蛋白质数据分析
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http://us.expasy.org/tools/protparam.html
计算多种理化指标
主要内容
• 数据库与检索工具
– UniProt, Genbank, RefSeq, IPI,Ensembl, PDB,DIP,et al.
• 蛋白质数据分析
基本物理化学性质分析 序列相似性比较 翻译后修饰分析 功能域分析
• 蛋白质数据分析
基本物理化学性质分析 序列相似性比较 翻译后修饰分析 功能域分析
Go功能分类与富集分析
Pathway分析 相互作用与网络分析
亚细胞定位分析
翻译后修饰分析
• 翻译后修饰是调节蛋白质功能的重要方式， 对蛋白质翻译后修饰的研究可以帮助阐明 和了解蛋白质功能及其功能变化，翻译后 修饰的预测和分析也日渐成为生物信息学 蛋白质序列分析中的重要的研究内容。
–b 10 –o blast.out -b 5 –v 5 –a 2
• 多序列比对
– Clustalw/clustalx (http://www.clustal.org/)等
主要内容
• 数据库与检索工具
– UniProt, Genbank, RefSeq, IPI,Ensembl, PDB,DIP,et al.
P53_HUMAN P04637 Q9EX73
IPI00025087.2
ENSP00000269305
IPI - International Protein Index
主要蛋白质序列检索工具
UNIPROT
KEGG DBGET
NCBI Entrez
Ensembl IPI
主要内容
• 数据库与检索工具
描述 扫描翻译后修饰序列模式工具 预测翻译后修饰激酶工具 预测磷酸化的工具 预测磷酸化和磷酸化激酶的工具 预测磷酸化和磷酸化激酶的工具
• 分子量 • 等电点 • 残基数 • 氨基酸组成 • ……
• EMBOSS
– Pepstats – Pepinfo – Pepwindow – ……
ExPASy(Expert Protein Analysis System)
ProtParam Compute pI/MW ProtScale ……
http://emboss.sourceforge.net/
http://www.expasy.ch /
EMBOSS - pepstats
在线工具：http://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/pepinfo/ 本地下载：http://emboss.sourceforge.net/download/#Stable
ExPASy - ProtParam
Go功能分类与富集分析
Pathway分析 相互作用与网络分析
亚细胞定位分析
序列相似性比较
• 两序列比较
– 主要工具：BLAST – 常用数据库：NCBI NR，SWISSPROT – 命令示例：
• formatdb -i nr.fasta –o T –p T • blastall –i input.seq –d nr –p blastp –e 1e-3
http://dbptm.mbc.nctu.edu.tw/
O-糖基化数据库 翻译后修饰数据库
http://www.phosphosite.org/Login. 磷酸化位点数据库 jsp
名字 Scansite PREDIKIN NetPhos NetPhosK GPS
Big-PI-prediction
S/T/Y磷酸化位点的数据库
http://www.expasy.ch/prosite/
含有蛋白质翻译后修饰信息
http://www.hprd.org/ http://www.ebi.ac.uk/RESID/
人类蛋白质的综合信息数据 库，含有很多翻译后修 饰的信息
翻译后修饰的数据库
http://www.cbs.dtu.dk/databases/O GLYCBASE/
• 磷酸化、糖基化、甲基化、泛素化和羟基 化等等
名字 Swiss-Prot Phospho.ELM PROSITE HPRD
RESID O-GlycBase dbPTM Phosphosite
翻译后修饰数据库
网址
描述
http://expasy.org/sprot/
含有蛋白质翻译后修饰信息
http://phospho.elm.eu.org/
– 亚细胞定位分析
DATABASE
cytoscape
Pajek
Pfam
TRANSFAC IPI
Gene ontology …………………………….
BLAST
GENEGO HMMER
EMBOSS
Interproscan
BLAST2GO …………………………….
TOOLS
Output
常见数据
GI:120407068 NP_000537.3 XP_001604088.1 AAF36358.1
GlycoMod NetOGlyc NetNGlyc DictyOGlyc YinOYang Sulfinator OGlyc
百度文库
翻译后修饰预测软件
网址 http://scansite.mit.edu/ http://predikin.biosci.uq.edu.au/pkr/ http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/ http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhosK/ http://gps.biocuckoo.org/
主要内容
• 数据库与检索工具
– UniProt, Genbank, RefSeq, IPI,Ensembl, PDB,DIP,et al.
• 蛋白质数据分析
– 基本物理化学性质分析 – 序列相似性比较 – 翻译后修饰分析 – 功能域分析
Go功能分类与富集分析
Pathway分析 相互作用与网络分析
– UniProt, Genbank, RefSeq, IPI,Ensembl, PDB,DIP,et al.
• 蛋白质数据分析
基本物理化学性质分析 序列相似性比较 翻译后修饰分析 功能域分析
Go功能分类与富集分析
Pathway分析 相互作用与网络分析
亚细胞定位分析
蛋白质基本物化性质分析
计算多种理化指标
主要内容
• 数据库与检索工具
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• 蛋白质数据分析
基本物理化学性质分析 序列相似性比较 翻译后修饰分析 功能域分析
• 蛋白质数据分析
基本物理化学性质分析 序列相似性比较 翻译后修饰分析 功能域分析
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Pathway分析 相互作用与网络分析
亚细胞定位分析
翻译后修饰分析
• 翻译后修饰是调节蛋白质功能的重要方式， 对蛋白质翻译后修饰的研究可以帮助阐明 和了解蛋白质功能及其功能变化，翻译后 修饰的预测和分析也日渐成为生物信息学 蛋白质序列分析中的重要的研究内容。
–b 10 –o blast.out -b 5 –v 5 –a 2
• 多序列比对
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主要内容
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– UniProt, Genbank, RefSeq, IPI,Ensembl, PDB,DIP,et al.
P53_HUMAN P04637 Q9EX73
IPI00025087.2
ENSP00000269305
IPI - International Protein Index
主要蛋白质序列检索工具
UNIPROT
KEGG DBGET
NCBI Entrez
Ensembl IPI
主要内容
• 数据库与检索工具
描述 扫描翻译后修饰序列模式工具 预测翻译后修饰激酶工具 预测磷酸化的工具 预测磷酸化和磷酸化激酶的工具 预测磷酸化和磷酸化激酶的工具
• 分子量 • 等电点 • 残基数 • 氨基酸组成 • ……
• EMBOSS
– Pepstats – Pepinfo – Pepwindow – ……
ExPASy(Expert Protein Analysis System)
ProtParam Compute pI/MW ProtScale ……
http://emboss.sourceforge.net/
http://www.expasy.ch /
EMBOSS - pepstats
在线工具：http://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/pepinfo/ 本地下载：http://emboss.sourceforge.net/download/#Stable
ExPASy - ProtParam
Go功能分类与富集分析
Pathway分析 相互作用与网络分析
亚细胞定位分析
序列相似性比较
• 两序列比较
– 主要工具：BLAST – 常用数据库：NCBI NR，SWISSPROT – 命令示例：
• formatdb -i nr.fasta –o T –p T • blastall –i input.seq –d nr –p blastp –e 1e-3
http://dbptm.mbc.nctu.edu.tw/
O-糖基化数据库 翻译后修饰数据库
http://www.phosphosite.org/Login. 磷酸化位点数据库 jsp
名字 Scansite PREDIKIN NetPhos NetPhosK GPS
Big-PI-prediction
S/T/Y磷酸化位点的数据库
http://www.expasy.ch/prosite/
含有蛋白质翻译后修饰信息
http://www.hprd.org/ http://www.ebi.ac.uk/RESID/
人类蛋白质的综合信息数据 库，含有很多翻译后修 饰的信息
翻译后修饰的数据库
http://www.cbs.dtu.dk/databases/O GLYCBASE/
• 磷酸化、糖基化、甲基化、泛素化和羟基 化等等
名字 Swiss-Prot Phospho.ELM PROSITE HPRD
RESID O-GlycBase dbPTM Phosphosite
翻译后修饰数据库
网址
描述
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含有蛋白质翻译后修饰信息
http://phospho.elm.eu.org/
– 亚细胞定位分析
DATABASE
cytoscape
Pajek
Pfam
TRANSFAC IPI
Gene ontology …………………………….
BLAST
GENEGO HMMER
EMBOSS
Interproscan
BLAST2GO …………………………….
TOOLS
Output
常见数据
GI:120407068 NP_000537.3 XP_001604088.1 AAF36358.1
GlycoMod NetOGlyc NetNGlyc DictyOGlyc YinOYang Sulfinator OGlyc
百度文库
翻译后修饰预测软件
网址 http://scansite.mit.edu/ http://predikin.biosci.uq.edu.au/pkr/ http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/ http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhosK/ http://gps.biocuckoo.org/
主要内容
• 数据库与检索工具
– UniProt, Genbank, RefSeq, IPI,Ensembl, PDB,DIP,et al.
• 蛋白质数据分析
– 基本物理化学性质分析 – 序列相似性比较 – 翻译后修饰分析 – 功能域分析
Go功能分类与富集分析
Pathway分析 相互作用与网络分析
– UniProt, Genbank, RefSeq, IPI,Ensembl, PDB,DIP,et al.
• 蛋白质数据分析
基本物理化学性质分析 序列相似性比较 翻译后修饰分析 功能域分析
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亚细胞定位分析
蛋白质基本物化性质分析