分子生物学相关软件操作与说明
常用分子生物学工具汇总【最新版】
常用分子生物学工具汇总书目资料库管理系统1、ReferenceManager v11.0【说明】ReferenceManager是一个专门设计来管理书目参考文献的资料库程序。
任何需要收集参考文献做研究之用或需要制作书目的人都可以使用Reference Manager更轻易地管理资料。
Reference Manager受到全球学术机构以及商业、研究机构的研究人员、图书馆员和学生广泛地使用。
【功能】a、快速地从草稿中准备格式化的内文引用文献和参考书目b、建立并维护部门的研究资料库c、追踪再版馆藏d、为研究人员或图书馆赞助者管理新知通报服务e、从不同的参考文献来源(如:联机、光碟、网际网络资料服务)收集参考文献f、为学生建立指定阅读清单g、建立教职员出版品清单h、编目特殊馆藏2、Endnote7.0【说明】Endnote由ThomsonCorporation下属的Thomson ResearchSoft开发，是SCI的官方软件，具备直接连接上千个数据库、边书写论文边插入参考文献、管理数十万条参考文献等的功能。
其所占系统资源容量小，基本不会发生因Endnote数据库过大而电脑死机的现象。
【功能】a、在线搜索文献:直接从网络搜索相关文献并导入到Endnote的文献库内b、建立文献库和图片库:收藏，管理和搜索个人文献和图片、表格c、定制文稿:直接在Word中格式化引文和图形，利用文稿模板直接书写合乎杂志社要求的文章。
d、引文编排:可以自动帮助我们编辑参考文献的格式序列获得和同源性比对1、NCBI-Genbank【说明】GenBank是美国国家生物技术信息中心(NCBI)建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划( Benson等，1998)。
为保证数据尽可能的完全，GenBank 与EMBL(欧洲分子生物学实验室)、DDBJ建立了相互交换数据的合作关系。
(生物类研究生必学)DNAMAN、DNAstar、primer5.0、Endnote常用功能介绍
EndNote
EndNote 是THOMSON 公司推出的最受欢迎的一 款产品，是文献管理软件中的佼佼者。其具有海量 文献信息的管理、全文管理、笔记管理、自动编排 论文或书籍的参考文献、利用杂志全文模版撰写论 文、统计与分析等功能，强烈推荐！！！
养成良好的阅读习惯，不管做实验还是写文章将会 事半功倍。
8. 引物5′ 端和中间△G值应该相对较高，而3′ 端 △G值较低。
△G值是指DNA 双链形成所需的自由能，它反 映了双链结构内部碱基对的相对稳定性，△G值越 大，则双链越稳定。应当选用5′ 端和中间△G值相 对较高，而3′ 端△G值较低（绝对值不超过9）的 引物。引物3′ 端的△G 值过高，容易在错配位点形 成双链结构并引发DNA 聚合反应。
DNAstar
DNAstar软件，即著名的Lasergene Suite，功能
主要有：序列的格式转换，序列拼接和重叠克隆群 的处理；基因寻找；蛋白质结构域的查找；多重序 列的比较和两两序列比较；寡核苷酸设计（PCR引 物，测序引物，探针）。由EditSeq 、MegAlign 、GeneQuest 、MapDraw 、PrimerSelect 、 Protean 、SeqMan II七个模块组成。
类型⇒选择相应的要打开的文件
序列格式转换 ① 载入序列 ② 主菜单栏⇒序列⇒显示序列
寻找酶切位点 ① 载入序列 ② 主菜单栏⇒限制性酶切⇒限制性酶切分析
序列比对 ① 主菜单栏⇒序列⇒比对⇒多重序列比对 ② 工具栏⇒多重序列比对
DNAstar功能强大，这里主要讲EditSeq。
运行EndNote后，出现的第一个界面如下：
我们可以新建一个数据库：
如何将文献导入数据库
1. 电脑里的本地文献 选择Import File出现以下界面：
分子生物学软件简要功能介绍
分子生物学软件简要功能介绍在进行分子生物学研究时，常需要用到各种计算机软件。
这些软件种类不少，功能大致相同，到底使用哪个，其实可根据各人的使用习惯来选择。
下列的软件，大部分可在网上找到全功能的版本或各种演示版或试用版，只要以软件名为关键词用搜索引擎搜索就可以了。
网上也有此类各种软件的总结。
下面为此类软件的简单介绍：1.三维分子类2.DNA分析3.RNA分析4.蛋白质分析5.生化教学6.生化工程7.序列格式转换8.引物分析9.序列综合分析10.进化树分析11.质粒绘图12.图像处理13.数据处理14.检索与阅读15.基因芯片16.其他功能软件17.化学绘图18.化学应用19.在线综合工具20.在线蛋白工具21.RNA analysis22.在线引物设计1.三维分子类RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME：直接在浏览器中观看3D分子MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构PDViewer：PDB格式文件的查看程序Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示CN3D：3D分子结构观察软件WPDB：PDB文件检索显示分析软件DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具gopenmol：显示并分析分子结构及其特性POV-Rayv：生成三维图像工具软件MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件Mol2Mol：分子文件格式转换软件PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图PLATON：通用结晶学软件工具Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件 Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件JMVC：使用JAVA技术编写的三维分子查看器ReView：读取及分析XYZ格式三维分子文件Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包Moilin：分子构建与观察软件Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模Biodesigner：免费的分子建模与显示软件MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件 Viewer Activex Control：三维分子显示控件MarvinView：JAVA语言编写的化学分子二维与三维显示程序ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件Amira：高等三维显示建模系统AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具Visualize：分子建模和研究软件包ScientificGL：C++OpenGLAPI三维分子开发工具Sojourner：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件2.DNA分析DNAClub：DNA处理软件JaMBW：分子生物学软件包DNATool：功能很全面的DNA序列分析工具包pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图ANNHYB：用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具ABIView：ABI格式文件显示与编辑软件Chromas：ABI格式文件显示与编辑软件Sequence viewer：获取与观察从GSDB获取的DNA序列数据及其关联特性的工具DNAssist：DNA序列分析工具DNAProbe：核苷酸序列设计工具DnaSP：DNA序列种群遗传学分析软件DFW：DNA分析软件Artemis R4：以Java语言写成的序列查看工具’ACT R1：以Java语言写成的序列比较查看器GDA：主要用来进行不连续基因数据的统计分析 RDP：从一组排队比较(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件Sequencher：装配DNA小片段为大的连续序列或毗连(序列)群"Contig"软件MehCalc：自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件ConsInspector：DNA蛋白结合位点预测识别软件MatInd与Matlnspector：快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具GBuilder：JAVA语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件GenomePixelizer：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件3.RNA分析RNAdraw：RNA二级结构分析软件RNAstructure：预测RNA 级结构图RnaViz：RNA二级结构图绘制程序4.蛋白质分析ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包pSAAM：蛋白序列分析软件包VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包5.生化教学mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来linpath.zip：线性酶反应模拟软件protlab：蛋白质纯化仿真软件MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序Biochem：生化教学文件photo：光合作用教学程序Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示Virtual Cell Lab：多媒体细胞生物学教学程序6.生化工程brd.zip：生物反应器(发酵罐)设计软件BioStat：BioStatB发酵罐控制程序PenSimv：青霉素发酵模拟软件BioProSim：发酵实时模拟软件7.序列格式转换vised：序列输入分析和格式转换软件ForCon：多序列文件格式转换软件SeqVerter：序列格式转换软件GeneStudio LE Version：序列格式显示、编辑与转换工具软件FASTA/BLAST SCAN：FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件RevComp：序列格式转换软件8.引物分析primer Premier 5.0：引物设计工具Oligo：引物分析著名软件Primer Designer：专门用 pASK-IBA～pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件Array Designer：批量设计DNA和寡核苷酸引物工具Beacon Designer：PCR定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件NetPrimer：基于WEB界面的引物设计程序9.序列综合分析pcgene：分子生物应用软件 MACAW：多序列构建与分析软件Clustal W：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件Clustal X：ClustalWWindows界面程序FASTA：数据库中查找同源序列软件GeneDoc：对序列进行相关分析等操作BLAST与Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数BioEdit：序列编辑器与分析工具软件DAMBE：综合性序列工具软件LaserGene：综合性序列工具软件SeaView：图形化多序列队列编辑器 Jalview：用Java语言写的多序列队列编辑器DNASIS：序列综合分析工具Genamics Expression：是一个DNA与蛋白序列分析工具Vector NTIViewer：载体查看软件Jellyfish：多功能序列分析软件ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件Gap4 database viewer：Gap4基因装配数据库读取显示软件SMS：DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件Staden：综合序列分析工具软件包Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包INCA：Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序ISYS：NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台DNA Scriptor：DNA与蛋白序列综合分析软件Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件10.进化树分析phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树TreeView：进化树处理软件GeneTree：比较基因与种系进化树的程序NDE：用来编辑NEXUS格式文件的程序TreeMap：用来可视化地比较主、从进化树的程序Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件Phyltools：计算与处理进化树数据的软件tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具ATV：JAVA语言编写的显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件软件TREECON：构建和绘制进化树的软件包ProBiosys比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件11.质粒绘图Plasmid Processor：绘制质粒图软件Plasmid ProcessorPro：绘制质粒图软件，与Plasmid Processor是同一个作者WinPlas：质粒绘图软件商业版DMUP：环状质粒绘图软件测试版Plasmid Toolkit：质粒绘制软件pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图Redasoft Visual Cloning：是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版SimVector：质粒图绘制软件12.图像处理Image Tool：科学用途的处理图像软件Image J：用Java语言写成的科学用途的处理图像软件Cross Checker：基因指纹图分析软件ALFmap：ALF(Amersham Pharmacia)图像格式转换软件Band Leader：凝胶图像处理软件Scion lmage：图像处理与分析工具OSIRIS：通用医学图像处理与分析软件Melanie 3 Viewer：免费Melanie图像查看器Smart Draw：流程图绘制软件演示版GIMPWin：图像处理自由软件ChromoZoom：比较两个图像的相同与不同之处软件bandscan：蛋白凝胶电泳图像分析软件SigmaScanPro：图像分析软件30天全功能演示版SigmaGel：凝胶图像分析软件TotalLab：图像分析软件Lablmage：凝胶图像分析软件GelDiff：定量比较两个2D凝胶图像的不同之处的JAVA软件Timediff：分析蛋白/基因表达图谱时间序列的JAVA软件QuantiScan：使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件PDQuest：分析2维凝胶并生成数据库的标准软件13.数据处理CurveExpert：用于ELISA标准曲线拟合的软件Cliekh Graph：实验数据作图软件Statistica：专业统计软件GraphPad PRISM：著名的数据处理软件NoSA：中文非典型数据统计分析系统CrossGraphs：多变量数据库图形显示软件SigmaPlot：绘图和数据分析软件包30天全功能评估版SYSTAT：数据统计分析与作图的利器30天全功能演示版SigmaStat：智能统计软件30天全功能演示版PeakFit：自动分离、拟合与分析非线性数据软件TableCurve：自动两维曲线拟合与经验公式查找软件TableCurve ：自动三维曲面拟合与经验公式查找软件SPSS：非常权威且有名的数据统计处理软件30天全功能演示版Origin：易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件DATb：进行生物曲线拟合与数据分析的免费软件数据作图助手：对实验结果进行数据分析和作图的专业软件14.检索与阅读PatentIn：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件Checker：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件ica32t.exe：中国生物学文献数据库检索客户端软件PathDB检索程序：(代谢途径数据库)检索程序PubCrawler：Medline文献库与GenBank核酸序列库检索软件NetRoseBrowser：PDG格式浏览器Book Express：专门用于超星数字图书下载的工具软件EndNote：专业参考文献查询软件Reference Manager：专业参考文献查询软件Procite：参考资料检索管理软件Sequin：数据库GenBank，EMBL，DDBJ查询软件MiniViewer：数图阅览器Compresslt：JBG(NLC)”JPG转换功能软件Refs：参考文献管理软件Scholars Aid：文献参考资料等日常资料的整理软件paperworks：免费的参考文献管理软件KD：知识仓库建库管理系统15.基因芯片AMADA：用来组织、研究、显示、分析微数组(Microarray)数据软件ScanAlyze：进行微矩阵荧光图像分析软件Cluster：对大量微矩阵数据组进行分析处理的软件TreeView：用图形来显示Cluster软件分析的结果软件AMAD：微数组数据库ArrayMakerv：Stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档J-Express：分析微矩阵(Microarray)实验获得的基因表达数据的软件16.其他功能软件digitizer：图形数字化软件，可以将曲线图转化为数据与等式Graph Paper：坐标纸打印软件DynaFit：酶动力学数据或配体—受体结合数据处理软件Migrate：从遗传学角度，估算人口移民率程序arlequin：人口遗传学软件正交设计助手：正交实验设计辅助工具软件FBAT：家族遗传相联检验的统计程序GGT32：图形化基因型表示软件CERVUS：使用共显性标记数据推断亲缘关系的软件Jarnac：代谢过程模拟软件包Gepasi：化学与生物化学反应动力学仿真与优化软件BCT：微生物趋向性模拟程序StochSim：随机生物化学反应模拟软件Bio_MW：生物化学分子量计算软件MatchCode：将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件Map Manager：回交、杂交与重组自交系分析遗传作图实验结果的软件MolEco：以遗传学方法评估杂乱交配频率的软件Canvas：绘图软件免疫室管理系统：中文免疫室综合软件Cyrillic：家谱绘图软件Frozen Cell Stock Monitor：用来管理储存在液氮容器中的生物样品(例如细胞系、血清等等)的程序MICE：虚拟动物饲养设施，用来帮助管理饲养设施中的实验动物软件DBsolve：代谢及酶—受体结合模拟软件boxit：管理生物样品的数据库系统GRR：检测系谱误差(pedigreeerrors)的应用软件健康药霸：药典类的软件AceDB：基因组数据库软件MAPL98、DIAL98与GEST98：El本学者编制的几个统计基因学(StatisticalGenetics)软件PED：系谱(Pedigree)绘制软件PEDRAW：系谱(Pedigree)绘制软件quantiRT：内置宏程序，用来辅助定量RT-PCR实验的Excel文件BateView：管理与追踪小型的实验鼠生殖群体的Excel文件MassXpert：帮助科学家预测与分析从蛋白组学研究中获得的蛋白质质谱数据的软件MestRe-C与MestRe-CnD：分析、显示与仿真1D与2D磁共振图谱的软件ACD/SpecViewer：免费光谱数据显示软件ACD/CNMR Viewer：ACD/HNMR用来显示ACD/NMR Predictors预测的所绘化学结构式Viewer：磁共振图谱文件的免费软件WinMDIver：分析流式细胞仪数据文件的免费软件TestDNA：根据已知成分值生成细胞周期FCS文件的免费工具软件Cylchred：细胞周期分析(CELLCYCLEANALYSIS)软件gX-Path Vision：生成、编辑与显示生物代谢途径的工具软件生物五笔：生物医学专业输入法17.化学绘图ACD/CHEMSKETCH：绘制分子结构的免费软件及其汉化版ACD/ChemSketch及ChemBasic：绘制分子结构的免费软件5.0版本及其汉化版Chemfont：化学符号与TureType字体，可以在Word中直接插入文章中clip.zip：化学图片集，含有近400幅与化学有关的GIF图片ISIS DRAW：绘制化学结构式的免费软件AutoNom：ISIS／Draw软件的插件(自动生成符合IUPAC命名规则的化合物名称) ChemWindows：绘制化学结构式的免费软件MarvinSketch：JAVA语言编写的小巧好用的化学结构式绘制程序ACD/Structure Drawing Applet：绘制化学结构式免费JAVA小程序ChemPen：绘制化学结构式软件ChemPen+：绘制化学结构式软件ChemPen：绘制化学结构式软件18.化学应用mmcalc.exe：分子量计算器hxfc.zip：化学方程式配平软件cmcalc10.exe：化学试剂制备计算器alkne.exe：有机化学命名练习程序chembl32.zip：Windows95下的免费化学方程式配平程序 periodic.zip：小巧的元素周期表ptab32.zip：高级元素周期表CAF：计算机辅助配方软件CFT：化学式教师元素屋：查询112种元素的各个信息的中文软件化学反应方程式编辑器：制作化学反应方程式、离子方程式、分子式、离子式等CRS：化学反应方程式配平器Model ChemLabv：化学实验教育软件及其汉化版periodic.exe：免费的元素周期表化学品电子手册：一个综合性的化学品手册19.在线综合工具Biology Workbench：基于WEB的生物学综合工具sewer：网上常用在线工具集合，本地版20.在线蛋白工具BCM Search Launcher：蛋白序列二级结构预测综合站点DAS：蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域TopPred：蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测在线工具SOSUI：膜蛋白分类和二级结构预测在线工具PSIpred-MEMSAT：进行二级结构预测与跨膜拓朴结构预测HMMTOP：预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器SMART：提供蛋白序列，在结构域数据库中查询/显示出其结构域及跨膜区等TMpred：预测蛋白序列跨膜区TMHMM：预测蛋白的跨膜螺旋The PredictProtein server：提供蛋白数据库查询，预测蛋白各种结构的服务SPLIT：膜蛋白二级结构预测服务器PRED-TMR：提供基于SwissProt数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务CoPreThi：基于INTERNET的JAVA程序，预测蛋白的跨膜区TMAP：提供预测蛋白跨膜片段的服务21.RNA analysisPattern Search and Discovery：巴斯德研究所提供的常用RNA在线分析工具DNA sequence analysis：巴斯德研究所提供的常用特征序列查询工具Search Genes and Coding Regions：巴斯德研究所提供的常用DNA在线分析工具Oligonucleotide Calculator：巴斯德研究所提供的基因与编码区查找工具解链温度计算器：JAVA语言写的寡核苷酸计算器，给出核酸序列，计算GC百分比、解链温度、长度、分子量。
分子生物学操作手册
分子生物学操作手册一、引言分子生物学是研究生物体分子结构、功能和相互作用的一门学科。
操作手册旨在提供分子生物学实验的详细步骤，并帮助读者准确、高效地进行实验操作。
本文将介绍PCR扩增、DNA电泳、亚克隆和蛋白质表达等实验步骤，并提供一些常用操作的技巧和注意事项。
二、PCR扩增PCR扩增是分子生物学实验中常用的技术，用于扩增特定区域的DNA片段。
以下是PCR扩增的基本步骤：1. 准备PCR反应体系：根据实验需要，配置PCR反应液，包括DNA模板、引物、酶、缓冲液和dNTPs等。
2. 设定PCR程序：根据模板序列的长度和引物的特性，设定合适的PCR程序，包括变性、退火和延伸等步骤。
3. PCR反应：将PCR反应体系置于热循环仪中，按照设定的程序进行PCR反应。
4. 结果分析：利用DNA电泳等技术，分析PCR反应产物的大小和纯度。
三、DNA电泳DNA电泳是一种常用的DNA分析技术，用于确定DNA片段的大小和纯度。
以下是DNA电泳的基本步骤：1. 制备琼脂糖凝胶：根据需要，配制适当浓度的琼脂糖凝胶，并倒入凝胶槽中，形成凝胶床。
2. 加载样品：将PCR扩增产物或其他DNA样品与DNA标记物混合，加入琼脂糖凝胶孔中。
3. 进行电泳：将凝胶槽放入电泳仪中，进行电泳操作，根据需要设置适当的电压和时间。
4. 结果分析：利用紫外线透射仪观察凝胶上DNA迁移的情况，测量DNA片段的大小。
四、亚克隆亚克隆是将DNA片段插入到载体DNA中的过程，通常用于构建重组DNA或进行基因克隆。
以下是亚克隆的基本步骤：1. 准备载体和DNA片段：准备含有目标基因的DNA片段和经酶切的载体DNA。
2. 消化与连接：将DNA片段与载体DNA进行连接反应，通常使用DNA连接酶。
3. 转化：将亚克隆反应产物转化到适当的宿主细胞中，如大肠杆菌。
4. 筛选与鉴定：通过筛选培养基和PCR等技术，鉴定含有目标基因的克隆。
五、蛋白质表达蛋白质表达是将目标蛋白质在细胞内大量合成的过程，利用该技术可以生产重组蛋白以供研究和应用。
Oligo+BANDSCAN软件使用详细说明.doc
Oligo 6 Tour 主要功能介绍Oligo是一种多功能的程序，通过从一个序列中搜索、选择寡核苷酸而广泛运用于PCR、DNA 测序、定向诱变及各种杂交中。
它采用nearest neighbor thermodynamic values的方法计算出杂交的温度及寡核苷酸的二级结构。
Oligo软件已经被认可作为一种选择及分析寡核苷酸的工业软件，运用于各种分子生物学中。
最早的商业化的软件在1989年被开发出来。
本文描述了Oligo软件的最重要的特征及性能。
1、主窗口当你运行Oligo、并输入序列之后,Oligo出现了两个窗口：上面的一个为Tm窗口（The Melting Temperature window），下面的一个为内部稳定性窗口（五聚体的DG），还有第三个窗口，即寡核苷酸频率窗口，隐藏在内部稳定性窗口之后。
--图1，2Tm窗口显示了一部分的DNA/RNA的活性片段，Tm的散点图显示了在这个片段中的每20个碱基的Tm值。
分析的片段的长度是可变的，取决于monitor resolution。
圈出来的序列部分及黄色的bar即代表当前分析的20个碱基的Tm值【注：Olig6.71的版本为20个碱基，与原文的21个碱基不同】.可通过点击窗口的左下角的Upper、Lower按钮选择上游引物、下游引物。
划分Tm图二等分的水平线代表了这个序列的所有的21个碱基的寡核苷酸的平均Tm值(or free energy or degeneracy or %GC)。
在Tm图的分别为双链的核苷酸序列及相应的氨基酸【彩色的代表使用的密码子】--图3内部稳定性窗口显示了寡核苷酸的内部稳定性(五具体的自有能)。
可被用于预测用于PCR 或测序反应特异性的把握度2. Analyze - Key Info显示寡核苷酸的基本信息。
--图4，53. Analyze - Duplex Formation显示了上游引物、下游引物的潜在的二级结构的形成。
snapgene氨基酸转碱基序列
snapgene氨基酸转碱基序列SnapGene是一种功能强大的分子生物学软件，旨在帮助研究人员更方便有效地进行基因序列分析和操作。
作为一种广泛应用的工具，SnapGene不仅可以进行DNA序列的分析和编辑，还可以在转录和翻译过程中生成相关的氨基酸序列。
以下将介绍SnapGene中相关的参考内容。
在SnapGene中，我们可以通过多种方式将氨基酸序列转换为碱基序列。
首先，我们可以使用"翻译"功能来将氨基酸序列转换为对应的DNA序列。
在SnapGene的编辑界面中，用户可以直接在组装窗口中选择"特性"选项卡，然后选择"从蛋白质翻译"。
在弹出的窗口中，用户可以输入氨基酸序列，并选择合适的密码子表（如标准密码子表或自定义密码子表）。
随后，点击"转换"按钮，SnapGene将会自动生成对应的DNA序列，其中每个氨基酸都与相应的密码子对应。
此外，SnapGene还提供了"氨基酸编辑"功能，允许用户直接对氨基酸序列进行编辑和修改。
用户可以在编辑窗口中选择需要编辑的DNA分子，然后通过右键点击菜单选择"氨基酸编辑"。
在弹出的窗口中，用户可以根据需要在氨基酸序列中进行插入、删除或替换操作。
这样，用户可以根据实验需求对氨基酸序列进行自定义的修改。
此外，SnapGene还提供了更多关于氨基酸序列的相关参考信息。
在组装窗口中，用户可以点击"特性"选项卡下的"蛋白质特性"按钮，以查看与氨基酸序列相关的特性和属性。
例如，用户可以查看序列的分子量、等电点、亲水性、疏水性等信息。
此外，用户还可以通过"氨基酸注释"功能，将基因的氨基酸序列与UniProt数据库进行比对，以获取更详细的注释信息。
除了上述功能，SnapGene还提供了许多其他的分子生物学分析工具和实用功能，如底物酶切位点分析、DNA组装、基因片段合成等。
DNAMAN的使用方法
文件菜单中选择“打开”或通过快捷键Ctrl+O，打开存储在计算机中的DNA序列文件。
保存文件
文件菜单中选择“保存”或通过快捷键Ctrl+S，将更改后的DNA序列存储到硬盘或其他存储设 备中。
文件格式要求
只支持常见的序列文件格式如FASTA、GenBank等，可以选择单个文件或批量导入。
D N A 序列的导入和编辑
分析序列统计学
序列长度分布
序列特征统计图
DNAMAN可以为所有序列生成序 列长度分布图，从而确定序列长 度最常见的地方，并且甚至可以 根据自己的喜好来更改分布参数。
这是用于比较DNA序列中各类特 征的常用工具。统计图通常是以 直方图的形式出现，幸运的是 DNAMAN可以自动生成这种统计 图并轻松进行定位和分析。
D N A 序列编辑
D N A 序列导入
D N A 序列统计信息
DNAMAN提供多种序列编辑工具， 例如添加碱基、删除碱基、反转 序列和互补序列等。
DNAMAN支持多种序列格式导入， 例如FASTA、GenBank等。
在编辑界面右侧的信息面板中， DNAMAN会自动生成序列的碱基 组成、止旋镇性能力等信息。
多样性分析
发现多样性和图形化分组模型对 于了解疾病的分布和传播至关重 要，DNAMAN通过比对分析大量 的DNA序列，可以进行多样性分 析并演示图形化分组模型。
D N A M A N 在植物和动物遗传学中的应用
BA C分析
通过资料库查询和选择BAC、 BIBAC、Cosmid等载体中的 DNA，进行序列分析和匹配 以获得目标DNA序列。
常见问题解答
1 D N A M A N 支持哪些文件格式？
便携式数据格式（PDF）、HTML网页、Microsoft Word和图像文件（PNG、JPEG、GIF）等。
vector NTI 使用教程
Vector NTI Suite使用简介Vector NTI Suite 是一套功能强大、界面美观而又友好的分子生物学应用软件包。
它主要包括四个组件，分别对DNA、RNA 和蛋白质进行各种分析和操作。
一、Vector NTI作为Vector NTI Suite 的核心组成部分，它可以在各种分子生物学研究项目的全过程中提供数据组织、编辑和分析支持。
（一）对分子序列的操作我们以一个DNA 序列为例，进行一系列的常规分析；最后将此DNA 序列翻译成氨基酸序列，并对此氨基酸序列进行各种分析。
A，DNA 序列为猪生长激素的cDNA序列，长为761bp。
首先使用Vector NTI 的Create New 命令将此序列导入到Vector NTI 的数据库中：1，第一种方法：如果只知道序列时，点击Molecule 才菜单中的Create New——Using Sequence Editor（DNA/RNA……）；2，在出现的“New DNA/RNA Molecule”对话框中，首先在General 填入导入序列的名称——PGH；3，在DNA/RNA Molecule 活页中，选中Linear DNA，Animal/other Eukaryotes，Replicon Type 中选Chromosome；4，Description 中填入：S.Scrofa Growth hormone mRNA;5，在Sequence and Maps 中点击“Edit Sequence”按钮，将DNA 序列复制后，点“Paste”按钮-点“OK”－确认后就可以完成序列导入。
B，如果是一个从GenBank上下载的序列文件，则：点击“Molecule” 菜单-Open-Molecule files 命令，找到序列文件，在File format 中选中GenBank Files；点击OK。
（二）常规操作：当序列导入完成后，在桌面出现三个窗口，上左侧的窗口中显示的是该序列的常规信息，上右侧窗口则以图形的格式展示序列的特征区及酶切图谱等。
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search 菜单的“查找ORF”，点击，会出现右边的 对话框。
单击Find Next， 寻找第一个ORF位置。 继续点击Find Next ，
183-455 bp的最大ORF
Editseq
DNA序列翻译
选定ORF，从Goodies菜单中选择 “Translate”
Protean
Protean’s蛋白质分析方 法
使用蛋白酶消化与SDS PAGE电泳
Protean可以识别蛋白序列上的蛋白酶酶切位点，并将酶切片 段的电泳结果以图形展示出来。
二级结构模拟
Protean能够展示诸如螺旋轮，螺旋网和beta片层等基本元件 的二级结构。在这一节中，我们做一个阿尔法区域的螺旋轮二 级结构。
在这一节中，我们将对已有的GeneQuest 文件“Nematode R01H10”进行操作。
GeneQuest
查找重复序列
Inverted Repeats— 寻找反向重复序列。 Dyad Repeats—寻找 palindromes回文。 Direct Repeats—寻 找正向重复序列。
GeneQuest
primer
打开序列文件
粘贴序列窗口
这一窗口使得一段核酸序列 通过选择以四种不同的方 式粘贴上去。 分别为As is、reversed 、 complemented 以及reverse complemented 这样便于从其 他程序中粘贴序列而无需 考虑其序列保存的方向
primer
Search Criteria 窗口
MegAlign
查看队列报告
MegAlign
创建Decorations和Consensi
另外，我们可以通过加入“decorations”和 “consensi.”来优化展示的效果。 Decorations包括加框、加阴影和隐藏。在 这节中，我们将介绍如何将一致碱基隐藏 起来，使队列报告更直观、清晰。
Primer 引物设计 Align 序列比较 Enzyme 酶切分析 Motif 模体分析
primer
一些原则和说明
引物长度 一般为18到24个碱基 控制着引物的特异性和在PCR反应中的退火温
度 TM值 56到63°C，引物对的TM值要接近。 GC含量 在50%左右比较合适 多义性 尽量减少引物多义性，特别是3 ’ 3’ End Stability 稳定性较强的5 ’ 末端和相对较 弱的3 ’末端。
MegAlign
简单说明
在我们实行队列之前，我们应该选择一 个权重表。 MegAlign’s残基权重表，用于对多序列 比较进行评分，这样虽然残基不匹配， 但残基化学性质相似的序列的评分要比 化学性质不相似的序列的评分要高。我 们的序列是蛋白质，并且我们将使用 Jotun Hein方法，所以“Structural”表是 最好的选择。
RNA折叠
GeneQuest可以以RNA 折叠形式查看序列特 征。 Analysis菜单中的 “fold as RNA”选项。
GeneQuest
GeneQuest的其他特点
序列酶切，模仿agarose凝胶电泳判定大 小； 打开方法帘（method curtain）。 从More Methods中选择Enzymes Restriction Map 加入方法帘。
从OPTIONS MENU， 使用Size命令增加字体 大小到看得清楚为止。
MegAlign
简单说明
现在我们需要选MegAlign’s的两个多序列比较 方法中的一个进行操作：Clustal或者Jotun Hein。如果已知序列有一定的同源性，我们推 荐使用第二种，如果序列相关背景未知，可以 选择Clustal。 我们使用的序列已知全部是calmodulins，所以， 我们使用Jotun Hein 。
GeneQuest
从MapDraw开始
MapDraw工具可帮助你查找DNA序列中的酶 切位点，以便于下步克隆实验操作。 根据实验设计、分析和实验结果展示需要的不 同，MapDraw可以制作6种类的酶切图。从简 单的线性图到有注释的环形图，在展示限制性酶切
位点的同时，还可以同时展示序列读框及其翻译结果。
Primerselect
seqMan
Primer primier 5.0 Plasmid Toolkit 1.4s
GPreinmeeTra(n引k(物序设质操列计粒作编)绘简辑图单) 工。具， Align (序列比较) Enzyme (酶切分析) Motif (模体分析)
DNAstar是一多功能软件包。
MegAlign
Consensi“一致性”优化后的队列报告
最终的 队列报 告便如 右所示
MegAlign
从Protean开始
在这一节中，利用protean软件包， 我们可以对蛋白质的二级结构、电 荷分布、疏水性、抗原性等进行预 测。
Protean
创建蛋白质分析文件
打开名为“Demo Sequences.”的文 件夹。 双击“Human Calmodulin” ， 打开如右窗口， 在这里，可以看 到
序列信息查看 序列较对
Editseq
打开已有序列
从文件菜单，选择Open。
打开文件夹“Demo Sequences”单击选定序列 “TETHIS21”。
单击Set Ends按钮。 Set Ends被打开（如右）。
5’框和3’框中键入50和850， 点击OK。单击Open。
Editseq
寻找开放读框
Map酶切位点按位置排序 按酶的降序排序 按酶切频率排序 缺失酶切位点 单一酶切位点
MapDraw
从MegAlign开始
MegAlign可进行DNA和蛋白质序列的双 序列比较和多序列比较(multiple aligment)。 根据多序列比较(multiple aligment)的队 列(aligment)结果，可制作进化树 （Phylogenetic trees）。 有关序列距离的数据和残基替代情况， 可以容易地作成表格。
MapDraw
新酶切图制作
以组氨酸DNA序列 “tethis21.seq” 为例。 首先我们寻找能够 切割组氨酸DNA序 列的酶切位点。 从文件菜单选择 “open”,打开如右 所示窗口（点线图）
MapDraw
其它酶切图表示方法
如右所示，是一种酶 切结果的环形展示图。
另有：工作表形式
线性小地图 线性图 ORF Map
MegAlign
设置权重表
l 从ALIGN 菜单选择
Set Residue Weight Table打开左面的窗口。 l 从上面的下拉菜单选 择Structural。单击同 意。 现在我们可以比较我们 的calmodulin序列了。
MegAlign
进行队列分析
从ALIGN MENU选择 Jotun Hein Method。 队列进程窗显示比较完 成的百分比。 当队列完毕，工作台会 显示队列的结果。
MegAlign
Decorations“修饰” 后的队列报告
最终的 队列报 告如右 所示
MegAlign
创建Decorations和Consensi
Consensi是另外一种图形展示方法，可 以用来标志ambiguous残基。另外，序列 中一致和不一致的残基可以用直方图在 队列报告中展示。当在某个位置上，任 何一个序列的残基与其他序列不一样时， 一致序列就会以星号表示。并且用直方 图的长短显示其中一致残基的多少。
分子生物学相关软件操作与说明
动医学院传染病组
相关软件
DNAstar
综E合d性its序eq列工具软件，功能很广，囊括分子 生G物e学ne领q域ue大st多数内容:查找ORF、序列较对、 DNmA序ap列d翻ro译w 、查找重复序列、RNA折叠、酶 切 化M位 分e点 析g分 、ali析 引gn、 物双 设序 计列 、或 蛋多白序结列构比预较测、、遗序传列进修 整Protean
目前应用最广的生物软件之一。
从Editseq开始
EditSeq是能够输入，并且可以修改DNA或蛋白 质序列的一种工具包。
每个EditSeq文件都可以分为三个可编辑的部分： 上边的一部分为序列文件，中间的一部分是评 论，底部是序列的注释。
查找ORF 序列翻译
MegAlign
序列的差别和相似性
通过VIEW 菜单中的 Sequence Distanc查看 序列的差别 和相似性 。 如右所示
MegAlign
残基取代数目
通过VIEW 菜 单中的Residue Substitutions查 看残基的替代 数目（如右）。
MegAlign
Phylogenetic Tree查看
目的不同搜索标 准不同 搜索类型 默认设置 搜索模式
primer
编辑引物窗口
可对引物 的长度、 GC含量进 行手动调 整，添加 酶切位点、 linker等
primer
软件上限
primer
相关生物网站及论坛
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展示滴定曲线
Protean会在等电点处加一个蓝色的“crosshairs”，以显示pH 和所带电荷。
Protean
Primer primier 5.0是一种设
计引物的应用软件，利用它的高级引 物搜索、引物数据库、引物编辑和分 析等功能可以设计出具有高效扩增能 力的理想引物。
primer简介
该软件主要由一下四个主要功能板块组成：
序列校对
在完成对序列的编辑后，可通过EditSeq 的校读功能 ，进行序列较对。
单击校对发音图标（序列窗口底部张开的嘴）， 或者从SPEECH 菜单，选Proof-Read Sequence。