生物信息学数据库NCBI的检索与利用
ncbi使用指导
ncbi使用指导导言：NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是全球最大的生物信息学数据库。
NCBI提供了丰富的生物学资源，包括基因序列、蛋白质序列、科学文献等。
本文将为您介绍如何使用NCBI来获取和利用生物学信息。
一、注册NCBI账号在使用NCBI之前，首先需要注册一个账号。
在NCBI官方网站（）的主页上，点击右上角的“Sign In”按钮，并选择“Register for an NCBI account”。
根据提示提供相关信息，完成注册流程。
二、搜索和获取基因序列1. 打开NCBI网站后，点击主页上的“Search”按钮，进入搜索页面。
2. 在搜索框中输入您感兴趣的基因名称或者序列标识符，如“BRCA1”。
3. 点击“Search”按钮进行搜索。
4. 在搜索结果中，选择您需要的基因序列，点击链接进入该基因的详细信息页面。
5. 在详细信息页面中，您可以获取该基因的序列信息，可以下载或拷贝该序列以供后续分析使用。
三、检索科学文献1. 在NCBI主页上方的搜索框中，选择“PubMed”为搜索目标。
2. 输入您感兴趣的科学文献关键词，如“cancer treatment”。
3. 点击搜索按钮进行检索。
4. 在搜索结果中，选择您需要的文献，点击链接进入该文献的详细页面。
5. 在详细页面中，您可以阅读文章摘要，并根据需要下载全文或进行其他操作。
四、利用NCBI工具进行序列分析1. 在NCBI主页上方的菜单栏中，选择“Tools”进行工具选择。
2. 根据您的需求选择相应的工具，如“BLAST”进行序列比对分析。
3. 进入选择的工具页面后，按照提示上传或输入您的序列数据。
4. 设定参数并运行分析。
5. 分析完成后，您可以查看比对结果、序列保守性等信息，并进行进一步的分析和解释。
五、订阅NCBI数据库更新信息1. 在NCBI主页上方菜单栏中选择“NCBI Account”。
ncbi使用方法
ncbi使用方法（原创版4篇）《ncbi使用方法》篇1CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，它提供了许多生物学和生命科学相关的数据库和工具。
以下是使用NCBI 的一些基本方法：1. 核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择核酸序列数据库，输入序列名称或序列号，然后点击“Search”按钮即可查询序列信息。
2. 蛋白质序列数据库（Protein Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择蛋白质序列数据库，输入蛋白质名称或蛋白质号，然后点击“Search”按钮即可查询蛋白质信息。
3. 基因组数据库（Genome Database）：在NCBI 主页上，可以选择基因组数据库，输入基因组名称或基因组号，然后点击“Search”按钮即可查询基因组信息。
4. 代谢通路数据库（Metabolic Pathway Database）：在NCBI 主页上，可以选择代谢通路数据库，输入代谢通路名称或代谢通路号，然后点击“Search”按钮即可查询代谢通路信息。
5. 生物投影数据库（BioProject Database）：在NCBI 主页上，可以选择生物投影数据库，输入生物投影名称或生物投影号，然后点击“Search”按钮即可查询生物投影信息。
6. 序列比对工具（Sequence Alignment Tool）：NCBI 提供了一款名为“Clustal Omega”的序列比对工具，可以在NCBI 主页上使用该工具进行序列比对。
7. 基因表达数据库（Gene Expression Database）：NCBI 提供了一款名为“GEO”的基因表达数据库，可以在NCBI 主页上查询基因表达数据。
8. 蛋白质结构数据库（Protein Structure Database）：NCBI 提供了一款名为“RCSB PDB”的蛋白质结构数据库，可以在NCBI 主页上查询蛋白质结构信息。
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
• BLAST可以对核酸和蛋白的多种数据库操作。有几种 比较方法可选择：
• Blastp：一个氨基酸序列与一个蛋白数据库比较 • Blastn：一个核酸序列与一个核酸数据库比较。 • Blastx：一个核酸的所有读框与一个蛋白数据库比较，
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
Gene info：17号染色体
NCBI数据库的使用与功能介绍
功能注释：Gene Ontology
该基因定位于 人体第17条染 色体，基因表 示符为：NM-
001168.2 初步的功能分 析：细胞周期 ，caspase酶的 抑制因子等
NCBI的任务：
建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知 识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的 结构和功能的基于计算机的信息处理的先进方 法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库 和软件的使用 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力
NCBI数据库的使用与功能介绍
如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
mRNA序列：
蛋白序列：
NCBI数据库的使用与功能介绍
已知一基因序列：
CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCA AGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATG GCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTT GGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAG ATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTT TCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTT TGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACC AACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCG TGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC
生物信息学NCBI的使用
生物信息学NCBI的使用生物信息学是一门交叉学科，将计算机科学与生物学相结合，旨在处理和分析大量的生物学数据。
美国国家生物技术信息中心（NCBI）是一个重要的生物信息学资源库，提供了广泛的生物学数据库和工具，供科学家和研究人员使用。
在本文中，我将介绍一些常用的NCBI资源和工具，以及它们在生物信息学研究中的应用。
首先，NCBI的核心数据库之一是GenBank，它是一个全球性的基因序列数据库，包含了各种物种的DNA序列、RNA序列和蛋白质序列。
科学家可以通过GenBank来查找特定基因或序列，并进行序列比对和进化分析。
此外，NCBI还提供了一些与GenBank相关的工具，如BLAST（Basic Local Alignment Search Tool），可以根据序列相似性来和比对已知的序列，帮助研究人员找到相关的序列或标注。
除了GenBank，NCBI还维护着其他重要的数据库，如PubMed、PubMed Central和ClinVar。
PubMed是一个生物医学文献数据库，收录了许多科学期刊的摘要和全文。
研究人员可以使用PubMed来查找与特定主题相关的研究论文。
与此同时，PubMed Central是一个免费的全文文章存储库，提供了许多开放获取的研究论文。
而ClinVar是一个与遗传变异相关的数据库，其中包含了与疾病关联的人类基因突变信息。
此外，NCBI还提供了一些数据库和工具，用于分析和预测蛋白质结构和功能。
这些资源包括Protein Data Bank（蛋白质数据银行）和Protein BLAST。
蛋白质数据银行是一个用于存储三维蛋白质结构的数据库，提供了许多蛋白质结构的立体坐标和结构信息。
Protein BLAST是一个用于比对和比较蛋白质序列的工具，可以帮助科学家预测蛋白质的功能和结构。
总的来说，NCBI是一个重要的生物信息学资源库，提供了丰富的生物学数据库和工具，可以帮助科学家和研究人员进行各种生物信息学研究。
ncbi的使用方法
ncbi的使用方法
1.功能：
-在NCBI网站的主页上，可以找到一个栏。
在栏中输入关键词，可以特定的基因、蛋白质、序列或文献等。
-在结果页面中，可以使用筛选器（过滤器）来缩小范围，例如按照物种、文章类型、出版日期等进行筛选。
2.数据库浏览：
- NCBI拥有多个数据库，包括GenBank、PubMed、Protein、Nucleotide等。
用户可以通过点击导航栏上的“主页”选择相应的数据库。
- 在每个数据库页面上，用户可以找到相关的方法和信息。
例如，在GenBank数据库页面上，用户可以和浏览基因序列的信息。
- NCBI 的PubMed数据库提供了数百万篇生物医学文献的摘要和全文信息。
用户可以通过在栏中输入关键词来特定的文献。
- 在结果页面上，用户可以点击文章标题来查看摘要，进一步点击“Full Text”或“PDF”链接来获取全文。
一些文章可能需要订阅或付费获取。
- 用户还可以使用PUBMED Central（PMC）数据库来获取免费的全文文章。
4.序列和分析：
- NCBI 的Nucleotide和Protein数据库提供了大量的基因和蛋白质序列。
用户可以通过在栏中输入基因或蛋白质的名称、序列号或其他相关信息来相应的序列。
- NCBI还提供了一些序列分析工具，例如BLAST（Basic Local Alignment Search Tool），可以对新序列进行比对和分析。
6.创建和保存历史：
7.利用NCBIAPI：。
ncbi使用指导
ncbi使用指导NCBI是美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information）的缩写，是一个提供生物医学和遗传学相关数据和信息的数据库。
NCBI提供了许多工具和资源，以帮助研究人员在基因组学、蛋白质学、遗传学和生物信息学等领域进行研究。
以下是使用NCBI的一些基本指南：1. 访问NCBI网站：使用任何现代网络浏览器，打开NCBI的主页（https://）即可开始使用。
2. 搜索文献：在NCBI主页上的搜索框中，输入你要搜索的关键词，如基因名、疾病名或其他相关的信息。
点击“搜索”按钮，即可看到与你的搜索关键词相关的论文和研究。
3. 搜索序列：如果你希望搜索某个特定基因或蛋白质的序列，可以使用“基因”或“蛋白质”选项卡下的搜索工具。
在搜索框中输入你要搜索的序列信息，点击“搜索”按钮，即可找到与该序列相关的信息和研究。
4. 访问数据库：NCBI提供了许多数据库，如GenBank（基因组数据库）、PubMed（文献数据库）和BLAST（序列比对工具）。
你可以使用NCBI的导航菜单，选择你感兴趣的数据库进行浏览和搜索。
5. 下载数据：在NCBI的数据库中，你可以找到大量的基因组序列、蛋白质序列和其他相关数据。
你可以通过点击数据记录的链接，进入详情页，然后选择下载你需要的数据文件或信息。
6. 利用NCBI工具：NCBI还提供了一些生物信息学工具，如BLAST（序列比对工具）、Primer-BLAST（引物设计工具）和Gene Expression Omnibus（基因表达数据库）。
你可以使用这些工具进行基因序列比对、引物设计和基因表达分析等。
7. 阅读文献：NCBI的PubMed数据库是一个广泛的生物医学文献数据库，你可以使用关键词搜索文献，并阅读或下载全文。
你还可以使用PubMed Central（PMC）访问免费的全文文章。
总之，NCBI是一个丰富的生物医学信息资源，提供了许多工具和数据库，以帮助研究人员进行基因组学和生物信息学研究。
NCBI_功能详细介绍
NCBI_功能详细介绍NCBI（National Center for Biotechnology Information，国家生物技术信息中心）是美国国立卫生研究院（NIH）的一个部门，旨在为科学家、研究者和医生提供生物信息学数据库和工具，以促进生物医学研究和医疗实践的发展。
NCBI提供了一系列的数据库和工具，涵盖了基因组学、遗传学、生物技术和生物信息学的多个领域，为用户提供了许多功能和资源。
以下是NCBI提供的一些主要功能：1. PubMed：PubMed是一个免费的生物医学文献数据库，收录了来自全球各地的医学和生物医学研究的学术文章和论文摘要。
它是全球最大的生物医学文献数据库之一，每年更新数量庞大的文献。
研究人员、医生和学生可以使用PubMed来查找相关的研究论文，以支持他们的研究和临床实践。
3. BLAST：BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一个用于比对和分析生物序列的工具。
它可以对输入的DNA或蛋白质序列与数据库中的序列进行比对，以寻找相似的序列片段或相应的功能注释。
BLAST被广泛用于基因组学、生物技术和分子生物学的研究中。
4. Entrez：Entrez是一个综合性引擎和浏览器，用于访问NCBI提供的不同数据库中的信息。
用户可以使用Entrez工具来查找特定的文章、序列、结构、基因、文献、蛋白质、基因组、生物样本等信息，并浏览相关的文献和数据。
6. dbSNP：dbSNP是一个单核苷酸多态性数据库，记录了人类和其他物种的基因组中的单核苷酸变异信息。
它是一个重要的资源，用于研究人员研究遗传变异与疾病风险和治疗反应之间的关系，以及个体间的遗传差异。
总之，NCBI提供了许多重要的生物信息学数据库和工具，为科学家、研究者和医生提供了进行生物医学研究和临床实践所需的关键资源。
它在基因组学、遗传学、生物技术和生物信息学的研究中起到了非常重要的作用，并对生物医学领域的发展做出了巨大贡献。
生物信息学：第二讲NCBI序列检索
1. 打开 打开NCBI网址： 网址： 网址 2. 选择目标数据库Nucleotide 选择目标数据库 3. 输入检索词及限制条件 4. 检索基因序列
例子3:下载玉米 例子 下载玉米(Zea mays)的PEP羧化 下载玉米 的 羧化 酶(PEP carboxylase)蛋白质序列 蛋白质序列
第二讲 NCBI序列检索 NCBI序列检索
（一）NCBI简介 简介
NCBI即美国国立生物技术信息中心 即美国国立生物技术信息中心 ()，于1988年 ， 年 11月4日立法建立，NCBI的主要任务是发 日立法建立， 月 日立法建立 的主要任务是发 展新的生物资讯技术， 展新的生物资讯技术，以增进对于健康和 疾病相关的基本遗传分子的理解。 疾病相关的基本遗传分子的理解。
（二）NCBI数据检索 数据检索
例子1：下载水稻 例子 ：下载水稻waxy基因 基因
1. 打开 打开NCBI网址： 网址： 网址 2. 选择目标数据库 选择目标数据库Nucleotide 3. 输入检索词 4. 检索基因序列
例子2:下载 月至12月提交的水稻 例子 下载2002年3月至 月提交的水稻 下载 年 月至 mRNA序列 序列
1. 打开 打开NCBI网址： 网址： 网址 2. 选择目标数据库Protein 选择目标数据库 3. 输入检索词 4. 检索蛋白质序列 Nhomakorabea作业
1. 检索迄今为止发表在Nature上的人类基 检索迄今为止发表在Nature上的人类基 因组序列。 因组序列。 2. 检索长度为501个氨基酸的乙醛脱氢酶 检索长度为501个氨基酸的乙醛脱氢酶 (acetaldehyde dehydrogenase)的蛋白质 dehydrogenase) 序列。 序列。 3. 检索自己感兴趣的基因序列。 检索自己感兴趣的基因序列。
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍NCBI (National Center for Biotechnology Information)数据库是世界上最大的生物信息学数据库之一，旨在为全球科学家提供生物学、生物化学、生物物理学和生物医学研究的数据和工具。
该数据库包含了来自各种生物学研究领域的大量数据，包括基因组序列、蛋白质序列、文献引用、医学图像和结构信息等。
NCBI数据库的使用和功能非常多样化，本文将介绍其中的一些主要功能。
一、检索和浏览数据NCBI数据库提供了强大的功能，可以帮助用户检索和浏览各种生物学数据。
用户可以使用关键词、序列、ID或其他查询方式来感兴趣的信息。
例如，用户可以通过基因组序列、蛋白质序列或特定生物物种来查找相关的数据。
二、基因组和基因信息NCBI数据库中包含大量的基因组序列和基因信息，包括人类和其他生物物种的基因组数据。
用户可以使用NCBI数据库来特定基因的相关信息，如基因序列，基因表达数据，蛋白质序列，基因功能和遗传变异等。
此外，NCBI数据库还提供了对基因组浏览器的访问，可以帮助用户在特定基因组上查看和分析基因注释和结构信息。
三、蛋白质信息NCBI数据库也包含了大量的蛋白质序列和相关信息。
用户可以使用NCBI数据库来特定蛋白质的相关信息，如蛋白质序列，结构信息，功能注释，亚细胞定位和表达水平等。
此外，用户还可以使用NCBI数据库中提供的BLAST工具来进行蛋白质序列比对和相似性，以帮助识别新的蛋白质序列。
四、文献和引用NCBI数据库中包含了大量的科学文献引用和摘要信息。
用户可以使用PubMed工具来特定主题的科学文献，并查看摘要和全文。
此外，用户还可以使用PubMed工具来查找相关文献的引用信息，以帮助了解和分析科学研究领域的发展趋势。
五、医学图像和结构信息NCBI数据库还提供了医学图像和结构信息的访问，帮助用户了解各种疾病和病理过程的图像和结构特征。
用户可以使用NCBI数据库来和浏览医学图像数据库，如CT扫描、MRI图像和遗传学图像等。
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
Running Saved Searches and Checking for New Results Sorting Searches
Deleting a Search
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
My NCBI — Using Preferences
and disease.
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NCBI - Entrez 检索平台
① 词间默认逻辑关系为AND ② 短语检索加引号“”; ③ 使用的逻辑运算符有AND、OR 和 NOT; ④ 支持截词检索, 截词符用*表示
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
plantfungalalgal生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用蛋白质序列蛋白质序列碱基序列碱基序列序列开始标志序列开始标志序列终止标志序列终止标志生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用字段字段含义含义解释解释locusaccessiondefinitionkeywordssourceorganismreferenceauthorstitlejournalcommentsmedlinefeaturesbasecountoriginidentifieraccessionnumberdescriptionkeywordsorganismspeciesorganismclassificationreferencenumberreferenceauthorsreferencetitlereferencelocationdatabasecrossreferencemedlinenumberfeaturetableheaderdata序列名称性质描述序列接受号序列定义关键词来源种属来源分类参文条目参文作者参文题目参文出处交叉索引medline号序列性质表头数据碱基数目序列开始标志序列终止标志terminationlinegenbank的主要字段及其含义的主要字段及其含义生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用检索字段限制检索字段限制分子类型选择分子类型选择基因位置限定基因位置限定序列片段限定序列片段限定数据更新数据更新日期限定日期限定检索框检索框功能键功能键信息来源信息来源生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用提供用户预览检索结果和索引检索修改检索式的方便生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用pubmed生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用允许用户根据不同的数据库进行特殊字段的检索生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用提供用户预览检索结果和索引检索修改检索式的方便生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用点击history可以浏览检索历史并能进行组配检索生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi
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PubMed
检索助手
NCBI Search Toolbar goPubMed
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截至2009-10-10
共收录了5865个物种的基因组信息，其中 病毒类2276个，真核生物2117个，细菌1310 个，古生菌84个，类病毒40个，质粒38个
共收录基因组信息11080条 真核生物 Entrez Map View
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BLAST Assembled Genomes Basic BLAST Specialized BLAST
and disease.
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NCBI - Entrez 检索平台
① 词间默认逻辑关系为AND ② 短语检索加引号“”; ③ 使用的逻辑运算符有AND、OR 和 NOT; ④ 支持截词检索, 截词符用*表示
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解释
序列名称、性质描述 序列接受号 序列定义 关键词 来源种属 来源分类 参文条目 参文作者 参文题目 参文出处 交叉索引 MEDLINE号 序列性质表头数据 碱基数目 序列开始标志 序列终止标志
Termination line
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检索框/功能键 检索字段限制
分子类型选择
My NCBI -
What Is My NCBI & Getting Started
A tool that retains user information and preferences to provide customized services. It allows you to save searches, select filtering options, and set up automatic searches that are sent by e-mail. Set up a My NCBI account
含义
Identifier Accession number Description Keywords Organism(species) Organism(classification) Reference number Reference authors Reference title Reference location Database cross-reference Medline number Feature table header data
http://www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.html
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国际上最权威的核酸序列数据库
国际核酸序列数据库 合作组织
数据每天交换 Accession
number、序列数据和注解相同
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蛋白质序列数据库
提供用户预览检索结果和索 引检索、修改检索式的方便
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
点击History可以浏览检索历 史，并能进行组配检索
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The Universal Protein Resource
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Swiss Institute of Bioinformatics 生物信息学数据库NCBI的检索与利用
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Expert Protein Analysis System /
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基因组学数据库
主要内容：基因组结构、基因单位、基因组图谱等（遗传图、叠连群 图、放射杂交图等） 分布：由各国基因组研究中心组建，分布在世界各地的信息中心、研 究机构。 代表性的基因组学数据库有： 人类基因组数据库GDB 中国水稻基因组数据库 /viewdb.jsp?uri=cn.csdb.ricegene NCBI基因组数据库Genome
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GenBank
序列存取号ห้องสมุดไป่ตู้
基因定义
数据库标识符（GI）
信息来源： gb_GenBank emb_EMBL dbj_DDBJ sp_SWISS-PROT pdb_Protein Database pir_PIR prf_PRF ref_RefSeq
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SWISS-PROT 蛋白质序列数据库 http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html
PIR 蛋白质序列信息资源库 /
PROSITE /prosite/
NCBI 蛋白质数据库 /entrez
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蛋白质结构数据库
PDB 蛋白质数据仓库（Protein Data Bank）
/pdb/
SCOP 蛋白质结构分类数据库（ Structural classification
of proteins ）
/scop/
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NCBI
概述 Entrez检索平台 GenBank Pubmed(PubMed/MeSH/GoPubMed) My NCBI
Blast
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