NCBI中Blast序列比对小总结
Blast分析报告
Blast分析报告引言Blast（Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的生物信息学工具，用于比对和比较生物序列。
本报告旨在分析和解释Blast结果，帮助读者理解序列的相似性和演化关系。
方法为了进行Blast分析，首先需要准备两个序列：查询序列和参考序列。
查询序列是我们要研究的序列，而参考序列是已知的序列。
Blast会将查询序列与参考序列进行比对，并计算序列之间的相似性。
在本次分析中，我们使用了NCBI（National Center for Biotechnology Information）提供的在线Blast工具。
具体的分析步骤如下：1.登录NCBI网站并进入Blast页面。
2.将查询序列输入到指定的文本框中。
3.选择参考序列数据库。
4.点击“运行Blast”按钮，等待分析结果。
结果经过Blast分析，我们获得了以下结果：1.序列相似性分析：Blast会将查询序列与参考序列进行比对，并计算序列之间的相似性。
结果以百分比的形式表示相似度。
较高的相似度表明序列之间有较高的共同点。
2.演化关系分析：Blast还可以帮助我们了解序列之间的演化关系。
通过比较序列中的保守区域和变异区域，我们可以推断序列的起源和演化路径。
讨论根据Blast分析结果，我们可以得出以下结论：1.查询序列与参考序列的相似性较高。
根据相似性百分比可以判断两个序列之间的关系，例如亲缘关系或功能相似性。
2.查询序列可能与参考序列在演化上存在一定的共同点。
通过比较序列中的保守区域和变异区域，我们可以推断序列的起源和演化路径。
3.查询序列与参考序列之间的差异可能与物种间的差异相关。
通过进一步的分析，可以探究这些差异对生物体功能的影响。
结论本次Blast分析报告旨在帮助读者理解序列的相似性和演化关系。
通过Blast工具，我们可以快速准确地比对和比较生物序列。
通过对结果的分析，我们可以推断序列的起源和演化路径，并进一步探究序列间的差异对生物体功能的影响。
如何看懂NCBIBLAST输出结果
如何看懂NCBIBLAST输出结果NCBI BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于比较生物序列之间的相似性的工具。
BLAST将一个查询序列与一个目标数据库中的序列进行比对，并输出比对结果。
下面将介绍如何看懂NCBI BLAST输出结果。
BLAST报告的不同部分提供了关于比对结果的详细信息。
以下是BLAST输出结果中的重要部分：1.查询信息：在输出结果的第一部分，会显示关于查询序列的信息，如查询序列的名称、长度以及描述。
这些信息可以帮助确认你是否正确提交了查询序列。
2.数据库信息：在查询信息的下方，输出结果会提供关于目标数据库的信息，包括数据库的名称、大小以及参与比对的序列数目。
这些信息可以帮助你了解比对参考的范围和样本数目。
3.参数信息：BLAST在进行比对时使用了一系列的参数，这些参数可以影响比对的灵敏度和特异性。
输出结果会显示用于比对的参数信息，包括比对算法、匹配得分、不匹配得分、开始扣分以及扩展扣分等。
这些参数提供了对比对结果的解释依据。
4.结果摘要：在参数信息的下方，会显示一个结果摘要表，提供了与查询序列最相似的多个数据库序列的信息。
这些信息包括数据库序列的名称、长度、比对得分以及比对的e值。
e值是一个表示比对结果的统计显著性的指标，越小表示比对结果越显著。
这些信息可以帮助你快速了解最相关的序列。
5.序列比对信息：在结果摘要之后，会显示每个比对的详细信息。
比对信息包括目标序列的名称和描述、比对长度、匹配得分、比对得分、e值以及比对图形。
比对图形以垂直线表示查询和目标序列之间的匹配，帮助你在比对中可视化相似区域。
6.比对统计信息：在序列比对信息之后，会显示比对的统计信息。
这些统计信息包括查询序列的覆盖率、比对序列的覆盖率以及总体比对得分。
这些信息对比对结果的解释和评估非常重要。
7.结果解释：在比对统计信息之后，会提供进一步解释和分析比对结果的信息。
如何看懂NCBIBLAST输出结果
如何看懂N C B I B L A S T输出结果公司内部档案编码：[OPPTR-OPPT28-OPPTL98-OPPNN08]如何看懂NCBI BLAST输出结果??2010-11-13 10:38:11|??分类：生物信息分析 |??标签：blast?? |字号大中小?订阅本文转自：???? 写在解读报告之前的，首先就使用Blast最终的目的是什么达成一致，Blast是通过两两比对，找到数据库中与输入序列最相似的序列，或者说是最相似的序列片段。
那么我们看比对结果就是看Blast从数据库中找到哪些相似的序列，然后就是如何相似，这些相似又可以告诉我们哪些信息等。
当然Blast可以衍生出许多的用途，但都是建立在找到相似性序列（片段）的基础上的。
最新的BLAST结果报告解读，本文以BLASTP为例子，说明如何来解读BLAST结果。
示例BLAST地址：&BLAST_PROGRAMS=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&L INK_LOC=blasthome比对用的例子：>gi||ref|| ribosomal protein L21 [Rattus norvegicus] MTNTKGKRRGTRYMFSRPFRKHGVVPLATYMRIYKKGDIVDIKGMGTVQKGMPHKCYHGKTGR VYNVTQH AVGIIVNKQVKGKILAKRINVRIEHIKHSKSRDSFLKRVKENDQKKKEAKEKGTWVQLNGQPA PPREAHFVRTNGKEPELLEPIPYEFMA数据选择：nr比对时间：2009年9月9日12:46:23解读报告前需要掌握的概念：alignments 代表比对上的两个序列hits 表示两个序列比对上的片段Score 比对得分，如果序列匹配上得分，不一样，减分，分值越高，两个序列相似性越高E Value 值越小，越可信，相对的一个统计值。
本地blast使用实验报告
本地blast使用实验报告本实验旨在通过使用本地blast工具对数据库中的序列进行比对分析，掌握本地blast的使用方法，并了解其在生物信息学研究中的应用。
实验材料与方法：（1）实验软件：本地blast软件（如ncbi-blast）（2）实验数据：需要进行比对分析的目标序列和数据库序列（3）实验步骤：a. 下载并安装本地blast软件。
b. 准备数据库序列和目标序列。
c. 使用blast程序对目标序列进行比对分析。
d. 获取比对结果并进行进一步分析和解释。
实验结果与分析：本地blast分析结果包括比对的得分、相似性、长度、E值等信息。
通过比对结果可以判断目标序列与数据库序列的相似程度，进一步了解目标序列在数据库中的亲缘关系与功能。
实验使用的本地blast软件可以通过指定不同的参数来调整比对的灵敏度和特异性。
一般而言，较低的E值和较高的比对得分可以表示目标序列与数据库序列的相似性较高。
另外，本地blast还可用于快速比对分析大规模的基因组和转录组数据。
通过本地blast，可以鉴定同源基因、预测新的基因家族、进行基因功能注释、分析遗传变异等。
本地blast的使用还需要注意以下几点：（1）数据库的选择：不同的数据库适用于不同的研究目的，需要根据实验的需求选择合适的数据库。
（2）参数设置：根据需要调整比对的灵敏度和特异性，以获得最佳的比对结果。
（3）结果解释：通过对比对结果的分析解释，了解目标序列的功能和进化关系。
实验结论：本地blast是一种常用的序列比对工具，通过比对目标序列与数据库序列，可以研究序列的相似性、亲缘关系和功能等。
本地blast的使用可以帮助生物信息学研究者进行基因家族预测、功能注释、遗传变异分析等研究工作，对于生物信息学的研究和应用具有重要的意义。
然而，本地blast也存在一些局限性，包括计算资源需求高、数据库维护与更新等问题。
因此，在使用本地blast进行分析时，需要根据实验的需求和条件，合理选择适当的数据库和参数设置，以获得准确、可靠的分析结果。
使用 NCBI 查找DNA引物设计BLAST序列比对
最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
NCBIBLAST比对结果详细分析
NCBI BLAST比对结果详细分析
NCBI Blast结果-菜单与基本信息 1.下一步操作的菜单，你可以调整参数，重新比对、保存你的搜索条件以便下次比对、调整报告显示的参数，
以更符合你的要求、下载你比对的结果; 2.此次比对的标题，优先是你填写的，如果没有填写可能是你输入fasta序列头(大于号后面的)，如果这个也没 有找到，NCBI 会自动生成一个; 3.你输入序列的信息，包括标识号、描述信息、类型、长度; 4.数据库的信息以及你选择的Blast程序; 5.查看其他报告，比如摘要、分类、距离树、结构、多重比对等。 Graphic Summary
Alignments 比对详细信息
1.比对上的序列信息;
2.比对的各种得分，这里不做一一说明，这里我最关注的是Identities，比对上(一致)的数字、一共有多少个，比 对上所占的比例。
3.具体的比对序列显示，一目了然，知道了哪些序列比对上了，哪些序列是不一样的，这里也要注意序列的位 置关系;
5.复选框，可以选择感兴趣的比对序列，在⑥处进行相应的操作;
BLAST地址： blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome 比对用的例子：
>gi|16758036|ref|NP_445782.1| ribosomal protein L21 [Rattus norvegicus] MTNTKGKRRGTRYMFSRPFRKHGVVPLATYMRIYKKGDIVDIKGMGTVQKGMPHKCYHGKTGRVYNVTQH AVGIIVNKQVKGKILAKRINVRIEHIKHSKSRDSFLKRVKENDQKKKEAKEKGTWVQLNGQPAPPREAHF VRTNGKEPELLEPIPYEFMA 数据选择：nr 比对时间：2009年9月9日12:46:23 解读报告前需要掌握的概念
Blast分析报告
Blast分析报告1. 简介Blast（Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的生物信息学工具，用于比对和对比两个或多个生物序列。
它可以帮助研究人员在生物信息学研究中进行序列比对、寻找同源序列以及进行功能注释等工作。
本文将引导您详细了解和使用Blast进行分析。
2. 安装和配置Blast软件首先，您需要从NCBI（National Center for Biotechnology Information）官方网站下载并安装Blast软件。
一旦安装完成，您需要设置Blast的环境变量，以便在命令行中能够直接调用Blast命令。
3. 准备序列数据在进行Blast分析之前，您需要准备好待比对的序列数据。
这些序列可以是蛋白质序列或核酸序列，可以从NCBI数据库或其他来源获取。
确保您已经将这些序列保存在合适的文件中，并准备好进行分析。
4. 运行Blast分析接下来，您将使用命令行界面来运行Blast进行分析。
以下是一个基本的Blast命令示例：blastn -query query.fasta -db database.fasta -out result.txt在这个示例中，blastn表示您要运行的Blast程序，query.fasta是您的查询序列文件，database.fasta是您的数据库文件，result.txt是结果输出文件。
您可以根据需要调整Blast命令的参数，例如，您可以指定比对算法、设置阈值、选择输出格式等。
详细的命令选项和参数可以通过blastn -help命令来查看。
5. 解读Blast结果当Blast分析完成后，您将获得一个结果文件，其中包含了比对结果的详细信息。
您可以使用文本编辑器或其他工具打开这个结果文件，并解读其中的内容。
在结果文件中，您将看到每个查询序列和数据库序列的比对结果，包括比对得分、相似度、匹配位置等信息。
根据这些信息，您可以判断查询序列与数据库序列之间的关系，进一步分析和解释结果。
blast 比对结果 解读
一、介绍blast比对技术blast比对技术是一种广泛应用于生物信息学领域的比对工具，能够对生物序列进行快速的比对和分析。
其基本原理是通过计算目标序列与已知序列的相似性，从而寻找可能的同源序列或者功能相似的序列。
blast比对技术被广泛应用于基因组学、蛋白质组学、转录组学等领域，是解析生物学序列和进行生物信息学分析的重要工具之一。
在进行blast比对分析时，我们通常会得到比对结果文件，下面将介绍如何解读blast比对结果。
二、blast比对结果格式blast比对结果一般以文本文件形式输出，包括多个字段，如query序列ID、subject序列ID、比对得分、相似度等信息。
以下是一个典型的blast比对结果的示例：Query_1 Subject_1 Score_1 Identity_1Query_2 Subject_2 Score_2 Identity_2Query_3 Subject_3 Score_3 Identity_3其中，Query表示查询序列的ID，Subject表示目标序列的ID，Score表示比对得分，Identity表示相似度。
根据这些信息，我们可以对比对结果进行解读和分析。
三、解读比对得分比对得分是比对结果中最重要的指标之一，在blast比对中常使用的得分算法包括bit-score和E-value。
bit-score是描述两条序列之间相似程度的一个数值，数值越大表示两条序列越相似。
E-value是指在随机情况下，得到某个比对得分的概率，E-value越小表示比对结果越显著。
通过分析比对得分，我们可以对比对结果的可靠性和显著性进行评估。
四、分析比对相似度相似度是描述两条序列之间相似程度的指标，通常以百分比形式呈现。
在blast比对结果中，相似度一般指两条序列之间的同义突变和插入缺失事件的比例。
较高的相似度通常说明两条序列具有较高的同源性，反之则说明两条序列差异较大。
通过分析比对相似度，我们可以判断查询序列与目标序列之间的同源关系。
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NCBI中Blast可以用来进行序列比对、检验引物特异性Blast导航主页面主体包括三部分
BLAST Assembled Genomes选择你要对比的物种，点击物种之后即可进入对比页面Basic BLAST包含5个常用的Blast，每一个都附有简单介绍
Specialized BLAST是一些特殊目的的Blast，如Primer-BLAST、IgBLAST
根据需要做出选择
本学期学习了最基本的核苷酸序列的比对
点击Basic BLAST部分的nucleotide链接到一个新的页面，打开后的页面特征：
大体上包括三个部分
Enter Query Sequence部分可以让我们输入序列，其中的Job Title部分可以为本次工作命一个名字
Choose Search Set部分可以选择要与目的序列比对的物种或序列种类。
其中的Entrez Query可以对比对结果进行适当的限制。
Program Selection部分可以选择本次对比的精确度，种内种间等等。
其次Blast按钮下面有一个“Algorithm parameters”算法参数，可设置参数。
点击Blast后，出现的页面大体上包括四个部分
一．所询问和比对序列的简单信息
1．询问序列的简单信息——名称、描述、分子类型、序列长度
2．所比对数据库的名称、描述和所用程序
二．Graphic Summary——blast结果图形显示
相似度颜色图（黑、蓝、绿、粉红、红，相似度由低到高）三．Descriptions——blast结果描述区
1．到其他数据库的链接
2．描述以表格的形式呈现（以匹配分值从大到小排序）
(1)Accession下程序比对的序列名称，点击相应的可以进入更为详细的map viewer
(2)Descriptions下是对所比对序列的简单描述
接下来是5个结果数值：
(3)Max score匹配分值，点击可进入第四部分相应序列的blast的详细比对结果
(4)Total score总体分值
(5)Query coverage覆盖率
(6)E value——E（Expect）值，表示随机匹配的可能性。
E值越大，随机匹配的可能性也越大。
E值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了。
(7)Max ident——匹配一致性，即匹配上的碱基数占总序列长的百分数。
(8)Links——到其他数据库的链接。
四．各序列blast的详细比对结果
数据库中不同序列比对的详细结果，每一个结果大体上包括3部分
1.所比对序列的名称、简单描述、长度。
到其他数据库的链接。
2.比对结果的5个数值：
(1)score打分矩阵计算出来的值，由搜索算法决定的，值越大说明询问序列跟目标序列匹配程度越大
(2)Expect是输入序列被随机搜索出来的概率，该值越小越好。
(3)Identities是相似程度，即输入序列和搜索到序列的匹配率
(4)Gaps就是空白,即比对序列只有一条链上有碱基
(5)strand=plus/minus即询问序列和数据库里面序列的互补链匹配
3．输入序列和库中对比到的序列每个碱基的详细对比。