金属组学-高通量分析技术进展与展望

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高通量基因测序技术研究与应用进展

高通量基因测序技术研究与应用进展

高通量基因测序技术研究与应用进展随着科技的不断发展,生物技术也在不断壮大,高通量基因测序技术就是其中的一种代表。

高通量基因测序技术是指快速、准确、经济地对DNA序列进行测序。

相较于传统的Sanger测序技术,高通量测序技术在样本处理、数据处理、并行化程度上有很大的优势。

本文将探讨高通量基因测序技术的研究与应用进展。

一、高通量基因测序技术的研究进展高通量基因测序技术的发展经历了三个时期。

第一代测序技术主要是Sanger测序技术,虽然精度高但是速度慢,成本高,不适用于大规模测序。

第二代测序技术主要包括Illumina、ABI/SOLiD、454等技术,采用并行化方法在短时间内完成高通量测序,成本显著下降。

第三代测序技术主要是PacBio、OXFORD Nanopore等技术,采用实时测序方式,可以对长片段DNA进行测序,但精度相较于Illumina尚有待提高。

从技术的发展来看,高通量基因测序技术主要突破在测序仪、流程化操作、数据处理和应用等方面。

1、测序仪的发展传统的Sanger测序技术需要用到电泳仪,能测序的长度有限,速度慢,成本高。

随着Illumina、ABI/SOLiD、454等技术的出现,高通量测序被大量应用于NGS (next-generation sequencing)领域。

以Illumina HiSeq X十代测序为例,能够在每天内完成人类全基因组测预估共23小时、149G数据的测序。

同时,新一代测序仪不断完善,MiniSeq和Novaseq6000等设备,测序速度/time确信、出错率更低/accuracy,对于再次极大降低测序费用,促进NGS应用提升精度。

2、流程化操作的发展NGS测序涉及到的步骤比较繁琐,包括DNA sample preparation、测序片段扩增、样品准备、测序仪校准、数据处理等等,需要各种试剂盒和仪器,为了避免误操作,也需要极为严格的实验流程和QC质量管理等。

基因组学的研究进展和应用

基因组学的研究进展和应用

基因组学的研究进展和应用基因组学是现代生物科学中的一个重要研究领域,它通过对生物体遗传信息的高通量测序、分析和解读,揭示了一系列新的生物基础知识,也为其他生命科学研究提供了强有力的支持。

随着技术的进步和生物信息学的发展,基因组学正不断发展和推广应用。

一、基因组学的研究现状1、高通量测序技术的应用。

高通量测序技术是基因组学研究的一个重要支撑,它通过平行处理多条DNA分子序列,大大加快了分析的速度和效率。

高通量测序技术的应用已经广泛涉及到基因表达、DNA甲基化、RNA剪接、基因变异等研究。

2、全基因组关联分析技术(GWAS)的发展。

GWAS技术是探究人类疾病基因的一种方法,通过比较健康人群和某种疾病患者人群的基因型,发现可能与该疾病相关的基因位点。

GWAS可以实现全基因组探索,为疾病的预防、诊断和治疗提供了有力的后盾。

3、跨物种比较基因组学研究的进展。

跨物种比较基因组学是一种比较不同物种之间遗传学上的相似性和差异性的研究方法,包括对基因家族、功能转化和调控因素等方面进行比较。

跨物种比较基因组学研究可以揭示不同物种之间的遗传关系和演化历程,为研究物种特性和生物进化提供支持。

4、人类基因编辑技术的突破。

人类基因编辑技术基于CRISPR/Cas9的系统,通过改变人类基因组中某些区域的序列,来修正或者改造生物体。

这种技术为基因治疗、疾病预防和其他领域的研究提供了新的思路和途径,但也可能伴随一定的风险和待解决的问题。

二、基因组学的应用前景1、大数据、互联网和人工智能的融合。

随着互联网和人工智能的飞速发展,基因组学的研究数据也得到了广泛的积累和共享。

未来,大数据、互联网和人工智能的融合将为基因组学的研究提供更强有力的支持,更快速地解决问题,提高预测和分析的准确性。

2、免疫治疗和个体医疗的进步。

通过对个体基因组信息的深入研究,我们可以为每个病人提供个体化的医疗策略,包括预测患病风险、个体化诊断以及个体化治疗。

同时,免疫治疗也开辟了新的治疗途径,尤其是针对癌症等疾病。

高通量测序技术在基因组学中的应用与发展

高通量测序技术在基因组学中的应用与发展

高通量测序技术在基因组学中的应用与发展高通量测序技术(high-throughput sequencing)是指一种高效率的基因测序技术,能够在较短时间内产生高质量的基因序列数据。

高通量测序技术的出现,标志着基因组研究进入了一个全新的时代。

本文将分别从高通量测序技术的历史、技术原理、应用、发展前景等角度,探讨高通量测序技术在基因组学中的应用与发展。

一、高通量测序技术的历史随着人类基因组计划的启动,测序技术也得以开创历史上的一个新时代。

早在1975年,Sanger发明的“链终止法”出现后,基因测序技术就开始逐渐流行。

但是,由于该技术耗时长、费用昂贵,样本处理量较少、准确性低等缺点,长期以来都无法满足快速获取大量样本数据的需求。

在测序技术的发展过程中,高通量测序技术作为一种全新的测序技术突破性地出现,以其高速、高通量的属性,颠覆了传统基因测序的瓶颈,成为了一种技术上的革新。

高通量测序技术从2005年左右开始逐渐兴起,由此开启了人类基因组学的一个新时代。

二、高通量测序技术的原理高通量测序技术是一种在光学原理下的测序技术,主要基于二代测序(NGS)技术。

在高通量测序技术中,样品DNA被断裂成短小的片段,接着随机地组装成一个文库。

测序过程中,由于每个DNA片段序列的长度较短,所以需要对DNA文库中的单个DNA分子进行大量的复制扩增,产生成为“簇”的集合。

光学检测设备会扫描文库内的每个簇,读取每个簇中DNA片段的序列信息,并在计算机系统内进行序列信息的拼接和比对等处理,最终得到样本DNA的完整序列信息。

三、高通量测序技术的应用高通量测序技术应用范围广泛,可以用于以下几个方面:1. 生物实验研究。

高通量测序技术可以用于筛查和分析基因、查找不同生物间的功能性差异、发现新的基因、分析非编码RNA和转录因子等。

2. 检测疾病和疾病风险。

高通量测序技术可以用于检测遗传性疾病的致病基因和DNA突变、寻找疾病候选基因和相关改变、分析癌症的遗传性因素等。

高通量测序技术的发展及其应用前景

高通量测序技术的发展及其应用前景

高通量测序技术的发展及其应用前景随着现代科学技术的飞速发展,人们对基因的认知与理解也越来越深入。

而高通量测序技术作为现代生物技术的重要工具,已经成为了基因研究和应用的核心。

本文将从高通量测序技术的发展历程、技术原理、应用领域等方面进行探讨,希望能够为您打开一扇了解高通量测序技术的窗户。

一、高通量测序技术的发展历程高通量测序技术(High-throughput sequencing technology,简称HTS),也被称为第二代测序技术或者Next-generation sequencing technology,其发展历程可追溯至最初的Sanger测序技术。

在1977年Sanger首次揭示了DNA链的化学结构之后,该技术逐渐成为了测序领域的主流技术。

但是,Sanger测序技术的速度和成本限制了其在大规模基因测序中的广泛应用。

2005年,Illumina公司推出了第一款基于“桥式”扩增的高通量测序仪,开创了第二代测序技术的先河。

随后,Ion Torrent公司推出了一种基于电子传导的DNA测序技术。

这些技术的出现与推广,不仅大大提高了基因测序的速度和准确性,而且降低了测序成本,使得基因组测序等原本高昂的成本变得更加容易实现。

目前,高通量测序技术已经进入到了第三代测序技术时代。

第三代测序技术,不仅在测序速度、准确度和成本等方面有了质的飞跃,而且还能够实现单分子测序等独特的功能,这将极大地推动了个性化医疗、基因编辑等领域的发展。

二、高通量测序技术的技术原理高通量测序技术的原理主要是利用高通量平行测序多个DNA 片段,然后通过计算机对这些测序数据进行高效而准确的分析。

根据测序样品的来源和样品得到的DNA片段大小不同,目前高通量测序技术主要包括两种:基于文库建立的DNA测序和单分子DNA测序。

文库建立的DNA测序,是指将要测序的DNA样品(如基因组DNA、转录组、甲基化组等)首先通过随机或定向的方法产生数百万个短DNA片段。

高通量基因组学技术研究进展

高通量基因组学技术研究进展

高通量基因组学技术研究进展高通量基因组学技术是一种生物技术,它可以用于DNA序列测定、基因鉴定等领域。

这项技术的出现,极大地推动了基因组学领域的发展,使得生物学研究更为深入、精准。

本文将从技术原理、应用情况、优缺点等方面探讨高通量基因组学技术的研究进展。

技术原理:高通量基因组学技术,又称为“下一代测序”技术(Next Generation Sequencing,NGS),是一种能够同时分析几乎所有基因序列的方法。

该技术利用高效的DNA分离和复制技术,将DNA样本分成小片段,对其进行捕捉和扩增后,通过高通量测序仪读取数据,最终得到完整的DNA序列。

相对于传统的Sanger 测序技术,高通量基因组学技术具有高效、低成本、高覆盖度、高灵敏度等优势。

应用情况:高通量基因组学技术已经广泛应用于常见疾病、罕见病、癌症等研究领域。

其中,医疗领域是高通量基因组学技术的主要应用方向之一。

通过对疾病样本DNA序列的分析,可以快速准确地得出疾病诊断结果,为临床医学提供帮助。

同时,高通量基因组学技术也可以用于药物研发领域,基于遗传信息定制个性化治疗,提高药物疗效和降低药物不良反应的风险,从而使医疗、药物行业更为智能化。

优缺点:高通量基因组学技术的出现改变了基因组学研究的进程,但是该技术仍存在一些缺点。

首先,NGS测序质量不稳定,容易出现错误或差异,这会影响后期的数据分析和应用。

其次,高通量基因组学技术仍然需要大量的算力和存储资源,这增加了技术的使用成本。

最后,高通量基因组学技术还需要更加完善的生物信息学算法,以支持更精细和更准确的数据分析。

结论:总的来说,高通量基因组学技术的发展为生物学研究提供了一种高效、全面、精准的技术手段,有望推动疾病诊断与治疗的个性化、定制化发展。

我们可以预期,在不久的将来,高通量基因组学技术将会得到更广泛的应用,并在生物学研究领域发挥更大的作用。

高通量测序技术的应用与发展

高通量测序技术的应用与发展

高通量测序技术的应用与发展高通量测序技术是一种革命性的生物技术,已经被广泛应用于基因组学、转录组学、表观遗传学等领域。

该技术能够高效、准确地测定 DNA 或 RNA 的序列,为生命科学研究和临床诊断提供了强大的工具。

本文将探讨高通量测序技术的应用与发展。

一、高通量测序技术的应用高通量测序技术广泛应用于以下领域:1. 基因组学基因组学是研究生物基因组结构、功能和演化的科学。

高通量测序技术已经使得人类基因组计划和其他生物基因组计划得以实现。

高通量测序技术可以在较短的时间内测定整个基因组的序列,从而揭示生物的基因组组成,并为进一步研究生物的遗传机制提供了重大的帮助。

2. 转录组学转录组学是研究生物基因表达的科学。

高通量测序技术的出现使得转录组学得以实现。

RNA-Seq是一种高通量测序技术,可以直接测定所有转录本的数量和序列,为研究基因的表达和调控提供了重要的信息。

3. 表观遗传学表观遗传学研究表观遗传信息的传递和维护。

高通量测序技术可以测定基因组上的 DNA 甲基化和染色质构象等表观遗传信息,揭示生物表观遗传调控机制的新奥秘。

二、高通量测序技术的发展高通量测序技术经历了以下几个阶段的发展:1. 第一代测序技术第一代测序技术采用 Sanger 测序法,需要大量的人工操作,时间和成本都很高。

虽然第一代测序技术测序准确度很高,但无法应对大规模测序的需求。

2. 第二代测序技术第二代测序技术采用高通量测序仪,通过并行测序的方式,大大提高了测序速度和效率。

第二代测序技术有多种,包括 Illumina 测序、Ion Torrent 测序和 PacBio 测序等。

这些技术有其优缺点,但总体来说,它们带来了高通量测序的革命。

3. 第三代测序技术第三代测序技术提供了更高的测序速度和更长的读长,从而提高了测序的质量和深度。

第三代测序技术有多种,包括 Nanopore 测序和 PacBio 测序等。

这些技术虽然还存在一些问题,但已经成为高通量测序技术未来的发展方向。

高通量测序技术的发展现状与趋势

高通量测序技术的发展现状与趋势

高通量测序技术的发展现状与趋势随着基因组学领域的不断发展,高通量测序技术(High-throughput sequencing technology)逐步成为基因组学和生命科学研究中的重要手段。

通俗地说,高通量测序技术可以快速地读取、记录和分析生物体中大量的DNA和RNA序列信息,从而帮助科学家们更好地理解生物体内的基因组学结构和功能。

目前,市场上已经有多种高通量测序技术可供选择,包括Illumina,ONT,PacBio等。

其中,Illumina技术是目前应用最广泛和最成熟的高通量测序技术之一。

Illumina的高通量测序仪具有高精度、高通量和成本效益等优点,在全球范围内得到了广泛的应用。

随着科学家们对高通量测序技术的需求不断增加,技术水平和性能也在不断提高。

比如,最新的Illumina NovaSeq 6000系统可实现每天读取3.6TB的数据,而PacBio的Sequel II系统则可以读取超过1万bp的开放通道(reads)。

此外,南方科技大学与英特尔公司合作推出的桑格(Sangong)测序系统采用光栅投影技术,可以将读取深度提高至每秒1.4亿的速度。

除此之外,还有一些新的高通量测序技术不断涌现。

比如,Oxford Nanopore Technologies (ONT) 公司研发的MinION测序仪,采用纳米孔技术,可以实现实时的长读取(Real-time long reads),有助于减少错误率和重叠区域的数量。

同时,还有云端测序、单细胞测序和元转录组测序等新技术也在逐步成熟。

面对日益增加的生物大数据,人工智能(AI)技术也被引入到高通量测序技术中。

比如,常用的AI算法可以帮助科学家们更精确地检测和分类基因型,提高检测和筛查的效率。

另外,AI技术也可以用于生物数据的分析和存储,提高数据的利用价值。

未来,高通量测序技术的应用还将不断扩展,尤其是在医学领域和生物工程技术中。

比如,在癌症早期诊断、个性化治疗和疾病预防方面,高通量测序技术可以提供可靠的基因组标记和基因型鉴定,帮助医学工作者更好地理解疾病的发病机制和个体差异。

高通量测序技术的进展与应用

高通量测序技术的进展与应用

高通量测序技术的进展与应用高通量测序技术是目前生物学领域中最广泛应用的一项技术,其在生命科学研究和医学诊断、治疗中有着不可替代的作用。

本文将从高通量测序技术的发展历程、技术原理、应用领域和未来趋势方面进行探讨。

一、发展历程高通量测序技术的发展可以追溯到上世纪的80年代。

当时,首个基于PCR技术的DNA测序方法问世,为分子生物学领域带来了重大变革。

1990年前后,Sanger测序技术被广泛应用于基因组测序和位点分析,这项技术开创了20世纪末的基因组学时代。

但是,由于Sanger测序技术需要耗费大量时间和成本,并且无法适应大规模测序的需要,因此新的高通量测序技术应运而生。

2005年,第一代高通量测序技术(454测序技术)问世,它可以同时测序多个DNA分子,实现了快速和大规模的DNA测序。

此后,Illumina、Ion Torrent、PacBio等公司也推出了各自的高通量测序平台,其样本并行测序的能力比前一代增加了一百多倍。

二、技术原理高通量测序技术的核心原理是基于DNA构建数百万条文库片段,利用芯片封装技术,在特定反应条件下,通过DNA合成和缩并等过程,以独立片段的形式测序,最终得到数十亿条测序数据。

根据不同公司或技术平台的测序原理和放大方式,可以将高通量测序技术分为四大类:Illumina测序、Ion Torrent测序、PacBio测序和Nanopore测序。

Illumina测序:基于桥扩增和双端测序的原理。

将DNA分子分解成片段,连接到芯片上的相应网格内。

反复复制这些片断,进行桥样PCR扩增,得到簇集。

簇集上每个DNA分子的两端被同步测序,测序所得的碱基被反复合成,最终得到拼接的读取结果。

Illumina测序的特点是高通量、低成本、高准确度。

Ion Torrent测序:基于半导体芯片检测技术的原理。

将DNA分子分成片段,扩增成DNA簇集,添加碱基到半导体芯片表面,将引物与硫酸缓冲液加至芯片内部。

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中国科学B辑:化学 2009年 第39卷 第7期: 580~589 《中国科学》杂志社SCIENCE IN CHINA PRESS金属组学:高通量分析技术进展与展望李玉锋①, 高愈希①, 陈春英①②*, 李柏①, 赵宇亮①②, 柴之芳①①中国科学院高能物理研究所核分析技术中国科学院重点实验室, 北京 100049;②国家纳米科学中心纳米生物效应与安全性中国科学院重点实验室, 北京 100190* 通讯作者, E-mail: chenchy@, chenchy@收稿日期:2008-12-16; 接受日期:2008-12-22摘要金属组学是系统研究一种细胞、组织或完整生物体内全部金属原子的分布、含量、化学种态及其功能的新兴综合学科, 它的提出受到人们越来越多的关注。

本文综述了金属组学的研究方法, 并对各种方法的特点和局限性做了比较说明. ICP-MS与NAA技术可实现多元素同时定量分析, 同步辐射微束CT及μXRF, EDX, PIXE, SIMS及LA-ICP-MS亦可实现金属组分布研究. 金属组学研究目前正处于发展初期, 仍有许多困难特别是分析仪器及方法方面的问题有待解决. 已有的金属组形态及结构分析工作大多数采用的是较低效率的分析方法, 一些正在发展中的关键技术平台, 如HTXAS可真正实现高通量的形态或结构分析. 此外, 生物信息学有望成为金属组学研究的重要工具之一. 关键词金属组学金属组研究方法进展1引言生命体系中99.9%的物质由11种元素组成, 这些元素称为宏量元素. 与之相对应, 其余占0.1%的元素称为微量元素. 微量元素(主要为金属及类金属元素)的含量虽然非常低, 却是生命存在的重要物质基础之一. 比如, DNA及RNA的合成离不开DNA和RNA聚合酶(含锌酶)的催化; 在体内扮演不再角色的过氧化氢酶、固氮酶、铁传递蛋白及细胞色素等蛋白质(酶)的活性中心均含有数量不同的铁原子[1]. 鉴于这些微量金属及类金属元素的重要性, 2002年10月, Haraguchi提出了系统研究细胞、器官或生物组织中金属或类金属元素的新的研究方向——“金属组学(metallomics)”是综合研究生命体内, 特别是一种细胞内, 自由或络合的全部金属原子的分布、含量、化学种态及其功能的综合学科(the integral study of the location, distribution, identity, species, quantity and functions of free and complexed metals in biological systems, especially within a given cell type). 与之相对应, 细胞、器官或组织中金属及类金属蛋白质、酶或其他含有金属的生物分子及游离金属及类金属离子的集合则称之为“金属组(metallome)”[2,3], 即金属组指一个生物体系中的所有含金属物种.金属组学的提出已经引起了学术界的广泛关注, 国际上金属组学研究进展十分迅速, 不论基础理论还是技术方法, 都在不断进步和完善. 目前, 英国皇家化学会刊物Journal of Analytical and Atomic Spectrometry于2004年和2007年分别发行了两期金属组学专刊[4], 同时该刊还建立了金属组学与生物元素形态分析网站(/ Publishing /Journals /JA/News/biological_content.asp). 2007年底, 首届国际金属组学会议于日本名古屋举办, 来自世界各地的约400专家学者与会(http://www.ism2007.580中国科学B辑: 化学 2009年第39卷第7期org/), 而第二届国际金属组学会议已于2009年6月于美国辛辛那提市举办(/plasma- chem/iswm/index.htm). 国际上第一个金属组学研究中心-美洲金属组学研究中心也已于美国西西那提大学成立. 此外, 英国皇家化学会于2009年1月起发行名为的Metallomics的刊物, 这是金属组学研究领域的第一本专业性期刊(/Publishing/ Journals/MT/index.asp), 为金属组学学科的发展提供了一个良好的平台.国内学者也给予金属组学较大的关注. 江桂斌等人[5]于2005年对金属组学的概念进行了介绍并对金属组学的研究方法特别是金属组的分离与检测方法进行了总结. 2008年4月, 金属组学与金属蛋白质组学研讨会于北京成功举行, 来自法国Pau大学、丹麦国家食品研究所及香港大学、北京大学医学部、复旦大学、厦门大学、中国科学院生态环境研究中心、国家纳米科学中心以及中国科学院高能物理研究所等多家单位的科研人员报告了各自在金属组学领域的最新进展(/news/news2008 /080504.htm).2金属组学的研究内容金属组学的研究对象是生命体系中的所有金属元素, 故金属组学也可称为金属辅助的功能生物化学(metal-assisted function biochemistry). 结合金属元素在生命体系中作用, Haraguchi提出, 金属组学的研究内容包括:(1) 生物体液、细胞、器官中元素的分布分析; (2) 生物体系中元素的形态分析; (3) 金属组的结构分析; (4) 应用模型络合物阐释金属组反应机理; (5) 金属蛋白质和金属酶的鉴定; (6) 生物分子和金属的代谢研究; (7) 基于多元素分析的与微量元素相关的健康和疾病的医学诊断; (8) 化学治疗中的无机药物的设计; (9) 地球上生命体系的化学演变; (10) 医学、环境科学、食品科学、农业、毒物学、生物地质化学中的其他金属辅助功能性生物科学等[3].3金属组学的研究方法组学研究方法的最大特点是高通量(high-th- roughput), 金属组学的研究方法必须能够同时检测多种金属组(含量、分布及其相互作用等)或一种金属的多种形态. 根据金属组学研究内容可以看出, 金属组学的研究方法应该包括:高通量金属组含量研究技术; 高通量金属组分布研究技术; 高通量金属组形态分析技术; 高通量金属组结构分析的技术及其他技术等. 以下我们将对现有的各种分析技术进行总结, 对这些方法的特点和局限性作简单说明.3.1高通量金属组定量分析方法基于等离子体(plasma)技术的仪器如电感耦合等离子体发射光谱 (ICP-AES) 及电感耦合等离子体质谱(ICP-MS)是高效、高灵敏度的多元素定量分析技术, 因而非常适合金属组的研究. 相对而言, ICP- AES测定灵敏度较低, 选择性也较差, 而ICP-MS的检测限可达pg/g级, 比ICP-AES高2~3个数量级[6]. 对ICP-MS而言, 液体和气体样品可以直接进样, 对固体样品也可通过激光烧蚀(Laser Ablation, LA)技术进行直接测试, 所以ICP-MS的测试范围很广[7]. 由于LA-ICP-MS具有数据采集快、样品前处理少及灵敏度高等优点, 目前已广泛应用于复杂的生物样品、环境样品及地质样品中的元素测定.中子活化分析(NAA)是另一种重要的多元素定量分析技术, 它可以同时测定样品中多达30种元素的含量. 它的检测限可低至10−6~10−13 g/g[8]. 中子活化分析的基本原理是, 样品中的稳定核素(A Z)在入射中子流的作用下发生中子捕获反应, 生成放射性核素(A+1Z), A+1Z具有一定的半衰期, 它发生衰变时会发射β粒子和γ射线. 利用高分辨的γ射线谱仪检测样品受中子照射后产生的γ射线的强度即可实现对样品中元素进行定性或定量分析. 中子活化分析技术的一个最大优点是基质干扰非常少, 这是因为无论是探针(中子流)还是分析信号(γ射线)都与样品中的其他元素不发生作用. 另外, 由于不涉及样品消化或溶解, 可最大程度地避免试剂或实验室的污染[8].因此, ICP-MS, NAA均为优异的多元素分析技术, NAA更可实现固体样品的非破坏性分析, 而配备了激光烧蚀系统的ICP-MS同样也可实现该目标. 在获得样品中不同元素的含量后, 可以对其进行相关性分析, 从而可以发现不同元素间的相互关系. 例如, 人们发现无机汞暴露的鱼类, 海洋哺乳动物或海鸟,581李玉锋等: 金属组学:高通量分析技术进展与展望动物及人类体内硒与汞含量具有正相关, 而这种相关性的发现有助于人们进一步研究硒与汞的协同或拮抗作用研究[9].3.2高通量金属组空间分布的研究方法除了金属组的总含量研究, 金属组的空间分布研究同样非常重要, 因为研究金属组的分布有助于了解金属组的生物可利用度及其在生物体系内的转移、功能等. 研究金属组分布的技术包括:(1) 基于X射线荧光技术的同步辐射X射线微区荧光分析(SR- μXRF); (2) 基于质谱技术的LA-ICP-MS与二次离子质谱(SIMS)等.X射线荧光分析是一种多元素分析技术, 它通过检测元素受入射X射线激发后发生的特征荧光进行分析[10]. 若采用高能质子流作为激发光, 则称之为PIXE, PIXE具有比XRF更高的灵敏度[11]. XRF中的X 射线若采用同步辐射光, 则可实现绝对检测限10−12~10−15 g, 其相对检测限为几个μg/g, 甚至可达ng/g水平[12]. XRF主要为元素定性技术, 但也可实现对元素的定量研究[13].SR-μXRF是目前研究金属组分布的最热门的技术之一. 通过聚焦系统, 如K-B镜(Kirkpatrick-Baez mirror system)、Fresnel波带片(Fresnel zone plate)等的调节, 可将光斑调节到微米甚至是纳米级水平, 这样就可以研究小到细胞水平上的金属组分布特征. 例如, Carmona等人[14]利用K-B镜将同步光源聚焦至90 nm后研究了多巴胺能细胞株中金属组的分布. 他们发现, 多巴胺囊泡中的铁主要为颗粒状分布于神经突及神经末梢, 另一方面, 他们发现, 不同细胞的神经突均蓄集铜、锌甚至是铅元素. 但能实现纳米级分辨率的XRF实验装置目前尚只有欧洲ESRF (European Synchrotron Radiation Facility)及美国ALS(The Advanced Light Source)等少数几家, 多数SR-μXRF的分辨率在微米级, 例如, Gao等人[15]利用SR-μXRF对暴露于纳米铜的线虫模型中元素分布进行了研究, 发现经纳米铜暴露后, 线虫体内铜、钾元素含量明显增加, 而且铜在体内的分布也发生改变. He等人[16]利用同步辐射X射线荧光及ICP-MS技术研究了稀土长期暴露6个月后对大鼠脑中微量元素分布的影响, 发现40 mg/kg剂量组大鼠经稀土氯化镧和氯化镱长期暴露后, 稀土La和Yb有明显的蓄积, 提示稀土可通过血脑屏障进入大脑, 同时脑中Mg、Ca、Fe、Cu、Zn、Mn和Co等微量元素的分布发生了变化. 此外, 稀土在血清、肝脏和骨头中都有蓄积, 而且Mg、Ca、Fe、Cu、Zn、Mn和Co等元素的分布也发生了变化. 对样品进行线扫描(一维)或面扫描(二维)可得到细胞、组织或器官切片中金属组分布的信息, 但这些信息均基于对样品表面扫描的结果. 要获得样品的立体信息, 就需要对其进行三维扫描(3D SR-XRF). 利用共聚焦系统可实现样品的三维扫描, 其深度分辨率可达10~40 μm, 而其检测限可达亚mg/kg级[17]. 除3D SR-XRF外, 同步辐射微束荧光CT(SR-XRF computerized tomography)同样可实现样品的三维扫描, 其空间分辨率为1~2 μm[18].X荧光还可与电子显微镜如透射电子显微镜(TEM)或扫描电子显微镜(SEM)结合用于测定拟南芥的根、茎, 小鼠肝组织及锥体神经元中金属的空间分布研究[19,20]. 虽然SEM-EDX及TEM-EDX 的分辨率可达10 nm左右, 但其检测限较差, 在g/kg 水平[21], 不适用于生物样品中微量元素研究.利用微区扫描PIXE同样可研究动植物组织及人血细胞、肿瘤细胞中金属组的分布[22~24]. 同时, 利用共聚焦技术, 三维微区扫描PIXE也已研制成功, 通过检测由 3 MeV质子流激发产生的Ti-K 特征X光发射谱线 (4.558 keV), 其空间分辨率可达4 μm[25].与XRF相比, 质谱技术最大的优势在于更低的检测限, LA-ICP-MS的检测限为亚mg/kg级, 分辨率同样可达到10 μm[21]. 因此, 目前LA-ICP-MS已广泛应用于地学[26,27]、生物样品, 如植物叶子、蛇尾、树年轮、大鼠脑、人脑切片及人牙齿的金属组分布研究[28,29].二次离子质谱(SIMS) 是用质谱法分析由几千电子伏能量的一次离子打到样品靶上溅射产生的正、负二次离子的方法. 其主要优点是可以分析包括氢、氦在内的几乎全部元素(不易离子化的稀有气体元素除外)及其同位素, 其检测限为ng/kg 水平、分辨率为10 μm[30]. SIMS是一种局部破坏性技术, 不适合一些活的生物样品的检测, 但也有人利用SIMS研究了大豆根系、葡萄籽、动物组织及细胞等样品中金属组的分582中国科学B辑: 化学 2009年第39卷第7期布[31~33]. 也正是由于这种局部破坏性特点, 可以通过逐层扫描的方式实现微区面的成分分析和深度剖析, 两者结合即可完成三维微区分析.表1对以上几种技术进行了归纳. 可以看出, SR- μXRF, PIXE, LA-ICP-MS及 SIMS均为优异的金属组分布研究技术, 它们的检测限通常在mg/kg水平且分辨率在μm水平. 虽然TEM-EDX及SEM-EDX具有更好的空间分辨率, 但它们的检测限在g/kg水平, 不适于生物样品中微量元素分布研究. 与商业化的LA-ICP-MS及SIMS相比, 依托于大型装置的SR-μXRF 及PIXE的机时有限, 故其应用也受到了一定限制.3.3高通量金属组的形态及结构分析方法金属组的分布与结构分析方法的流程可由图1所示.从图1可看出, 金属组形态及结构分析通常涉及到样品金属组提取(酸、碱提取, 酶解)、分离(GC、LC、EC及GE等)、检测(ICP-MS及NAA等)、鉴定(MALDI-TOF-MS及ESI-MS等)及结构分析(PX、XAS、NS等). 上述各步骤需要高通量分析手段才能满足金属组学研究的高通量分析要求. 前面提到:ICP-MS和NAA将具有多元素同时检测能力, 是高通量元素分析的有力手段, 但这些技术均不能给出物种信息, 因而形态分析中需要事先提取金属组, 并将各含金属物种分离.表2显示了分子活化分析技术(Molecular Acti-vation Analysis, MAA)研究微量元素的化学形态的例子, 它综合利用前处理技术与NAA检测技术对生物及环境样品中的元素形态进行分析[34].表1 几种研究金属组分布的高通量分析技术的性能方法激发源可探测元素区分同位素维数检测限分辨率参考文献SR-μXRF 同步辐射X射线周期表中氧以后的元素否1~3D ~mg/kg ~μm [33]SR-XRF CT 同步辐射X射线周期表中氧以后的元素否3D ~mg/kg 1~2μm [18]EDX X射线管周期表中氧以后的元素否1D, 2D~ g/kg nm [21]PIXE 质子周期表中钠以后的元素否1~3D ~mg/kg 4μm [25]LA-ICP-MS 等离子体几乎所有元素是1D, 2D~ mg/kg 10 μm [21]SIMS 离子束几乎所有元素是1~3D ng/kg 10μm [30]图1 联用技术研究金属组的形态及结构流程图其中, LC, 液相色谱; GC, 气相色谱; EC, 电色谱; GE, 凝胶电流; MALDI-TOF-MS, 基质辅助激光解析电离飞行时间质谱; ESI-MS, 电喷雾质谱; NMR, 核磁共振质谱; CD, 圆二色谱; IR, 红外光谱; PX, 蛋白质晶体学技术; XAS, X射线吸收谱; NS, 中子散射谱583李玉锋等: 金属组学:高通量分析技术进展与展望3.3.1金属组学研究中的样品制备与前处理生物样品形态分析时通常涉及到前处理, 湿法消化如酸、碱提取及酶解是最常见的方法. 本步骤中的关键是要求保证样品中金属组的形态不能在酸、碱或酶的作用下发生变化. 因为在研究样品中汞的形态时发现, 前处理可导致某些无机汞转化成甲基汞[35,36]. 通过超声波或微波辅助技术, 可以实现样品的批处理.3.3.2金属组学研究中的形态分离与分析样品中金属组经提取后, 在进行种态分析时, 首先需要进行分离, 因为现有元素分析技术如ICP-MS 或NAA只能检测元素, 无法得到其形态信息. 分离手段可包括:(1) 基于色谱技术的分离方法, 如液-固萃取中的HPLC, 固相萃取(solid-phase extraction, SPE)和固相微萃取(solid-phase microextraction, SPME)、液-液萃取中的溶剂萃取, 压力液相萃取(pressurized liquid extraction, PLE)及液-气萃取中的GC和吹扫技术等[37]; (2) 基于电泳技术的分离方法, 如1-D、2-D GE, 毛细管电泳(CE), 毛细管区带电泳(CZE), 毛细管凝胶电泳(CGE), 胶束电动毛细管(MEKC)及毛细管阵列电泳(CAE)等[38].表2 MAA方法研究的微量元素的化学形态研究示例元素研究对象研究目的主要结果稀土元素植物叶片[39,40]探讨与稀土元素结合的生物大分子发现了某些新型与稀土元素结合的多糖及DNA 铂素元素白垩纪-第三纪地层[41,42]探讨地层中异常铂素元素的来源无论海泥还是陆地层, 非酸溶相中铱富集约50%I 1. 海草[43]2. 人肝[44]探讨I的分布 1. 海草中一半的碘与蛋白结合2. 肝细胞中细胞核中碘含量最高, 胞液、线粒体、溶酶体及微粒体中碘含量则依次降低Cr 1. 富铬酵母[45]2. 大鼠[46]1. 检验铬元素是否进入酵母细胞2. 探讨铬缺乏与糖尿病的关系1. 铬可以通过细胞壁进入酵母细胞2. 在患糖尿病大鼠体内, 铬参与糖及脂类代谢Hg 人发[47]探讨汞在母子间的传播甲基汞很容易从母体转移到胎儿Se 人肝[48,49]研究硒在人肝细胞的亚细胞组分中分布 1. 几乎一半的硒存在于细胞核中2. 鉴定了8种含硒蛋白基于色谱技术的分离方法通常效率较低. 比如, 无论是HPLC还是GC, 都需要单次进样, 而多个SPE 柱的同时应用使得批量分离成为可能. 柱切换(column-switching)技术是另一种可提高分离效率的方法, 其主要优点有:(1) 前处理简单, 自动化操作. 样品只需简单处理即可将血浆乃至全血直接进样测定. (2) 富集被测组分, 提高了分析灵敏度. 尤其是水溶性较大的组分, 无法用液-液萃取时, HPLC柱切换技术特别奏效. (3) 不需用内标物. 由于进样体积较大, 处理样品的全过程由仪器程序控制, 可获得很高的精密度与重现性[50].基于电泳技术的分离方法已在蛋白质组学研究中获得广泛的应用. 凝胶电泳技术(GE), 尤其是2D 凝胶电泳技术是分离蛋白质的有力方法, 但若想分析蛋白质中的金属组, 就需要利用ICP-MS及NAA等技术的配合. 而GE难以与ICP-MS或NAA等金属组检测器进行在线联用, 故难于实现自动化, 仍属于低通量方法. 与之相比较, 毛细管电泳(CE)可以很容易与其他检测器连接, 从而实现自动化操作. 目前CE与ICP-MS连接可用于分析检测金属卟啉、环境样品中Sb的形态、测定维生素B1等[51].3.3.3金属组学研究中的形态鉴定通常情况下, 对于已知稳定的化合物, 如甲基汞、有机硒、砷或锡化合物等, 可通过与标准样品的保留时间比对而得以确认. 生物体中硒的存在形式有中性和离子形态的无机和有机硒化合物、硒代氨基酸和各种硒蛋白、含硒蛋白. 喻宏伟等人[52]建立了在线分离分析生物样品中含硒化合物的联用方法, 用反相离子对高效液相色谱(RP-IP-HPLC)分离含硒化合物, 用电感耦合等离子体质谱(ICP-MS)在线分析硒含量, 实现了对硒酸钠、亚硒酸钠、硒代胱氨酸、硒代胱胺、硒代蛋氨酸、硒代尿素和三甲基硒离子等7种生物体常见的含硒小分子的分析. 生物样品中复杂的基体成分对硒化合物的保留值和峰形影响较小, 且不影响出峰次序, 各含硒化合物加标回收率在584中国科学B辑: 化学 2009年第39卷第7期93%~117%, 定量分析结果也比较准确. 此方法操作简便, 灵敏度高, 重现性好, 适合于各种生物样品中含硒小分子的形态分析. Li等人[53]利用HPLC-ICP-MS 研究了长期汞暴露人群补硒后尿液中汞、硒形态的变化, 尿中汞主要以无机汞的形式存在, 补硒后尿中硒主要以硒代胱胺酸的形式存在. 但应该指出的是具有相同的保留时间并不能保证他们是同一种化合物. 因此, 鉴于生物样品的复杂性, 在色谱图中经常可发现无法指认的色谱峰, 就需要应用分子质谱学技术, 如MALDI-TOF-MS或ESI-MS来确认或确定其分子信息. MALDI-TOF-MS通常难以与上述的分离技术在线联用, 而ESI-MS却可以与HPLC等分离技术在线连接. 目前, HPLC-ICP-MS与ESI-TOF-MS联用已成功鉴定了富硒酵母中的多种含硒化合物[54]. 在蛋白质组学中普遍使用的凝胶电泳, 由于其高分辨率, 结合近年快速发展起来的微量进样系统和高灵敏度的检测器(如LA-ICP-MS、Nano HPLC-ICP-MS和Cap HPLC-ICP-MS)也越来越多地应用于硒蛋白的研究, 而且由于其取样微量, 在对凝胶中蛋白质进行硒定量分析后, 蛋白质条带或斑点中余下部分还可用于MALDI-TOF-MS和Nano HPLC-ESI-MS/MS进行蛋白质的识别和测序. 应该注意的是, 虽然MALDI- TOF-MS及ESI-MS可用于样品形态的鉴定, 但由于它们的检测限比较差, 故其在金属组学中的应用也受到了一定的限制.3.3.4金属组学研究中的结构分析金属组学中的结构分析方法有基于辐射光的方法及核磁共振技术等.基于辐射光的方法可获得原子水平的结构信息. 其光源可包括X射线、γ射线及中子流等. 在基于X射线的结构分析技术中, 单晶X射线衍射谱是研究晶体三维结构的强有力工具, 它的分辨率可达0.15~2 nm, 但由于需要获得单晶, 故其实际应用受到一定的限制. 而X射线吸收谱(XAS), 特别是X射线吸收精细结构光谱(EXAFS)无需晶体样品即可获得样品的局域结构信息, 可以原位探测吸收原子的2~3个邻近配位壳层,获得目标元素的电子结构信息和化学结构信息, 其空间分辨率可达0.1~1 pm[55], 所以XAS已成为研究微观结构重要的手段之一.例如,L i等人[56,57]利用XAS原位研究了长期汞暴露人群头发及血液中汞的形态, 发现汞主要与硫结合, 头发中汞为三配位, 而血液中汞为四配位. 另外, 通过XAS还可对由单晶X射线衍射谱所得到的结构尤其是局域结构进行精修, 从而获得更精确的结构信息[58].穆斯堡尔谱(Mössbauer spectroscopy)同样是一种研究局域结构的方法, 它是基于γ射线吸收或发射的方法[59]. 穆斯堡尔谱在生物样品中应用的最大局限在于可供检测的同位素较少. 生物体系中, 穆斯堡尔谱研究最常见的同位素是57Fe, 利用穆斯堡尔谱可以研究生物样品的铁蛋白[60].采用中子作光源的技术,如单晶中子衍射(SCND)可为单晶X射线衍射提供有力的补充, 因为它可以在20 nm的分辨率上研究像氢等的轻元素原子[61]. 而小角X射线散射(SAXS)及小角中子散射(SANS)均可以得到固态或液态生物样品的结构信息, 其分辨率为100 nm左右, 同样他们均不需要获得样品的单晶[62].核磁共振谱(NMR)同样可以给出样品的三维结构信息, 其分辨率与单晶X射线衍射相媲美, 达到0.15~2 nm[63]. NMR最大的优势是它可在溶液中直接测定, 无需晶体形式的样品. NMR测定晶体结构的一个问题是, 即使是同一个单晶样品, NMR可获得一系列(10~50个)能够符合晶胞结构的信息, 而单晶X射线衍射获得的是一个或只有几个符合条件的结构. 因此, 对NMR获得的晶体结构常常需要进行再确认.由于每次只能测定一个样品, 故上面提到的这些结构表征的方法通常都是低通量研究方法, 但目前已有研究者提出通过高通量XAS(HTXAS)的研究方法研究蛋白质中的金属组. 例如, Scott等人[64]用高通量技术克隆标记表达和纯化了源自pyrococcus fu-riosus的大约2200个开读框架中的25个重要基因, 收集到专门设计的25孔样品架中(样品孔直径 1.5 mm, 以5×5方式排列于2.54 cm聚碳酸酯支架上), 每孔装0.2~1 mmol/L蛋白质溶液3 μL(此量远少于X 射线衍射晶体学研究和核磁共振研究的样品用量). 在SSRL的BL9-3B束线上, 用1 mm×1 mm的同步辐射光斑分析样品中的金属组分布, 然后根据元素分布情况, 用30元固体探测器对目标蛋白进行进一步种态分析(XANES)和结构分析(EXAFS). 利用这种方585。

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