序列提交软件sequin使用方法
最全的向NCBI递交序列说明
Sequin提交序列详细步骤本帖子转载时请注明作者：潍坊学院生物与农业工程学院刘福（1）从/Sequin/index.html下载最新版本的sequin软件，并按照要求安装软件。
具体要求为：在C盘建立一个名为sequin的文件夹，然后将下载的sequin.exe 移入此文件夹中，然后打开此可执行文件安装即可。
下图为安装完成后界面：（2）若想提交到Geenbank，则只需要点击Start New Submission即可；若想提交到EMBL 则需选中EMBL，然后点击Start New Submission即可。
点击后出现的页面如下：（3）第一个标签Submission：什么时候发表你的序列？可以选择①Immediately After Processing即Geenbank工作人员处理完毕你的序列后就将其发表到Geenbank内。
②Release Date即选择让Geenbank工作人员发表到Geenbank内的时间。
Tentative title for manuscript 这一项一般填写你将发表论文的暂定题目或已发表论文的题目。
（4）完成后点击Next Page,出现以下界面：此处填发见图内，需要解释的是Sfx是别命的意思，中国人一般不需要填写；M.I为中间名，中国人也不需要填；邮箱地址是负责最终提交序列者的，不一定是序列的作者的，如你导师是作者，你是负责给他提交者，则这里就填写你的邮箱，其他信息填写你导师的。
注：0086为中国国际代号，必须加上。
（5）完成后，点击Next Page，出现以下界面：为填写序列作者的界面，前一步填写的联系人被自动列为第一作者，然后往下继续填写其他作者，此处只显示三行，当你填写完第三个后，通过拖动滚动条后面将会还出现填写的表格，直到将所有作者填写完毕。
另外Consortium 为参与序列获取的机构名，当以此机构名义发表序列时可以填写，上面的作者也一并填写。
（6）完成后，点击Next Page。
向GenBank批量上传序列的方法
向GenBank批量上传序列的方法Qin1.利用DNAstar的editSeq制作待序列的FASTA文档：待上传序列删减至合适长度后，将待上传序列全部打开随后点击File - export as one，保存文件格式为：*.fas ，将待上传序列全部归至一个FASTA 文档。
注意序列命名：2.在GenBank的Submission Tools里，下载序列信息编辑软件Sequin。
:// /Sequin/〔下列图中点击Instructions下载软件〕注意打开安装文件后，程序会自动安装在安装包所在的文件夹。
3.打开Sequin，点击Start New Submission。
4.随后选择序列发布日期，输入论文题目。
假设之前保存有模板，可以点击下面的“Click here to import a template”导入。
模板导出在下文的第五点提到。
5.联系人、作者信息、机构或者学校信息建议导出模板，之后修改信息时可以直接导入模板而不需重新输入。
6.选择上传的序列类型。
7.导入之前准备好的FASTA文件：导入之后，输入序列ID〔序号ID相当于编号，可以自由命名，只要各个序列的ID不一致即可。
在这里以病人编号作为序列ID〕：导入序列成功后，显示各个序列信息如下：点击Sequencing Method，将测序方法输入：选择上传序列的用途：病毒类型：8.编辑每条序列的信息：点击Import Source T able可以导入模板，点击Export This Table 可以输出模板备用。
9.选择核酸类型，序列内容后，点击Open Record Viewer。
10.添加每条序列的信息，包括编码区重复区RNA结构等等。
双击相关信息可进行修改，点击Annotate添加相关信息。
11.检查信息是否有误〔也可以点击Search里的Validate检测是否有明显错误〕：有些错误是可以忽略的，如上传的序列为CDS序列，那么软件报错”序列无终止子”时可忽略。
最全的向NCBI递交序列说明
Sequin提交序列详细步骤本帖子转载时请注明作者：潍坊学院生物与农业工程学院刘福（1）从/Sequin/index.html下载最新版本的sequin软件，并按照要求安装软件。
具体要求为：在C盘建立一个名为sequin的文件夹，然后将下载的sequin.exe 移入此文件夹中，然后打开此可执行文件安装即可。
下图为安装完成后界面：（2）若想提交到Geenbank，则只需要点击Start New Submission即可；若想提交到EMBL 则需选中EMBL，然后点击Start New Submission即可。
点击后出现的页面如下：（3）第一个标签Submission：什么时候发表你的序列？可以选择①Immediately After Processing即Geenbank工作人员处理完毕你的序列后就将其发表到Geenbank内。
②Release Date即选择让Geenbank工作人员发表到Geenbank内的时间。
Tentative title for manuscript 这一项一般填写你将发表论文的暂定题目或已发表论文的题目。
（4）完成后点击Next Page,出现以下界面：此处填发见图内，需要解释的是Sfx是别命的意思，中国人一般不需要填写；M.I为中间名，中国人也不需要填；邮箱地址是负责最终提交序列者的，不一定是序列的作者的，如你导师是作者，你是负责给他提交者，则这里就填写你的邮箱，其他信息填写你导师的。
注：0086为中国国际代号，必须加上。
（5）完成后，点击Next Page，出现以下界面：为填写序列作者的界面，前一步填写的联系人被自动列为第一作者，然后往下继续填写其他作者，此处只显示三行，当你填写完第三个后，通过拖动滚动条后面将会还出现填写的表格，直到将所有作者填写完毕。
另外Consortium 为参与序列获取的机构名，当以此机构名义发表序列时可以填写，上面的作者也一并填写。
（6）完成后，点击Next Page。
sequin软件序列提交
这是选择 Uncultured sample项出现的 内容
选择导入核酸序列，这个就是本PPT第4页说 述格式。之后选择右上角的测序方法，选择 相应的方法（如一般测序就是sanger,高通量 有454，等）就OK了。点击NEXT
这里你可以根据自己需要自由选择。
无需选择，直接点击NEXT。
一般功能基因都是CDS，核糖体基 因rRNA, 或者ITS，视自己情况选择。
此处为 批量提 交
若每次只提交一个序列可以选择这个选项
此处导入序列
此处可以忽略
此处必须进行修订，双击 点击进行修订
出现错误基本是此处缺失序列的具体分类信息，点击lineage
添加完分类信息后点击此处
若无任何问题按上述地址发邮件
谢谢 祝各位提交顺利
Genebank序列提交
leolvcxm99 Leo924.student@
序列提交
• 序列提交目的是为了获得Genebank登录号， 一般的文章都需要并且非常重要。 • 序列提交首先要使用软件sequin进行编辑。 • 其次将编辑好的序列用邮件发送至 Genebank编辑邮箱，一星期左右就会得到 序列登录号。
Uncultured bacterium clone B1-14 ammonia monooxygenase subunit A (amoA) gene, partial cds. 此处信息根据你的基因类型可以参考BLAST里面信息写
序列另起一行顶格输入
Sequin序列编辑
选择所提交的数据库 开始提交
序列编辑
• 首先将确定分类的序列进行编辑，可以将 同类（同门）菌株放入同一个文件夹。 • 格式：建立一个*.TXT的文档，里面键入的 格式如图。
此处如果是纯培养菌株就写[strain=B1-14] >B1-14 [organism=Uncultured bacterium][clone=B1-14] [isolation_source=glaicer foreland soil][country=China] 此处一定要写，否则编 辑会专门发邮件向你要 这些信息。
sequence用法
SEQUENCE函数用法SEQUENCE函数是Excel2021新增函数中的一个，这个函数提供的转换能力令人惊讶！今天和大家一起来认识这个函数。
SEQUENCE函数的语法为：=SEQUENCE(rows,[columns],[start],[step])其中，rows：行数。
columns：可选的，列数。
start：可选的，序列的起始值，默认值是1。
step：可选的，序列的步长，默认值是1。
基本用法示例三个例子你就懂了在工作表中输入公式：=SEQUENCE(10)，会得到一列十行的数组。
ps：如果你的版本不支持数组自动扩展，就需要先选中10个单元格，输入公式后三键结束。
在工工作表中输入公式：=SEQUENCE(5,3)，会得到三列五行的数组。
调整两个参数的位置，公式=SEQUENCE(3,5)则会得到五列三行的数组。
注意，到序列填充的顺序是从左至右、由上至下。
如果想首先填充列，则使用TRANSPOSE函数进行转置：=TRANSPOSE(SEQUENCE(10,3))日期函数和SEQUENCE函数有点意思吧还可以使用SEQUENCE函数和日期函数进行组合，得到日、月、季度或年的序列。
例如，公式=SEQUENCE(10,,TODAY())可以生成10个日期序列。
ps：需要修改单元格格式为日期。
公式=DATE(2022,SEQUENCE(12),1)可以得到一年中每个月的第一天。
使用公式=DATE(2022,SEQUENCE(1,MONTH(TODAY())),1)可以得到当前日期之前的每个月的第一天，并且在一行显示。
值得一提的是，使用TODAY函数使公式具有了动态性，因此它会随着时间的推移而扩展。
当10月来临的时候，将会显示到10月！SEQUENCE函数在数据排列方面的应用以后再也不用烧脑了如下图所示，原数据都在一列中，我们可以使用SEQUENCE函数将其快速转换成行列排列的表。
使用公式=INDEX(A2:A16,SEQUENCE(5,3))得到的效果。
序列(sequence)的简易使用方法介绍
3. 修改序列 ALTER SEQUENCE
你或者是该SEQUENCE的owner，或者有ALTER ANY SEQUENCE 权限才能改动SEQUENCE. 可以alter除start至以外的所有SEQUENCE参数.如果想要改变start值，必须 DROP SEQUENCE 再 重新创建SEQUENCE .
START WITH 10000 --起始数值
INCREMENT BY 1 --每次增加1
NOCYCLE --一直累加不循环
CACHE 20 --缓存
ORDER ;
还有一些其他参数,比如:
NOMAXVALUE --无最大值
NOCACHE --不设置缓存
如果指定CACHE值，ORACLE就可以预先在内存里面放置一些sequence，这样存取的快些。cache里面的取完后，oracle自动再取一组到cache。使用cache或许会跳号， 比如数据库突然不正常down掉（shutdown abort),cache中的sequence就会丢失. 所以可以在create sequence的时候用nocache防止这种情况。
可以使用SEQUENCE的地方：
- 不包含子查询、snapshot、VIEW的 SELECT 语句
- INSERT语句的子查询中
- NSERT语句的VALUES中
- UPDATE 的 SET中
可以看如下例子：
INSERT INTO CUX_DEMO_TABLE VALUES
(CUX_DEMO_SEQUENCE.NEXTVAL, 123 , 'IBAD' , 'MARK' ,'Y');
2.使用序列
SEQUIN3中文使用说明书
SEQUIN3.0Sequin3.0是NCBI为了方便各国参与测序工作的分子生物学研究人员将序列输入到由Genbank，EMBL，DDBJ联合组成的国际协作核酸序列数据库(International Nucleotide Sequence Database Collaboration)而设计的一个客户端软件，使用户可以不需要上网就能够实现序列输入，格式的定制，和在序列数据库中的注册、修改、更新。
与其他的输入方法，如NCBI提供的另外一种在线序列注册工具Bankit相比，Sequin提供许多自动处理功能对序列进行格式定制，避免了手工输入的麻烦和格式不统一，并且，在大量相关数据输入时，Sequin可以方便的直接根据各个序列前的数据行读入各个序列的注释信息。
Sequin3.0是该程序的最新版本，与上一个版本2.9相比，3.0修改了程序的网络配置功能，解决了位于防火墙后的一些用户无法用该程序联网的问题。
另外对在2.9版本中发现的一些小的BUG也作了修正。
该程序具体的序列输入操作包括简单模式和复杂模式两种：一．简单模式：打开Sequin3.0可进入如下开始界面，然后选择了需要进行数据注入的数据库后就可以开始序列输入，对各个数据库序列输入的过程中信息填写都是一样的，只是最终生成的数据格式互不相同。
序列的具体输入过程是下面几个界面，按照要求填写即可：这一页是填写序列引用信息，包括文章（稿件）名，通讯作者联系方式，前三个作者列表，和作者所属机构。
这一页是选择所注入的序列的格式，程序会根据不通格式直接自动读入生成一些序列注释信息。
最后这页是输入序列，在上一页中选择不通格式，页面会有所不同，主要是表明序列的来源，包括来源物种的种属名，菌株号或克隆系列号等，对多序列还要进行注释，输入序列时是使用FASTA格式进行导入，即将各序列按照如下的FASTA格式加上序列头信息后保存成文本格式的文件再导入到Sequin中。
核酸：>ID [org=scientific name] [strain=name][clone=name] title蛋白：>ID [gene=symbol] [prot=name] title这样就完成了序列的简单输入，进入到以下的提交界面：这时可以利用程序提供的自动检查功能（Search菜单中的Validate命令）对输入的序列格式进行检查，之后向数据库提交可以通过三种方式：1．用File菜单中的Prepare submission将输入的序列及注册信息合成为提交文件，之后再用Email发给各个数据库的收件信箱Genbank: gb-sub@EMBL: datasub@DDBJ: ddbjsub@ddbj.nig.ac.jp2．用File菜单中Submit to NCBI来发送。
Excel中sequence函数的序列生成技巧
Excel中sequence函数的序列生成技巧Excel中sequence函数是一种强大的工具，能够方便地生成序列。
在Excel中，使用sequence函数可以快速生成指定的数值序列，并且可以按照一定的步长和规则进行调整。
本文将介绍一些使用sequence函数的技巧和示例，帮助读者更好地运用这一函数。
1. 生成基本序列通过sequence函数，可以轻松生成基本的数值序列。
该函数需要三个参数：序列的长度、起始值和步长。
例如，若想生成1到100的整数序列，可以使用如下公式：=SEQUENCE(100,1,1)这个公式的意思是生成一个长度为100的序列，起始值为1，步长为1。
通过填写不同的参数，我们可以生成不同的序列。
2. 递增/递减的序列sequence函数可以根据设置的步长生成递增或递减的序列。
例如，若想生成从1到100，步长为2的整数序列，可以使用如下公式：=SEQUENCE(50,1,2)这个公式的意思是生成一个长度为50的序列，起始值为1，步长为2。
通过修改步长，我们可以得到递增或递减的序列。
3. 生成日期序列sequence函数还可以生成日期序列。
在Excel中，日期被表示为序列号，起始日期为1900年1月1日。
例如，若想生成从2022年1月1日开始的连续7天的日期序列，可以使用如下公式：=SEQUENCE(7,1,DATE(2022,1,1),1)这个公式的意思是生成一个长度为7的日期序列，起始日期为2022年1月1日，步长为1天。
通过填写不同的参数，我们可以生成指定日期范围内的日期序列。
4. 生成自定义序列除了基本的数值和日期序列外，sequence函数还可以生成自定义的序列。
例如，若想生成一个由字符串组成的序列，可以使用如下公式：=SEQUENCE(5,1,"A",1)这个公式的意思是生成一个长度为5的序列，起始值为"A"，步长为1。
通过修改起始值和步长，我们可以生成不同的自定义序列。
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1. 填写作者、联系方式等，可以将这一部分存为模板，以后修改时可以省去大量时间。
2. 选择序列准备方法”use the normal submission dialog”
3. 选择序列格式
Submission type：single sequence（单条序列）
Batch submission（批量提交，适用于相似的多条序列）
4. 载入DNA序列：
将DNA 序列保存为FASTA格式（注意序列不要有“—”，尤其是多条序列时，较短的序列末端可能会用“—”补齐，可以用记事本打开文件，删除）。
序列名称不要超过32个字符，可以用简单的编号。
5. 选择测序、拼接方法
6. 添加物种名称
7. 补充蛋白信息（如果序列是编码序列，则要提交蛋白序列信息）若为ITS序列见后
用MEGA或BioEdit将DNA序列翻译成蛋白序列，如果有含子，则先要找出含子并切除，否则不能翻译成功。
（确定含子位置方法：先从GenBank上下载一条该基因已经提交并注释好的序列，跟自己的序列比对一下，然后根据下载序列的注释确定自己序列的含子位置）
8. 注释
9. 添加分类地位
10. mRNA 添加“Name = 基因全称”CDS添加“product = 基因全称”
11. 更改序列标题（编号）；Source 添加“strain = ”：
Modifiers > organism
12. 保存
若点击Done之后可以保存，则说明序列修改成功，可以提交了；若有错误则会提示，修改好之后再保存。
ITS序列
7. 以下信息无需填写
8.
9. 此时进入预览页面会有错误提示，可以忽略。
10. 添加miscRNA
11.。