药物分子设计基础论文
药物分子设计
药物分子设计药物分子设计是一门综合性学科，旨在通过合理设计和精确模拟，研发出具有特定疗效的药物分子。
随着科技的不断进步，药物分子设计逐渐应用于药物研发的各个环节，为疾病治疗提供了新的思路和方法。
一、药物分子设计的意义药物分子设计在药物研发过程中起到关键的作用。
通过分子级别的设计和模拟，可以更好地理解药物与靶点的相互作用机制，从而优化药物的活性、选择性和安全性。
药物分子设计还可以加速药物的研发过程，节约时间和成本，提高药物的成功率。
二、药物分子设计的方法1. 靶标骨架设计：药物的有效性通过与特定的靶标相互作用来实现。
靶标骨架设计是药物分子设计的基础，通过利用已有的结构信息和药物数据库，确定合适的靶标骨架结构，为后续的设计提供参考。
2. 分子模拟技术：分子模拟是药物分子设计的核心技术之一。
通过计算机模拟分子的结构和性质，可以评估药物与靶标之间的相互作用、药物分子在生物体内的代谢和药效等。
常用的分子模拟方法包括分子对接、分子动力学模拟、量子化学计算等。
3. 结构基因组学：结构基因组学是一种高通量的药物分子设计方法。
通过快速从大规模的结构数据库中筛选出具有潜在生物活性的化合物，并对其进行进一步的优化。
结构基因组学在药物研发中具有重要的应用价值，可以大大缩短研发时间和降低成本。
三、药物分子设计的挑战药物分子设计虽然具有很大的潜力，但也面临着一些挑战。
首先，药物分子设计需要深入了解药物与靶点之间的相互作用机制，这需要大量的实验和理论研究工作。
其次，药物分子设计还需要充分考虑药物的生物活性、代谢动力学、药物相互作用等多个因素，这对药物研发人员的综合素质提出了较高的要求。
四、药物分子设计的应用前景药物分子设计在药物研发领域有着广阔的应用前景。
它可以用于开发新药、优化已有药物的性能、预测药物的代谢和药效，并为个体化药物治疗提供支持。
随着计算机技术和生物技术的不断进步，药物分子设计将在药物研发中发挥越来越重要的作用，为医学进步和人类健康做出更大的贡献。
新药研发中的分子设计与构建
新药研发中的分子设计与构建在当今医药领域，新药研发一直是热门话题。
随着科技的不断发展，研究人员们可以更加深入地理解分子层面的生物学过程，并开展分子级别的设计和构建工作，为新药的研发提供更加精确、高效的途径。
本文将从分子设计和构建两个角度出发，探讨新药研发中这两个关键环节的研究现状和未来发展方向。
一、分子设计分子设计是新药研发中的重要环节之一，其目的是利用计算机模拟等方法，设计出具有特定生物活性的药物分子。
针对目标疾病的生物学机制及其分子靶点，研究人员可以通过设计和合成一系列的候选分子，以寻找最优的筛选目标药物。
而分子设计的核心是合理构建分子的结构，包括分子的形状、空间构型、分子之间的相互作用等。
分子设计的方法多种多样，其中比较常用的有基于结构的药物设计（SBDD）和基于配体的药物设计（LBDD）两种。
前者通过解析药物分子与靶点之间的结构相互作用，从而优化药物分子的结构以增强其与靶点之间的相互作用；后者则是基于候选药物分子与靶点的结合性质，设计出新的分子结构。
随着计算机技术的不断发展，结构生物学成为分子设计中不可或缺的一部分。
通过解析目标蛋白质的三维结构，并运用计算机算法进行分析，研究人员可以预测药物分子与蛋白质靶点之间的相互作用，从而优化目标药物的结构。
此外，有机合成也是分子设计中的重要环节。
在分子设计的过程中，有机化学合成技术可以为合成大量化合物提供技术支持，研究人员通过多步反应，合成目标药物分子所需要的化合物。
但是，分子设计存在着一定的局限性。
例如，在设计复杂的分子时，分子内部构造的复杂性可能导致计算机模拟的困难性；另外，分子内部的结构与生物活性之间并不总是完全相关，因此分子设计需要在一定程度上结合实验数据和经验。
二、构建分子库构建分子库是新药研发中的重要环节之一，其目的是构建一系列具有生物活性的化合物，以用于高通量筛选（HTS）和精细筛选(HCS)。
构建好的分子库往往是有机化合物的大规模合成产品，具有复杂的结构、多样的化学反应及多样性。
药物化学中的分子设计
药物化学中的分子设计药物化学是研究药物分子结构和性质的学科，它是药学、化学和生物学的交叉学科。
药物化学中的分子设计是在药物分子结构的基础上，通过计算机辅助设计和实验验证的方法，设计合成具有生物活性和药理学作用的分子。
一、药物化学分子设计的发展历程药物化学分子设计可以追溯到20世纪初，当时人们主要依靠实验方法来寻找具有生物活性和药理学作用的分子。
随着现代计算机的出现，科学家开始在计算机上模拟药物分子的结构，探索它们的物理性质和生物活性，这种方法被称为计算机辅助药物设计（CADD）。
20世纪50年代，药物化学家开展了对生物大分子（如蛋白质）结构的研究，他们发现药物分子能够与生物大分子相互作用，从而产生生物活性和药理学作用。
这一发现为药物化学分子设计提供了新的思路，即以生物大分子为靶点，设计药物分子。
21世纪初，人们已经发展出了许多种药物化学分子设计方法，如基于分子对接的虚拟筛选方法、基于分子模拟的分子设计方法、基于结构拟合的药物设计方法等。
二、药物化学分子设计的方法和技术1.计算机辅助药物设计（CADD）。
CADD是药物化学分子设计的核心技术之一，它可以通过计算机模拟分子的三维结构、预测分子的物理性质和生物活性，并提供优化药物分子的设计方案。
CADD一般分为四个步骤：分子建模、分子对接、分子模拟和分子优化。
2.药物靶点发现。
药物靶点是指对药物分子具有生物活性和药理学作用的生物大分子，包括酶、蛋白质、核酸等。
药物化学分子设计的目标是发现药物靶点，并设计出具有良好生物活性的药物分子。
药物靶点的发现主要依靠结构生物学方法，如晶体学、NMR等。
3.药物分子的构建。
药物分子的构建是药物化学分子设计的一个重要步骤，可以通过有机合成方法，将不同化合物进行化学反应，合成具有不同结构的分子。
药物分子的构建需要考虑化学反应的效率、产率和废弃物的生成等。
4.药物筛选和评价。
药物筛选和评价是药物化学分子设计的最后一步，旨在评价药物分子的生物活性和药理学作用。
药物分子的设计与研发
药物分子的设计与研发药物对我们的健康起着至关重要的作用。
随着医疗技术的不断发展，药物的形式越来越多样化，从传统的口服药、注射药，到现在的贴片、含片以及各种创新的药物递送系统。
药物分子的设计与研发是药物开发的核心部分，它们决定了药物的效果、安全性和稳定性。
本文将从药物分子的设计、药物研发中的关键技术以及药物研发的未来发展方向三个方面来探讨药物分子的设计与研发。
药物分子的设计药物分子的设计是药物研发过程中最为重要的环节之一。
它是指在目标疾病分子的结构上进行修改，以获得能有效地干预目标疾病分子的活性化合物。
而药物分子的设计则需要依赖药物设计师通过计算机辅助设计、探测、优化药物分子的三维结构，以最大程度地提高药物的生物活性和选择性，从而达到理想的药效。
药物分子的设计可以分为三个阶段，分别是：首先，根据疾病特点确定分子靶点，分析靶点结构，设计具有活性的分子结构。
其次是分子改良，利用计算机技术、化学合成技术、生物技术等多种手段对分子结构进行改良，以获得更理想的活性。
最后，通过大量的体外和体内实验来评价药物分子的活性和选择性，同时确定药物分子的毒性和代谢等作用。
药物研发中的关键技术药物研发中的关键技术包括分子模拟、合成化学、动物实验、临床试验等。
其中，分子模拟是药物分子设计的核心。
它通过计算机模拟药物分子和目标蛋白质分子之间的互作用，预测药物分子的生物活性、选择性和毒性等，从而提高药物研发效率。
合成化学则是药物研发的必要技术。
它通过化学合成新的分子结构及其5制备，并进行药物分子的改良和优化。
同时，合成化学还能够合成多种与药物有关的中间体，推动药物研发的进展。
动物实验是评价药物分子活性和毒性的重要手段。
通过动物实验，可以更加真实地模拟药物在人体中的相互作用，从而更加准确地预测药物的效果和安全性。
临床试验是药物研发的最后一步。
在临床阶段，医学专家将对药物在大规模人体试验中的效果、安全性、剂量、不良反应等多个指标进行评估，从而确定是否具有上市的资格。
药物分子设计的理论与方法
药物分子设计的理论与方法药物设计是通过对药物分子的化学结构和功能进行分析和设计，最终实现对某些疾病的治疗和预防。
现代药物设计是采用一系列的计算机辅助分子设计技术进行药物效应的分子模拟和分子优化，从而寻找合适的药物分子。
本文将分析药物分子设计的理论和方法，并深入探讨其中的关键技术和挑战。
众所周知，药物分子的效应与其分子结构密切相关，因此在药物设计过程中，首先要对药物分子的分子结构有一定的了解。
分子结构通常是指一个分子内部原子的排列、化学键的形成和原子之间的距离。
该结构以三维结构为基础，能够反映分子化学性质和生物活性等信息。
药物分子的设计主要利用现代计算机技术，通过高通量计算进行分子模拟和分子优化，来获取和设计药物分子的结构和功能。
分子模拟是药物分子设计的基础之一，它是通过对分子结构的计算机模拟来分析分子的动态过程和能量变化等。
分子模拟主要包括分子动力学模拟（MD）和分子构象搜索模拟（MCS）。
MD模拟可以模拟药物分子在不同的温度、压力、溶剂等条件下的分子动态，进而研究药物分子在生物系统中的行为和效应。
但是，MD模拟对计算资源要求较高，计算时间也较长。
而MCS模拟则可以用来搜索药物分子的不同构象，从而提取药物分子的构象信息和活性位点等重要信息。
分子优化是药物分子设计的关键技术之一，对各种分子进行结构优化和设计，从而提高其活性和选择性，减少一些副作用。
现代药物分子设计中，分子结构优化的主要方法有量子力学方法（QM），分子力场方法（MM）和半经验方法（SE）。
其中，QM方法建立了分子内部原子之间的相互作用和能量计算，可以比较精确的计算分子的电子结构和能量，但计算量较大，需要高性能计算机的支持。
MM方法把分子中的相互作用都归结为简单的力场形式，可对大分子系统进行优化，但对各种化学键的作用比较简单，所以准确度不够高。
SE方法则是介于QM和MM方法之间，它既考虑了电子相关的贡献，又以相互作用势能函数来描述分子间的相互作用。
药物研发的分子设计
药物研发的分子设计药物研发是目前医药行业最重要的领域之一。
其中分子设计作为药物研发的核心过程，对于药物的发现和开发具有非常重要的意义。
在分子设计领域，许多化学家致力于寻找新的药物分子，来满足日益复杂的疾病治疗需求。
本文将介绍药物研发的分子设计，并探讨分子设计在药物研发中的作用和发展。
1. 药物研发的分子设计概述药物研发的分子设计包括药物的发现、优化等过程。
其中发现过程是寻找全新的药物分子，并进行初步的优化，而优化过程则是对发现药物的进一步改良与优化。
通过合理的分子设计，研究人员可以针对特定的疾病目标，优化药物分子的药效、安全性等方面，从而使药物能够更好地实现治疗效果。
在药物研发中，化学家们通过分子设计来寻找新的药物分子。
其中分子设计的方法包括分子对接、药效团设计、分子可视化和计算机模拟等技术。
这些技术可以使研究人员更好地了解分子之间的相互作用，从而更好地进行分子设计。
2. 分子设计在药物研发中的作用分子设计在药物研发中发挥了重要的作用。
首先，通过药物研发中的分子设计，化学家们可以创造新的药物分子来治疗当前难以治愈的疾病。
其次，分子设计帮助化学家们在药物研发过程中更好地理解药物分子与生物体系之间的相互作用，从而更好地评估药物的药效和安全性。
此外，分子设计还可以帮助药物研发人员更好地优化已有的药物分子，从而降低药物的副作用，提高药物的疗效和安全性。
3. 分子设计在药物研发中的发展随着科技的发展，分子设计在药物研发中的应用也在不断发展。
其中分子对接技术是分子设计的一项重要技术。
分子对接技术可以预测特定分子与靶标分子之间的相互作用，并进一步优化分子的药效和安全性。
此外，随着药物研发过程中分子复杂度的不断提高，分子设计人员也在探索新的药物研发技术，例如结构基准设计和机器学习等技术，从而能够更好地满足药物研发的需求。
4. 结语通过药物研发中的分子设计，化学家们可以创造出新的药物分子，从而更好地满足日益复杂的疾病治疗需求。
生物医学中的药物分子设计
生物医学中的药物分子设计药物分子设计作为一项重要领域，已成为了医学研究和发展的重要组成部分。
药物分子设计可以被定义为一种利用化学结构设计来制定具有所需生物活性的化合物的过程。
早在20世纪初期，药物分子设计就已经开发出了一些最基本的技术，但到了21世纪，随着科技的飞速发展，药物分子设计也得以迅速发展，在医学领域中发挥着越来越重要的作用。
在药物分子设计中，药物分子结构的设计和优化是非常重要的。
药物分子设计师需要根据目标分子的化学结构来设计出最佳的药物分子结构。
然而，这项工作并不容易，因为药物分子设计师需要考虑到并解决许多复杂的问题。
首先，药物分子设计师需要理解目标分子和药物分子之间的相互作用，以便设计出能够更有效地与目标分子结合的药物。
这个过程需要了解目标分子的化学结构和生理特征，从而确定合适的药物分子结构。
此外，药物分子设计师还需要考虑药物的毒性和副作用问题。
第二，药物分子的设计需要使用计算机模拟技术，以便快速评估和比较各种药物分子结构的效果。
这个过程需要使用许多强大的软件工具来构建和优化设计的化合物，包括分子对接软件、药物分子的机械力学计算、分子动力学模拟等。
最后，在药物分子设计中，还必须考虑化学合成和制造的成本和可行性问题。
化学合成和制造的成本和可行性直接影响药物分子的开发和应用。
正确估计化学合成过程的成本和可行性，有助于确保药物分子的成功开发和应用。
药物分子设计在从药物发现到药物开发的各个方面都发挥着重要作用。
通过药物分子设计，我们能够更好地理解药物分子与目标分子之间的作用关系，并设计出更加有效的治疗方法。
这不仅有助于加速新药的开发过程，还能帮助提高药物的疗效，并减少患者的副作用。
总之，药物分子设计是一个既困难又复杂的工作，需要科学家们付出极大的努力。
但随着各种现代技术的发展和不断的研究，药物分子设计未来将继续成为生物医学领域中的一个重要组成部分，为人类健康事业贡献更大的力量。
药物设计的分子基础
药物设计的分子基础药物设计是一门综合性学科，涉及化学、生物学、药理学等多个学科领域，旨在设计和合成具有特定生物活性的化合物，用于治疗疾病。
药物设计的核心在于找到药物与靶点之间的相互作用，而这种相互作用的基础则是药物分子的结构。
药物设计的分子基础主要包括药物分子的构象、亲和性、电荷分布等方面，下面将对药物设计的分子基础进行详细介绍。
一、药物分子的构象药物分子的构象是指药物分子在空间中的排布方式，包括键角、键长、二面角等参数。
药物分子的构象对其生物活性具有重要影响，不同构象的药物分子与靶点的结合方式和亲和性也会有所不同。
因此，在药物设计过程中，需要对药物分子的构象进行合理设计和优化，以提高药物的生物活性和药效。
二、药物分子的亲和性药物分子与靶点之间的相互作用是通过分子间的亲和性实现的。
药物分子的亲和性取决于其与靶点之间的相互作用力，如范德华力、静电作用、氢键等。
通过调控药物分子的结构和功能团，可以增强药物与靶点之间的亲和性，从而提高药物的活性和选择性。
三、药物分子的电荷分布药物分子的电荷分布对其在生物体内的代谢、吸收和分布等过程具有重要影响。
药物分子通常会在生物体内发生电离平衡，形成带电荷的分子。
药物分子的电荷分布会影响其与靶点的结合方式和亲和性，因此在药物设计过程中需要考虑药物分子的电荷分布情况，以提高药物的生物利用度和药效。
四、药物分子的立体结构药物分子的立体结构是指药物分子的空间排布方式和立体构型。
药物分子的立体结构对其与靶点的结合方式和亲和性具有重要影响，不同的立体异构体可能具有不同的生物活性。
因此，在药物设计过程中，需要对药物分子的立体结构进行精确控制和调控，以提高药物的活性和选择性。
五、药物分子的药代动力学性质药物分子的药代动力学性质包括溶解度、脂溶性、稳定性等参数。
这些性质直接影响药物在体内的吸收、分布、代谢和排泄过程，进而影响药物的药效和毒性。
在药物设计过程中，需要综合考虑药物分子的药代动力学性质，以提高药物的生物利用度和安全性。
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药物分子设计的基本学识论文摘要近些年来，各种各样的新型疾病依次出现。
因此，寻找可以治愈这些疾病的药物对人们来说至关重要。
随着分子生物学和药物化学的发展，药物设计进入了理性阶段，其中药物分子设计是目前新药发现的主要方向。
它是依据生物化学、酶学、分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果，针对这些基础研究中所揭示的包括酶、受体、离子通道及核酸等潜在的药物设计靶点，并参考其它类源性配体或天然产物的化学结构特征，设计出合理的药物分子。
本文介绍了几种药物设计的方法。
关键词：药物；分子设计；靶点。
ABSTRACTIn recent years a variety of new disease appeared in turn. Therefore, looking for drugs that c an cure the disease to people is very important. With the development of molecular biology and pharmaceutical chemistry, entered the stage of rational drug design of drug molecular design is t he main direction of drug discovery. It is on the basis of biochemistry, enzymology, molecular biol ogy and genetics biological scientific research achievements, such as iron to these basic research reveals the including enzyme, receptors, ion channels and nucleic acids such as potential targets f or drug design, and refer to other types of source sex ligand or chemical structure characteristics of natural products, design a reasonable drug molecules. Original meaning, this paper introduces several kinds of drug design methods. Keywords: drugs; Molecular design; Targets.一.药物分子生物学重点。
1.分子生物学：是在分子水平研究生命现象的科学，是现代生命科学的共同语言。
核心内容是通过生物的物质基础——核酸、蛋白质、酶等生物大分子的结构、功能及其相互作用等运动规律的研究来阐明生命分子基础，从而探讨生命的奥秘。
2.药学分子生物学：由于分子生物学的新理论、新技术渗入到药学研究领域，从而使药物学研究以化学、药学的培养模式转化为以生命科学、药学和化学相结合的新药模式。
3.分子生物学的主要研究对象：核酸、蛋白质、酶等生物大分子的结构、功能及相互作用。
4.分子生物学在医药工业中的应用：①DNA重组技术与新药研究②药物基因组学、药物蛋白质组学与现代药物研究③药物蛋白质组学是基因、蛋白质、疾病三者相连的桥二.药物设计的发展1．药物设计是随着药物化学学科的诞生相应出现的。
早在20世纪20年代以前，就开始进行天然有效成分的结构改造。
直到1932年，欧兰梅耶发表了将有机化学的电子等排原理和环状结构等价概念用于药物设计，首次出现具有理论性的药物分子结构的修饰工作。
随后，药物作用的受体理论、生化机制、药物在体内转运等药物设计的理论不断出现。
在60年代初出现了构效关系的定量研究，1964年汉希和藤田稔夫提出定量构效关系的汉希分析。
药物设计开始由定性进入定量研究阶段，为定量药物设计奠定理论和实践基础。
药物设计逐渐形成一门独立的分支学科。
70年代以后药物设计开始综合运用药物化学、分子生物学、量子化学、统计数学基础理论和当代科学技术以及电子计算机等手段，开辟了药物设计新局面。
随着分子生物学的进展，对酶与受体的理解更趋深入，对有些酶的性质、酶反应历程、药物与酶复合物的精细结构得到阐明，模拟与受体相结合的药物活性构象的计算机分子图像技术在新药研究中已取得可喜的成果。
运用这些新技术，从生化和受体两方面进行药物设计是新药设计的趋向。
2.传统药物设计从总体上来讲，缺乏成熟完善的发现途径，具有很大的盲目性，一般平均要筛选10000种以上的化合物才能得到一种新药，因此开发效率很低。
随着计算机技术及计算化学、分子生物学和药物化学的发展，药物设计进入了理性阶段，其中药物分子设计是目前新药发现的主要方向。
它是依据生物化学、酶学、分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果，针对这些基础研究中所揭示的包括酶、受体、离子通道及核酸等潜在的药物设计靶点，并参考其它类源性配体或天然产物的化学结构特征，设计出合理的药物分子。
运用计算机模拟来进行新药的分子结构设计主要有三种方法：分子对接设计、遗传算法以及计算机辅助三．分子设计方法1原理以及分类分子对接的原理是互补匹配原理，就是将配体分子放置于受体的活性位点处，寻找其合理的取向和构象。
在分子对接过程中要特别注意考虑的问题有配体与受体如何匹配，如何确定最佳匹配，如何实现最佳匹配。
其中根据分子对接在药物设计中的用途可将分子对接分为两类，一类是细致对接，它主要用于改造或设计配体分子，对精度要求较高，如考虑较多的分子柔性、溶剂作用等，有时还需要对亲和性作出估计，对速度的要求不很严格，一次对接计算机通常是在几个小时内完成；另一类是粗略对接，它主要用于对化合物数据库的筛选，从中找出可能与受体结合的化合物，对于速度的要求较高，对接时计算机必须以很快的速度完成对单个小分子的对接，因此导致对接精度不高。
根据对接时计算量的简化程度可以将分子对接分为刚性对接、半柔性对接和柔性对接。
刚性对接是指在对接过程中，研究体系的构象不发生变化，只考虑配体分子在受体活性位点处的位置和取向，适合用于考察比较大的体系，计算较为粗略，原理较为简单；半柔性对接是指在对接过程中，研究体系尤其是配体的构象允许在一定程度内变化，比如考虑配体的可旋转键的变化等，适合用于处理小分子和大分子之间的对接，其中小分子的构象可以发生变化而大分子则不可以，其计算效率较高；柔性对接是指在对接过程中，同时考虑受体和配体的柔性信息，即研究体系的构象基本是可以自由变化的，一般用于精确考察分子之间的识别情况，但是需要耗费较长的计算时间。
根据对接时配体分子的结构可分为两种，一种是整体分子对接方法，是指运用一种特定搜索算法考察配体分子在受体结合部位的能谱，并找出对应于给定评分函数的最优结合方式，其中有代表性的软件有DOCK3．5，Auto dock；另一种是基于片段的分子对接方法，是将配体分子视为若干个结构片段的集合，先将其中一个或数个基本片段放入受体结合口袋，然后在活性部位构建分子的其余部分，最终得到理论上最优的结合方式，其中有代表性的软件是DOCK4，DOCK5，Flex X。
基于片段的分子对接方法通常较整体分子对接方法快。
2 适用领域分子对接使用的领域有全新药物设计、虚拟筛选、为虚拟筛选构建组合库、分子识别等。
分子对接用于全新的药物设计时，其目的是针对特定的生物活性大分子设计出与之具有较好结合亲和力的小分子药物，因此关键是对接结果的精度，对接的时效性指标可列居其次；分子对接是虚拟筛选的核心技术；组合化学和高通量筛选是近年来迅速发展起来的先导物发现与优化的方法。
但如何提高所构建组合库的有效性和多样性仍是当前组合化学发展的一大难题。
采用分子对接筛选虚拟组合库的策略是解决这一问题的重要途径。
3 成功实例1)Kuntz等利用DOCK程序研究HIV-1蛋白酶体系，根据分子相似性对剑桥晶体数据库进行搜寻，得到bromperidol及其同系物氟哌啶醇(haloperid01)的结构，以及氟哌啶醇的硫缩酮衍生物溴哌啶醇(thioketal)；2)DesJarlais利用改进版DOCK程序(target-DOCK)搜寻HIV-1蛋白酶抑制剂发现了HIV-1蛋白酶环亚砜类抑制剂；3)Shoichct对胸苷酸合成酶进行DOCK搜寻，发现了舒利苯酮(sulibenzone)和酚里酚酞(phenol thymol phthalein)的结构；4)Bodian用DOCK程序进一步搜索到在体内有抗病毒活性的先导化合物的类似物;5)Ring利用DOCK程序针对血吸虫丝氨酸蛋白酶和疟原虫半胱氨酸蛋白酶的三维结构进行数据库搜寻，发现有两个化合物对血吸虫丝氨酸蛋白酶活性达10u mol／L，有一个化合物对疟原虫半胱氨酸蛋白酶活性也达10umo/L，被用于测定抗寄生虫药理活性。
利用DOCK程序产生的结合模型作进一步结构改造，有一个化合物阻断疟原虫传染或在红细胞中成熟IC50=150nmo/L;6)Jefferson医学院的研究人员利用DOCK3．5程序，考察150000个有机分子与T细胞面CD4受体结合部位相互作用，考虑了形状上互补和电荷的相互作用，筛选出41个化合物，进一步通过生物学实验，成功地确定了其中3个结合活性较好的化合物，发展成为候选药物分子； [7]Chen等利用DOCK4．0对NCI数据库进行了计算机筛选，对初筛结果进行更充分构象搜索和能量优化的二次筛选，寻找到对HIV整合酶有较强抑制活性的新型结构的化合物；7)中国医学科学院药物研究所利用构效关系分析方法和分子对接方法开发的环氧合酶-2抑制剂已经进入临床前研究4发展方向分子对接技术在运用了这些年后，已经有了一定的发展方向，这些发展方向有柔性对接、溶剂化效应、并行计算和反向对接等几个方面。
5药物发现即药物研究和开发过程：1)合理设计化合物2)合成化合物3)筛选4)先导化合物的发现5)结构修饰6)得到候选化合物7)成药性评价：合成工艺、质量研究、药效学、急性毒性、致突变性、药代特征8)候选药物的临床前研究：合成工艺中试、稳定性考察、制剂处方、工艺、稳定性考察、大动物药效学、一般药理学、毒代动力学、致癌性、依赖性、药代动。
9)申报临床和临床研究10)申报生产和得到新药证书生产批件11)GMP规范下的药品生产、药品包装12)市场销售和商品名称学术推广附录：1．合理药物设计：是根据与药物作用的靶点，即广义上的受体（如酶、受体、离子通道等）寻找和设计合理的药物分子，主要是通过对药物和受体的结构，在分子水平甚至电子水平上的全面、准确的了解，进行基于结构的药物设计和通过对靶点的结构、功能、与药物作用方式及产生生理活性的机理的认识进行基于机理的药物设计。