实验五 序列相关性
实验五 FH-CDMA(跳频码分多址)移动通信
实验五 FH-CDMA（跳频码分多址）移动通信一、实验目的1．掌握FH-CDMA（跳频码分多址）移动通信原理。
2．了解常用的正交跳频序列—RS编码序列。
二、实验内容1．测量FH-CDMA移动通信实验系统发射端及接收端锁相频率合成器控制电压，了解收发两端频率是否按同一跳频序列同步跳变（同地址FH-CDMA）或按不同跳频序列跳变（不同地址FH-CDMA）。
2．测量同地址与不同地址FH-CDMA发射端及接收端的有关信号与数据。
三、实验仪器设备1．双路无线综合测试仪；2．无绳电话（座机和手机）；有线电话若干；3. 小型程控交换机；4．数字示波器。
四、实验步骤：1． m序列发生器在时钟驱动下循环右移生成的m序列及对应的1个RS序列见表5-1。
使用4阶m序列发生器构成RS编码发生器。
填写至表5-2。
表5-1 4阶m序列的寄存器状态及N3N2N1N=000时的RS序列表5-2 RS编码序列使用RS编码序列作为频道号去控制频率合成器输出频率跳变。
选取0号及11号序列作为后面实验的正交跳频序列。
考虑到收发信机频道号为1-20，将上述序列值加3后得到实际使用的二组正交跳频序列填至表5-3。
表5-3 实验系统使用的二个正交跳频序列2．设置综测仪为FH-CDMA 工作方式（按K1至NECH 灯亮，再按K4），TRX-BS 及TRX-MS 的工作频道按表5-3以15跳/秒速率随机跳变，工作方式控制面板上信道(CH)号数码管实时显示TRX-MS 的信道号；打开发射机TX-BS （K6置ON ，K7置BS ，BS 测量面板TX 绿灯亮），加上内部调制数字信号（K9置INT ）。
3．反复按K4键，系统循环步进处于表5-4所示二种子工作方式之一。
表5-4 FH-CDMA 通信子工作方式4．双踪示波器二个通道都设置为DC 、2V/DIV~5V/DIV ，分别观测TRX-BS 及TRX-MS 的锁相频率合成器环路控制电压u cr ；置内触发方式；扫描速度调至足够慢。
实验五 PCR引物设计及评价
实验五 PCR引物设计及评价【实验目的】1、掌握引物设计的基本要求，并熟悉使用Primer premier5.0软件进行引物搜索。
2、掌握使用软件oligo6.0对设计的引物进行评价分析。
【实验原理】一、引物设计原则聚合梅链式反应（polymerase chain reaction）即PCR技术，是一种在体外快速扩增特定基因或DNA 序列的方法，故又称基因的体外扩增法。
PCR技术已成为分子生物学研究中使用最多，最广泛的手段之一，而引物设计是PCR技术中至关重要的一环，使用不合适的PCR引物容易导致实验失败：表现为扩增出目的带之外的多条带（如形成引物二聚体带），不出带或出带很弱，等等。
现在PCR 引物设计大都通过计算机软件进行，可以直接提交模板序列到特定网页，得到设计好的引物，也可以在本地计算机上运行引物设计专业软件。
引物设计原则如下：1、引物应在序列的保守区域设计并具有特异性。
引物序列应位于基因组DNA的高度保守区，且与非扩增区无同源序列。
这样可以减少引物与基因组的非特异结合，提高反应的特异性；2、引物的长度一般为15-30 bp。
常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应；3、引物不应形成二级结构。
引物二聚体及发夹结构的能值过高(超过4.5kcal/mol)易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR反应不能正常进行；4、引物序列的GC含量一般为40-60%。
过高或过低都不利于引发反应。
上下游引物的GC含量不能相差太大；5、引物所对应模板位置序列的Tm值在72℃左右可使复性条件最佳。
Tm值的计算有多种方法，如按公式Tm=4(G+C)+2(A+T)；6、引物5'端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物。
可根据下一步实验中要插入PCR产物的载体的相应序列而确定。
7、引物3’端不可修饰。
引物3'端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。
实验五蛋白质序列分析
<40 stable >40 unstable
10
（二）蛋白质疏水性分析
• 疏水作用是蛋白质折叠的主要驱动力 • 分析蛋白质氨基酸亲疏水性是了解蛋白质折叠的
第一步 • 氨基酸疏水分析为蛋白质二级结构预测提供佐证 • 是分析蛋白质跨膜区重要一步
11
蛋白质亲疏水性分析
• ProtScale工具 /tools/protscale.html
直接填写swissprottremblac号accessionnumber直接在搜索框中粘贴氨基酸序列输入swissprottremblac号打开proteintxt将蛋白质序列粘贴在搜索框中输入swissprottremblac号分不同的功能域肽段以p02699为例输出结果功能域用户自定义区段点击不同功能域得到以下结果氨基酸数目相对分子质量理论pi氨基酸组成正负电荷残基数消光系数半衰期原子组成分子式总原子数不稳定系数脂肪系数总平均亲水性40stable40unstable10二蛋白质疏水性分析分析蛋白质氨基酸亲疏水性是了解蛋白质折叠的第一步是分析蛋白质跨膜区重要一步11protscale工具http
②将目的序列粘贴到序列输入框中，选择BLOSUM62 记分矩阵运行BlastP程序。NCBI的BlastP程序要求输 入格式为FASTA格式；
③如果BlastP检测到了高度同源的序列，将有可能提 示目的序列的生物学功能
42
基于序列同源的蛋白质功能预测
序列相似性比较作为一个非常有效的工具用于同源 基因的发现
• 典型的有亮氨酸拉链，存在7残基 重复结构（heptad repeat)，以a，
b， c，d，e，f，g位置表示，其中a 和d位置为疏水性氨基酸，而其他位 置 残 基为亲水性
《统计学》实验报告
图做准备。
实验二：主要是要求学生利用Excel的数据处理功能，掌握Excel
制图方法，能够较为准确地显示统计数据的发布特征。
实验三：分解分析法是分析时间序列常用的统计方法。季节时间序列是趋
势变动(T)、季节变动(S)、循环变动（C）和随机变动(I)综合影响的结果，分解过程要从原始序列中消除随机变动，然后分别识别出季节变动和趋势变动的变化模式。
实验二：
（1）直方图的绘制
（2）折线图的绘制
（3）饼形图的绘制
掌握统计数据的整理方法和Excel的几种基本统计制图操作方法；进一步学习统计数据的整理方法和Excel的基本操作理论。
实验三：
1、计算一次移动平均，消除随机波动
2、中心化移动平均数。
3、计算各个季节指数
4、计算平均季节指数。
5、计算调整后的季节指数
b.“高级筛选”使用“数据-筛选-高级筛选”菜单，调用对话框来实现筛选
3、数据的排序:靠“升序排列”（“降序排列”）工具按钮和“数据-排序”菜单实现。在选中需排序区域数据后，点击“升序排列”（“降序排列”）工具按钮，数据将按升序（或降序）快速排列
4、Frequency函数
用途：以一列垂直数组返回某个区域中数据的频率分布。它可以计算出在给定的值域和接收区间内，每个区间包含的数据个数。
6、消除旅游人数序列中的季节变动。
7、对消除季节变动的旅游人数进行回归分析。
8、预测。
掌握时间序列的因素分解分析方法，将时间序列的分解分析方法理论与Excel的基本操作理论结合相结合。
实验四：
1、根据统计数据绘制散点图
2、计算相关系数
掌握实验的基本原理和方法：此分析可用于判断两组数据之间的关系。可以使用“相关系数”分析方法来确定两个区域中数据的变化是否相关，即一个集合的较大数据是否与另一个集合的较大数据相对应（正相关）；或者一个集合的较小数据是否与另一个集合的较小数据相对应（负相关）；还是两个集合中的数据互不相关（相关系数为零）；结合使用相关分析的基本理论和Excel的基本操作理论。
人类五个cDNA与酵母菌SIR2基因特征的同源性比对：
生物化学与生物物理研究260, 273–279 (1999)人类五个cDNA与酵母菌SIR2基因特征的同源性比对：Sir2型蛋白（sirtuins）引起NAD代谢以及ADP-核糖蛋白转移酶的活性Roy A.Frye 皇家A.Frye匹兹堡V.A. 医学中心（132L），病理学系，匹兹堡大学发表于1999年3月24日摘要酵母菌的Sir2蛋白调节后生沉默基因并且具有抗衰老作用，抑制rDNA的重组。
研究包括cobB,一种细菌SIR2-型基因，表明它能够编码吡啶核苷酸的核苷酸转移酶。
人类五个sirtuin cDNAs已经被标记。
SIRT1的序列与酵母菌Si2P具有的最大的同源性。
Sirtuins 的SIRT4与SIRT5跟原核生物的Sirtuins序列有很近的亲缘性。
人类第五个sirtuins在胎儿和成人的组织中很大程度的表达。
大肠杆菌重组体每个cobT和cobB 蛋白以二甲基苯丙咪唑为底物时，表现出微弱NAD依赖性单核糖基转移酶活性。
重组大肠杆菌cobB和人类SIRT2 surtuin蛋白能引起放射性从NAD迁移到牛血清白蛋白（BSA）.人体SIRT2 sirtuin内部一个保守的组氨酸被修饰后成为酪氨酸，突变体的重组蛋白不能将辐射性从NAD迁移到BSA.这些结果表明sirtuins 的机能经由单-ADP核糖蛋白起作用。
渐成机制引起并维持染色质结构形式改变的区域称为异染色质，其基因很大程度上不表达。
一些后生调控元件结构，比如具有SET区域的蛋白质和Sir2以及有色域在真核生物进化发展中高度保守（1-3）。
在啤酒酵母中，Sir2p参加建立和维持异染色质型的状态，抑制位于或者临近沉默基因HM配型核仁染色质端粒位（4-6）.其他三个Sir蛋白（调节沉默信息调节物蛋白）（Sir2p，Sir3p，以及Sir4p）的功能通过控制Sir2p的分布；他们形成具有Sir2p的复杂多聚体，靶Sir2p在特殊染色质的位点（4，5，7，8）。
实验五
1、归纳对人瘦素(leptin)的核酸序列分析的结果，列出主要的分析结果。
2、总结核酸序列分析的基本步骤，相互对比结果，指出应注意的事项。
答：序列比对的数学模型大体可以分为两类，一类从全长序列出发，考虑序列的整体相似性，即整体比对；第二类考虑序列部分区域的相似性，即局部比对。
局部相似性比对的生物学基础是蛋白质功能位点往往是由较短的序列片段组成的，这些部位的序列具有相当大的保
守性，尽管在序列的其它部位可能有插入、删除或突变。
此时，局部相似性比对往往比整体比对具有更高的灵敏度，其结果更具生物学意义。
区分这两类相似性和这两种不同的比对方法，对于正确选择比对方法是十分重要的。
应该指出，在实际应用中，用整体比对方法企图找出只有局部相似性的两个序列之间的关系，显然是徒劳的；而用局部比对得到的结果也不能说明这两个序列的三维结构或折叠方式一定相同。
BLAST和FastA等常用的数据库搜索程序均采用局部相似性比对的方法，具有较快的运行速度，而基于整体相似性比对的数据库搜索程序则需要超级计算机或专用计算机才能实现。
计量经济学实验操作指导(完整版)
计量经济学试验（完整版）-—李子奈ﻬ目录实验一一元线性回归ﻩ错误!未定义书签。
一实验目得..................................... 错误!未定义书签。
二实验要求.................................... 错误!未定义书签。
三实验原理ﻩ错误!未定义书签。
四预备知识ﻩ错误!未定义书签。
五实验内容ﻩ错误!未定义书签。
六实验步骤..................................... 错误!未定义书签。
1、建立工作文件并录入数据................... 错误!未定义书签。
2、数据得描述性统计与图形统计: .............. 错误!未定义书签。
3、设定模型，用最小二乘法估计参数：ﻩ错误!未定义书签。
４、模型检验: ............................... 错误!未定义书签。
5、应用：回归预测：ﻩ错误!未定义书签。
实验二可化为线性得非线性回归模型估计、受约束回归检验及参数稳定性检验............................... 错误!未定义书签。
一实验目得：ﻩ错误!未定义书签。
二实验要求..................................... 错误!未定义书签。
三实验原理..................................... 错误!未定义书签。
四预备知识.................................... 错误!未定义书签。
五实验内容ﻩ错误!未定义书签。
六实验步骤ﻩ错误!未定义书签。
实验三多元线性回归...................... 错误!未定义书签。
一实验目得..................................... 错误!未定义书签。
三实验原理ﻩ错误!未定义书签。
四预备知识.................................... 错误!未定义书签。
(最新整理)stata上机实验第五讲——面板数据的处理..
• corr(u_i, Xb) 个体效应与解释变量的相关系数，相关 系数为0或者接近于0，可以使用随机效应模型；相 关系数不为0，需要使用固定效应模型。u-i不表示残 差，表示个体效应。
2021/7/26
19
模型选择
• 固定效应还是混合OLS？ 可以直接观测F值
• 随机效应还是混合OLS？ 先用随机效应回归，然后运行xttest0
• xtgls Panel-data models using GLS
• xtpcse OLS or Prais-Winsten models with panelcorrected standard errors
• xtrchh Hildreth-Houck random coefficients models
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
实验五序列相关性
一、实验目的与要求：
要求目的：1、自相关模型的图形法检验、DW 检验、LM 检验；
2、用差分法修正序列相关性。
二、实验数据
用1985-2003年农村居民人均收入和消费数据，估计收入对消费的影响效应。
三、实验过程：
1. 建立Workfile 和对象，录入变量1985 年可比价格计的人均纯收入X 和人均消费支出人口数Y 如图1。
使用普通最小二乘法估计消费模型得
(3) LM 检验
3. 自相关问题的修正
首先对原模型做OLS，获得残差e 原
实验报告
以教材P155练习题第9题数据为例，估计的模型为lnY=β0+β1lnX+u.
1、检验是否存在自相关
2、如果存在，使用广义差分法、一阶差分法分别修正。