PyroMark ID 演示
PyroSiM实例教程
第1章安装准备安装PyroSim为了工作，通过本教程，您必须能够运行PyroSim。
您可以从互联网下载PyroSim，将可获得免费试用。
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单位除非另有说明，在本教程中所给予的指示，将承担PyroSim的现行SI单位制。
如果PyroSim是使用不同的单位系统，模拟不会产生预期的结果。
为了确保您使用的是SI单位：1、在View菜单上，单击Units。
2、在Units的子菜单，确认SI是选定的。
你可以在任何时候，SI和英制单位之间切换。
数据存储在原有存储系统，所以当你切换单位时，不会损失精度。
操作的三维图像•为了旋转（spin）三维模型：选择然后在模型上单击左键并移动鼠标。
该模型会旋转，就像您选择球体上的一个点。
•放大zoom：选择（或按住ALT键）和垂直拖动鼠标。
选择然后按一下拖动以定义一个缩放框。
•移动move模式：选择（或按住Shift键）并拖动来重新定位模型窗口。
•改变重点：选择对象（S），然后选择定义一个较小的“查看选定对象周围的领域。
选择将重置，包括整个模型。
•在任何时候，选择（或按Ctrl + R），将重置模型。
您还可以使用Smokeview和以人为本的控制。
请参阅用户手册为PyroSim 说明。
FDS的概念和术语材料用于定义材料热性能和热解行为。
表面表面是用来定义在您的FDS模型的固体物体和通风口的属性。
在混合物或层表面可以使用先前定义的材料。
默认情况下，所有的固体物体和通风口都是有惰性的，一个固定的温度，初始温度。
障碍物障碍物的根本在火灾动力学模拟的几何表示（FDS）[FDS- SMV的官方网站]。
障碍物两点定义在三维的矩形固体空间。
表面特性，被分配到每个面对的阻挠。
设备和控制逻辑可以定义创建或删除在模拟过程中的一个障碍。
当创建一个模型，障碍物的几何形状并不需要相匹配的几何网格的解决方案中使用。
然而，产品安全的解决方案将配合所有几何解决方案网状。
在FDS分析，阻塞所有的面转移到对应最近的网状细胞。
cmark 使用例子
cmark 使用例子cmark 是一个用于将 Markdown 格式的文本转换为 HTML 的标记语言处理器。
它提供了一种简单而强大的方式来解析和转换标记语言。
在下面的例子中，我将演示如何使用 cmark 进行基本的 Markdown 转换：```pythonimport cmark# 输入 Markdown 格式的文本markdown_text = '''# 标题这是一个段落。
- 列表项1- 列表项2- 列表项3'''# 将 Markdown 转换为 HTMLhtml_text = cmark.markdown_to_html(markdown_text)# 输出转换后的 HTMLprint(html_text)```输出：```html<h1>标题</h1><p>这是一个段落。
</p><ul><li>列表项1</li><li>列表项2</li><li>列表项3</li></ul>```以上代码演示了如何使用 cmark 将 Markdown 格式的文本转换为相应的 HTML。
首先，我们导入 cmark 库，然后定义一个包含 Markdown 文本的字符串。
接下来，我们使用 `cmark.markdown_to_html()` 函数将 Markdown 文本转换为 HTML 字符串。
最后，我们打印出转换后的 HTML。
通过使用 cmark，我们可以轻松地处理 Markdown 格式的文本，将其转换为适用于网页显示的 HTML。
这为我们提供了一种方便而强大的方式来展示和分享文本内容。
python reedsolo 用法
python reedsolo 用法Python Reed-Solomon（里德-所罗门）编解码库用法详解引言：Reed-Solomon编解码技术是一种在数据通信和磁盘存储等领域广泛应用的前向纠错码。
它能够检测和纠正一定数量的错误，因此在传输环境中十分有用。
Python Reed-Solomon是一个强大的开源库，提供了用于进行Reed-Solomon编解码的函数和工具。
本文将着重介绍PythonReed-Solomon库的用法，包括安装、初始化、编码和解码等，并通过实例演示如何应用这些功能。
一、安装：要开始使用Python Reed-Solomon，首先需要安装该库。
我们可以通过pip 命令来进行安装。
在终端中输入以下命令：pip install reedsolo这将自动下载并安装最新版本的Python Reed-Solomon库。
二、初始化：在使用Python Reed-Solomon库之前，需要先导入相应的模块并初始化ReedSolomon对象。
下面是一个初始化的示例：pythonfrom reedsolo import ReedSolomon# 定义符号大小（Symbol Size）和纠错码的数量symbol_size = 8parity_symbols = 4# 初始化ReedSolomon对象rs = ReedSolomon(symbol_size, parity_symbols)在这个示例中，我们创建了一个ReedSolomon对象，并指定符号大小为8并且冗余编码为4。
三、编码：编码是将输入数据转换成带有冗余编码的一系列编码符号的过程。
Python Reed-Solomon库提供了encode()函数来执行编码操作。
以下是一个编码的示例：python# 定义输入数据data = b"Hello world!"# 对数据进行编码encoded_data = rs.encode(data)在这个示例中，我们定义了一个输入数据"Hello world!"，然后利用编码函数encode()对数据进行编码。
焦磷酸测序常见问题及解决方案
Unused Wells
In principle it’s possible to use so far unused pyrosequencing wells for the next run and leave the already used wells empty. However, due to contamination risk when cleaning and handling plates QIAGEN does not recommend this.
焦磷酸测序常见问题及解决方案
长沙三济医学检验所
Pyrosequencing遗传分析技术
Pyro.=pyrophosphate焦磷酸 一种全新的基于酶级联反应的 新型遗传分析技术;
一套完整的实验方案； 诸多领域的广泛应用……
测序原理
每次向反应体系中加入一种dNTP 相应位置的峰代表该种dNTP的掺入情况 峰高与掺入的核苷酸数量成正比 多余的dNTP在加入下一种dNTP前就被降解 C G
Use of the PyroMark Control Oligo
★ self-priming oligo ★ installation of the different PyroMark systems and can be used for general troubleshooting. ★ directly for sequencing without previous PCR setup and sample preparation by the vacuum prep tool. ★ check the vacuum ★ The PyroMark Control Oligo can be used on all PyroMark systems including the Q24, Q96 ID, and Q96 MD.
pymol使用教程
简介&安装Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。
Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。
据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。
Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。
由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。
今天先来说说安装吧。
自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。
目前，只有付费用户可以取得。
不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。
如果你和我一样，不想为此花钱的话：1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。
然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：▪C++ (gcc or g++ package name)▪Python▪OpenGL▪PNG然后在源代码目录里面依次运行：2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装：▪Python▪Pmw▪OpenGL driver（我用的是NVdia）▪libpng▪Subversion client（下载源代码需要）然后下载Pymol的源代码$ mkdir pymol-src$ svn co https:///svnroot/pymol/trunk/pymolpymol-src然后进入源代码目录# cd pymol-src开始依次编译# python setup.py install# python setup2.py install拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了# cp ./pymol /usr/bin如果运行时得到错误信息"ImportError: No module named Pmw"，那么你应该运行# python setup2.py install pmw如果你在使用Gentoo，请确保编译python时添加了tcl/tk支持，否则运行是会提示错误"ImportError: No module named _tkinter"# USE="tcl tk" emerge python好了，下面我们就可以进入Pymol的世界了。
PY-2020iD手动操作指引
PY-2020iD手动操作指南一`D-S模式选择furance,selective sample`及输入programmer 参数——〉放样品安装好sample r——〉purge 3 min后关闭旋钮——〉按PY软件上的”START”——〉待PY软件上出现READY/start stop 的操作提示后-----→手动降下D-S sampler入PY炉同时点击READY/start stop中的”START”---→待programmer中的desorption结束后, PY软件上出现prepare for pyrolysis step/yes no的选择提示--→拔起D-S sampler----→待柱前压稳定后,点击prepare for pyrolysis step/yes no中的yes,启动GC分析Thermally desorbed components---→待前述分析结束,GC柱温复原, PY软件上出现prepare for pyrolysis /start stop后,---→按压D-S按钮扔下样品CUP,并立即点击start --→至分析结束.二`Driect EGA模式预先换好EGA柱，设定Driect EGA模式——〉选check”V”于furnace/interface/selective-sampler——〉设定参数于程序升温栏目内（注意设定方法）——〉将sample cup放入PY 上，purge 2 min——〉点PY软件上的start,——〉当PC上出现Ready for injection/start,按sampler上的按钮释放sample cup,同时按start，——〉至分析结束。
三`Heart-cut EGA模式要先做Driect EGA取得热解吸图。
设定Heart-cut EGA模式——〉选check”V”于furnace/interface/selective-sampler——〉设定参数于程序升温栏目内——〉根据EGA图中的时间段设定S-S中的时间表。
python代码实现二维云台转动
python代码实现二维云台转动二维云台转动是指通过控制机械结构的方式，使云台在水平和垂直方向上进行旋转或摆动。
在机器人控制、摄影、航空航天等领域都有广泛的应用。
本文将使用Python代码实现二维云台的转动，并通过详细的代码解析和实例说明，帮助读者理解和掌握该技术。
我们需要了解二维云台的基本原理。
二维云台通常由两个舵机控制，一个负责控制云台在水平方向上的旋转，另一个负责控制云台在垂直方向上的旋转。
舵机是一种能够精确控制角度的电机，在机械结构中起到关键作用。
接下来，我们可以使用Python编程语言实现二维云台的转动。
首先，我们需要导入相关的库和模块，如下所示：```pythonimport timeimport RPi.GPIO as GPIO```在代码中，我们使用了time模块来控制舵机转动的时间间隔，并使用RPi.GPIO库来控制树莓派的GPIO引脚。
然后，我们需要定义舵机控制的引脚，根据实际连接的引脚进行设置，如下所示：pan_pin = 17 # 水平方向舵机控制引脚tilt_pin = 18 # 垂直方向舵机控制引脚```接下来，我们需要初始化GPIO引脚，并设置引脚的工作模式和初始角度，如下所示：```pythonGPIO.setmode(GPIO.BCM)GPIO.setup(pan_pin, GPIO.OUT)GPIO.setup(tilt_pin, GPIO.OUT)pan_pwm = GPIO.PWM(pan_pin, 50) # 创建水平方向舵机的PWM对象，设置频率为50Hztilt_pwm = GPIO.PWM(tilt_pin, 50) # 创建垂直方向舵机的PWM 对象，设置频率为50Hzpan_pwm.start(0) # 启动PWM信号，初始占空比为0tilt_pwm.start(0) # 启动PWM信号，初始占空比为0```然后，我们可以编写函数来控制舵机的转动。
PyroSim入门教程
PyroSim入门教程PyroSim入门教程1.2 建立网格选择Model > Edit Grid ... 在跳出的面板上点New。
把网格的边界设置为Min X = 0，Max X = 10，Min Y = 0，Max Y = 10，Min Z = 0，Max Z = 10。
同时把网格数量设为X cells = 20，Y cells = 20，Z cells = 20。
如下图所示:在FDS里面，基本形状只能是长方体的(尽管通过长方体的组合，能模拟复杂的几何形状)。
网格也只能是正交网格(点确定后可以看到)。
这个例子是模拟风洞内的燃烧，风洞尺寸为10米*10米*10米。
每边划分成20个网格，总共有8000个网格。
在FDS中，由于求解器的特殊要求，每边划分的单元数通常要求是2，3或5的倍数。
点击OK后，网格就生成了，如下图所示:1.3 定义粒子这里的粒子并不是通常CFD软件里的拉格朗日粒子，只是为了后处理方便而定义的示踪粒子。
选择Model > Edit Particles ...，然后点New。
不要选Particle Have Mass，这样粒子没有质量，仅是示踪粒子。
选中Color Particles During Animation，使用默认的颜色，红色。
这样在结果中会有红色的示踪粒子。
1.4 建立面实际上，在建立网格的时候，我们已经得到了计算模型。
这里的面是用来定义边界条件。
要注意的是，这里仅仅定义边界条件，而没有给模型中的面指定边界条件。
也就是说只定义边界上的物理条件，但并没有和模型中的边界联系起来。
定义入口边界。
Model > Edit Surface Properties ...，点New。
Surface name是BLOW，使用INERT作为模板。
选择surface type为"Fan/Wind”。
然后下面会有很多选项。
系统定义的表面类型都有明确的物理意义，还是比较好懂的。
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23S Ethambutol （乙胺丁醇）——embB
病毒鉴定及分型
• Human papilloma virus 人的乳头状瘤病毒，某些亚型与宫颈癌的发生相关 • Hepatitis C virus • HIV-1 typing • Polyomavirus 多瘤病毒 • Rotaviruses 轮状病毒，引起新生儿肠胃炎 • Respiratory Syncytial Virus 呼吸道合胞病毒，引发新生儿细支气管炎
准备试剂
•在使用前让所有试剂达 到室温 •第一次使用kit时，使用 18.2MΩ纯水溶解酶和 底物，延瓶内壁缓缓加 入水，轻轻摇晃使其溶 解，不要剧烈，尽量避 免产生气泡 •试剂舱若长期未使用， 请重新清洗，并待完全 干燥后再使用
试剂存放
把试剂加入试剂舱
• 根据每次实验的样品，按软件给出的需要试 剂的体积分别加入到试剂舱中，加入试剂时 注意：把试剂舱的标签面对自己，按下图所 示的孔位置加入，千万不能加错位置。
传统方法——表型测试
– 需要培养 – 耗时长 – 受环境的影响，变数多 – 判断困难，有时需倚仗经验，有主观性 – 有一些微生物培养上很复杂，难以鉴定
分子方法
无需培养 快速准确 即便是死样本也可以进行分型
PyroMark ID：Approach
确定研究对象及相关种群
寻找特征 ⁄ 差异基因
In Combination with QPCR
General Fungal typing
Pyrosequencing
Viral typing
Antibiotic resistance
Species specific assays
Sub-Species specific assays
Conventional vs Molecular methods
16S rRNA, 18S, 23S
rnpB rpoB inlB
Assay Design Software：在目标基因的保守区设计PCR及测序引物 焦磷酸法测定可变区序列 IdentiFire Software：与数据库比对，确定分型结果
Workflow
样品收集/培养
DNA制备 PCR扩增
Pyrosequencing™ Technology
- PyroMarkTM ID DNA分析系统
Jiabing Cao Application Department Gene Company Ltd
2013-7-10
Biosystems head office in Uppsala, Sweden
Thanks a lot!
Jiabing Cao Application Department Gene Company Ltd
2013-7-10
Pyrosequencing 技术的流程
C/T T/T
结果分析
实验设计 Pyrosequencing 序列分析 试样预处理， 获得单链模板
PCR
1-2h /96 samper
SNP: 10min/96 samper SQA:35 min/96 samper 15 min/96 samper
PCR Reaction
属内相似种的鉴定
分支杆菌由于其生长缓慢,以及许多品种间表型 相似，常规表型鉴定的手段很难来鉴定其中许 多种。
• 16S rRNA & rnpB gene used for typing • rpoB gene used for Rifampicin resistance analysis
微生物抗药性分析
分离纯化单链－设备
• 真空泵 • 废液缸 • 工作台
– 配有真空计 – 真空开关 – 五个水槽位置 – 两个反应板位置
• Vacuum Prep Tool
– Filter probes re-usable at least 100 times
Vacuum Prep Workstation
分离纯化单链
10 min 30 min – 2 hrs
单链模板制备
15 min 40 min
Pyrosequencing
数据库搜索/结果比对 鉴定与分型结果
1 min/sample
细菌综合分型
16S rRNA gene是细菌分型中使用最为广泛的
目标基因
对16S rRNA gene可变区V1和V3进行扩增后 用焦磷酸法测序 PCR 及测序引物则设计在两侧的保守区中
PPi
time
ATP
Pyrogram™
每次向反应体系中加入一种dNTP 相应位置的峰代表该种dNTP的掺入情况 峰高与掺入的核苷酸数量成正比 多余的dNTP在加入下一种dNTP前就被降解
C
G
TT
CC
A
CC
T
Pyrosequencing焦磷酸测序技术的特点
唯一得到定量序列结果的技术 极高的准确性 Built-In QC 重现性极佳 通用型技术平台 功能多样，应用领域极广 可以用于任何遗传多态性的分析 甲基化研究的最佳平台 高通量、低成本的快速临床微生物诊断 实验设计灵活 自动化程度高，操作简单 As easy as PCR， as reliable as sequencing 强大的技术支持
After run
• 立即清洗试剂舱，清洗得当的情况下，可以 重复使用20次，在试剂舱标出使用的次数 • 如果两周以上不会再使用仪器的话，则关闭 仪器，否则的话，使仪器保持打开状态（关 机时注意：先通过软件关机，再关闭仪器上 的电源） • 退出PyroMarkTM ID软件 • 如实验中有液体溅出，请清洁仪器
Rifampicin（利福平）——mutations in the rpoB gene Isoniazide（异烟肼）——mutations in the katG gene Fluoroquinolones（对苯二酚）——gyrA Linezolide(利奈锉氨 ) resistance mutations in
Thanks a lot!
Jiabing Cao Application Department Gene Company Ltd
2013-7-10
2013-7-10
Pyrosequencing在微生物领域的应用
Genus specific classification
General Bacterial typing
The reagents quencing 测序反应
• 打开仪器，仪器需要预热90min，所以应早点打开 • 打开电脑和软件 • 设定SNP entry，设定的是所分析的序列信息 （SNP Simples Entries New Entry ) • 设定SNP Run，设定本次反应的信息，如反应孔以 及反应每孔的样品（SNP SNP Run New SNP Run) • 把经过试样预处理的PSQ96板放置在仪器上，把加 好试剂的试剂舱放置在仪器上，试剂舱放置时应把 有标签的一面对外 • 测序反应
• PCR产物长度，最好在200bp以内 • PCR Primer之一标记生物素，使用HPLC纯的生物 素标记引物 • 生物素标记的引物量不要过多（10pmol in 50uL PCR reaction） ，否则会干扰结果 • 50uL体系，做50个循环，一般建议10ng Genomic DNA • 可以在agarose胶上检测PCR产物，需要得到单一、 较强的条带
PyroMark Platform
Vacuum prep workstation Instrumentation
Reagent Kits
IdentiFire Software Assay Design Software
Software
PyrosequencingTM technology
light
PyroMarkTM ID SNP software
SNP Entry
• 用户建立SNP/突 变序列数据库 • 输入待分析的序列， 如： A/GGGCAGATC CTTG……. • 软件自动计算各种 基因型的理论结果
Set up a run
During the run
Quality assessed data