PNAS文献解读
PNA-FISH-探针

1.PNA 端粒FISH 探针肽核酸(PNA )PNA 本身不带电荷所以在原位杂交实验中很好的特异性,用PNA 探针的FISH (fluorescent in situ hybridization)实验可以用低浓度的PNA 探针进行快速的杂交,可以减少背景结合且有很高的信噪比。
F1001 TelC-FAM5nmoleF1002 TelC-Cy3 5nmoleF1003 TelC-Cy5 5nmoleF1004 TelC-Alexa488 5nmoleF1005 TelG-FAM 5nmoleF1006 TelG-Cy3 5nmoleF1007 TelG-Cy5 5nmoleF1008 TelG-Alexa488 5nmoleF1009 TelC-FITC 5nmoleF1010 TelG-FITC 5nmoleF2001 TelC-TMR 5nmoleF2002 TelG-TMR 5nmole2.着丝粒FISH 探针检查染色体的着丝粒确认三染色体性、多染色体、断裂等与染色体数相关的染色体的异常。
F3003 Cent-Cy3 5nmoleF3006 Cent-FAM 5nmole参考文献(端粒FISH 探针和着丝粒FISH 探针):1Kentaro Taemura et al., Dynamic rearrangement of telomeres during spermatogenesis in mice. Developmental Biology. 2005;281:196-207.2Won-Woo Lee et al., Age-related telomere length dynamics in peripheral blood mononuclear cells of healthy cynomolgus monkeys measured by Flow FISH. Immunology. 2002;105:458-465.3Heather Perry et al., Identification of indicator microorganisms using a standardized PNA FISH method. Journal of Microbiological Methods 2001;47:281-292.4Caifu Chen et al., Single base discrimination of CENP-B repeats on mouse and human chromosomes with PNA-FISH. Mammalian Genome. 1999;10:13-18.5M. Hultdin et al., Telomere analysis by flourescence in situ hybridization and flow cytometry. Nucleic Acids Research. 1998;26(16):3651-3656.6Peter M. Landsdorp et al., Heterogeneity in telomere length of human chromosomes. Human Molecular Genetics. 1996;5(5):685-691.3.PNA oligomers for PCR clamping 球蛋白抑制剂血液内存在的mRNA 的70%以上是球蛋白mRNA,显著减少基因的发现分析及敏感度。
研究生科研工作经验分享

Scopus数据库
Scopus 是一个新的导航工具,它涵盖了世界上最广泛的科技和医学 文献的文摘、参考文献及索引。 Scopus 收录了来自许多著名出版社 的期刊来源,如 Elsevier 、 Kluwer 、 Institution of Electrical Engineers 、 John Wiley 、 Springer 、 Nature 、 American Chemical Society 等等。 尤为重要的是, Scopus 还广泛的收录了重要的中文期刊,如:《力 学学报》、《中国物理快报》、《中华医学杂志》等其它众多高品质 的期刊 . 正因为拥有约 60% 的内容来自于美国以外的国家,您就能够 获得最全面的世界范围内的前瞻性科学技术医学文献。 /
John Wiley电子期刊出版社
John Wiley电子期刊继续开通试用。目前John Wiley通过Wiley Inter Science向我校师生提供363种电子期刊的检索、浏览及全文下载服务。其 中被SCI收录的核心期刊近200种。此外,还可访问约100个Titles的书目记 录,其中目录部分的PDF文件可免费使用。 /Publishing/Journals
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综述类期刊
影响因子和影响力
期刊重要参数:影响因子IF,总引用次数和中科院分区
分区
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小木虫
科学网
文献管理
EndNote
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需要注意的几点问题
英文文献上手慢,需要多读多问 使用软件或者标记给文献分类 追踪最新论文发表情况,比如固定几个常读期刊,每天查阅 新旧文章间相互对比,相互联系
XRD
表征
N2程序升温吸附脱附仪
Citespace软件操作问答

Citespace 软件操作问答(摘自陈超美博士的科学网博客)(8)如何在CiteSpace 中控制节点的取舍CiteSpace提供了几种方式来控制最终生成的网络将由哪些节点构成:1.TopN2.TopN%3.Thresholdl nterpolatio n4.SelectCiters第一种办法最简单,最适于初学阶段,所以目前版本将其放在首位。
其余几种办法逐渐变得复杂,最好等熟悉系统之后再考虑。
下面简要介绍一下各个方法的细节。
TopN :系统设定N=30,意为在每个timeslice中提取N个被引次数最高的文献。
N越大生成的网络将相对更全面一些。
TopN%:将每个timeslice中的被引文献按被引次数排序后,保留最高的N%作为节点。
Threshold In terpolation :设定三个timeslices的值,其余timeslices的值由线性插值赋值。
三组需要设置的slices为第一个,中间一个,和最后一个slice。
每组中的三个值分别为c,cc,和ccv。
c为最低被引次数。
只有满足这个条件的文献才能参加下面的运算。
cc为本slice内的共被引次数。
ccv为规范化以后的共被引次数(0~100 )。
SelectCiters :与以上方法不同的是这个方法先选施引文献,然后需再用方法1-3之一。
先CheckTCDistribution然后填写UseTCFilter后面的两个数字:最低和最高TC值(TimeCited),选定UserTCFilter前的选项。
按Continue,再设定方法1,2,或3。
节点总数在ProgressReports中给岀。
节点总数越大需要内存越多。
下回将介绍如何选择网络的连接密度。
CiteSpace提供了多项参数选择,初学者难免有时不知从何下手。
这里介绍一些要点以供参考。
CiteSpace的功能类似一架照相机,只是它拍摄的对象是科学文献而不是自然景色。
设置CiteSpace的各项参数大致相当于取景,调焦,对光圈。
活体动物体内成像技术文献

活体动物体内成像技术文献1. 细胞凋亡与白血病Activation of Apoptosis in Vivo by a Hydrocarbon-Stapled BH3 HelixSCIENCE 2004,305:1466-1470通过对BCL-2蛋白家族BID的BH3结构域进行化学修饰,使其容易穿过细胞膜,在活体内研究其激活血癌细胞发生凋亡的功能和机制。
2. 肿瘤发生Suppression of anoikis and induction of metastasis by the neurotrophic receptor TrkB NATURE 2004,430:1034-1040利用荧光素酶基因标记的癌细胞,研究神经营养性受体TrkB抑制细胞凋亡和促进肿瘤发生和转移的作用。
3. 肿瘤转移Distinct organ-specific metastatic potential of individual breast cancer cells and primary tumorsTHE JOURNAL OF CLINICAL INVESTIGATION 2005,115(1):44-55观察荧光素酶标记的乳腺癌细胞在动物体内的转移情况,说明肿瘤细胞的器官特异性转移与特定系列的基因表达相关。
4. 自发肝癌MYC inactivation uncovers pluripotent differentiation and tumour dormancy in hepatocellular cancerNATURE 2004, 431:1034-1040利用条件转基因动物,研究了致癌基因MYC在小鼠自发性肝癌形成过程中的作用。
5. 病毒载体基因治疗Systemic tumor targeting and killing by Sindbis viral vectorsNATURE BIOTECHNOLOGY 2004, 22(1):70-77本文依据Sindbis病毒对癌细胞表面超量表达的LAMR的识别的机理,以荧光素酶基因分别标记病毒和癌细胞, 观察标记的病毒在体内对癌细胞的靶向识别和特异性杀伤。
Citespace软件操作问答

Citespace软件操作问答(摘自陈超美博士的科学网博客)(8)如何在CiteSpace中控制节点的取舍CiteSpace提供了几种方式来控制最终生成的网络将由哪些节点构成:1.Top N2.Top N%3.Threshold Interpolation4.Select Citers第一种办法最简单,最适于初学阶段,所以目前版本将其放在首位。
其余几种办法逐渐变得复杂,最好等熟悉系统之后再考虑。
下面简要介绍一下各个方法的细节。
Top N:系统设定N=30,意为在每个time slice中提取N个被引次数最高的文献。
N越大生成的网络将相对更全面一些。
Top N%: 将每个time slice中的被引文献按被引次数排序后,保留最高的N%作为节点。
Threshold Interpolation:设定三个time slices的值,其余time slices的值由线性插值赋值。
三组需要设置的slices为第一个,中间一个,和最后一个slice。
每组中的三个值分别为c,cc,和ccv。
c为最低被引次数。
只有满足这个条件的文献才能参加下面的运算。
cc为本slice内的共被引次数。
ccv为规范化以后的共被引次数(0~100)。
Select Citers:与以上方法不同的是这个方法先选施引文献,然后需再用方法1-3之一。
先Check TC Distribution然后填写Use TC Filter 后面的两个数字:最低和最高TC值(Time Cited),选定User TC Filter前的选项。
按Continue,再设定方法1,2,或3。
节点总数在Progress Reports中给出。
节点总数越大需要内存越多。
下回将介绍如何选择网络的连接密度。
CiteSpace提供了多项参数选择,初学者难免有时不知从何下手。
这里介绍一些要点以供参考。
CiteSpace的功能类似一架照相机,只是它拍摄的对象是科学文献而不是自然景色。
心理学文献的检索

心理学文献的检索1.数据库傻瓜搜索使用CNKI搜索中文文献,web of science搜索英文文献。
数据库里文献毕竟有限,所以现在我已经很少很少使用了。
2.google人肉搜索法而且google学术较为方便,直接输入想要搜索的关键词即可,但有一点需要注意的是,如果需要将一个词组作为一个关键词,那么搜索的时候需要加上引号,例如你要搜索conflict adaptation effect,那么你应该输入(“conflict adaptation effect”)。
当google学术搜索到某篇文献的时候,经常会出现无法下载的情况,这是由于你所在的学校没有购买相关的数据库,这时你可以尝试着搜索这篇文章的第一作者和通讯作者,很多老外都会把自己发表的文章放在自己的主页上供大家下载。
同时,也可以尝试着去一些论坛求助,比如愚愚学园,我自己想要的文献95%以上都可以在此论坛求助成功。
3、经典文献顺藤摸瓜法Google学术搜索固然强大,但是有时会出现海量的文献,那么如何从海量的文献中找到自己想要的而又不遗漏掉重要的文献这就需要下点功夫了。
我个人的一点体会是,可以先找到一篇本领域较为经典文献。
如果此文发表的年代较早,那么可以去搜索这篇文献的被引文献,这个直接在google学术里就可以做到,直接点击此文被引XXXX次那里,这时你就可以看到这篇文章发表后有哪些文章引用过它;如果是年代较近的经典文献,可以直接搜索其参考文献中列举的本领域较为重要的文献。
通过这种搜索“引用”和“被引”的方法,可以在比较短的时间内将本领域重要的文献打捞上来,效率较高。
4、杂志社alerts法前面将的是如何搜文献,这里讲讲如果获得最新的一些文献信息。
每一本杂志都会有一个叫做alerts的服务,也就是你可以再主页订阅新杂志的目录,每当一期新杂志出版的时候,出版社就会将这期杂志最新的目录发到你邮箱里。
一般情况,将本领域重要的杂志全部锁定,然后每期新杂志出版的时候你都会收到最近目录,这样本领域的新进展你就可以尽在掌握了。
(完整版)学术期刊字母缩写
(完整版)学术期刊字母缩写引言学术期刊是学术界重要的信息传播渠道之一,它们起到了促进学术交流和知识传播的关键作用。
然而,由于研究领域的多样性和学科之间的交叉性,学术期刊的数量庞大且多样化,常常使人难以辨识。
为了便于学术界内外的传播和理解,学术期刊常常使用字母缩写来代表其完整名称。
本文旨在提供一份完整的学术期刊字母缩写列表,帮助读者快速地识别和理解学术期刊的缩写。
学术期刊字母缩写列表下面是一份包含广泛学术领域的学术期刊字母缩写列表(仅供参考):1. AAS - Astrophysical Journal Supplement Series3. AGU - American Geophysical Union4. APS - American Physical Society5. BMC - BioMed Central6. JAMA - Journal of the American Medical Association7. IEEE - Institute of Electrical and Electronics Engineers8. IOP - Institute of Physics9. Nat - Nature10. PNAS - Proceedings of the National Academy of Sciences11. RSC - Royal Society of Chemistry12. Science - Science备注:上述列表仅是学术期刊字母缩写的一小部分示例,实际的学术期刊字母缩写数量庞大且多种多样。
应用与使用掌握学术期刊字母缩写对于学术界的研究人员、学生和科学编辑等都非常重要。
除了能够提高查找和引述文献的效率,还能够减少误解和混淆,保证学术交流的精准性和准确性。
在学术论文、科研报告、学术讲座和期刊投稿等场合,使用学术期刊字母缩写能够有效地节约篇幅和提高阅读效率。
16srDNA数据分析经验总结
16srDNA数据分析经验总结••去除嵌合体序列,推荐使用UCHIME•多样性中,距离选择现在包括两种,一种是物种距离(Jaccard\Bray-Curtis);另一种是基于进化的距离(Unifrac),基于进化的距离还包含权重和非权重两种,虽然含有进化信息但是,进化信息并不是越多越好,在结果呈现上,这两种我们都应该关注结果。
距离一般分为离散和连续两种,由于物种的分布上,主要是离散的量,所以我们这里选择离散的结果。
三维展示PCoA,还需要进行Performing Procrustes Analysis。
•检验样本之间的异同,可以借助OTU的表达量矩阵,做出表达分析图,再用假设检验中的均值检验,注意此过程中可以对数据进行标准化。
•比较差异性,可以通过神经网络的方法呈现,先看看物种分布是由地点影响的多,还是时间影响的多,然后做出相关的神经网络图。
•将分类群以进化树的形式呈现,将比对与进化树相结合主要用的是tax2tree这个软件,这个软件已经集成到QIIME中了,需要在align_seqs.py这一步设置参数–tree_fp、-m•ISME 《Impact of training …》探讨了目前基于三个16s rRNA参考数据库所提炼出来的快速分类参考数据集合,在快速分类过程中的准确性。
来自ISME J杂志•《Illumina-based analysis …》—ISME该篇文献论述了Illumina测序方法在识别微生物16s rRNA中的应用,涉及到的内容包括barcode序列的设计等相关内容,以及一些测序的数据量。
•《Global patterns …》–PNAS,根据真实的测序数据量,提到OTU的过滤参数是10000,才模拟到真实的数据,当然也要根据自己真实的数据量,实际上QIIME在找寻OTU的时候,使用的是比较通用的uclust,里面默认的设置的过滤参数为4. 由于我们不能确定到底环境中到底有多少的物种,所以再这里我们可以用箱线图做出关于OTU的信息•《The diversity and biogeography …》–PNAS该文献探讨了PH值与物种丰度和多样性之间的之间,图1-A phylotype diversity (使用香农指数)与PH值之间的关系;图1-B phylotype richness (defined as the number of unique phylotypes),期间文献中做了一个线性回归和二次回归,这个我们可以在探讨完环境因子的突出因素,再来做这个。
心理学期刊
1 综合类杂志:此类杂志包括自然科学各领域进展的,里面不时有本领域的最新最有影响力的文章出现Nature, 5/30.432Science, 10/26.682PNAS (美国科学院院报,质量有好有差,因为据说有院士的关系稿)Nature communication ( Nature旗下的open access杂志,以自然科学为主,发表少量心理学中基础研究,影响因子与PNAS差不多)Scientific Reports (Nature旗下的open access杂志,最新的影响因子大于5)PloS one(注意:这个杂志是open access的,影响因子为3~4之间)1.1 神经科学杂志:此类杂志涉及神经科学各方面,不时有与认知神经科学相关的文献Nat Neurosci, 14.34Neuron, 13.26Journal of Neuroscience 7.17Brain (9.23)CerebralCortexCortex 4.058Journal of Neurophysiology (3.48)NeuroscieneNeuroscience LettersNeuroscience ResearchFrontiers in Behavioral Neuroscience (4.2)Frontiers in Human Neuroscience (2.9)2 回顾、综述类杂志此类杂志基本上都是综述性的文章,一般是邀请牛人写的,非常值得关注!Trends in Neuroscience 12.79Trends in Cognitive Science ~24Nature reviews: Neuroscience 26.48Annual Review ofPsychology(18.288)/neurosciene(26.756)/clinicalpsychology(9.743) Prog NeurobiolCurrent Opinion in Neurobiology (IF:7~8)Brain Res Rev (8.137)Psychol BullPsychological InquiryPsychol RevReview of General PsychologyAmerican Psychologist (虽说是介绍心理学家,但是也不少好的综述夹在其中!!)Current Directions in Psychological Science(经cjq总版提醒添加,此杂志也会集结一些特别的专题进行回顾)Phil Trans R Soc B:以特刊的形式组织生命科学各领域的进展,有一些本领域的综述,并且跨学科的性质较强。
如何获得外文文献全文
如何获得外文文献全文?很多人开始了解PubMed,并且逐渐得心应手的时候,都会面临一个棘手的问题,即如何获取全文?的确,PubMed真正向公众(public)免费开放的只是摘要部分,而绝大部分文章都没有全文提供。
当然,最省事最直截了当的做法是在PubMed上花钱购买,但一篇文章动辄十几甚至几十美金,使很多医学工作者只好望而却步。
其实,只要我们掌握一些技巧,还是有可能获得一些文章的全文的。
笔者查阅文献数年,为获取全文也做了不懈努力,积累了一些经验供大家参考。
一、PubMedPubMed上约有5%的文献是可以免费看到全文的,通常这些文献的左上角会有一个Free Full Text的小标记。
你只要点击这个图标,系统就自动链接入该文献的全文。
但有两点值得注意的是,第一,很多时候,这个图标在PubMed处于显示简要(summary)状态下并不出现,而只有在选择显示摘要(abstract)时才出现。
因此,如果你不只是泛泛浏览,而希望看到全文的话,我强烈建议你在display下拉菜单中选择摘要(abstract)状态。
第二,有些时候,小图标上仅标着Full Text,而并没有Free字样,但仍然可以链接入全文,你不妨试一试。
二、免费提供全文的期刊天下没有免费的午餐,这句老话也不一定正确。
有些期刊就提供全文免费检索。
比如著名的美国Science(科学)杂志,以前国内很多高校、研究所的资料室都流传着Science杂志的影印本,印刷质量低劣,而且有盗版之嫌。
后来Science的老板充分理解到中国的国情,干脆顺手做个人情,就与中国有关方面达成协议,使在中国大陆的读者都可以在网上免费看到Science的全文。
方法如下:(1)先登录Science网址: 。
注意,不是,否则你得不到全文。
(2)点击中间那个SEARCH按钮,就进入查询页了。
你可以选择简单检索还是复杂检索。
(3)输入您要找的关键词(不一定是MESH标准主题词),再点击search就可以了。
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番茄和拟南芥的tf相关蛋白的MYB区域的氨基酸(aa 118– 220)序列对比
④序列比对可以发现,Tf在MYB区域的序列与拟南芥的LOF1和 LOF2蛋白序列呈现出最高的相似性,分别达到92 % 和93%。
小结:从基因克隆、定位和序列分析情况表 明, Tf编码一个R2R3-MYB转录因R2R3-MYB转录因子
A图是:1番茄染色体的 基因图谱 B图是:2个基因的位置 C图是:tf的5个等位基因 情况 附图S2:5个突变体
①② ③该编tf基染码色一因体个被的R定2克R位3隆-在M发Y番现B有转茄2录的个因第转子录五的因号M子Y染的B色基编体因码被上基证因明,是属T于f基因,存
Naz A A et al. PNAS 2013;110:2401-2406
Trifoliate encodes an MYB transcription factor that modulates leaf and shoot architecture in tomato
植物学 廖孔凤 12013000863
• CUC/NAM家族的转录因子在器官分离和叶发育中 起重要的作用。CUC基因抑制小叶之间发育和叶 片边缘的锯齿形成,促进生成牙齿缘叶片。
• 番茄和拟南芥中研究发现,CUC基因也调控腋分 生组织的形成。
• 对番茄的研究还发现,2类MYB基因( Blind and Potato leaf )的活性,对于腋分生组织的形成和 叶片的分化都是必须的。他们分别在叶,小叶的 边界区域表达。Lateral suppressor基因调控分枝 ,在2个边界区域都有表达。
①②③④在tf在新早小腋叶 期叶 分原 叶有 生基 原表 组形 基达织成中,中的tf中也限位制轴有置在和表有近小达很轴叶高区之的域间表表边达达界区域有表达
小结:从tf的mRNA积累情况分析表明, Tf转录本在
茎分生组织和叶原基中都大量积累
5、Tf增加叶的复杂性,促进腋芽的形成
于维持细胞形态发生的潜能是必需的 3. Tf编码一个R2R3-MYB转录因子 4. Tf转录本在茎分生组织和叶原基中的积累 5. Tf增加叶的复杂性,促进腋芽的形成 6. Tf的表达与相关的番茄异型叶形成 7. 在番茄叶发育时,Tf为KNOX1活性扩展阅读窗口 8. Tf的活性确定边缘区域对生长素的敏感性
1、Tf调控番茄的小叶和腋分生组织的形成
A,C正常的植株和 叶片结构 B,DTf-2突变植株 和叶片结构 H,I是野生植株和突 变体SAM的电子显 微成像 E,F,G图是植株形 成腋芽的情况
⑤指③已④① 随 ②的tft经突tfT后Tf-叶-zff发z--叶变突22突腋育突突片变体变形没变 变,体体的成植体有形和叶叶了株,成野腋原L片早叶一生L芽基2期片强个植(更形叶的长烈株第 直成片锯叶P退二,5.即齿柄叶对更化下更,原侧加,部少典基面早腋叶,型都小成是更芽的出叶熟单接三形现的、一近叶成在叶分的全模L原化遭狭缘L式基,1到长。处。)S破的,A。M叶坏但暴片是,露,正箭出常头来植,所株
问题:Tf是否具有与其他MYB转录因子有相似的情况呢?
4、Tf转录本在茎分生组织和叶原基中的积累
F:花芽;L:发育中叶;L5:番茄苗第五片叶 R:根;S:茎干;SA:茎顶端的顶端分生组织和5个最年轻的叶原基
tf的mRNA在茎顶端,茎干和花芽中有表达,在老 叶中表达大幅度下降,根中没有表达。
Tf 转录本在SAM种 广泛积累的情况 A、将形成叶原基区 域; B、早期的叶原基 C、小叶; D、在中轴和小叶之 间边界区域 E、叶腋处分生组织
正常植物叶原基弯曲结构,遮蔽了SAM。
小结:tf调控小叶和腋分生组织的形成,tf突变 体叶的复杂性减少,腋芽形成受到破坏。
问题:tf怎么具体影响小叶和腋分生组织的形成的呢?
2、在叶发育和新的分生组织的形成时,
Tf对于维持细胞形态发生的潜能是必需的
J是tf-2突变体 叶轴的横切面 (放大图L); K、L是正常 植物和突变体 的轴横切面;
• 番茄的研究发现,在第二阶段KNOXI蛋白的活性对 于将要产生分化的地方十分重要。
• 由PINI蛋白运输调控的植物自身生长激素的积 累,对于SAM形成叶原基也十分的重要。生 长激素也参与了复叶的发育过程中小叶叶原 基位置确定的调控。
• 番茄中研究发现,小叶的形成是被AUX/IAA整 体的活性所调控的,因为e(Entire)突变体 在小叶相关发育过程中强烈的破坏,最终形 成一个沿着叶轴生长的叶片。
2、本研究目的
目的:分析tf基因的功能,研究tf与其他基因、蛋 白、激素等之间的联系,为更好的理解植物发育 中调控腋分生组织形成和复叶发育的机制,提供 了很好的证据。
文章内容
一、背景介绍 二、结果 三、讨论 四、材料和方法
二、结 果
1. Tf调控番茄的小叶和腋分生组织的形成 2. 在叶腋处叶发育和新的分生组织的形成时,Tf对
M、N是植株 表皮的放大
O、P是表皮 毛发育;
①②③Ttff突突变变体体的植植表株株皮的叶细表边胞皮缘大毛更小发狭比育窄正更,常早细植,胞株而分增且裂加形更了成少数3,倍目分左更化右多速,率褶更皱快也。减少
小结:从表皮、表皮毛、腋分生组织区域的情况, 表明tf突变体叶原基更早生长,更快发育、分化,这 好像与结果 Tf维持细胞形态发生的潜能是相反的.
文章内容
一、背景介绍 二、结果 三、讨论 四、材料和方法
一、背景介绍
1. 相关研究 2. 本研究目的
1、相关研究
• 叶是由SAM中的叶原基发育而成。叶有单叶和复 叶,早期叶发育可以分为3个阶段:发生,初级形 态发生,次级形态发生。小叶的产生就是在第二 阶段。
• KNOTTED1-LIKE (KNOXI)类的转录因子对于SAM功 能的维持有重要作用,在叶原基形成的位置KNOXI 基因表达下降。单叶中没有KNOXI的表达,而复叶 的也发育过程中KNOXI会再次表达。