Probe desgnfor microarraysusing OligoWiz
四苯基乙烯衍生物的合成与生物成像研究
中文摘要四苯基乙烯衍生物的合成与生物成像研究生物成像已成为当今生物研究中的有力工具，因为它提供了一种独特的方法来可视化细胞的形态细节。
荧光成像是实时，非侵入性监测生物分子的最强大的生物成像技术之一。
在过去几十年中，荧光探针的发展已促进细胞生物学的重大进展。
各种荧光探针，如半导体量子点，荧光碳点，Ln离子掺杂纳米材料，光致发光硅纳米颗粒，金属纳米团簇，有机小分子和有机荧光纳米颗粒已被合成并广泛研究用于生物应用。
聚集诱导发光（AIE）材料由于其优异的光学性质在生物成像领域得到了广泛的研究。
本论文基于四苯基乙烯（TPE），合成了一系列具有聚集诱导发光性质的荧光材料，并利用这些材料制备的纳米粒子进行生物成像。
具体研究内容如下：1.以四苯基乙烯为核，通过选择电子供体（D）和受体（A）的适当组合来设计和合成AIE红光分子。
通过将二甲胺和氰基部分引入TPE中，合成了具有不同AIE特性的四种新的红光化合物1,2,3和4。
四种化合物在固态下的最高量子产率可达到40％。
该化合物可以容易地制造成均一稳定的荧光纳米粒子。
并且化合物1负载的Pluronic F127 纳米粒子的发射主峰位在650nm处，并且高荧光量子产率为15.2％。
化合物1和2的纳米粒子对A549肺癌细胞的生物学成像表明这些化合物是癌细胞的有效荧光探针。
2.基于四苯基乙烯，合成出一种新型有机荧光染料TPE-2NH2。
这种材料发绿光，在NO存在下能与其发生反应生成的产物发红光，因此这种材料具有检测NO的性质。
由于材料的疏水性，我们将此染料负载到二氧化硅介孔纳米粒子中，制备了的纳米粒子均一，稳定，具有120nm的平均粒径，良好的生物相容性，较高的灵敏度。
将此纳米粒子与MCF-7细胞共培养，在细胞质中发现红光信号。
因此，此探针在细胞内检测到NO，表现出良好的应用价值。
关键词：聚集诱导发光，四苯基乙烯，生物成像1AbstractSynthesis and Bioimaging Application of TetraphenyletheneDerivativesBiological imaging (bioimaging) has become a powerful tool in biological research today because it offers a unique approach to visualize the morphological details of cells. Fluorescence imaging is one of the most powerful bioimaging techniques for real-time, non-invasive monitoring of biomolecules of interest in their native environments with high spatial and temporal resolution, and is instrumental for revealing fundamental insights into the production, localization, trafficking, and biological roles of biomolecules in complex living systems. The development of fluorescent probes has facilitated the recent significant advances in cell biology and medical diagnostic imaging. Over the past few decades, a variety of fluorescent probes, such as semiconductor quantum dots, fluorescent carbon dots, Ln ion doped nanomaterials, photo-luminescent silicon nanoparticles, metallic nanoclusters, organic small molecules and organic fluorescent nanoparticles have been synthesized and extensively investigated for biological applications. Aggregation Induce Emision (AIE) materials have been extensively studied in the field of biomimetic imaging due to their excellent optical properties. In this paper, based on tetraphenyl ethylene (TPE), a series of fluorescent materials with aggregation induced luminescent properties were synthesized and biologically imaged using the nanoparticles prepared by these materials. The specific research contents are as follows:1. Organic fluorescent probes play an important role in modernbiomedical research, such as biological sensing and imaging. However, the development of organic fluorophores with efficient aggregate state emissions expanded to the red to near-infrared region is still challenging. Here, we present a series of highly efficient Far Red/Near-Infrared (FR/NIR)2fluorescent compounds with aggregation-induced emission (AIE) properties by attaching electron donor and accepter to tetraphenylethene (TPE) moieties through a simple synthesis method. These compounds exhibit the pronounced fluorescence enhancement in aggregate state, the red to near infrared emission, and facile fabrication into uniform compouds-loaded Pluronic F127 NPs. The emission maximum of the NPs fabricated by the self assembly method is in the range of 550nm-850nm and the highest fluorescent quantum yield is 15.2%. The biological imaging of NPs of compound 1 and 2 for A549 lung cancer cell indicates that these compounds are effective fluorescent probes for cancer cell with high specificity, high photostability and good fluorescence contrast.2. Based on tetraphenylethylene, a novel organic fluorescent dye TPE-2NH2 was synthesized. This material is green emision, it can be reacted and the product generated red emision the presence of NO, so this material has the nature of the detection of NO. Due to the hydrophobicity of the material, we loaded the dye into the silica mesoporous nanoparticles. The prepared nanoparticles were homogeneous and stable, with an average particle size of 120 nm, good biocompatibility and high sensitivity. The nanoparticles were co-cultured with MCF-7 cells, and red light was found in the cytoplasm. Therefore, this probe in the cell to detect NO, showing a good application value.Keywords：Aggregation-induced emission，Tetraphenylethene，bioimaging3目录第1章前言 (1)1.1引言 (1)1.2具有AIE性质的化合物 (3)1.3AIE小分子生物探针的制备及其应用 (16)1.4负载AIE化合物的荧光纳米粒子的制备及其应用 (28)1.5本论文设计思想和主要内容 (32)1.6参考文献 (33)第2章具有AIE性质的高效红光分子的合成及细胞成像 (45)2.1引言 (45)2.2实验部分 (46)2.3结果与讨论 (49)2.4本章小结 (57)2.5参考文献 (60)第3章基于AIE染料的RNS荧光探针的合成及性质研究 (62)3.1引言 (62)3.2实验部分 (63)3.3结果与讨论 (65)3.4本章小结 (70)3.5参考文献 (71)第4章结论 (74)作者简介 (83)致谢 (84)41第1章 前言1.1引言人们在分子水平上理解基本的发光过程已经取得了显著的成就。
胰腺癌相关基因寡核苷酸芯片的制备和初步应用
胰腺癌相关基因寡核苷酸芯片的制备和初步应用
胰腺癌是一种严重的恶性肿瘤，治疗效果差，预后不良。
因此，开发
胰腺癌相关基因的研究具有重要的临床意义。
本研究旨在制备一种胰腺癌
相关基因寡核苷酸芯片，以探索胰腺癌的发生机制和诊断治疗。
首先，从GenBank数据库中收集了与胰腺癌相关的基因序列，包括转
录因子、生长因子、信号转导因子等。
然后，设计并合成了含有这些序列
的寡核苷酸探针，并将其固定到芯片上，形成胰腺癌相关基因芯片。
最后，使用该芯片对胰腺癌组织和正常组织进行了比较分析。
初步应用结果显示，与正常组织相比，胰腺癌组织中多种基因的表达
水平显著改变，包括肿瘤抑制基因的下调和肿瘤促进基因的上调等。
这些
发现为进一步研究胰腺癌的发生机制和诊断治疗提供了重要的线索。
总之，胰腺癌相关基因寡核苷酸芯片的制备和初步应用对于胰腺癌的
研究具有重要的临床意义。
高密度噬菌体抗体芯片对细胞表面蛋白的识别
高密度噬菌体抗体芯片对细胞表面蛋白的识别岑晓东;王文娟;赵新生;汪玄;沈悌;谭涛超;毕群;朱圣庚【期刊名称】《物理化学学报》【年(卷),期】2006(22)7【摘要】采用正常人和白血病患者的白细胞对人源噬菌体抗体库进行淘选,以获得对两种细胞表面蛋白特异的抗体.通过pⅧ展示系统,使抗体以多价展示于重组噬菌体颗粒表面,从上述两组中各挑选出48个克隆分别固定于环氧基片上,并以空白噬菌体和牛血清白蛋白作为对照,制成高密度噬菌体抗体芯片.取来自3名正常人和3名白血病患者的白细胞裂解物样品,用荧光染料Cy3标记,与噬菌体抗体芯片反应,对微阵共聚焦扫描得到的荧光图谱进行分析.在白血病白细胞表面蛋白的识别图谱中有8组斑点显著不同于正常图谱.由此表明,噬菌体抗体芯片可用于识别细胞表面蛋白.【总页数】3页(P777-779)【作者】岑晓东;王文娟;赵新生;汪玄;沈悌;谭涛超;毕群;朱圣庚【作者单位】北京大学生命科学学院,北京,100871;北京大学化学与分子工程学院化学生物学系,分子动态与稳态结构国家重点实验室,北京,100871;北京大学化学与分子工程学院化学生物学系,分子动态与稳态结构国家重点实验室,北京,100871;北京协和医院,北京,100730;北京协和医院,北京,100730;北京大学生命科学学院,北京,100871;北京大学生命科学学院,北京,100871;北京大学生命科学学院,北京,100871【正文语种】中文【中图分类】O6【相关文献】1.LHRH-PE40识别结肠癌细胞膜表面蛋白的研究 [J], 姜洋;何畅;吴广谋;朱平;岳玉环;孙春华;张国利2.抗体分子在噬菌体表面蛋白Ⅷ上的展示 [J], 刘晓琳;王琰;王刚3.利用pⅧ展示系统改进噬菌体抗体芯片 [J], 廖玮;洪龙;魏芳;朱圣庚;赵新生4.用于识别不同细胞蛋白质组的噬菌体抗体芯片 [J], 洪龙;廖玮;魏芳;赵新生;朱圣庚5.肿瘤细胞表面蛋白KAI1与内皮细胞表面蛋白DARC的相互作用抑制肿瘤转移[J], 李颖博;李学军因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
微流控芯片环介导等温扩增技术检测3种猪圆环病毒
微流控芯片环介导等温扩增技术检测3种猪圆环病毒石艳萍;邓飞;周丽媛;李丽;邵靓;陈斌;张孟思;邱明双;陈弟诗【期刊名称】《中国动物检疫》【年(卷),期】2024(41)2【摘要】为建立快速区分3种猪圆环病毒(PCV2、PCV3和PCV4)的现场检测方法,采用微流控芯片环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP),收集3种猪圆环病毒临床阳性样本进行核酸提取,与市场上3种猪圆环病毒荧光探针法检测试剂盒进行灵敏度、特异性和重复性同步比对。
结果显示:微流控芯片LAMP法在3种猪圆环病毒联检测试中具有非常高的灵敏度,可以在30 min内,实现不低于荧光定量PCR法的敏感性;与非洲猪瘟病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病毒和猪细小病毒临床阳性样本均无交叉反应,特异性好;测试3种猪圆环病毒重复性Ct值变异系数(CV)均在2%以下,稳定性好。
结果表明:3种猪圆环病毒微流控芯片快速联检技术特异性好、灵敏度高、重复性强,检测速度快,环境要求低,可以满足现场检测的要求,适用于养猪场等场所的猪圆环病毒现场快速检测。
本方法的建立为猪相关病原体的现场快速核酸检测提供了有力工具。
【总页数】7页(P58-64)【作者】石艳萍;邓飞;周丽媛;李丽;邵靓;陈斌;张孟思;邱明双;陈弟诗【作者单位】四川省动物疫病预防控制中心【正文语种】中文【中图分类】S852.23【相关文献】1.基于环介导等温扩增技术的微流控芯片在宠物疫病检测中的应用展望2.基于环介导等温扩增的微流控技术在病原体检测中的发展与应用3.基于环介导等温扩增的离心式微流控芯片检测3种致病菌4.微流控芯片环介导恒温扩增技术快速检测8种肠道致病菌5.基于环介导等温扩增技术的微流控芯片在病原菌检测方面的研究进展因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
临床检验中的分子诊断技术进展考核试卷
C. Western blot
D. Southern blot
11. 哪种技术可以用于检测单个细胞中的基因表达？（ ）
A. RNA-Seq
B. Single-cell PCR
C. qPCR
D. Northern blot
12. 以下哪种技术不是基于DNA芯片的检测方法？（ ）
A. Microarray
B. SNP array
C. CGH array
D. Western blot
13. 在分子诊断中，以下哪种技术用于检测基因重排？（ ）
A. PCR
B. FISH
C. Southern blot
D. Northern blot
14. 哪种技术可用于检测病原微生物的快速诊断？（ ）
D. PCR
8. 哪种技术被称为下一代测序技术？（ ）
A. Sanger sequencing
B. NGS
C. AFLP
D. RFLP
9. 以下哪个不是NGS技术的优点？（ ）
A. 高通量
B. 成本低
C. 准确性高
D. 速度快
10. 在分子诊断中，以下哪种技术用于检测DNA甲基化？（ ）
A. PCR
C. Western blot
D. Northern blot
19. 哪种技术可以用于检测miRNA的表达？（ ）
A. PCR
B. Northern blot
C. RNA-Seq
D. Western blot
20. 在分子诊断中，以下哪种技术用于检测病毒载量？（ ）
A. PCR
B. ELISA
C. Western blot
基因组重组问题的一个更快算法(英文)
基因组重组问题的一个更快算法(英文)
亓兴勤;李国君;李曙光
【期刊名称】《应用数学》
【年(卷),期】2006(19)1
【摘要】寻找一个基因组(源基因组)转化成另一个基因组(目标基因组)所需最少数目移位和翻转的问题,称为基因组重组问题.此问题的“瓶颈”在于寻找源基因组的一个最优“联接”;若源基因组和目标基因组是“共尾”的,Hannenhalli和Pevzner给出一个O(n2)算法得到源基因组的一个最优“联接”,本文将此算法复杂性将低到O(n),其中n为基因组中所含基因的个数.从而由Eric.T和MarieFrance的结果得到求“共尾”标号基因组间重组序列的一个O(nnlogn)算法.
【总页数】9页(P66-74)
【关键词】翻转;移位;重组序列;基因组
【作者】亓兴勤;李国君;李曙光
【作者单位】山东大学数学与系统科学学院
【正文语种】中文
【中图分类】TP301
【相关文献】
1.一个比快速算法更快的算法 [J], 胡伟
2.一个社会学家眼中的人类基因组计划——《重组生命:基因组学革命中的知识与
控制》评介 [J], 胡万亨
3.一个社会学家眼中的人类基因组计划--《重组生命:基因组学革命中的知识与控制》评介 [J], 胡万亨
4.基因组重排问题的一个近似算法 [J], 陶玉敏;莫忠息;刘扬;任清华;李素贞
5.标号基因组间重组距离的一个线性时间算法 [J], 亓兴勤;王骁力;李国君
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寡核苷酸微阵列
寡核苷酸微阵列（Oligonucleotide array），也被称为DNA微阵列，是人类基因组计划（Human Genome Project，HGP）的逐步实施和分子生物学的迅猛发展及运用的产物。
它是一种在固体表面上集成的已知序列的基因探针，主要用于核酸杂交，特别是在原来的核酸杂交（如Northern、Southern）基础上的发展。
这种技术的流程主要是在芯片上制备已知序列的基因探针，这些探针可以是寡核苷酸、单链DNA分子或其他核酸分子。
被测生物细胞或组织中大量标记的核酸序列与上述探针阵列进行杂交，通过检测相应位置杂交探针，实现基因信息的快速检测。
寡核苷酸微阵列已经被广泛应用于不同材料中的多个基因表达模式进行平行对比分析，它是一种高产出的、新的基因分析方法。
ACNE软件包用户指南说明书
Package‘ACNE’June25,2023Version0.9.0Depends R(>=3.0.0),aroma.affymetrix(>=2.14.0)Imports MASS,R.methodsS3(>=1.7.0),R.oo(>=1.23.0),R.utils(>=2.1.0),matrixStats(>=0.50.0),R.filesets(>=2.9.0),aroma.core(>=2.14.0)Suggests DNAcopyTitle Affymetrix SNP Probe-Summarization using Non-Negative MatrixFactorizationDescription A summarization method to estimate allele-specific copy number signals for Affymetrix SNP microarrays using non-negative matrix factorization(NMF).License LGPL(>=2.1)URL https:///HenrikBengtsson/ACNEBugReports https:///HenrikBengtsson/ACNE/issuesLazyLoad TRUEbiocViews aCGH,CopyNumberVariants,SNP,Microarray,OneChannel,TwoChannel,GeneticsNeedsCompilation noAuthor Maria Ortiz[aut],Henrik Bengtsson[aut,cre,cph],Angel Rubio[aut]Maintainer Henrik Bengtsson<*****************>Repository CRANDate/Publication2023-06-2518:30:02UTCR topics documented:ACNE-package (2)doACNE (2)NmfPlm (3)NmfSnpPlm (5)12doACNEIndex7ACNE-package Package ACNEDescriptionA summarization method to estimate allele-specific copy number signals for Affymetrix SNP mi-croarrays using non-negative matrix factorization(NMF).Installation and updatesThis package requires the aroma.affymetrix package.To install this package,do:install.packages("ACNE") To get started1.For a one-command pipeline,see the doACNE()method.2.For other usages,see the NmfPlm class.LicenseLGPL(>=2.1)Author(s)Maria Ortiz,Henrik Bengtsson,Angel RubioReferences[1]M.Ortiz-Estevez,H.Bengtsson,A.Rubio,ACNE:a summarization method to estimate allele-specific copy numbers for Affymetrix SNP arrays,Bioinformatics,2010[PMC2913655].doACNE(ACNE)Description(ACNE)based on[1].The algorithm is processed in bounded memory,meaning virtually anynumber of arrays can be analyzed on also very limited computer systems.Usage##S3method for class AffymetrixCelSetdoACNE(csR,fln=FALSE,drop=TRUE,verbose=FALSE,...)##Default S3method:doACNE(dataSet,...,verbose=FALSE)ArgumentscsR,dataSet An AffymetrixCelSet(or the name of an AffymetrixCelSet).fln If TRUE,CRMAv2-style PCR fragment-length normalization is performed,oth-erwise not.drop If TRUE,the RMA summaries are returned,otherwise a named list of all inter-mediate andfinal results.verbose See Verbose....Additional arguments used to set up AffymetrixCelSet(when argument dataSet is specified).ValueReturns a named list,iff drop==FALSE,otherwise a named list of AromaUnitTotalCnBinarySet and AromaUnitFracBCnBinarySet.Author(s)Henrik BengtssonReferences[1]M.Ortiz-Estevez,H.Bengtsson,A.Rubio,ACNE:a summarization method to estimate allele-specific copy numbers for Affymetrix SNP arrays,Bioinformatics,2010[PMC2913655]. NmfPlm The NmfPlm classDescriptionPackage:ACNEClass NmfPlmObject~~|~~+--ParametersInterface~~~~~~~|~~~~~~~+--Model~~~~~~~~~~~~|~~~~~~~~~~~~+--UnitModel~~~~~~~~~~~~~~~~~|~~~~~~~~~~~~~~~~~+--MultiArrayUnitModel~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~|~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~+--ProbeLevelModel~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~|~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~+--NmfPlmDirectly known subclasses:NmfSnpPlmpublic abstract static class NmfPlmextends ProbeLevelModelThis class represents the NMF model of[REF].UsageNmfPlm(...,maxIter=10L,maxIterRlm=20L,refs=NULL,flavor=c("v4","v3","v2","v1"))Arguments...Arguments passed to ProbeLevelModel.maxIter The maximum number of iteration in the NMF step.maxIterRlm A positive integer specifying the maximum number of iterations used in rlm.refs An index vector(integer or logical)specifying the reference samples.IfNULL,all samples are used as a reference.flavor(Internal/developmental only)A character string specifying which algorithmto use.Fields and MethodsMethods:getAsteriskTags-Methods inherited from ProbeLevelModel:calculateResidualSet,calculateWeights,fit,getAsteriskTags,getCalculateResidualsFunction,getChip-EffectSet,getProbeAffinityFile,getResidualSet,getRootPath,getWeightsSetMethods inherited from MultiArrayUnitModel:getListOfPriors,setListOfPriors,validateMethods inherited from UnitModel:findUnitsTodo,getAsteriskTags,getFitSingleCellUnitFunction,getParametersMethods inherited from Model:as.character,fit,getAlias,getAsteriskTags,getDataSet,getFullName,getName,getPath,getRoot-Path,getTags,setAlias,setTagsMethods inherited from ParametersInterface:getParameterSets,getParameters,getParametersAsStringMethods inherited from Object:$,$<-,[[,[[<-,as.character,attach,attachLocally,clearCache,clearLookupCache,clone,detach,equals,extend,finalize,getEnvironment,getFieldModifier,getFieldModifiers,getFields,getInstan-tiationTime,getStaticInstance,hasField,hashCode,ll,load,names,objectSize,print,save,asThis Author(s)Henrik BengtssonReferences[1]M.Ortiz-Estevez,H.Bengtsson,A.Rubio,ACNE:a summarization method to estimate allele-specific copy numbers for Affymetrix SNP arrays,Bioinformatics,2010[PMC2913655].See AlsoInternally,for each SNP the NMF model isfitted using the fitSnpNmf()function. NmfSnpPlm The NmfSnpPlm classDescriptionPackage:ACNEClass NmfSnpPlmObject~~|~~+--ParametersInterface~~~~~~~|~~~~~~~+--Model~~~~~~~~~~~~|~~~~~~~~~~~~+--UnitModel~~~~~~~~~~~~~~~~~|~~~~~~~~~~~~~~~~~+--MultiArrayUnitModel~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~|~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~+--ProbeLevelModel~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~|~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~+--NmfPlm~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~|~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~+--SnpPlm~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~|~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~+--NmfSnpPlmDirectly known subclasses:public abstract static class NmfSnpPlmextends SnpPlmUsageNmfSnpPlm(...,mergeStrands=FALSE)Arguments...Arguments passed to NmfPlm.mergeStrands If TRUE,the sense and the anti-sense strands arefitted together,otherwise sepa-rately.Fields and MethodsMethods:No methods defined.Methods inherited from SnpPlm:getCellIndices,getChipEffectSet,getMergeStrands,getParameters,getProbeAffinityFile,setMergeS-trandsMethods inherited from NmfPlm:getAsteriskTagsMethods inherited from ProbeLevelModel:calculateResidualSet,calculateWeights,fit,getAsteriskTags,getCalculateResidualsFunction,getChip-EffectSet,getProbeAffinityFile,getResidualSet,getRootPath,getWeightsSetMethods inherited from MultiArrayUnitModel:getListOfPriors,setListOfPriors,validateMethods inherited from UnitModel:findUnitsTodo,getAsteriskTags,getFitSingleCellUnitFunction,getParametersMethods inherited from Model:as.character,fit,getAlias,getAsteriskTags,getDataSet,getFullName,getName,getPath,getRoot-Path,getTags,setAlias,setTagsMethods inherited from ParametersInterface:getParameterSets,getParameters,getParametersAsStringMethods inherited from Object:$,$<-,[[,[[<-,as.character,attach,attachLocally,clearCache,clearLookupCache,clone,detach, equals,extend,finalize,getEnvironment,getFieldModifier,getFieldModifiers,getFields,getInstan-tiationTime,getStaticInstance,hasField,hashCode,ll,load,names,objectSize,print,save,asThisAuthor(s)Henrik BengtssonIndex∗classesNmfPlm,3NmfSnpPlm,5∗packageACNE-package,2ACNE(ACNE-package),2ACNE-package,2AffymetrixCelSet,3 AromaUnitFracBCnBinarySet,3 AromaUnitTotalCnBinarySet,3 character,4doACNE,2,2fitSnpNmf,5integer,4list,3logical,4Model,3,5MultiArrayUnitModel,3,5NmfPlm,2,3,5,6NmfSnpPlm,4,5NULL,4Object,3,5ParametersInterface,3,5 ProbeLevelModel,3–5SnpPlm,5,6TRUE,3,6UnitModel,3,5vector,4Verbose,37。