焦磷酸测序技术检测耐多药结核分枝杆菌
MTBDRplus技术快速检测结核分枝杆菌耐多药的临床应用评价

MTBDRplus技术快速检测结核分枝杆菌耐多药的临床应用评价潘洁茹;叶海梅;吴祖达;张宝华;郑厚建【摘要】目的评价线性探针杂交技术(简称MTBDRplus技术)对福州地区耐药结核杆菌的检测效果,并了解该地区耐药结核分枝杆菌的耐药基因特征.方法选取246株临床结核分枝杆菌分离株,以传统罗氏药敏试验为金标准,评价MTB-DRplus技术在临床上应用的检测效果,分析耐药基因突变分布频率.结果与传统罗氏药敏试验相比较,MTBDRplus检测利福平(RIF)和异烟肼(INH)耐药性灵敏度分别为91.7%(11/12)和83.3%(15/18),MTBDRplus检测RIF和INH耐药性特异度分别为99.6%(238/234)和95.2%(217/228).12例rpoB基因存在突变的结核分枝杆菌中,58.3%rpoB基因S531L突变;26例katG和inhA基因存在突变的结核分枝杆菌中,57.7%(15/26)katG基因315突变;存在C15T位点突变的菌株仅9.1%(1/11)为INH耐药菌株.结论 MTBDRplus技术是一个敏感、特异的快速诊断耐多药结核病的有效方法,该技术在福州地区具有较好的应用前景.福州市耐药结核分枝杆菌以rpoBS531L和katG S315T突变型为主.建议谨慎判断结核分枝杆菌inhA基因C15T位点突变引起的INH耐药.【期刊名称】《中国人兽共患病学报》【年(卷),期】2019(035)006【总页数】5页(P509-513)【关键词】结核分枝杆菌;耐多药;线性探针【作者】潘洁茹;叶海梅;吴祖达;张宝华;郑厚建【作者单位】福州市疾病预防控制中心,福州 350004;福州市疾病预防控制中心,福州 350004;福州市疾病预防控制中心,福州 350004;联勤保障部队第九○○医院二部检验科,福州350003;连江县疾病预防控制中心,连江 350500【正文语种】中文【中图分类】R378耐药结核病的发生和流行成为结核病控制的重要障碍和急待解决的世界性严重公共卫生问题。
焦磷酸光化测序技术的基本原理及运用-人类学论文-生物学论文

焦磷酸光化测序技术的基本原理及运用-人类学论文-生物学论文——文章均为WORD文档,下载后可直接编辑使用亦可打印——摘要:人类基因组计划(Human Genome Project, HGP)不仅极大地提高了人类对基因组和相关遗传信息的认识水平,而且促进了生命科学研究技术的发展和应用。
正是在这样的历史背景下,焦磷酸光化测序技术(pyrosequencing)由瑞典研究人员发明。
焦磷酸光化测序技术的基础原理是基于通过合成测序原理进行酶促反应的DNA测序方法,通过基于释放焦磷酸盐时的链式反应的可见光检测,即可获得一个特异的检测峰,峰值的高低和相匹配的碱基数成正比。
该技术可应用于DNA核苷酸序列和突变的检测、单核苷酸多态性的基因型的鉴定,以及DNA甲基化水平变化的分析等。
近年来,随着摄影器材和成像技术的快速发展,这项技术的原理是基于通过酶促反应而实时检测可见光,因此,有望在检测的敏感性方面得到更进一步的发展。
该文根据笔者在瑞典近三十年的工作经验和积累的文献,首先阐明焦磷酸光化测序的基本原理,然后介绍该技术的应用,最后讨论其发展前景。
关键词:人类基因组计划; 焦磷酸光化测序; 基因变异; 基因型; DNA甲基化;Abstract:The Human Genome Project(HGP)not only greatly improved the understanding of human genome and related genetic information, but also promoted the development of technologies in life science research. It was under this historical context that pyrosequencing was invented by Swedish researchers. Pyrosequencing is a method of DNA sequencing based on the sequencing by synthesis principle with enzymatic reactions, and relies on light detection based upon a chain reaction when pyrophosphate is released. The application of this technology involved the detection of DNA nucleotide sequences and mutations, the identification of genotypes of single nucleotide polymorphisms, the analysis of changes in DNA methylation levels etc. With the recent rapid development of photographic equipment and imaging technology, this technology is expected to have an increasing sensitivity in signal detection. Based upon the working experiences in Sweden for nearly 30 years and accumulated literature, this review first clarified the basic principles of pyrosequencing, then introduced the applications of this technology, and finally discussed its development prospects in the near future.Keyword:Human Genome Project; pyrosequencing; genetic variation; genotype; DNA methylation;1 、引言本世纪是生命科学的世纪。
用PCR法快速初筛结核分枝杆菌的耐多药性

用PCR法快速初筛结核分枝杆菌的耐多药性鲍优红;叶建萍;葛超荣【期刊名称】《实验与检验医学》【年(卷),期】2004(022)005【摘要】目的建立一种快速初筛结核分枝杆菌(结核菌)耐多药性的方法.方法设计一种能检测已知点突变的聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)方法并优化试验条件,用此方法检测18株耐多药株及95株非耐多药株的rpoB基因531位密码子由TCG向TTG的突变情况,以检测其耐多药性.以传统的间接耐药比例法为标准,对用PCR法检测结核菌的耐多药性的灵敏度、特异度和约登指数等指标进行评价.结果本研究设计的PCR法检测结核菌耐多药性的灵敏度为89%,特异度为80%,约登指数为69%.结论本研究设计的PCR法2小时能报告结果,且简单、经济,在结核菌耐多药性快速初筛中具有应用潜力.【总页数】2页(P429-430)【作者】鲍优红;叶建萍;葛超荣【作者单位】310009,浙江省杭州市铁路中心医院;325608,浙江省乐清市第二人民医院;310003,浙江大学医学院附属第一医院【正文语种】中文【中图分类】R446.5;Q939.32;R378.91+1【相关文献】1.等位基因特异多重PCR快速检测结核分枝杆菌异烟肼耐药性研究 [J], 焦伟伟;孙琳;李兆娜;顾艺;孙桂芝;申阿东2.用PCR-SSCP快速检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因的突变 [J], 刘庆鸣;万本愿;吴茂红;孙敬;王文丁;尹爱华3.PCR-SSCP快速检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因的研究 [J], 王瑞;杨水云4.复合PCR-膜芯片技术对结核分枝杆菌链霉素耐药性的快速检测 [J], 梁建琴;吴雪琼;曹立雪;李洪敏;张俊仙5.等位基因特异性多重PCR快速检测结核分枝杆菌喹诺酮耐药性的初步研究 [J], 夏强;赵丽丽;刘志广;刘劼;万康林因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
焦磷酸测序技术检测耐多药结核分枝杆菌

焦磷酸测序技术检测耐多药结核分枝杆菌朱长太;郑瑞娟;王洁;胡忠义【摘要】目的利用焦磷酸测序技术,建立结核分枝杆菌菌株耐多药检测方法,并与Bactec MGIT 960药敏法进行比较.方法设计rpoB、katG基因PCR扩增引物和焦磷酸测序引物,建立结核分枝杆菌菌株焦磷酸测序检测方法.利用新确立的焦磷酸测序法检测202株临床分离的耐多药结核分枝杆菌的利福平、异烟肼耐药性.结果与BACTEC MGIT 960法检测药物耐药性结果比较,焦磷酸测序检测多耐药结核分枝杆菌临床分离株的敏感性与特异性为72.8%[95%可信区间(confidence interval,CI):66.3%~78.4%]及90.0% (95% CI:80.1%~95.1%).结论新确立的焦磷酸测序技术可快速检测结核分枝杆菌对利福平、异烟肼的耐药性,其可作为耐多药结核分枝杆菌药敏有效的检测工具.【期刊名称】《实验与检验医学》【年(卷),期】2012(030)006【总页数】3页(P528-530)【关键词】焦磷酸测序;检测;多耐药;结核【作者】朱长太;郑瑞娟;王洁;胡忠义【作者单位】同济大学附属上海市肺科医院,上海200433;同济大学附属上海市肺科医院,上海200433;同济大学附属上海市肺科医院,上海200433;同济大学附属上海市肺科医院,上海200433【正文语种】中文【中图分类】R446.5;Q939.92;R378.91+1近年来随着,耐多药结核病(multidrug-resistant tuberculosis,MDR-TB)、广泛耐药结核病(extensively drug-resistant tuberculosis,XDR-TB)的出现和蔓延,使得结核防控更加困难[1,2]。
建立可靠的结核耐药检测方法对于结核病的治疗及防控无疑具有重要意义。
由此,本文旨在建立一种结核分枝杆菌菌株耐多药快速检测方法,并评价其在临床应用价值。
中国部分地区结核分支杆菌耐利福平、异烟肼和链酶素耐药基因的检测

中国部分地 区结核分支杆 菌耐利福平 、 异 烟肼 和链酶 素耐药基 因的检测 ’
包 洪 于 , 庭川, 印 璞 刘爱 忠 ; . 30 1 2 吉林省检验 中心 ; 3 太原市结核病医院 ) .
摘要 : 目的
研究我 国部分 地区耐利 福平 (F )异烟肼 ( H 和链 酶 素 (M) 核分 支杆 菌临 床分离 株 r B基 RP 、 I ) N s 结 p o
采用 P R和聚合酶链反应. C 单链构 象多态性 ( c _s P 对 P l Sc ) R
因、 a r L 因突变情 况, Kt p 基 G、 s 评价其耐 药分子机制 。方法
t m een t on l C -S P w r e u ne sn o bedo ii t n c antr n t g R sl R set e ,h p B i w r o u dw t P R S C eesq e cd uigd u l exdz i h. emiai . eut o f h ao i n s ep ci l tero vy
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用于结核分枝杆菌耐药性检测的国产体外诊断试剂首次获批

用于结核分枝杆菌耐药性检测的国产体外诊断试剂首次获批本刊讯
【期刊名称】《中国医院用药评价与分析》
【年(卷),期】2016(0)9
【摘要】本刊讯2016年9月2日,国家食品药品监督管理总局经审查,批准了厦门致善生物科技有限公司生产的"结核分枝杆菌氟喹诺酮类药物耐药突变检测试剂盒(荧光PCR熔解曲线法)""结核分枝杆菌链霉素耐药突变检测试剂盒(荧光PCR熔解曲线法)"和"结核分枝杆菌乙胺丁醇耐药突变检测试剂盒(荧光PCR 熔解曲线法)"。
3个产品都由扩增试剂、对照试剂和提取试剂组成。
【总页数】1页(P1293-1293)
【关键词】耐药突变;耐药性检测;体外诊断试剂;试剂盒;熔解曲线;药品监督;药物耐药性;氟喹诺酮类药物;用械安全;耐多药结核病
【作者】本刊讯
【作者单位】
【正文语种】中文
【中图分类】R951
【相关文献】
1.基因芯片法用于检测长沙地区结核分枝杆菌耐药性研究 [J], 邓叶华;向延根;马小华;石国民;喻容;彭雪峰
2.DNA 微阵列芯片法用于检测结核分枝杆菌耐药性的研究 [J], 刘亚芹;杨振斌;冯
冬霞;王海英
3.高分辨率熔解曲线技术用于结核分枝杆菌临床分离株异烟肼耐药性的快速检测[J], 杨彩虹;杨敏;于璐;包海洋;吴长新;曹旭东;陈创夫
4.国产耐药结核菌体外诊断试剂获批 [J],
5.利用植物生产可用于检测人血中艾滋病毒的体外诊断试剂 [J],
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焦磷酸测序检测结核分枝杆菌卡那霉素、阿米卡星、卷曲霉素耐药性

专利名称:焦磷酸测序检测结核分枝杆菌卡那霉素、阿米卡星、卷曲霉素耐药性的方法
专利类型:发明专利
发明人:徐梅波,张亚飞,林敏,王洁,吴非
申请号:CN201610892465.1
申请日:20160929
公开号:CN106480183A
公开日:
20170308
专利内容由知识产权出版社提供
摘要:本发明提供一种焦磷酸测序技术检测结核分枝杆菌二线注射类药物卡那霉素、阿米卡星、卷曲霉素耐药性的方法,包括以下顺序步骤:步骤(1),从痰液中直接提取核酸;步骤(2),对结核分枝杆菌rrs基因进行特异性的PCR扩增;步骤(3),对PCR扩增产物进行焦磷酸测序,判断rrs基因是否具有突变位点。
本发明提供的检测结核分枝杆菌对二线注射类药物卡那霉素、阿米卡星、卷曲霉素耐药性的方法可以从患者痰标本直接进行耐药性检测,并给出准确的耐药突变比例,无需再做分离培养结核分枝杆菌菌株,相比现在常用检测方法具有检测时间短,定量结果准确,操作简便,成本较低的优点。
申请人:凯杰(苏州)转化医学研究有限公司
地址:215123 江苏省苏州工业园区星湖街218号生物纳米园B5楼901室
国籍:CN
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焦磷酸测序技术简介及临床意义

焦磷酸测序技术简介及临床意义
PyrosequencingTM (焦磷酸测序技术)是一种基于4种酶的级联反应来进行定量序列分析的技术。
通过对病人样本DNA序列的直接测定,从而与已知DNA序列进行对照,从而对病人的病情作出判断。
不仅可以指导临床用药,甚至可以对未来的病情发展做出预测。
目前焦磷酸测序技术越来越多的应用在病毒的分型和耐药分析、微生物快速鉴定和肿瘤的个性化治疗中。
与传统的检测方法相比,焦磷酸测序技术由于是直接得到目的核酸片段的序列,所以又被称为分子诊断中的“金标准”。
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第30卷第6期实验与检验医学Vol.30No.62012年12月EXPERIMENTAL AND LABORATORY MEDICINEDec.2012·论著·焦磷酸测序技术检测耐多药结核分枝杆菌朱长太,郑瑞娟,王洁,胡忠义(同济大学附属上海市肺科医院,上海200433)摘要:目的利用焦磷酸测序技术,建立结核分枝杆菌菌株耐多药检测方法,并与Bactec MGIT 960药敏法进行比较。
方法设计rpoB 、katG 基因PCR 扩增引物和焦磷酸测序引物,建立结核分枝杆菌菌株焦磷酸测序检测方法。
利用新确立的焦磷酸测序法检测202株临床分离的耐多药结核分枝杆菌的利福平、异烟肼耐药性。
结果与BACTEC MGIT 960法检测药物耐药性结果比较,焦磷酸测序检测多耐药结核分枝杆菌临床分离株的敏感性与特异性为72.8%[95%可信区间(confidence in -terval,CI):66.3%~78.4%]及90.0%(95%CI:80.1%~95.1%)。
结论新确立的焦磷酸测序技术可快速检测结核分枝杆菌对利福平、异烟肼的耐药性,其可作为耐多药结核分枝杆菌药敏有效的检测工具。
关键词:焦磷酸测序;检测;多耐药;结核中图分类号R446.5,Q939.92,R378.91+1文献标识码A文章编号1674-1129(2012)06-0528-03Pyrosequencing for detection of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis ZHU Changtai,ZHENGRuijuan ,WANG Jie,et al.Shanghai Key Laboratory of Tuberculosis,Shanghai Pulmonary Hospital,Tongji U -niversity School of Medicine,Shanghai 200433,China.[Abstract]Objective To develop the method of detecting multidrug-resistant Mycobacterium tuberculo -sis (MDR-TB)by pyrosequencing technology,and compare it with Bactec MGIT 960susceptibility method.Methods The primers of the rpoB and katG genes were designed for PCR amplification and pyrosequencing and the pyrosequencing method was established for detection of Mycobacterium tuberculosis strains.The ri -fampicin and isoniazid resistances in 202clinical isolates of MDR-TB were detected using the newly estab -lished pyrosequencing assay.Results Compared with BACTEC MGIT 960,the sensitivity and specificity of the pyrosequencing assay for detection of MDR-TB clinical isolates were 72.8%[95%confidence interval (confi -dence interval,CI):66.3-78.4%]and 90.0%(95%CI:80.1-95.1%),respectively.Conclusion The newly es -tablished pyrosequencing method can rapidly detect the resistances of Mycobacterium tuberculosis to rifampin and isoniazid,which can be used as a practical diagnostic tool for testing the resistance of MDR-TB.[Key words]Pyrophosphate sequencing;Detection;Multidrug resistance;Tuberculosisdoi:10.3969/j.issn.1674-1129.2012.06.002近年来随着,耐多药结核病(multidrug-resistanttuberculosis,MDR-TB)、广泛耐药结核病(extensive -ly drug-resistant tuberculosis,XDR-TB)的出现和蔓延,使得结核防控更加困难[1,2]。
建立可靠的结核耐药检测方法对于结核病的治疗及防控无疑具有重要意义。
由此,本文旨在建立一种结核分枝杆菌菌株耐多药快速检测方法,并评价其在临床应用价值。
1材料与方法1.1材料1.1.1菌株来源202株被BACTEC 960药敏证实为MDR-TB 临床分离株为上海市肺科医院2010年至2011年临床确诊的肺结核患者的痰标本培养阳性菌株。
1.1.2主要仪器PSQ96全自动焦磷酸测序仪(瑞典Biotage 公司)、基因扩增仪(德国Eppendorf 公司)、BACTEC MGIT 960检测仪(美国Dickinson 公司)、Gene Genius 全自动凝胶成像分析系统(英国Syngene 公司)。
1.1.3主要试剂焦磷酸测序试剂盒、链亲和素包被的磁珠均为瑞典PYROSEQUENCING AB 公司产品,Bactec 960试剂购自美国Dickinson 公司,Taq 酶等PCR 扩增体系试剂均为大连宝生物工程基金项目:上海市科委项目(NO.10411955100),江苏省卫生厅预防医学科研项目(Y2012095)作者简介:朱长太,男,1971年9月生,安徽医科大学临床诊断学硕士研究生毕业,同济大学医学院博士生,副主任技师,副研究员,硕士生导师,主要研究方向为病原生物学。
通信作者:胡忠义528··第30卷第6期实验与检验医学Vol.30No.6 2012年12月EXPERIMENTAL AND LABORATORY MEDICINE Dec.2012有限公司产品。
1.2方法1.2.1DNA提取取保存于改良罗氏培养基的结核分枝杆菌,接种于Middlebrook7H9液体培养基,37℃培养2~3周后取1.0ml液体培养物,80℃水浴保温30min灭活菌株,10000r/min,离心10min弃上清,双蒸水洗涤沉淀后将菌体沉淀重悬于50μl裂解液中,50℃水浴1h,沸水浴10 min,离心去上清。
1.2.2引物设计与PCR扩增使用PSQ96MA系统自带软件Pyrosequencing TM Assay Design软件,设计rpoB、katG基因PCR扩增引物和焦磷酸测序引物,设计的引物由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。
各耐药基因PCR反应体系为50μl:基因组模板2.0μl,4种脱氧核苷三磷酸的终浓度各为0.2mmol/L,上、下游引物的终浓度各为0.4μmol/L,Taq DNA聚合酶1.0U。
PCR反应循环参数除退火温度为:95℃预变性5min;94℃30s,72℃30s,共50个循环,72℃延伸10min。
PCR产物固定后,纯化单链模板,进行焦磷酸测序。
运用Identifire分析软件,将测序所得序列与MTB标准菌株耐药基因序列进行比对,确定结核杆菌临床分离株各基因的突变类型和突变位置。
1.2.3统计学分析应用SPSS13.0软件进行数据处理,计算焦磷酸测序技术检测MDR-TB的灵敏度及特异度。
1.2.4质量控制MTB标准菌株(H37Rv, ATCC27294)为本研究的质控株。
2结果本研究中,我们确定表1中DNA序列作为rpoB、katG基因PCR扩增引物和焦磷酸测序引物来检测结核菌利福平及异烟肼耐药性。
我们以焦磷酸测序同时检测到rpoB基因及katG基因突变判读为MDR-TB,结果显示:202株结核分枝杆菌临床分离株中,焦磷酸测序检测到MDR-TB共计154株;以BACTEC MGIT960检测结果为判读标准,则焦磷酸测序法检测MDR灵敏度为72.8% [95%可信区间(confidence interval:CI):66.3%~ 78.4%],特异度为90.0%(95%CI:80.1~95.1%)。
耐多药结核分枝杆菌焦磷酸测序检测结果表2。
表1rpoB、katG基因PCR扩增引物和焦磷酸测序引物药物基因引物序列(5'-3')RIF INH rpoBkatGForwardReverse*Sequencing1Sequencing2ForwardReverse*SequencingGTCCGGGAGCGGATGACCACCCGCTCACGTGACAGACCGCCGGCGATCAAGGAGTTCTCATGGACCAGAACAAAGATGGGCTTGGGCTGGATAGCCGTACAGGATCTCGAGGACCGGTAAGGACGCGA注:*5’端用生物素标记。
表2耐多药结核分枝杆菌焦磷酸测序检测结果焦磷酸测序MDR non-MDR敏感性(%,95%CI)特异性(%,95%CI)MDR non-MDR 1475576372.8(66.3~78.4)90.0(80.1~95.1)BACTEC960注:CI:confidence interval,可信区间。
3讨论结核病耐药是目前全球关注的一个公共卫生问题,已严重威胁到人类的健康。
目前结核耐药检测常规方法多采用细菌学药敏方法,该方法所需时间长,不能及时为临床提供用药指导。
焦磷酸测序技术是一种新近发明的以检测DNA合成过程中所产生的焦磷酸为基础的实时DNA测序技术[3,4]。
焦磷酸测序技术实际上依靠四种酶(DNA聚合酶、三磷酸腺苷硫酸化酶、萤光素酶和三磷酸腺苷双磷酸酶)及两种底物(APS和荧光素)完成。
与Sanger法不同,焦磷酸测序技术依赖于核苷酸掺入中焦磷酸盐的释放,而非双脱氧核苷三磷酸参与的链终止反应[5]。
目前,焦磷酸测序技术已被广泛应用于病原微生物快速鉴定、病毒与细菌分型、突变检测及药物基因组学等各个方面[6-9]。