生物信息学数据库或软件
生物信息学软件
转录因子结合位点
❖ 转录因子：能够结合在某基因上游特异核苷 酸序列上的蛋白质，活化后从胞质转位至胞 核，通过识别和结合基因启动子区的顺式作 用元件,启动和调控基因表达
❖ 转录因子结合位点：转录因子结合位点是转 录因子调节基因表达时，与转录因子结合的 区域
JASPAR
❖ JASPAR 是收集有关转录因子与DNA 结合位 点模体(motif)的最全面的公开的数据库, 该数 据库是由哥本哈根大学维护。
rVista 2.0
❖ Analyzing novel sequences for the presence of known transcription factor binding sites or their weight matrices produces a huge number of false positive predictions that are randomly and uniformily distributed.
JASPAR_CORE 核心数据库
❖ The JASPAR CORE database contains a curated, non-redundant set of profiles, derived from published collections of experimentally defined transcription factor binding sites for eukaryotes.
Weka
❖ Weka的全名是怀卡托智能分析环境(Waikato Environment for Knowledge Analysis)，是一款免费的， 非商业化(与之对应的是SPSS公司商业数据挖掘产 品--Clementine)的，基于JAVA环境下开源的机器学 习(machine learning)以及数据挖掘(data minining)软 件.
常用生物医学数据库与分析软件介绍-Genedenovo
2011年8月 中国 · 哈尔滨
第二期生物信息学培训班
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GenBank、dbEST、dbGSS、RefSeq、 GOLD、CCDS、UniGene miRBase NDB、BNASDB
Swiss-Prot、trEMBL、PIR、PRF PDB
dbSNP、HGMD、SCAN、DGV
HapMap
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生物医学数据库概览
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Ensembl: BioMart
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UCSC
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生物信息学软件的使用
多序列比对实例
输入文件的格式(fasta)： >KCC2_YEAST NYIFGRTLGAGSFGVVRQARKLSTN…… >DMK_HUMAN DFEILKVIGRGAFSEVAVVKMKQTGQVYAMKIMNK……. >KPRO_MAIZE TRKFKVELGRGESGTVYKGVLEDDRHVAVKKLEN…… >DAF1_CAEEL QIRLTGRVGSGRFGNVSRGDYRGEAVAVKVFNALD…… >1CSN HYKVGRRIGEGSFGVIFEGTNLLNN……
Clustal简介
CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个 序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两 两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化 指导树，对关系密切的序列进行加权；然后从 最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列 并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入 为止。ClustalW是现在用的最广和最经典的多 序列比对软件
多序列比对工具－clustalX
Clustalx是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对 工具，由Higgins D.G. 等开发。和网络版的Clustalw 有异曲同工之效. 有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版， DOS版的clustlw，windows版本的clustalx等。
输入控 制命令 输入文 件名称
输出控 制命令
程序 名称
结果保存 uscle进行比对过程演示
Genedoc与BioEdit的简单介绍
GeneDoc是一个特别的排列程序，有很好的 蛋白质排列注释和分析、描影和结构定义功能 部件，就像一个反映排列的内在的进化树。 BioEdit也是一个生物序列编辑器，它的基本 功能是提供蛋白质、核酸序列的编辑、处理和 分析
生物信息学软件及使用技巧
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2020/11/26
生物信息学软件及使用技巧
内容概要
一. 生物信息学的概念 二. 生物信息学软件的主要功能简介
1. 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩 短科研时间
2. 提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析 所得的结论设计下一阶段的实验
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生物信息学软件及使用技巧
Antheprot 5.0 Dot Plot 点阵图
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生物信息学软件及使用技巧
Peptool Lite--- Dot Plot 点阵图
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生物信息学软件及使用技巧
DNASIS 2.5 蛋白二级结构预测
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生物信息学软件及使用技巧
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生物信息学软件及使用技巧
DnaStar 之 Protean 对氨基酸的亲疏水性 分析：helical wheel 图
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生物信息学软件及使用技巧
功能2. 提示、指导、替代实验操作，利用对实 验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验
用软件设计PCR引物，测序引物 或杂交探针，设计克隆策略，构建 载体，做模拟电泳实验，即模拟核 酸内切酶或内肽酶对相应的底物分 子切割后的电泳行为。蛋白跨膜区 域分析，信号肽潜在断裂点预测。
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生物信息学软件及使用技巧
DNASIS 2.5 对蛋白编码区的预测 A. (Codon Bias)
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生物信息学软件及使用技巧
DNASIS 2.5 对蛋白编码区的预测 B. (Rare Codon)
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生物信息学软件及使用技巧
生物信息学数据库概览及应用
生物信息学作为一门交叉学科，在现代生物学研究中扮演着越来越重要的角 色。随着高通量测序技术的发展和大数据时代的到来，生物信息学数据库已 成为存储、管理和分析海量生物学数据的关键工具。本概览将带您深入了解 常用的生物信息学数据库，探讨它们在基因组学、转录组学、蛋白质组学等 领域的应用，以及如何有效利用这些资源来推动生物医学研究信息学数据分析中扮演更重要的角 色。这些技术可以帮助研究者从复 杂的生物学数据中发现新的模式和 规律，提高数据解释的准确性和效 率。
未来的数据库将更注重多组学数据 的整合和分析。通过结合基因组、 转录组、蛋白质组等多层次数据， 研究者可以获得更全面的生物系统 认知，推动系统生物学和精准医疗 的发展。
UCSC Genome Browser：基因组数据可视化利器
基因组浏览器
UCSC Genome Browser是一个强大的 基因组数据可视化工具，允许用户在线 浏览和分析多个物种的基因组序列。它 提供了直观的图形界面，可以显示基因 结构、保守区域、表达数据等多层次信 息。研究者可以自定义显示的数据轨道 ，实现个性化的基因组分析。
随着个人化医疗的发展，生物信息 学数据库将面临更严格的数据安全 和隐私保护要求。未来的数据库设 计将更加注重数据加密、访问控制 和匿名化技术，以平衡数据共享和 隐私保护的需求。
GEO：基因表达数据的宝藏
数据提交
研究者可以通过GEO（Gene Expression Omnibus）提交高通量基因表达数据，包括 芯片数据和测序数据。GEO提供了标准化的提交流程和元数据模板，确保数据的质量 和一致性。
数据存储和组织
GEO采用层次化的数据组织结构，包括Series（实验系列）、Samples（样本）和 Platforms（平台）。这种结构使得用户可以方便地浏览和检索相关实验数据，同时也 便于数据的管理和更新。
基于生物大数据技术的生物信息学分析工具介绍
基于生物大数据技术的生物信息学分析工具介绍生物信息学是一门综合应用生物学、计算机科学和统计学的交叉学科，旨在研究和理解生物体内的各种生物大分子（例如DNA、RNA和蛋白质）的结构、功能和相互作用。
随着高通量测序技术的发展，生物学实验产生的数据量呈指数级增长，从而催生了生物信息学领域的快速发展。
为了更好地处理和分析这些大规模的生物数据，生物信息学分析工具应运而生。
在本文中，我将介绍几个基于生物大数据技术的生物信息学分析工具。
1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）BLAST是生物信息学中广泛使用的工具，用于在数据库中搜索生物序列的相似性。
它可以将一个给定的DNA或蛋白质序列与数据库中的其他序列进行比对，从而找到相似的序列。
BLAST可以用于比对已知序列和未知序列之间的相似性，从而帮助解析未知序列的功能和进化关系。
2. Clustal OmegaClustal Omega是一种用于进行多序列比对的工具。
多序列比对是生物信息学中常用的技术，旨在确定多个序列之间的共有保守区域和变异区域。
Clustal Omega使用改进的多序列比对算法，可以高效地处理大规模的序列数据，并生成准确的比对结果。
这些比对结果可以用于研究序列的演化关系、结构域的保守性和功能区域的变异性。
3. PEAKSPEAKS是一种用于蛋白质组学数据分析的软件工具。
它可以从质谱数据中识别和鉴定蛋白质，并预测蛋白质的修饰位点和结构域。
PEAKS提供了多种分析模式和算法，适用于不同类型的质谱数据和生物学问题。
它可以帮助研究人员更好地理解蛋白质的功能和相互作用，在疾病诊断和药物研发方面具有重要的应用价值。
4. DESeq2DESeq2是一种用于差异表达基因分析的统计学工具。
它可以从RNA测序数据中识别和比较不同条件下的差异表达基因。
DESeq2根据数学模型和统计方法，可以准确地判断哪些基因在不同条件下的表达水平存在显著差异。
常用的生物信息学软件的介绍和文献依据
BioWarehouse
一个生物信息学数据仓库整合工具包
birgHPC
为生物信息学和分子动力学创建即时计算集群，自启动linux发行版
Biskit
python编写的一个结构生物信息学软件平台（库）
BisoGenet
一个新的基因网络构建、可视化和分析工具，cytoscape插件
一个促进高通量测序分析的基于云计算的框架
ESBTL
用于生物大分子结构和几何分析的高效PDB剖析器和数据结构
Expander
一个整合的基因表达数据分析软件平台，支持微阵列数据
分析的所有阶段
ExpressionPlot
一个分析RNA-Seq和微阵列基因表达数据的基于网络的框架
EZ-Viz
用标签和按钮简化PyMOL中分子查看
ChIPpeakAnno
一个注释ChIP-seq和ChIP-chip数据（峰）的Bioconductor包
ChIPseqR
核小体定位和组蛋白修饰ChIP-seq实验分析
Chipster
用于微阵列和其他高通量数据的用户友好的分析软件
CisGenome
一个分析ChIP-chip和ChIP-Seq的整合软件系统
病毒的传播和重组事件
J-Express
使用Java来探索基因表达数据
Jalview
Java多重序列比对编辑器
Java Treeview
微阵列数据可视化，树状图查看
JBrowse
下一代基因组浏览器，通过平滑地动态移动，缩放，导航基因组注释
jClust
一个聚类和可视化工具箱
JColorGrid
生物学测量值可视化，绘制热图，颜色网格等
生物信息数据
实验一；生物信息学数据库和软件的搜索专业：学号：30 姓名：宸一：搜索生物信息学数据库或软件（1）1：NCBI 美国国家生物技术信息中心网址：/2：NCBI 美国国家生物技术信息中心，National Center for Biotechnology InformationNCBI管理着GenBank、UniGene、dbSNP等数据库，提供Entrez、BLAST等数据库检索工具。
所有的这些数据库都可以通过Entrez搜索引擎在线访问.3：（2）1：欧洲生物信息学研究所网址：/2：EBI，欧洲生物信息学研究所，European Bioinformatics Institute1994年成立于英国剑桥，其前身为位于德国海德堡的欧洲分子生物学实验室的信息部门。
EBI 接受了原来EMBL数据库的管理和维护，并且是欧洲分子生物学网（EMBnet）的一个特别节点。
3：（3）1：欧洲分子生物学信息网网址：/2：EMBnet, 欧洲分子生物学信息网建立于1988年，在荷兰注册。
中国在1996年加入其成员国，EMBnet的中国节点设在北京大学生物信息中心PKUCBI3：（4）1：日本国立遗传学研究所网址：http://www.ddbj.nig.ac.jp2：NIG 日本国立遗传学研究所，National Institute of Genetics维护和管理日本DNA数据库DDBJ。
该数据库首先反映日本产生的数据，同EMBL、GenBank有合作关系3：（5）1：中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心的网站网址：2：BioSino 中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心的网站它的主要任务是维护我国的核酸序列公共数据库，提供包括各种链接的生物学导航信息，含中英文本。
3：（6）1：北京大学生物信息中心网址：2：CBI 或PKUCBI，北京大学生物信息中心CBI成立于1997年3月，它是EMBnet的中国节点，也是亚太生物信息网APBionet的中国节点。
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Entrez的网址是：/entrez/。
BankIt的网址是：/BankIt。
Sequin的相关网址是：/Sequin/。
二、搜索生物信息学软件
生物信息学软件的主要功能有：
分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间；
提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验；寻找、预测新基因及预测其结构、功能；
蛋白高级结构预测。
如：核酸序列分析软件BioEdit、DNAClub等；序列相似性搜索BLAST；多重系列比对软件Clustalx；系统进化树的构建软件Phylip、MEGA等；PCR 引物设计软件Primer premier6.0、oligo6.0等；蛋白质二级、三级结构预测及三维分子浏览工具等等。
数据库网址是：/embl/。
SRS的网址是：/。
WEBIN的网址是：/embl/Submission/webin.html。
DDBJ的网址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/。
蛋白质序列数据库有SWISS-PROT， PIR，OWL， NRL3D， TrEMBL等，
蛋白质片段数据库有PROSITE， BLOCKS，PRINTS等，
三维结构数据库有PDB， NDB，BioMagResBank，CCSD等，
与蛋白质结构有关的数据库还有SCOP， CATH， FSSP， 3D-ALI， DSSP等，
与基因组有关的数据库还有ESTdb，OMIM，GDB， GSDB等，
文献数据库有Medline， Uncover等。
另外一些公司还开发了商业数据库,如MDL等。
生物信息学数据库覆盖面广，分布分散且格式不统一, 因此一些生物计算中心将多个数据库整合在一起提供综合服务，如EBI的SRS(Sequence Retrieval System)包含了核酸序列库、蛋白质序列库，三维结构库等30多个数据库及CLUSTALW、PROSITESEARCH等强有力的搜索工具，用户可以进行多个数据库的多种查询。
用户可以搜索各种类型的对象，并以图形方式观看基因组图谱。
GDB的网址是：。
GDB数据库或者软件
数据库是生物信息学的主要内容，各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域。
核酸序列数据库有GenBank， EMBL， DDB等，核酸序列是了解生物体结构、功能、发育和进化的出发点。国际上权威的核酸序列数据库有三个，分别是美国生物技术信息中心（NCBI）的GenBank ，欧洲分子生物学实验室的EMBL-Bank（简称EMBL），日本遗传研究所的DDBJ