snp基因芯片原理
SNP分子标记的原理及应用解读
检测出来。
等位基因特异核苷酸片段分析( ASO) ，基因芯片和动态等 位基因特异性杂交( DASH) 等。
SNP 的应用
种族遗传学 T a n g 等研究了来自世界五个地区(中国、马来、高加 索、印度和非洲) 人群的MDR1 基因的单倍体和连锁不
平衡特征,发现具有e12/ 1236T2e21/ 2677T2e26/ 3435T
亚型的单倍型m h 5 在非洲人群以外的四种人群中高度
表达,而具有e12/ 1236C2e21/ 2677G2e26/ 3435C 亚型的
特点：由于该方法简单快速，因而被广泛运用于未知 基因突变的检测。这种方法的弊端在于不能确定突 变类型和具体位置。
1.3 变性梯度凝胶电泳（DGGE）
原理：是利用长度相同的双链 DNA片段解链温度 不同的原理,通过梯度变性胶将 DNA片段分开的电 泳技术。
2. 等位基因特异 PCR ( AS-PCR)
AB——New Master Mix
定量分析 高灵敏
TaqMan® Gene Expression MasteTaqMan® Genotyping Master Mix
4. 等位基因特异性杂交
等位基因特异性杂(Allele specific hybridization ,ASH) 根据核苷酸探针和互补的目的片段进行杂交，完全匹配和 有错配两种情况下杂交复合体稳定性的不同而将 SNP 位点
单倍型mh7 在非洲人群中占了1/ 3 以上,进一步证明了 种族间的表形差异。
疾病易感性研究 原理：SNPs 被认为是一种稳定遗传的早期突变,与疾病有 着稳定的相关性。当一个遗传标记的频率在患者明显超过 非患者时 ,即表明该标记与疾病关联 ,通过比较分析两者的 单倍型和研究连锁不平衡性 , 可将基因组中任何未知的致 病基因定位。 Horikawa 等应用 SNPs作为遗传标记通过基于连锁不平衡 的相关分析 , 在墨西哥裔美国人群和北欧人群中发现了一 个 DM 易感基因 , 该基因第三个内含子上的 A/ G 多态性 (SNP43) 同2 型糖尿病(2 型DM) 连锁,该位点为纯合子G的 个体患2 型DM 的风险增加,这是目前为止所发现的第一个 与2 型DM 相关的SNP ,预示了SNP 在DM 相关基因研究中 的重要作用。
生物统计与实验设计NNN SNP检测技术(共61张PPT)
3、出现片状拖带或涂抹带
PCR扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。 其原因往往由于酶量过多或酶的质量差，dNTP浓度过高
，Mg2+浓度过高，退火温度过低，循环次数过多引起。 其对策有：①减少酶量，或调换另一来源的酶。
②减少dNTP的浓度。 ③适当降低Mg2+浓度。 ④增加模板量，减少循环次数。
PCR-RFLP原理图
（二）单链构象多态性(SSCP)
原理：单链DNA 在中性条件下会形成二级结构，不同的
二级结构在电泳中会出现不同的迁移率。这种二级结构依赖
于碱基的组成，单个碱基的改变也会影响其构象，最终会导
致在凝胶上迁移速度的改变。 在非变性聚丙烯酰胺凝胶上，短的单链 DNA 和RNA 分
子依其单碱基序列的不同而形成不同的构象，这样在凝胶上 的迁移速率不同，出现不同的条带，检测SNP。
引物浓度：
μmol/L,过高—错配、特异扩增，二聚体
模版浓度、质量
100-200ng/100ul
偏向性扩增的解决
所谓偏向性扩增是因为SNP位点上会往往存在嘌吟和嘧啶的替换，
在PCR过程中，聚合反应对嘧啶(C或T)比较敏感，使得嘌吟(A或T)
的扩增非常少，而出现偏向性扩增，这在SNP位点附近嘌吟含量 较高时特别明显。
等位基因和基因型
位于一对同源染色体的同一位置（基因型）上、控制 相对性状的两个不同形式的基因叫等位基因。
一个基因由于突变（包括中性突变）可形成2个以上
的等位基因，不同的等位基因可产生不同的遗传特征的变化， 同时控制相对性状的显、隐性关系和遗传效应。如由突变形 成的多种等位基因可产生多种异常表型。
正常基因称为野生型基因：具有野生型基 因的细胞或个体称为野生型（wild type）。
神经系统疾病相关基因SNP位点的分析及其应用研究
神经系统疾病相关基因SNP位点的分析及其应用研究随着现代医学技术的不断发展和深入研究，人们逐渐认识到，基因与疾病之间有着紧密的关系。
在神经系统疾病领域，通过对相关基因SNP位点的分析，可以深入了解疾病的发病机制、诊断方法和治疗手段，这对于预防和治疗神经系统疾病具有重要意义。
一、SNP位点是什么首先，我们需要了解SNP位点的定义。
SNP（Single Nucleotide Polymorphism），即单核苷酸多态性，是指基因组中单个核苷酸发生变异的现象。
换言之，就是相同基因在不同个体之间存在某个碱基的不同。
SNP位点是指基因序列中SNP的具体位置，也可以理解为遗传变异所在的位置点。
二、SNP位点与神经系统疾病关系SNP位点可以导致基因表达的变化，从而影响人类的遗传变异和表型特征表达。
通过对神经系统疾病相关基因SNP位点进行分析，可以更深入地了解这些疾病的发病机制和发生的原因。
例如，帕金森病和阿尔茨海默病等神经系统疾病，均与SNP位点的变异紧密相关。
三、SNP位点的分析方法目前，常用的SNP位点分析方法主要有：基因芯片分析、PCR-序列分析和下一代测序分析。
其中基因芯片分析是一种高通量和经济实惠的SNP位点筛查方法，可以在较短时间内筛查数百万个SNP位点。
PCR-序列分析方法通常用于对某些SNP位点进行详细的检测和分析，是一种较为精确的方法。
而下一代测序分析是一种高通量、高精度的方法，可以同时分析数亿个SNP位点，是目前最常用的SNP位点分析方法之一。
四、SNP位点的应用研究神经系统疾病相关基因SNP位点的应用研究主要有以下几个方面：1. 神经系统疾病的早期诊断：SNP位点变异可能与神经系统疾病的早期诊断密切相关。
例如，通过检测一个名为APOE ε4的SNP位点，可以预测个体是否易患阿尔茨海默病。
2. 神经系统疾病的分子机制研究：通过SNP位点的变异，可以了解基因表达的变化，从而更深入地了解神经系统疾病的分子机制。
基因芯片名词解释
检验检测的分类与选择检验方法的选择正确与否将直接影响到检验的结果和检验的效率,正是从这个意义上说：掌握检验的各种分类标准至关重要。
一、按照检验数量分类1、免检：免检是指如果可以得到由有资格的单位进行过检验的可靠性资料、如合格证、检验报告等，就可以不需要检验。
免检的适用范围生产过程稳定对后续生产无影响时可采用免检长期检验证明质量优良信誉很高的产品在交接中可采用免检、国家批准的免检产品或通过产品质量认证的产品可采用免检2、抽检：抽检是指按照一定的比例和取样方法抽取样品，通过逐个检验样品品质，判断总体合格与否的检验。
3、全数检验(100%检验/产品筛选)：全数检验的含义全数检验就是对全部产品逐个地进行测定，从而判定每个产品合格与否的检验。
全数检验适用范围1、产品价值高但检验费用不高时应全数检验;2、关键质量特性和安全性指标应全数检验;3、生产批量不大质量又无可靠措施保证时应全数检验;4、产品质量不稳定时应全数检验;5、精度要求比较高或对下道工序加工影响比较大的质量特性要全数检验;6、手工操作比重大质量不稳定的加工工序所生产的产品要全数检验;7、用户退回的不合格交验品应全数重检筛选不合格产品。
全数检验存在的问题1、需增加人员添置设备多设检验站点2、人力有限的条件下进行全检势必要缩短每个产品的检验时间或减少检验项目这将降低产品质量的保证程序特别提示：全数检验不能用于破坏性检测等一些试验费用昂贵的检验，对价值低、批量大的产品采用全检显得很不经济，全检也存在着错检、漏检。
在一次全检中平均只能检出70%的不合格品，如果希望得到产品100%合格，必须重复多次进行全数检验才能接近100%合格，检验误差与批量大小、不合格率高低、检验技术水平、责任心强弱等因素有关。
3.抽样检验：抽样检验的含义：抽样检验是按预先确定的抽样方案，从交验批中抽取规定数量的样品构成一个样本，通过对样本的检验推断产品批合格或产品批不合格。
抽样检验适用范围1、量多值低且允许有不合格品混入的检验;2、检验项目较多时;3、希望检验费用较少时;4、生产批量大、产品质量比较稳定的情况;5、不易划分单位产品的连续产品、例如钢水、粉状产品等;6、带有破坏性检验项目的产品;7、生产效率高、检验时间长的产品;8、有少数产品不合格不会造成重大损失的情况;9、希望检验对供应商改进质量起促进作用，强调生产方风险的场合。
什么是SNP
1.什么是SNP，关于SNP主要有哪些研究或运用？（话语不需要很学术，只要体现你的理解即可）单核苷酸多样性，single nucleotide polymorphism SNPs，是在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。
例如，在某个碱基位上，多数人是C，但少数人会是A，那么这就有个SNP。
SNP暗示了人对不同疾病的易感性，病的严重性和人对治疗的反应也会应基因信息的不同而异。
例如，在APOE 上的碱基突变与患阿兹海默风险正相关。
有些病是与一个SNP关联，有些是与多个snp共同关联，如骨质疏松。
特定的SNP等位基因可被认为是人类遗传疾病的治病因子，从个体中筛选这类等位基因可检查其对病的易感性。
SNP可作为遗传作图研究中的遗传标记帮助定位和鉴定功能基因。
推算3000个双等位SNP标记将足够进行人类全基因组作图。
应用：1.association studies，与疾病或特质的联系。
SNP 在noncoding region 有更高得癌症的风险，改变mRNA结构，或患病风险。
SNP在 coding region 会改变蛋白质形成和功能，可能导致功能紊乱或功能缺失。
2.法医取证方面，snp 可在证据样本较少的时候代替STR 来获知种族，表型（眼珠颜色，头发颜色 etc）甚至身份。
3 由于snp跟人体药物代谢有关，它也可以帮助个人制定适合的给药方案。
2.什么是OR值，其统计学意义是什么？（话语不需要很学术，只要体现你的理解即可）OR值（odds ratio）又称比值比、优势比。
是流行病学研究中病例对照研究中的一个常用指标。
OR=ad/bcOR值有可信区间(如95%CI)意义:OR值等于1，表示该因素对疾病的发生不起作用；OR值大于1，表示该因素是危险因素；OR值小于1，表示该因素是保护因素。
3.列举2-3个你使用过生物或生信相关软件，结合自己经历简要介绍它们的用途。
没用过生物相关软件4. 根据以下摘要，检索2-3篇相似类型的研究报道，附上文章标题与摘要，并注明检索使用的工具与关键词。
SNP相关知识总结
在SNP数据分析过程中，涉及到个体的基因信息，因此必 须采取严格的隐私保护措施，确保数据的安全性和保密性 。这包括对数据进行加密、限制数据访问权限等措施。
技术发展与标准化
技术进步推动研究
随着基因组学、生物信息学和相关技术的不断发展， SNP研究得以不断深入。新技术和方法的应用为SNP研 究提供了更多可能性，例如高通量测序技术、人工智能 和机器学习等。
Part
02
SNp的遗传学效应
基因型与表型
基因型
指生物体的遗传组成，由基因组合决定。
表型
指生物体的表现型，由基因型和环境因素共同决定。
遗传模式
01
02
03
单一等位基因遗传
一个基因位点上存在两个 等位基因，其中一个为显 性，一个为隐性。
共显性遗传
两个等位基因同时表达， 不存在显性与隐性的关系。
多态性遗传
其他检测技术
TaqMan探针法
基于荧光共振能量转移原理，通过特异性探针与待测基因组DNA进行杂交，通过 荧光信号变化进行SNP分型。
限制性片段长度多态性分析
利用限制性内切酶对基因组DNA进行切割，通过电泳分离后比较不同长度片段的 数量和分布，确定SLeabharlann P位点。Part04
SNp在医学研究中的应用
疾病预测与诊断
基因分型芯片技术
通过设计特定探针阵列，对基因组DNA进行捕获和杂交，再通过信号检测系统进行数 据分析，实现SNPs的快速分型。
基于测序的检测技术
第二代测序技术
也称为高通量测序技术，通过大规模平行测序平台，对基因组DNA进行全覆盖 测序，能够发现基因组中的所有SNPs。
第三代测序技术
采用单分子实时测序技术，具有更高的测序速度和准确性，适用于大规模SNP 筛查和高通量SNP分型。
SNP技术
二、双脱氧链终止法
DNA核苷酸序列分析
Sanger 双 脱 氧 链 终 止 法
三、DNA自动测序
采用荧光替代放射性核素标记是实现DNA 序列分析自动化的基础。用不同荧光分子标记四 种双脱氧核苷酸，然后进行Sanger测序反应，反
应产物经电泳（平板电泳或毛细管电泳）分离后，
通过四种激光激发不同大小DNA片段上的荧光 分子，使之发射出四种不同波长荧光，检测器采 集荧光信号，并依此确定DNA碱基的排列顺序。
基因芯片(gene chip)
•DNA芯片(DNA chip) •cDNA芯片(cDNA chip) 是指将许多特定的DNA片段或cDNA片 段作为探针，有规律地紧密排列固定于单位
面积的支持物上 。
蛋白质芯片
蛋白质芯片(protein chip)
是将高度密集排列的蛋白分子作为探针点 阵固定在固相支持物上，当与待测蛋白样品反
DNA自动测序结果举例
遗传修饰动物模型的建立 及应用
The Establishment and Application of Heredity-Modified Animal Model
一、转基因技术
转基因技术
采用基因转移技术使目的基因整合入受精 卵细胞或胚胎干细胞，然后将细胞导入动物子 宫，使之发育成个体。 转基因——被导入的目的基因 转基因动物(transgenic animal)
一个SNP表示在基因组某个位点上一个核 苷酸的变化，可以是转换，也可是颠换。 具有转换型变异的SNP约占SNP总量的2/3， 这是因为胞嘧啶是人类基因组中最易发生 突变的位点，其中大多数是甲基化，可自 发脱氨基形成T。 位于染色体上某些区域的一组相关联的 SNP等位位点称为单倍型，相邻SNPs的等 位位点倾向于以一个整体遗传给后代。
基因分型的方法及其原理
基因分型的方法及其原理基因分型是一种对个体的遗传信息进行分析和描述的方法，它能够帮助科学家们了解不同基因型在表现型上的差异，为研究遗传疾病、种群遗传学以及个体化医学等领域提供重要依据。
本文将详细介绍基因分型的方法及其原理，让读者更深入地理解这一重要的遗传学技术。
1. 基因分型的方法：基因分型的方法有多种，其中包括基于PCR的多态性分析、序列特异性引物扩增（PCR-SSP）、序列标记的分析（SNP）、等位基因特异性PCR扩增等。
下面将分别介绍几种主要的方法。
（1）PCR多态性分析这是一种利用多态性位点进行基因分型的方法，通过PCR扩增特定的DNA片段，然后利用聚丙烯酰胺凝胶电泳或毛细管电泳等技术来分析不同个体的基因型差异。
这种方法主要适用于一些基因座具有多态性的情况，例如人类HLA系统、STR（Simple Tandem Repeat）位点等。
（2）SNP分型SNP（Single Nucleotide Polymorphism）是指在基因组中的单核苷酸位点上存在着两个或两个以上的等位基因，由于其高度稳定和广泛分布，成为了基因分型的重要标记。
SNP分型采用基因芯片或测序技术来检测不同个体在SNP位点上的等位基因，从而进行基因型分析。
（3）等位基因特异性PCR扩增这是一种利用等位基因的特异性差异进行基因分型的方法，通过设计特异性引物来扩增含有特定等位基因的DNA片段，然后利用电泳等技术进行分型分析。
这种方法常用于检测特定基因的等位基因，如血型基因、遗传病基因等。
2. 基因分型的原理：基因分型的原理主要基于基因座上的多态性差异或等位基因的特异性差异进行分析。
不同方法的原理略有不同，但都围绕着检测和分析不同个体在特定基因座上的遗传差异展开。
（1） PCR多态性分析PCR多态性分析的原理是利用引物特异性扩增不同等位基因的DNA片段，然后通过电泳等技术进行分型分析。
多态性位点会在电泳图上呈现不同的片段模式，从而实现对不同基因型的鉴定。
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snp基因芯片原理
SNP基因芯片原理
引言:
随着基因组学和生物技术的快速发展，人类对于基因及其与疾病关联性的研究也越来越深入。
SNP（Single Nucleotide Polymorphism，单核苷酸多态性）是一种常见的基因变异形式，它在人类遗传变异中占据重要地位。
为了研究SNP与疾病之间的关系，科学家们开发了SNP基因芯片，它是一种高通量、高灵敏度的分子生物学工具。
本文将详细介绍SNP基因芯片的原理以及应用。
一、SNP基因芯片的定义及分类
SNP基因芯片是一种利用高通量平行杂交技术检测SNP位点的工具。
根据其设计原理和应用领域的不同，SNP基因芯片可以分为两类，即基于探针的SNP芯片和基于测序的SNP芯片。
1. 基于探针的SNP芯片
基于探针的SNP芯片利用DNA探针与待测样品中的基因组DNA 序列特异性杂交的原理，通过检测杂交信号来识别不同基因型。
这种芯片设计简单、成本较低，适用于小规模的SNP检测。
2. 基于测序的SNP芯片
基于测序的SNP芯片采用高通量测序技术，可以直接测定待测样品中的SNP位点。
这种芯片设计复杂、成本较高，但可以同时检测数
百万个SNP位点，具有更高的灵敏度和准确性。
二、SNP基因芯片的工作原理
SNP基因芯片的工作原理主要包括芯片设计、杂交反应、信号检测和数据分析四个步骤。
1. 芯片设计
芯片设计是SNP基因芯片的关键步骤。
首先，需要确定待测SNP 位点的基因型信息，包括目标基因型和野生型等。
然后，根据基因型信息设计一组特异性的DNA探针，这些探针可以与待测样品中的目标SNP位点特异性杂交。
2. 杂交反应
杂交反应是SNP基因芯片的核心步骤。
将待测样品中的DNA与芯片上的DNA探针进行杂交反应，使其结合形成DNA双链。
杂交反应的条件包括温度、时间和缓冲液成分等，需要根据具体实验要求进行优化。
3. 信号检测
信号检测是SNP基因芯片的关键步骤。
通过荧光染料或放射性同位素等标记探针，使其与芯片上的杂交DNA结合，形成信号。
然后，使用相应的仪器对芯片进行扫描，检测信号的强度和位置。
4. 数据分析
数据分析是SNP基因芯片的最后一步。
通过计算信号的强度和位置，可以确定SNP位点的基因型。
根据信号的强度，可以判断目标基因型和野生型的相对含量。
通过对多个SNP位点的分析，可以揭示SNP与疾病之间的关联性。
三、SNP基因芯片的应用
SNP基因芯片在生物医学研究和临床实践中具有广泛的应用价值。
1. 遗传疾病的筛查
SNP基因芯片可以用于遗传疾病的筛查和诊断。
通过检测SNP位点的基因型，可以判断个体是否携带相关致病基因。
例如，某些SNP位点与乳腺癌、糖尿病等疾病的发病风险密切相关，可以通过SNP基因芯片进行检测和预测。
2. 个体差异的分析
SNP基因芯片可以用于个体差异的分析。
不同个体之间的SNP位点差异可以解释个体间的生理和病理差异。
例如，通过SNP基因芯片可以了解不同人群对药物的代谢能力，从而实现个体化用药。
3. 群体基因组研究
SNP基因芯片可以用于群体基因组研究。
通过大规模的SNP检测，可以揭示不同人群之间的遗传变异模式和进化关系。
这对于了解人类遗传多样性和人种起源具有重要意义。
结论:
SNP基因芯片是一种高通量、高灵敏度的分子生物学工具，可以用于SNP位点的检测和分析。
它在遗传疾病筛查、个体差异分析和群体基因组研究等方面具有广泛的应用前景。
随着技术的不断发展，SNP基因芯片将在人类健康研究中发挥越来越重要的作用。