及临床特点,在分子学水平为疾病提供更加精细的分类及诊断,从而对患者进行个性化精准治疗的一种新型医疗模式[1]。2011 年美国相关学者首次提出精准医疗的概念[2]。2015年美国总统奥巴马在国情咨文中谈到“人类基因组计划”,并宣布实施精准医疗计划将这一研究推向新的高潮[3]。 恶性肿瘤已成为目前全球主要的死亡原因之一,其是一类基因性疾病,大多具有自己独特的基因印记和变异类型,基因组发生的突变,可以影响细胞信号、染色体、表观调节及代谢等过程。这些研究成果很早已被利用在肿瘤的治疗中,许多针对这些特异基因改变及表观遗传学改变的靶向药物已经上市或正在研发。肿瘤的精准医疗通常分为3个步骤:基因及表观遗传学检测、大数据分析和临床药物应用[1]。 1 基因及表观遗传学检测 基因是指携带有遗传信息的DNA或RNA序列,是控制性状的基本遗传单位。基因通过指导蛋白质的合成来表达自己所携带的遗传信息,从而控制生物个体的性状表现。基因检测是通过对血液、其他体液或细胞的DNA检测,获得肿瘤单核苷酸有义突变、拷贝数变异、融合基因等基因变异的信息。弥漫大B 细胞淋巴瘤(DLBCL)曾一度认为是一类性质单一的疾病,但近年发现DLBCL 中具有不同的基因表达亚型,如GCB(germinal-center B-cell-like)、ABC (activated B-cell-like),其起源于B细胞分化的不同阶段,具有不同的生物学特性,ABC亚型中的基因变异可以引起NF-κB的活性改变,导致预后不良[4],这已被临床实践所证实。 表观遗传学就是研究基因表达的学科,是指基因表达的改变不依赖于基因信息的改变,而是依赖于DNA甲基化和组蛋白的化学修饰。这些异常改变在一定条件下可以向正常逆转。肿瘤发生过程最常见的表观遗传学改变为抑癌基因启动子区CpG岛的甲基化,其引起的表达沉默可以影响肿瘤相关信号通路[5]。DNA甲基化是真核细胞的表观遗传修饰之一,甲基化程度愈高,基因的表达则降低。骨髓异常增生综合征存在p15、p16、降钙素基因等一系列抑癌基因的过度甲基化,使抑癌基因表达受抑制,细胞易于形成恶性克隆[6]。其他表观

精准医疗面临的挑战及发展建议

一、中国精准医疗发展历程回顾 中国早在20世纪初就开始关注精准医学,2006年首先提出了精准外科的概念,得到了国内、国际的医学界认可后被引用到肿瘤放疗、妇科等医学领域。其目标是通过合理资源调配、全流程的成本调控,获得效益与耗费之比的最大化。精准医疗相比传统经验医学有了长足进步,可以通过将精密仪器、生命科学等先进的现代技术与我国优秀的传统经验整合在一起,大大减小临床实践的不确定性,从而在手术中实现“该切的片甲不留,该留的毫厘无损”,在保证精准的同时尽可能将损伤控制到最低。 图表精准医疗在我国的发展历程 资料来源:产研智库 二、中国精准医疗发展现状分析 造血干细胞移植、基因芯片诊断、免疫细胞治疗等第三类医疗技术临床应用准入审批2015年取消。在此之前,国家卫计委、科技部等多次出台政策,并组织生物医药等领域专家对精准医疗、基因测序等开展研究。在政策利好推动下,精准医疗有希望进入发展快轨。 多项政策支持 政府高层相当重视精准医学,批示国家卫计委和科技部组织专家论证,精准医学也迎来了多项政策支持。 2015年3月,第一批肿瘤诊断与治疗项目高通量基因测序技术临床试点单位名单发布。同月,科技部召开国家首次精准医学战略专家会议,计划在2030年前,在精准医疗领域投入600亿元。其中,中央财政支付200亿元,企业和地方财政配套400亿元。

2015年4月15日,卫计委和科技部组织生物医药等领域专家,同中国科学院等部门共同研讨精准医学研究计划。 2015年5月10日,国务院发布《关于取消非行政许可审批事项的决定》,其中指出,取消第三类医疗技术临床应用准入审批,包括造血干细胞移植、基因芯片诊断、免疫细胞治疗等第三类医疗技术临床应用。 国家政策的支持将对基因测序、细胞治疗、干细胞等精准医疗相关领域构成利好。预计2015-2020年全球精准医疗市场规模增速达15%,是医药行业增速的3-4倍;2013年基因测序市场规模约45亿美元,2013年-2018年复合增长率为21.2%,而中国和印度市场2012-2017年复合增长率为20%-25%。 肿瘤检测市场先行 短期来看,个性化医疗相关技术和产品对相关公司的收入贡献有限,但随着市场的不断拓展,未来将对相关公司带来可观的增量。 目前国家卫计委允许怀12周以上的高危产妇利用基因测序技术进行无创产前筛查。以这一项检查为例,我国每年新生儿数量约1600万,按10%的市场渗透率,3500元/人次计算,市场空间约56亿元/年。随着技术的发展,成本继续下行将进一步打开市场空间。假设成本下行至1500元/人次,渗透率至50%,则市场空间有望上行至120亿元/年。 考虑到每年三四百万的癌症发病人数,基因测序的应用空间巨大。中国癌症发病率正“大幅”上升,2014年中国约有220万人死于癌症,但很多病例本是可预防的。对这类恶性疾病的治疗,一方面是加大治疗药物的研发突破,另一方面应从精准治疗角度进行治疗技术的突破。当前的肿瘤治疗正逐渐从宏观层面对“症”用药向更微观的对基因用药转变,实现“同病异治”或“异病同治”,精准治疗成为肿瘤治疗的一个趋势。 三、实现精准医疗面临的挑战 2015年,“精准医疗”随着奥巴马的宣言一跃成为年度热词。那么,精准医疗的实现目前还面临哪些关键环节的挑战呢? 临床及生物信息整合 精准医学的基本思想应是将临床信息、患者表型与基因蛋白谱进行整合,从而为患者量身制定精准诊断、预后及治疗策略。基于大规模组学数据和临床医学信息的整合需求,临床信息和信息学是精准医学发展的重中之重。

肿瘤的精准医疗-概念、技术和展望

收稿日期:2015-05-08;修回日期:2015-06-08 作者信息:杭渤(通信作者),首席科学家,博士,研究方向为肿瘤生物学及其在环境毒理和临床诊断领域的应用,电子信箱:Bo_hang@https://www.360docs.net/doc/7f7206516.html, ;毛建华(通 信作者),首席科学家,博士,研究方向为肿瘤生物学及其在临床诊断和药物开发领域的应用,电子信箱:jhmao@https://www.360docs.net/doc/7f7206516.html, 引用格式:杭渤,束永前,刘平,等.肿瘤的精准医疗:概念、技术和展望[J].科技导报,2015,33(15):14-21. 肿瘤的精准医疗肿瘤的精准医疗::概念概念、、技术和展望 杭渤1,2,束永前3,刘平3,魏光伟4,金健1,郝文山5,王培俊2,李斌1,2,毛建华1 1.美国能源部劳伦斯伯克利国家实验室,伯克利,加州94720 2.南京卡迪奥密生物技术有限公司,南京211106 3.江苏省人民医院肿瘤科, 南京210029 4.山东大学医学院,济南250100 5.江苏省南京高新生物医药公共服务平台有限公司,南京210032 摘要精准医疗是指与患者分子生物病理学特征相匹配的个体化诊断和治疗策略。肿瘤为一复杂和多样性疾病,在分子遗传上具有很大异质性,即使相同病理类型的癌症患者,对抗癌药物反应迥异,因此肿瘤学科成为精准医疗的最重要领域之一。组学大数据时代的来临和生物技术的迅速发展奠定了精准医疗的可行性。本文介绍精准和个体化医疗的概念、基础和意义,简述近年来在此领域的最新进展,以及对实施精准医疗的方法和技术进行分析和归纳,首次将其分为间接方法(生物标志物检测及诊断)和直接方法(病人源性细胞和组织在抗癌药物直接筛选的应用),最后扼要阐述精准医疗的前景和面临的挑战。 关键词精准医疗;个体化医疗;分子组学;生物标志物检测;病人源性细胞和组织 中图分类号R730.5文献标志码A doi 10.3981/j.issn.1000-7857.2015.15.001 Precision cancer medicine:Concept,technology and perspectives Abstract Precision medicine is defined as an approach to personalized diagnosis and treatment,based on the omics information of patients.Human cancer is a complex and intrinsically heterogeneous disease in which patients may exhibit similar symptoms,and appear to have the same pathological disease,for entirely different genetic reasons.Such heterogeneity results in dramatic variations in response to currently available anti-cancer drugs.Therefore,oncology is one of the best fields for the practice of precision medicine.The availability of omics- based big data,along with rapid development of biotechnology, paves a way for precision medicine.This article describes the concept,foundation and significance of precision medicine,and reviews the recent progresses in methodology development and their clinical application.Then,various current available biotechniques in precision medicine are evaluated and classified into indirect (biomarker-based detection and prediction)and direct (patient-derived cells and tissues for direct anti-cancer drug screening)categories.Finally,perspectives of precision medicine as well as its facing challenge are briefly discussed.Keywords precision medicine;personalized medicine;omics;biomarker detection;patient-derived cells and tissue HANG Bo 1,2,SHU Yongqian 3 ,LIU Ping 3,WEI Guangwei 4,JIN Jian 1,HAO Wenshan 5,WANG Peijun 2, LI Bin 1,2,MAO Jianhua https://www.360docs.net/doc/7f7206516.html,wrence Berkeley National Laboratory,United States Department of Energy,Berkeley,CA 94720,USA 2.Nanjing Cardiomicx Inc,Ltd.,Nanjing 211106,China 3.Department of Oncology,Jiangsu Province Hospital,Nanjing 210029,China 4.Medical College,Shandong University,Jinan 250100,China 5.Nanjing Biopharmaceutical Innovation Platform Co.,Ltd.,Nanjing 210032,China

2021年肿瘤精准医疗探索

我国肿瘤精准治疗的现状和思考 欧阳光明(2021.03.07) 482精准医疗的概念来源于个体化医疗,Mirnezami等认为,精准医疗是通过基因组学、蛋白质组学等组学技术和医学前沿技术,对疾病进行精细分类及精确诊断,从而对疾病和特定患者进行个性化精准治疗的新型医学概念与医疗模式。 国内较早提出如何构建精准医疗体系的夏锋和韦邦福认为,精准医疗模式以患者最大获益和社会医疗投入的高效配置为宗旨,结合现代流行病学、预防医学、临床诊断学、治疗学、分子医学、医学信息学技术、卫生经济学和医学社会学等,使传统的医疗模式走向整合化,为每个人提供量体裁衣般的疾病预防、筛查、诊断、治疗和康复计划,以最小资源投入获取最大健康保障,从而提高整体人群的健康水平。 2015年,国内部分专家对精准医疗的定义达成共识:“精准医疗是集合现代科技手段与传统医学方法,科学认知人体机能和疾病本质,以最有效、最安全、最经济的医疗服务获取个体和社会健康效益最大化的新型医学范畴[3]”。 综合以上观点我们认为,精准医疗是一种利用基因组学、蛋白组学等组学技术和医学前沿技术,力图从疾病的预防、检测、诊断、治

疗及预后转归等层面,对疾病进行精细分类及精确诊断,进而针对患者个体特征制定并实施医疗决策和处理方法,以期实现个体和社会健康效益最大化的新型医学概念与医疗模式。 我国之所以也要发展精准医疗,从广义上来说,这个政策最终会减少政府的医疗费用支出,使有限的资金发挥更大的作用,使得资金也能够被“精准”使用。而且,精准医疗所涉及的医疗技术均居当前最先进水平,我国应当紧跟世界科学技术的潮流。从狭义上来说,精准医疗从个人层面实现个体化医疗,对提高国民健康水平有重大意义。 一、在肿瘤方面的发展方向 肿瘤是严重威胁人类健康的疾病之一。据最新统计,全球每年肿瘤新发病例1 400万,死亡820万,全球患肿瘤病例超过2 500万[4]。近20年来,我国癌症发病率和死亡率一直呈上升趋势。2011年,我国新发癌症病例约337.2万,因癌症死亡约221.3万。全国每分钟就有6.4人被确诊为癌症,每天有9 216人成为癌症患者,每7~8人中就有1人死于癌症[5]。当前严峻的现状,促使医疗专家尽快突破传统模式,寻找新的肿瘤治疗方式。因此,精准医疗的理念提出后,肿瘤科学就成为精准医疗最重要的研究领域之一,精准肿瘤医疗的概念也应运而生。 在精准肿瘤医疗模式中,对肿瘤的精准诊断是精准治疗的重要保证。与以往通过特殊染色、光学或电子显微镜、免疫组化等方式对

《二代测序技术在肿瘤精准医学诊断中的应用专家共识》要点

《二代测寤技术在肿瘤精准医学诊断中的应用专家共识》要点 二代测序(NGS )又称大规模平行测序,能同时对上百万甚至数十亿个DNA 分子进行测序,实现大规模、高通量测序的目标,时继Sanger测序之后的革命性进步。目前在临床肿瘤实践中,NGS主要用于驱动基因测序, 是肿瘤精准诊疗的重要环节。 NGS有明显的通量优势及发现未知基因变异的优势,但是在使用中也存在包括检测技术、数据管理、分析与报告、解读与临床咨询等方面的各种挑战。 在我国现阶段,肿瘤患者数目庞大,驱动基因诊断和检测应用需求巨大。 但在实际应用中会出现因为检测技术的准入门槛低、缺乏临床公认的NGS 指导规范,肿瘤诊疗中可能存在检测质量低下、结果准确性差,检测结果解读不专业,甚至盲目追求基因检测结果的现象。 本共识文中的"声明"是专家组讨论的各个要点,也即专家组形成的共识或推荐。 —、NGS在临床肿瘤诊断中的质量需求 声明1 :临床肿瘤诊断应用的NGS项目应符合相应的诊断技术标准.

声明2 : NGS检测项目的目的和临床益处应明确 二NGS在临床肿瘤应用的检测内容 声明3 : 如果NGS用于临床分子诊断,应明确至少哪些基因需纳入检测名单中 声明4: 可靶向作用基因的变异可能会影响临床决策,医师需要根据基因分型的检测结果来指导临床诊疗方案 声明5 : 应根据实际情况需对检测内容进行更新 声明6 : 应对每个基因变异点进行明确定义注释 声明7 : NGS项目的检测流程和生物信息学分析需针对特定平台和分析项目进行充分优化和标准化 三、NGS应用中的样本处理 声明8:为提高NGS检测肿瘤驱动基因的准确性,应提供高质量的临 床生物材料样本

肿瘤免疫细胞精准医疗

精准细胞免疫治疗是肿瘤精准医疗的重要突破口人类的免疫系统具有高度的特异性,能正 精准细胞免疫治疗是肿瘤精准医疗的重要突破口 人类的免疫系统具有高度的特异性,能正确区分正常和恶性细胞,能以高度的敏感性和特异性识别“非自我的”分子或细胞,功能正常的T淋巴细胞能通过其细胞表面TCR受体(T cel l receptor)正确识别肿瘤细胞中“非自我”改变,清除肿瘤细胞。因而,从这个意义上说,通过激活、修复、改构、甚至重建患者抗肿瘤免疫细胞反应的治疗方法,尤其肿瘤细胞免疫治疗,天然具有精准治疗的特征。通过激活患者体内残存肿瘤特异性T细胞的治疗方式,已被证实具有良好的临床疗效。更值得庆幸的是,不同T细胞所携带的TCR受体千差万别,具有高度的多样性,为实施针对不同肿瘤变异信息的精准医学治疗提供了足够的广度。而且,免疫细胞来源于患者自体,作为一种“活的药物”,具有自主性与自我适应能力,能有效缩短开发时间。因而,精准细胞免疫治疗有望成为肿瘤精准医疗的一个重要突破口。 本文定义的精准细胞免疫治疗是通过高通量基因测序及大数据分析,获得针对癌细胞特异性新抗原(neo-antigens)和具有高效应的精准T细胞(precision T cell for neoantigen,简称为P NA-T),富集PNA-T细胞对肿瘤患者进行精准免疫治疗。涉及的步骤(图1)包括:(1)基因检测:高通量基因检测手段获取患者的癌细胞特有的基因变异信息(包括突变、融合基因等),从中筛选出能高效激活免疫反应的肿瘤特异性新抗原,这种新抗原可以来自细胞核、细胞质、细胞膜任何部位;(2)免疫靶点的筛选:根据患者的主要组织相容性复合体(major histocompat ibility complex,MHC)分型,寻找能引发强烈免疫的新表位(neo-epitopes);(3)寻找并富集针对新抗原表位的PNA-T细胞:主要通过负载新表位的树突状细胞(dendritic cells,DC)刺激,标记后的MHC-新表位耦联体流式/磁珠分选富集PNA-T细胞,克隆PNA-T细胞的TCR基因,通过转基因修饰手段快速获得转基因PNA-T细胞;(4)过继细胞回输治疗:大量扩增PN A-T细胞,实施过继回输治疗,并跟踪PNA-T细胞的变化规律与肿瘤关系。因而,肿瘤精准细胞免疫治疗是更为个性化的免疫细胞治疗技术,属于第三代免疫细胞治疗技术(三代免疫细胞治疗技术的比较见表)。 虽然肿瘤精准细胞免疫治疗是一个新概念,但该领域内研究者已进行了一些探索研究。20 13年,rosenberg领导的团队率先采用外显子测序技术,鉴别在患者中表达的突变蛋白,并

基因检测精准医疗战略合作协议合同.doc

xxx精准医疗战略合作介绍 一、精准医疗背景 上世纪50年代,DNA双螺旋的发现促进了人类对自身疾病的进一步研究和认知,美国更是斥资数亿美元进行肿瘤疾病的研究,以期攻克这一“绝症”,但是对致病机理碎片化的理解和研究并没有对现状有实质性的改观,随后,1986年,诺贝尔奖获得者,杜伯克在著名学术期刊《science》上撰文:A Turning Point in Cancer Reseach: Sequencing The Human Genome(癌症研究的转折点:人类基因组测序),文中指出,要想更清晰的研究肿瘤疾病,必须对单个细胞的基因组进行测序,从而系统全面地解析人类疾病的致病机理,基因组计划的实施和完成将极大的推动人类对肿瘤地研究,并且将在人类生理和病理领域的探索发挥巨大作用。杜伯克的这篇短文引起了学术界和政界的广泛关注,在克服种种困难之后,90年代初,由美国主导,中、英、法、德、日六国共同参与的人类基因组计划(HGP)正式启动,历经十几年的共同协作和努力,在2000年宣布完成人类基因组草图的绘制工作。人类基因组计划的完成正式开启了分子生物学的大门,更是顺理成章地推动了癌症基因组时代的到来。 2015年1月20日,时任美国总统奥巴马在白宫国情咨文中提出精准医疗计划(Precision Medicine Initiative),自此,“精准医疗”迅速在全球激起千层浪。随后,中国政府在2016年宣布启动中国版本的精准医疗计划,科技部在3月8日正式发布了《国家重点研发计划精准医学研究等重点专项2016年度项目申报指南的通知》。 二、精准医疗定义 精准医疗如何定义?精准医疗是应用现代分子遗传技术、分子影像技术、生物信息技术等,结合患者的生活环境和临床数据,并基于个体化基因检测,实现精准的疾病分类和诊断,从而“量身打造”出的针对性很强的个体化预防和诊疗方案。

精准医疗在肿瘤治疗中的应用

现代商贸工业 2019年第8期 93 一精准医疗在肿瘤治疗中的应用 孙会杰 (郑州市第十一中学,河南郑州410100 )摘一要:恶性肿瘤一直以来严重威胁着人类健康,近年来,其发病率和致死率逐步上升.随着生物医学的不 断发展,分子诊断学和基因组精准筛查技术的进步,加快了人们在基因组层面对疾病的认识.基于上述背景,研究者们提出了 个体化治疗 的概念与模式.主要研究了一种新型的医学概念与医疗模式,即精准医疗.从精准医疗提出的背景,精准医疗的概念,具体实施方法及应用与展望等方面对精准医疗在肿瘤治疗中的应用做了详细的阐述. 关键词:精准治疗;肿瘤;药物敏感性 中图分类号:F 24一一一一一文献标识码:A一一一一一一d o i :10.19311/j .c n k i .1672G3198.2019.08.047一一在我国甚至是全世界范围内, 癌症都是导致人类因疾病死亡的一个主要原因,也是社会发展的巨大负担.据全国肿瘤登记中心统计,2014年全国癌症新发病例数约为380.4万例(其中男性211.4万, 女性169 0万) ,平均每天超过1万人被确诊为癌症,每分钟有7个人被确诊为癌症.肿瘤发病率为278.07/10万 (男性为301.67/10万,女性为253.29/10万),中标率(中标率:人口标准化率按照2000年中国标准人口结 构)为190.63/10万, 世标率(世标率:人口标准化率按照S e g i 's 世界标准人口结构)为186.53/10万.根据2018年?AC a n c e r J o u r n a l f o rC l i n i c i a n s ?发表的?2018 年癌症数据报告?,预计2018年美国. 将有170余万新发癌症病例,死亡人数则在61万左右,这意味着每天平均将会有1700人因癌症去世.由此可见,癌症已成为威胁人类健康的巨大杀手. 1一精准医疗定义 在多种因素的共同刺激下,机体局部的任意细胞在基因层面上失去对其生长的正常调控,细胞异常增生就会形成肿瘤.其难治愈的一个主要原因是肿瘤具有异质性,肿瘤的异质性主要体现在以下两个方面:(1)不同患者的肿瘤之间存在异质性.(2)同一患者体内不同恶性肿瘤细胞之间存在差异,即肿瘤内部异质性.肿瘤内部异质性给患者的诊断和治疗增加了难度,导致患者不良预后的发生.随着生命科学和医学研究的进展,研究者对肿瘤治疗提出了精准化和个体化的要求.由于人类个体化差异,不同病人对于不同药物的耐受性不同,因此采用精准治疗的方法,将有助于对不同病患二针对患者耐药性制定出适合的治疗方案.精准化和个体化医疗就是要求考虑患者本身的个体差异,因为每个人都有不同的遗传背景,并且暴露于不同的环境因素中,有着不同的生活方式,属于疾病不同亚型的病人,在治疗反应性上存在很大差异.精准医疗是一种全新的医疗模式,这种模式充分发挥了生物信息学二大数据科学及基因测序技术的优势,结合个体化医疗,以期把合适的药物给到合适的病人,给予最有效的治疗方法. 2一精准医疗的发展历程 2013年, 好莱坞影星安吉丽娜 朱莉接受了乳房切除术,这是因为根据基因检测结果,她未来罹患乳腺 癌的概率高达80%.由此, 基因检测技术也引发世界范围内的关注.这则新闻也让大家对 精准医疗 一词 有所了解.2011年, 精准医学 的概念在美国首次被提出.2015年,时任总统奥巴马在国情咨文中提出了 精准医学计划 ,这使得 精准医疗 成为覆盖全球的热门话题.精准医疗建设以迅雷不及掩耳之势在全世界蔓延开来,各国纷纷开始追逐相关概念和产业.英国推出了针对癌症和罕见病患者的 十万人基因组计 划 .韩国启动了后基因组计划,以推动新型基因组技术的发展.2015年, 我国成立了精准医疗战略专家组,并组织了首次精准医疗战略专家会议,决定在2030年前投入600亿元用于精准医疗.精准医疗已被纳入我国 十三五 重大科技专项,进入快速发展的新里程.精准化和个体化医疗在全球和国内均呈现出了蓬勃发展的态势. 3一精准医疗相关技术 精准医疗是 分子水平的个性化医疗 .在治疗过程中所涉及的技术也是多种多样的,在精准治疗的过程中,生物测序技术的发展为 个体化治疗 奠定了基础,尤其是二代测序技术,成为了实现精准医疗的手段之一.因为肿瘤的发生是基因突变累积的结果,通过基因测序技术,可以检测到突变位点,为治疗提供更多信息.相对于一代测序技术,实时荧光定量P C R ,免疫组化等其它生物学技术,二代测序具有高通量的优点,因此是目前应用最广泛的技术之一.要实现精准医疗的目的,基因测序仅仅是第一步,在后续的过程中,还需要针对不同的个体,进行不同的实验研究,最终为患者提供最优的治疗方案.在此过程中应用到的技术有细胞分离技术,细胞培养技术,体内外药物敏感性测试技术等一系列分子生物学二细胞生物学二实验动物学技术. 4一药敏测试细胞模型和功能检测方法 常规化学药物治疗和靶向药物治疗是肿瘤治疗的重要手段.到2016年,全球各国批准上市的抗癌药物已达150-200种,用这些药物配制成的各种抗癌药物制剂有1500-1800种.由于人类个体化差异,不同病人对不同药物的耐受性不同,患者对同一药物治疗的反应各不相同,有的患者经治疗后可达到完全缓解,有的却表现为无效甚至促进病情进展.抗癌药物针对不

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