如何找同源基因并用DNAman比对序列
DNA序列比对同源性分析图解BLAST
1、进入网页：/BLAST/2、点击Search for short, nearly exact matches3、在search栏中输入引物系列：注：文献报道ABCG2的引物为5’-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3’;5’-TGCCCATCACAACATCATCT-3’（1）输入方法可先输入上游引物，进行blast程序，同样方法在进行下游引物的blast程序。
这种方法叫繁琐，而且在结果分析特异性时要看能与上游引物的匹配的系列，还要看与下游引物匹配的系列——之后看两者的交叉。
（2）简便的做法是同时输入上下游引物：有以下两种方法。
输入上下游引物系列都从5’——3’。
A、输入上游引物空格输入下游引物B、输入上游引物回车输入下游引物4、在options for advanced blasting中：select from 栏通过菜单选择Homo sapiensExpect后面的数字改为105、在format中：select from 栏通过菜单选择Homo sapiens Expect后面的数字填上0 106、点击网页中最下面的“BLAST！”7、出现新的网页，点击Format！8、等待若干秒之后，出现results of BLAST的网页。
该网页用三种形式来显示blast的结果。
（1）图形格式：图中①代表这些序列与上游引物匹配、并与下游引物互补的得分值都位于40～50分图中②代表这些序列与上游引物匹配的得分值位于40～50分，而与下游引物不互补图中③代表这些序列与下游引物互补的得分值小于40分，而与上游引物不匹配通过点击相应的bar可以得到匹配情况的详细信息。
（2）结果信息概要：从左到右分别为：A、数据库系列的身份证：点击之后可以获得该序列的信息B、系列的简单描述C、高比值片段对（high-scoring segment pairs, HSP)的字符得分。
按照得分的高低由大到小排列。
得分的计算公式＝匹配的碱基×2＋0.1。
如何使用DNAMAN软件制作序列比对
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dnaman使用方法
dnaman使用方法使用DNAMAN的方法DNAMAN是一款功能强大的生物信息学软件，广泛应用于DNA 和蛋白质序列分析、比对、编辑和可视化等领域。
本文将介绍DNAMAN的使用方法，帮助读者快速上手并熟练运用该软件。
一、安装和启动DNAMAN1. 下载软件安装包：在DNAMAN官方网站上下载适用于您的操作系统的安装包，并保存到本地。
2. 安装软件：双击安装包，按照提示完成软件的安装过程。
3. 启动软件：安装完成后，双击桌面上的DNAMAN图标，即可启动软件。
二、导入和编辑序列1. 导入序列：在DNAMAN的主界面，点击"文件"菜单，选择"导入序列"，然后选择您要导入的序列文件（支持FASTA、GenBank 等格式）。
2. 编辑序列：在序列编辑界面，您可以对序列进行添加、删除、替换等操作。
点击"编辑"菜单，选择相应的编辑功能，然后在弹出的对话框中进行操作。
三、序列比对和分析1. 序列比对：点击"工具"菜单，选择"序列比对"，然后选择比对算法和参数设置，点击"开始比对"按钮即可进行序列比对。
2. 序列分析：DNAMAN提供了丰富的序列分析工具，如ORF预测、限制酶切位点分析、引物设计等。
点击"工具"菜单，选择相应的分析工具，按照提示进行操作。
四、序列可视化和输出1. 序列可视化：DNAMAN提供了多种序列可视化方式，如线性图、环形图、比对图等。
点击"视图"菜单，选择相应的可视化方式，即可查看序列的结构和特征。
2. 输出结果：完成序列分析后，您可以将结果导出为文本文件或图像文件。
点击"文件"菜单，选择"导出结果"，然后选择输出格式和保存路径，点击"保存"按钮即可导出结果。
五、保存和管理项目1. 保存项目：在使用DNAMAN进行序列分析时，建议您保存项目以便后续操作。
如何找同源基因并用DNAman比对序列讲义
Zakery 2016年5月26日
首先到phytozome网站上选择你要找的物种，比如 水稻Oryza sativa v7_JGI (Rice)
点击BLAST search
在target type中选择proteome，把氨基酸 序列复制到BLAST框中，点GO
这是结果，得分越高说明同源性越高
点击第一个前面字母G，得到如图可以看到 CDS sequence和Peptide equence
把基因名和CDS序列如图复制到记事本，把 txt格式改为SEQ格式（直接更改扩展名）
接下来就是用DNAman分析了
选择输入序列
选择序列文件所 在位置
然后一直点击下一步
这是去除后的序 列情况
点击这个按钮, 出现下拉菜单
保持EMF格式的文件即 可,然后用图片查看器打 开可以放大缩小而不改 变像素
前面软件演 示所用的序 列比对后做 出来的图
注意:由于前面软件自 动加了约为几十个bp 长度的标记,因此在所 获得的图中,会在尾部 出现N多个点,不影响图 片的质量与美观!
注意输入的序列是 DNA或者是蛋白质序 列,打勾相应的选项
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注意,由于是用了免费的版本,它 会在这里加上了一段标记,手工 去除它.
序列分析软件DNAMAN的使用方法
序列分析软件DNAMAN的使用方法
2． 以不同形式显示序列
通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，
根据不同的需要，可以选择显示不同的 序列转换形式。
菜单说明如下： Position 当前位置 Add Site 添加酶切位点 Add Element 添加要素 Add Text 添加文字 Insert Fragment 插入片断 Copy Fragment 复制片断 Cut Fragment 剪切片断 Remove Fragment 清除片断 Frame Thickness序边列框分析线软粗件细DNA调MA节N的使用方法
序列分析软件DNAMAN的使用方法
Annotations 是否显示注释 Comparision 比对参数， 其中Window 代表Window size（单位比对长度）， Mismatch 代表Mismatch size（单位比对长度中许
可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。 Both stran 代表Both strand（双链比对）选择此项，
参数说明如下： Results 分析结果显示 其中包括： Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点） Draw restriction map（显示限制性酶切图） Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）
是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和 Sequence 1 比较。 Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点 表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
序列分析软件DNAMan
序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，如下所示第二栏为工具栏：如下所示：第三栏为浏览器栏：如下所示：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，如左所示：点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel ，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（1）通过File|Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel(例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（2）通过Sequence|Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
可以通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence|Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
如何找同源基因并用DNAman比对序列
选择序列文件所 在位置
精品课件
然后一直点击下一步
注意输入的序列是DNA 或者是蛋白质序列,打 勾相应的选项
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选项不需要修 改,默认就行
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选项不需要修 改,默认就行
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选项不需要修 改,默认就行
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序列前面一般会加上CREATED..FEATURESLCATINQUALIFIERS这一段标记
精品课件
这是结果，得分越高说明同源性越高
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点击第一个前面字母G，得到如图可以看到 CDS sequence和Peptide equence
精品课件
把基因名和CDS序列如图复制到记事本，把 txt格式改为SEQ格式（直接更改扩展名）
精品课件
接下来就是用DNAman分析了
选择输入序列 精品课件
如何在phytozome中找物种同源基因并 用DNAman比对序列
精品课件
Zakery 2016年找的物种，比如水
稻Oryza sativa v7_JGI (Rice)
精品课件
点击BLAST search
精品课件
在target type中选择proteome，把氨基酸序 列复制到BLAST框中，点GO
注意,由于是用了免费的版本,它 会在这里加上了一段标记,手工 去除它.
精品课件
这是去除后的序 列情况
精品课件
点击这个按钮, 出现下拉菜单
精品课件
保持EMF格式的文件即可, 然后用图片查看器打开 可以放大缩小而不改变 像素
精品课件
前面软件演 示所用的序 列比对后做 出来的图
注意:由于前面软件自 动加了约为几十个bp长 度的标记,因此在所获 得的图中,会在尾部出 现N多个点,不影响图片 的质量与美观!
序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿
序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿第一部分：软件介绍1.DNAMAN是什么？-DNAMAN是一款用于DNA和蛋白质序列分析的软件。
-它提供多种功能，包括序列比对、引物设计、限制酶分析和进化树构建等。
2.DNAMAN的应用领域-DNAMAN广泛应用于生物学、生物技术和医药领域。
-它可以帮助研究人员进行序列分析、设计实验方案和解读实验结果。
第二部分：基本序列比对1.创建新项目-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。
2.导入序列-点击“导入”按钮，选择需要比对的序列文件，点击“确定”导入。
-系统会自动将序列导入到项目中。
3.序列比对-选择需要比对的序列，点击“比对”按钮进行序列比对。
-系统会自动比对序列并生成比对结果。
4.结果解读-比对结果以图形和文本形式展示。
-可以通过选择不同的比对算法和调整参数来优化比对结果。
第三部分：引物设计1.创建新项目-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。
2.导入标记序列-点击“导入”按钮，选择需要设计引物的标记序列文件，点击“确定”导入。
-系统会自动将标记序列导入到项目中。
3.引物设计-点击“引物设计”按钮，选择设计引物的参数和算法。
-系统会根据所选参数和算法自动生成引物设计结果。
4.结果解读-引物设计结果以图形和文本形式展示。
-可以通过选择不同的参数和算法来优化引物设计结果。
第四部分：限制酶分析1.创建新项目-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。
2.导入限制酶序列-点击“导入”按钮，选择需要分析的限制酶序列文件，点击“确定”导入。
-系统会自动将限制酶序列导入到项目中。
3.限制酶分析-点击“限制酶分析”按钮，选择分析参数和算法。
-系统会根据所选参数和算法自动进行限制酶分析。
4.结果解读-限制酶分析结果以图形和文本形式展示。
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Zakery 2016年5月26日
首先到phytozome网站上选择你要找的物种，比如 水稻Oryza sativa v7_JGI (Rice)
点击BLAST search
பைடு நூலகம்
在target type中选择proteome，把氨基酸 序列复制到BLAST框中，点GO
保持EMF格式的文件即 可,然后用图片查看器打 开可以放大缩小而不改 变像素
前面软件演 示所用的序 列比对后做 出来的图
注意:由于前面软件自 动加了约为几十个bp 长度的标记,因此在所 获得的图中,会在尾部 出现N多个点,不影响图 片的质量与美观!
这是结果，得分越高说明同源性越高
点击第一个前面字母G，得到如图可以看到 CDS sequence和Peptide equence
把基因名和CDS序列如图复制到记事本，把 txt格式改为SEQ格式（直接更改扩展名）
接下来就是用DNAman分析了
选择输入序列
选择序列文件所 在位置
注意输入的序列是 DNA或者是蛋白质序 列,打勾相应的选项 然后一直点击下一步
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选项不需要修 改,默认就行
序列前面一般会加上CREATED..FEATURESLCATINQUALIFIERS这一段标记
注意,由于是用了免费的版本,它 会在这里加上了一段标记,手工 去除它.
这是去除后的序 列情况
点击这个按钮, 出现下拉菜单