第十二章 核酸的生物合成
基础生物化学 第十二章(1-3节)-核酸的合成与分解

+ H2 O
尿囊素
尿囊酸酶
+ H2 O
尿囊酸 4NH3
2CO2
尿酶
+2H2O
尿素
乙醛酸
二、嘧啶核苷酸的代谢1
1,尿嘧啶与胸腺嘧啶在哺乳动物体内分解时,先
还原成对应的二氢衍生物。
2,破开环状结构分别产生β-丙氨酸及β-氨基异
丁酸。
3,最后成为CO2和NH3
胞嘧啶具有氨基,所以要先在胞嘧啶脱氨酶的作
通过用同位素标记的化合物实验来 确定,即用标有同位素的各种营养物喂 鸽子,然后将其排出的尿酸进行分析。
(一)嘌呤环的元素来源2(图示)
天冬氨酸
N1
6C
CO2
甲酰FH4
C2
5C
N7
甘氨酸
C8 甲酰FH4 N3
谷氨酰胺
4C
N9
谷氨酰胺
(二)合成过程(总)
从头合成嘌呤的途径已于50年代被
Greenberg等基本搞清,此途径是在核糖- 5-磷酸的第一碳原子上逐步增加原子生 成次黄苷酸(肌苷酸) ,然后再由次黄 苷酸转变为腺苷酸和鸟苷酸。 反应分为两个阶段: 1,次黄苷酸的合成(11步反应) 2,腺苷、鸟苷的生成 (南大P480,图12-2)
途径称为补救途径。通过补救途径可以重新 利用核酸分解产生的嘌呤和嘧啶或它们的衍 生物。
从胸腺嘧啶或胸苷转变成胸苷酸的补救途径,
除真菌外,对所有细胞都是一样的,故常利 用放射性同位素标记胸腺嘧啶或胸苷参入DNA 的实验作为检查DNA合成的手段。
三、核苷酸合成的补救途径2
核苷 核糖-1-磷酸
激酶
核糖-5-磷酸
1.鸟嘌呤的分解
动物组织中广泛含有鸟嘌呤酶,可以催化 鸟嘌呤水解脱氨产生黄嘌呤,然后黄嘌呤在黄 嘌呤氧化酶的作用下氧化成尿酸。
核酸怎样分解成核苷酸

核苷磷酸化酶
碱基 + 核糖-1-P
水解
核苷水解酶
核苷 + H2O
碱基+核糖
(四)嘌呤的分解代谢
不同种类的生物分解嘌呤的能力不同,产物也 不同。人、灵长类、鸟类、某些爬虫类将嘌呤分解 成尿酸,其他生物还可将尿酸进一步分解成尿囊素、 尿囊酸、尿素、甚至CO2、NH3。
核酸中的嘌呤主要是Ade、Gua首先脱氨,分 别生成次黄嘌呤和黄嘌呤,再进一步代谢生成尿酸。
次黄嘌呤+P
(hypoxanthine-guanine phosohoribosyl transferase)
鸟嘌呤+PRPP
次黄嘌呤- 鸟嘌呤 磷酸核糖转移酶( H G P R T )
GMP+PPi
嘌呤核苷酸补救合成的生理意义
• 节约能量和一些氨基酸的消耗。 • 有些组织(如脑、骨髓)不能从头合成嘌呤核苷酸,只能
• Synthesized on PRPP • Synthesized then added to
PRPP
• Regulated by GTP/ATP
• Regulated by UTP • Generates UMP/CMP
• Generates IMP
• Requires Energy
• Requires Energy
Both are very complicated multi-step process which your kindly professor does not expect you to know in detail
(三)脱氧核苷酸的生物合成 1. 核苷二磷酸的还原
Hydroxyurea
生物化学训练习题全

6、胃液(pH=1.5)的胃蛋白酶的等电点约为1,远比 其它蛋白质低。试问等电点如此低的胃蛋白酶必须存 在有大量的什么样的官能团?什么样的氨基酸才能提 供这样的基团?
(答案)
生物化学训练习题全
7、已知某蛋白是由一定数量的链内二硫键连接的两个 多肽链组成的。1.00g该蛋白样品可以与25.0mg还原型 谷胱甘肽(GSH,MW=307)反应。(答案) (a)该蛋白的最小分子量是多少? (b)如果该蛋白的真实分子量为98240,那么每分子 中含有几个二硫键? (c)多少mg的巯基乙醇(MW=78.0)可以与起始的 1.00g该蛋白完全反应?
◆绪论 ◆第一章 ◆第三章 ◆第五章 ◆第七章 ◆第九章 ◆第十章 ◆第十一章 ◆第十二章 ◆第十三章
蛋白质
◆第二章 核 酸
酶
◆第四章 维生素
◆第六章 代谢总论
◆第八章 糖代谢
脂代谢
蛋白质的酶促降解和氨基酸代谢
核酸的酶促降解及核苷酸代谢
核酸的生物合成
蛋白质的生物合成
生物化学训练习题全
第一章 蛋白质化学
生物化学训练习题全
19、下列变化对肌红蛋白和血红蛋白的氧亲和性有什 么影响?(答案) (a)血液中的pH由7.4下降到7.2。 (b)肺部CO2分压由6kPa(屏息)减少到2kPa(正 常)。 (c)BPG水平由5mM(平原)增加到8mM(高原)。
生物化学训练习题全
20、蛋白质A对配体X结合的解离常数为Kd=10-6M, 而蛋白质B对X结合的Kd=10-9M。哪个蛋白对X有更高 的亲和性?(答案)
生物化学训练习题全
16、如何用二氧化碳与水的反应来解释Bohr效应? (答案) (a)写出由二氧化碳和水形成碳酸氢根的方程式,并 解释H+和CO2在血红蛋白氧合中的作用。 (b)解释向休克病人静脉注射碳酸氢根的生理学依据。
东北师范大学生物化学第十二章 核酸的生物合成1

限制性 内切酶
3′—C—A—A—T—T
G—5′
粘性末端(该末端能与具有互补碱基的目的基 因的DNA片段连结 )
限制性内切酶:
识别DNA特定核苷酸序列 回文序列 限制性内切酶和核酸修饰酶共同作用, 保护自身的DNA 重要的生物化学工具酶
(八) 基因重组与DNA“克隆”
(九) 聚合酶链式反应(PCR)技术 与DNA扩增
不对称转录(以DNA的一条链位模板)
2 依赖DNA的RNA聚合酶
(1)以DNA为模板
(2)以四种核糖核苷三磷酸为底物 (3)链的生长方向是5′→3′(聚合酶) (4)不需要引物,也无校正功能
(5)产物第一个核苷酸带有3个磷酸基。
(1)大肠杆菌RNA聚合酶
全酶
α2 β β/ σ ω
核心酶(催化磷酸二酯键的形成) 识别起始位点
SSB防止双链 DNA形成
DNA旋转酶 (拓扑异构酶)
冈崎片段的RNA引物
冈崎片段需要引物,RNA引物的合成 “引发”:
引物合成酶:RNA聚合酶,催化合成约10个核苷酸
引物体
(催化合成 引物) 几种蛋白质
引物RNA在复制过程中暂时存在,最后通过PolⅠ的 5′→3′外切酶活力水解。
(3)DNA链的延长
5′→3′ 3′→5′ 5′→3′ 核酸外切酶 核酸外切酶 聚合酶
Klenow fragment
该酶由一条多肽链组成,分子量为109KD。
1. DNA聚合酶Ⅰ
5′→3′聚合酶活性
催化DNA链的延长
3′→5′外切酶活性
校对功能
5′→3′外切酶活性
切除RNA引物 DNA损伤修复
DNA聚合酶Ⅰ 分子量 每个细胞中的分子数
(1)大肠杆菌RNA聚合酶
东北林大生化考试复习习题

第一章蛋白质的化学思考题1.简述蛋白质的元素组成特点和主要的生物学功能。
2.写出氨基酸的结构通式,并写出酸性、碱性、含硫和酰胺氨基酸的结构式,并写出它们的三字母代号。
3.氨基酸的pI如何计算?氨基酸和蛋白质在pI时有什么特征?pI有什么实践意义?4.氨基酸或蛋白质在其等电点的溶液中带电的情况如何?如果再分别加酸、加碱,它们的分子表面所带的净电荷会发生什么变化?5.解释蛋白质的一级结构、构象、N端与C端、结构域、亚基、肽、构象单元。
6.简述蛋白质结构与功能的关系。
7.氨基酸与茚三酮有什么颜色反应?8.蛋白质和氨基酸都有双缩脲反应吗?9.蛋白质变性和沉淀有什么不同?10.维持蛋白质胶体溶液的因素有那些?11.蛋白质二级结构的主要种类有那些?12.总结维持蛋白质各级不同结构的键。
13.桑格(Sanger)反应的试剂是什么?它和氨基酸的什么部位反应?14.GSH是什么物质?它有什么重要作用?第二章核酸的化学思考题1.列表说明DNA和RNA的组成、碱基配对特点。
2.简述DNA和RNA的生物学功能。
3.比较蛋白质和核酸的元素组成特点和最大紫外吸收峰。
4.比较蛋白质和核酸分子中的主键。
5.核酸分子中各组分的连接方式。
6.DNA 和tRNA的二级结构点。
7.简述核酸结构的稳定因素。
8.什么是Tm?Tm的大小和A-T、C-G对有什么关系?9.怎样利用核糖的颜色反应区别DNA和RNA?10.归纳总结本章出现的重要的符号及其意义。
第三章糖类的结构和功能思考题:1.糖的主要生理功能有哪些?2.单糖的主要结构类型有哪些?写出G的链连式和环式结构。
3.单糖有哪些重要的性质?4.总结糖的还原性。
淀粉和糖原的区别是什么?它们和碘的颜色反应有什么区别?5.第四章脂类与生物膜6.思考题:7.1.简述生物膜的组成、结构和功能。
8.2.生物膜液态的原因是什么?9.10.第五章酶11.思考题:12.1.简述影响酶促反应V主要因素并给出[E]、[S]、PH、T影响的动力学曲线。
核酸的生物合成

核酸的生物合成引言核酸是生物体中非常重要的生物分子之一,它在遗传信息的传递和蛋白质合成等生物学过程中起着关键的作用。
核酸的生物合成是一个复杂而精密的过程,涉及到许多酶和辅因子的参与。
本文将对核酸的生物合成过程进行详细的介绍,并讨论其中的关键步骤和调控机制。
核酸的组成核酸分为DNA(脱氧核酸)和RNA(核糖核酸)两类。
DNA是遗传信息的存储介质,而RNA则在蛋白质合成和其他生物学过程中起着重要的调节和功能性作用。
DNA和RNA的基本组成单元是核苷酸,核苷酸由糖、碱基和磷酸组成。
DNA的糖是脱氧核糖,RNA的糖是核糖;DNA的碱基有腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)和脱氧胸腺嘧啶(C),RNA的碱基有腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、尿嘧啶(U)和胸腺嘧啶(T)。
磷酸连接不同核苷酸,形成链状的DNA或RNA分子。
核酸的生物合成路径核酸的生物合成路径分为两个主要的步骤:核苷酸的合成和核酸链的合成。
核苷酸的合成核苷酸的合成是核酸合成的第一步,它是通过一系列酶催化的反应进行的。
核苷酸的合成可以分为两个阶段:碱基的合成和糖-磷酸的合成。
在碱基的合成过程中,腺嘌呤和鸟嘌呤是由一些小分子前体合成的,而胸腺嘧啶和尿嘧啶则是由核苷酸催化的反应合成的。
碱基的合成是一个复杂的过程,涉及到多个酶和辅因子的参与。
在糖-磷酸的合成过程中,核糖-1-磷酸和脱氧核糖-1-磷酸是通过核糖-5-磷酸和脱氧核糖-5-磷酸的合成转化得到的。
这个过程是通过一系列酶催化的反应进行的。
核酸链的合成核酸链的合成是核酸合成的第二步,它是通过酶催化的反应进行的。
DNA的合成是由DNA聚合酶催化的反应进行的,RNA的合成则是由RNA聚合酶催化的反应进行的。
在DNA的合成中,DNA聚合酶结合到DNA模板上,依据碱基配对规则,在新合成的链上加入互补碱基,形成一个新的DNA链。
这个过程是一个复制过程,可以将一条DNA模板复制成两条完全相同的DNA 分子。
第十二章 生物化学DNA合成

复制叉
复制泡的两个复制叉向相反方向移动,双链不断解开, 复制不断向两侧推进。新合成的子代链与亲本链互补,并 形成双螺旋结构的子代DNA。
复制叉会合 处复制终点
连续合成
复制起点
复制起点
亲代 亲代 DNA DNA
不连续合成
复 制
三、DNA是半不连续复制的
3′
5′
新链合成是从5′→3′端进行 的其中一条链从起始点开始连 续合成,并与复制叉前进方向 一致——前导链
DNA复制起始必须精确受到调控,因为每个生命周期复制只 发生一次。现已知,复制起始的时序受到DNA甲基化和细菌 细胞质膜相互作用的影响。
E.Coli 的 oriC DNA是由Dam甲基化酶甲基化的,而甲基化
发 生在回文顺序(5′)GATC的腺嘌呤N6 (m6A),大肠杆菌的
oriC区密布GATC顺序(在245bp的DNA链中含有11个GATC)
P ~ P ~ P
5′
A
5′→3′聚合酶活性
3′ 5′
P P P P P P P P P P P
PPi
P P P P P P
A G C A T C G T A G C A T C G T T C G T A 3′-OH
P P P P
5′
聚合酶催化形成3′磷酸酯键使
单核苷酸随即被添加到3′端
Ⅰ型DNA聚合酶用胰蛋白酶温和处理,可以把5′→3′核
亚基数
1 6(同亚基) 1
功能
识别原点,在特异位点打开DNA双链 DNA解螺旋酶 辅助DnaB与原点结合
HU
引物酶(DnaG) SSB RNA聚合酶 TopoⅡ Dam甲基化酶
19
60 75.6 454 400 32
第十二章 核酸代谢

点
IMP 3. 在IMP基础上完成
AMP和GMP的合成
3. 以UMP为基础, 完 成CTP, dTMP的合成
5'-P-R PRPP
IMP
CO2+Gln H2N-CO-P
OMP
总结
AMP dAMP dGMP GMPUMP dUMP CMP dCMP dTMP
ADP dADP dGDP GDP UDP dUDP CDP dCDP dTDP
腺苷+Pi
腺苷+ATP
腺苷激酶
腺苷酸+ADP
生理意义
●节省: 减少从头合成时能量和原料的消耗 ● 作为某些器官(脑,骨髓和脾)合成核苷酸的途径
二、嘧啶核苷酸的合成代谢
(一)、从头合成途径
先合成嘧啶环,然后再与磷酸核糖连接生
成嘧啶核苷酸.
谷氨酰胺
C
N
C
天冬氨酸
CO2 C
C
N
(一) 从头合成途径的反应过程
CDP 核糖核苷酸还原酶
dNDP dADP dGDP dUDP dCDP
TDP
dTDP
dNDP+ATP dADP+ATP dGDP+ATP dUDP+ATP
dCDP+ATP
激酶 激酶 激酶 激酶 激酶
dNTP+ADP dATP +ADP dGTP+ADP dUTP+ADP
dCTP+ADP
dUDP O
(1) 嘌呤碱与PRPP直接合成嘌呤核苷酸
次黄嘌呤
次黄嘌呤核苷酸
90%
次黄嘌呤-鸟嘌呤
嘌呤碱 PRPP磷酸(H核G糖P转R移T酶) PPi
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
⑵ DNA聚合酶Ⅱ 单体酶,分子量120Kd。催化活性: ① 5’→3’聚 合(活性很低) ;② 3’→ 5’ 外切。作用不详。
⑶ DNA聚合酶Ⅲ
寡聚酶,全酶由10种共22个亚基组成,α、ε和θ 三种亚基组成核心酶。催化活性: ① 5’ →3’ 聚合酶活性:是主要的聚合酶 ② 3’→ 5’ 外切酶活性 ③ 5’→ 3’ 外切酶活性
2015/10/20
⑺ DNA ligase连接一个冈崎片段。
43
2015/10/20
44
二、逆转录作用
逆转录(reverse transcription):以RNA为模板 合成DNA的过程,与通常转录过程中遗传信息流从 DNA到RNA的方向相反。 逆转录酶(reverse transcriptase):催化逆转 录反应的酶。 许多具有RNA基因组的病毒含有这种酶,故这类 病毒又称为逆转录病毒(retrovirus)。它们多是致 癌病毒。
口处游离的3’-OH
末端和5’磷酸基末
端形成 3’,5’ - 磷酸
二酯键。
2015/10/20 29
2015/10/20
30
4. 原核生物DNA复制过程
⑴ DNA复制的起始 大肠杆菌复制原点起始复制所需蛋白质: dnaA dnaB 引物酶 SSB 旋转酶
2015/10/20
在原点处打开双螺旋 使DNA解旋 合成RNA引物 结合单链DNA 松驰DNA扭曲应力
2015/10/20 5
1958年Crick提出中心法则(central dogma), 1971年完善。 复制
转录
逆转录
复制
2015/10/20
翻译
中心法则揭示了生物体内遗传信息的传递方向。
6
DNA复制( replication) 是指以亲代DNA分子的双链为模板,按照 碱基配对的原则,合成出与亲代DNA分子 相同的两个双链DNA分子的过程。
2015/10/20
14
1958年,
Meselson和Stahl
用15N标记E.coli.
DNA,用密度梯 度离心试验证明 了DNA的复制是 半保留复制。
2015/10/20
15
半保留复制具有重要的生物学意义,DNA分子
以半保留方式进行复制,亲代DNA分子中的一条
链保留在子代DNA分子中,可使遗传信息准确的
2015/10/20 13
半保留复制(semiconservative replication)
在复制过程中,首先亲代双链解开,然后每条链 作为模板,在其上合成互补的子代链,结果新形成
的两个子代DNA与亲代DNA分子的碱基顺序完全
一样,而且每个子代DNA分子中有一条链完全来 自亲代DNA,另一条是新合成的。
37
前导链 (leading strand): 以亲代3’→ 5’ 链为模板,子代能
连续合成。
滞后链 (lagging strand): 以5’→ 3’为模板,不能连续合成。 冈崎片段 (Okazaki fragment): 滞后链上的小片段。 半不连续复制(semidiscontinuous replication):DNA 复制过程中,新生的DNA链一条按5’→ 3’ 方向(与复 制叉移动方向一致)连续合成,另一条按5’ → 3’ 方向 (与复制叉移动方向相反)不连续合成。
25
+
109 000 400 1000
3. 其它主要酶蛋白
⑴ DNA旋转酶(gyrase)
又称拓扑异构酶,有内切酶和连接酶活力,使 DNA正超螺旋的紧张状态变为松弛状态。
⑵ 解链酶(helicase)(DnaA, DnaB, DnaC) 使DNA双螺旋结构变成单链 ⑶ 单链结合蛋白(SSB) 结合在单链上,防止解开的单链DNA重新形成 2015/10/20 双链。
26
2015/10/20
27
⑷ 引物酶(primerase) 以DNA为模板,以4
种核糖核苷酸(NTP)
为底物,合成一小段
RNA作为DNA复制的
引物。引物的3’-OH端 是DNA聚合酶发挥活 性所必需的。
2015/10/20 28
⑸ DNA连接酶(ligase) 催化DNA双链 中的一条单链切
2015/10/20 24
原核生物
5´→3 ´聚合活性 功能 3´→5 ´外切酶活性 5´→3´外切酶活性 分子量 每个菌体中所含 的酶分子数 聚合速率(核苷酸数/分/酶)
2015/10/20
DNA-pol Ⅰ
DNA-pol DNA-pol Ⅱ Ⅲ
+ +
+ + 120 000 40
+
+ +
140 000 20 60 000
向进行,在复制的部分同时进行解链与合成,结果 形成一个分叉,称为复制叉(replication fork),
又称复制眼(replication eye)。
2015/10/20
33
2015/10/20
34
2015/10/20
35
⑵ DNA复制的延长
2015/10/20
36
滞后链合成的模板形成环,复制叉上的二聚 2015/10/20 体DNA聚合酶Ⅲ全酶同时合成两条子链。
2015/10/20
40
2015/10/20
41
2015/10/20
42
小结
⑴ DNA旋转酶引入负超螺旋,消除复制叉前进时带 来的扭曲张力。 ⑵ DNA解链酶解开双链DNA。 ⑶ SSB结合于DNA单链。 ⑷ DNA引物酶(在引发体中)合成RNA引物。 ⑸ DNA 聚合酶Ⅲ在两条新生链上合成DNA。 ⑹ DNA 聚合酶Ⅰ切除RNA引物,并补上DNA。
C removed
C (unable to pair with A)
2015/10/20
21
③ 5,→ 3, 外切酶活性
2015/10/20
22
Arthur Kornberg
won the 1959 Nobel Prize in Medicine for his discovery of the mechanism in the biological synthesis of deoxyribonucleic acid (before Watson and Crick won theirs!)
17
n1dATP + n2dGTP + n3dCTP + n4dTTP
模板DNA DNA聚合酶 Mg2+
DNA +(n1+n2+n3+n4)PPi
2015/10/20
18
2. 原核生物DNA聚合酶的种类
⑴ DNA聚合酶Ⅰ
单体酶,分子量109Kd,含一个Zn2+ ,催化活性:
① 5,→ 3, 聚合酶活性:只能将脱氧核苷酸加于已存2015/10/203
DNA的二级结构
1953年,Watson
和 Crick 提出了
著名的DNA双螺
旋结构模型。
2015/10/20
4
RNA是DNA的局部转录产物,RNA为单链分子, 以3’,5’-磷酸二酯键相连。
根据RNA的功能,可以分为mRNA 、tRNA 和 rRNA 三种。 mRNA: 编码氨基酸 t RNA: 转运氨基酸 r RNA: 构成蛋白质合成场所(核糖体)
的氨基酸序列的过程.
2015/10/20 9
70年代人们发现,RNA病毒能以自己的RNA为 模板复制出新的病毒RNA;
其中,逆病毒(retrovirus)在宿主细胞中
能以其RNA为模板合成DNA,称为逆转录
(reverse transcription)。
2015/10/20 10
2015/10/20
2015/10/20 45
逆转录酶具有3种活性:
① 依赖RNA的DNA聚合酶活性
② RNase H(核糖核酸酶H)活性
③ 依赖DNA的DNA聚合酶活性
2015/10/20
46
反转录酶存在于所有致癌RNA病毒中,它的存
在与RNA病毒引起细胞恶性转化有关。某些逆转
录病毒上带有致癌基因。 艾滋病毒(AIDS) 人类免疫缺陷病毒(HIV),也是一种反转录病 毒,主要感染T4淋巴细胞和B淋巴细胞。
31
20个DnaA结合在
四组9bp重复区,形 成起始复合物,DNA 环绕此复合物。三组 13bp重复区(富含 AT)依次变性,产生 开放型复合物。 DnaB(在DnaC协助 下)与开放复合物结 合,进一步解链。 2015/10/20
32
DNA的复制只能从一个特定位点开始,称为原 点(origin),从原点开始同时向DNA链的两个方
2015/10/20
47
三、DNA的损伤、修复和突变
㈠、DNA损伤 一些物理化学因子如紫外线、电离辐射和化学诱 变剂均可引起DNA损伤,破坏其结构与功能。然而 在一定条件下,生物机体能使这种损伤得到修复。 紫外线可使DNA分子中同一条链上两个相邻的 胸腺嘧啶碱基之间形成二聚体(TT),两个T以共 价键形成环丁烷结构。CT、CC间也可形成少量二 聚体(CT、CC),使复制、转录受阻。
nm)可激活
光裂合酶,
此酶能分解 由于紫外线 形成的嘧啶 二聚体。
2015/10/20 50
2. 切除修复
切开 切除 修复
连接
2015/10/20 51
3. 重组修复
切除修复发生在
DNA复制之前,而
当DNA发动复制时
尚未修复的损伤部 位,可以先复制, 再重组修复。
2015/10/20 52