Scifinder绘图面板介绍
合集下载
SciFinder使用指南(图示讲解)
A
35
反应物中没有硫 醇的缩硫醛化反 应共330个
A
36
A
37
A
38
对1，4，5，8－萘四酰二亚胺的修饰
物质的盐，同位素，混合物，聚合物 查询物质是目标物质的一部分
环锁定工具
结构与查询物质相似，但不相同
原子锁定工具，被锁定的原子不允许接取代基
A代表氮原子链接除氢原子外的任何基团
A
39
符合检索条件的物质共有2013个
反应结构式 反应产率 反应步数 反应类别
A
31
重复基团工具，乙基的数目可以为1－5个，扩大硫醇范围
A
32
获取所有反应物 中有硫醇的反应
如果要用到 combine功 能一定要存 储为sfr格式
A
33
退回到所有缩硫 醛化反应的界面
A
34
两次结果之和
两次结果重合的部分 结果A去除结果B的部分 结果B去除结果A的部分
A
46
例二 得到具备一定条件的结构信息
问题： ➢存在多少种环结构 ➢X= F，Cl， Br，I 分别有多少种物质 ➢R1=H，OH，X分别有多少物质
R1= H，OH，X R2= O，S
A
47
检索物质的途径
主题检索 Explore
Research Topic
文献链接物质。Get Related
按化学结构 检索化学反应
A
8
用介词of, with, by, beyond 连接关键词,不要使用布 尔逻辑符
选择有“Concept”和“closely associated”字样的检索结果
A
9
选择框
检索结果数目
A
scifinder网页版使用说明
更多细节化内容，请参考 /cas
24
提纲
CAS is a division of the American Chemical Society.
Copyright 2011 American Chemical Society. All rights reserved.
14
CAS is a division of the American Chemical
Society.
Copyright 2011 American Chemical 3S0ociety. All
PUBLICATION YEAR 出版年限分析
rights reserved.
25
20
15
10
了解该领域的研究历史和发展 5
22
文献结果保存
CAS is a division of the American Chemical Society.
Copyright 2011 American Chemical Society. All rights reserved.
使用Export将结果输出
Citation manager: 保存成 RIS格式，用于导入EndNote 等文献管理工具
SCIFINDER WEB的注册和登陆
SciFinder Web的系统要求 Windows用户支持IE 7.x或者FireFox 2.x Mac 用户支持 Firefox 和 Safari Java 安装（初次使用结构时自动安装）
Java插件的下载
0 2012 2011 2010 2009 2008 2007 2006 2005
Natural Order 出版年限排序
15
作者分析：
பைடு நூலகம்发现本领域、课题 的主要研究人员， 以及同行评审专家
24
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北京理工大学SciFinder Web使用介绍
2
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美国化学文摘社—Chemical Abstract Service
ACS的分支机构，创立于1907年 致力于跟踪、索引并提炼全球化 学相关的科技文献信息 最先创立了纸本《化学文摘》 Chemical Abstracts TM 总部位于俄亥俄州的哥伦布市 拥有约1,300位员工，其中数百 位科学家们在从事数据的编辑工 作 上万种期刊及63个专利发行机构 的专利被浏览并添加索引，收录 到CAS数据库中 在全球拥有1,800多家客户，包 括著名高校、名牌企业及主要的 专利机构
SciFinder S iFi d Web W b
Th choice The h i for f chemistry h i t research. h
北京理工大学 京 大学SciFinder Web使用介 使用介绍
唐蜜 SciFinder培训专员 2012.10
提纲
介绍
– SciFinder Web中的内容 – SciFinder Web的注册和登陆
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案例一：查询MBR相关文献
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SciFinder使用说明
第三章 物质检索 ......................... 29
3.1 物质检索概览及物质结果界面 .............................................................................................................. 29 3.1.1 物质检索（Explore Substances）........................................................................................... 29 3.1.2 物质检索答案集的界面 .............................................................................................................. 29 3.2 物质标识符检索（Explore Substances by Substance Identifier） ........................................... 31 3.2.1 概览 .............................................................................................................................................. 32 3.2.2 检索举例 ...................................................................................................................................... 32 3.2.3 物质详情 ...................................................................................................................................... 33 3.2.4 物质标准菜单 .............................................................................................................................. 36 3.3 结构编辑器（Structure Editor）....................................................................................................... 37 3.3.1 启动结构编辑器的方法 .............................................................................................................. 37 3.3.2 结构编辑器的构成 ...................................................................................................................... 39 3.4 结构检索 .................................................................................................................................................. 63 3.4.1 概览 .............................................................................................................................................. 63 3.4.2 精确结构检索(Exact research)............................................................................................... 63 3.4.3 亚结构检索（Substructure Search）..................................................................................... 70 3.4.4 相似结构检索 .............................................................................................................................. 89 3.5 Markush 检索 .......................................................................................................................................... 96 3.5.1 概览 .............................................................................................................................................. 96 3.5.2 检索方法举例 .............................................................................................................................. 97 3.6 分子式检索（Molecular Formula）..................................................................................................... 98 3.6.1 分子式输入规则： ...................................................................................................................... 98 3.6.2 分子式检索举例 .......................................................................................................................... 99
scifinder介绍及使用教程
Scifinder 的功能和特点
检索功能
Scifinder 支持关键词、化合 物结构、反应式等多种检索 方式，方便用户快速找到所 需信息。
结构绘图
Scifinder 内置了强大的化学 结构绘图功能，用户可以方 便地绘制和修改化学结构。
数据筛选
Scifinder 支持对检索结果进 行筛选，用户可以根据需要 选择符合特定条件的文献和 数据。
如何正确使用相似结构检索功能
总结词
理解相似结构的概念
详细描述
相似结构检索是指通过输入一个化学结构或分子式，在 Scifinder 中查找与之相似的其他分子或化合物。在使用 此功能之前，需要先了解相似结构的定义和判断标准。
总结词
选择合适的相似度阈值
详细描述
在相似结构检索中，需要选择一个合适的相似度阈值来限 定相似度的范围。不同的阈值会导致不同的检索结果，用 户可以根据实际需求选择合适的阈值。
总结词
结合其他检索条件使用
详细描述
在使用相似结构检索功能时，可以结合其他检索条件如关 键词、分子属性等进行综合检索，以获得更精确的结果。
THANKS
03
还可以设置Scifinder的个性化推送和提醒功能，以便更好 地使用Scifinder。
03 Scifinder 检索功能
基本检索
简单易用
Scifinder的基本检索功能为用户提供了一个简单易用的界面，用户只需输入关键词，即可快速检索到相关的科研文献、专利 和化学物质信息。
高级检索
高级筛选
如何解决检索结果为空的问题
总结词
无效的检索条件
详细描述
当检索结果为空时，可能是由于输入的检索条件无效或过 于宽泛所致。请检查检索条件是否正确，并尝试缩小检索 范围或使用更具体的关键词进行检索。
SciFinder使用指南(图示讲解)
1查询所有的缩硫醛化反应在1中去除2chohshs30反应数目96231反应结构式反应产率反应步数反应类别scifinder提供了多种方式缩小检索范围的方法32重复基团工具乙基的数目可以为15个扩大硫醇范围33获取所有反应物中有硫醇的反应如果要用到combine功能一定要存储为sfr格式34退回到所有缩硫醛化反应的界面35两次结果之和两次结果重合的部分结果a去除结果b的部分结果b去除结果a的部分36反应物中没有硫39对1458萘四酰二亚胺的修饰a代表氮原子链接除氢原子外的任何基团环锁定工具原子锁定工具被锁定的原子不允许接取代基物质的盐同位素混合物聚合物查询物质是目标物质的一部分结构与查询物质相似但不相同40符合检索条件的物质共有2013个41对氮原子所连基团的分析原子被取代分析可变基团分析设置的r基团分析准确度分析环分析立体结构分析44引用的文献被引用的情况涉及的物质涉及的反应其他网络资源的信息46小结analyze对研究课题的全面了解refine找到您真正感兴趣的文献getrelated对研究课题的拓展延伸47例二得到具备一定条件的结构信息问题
反应信息 管制信息 商品来源信息 文献的信息
环骨架分析
可变基团分析
R基团分析
• 例三
检索酸性卤化物转化为醛的反应
官能团之间的反应
原子锁定工具
环锁定工具
反应位置标记工具 反应官能团列表 反应原子标记工具
假如我们只想得到一步反应
假如我们规定反应物必须是乙酰氯
定位查找某一参考文献或物质
• 最好使用介词而不用Boolean运算符，如AND 、OR、
NOT；介词能被识别； • 识别常用缩写、复数、过去式等； • 不能用！或*等截词符或通配符 • 可用括号，括号内为前词的同义词；
检索技巧
反应信息 管制信息 商品来源信息 文献的信息
环骨架分析
可变基团分析
R基团分析
• 例三
检索酸性卤化物转化为醛的反应
官能团之间的反应
原子锁定工具
环锁定工具
反应位置标记工具 反应官能团列表 反应原子标记工具
假如我们只想得到一步反应
假如我们规定反应物必须是乙酰氯
定位查找某一参考文献或物质
• 最好使用介词而不用Boolean运算符，如AND 、OR、
NOT；介词能被识别； • 识别常用缩写、复数、过去式等； • 不能用！或*等截词符或通配符 • 可用括号，括号内为前词的同义词；
检索技巧
scifinder使用手册
研发工具Scifinder《使用说明书》第一章 Scifinder数据库介绍1.1 Scifinder数据库1.1.1 检索系统支持的检索方式：主题检索、物质名称检索、分子式检索、结构式检索、亚结构式检索、相似结构式检索、反应式检索、类反应式检索、分析与二次检索。
作者、机构名称、杂志名称、专利号、CA号检索结果后处理系统：Scifinder不仅仅包含有分子式、反应式和结构式（包括亚结构检索）等多种检索功能，而且在得到初步检索结果的基础上还可以进一步利用超过20个选项的后处理功能以最快的速度找到最精确的答案。
它已经超越了检索工具的范畴，而成为研发人员不可或缺的研发工具。
包含的信息量：大于2600万条文章记录；3000多万个有机无机物质，5800多万生物序列，1100多万条单步多步反应。
信息时效：1907年－至今1.1.2 原文下载系统Scifinder具有强大的期刊和专利链接，收录了全世界9500多种主要期刊和50多家合法专利发行机构的专利文献中公布的研究成果，占全球化工信息的98%。
其中能直接链接原文的化工类核心期刊1365种，约占全球英文版电子化工类期刊总数的90%，几乎包含了所有高影响因子期刊。
1.2 Scifinder的化学学科覆盖事实上，Scifinder数据库囊括了自20世纪以来所有与化学相关的资料，以及大量生命科学及及其它科学学科方面的信息。
1.2.1 生命科学领域遗传学、基因组学、酶学、蛋白质组学、实验内科学、生物化学、生物技术学、分子生物学、微生物学、细胞生物学、药理学等能够保证将9大主要专利组织2日内发布的与生物加工方法、蛋白质组技术、新遗传学工艺，及其它对现代药品开发至关重要的课题等相关的专利收录进来；通过Scifinder访问遗传学、酶学、生物化学、生物技术学及更多科学信息。
用户可查找：摘自细胞、科学、核酸研究、现代药品开发资料及其它知名期刊的科学信息。
1.2.2 传统化学领域有机化学高分子——聚合物、塑料、纺织、橡胶粘合剂等应用化学和化学工程——加工、工业化学、金属/合金、陶瓷、环境等物理化学、无机化学和分析化学1.3 Scifinder检索路径汇总第二章 Scifinder 检索界面2.1 Scifinder检索界面登录Scifinder 后出现一下界面（默认为新任务窗口）：2.2 Scifinder 主检索界面点击新任务(New Task)按钮，出现Scifinder 主检索界面，这是各个检索路径的共同起点，是进入检索的入口。
scifinder使用教程课件
•
The invention discloses a reduced-type
glutathione, pH regulator, supporter and antioxidant. Reduced glutathione is identified by (1) dissolving the freeze-dried
引用率排名第（127,5769）
美国化学学会会志 Journal of Organic Chemistry
引用率排名第1（17,9573)
2020/10/20
有机化学
scifinder使用教程
9
Scifinder 介绍Ⅲ ——两个主要数据库
CAS Registry
CAplus
- 3100多万物质和5800万序列 - 通过名称、分子式、结构式检索物质或 者用 BLAST检索序列 - 通过实验或者计算得到的物质性质数据 - CAS RN -每日新增4000多个物质或序列
Scifinder 介绍Ⅳ ——四个独特数据库
CASReact
Medline
-1250万条单步或多步反应（尤其专 利中的反应）
-70多个国家4780多种医学类期刊 130万条文摘记录
- 结构和亚结构检索 -CAS RN -每日新增600~1300新反应
-美国国立医学图书馆出品 -每周更新4次
时效性
Chemlist
高 实用性
ChemCats
- 23万多备案或管控物质 - CAS RN -每周新增约50种物质
强 - 世界750家厂商850类800多万种化 学品商业来源物质 -CAS RN
2020/10/20
scifinder使用教程
11
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
或许我们需要的只是这样的转化; 可以对环系进行扩展。
24
定义一个不定环
虚线：环系可 以是饱和的或 不饱和的； R基团：R=C , N, O or S; 重复基团定义 工具：环系可 以是6员环至8 员环； 原子标记工具： 反应前后的原 子相对应。
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进行亚结构检索
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反应角色定义工具
原子标记工具
（标记反应前后相对应的原子）
反应位置标记工具
（标记反应过程中形成或断裂的键）
代表任意的键，可以是 单键、双键或者三键
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反应检索高级应用举例
–
不定环反应定义
–
结构中包含特定基团的反应查询
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33
用环锁定工具锁定结构中的环系和碳链，保证环系 不成为别的环系的一部分，保证碳链不会成环。
15
限定之后的结果集
对限定之后的结果集进行Substance Role分析，选择有制备信息的物质。
16
得到物质角色为制备的物质结果集
17
再使用Analyze中的Elements对物质中的元素进行分析
继续用Analyze / Refine 进行后处理，获取更多的结构信息。
18
提
纲
专题一： 结构面板的全方位介绍 专题二：亚结构检索具有特定结构要求的物质 专题三：反应检索的思路 专题四：高级反应检索应用举例
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3
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将CAS号、SMILES、InChI等转换 为结构式
将所画结构存为模板，保存之后 的模板可以点击 直接使用
检查原子、键之间是否有空隙， 防止单一结构被当成碎片检索
对绘图面板进行个性化设置，如 结构式的格式、常用元素等
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④ 如果只知道反应物或产物中的部分结构片段，想查找特定的 转化，怎样实现呢？
X R
N R
N X N
N X N
片段A
检索要求： 1. 2. 3. 反应物中包含片段A与Boc基团，但是Boc位置不确定 可以是吡啶环或嘧啶环（R=C，N） Boc在反应前后不能发生破坏
限定之后的结果集
31
不定环定义的一般过程
1. 一般是设定成四元环或五元环，或是在原有环系上进行改造；
2.
用虚线代表所有的饱和或不饱和环系；
3.
设置R基团（一般为C, N, O, S），包含所有的碳环和杂环。
4.
使用重复基团定义工具扩大环系范围；
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2
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控制面板上的功能键
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案例一：有机物通式结构的亚结构检索
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SciFinder结构绘制工具
铅笔 元素周期表 可变基团 重复基团工具 模版工具 碳链工具 索套选择工具 选择工具 环锁定工具 旋转工具 正电子 原子锁定工具 镜面旋转工具 C原子和单键恢复工具 单双键，RS构 型，不确定键 定义工具 结构检索选择 橡皮 常用基团 R基团定义工具 可变位置连接工具 结构和反应切换功能
–
结构中包含特定基团的反应查询
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② 如何定义一个不定环？
以下转化在SciFinder中并没有找到反应结果，如何进行拓展检索？
34
这种情况需要从物质出发检索反应
R1=C,N 原子锁定，锁定 Boc上的3个甲基 通过结构检索，检 索包含片段A和Boc 的所有物质
35
亚结构检索，获得包含片段A和Boc的物质
是否执行碎片检索
选择单一组分，保证两 个片段在一个结构中
36
所有检索出来的结构，都包含片段A和Boc
这些物质，都是符合 我们要求的反应物， 在SciFinder中可以直 接先获得这些物质所 参与的反应，在考虑 从中筛选我们需要的 反应。
禁止过量下载 严禁账号分享 严禁将账号用于非学术研究
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Comprehensive Content Sophisticated Analysis Unprecedented Results
7
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可变位置连接工具
重复基团定义工具
环锁定工具
（保证环结构不成为别的环系的一部 分；保证链状结构不会成环）
原子锁定工具
（保证原子不发生别的取代）
可以检索到 不能检索到
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亚结构检索以下结构通式的物质
O R HN
2-5
R=S, P, NH2
X
要求： 1 苯环上任意取代一个卤素 2 碳链可以重复2至5次 3 R基团可以是S, P或氨基
将结构通式绘入画图面板，进行亚结构检索。
12
物质检索界面
13
亚结构检索结果
链状结构成为环系的一步限定
王晓鹏 SciFinder 培训专员 Mail：tina@ Tel:010-82335058-807 答疑QQ：1148184331
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Copyright 2011 American Chemical Society. All rights reserved.
王晓鹏 SciFinder 培训专员 Mail：tina@ Tel:010-82335058-807 答疑QQ：1148184331
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Thank You
Copyright 2011 American Chemical Society. All rights reserved.
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提
纲
专题一： 结构面板的全方位介绍 专题二：亚结构检索具有特定结构要求的物质 专题三：反应检索的思路 专题四：高级反应检索应用举例
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负电子
常见环，多元环工具
SciFinder中的反应定义工具
结构和反应切换功能
反应检索选择
反应箭头 反应角色定义工具 反应原子标 记工具 反应位置标记工具
反应官能 团列表
6
元素周期表
可变基团
常用官能团 R基团
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